Información molecular vs información genealógica en la gestión de poblaciones

Tanto en el campo de la conservación como en el de la mejora genética, se han propuesto diversos métodos para gestionar una población controlando la pérdida de diversidad genética. En poblaciones no subdivididas, el método aceptado es determinar la contribución de cada posible padre (i.e., el número de descendientes que cada individuo deja a la siguiente generación), minimizando el parentesco global de los padres ponderado por estas contribuciones (Meuwissen, 1997; Grundy et al., 1998; Fernández et al., 2003). Los coeficientes de parentesco se obtienen normalmente de la genealogía, y en dicho caso, se optimiza el parentesco global genealógico. Sin embargo, la información genealógica no está siempre disponible, en cuyo caso se pueden usar marcadores moleculares para calcular el parentesco molecular o estimar el parentesco genealógico (Toro et al., 2009). Así, cuando no se dispone de genealogías, se puede minimizar el parentesco molecular global o el parentesco global genealógico estimado con los marcadores. Fernández et al. (2005) estudiaron mediante simulaciones la capacidad de la información molecular de reemplazar a la información genealógica, y concluyeron que el uso exclusivo de información molecular era claramente insuficiente. En dicho estudio, los autores se basaron en un número limitado de marcadores microsatélites, del orden de decenas. En la actualidad, gracias a los métodos de secuenciación de última generación, disponemos de miles de marcadores de tipo SNP, lo que hace necesaria una revisión de aquellas investigaciones que concluían que la utilidad de la información molecular era limitada e inferior a la genealógica. En este estudio, reevaluamos vía simulaciones la capacidad de la información genómica de reemplazar a la información genealógica para mantener diversidad genética en programas de conservación, usando un número de SNPs en línea con los datos actualmente disponibles

Reflexiones sobre un balcon: Lutyens y la técnica de montaje

El balcón de reja que Lutyens situó sobre la chimenea del salón de Little Thakeham es un elemento arquitectónico difícil de justificar. Transforma el muro interior en una especie de fachada y confiere al salón un carácter de espacio exterior. Concede además a este espacio, descendiente lejano del tradicional hall medieval, un aspecto ambiguo, entre inglés y español. Lutyens conocía los balcones de reja españoles a través de los dibujos de Prentice. Existen además en España balcones de reja que se abren hacia espacios interiores. Los que se abren hacia las naves de algunas iglesias barrocas, por ejemplo. También existen en Portugal y Brasil. Pero nadie vio antes un balcón de reja abierto hacia un hall inglés. Este pintoresco balcón, sin embargo, no es un arbitrario capricho o un simple experimento. Es parte de una estrategia de montaje destinada a revitalizar lo propio por relación a lo ajeno. El poético parentesco entre este balcón y la chimenea barroca que Le Corbusier empotró en el antepecho de la cubierta del apartamento para De Beistegui muestra que Lutyens, al igual que Le Corbusier, recurrió al montaje de imágenes con el fin de recrear las formas tradicionales.

Modelo de diseño orientado a marcos para sistemas basados en el conocimiento

El objetivo de esta Tesis es crear un Modelo de Diseño Orientado a Marcos que, intermedio entre el Mundo Externo y el Modelo Interno del Mundo que supone el sistema ímplementado, disminuya la pérdida de conocimiento que se produce al formalizar la realidad en Bases de Conocimientos. El modelo disminuye la pérdida de conocimiento al formalizar Bases de Conocimiento, acercando el formalismo de Marcos al Mundo Externo, porque: 1. Crea una base teórica que uniformiza el concepto de Marco en el plano de la Formalización, estableciendo un conjunto de restricciones sintácticas y semánticas que impedirán, al Ingeniero del Conocimiento (IC) cuando formaliza, definir elementos no permitidos o el uso indebido de ellos. 2. Se incrementa la expresividad del formalismo al asociar a cada una de las propiedades de un marco clase un parámetro adicional que simboliza la representatividad de la propiedad en el concepto. Este parámetro, y las técnicas de inferencia que trabajan con él, permitirán al IC introducir en el Modelo Formalizado conocimiento que antes no introducía al construir la base de conocimientos y que, sin embargo, sí existía en la realidad. 3. Se propone una técnica de equiparación que trabaja con el conocimiento incierto presente en el dominio. Esta técnica de equiparación, utiliza la representatividad de las propiedades en los marcos clase y el grado de certeza de las propiedades de las entidades para calcular el valor de equiparación y, así, determinar en qué medida los marcos clase seleccionados son consistentes con la descripción de la situación actual dada por una entidad. 4. Proporciona nuevas técnicas de inferencia basadas en la transferencia de propiedades y modifica las ya existentes. Las transferencias de propiedades realizadas sobre relaciones "ad hoc" definidas por el IC al construir el sistema, es una nueva técnica de inferencia independiente y complementaria a la transferencia de propiedades llamada tradicionalmente Herencia (cesión de propiedades entre padres e hijos). A esta nueva técnica, se le ha llamado Donación, es decir, cesión de propiedades entre marcos sin parentesco. Como aportación práctica, se ha construido un entorno de construcción de Sistemas Basados en el Conocimiento formalizados en Marcos, donde se han introducido todos los nuevos conceptos del Modelo Teórico de la Tesis. Se trata de una cierta anidación. Es decir, son marcos que permiten formalizar cualquier SBC en marcos. El entorno permitirá al IC formalizar bases de conocimientos automáticamente y éste podrá validar el conocimiento del dominio en la fase de formalización en lugar de tener que esperar a que la BC esté implementada. Todo ello lleva a describir el Modelo de Diseño Orientado a Marcos como un puente que aproxima y comunica el Mundo Externo con el Modelo Interno asociado a la realidad e implementado en una computadora, disminuyendo así las diversas pérdidas de conocimiento que si bien no ocurren simultáneamente al construir Sistemas Basados en el Conocimiento, sí coexisten en él.---ABSTRACT---The goal of this thesis is to créate a Frame-Orlented Deslgn Model that, bridging the Outside World and the implemented system's Internal Model of the World, reduces the amount of knowledge lost when reality is formalized in Knowledge Bases (KB). The model diminishes the loss of knowledge when formalizing a KB and brings the Frame-formalized Model closer to the Outside World because: 1. It creates a theory that standardizes the concept of trame at the formalization level to establish a set of syntactic and semantic constraints that will prevent the Knowledge Engineer (KE) from defining forbidden elements or their undue use in the formalization process. 2. The formalism's expressiveness is increased by associating an additional parameter to each of the properties of a class frame to symbolize the representativeness of the concept property. This parameter and the related inference techniques will allow the KE to enter knowledge into the Formalized Model that actually existed but that was not used previously when building the KB. 3. The proposed technique involves matching and works with uncertain knowledge present in the domain. This matching technique takes the representativeness of the properties in the class frame and the degree of certainty of the properties of the entities to calcúlate the matching valué and thus determine to what extent the class frames selected are consistent with the description of the present situation given by an entity. 4. It offers new inference techniques based on property transfer and alters existing ones. Property transfer on ad hoc relations defined by the KE when building a system is a new inference technique independent of and complementary to property transfer traditionally termed Inheritance (transfer of properties between parents and children). This new technique has been callad Donation (transfer of properties between trames without relationships). 5. It improves control of the procedural knowledge defined in the trames by introducing OO concepta. A frame-formalized KBS building environment has been constructed, incorporating all the new concepts of the theoretical model set out in the thesis. There is some embedding, that is, they are trames that provide for any KBS to be formalizad in trames. The environment will enable the KE to formaliza KB automatically, and he will be able to valídate the domain knowledge in the formalization stage instead of havíng to wait until the KB has been implemented. This is a description of the Frame-oriented Design Model, a bridge that brings closer and communicates the Outside World with the Interna! Model associated to reality and implemented on a computar, thus reducing the different losses in knowledge that, though they do not occur simultaneosly when building a Knowledge-based System, coexist within it.

Biotecnología forestal aplicada a la producción de madera de nogal

Los nogales son especies pertenecientes a la familia Juglandaceae, ampliamente distribuidos por las zonas templadas y subtropicales del planeta. Son apreciados desde la antigüedad por la calidad de sus frutos y su madera. Su grado de domesticación es relativamente bajo comparado con cultivos alimenticios, e incluso respecto a otras especies forestales. Aunque el mercado de la madera de nogal suele mover grandes cantidades de dinero, su producción está basada principalmente en explotaciones extensivas, creciendo bajo sistemas poco tecnificados. Algunos intentos se han realizado en los EUA y Europa para la obtención de variedades madereras de nogal, pero ya sea por sus prolongados ciclos biológicos, por la complejidad genética de los caracteres sobre los que habría que incidir, por la escasa experiencia acumulada en programas de mejoramiento o por las limitaciones de los protocolos comerciales de reproducción asexual disponibles, lo cierto es que no existen genotipos seleccionados y destinados para tal fin. Poseer la capacidad de reproducir asexualmente los genotipos selectos es el complemento necesario de los programas de mejoramiento genético. Igualmente constituye la base de cualquier sistema productivo intensivo. Los sistemas de propagación vegetativa tradicionales en la familia Juglandaceae, además de ser inefectivos para la producción de elevados volúmenes de plantas, implican una gran complejidad en su ejecución y sus resultados suelen ser impredecibles. La micropropagación se plantea como la mejor alternativa para superar las dificultades de estas técnicas. Sin embargo, los nogales son considerados como altamente recalcitrantes al cultivo de tejidos, lo que provoca que sólo muy pocos genotipos sean propagados de forma comercial. Varias fases de la micropropagación de los nogales son especialmente conflictivas, e inciden de manera individual, y en su conjunto, sobre el resultado final. El control de los contaminantes microbianos, junto con la emisión de sustancias fenólicas y el decaimiento de los cultivos dificultan el establecimiento in vitro de la gran mayoría de los genotipos. La re-emergencia de microorganismos durante la proliferación es una fuente de pérdidas importante que también puede conducir al fracaso de la micropropagación. Las bajas tasas de enraizamiento y la elevada mortalidad registrada durante la aclimatación, unidas a factores genéticos, terminan por limitar la utilización comercial de esta tecnología a unos pocos genotipos. Con el objetivo de desarrollar un protocolo de micropropagación pre-comercial para el nogal híbrido maderero, se incidió en la solución de los principales problemas que dificultan la definición de ésta como una tecnología funcional para la producción de clones de ortetos selectos, al menos, para aquellos genotipos que pudieron ser establecidos in vitro. Así, aquí se presenta una metodología para el establecimiento in vitro que reduce la complejidad de esta fase y mejora el porcentaje de éxito durante la introducción. Igualmente se profundizó en el saneamiento de material contaminado y en el desarrollo de una herramienta que sirva para abordar el control de la re-emergencia microbiana durante la proliferación. También se analizan los elementos claves de este protocolo que garantizan la obtención de microbrotes de calidad enraizables, potencialmente capaces de soportar el paso a condiciones ex vitro. La evaluación de aspectos como la sustitución del FeEDTA por el FeEDDHA como fuente hierro, la introducción del Floroglucinol en el medio de cultivo de proliferación y la determinación de una fuente de carbono adecuada para la formación de las raíces, junto con un manejo adecuado de la fase previa a la pre-inducción radical, fueron determinantes en la micropropagación de hasta 14 genotipos de nogal híbrido maderero. Adicionalmente, la realización de un análisis detallado del sistema radical permitió comprobar que la metodología propuesta favorece la producción de raíces que están conectadas vascularmente con el tallo, lo que unido a la presencia de estomas morfológicamente normales, permite reducir las pérdidas por estas causas y favorece el proceso de endurecimiento. Como complemento del programa de mejora y de clonación, se abordó el desarrollo de una herramienta que permitiera identificar y diferenciar las selecciones. Buscando combinar la simplicidad de la técnica con el máximo poder discriminativo posible, se eligió el uso de marcadores genéticos del tipo SSR. En una primera aproximación, se evaluó la conveniencia de emplear primers previamente publicados (Woeste et al. 2002) y utilizados en varias especies de la familia Juglandaceae (Dangl et al. 2005, Victory et al. 2006, Ross-Davis y Woeste 2008, entre otros autores). A pesar de que la mayoría de las parejas de cebadores evaluadas rindieron productos de amplificación interpretables, su capacidad de clasificación conjunta fue muy reducida y de uso muy limitado en una población afectada por un alto grado de parentesco. Por esta razón fue necesario desarrollar una batería de marcadores microsatélites diseñados específicamente para el nogal híbrido maderero. De las 700 regiones secuenciadas, finalmente 24 parejas demostraron ser funcionales y lo suficientemente polimórficas como para discriminar entre medios hermanos. Al ser utilizadas 10 de las nuevas parejas de primers, junto con 2 de la genoteca desarrollada por Woeste et al. (2002), en una población diferente fue posible genotipar con una PID del orden de 10-11, lo que abre la posibilidad de utilizar este set de marcadores de novo dentro de la familia Juglandaceae.