Transcriptional changes and oxidative stress associated with the synergistic interaction between potato virus X and potato virus Y and their relationship with symptom expression.

Many virus diseases of economic importance to agriculture result from mixtures of different pathogens invading the host at a given time. This contrasts with the relatively scarce studies available on the molecular events associated with virus---host interactions in mixed infections. Compared with single infections, co-infection of Nicotiana benthamiana with Potato virus X (PVX) and Potato virus Y (PVY) resulted in increased systemic symptoms (synergism) that led to necrosis of the newly emerging leaves and death of the plant. A comparative transcriptional analysis was undertaken to identify quantitative and qualitative differences in gene expression during this synergistic infection and correlate these changes with the severe symptoms it caused. Global transcription profiles of doubly infected leaves were compared with those from singly infected leaves using gene ontology enrichment analysis and metabolic pathway annotator software. Functional gene categories altered by the double infection comprise suites of genes regulated coordinately, which are associated with chloroplast functions (downregulated), protein synthesis and degradation (upregulated), carbohydrate metabolism (upregulated), and response to biotic stimulus and stress (upregulated). The expressions of reactive oxygen species?generating enzymes as well as several mitogen-activated protein kinases were also significantly induced. Accordingly, synergistic infection induced a severe oxidative stress in N. benthamiana leaves, as judged by increases in lipid peroxidation and by the generation of superoxide radicals in chloroplasts, which correlated with the misregulation of antioxidative genes in microarray data. Interestingly, expression of genes encoding oxylipin biosynthesis was uniquely upregulated by the synergistic infection. Virus-induced gene silencing of ?-dioxygenase1 delayed cell death during PVX?PVY infection.

Integrated methodology for assessing the effects of geomorphological river restoration on fish habitat and riparian vegetation

Changes in the geomorphology of rivers have serious repercussions, causing losses in the dynamics and naturalness of their forms, going in many cases, from a type of meandering channel, with constant erosion and sedimentation processes, to a channelized narrow river with rigid and stable margins, where the only possibility of movement occurs in the vertical, causing the only changes in channel geometry occur in the river bed. On the other hand, these changes seriously affect the naturalness of the banks, preventing the development of riparian vegetation and reducing the cross connectivity of the riparian corridor. Common canalizations and disconnections of meanders increase the slope, and therefore speed, resulting in processes of regressive erosion, effect increased as a result of the narrowing of the channel and the concentration of flows. This process of incision may turn the flood plain to be "hung", being completely disconnected from the water table, with important consequences for vegetation. As an example of the effects of these changes, it has been chosen the case of the Arga River The Arga river has been channelized and rectified, as it passes along the meander RamalHondo and Soto Gil (Funes, Navarra). The effects on fish habitat and riparian vegetation by remeandering the Arga River are presented. and Ttwo very contrasting situationsrestoration hypothesis, in terms of geomorphology concerns, have been established to assess the effects these changes have on the habitat of one of the major fish species in the area (Luciobabus graellsii) and on the riparian vegetation. To accomplish this goal, it has been necessary to used the a digital elevation model provided by LIDAR flight, bathymetric data, flow data, as inputs, and a hydraulic simulation model 2D (Infoworks RS). The results obtained not only helped to evaluate the effects of the past alterations of geomorphologic characteristics, but also to predict fish and vegetation habitat responses to this type of changes.

Metodología para la gestión integral de las presas de laminación de avenidas y su aplicación a la cuenca hidrográfica del Segura

En el levante español se producen periódicamente intensos aguaceros (gota fría), que generan grandes riadas, desbordándose los cauces y asolando los campos y las ciudades, ocasionando graves daños en la economía local y con frecuencia, por desgracia, víctimas personales. La Confederación Hidrográfica del Segura ha puesto en marcha un vasto sistema de protección, conocido como Plan de Defensa contra Avenidas, del que ya se encuentran en explotación un conjunto de presas cuyo objetivo prioritario es la laminación de las avenidas. Las presas de laminación ubicadas en esta área mediterránea son estructuras muy singulares, al estar ubicadas en cuencas extremadamente secas, con alta pendiente, rápida respuesta, picos altos de caudal, y gran poder erosivo del flujo. Las aguas arrastran en suspensión un alto porcentaje de aporte sólido y flotantes, que quedan retenidos en el embalse, aterrándolo e inutilizando los desagües. En esta tesis doctoral se analizan los criterios de actuación para la gestión de estas presas de laminación, con objeto de que se puedan introducir en las Normas de Explotación innovaciones destinadas a mejorar la eficiencia del conjunto, de manera que se consiga la máxima protección posible y al mismo tiempo se puedan aprovechar las aguas, sin menoscabo de su objetivo prioritario, para otros fines complementarios. Como consecuencia del trabajo realizado se indica la conveniencia de establecer un conjunto de normas de actuación comunes a todas las presas del sistema, como es la estrategia de recibir siempre a los hidrogramas de la riada con las compuertas de los desagües de fondo cerrados, o la conveniencia de que en todas las presas se dispongan compuertas en estos órganos. También se dictan recomendaciones en la gestión del vaciado, para conseguir el máximo aprovechamiento del agua, introduciendo el concepto innovador de los trasvases virtuales. Asimismo, se analiza la conveniencia de fijar normas diferenciales específicas atendiendo a las peculiaridades de cada presa, en cuanto se refiere al nivel máximo de explotación, al cumplimiento de los condicionantes ambientales, al mantenimiento de la calidad del agua, y a otros aspectos singulares que caracterizan a cada uno de estos embalses. The Spanish Mediterranean region hydrology is characterised by low rainfall, but concentrated in extreme convective events. Those heavy rains and storms lead to large, flash-floods which cause devastation of fields, villages and, unfortunately, loss of lives. Segura River Basin Authority has developed an ambitious plan for flood protection and control that is constituted by a system of flood protection dams, river channelling, river diversions diversions and levees. Flood protection dams placed on this area, are distinct structures, as they are located on extremely dry basins, with high slopes and limited vegetal covering. These facts, along with the very high rainfall intensity, are determinants of a rapid response and a very erosive flow. The flow transports a large rate of solids in suspension, and also debris, which many times block and clog the outlets intakes, disabling them. In such a case, the dam would be inoperative, in an emergency state and remedial measures should be taken. This PhD thesis analyses the flood protection dams operation criteria, for providing managers a methodology to analyse each individual case and also the flood protection system as a whole. Additionally practical rules and recommendations, to cope with the objectives of dam safety, flood protection and water resources use, are given. The rules consider the specific differences and risks that may be faced by the dams. To that end, they were grouped, depending on their characteristics: allowance for permanent water storage, environmental restrictions, water quality, geotechnical problems, type of structure, etc. As a result of this research, it is recommended to design these dams with valves for regulating the bottom outlets. The availability of valves is linked with the routing strategy of receiving flood with the outlets closed. This has been shown as the best measure to prevent clogging and opens the possibility of storing temporarily the water, making then a scheduled emptying of the reservoir, which could be computed as a virtual transfer to the regulating dams. Emptying should be done in accordance with the situation of the other dams of the system and of the rivers downstream. This detention time would make possible also the beginning of the sedimentation process which is necessary for using the water with the modern irrigation systems that are in use in this area.

Estudio del estado de la vegetación de ribera en la España peninsular. Implicaciones de la alteración hidrológica y herramientas para su manejo y gestión

El objetivo general de este trabajo es explorar las potenciales interacciones entre la alteración hidrológica y el estado de la vegetación de ribera en diversas cuencas hidrográficas españolas. La mayor parte del área de estudio está dentro de la región Mediterránea, una región caracterizada por un particular comportamiento climatológico, ecológico y socio-económico. Las cuencas estudiadas son: Guadiana, Guadalquivir, Tajo, y Duero. Para complementar el estudio y comparar resultados con otras regiones climáticas españolas se estudiaron dos Demarcaciones atlánticas: Cantábrico y Miño-Sil. El funcionamiento fluvial, en las áreas mediterráneas, presenta grandes variaciones en el régimen hídrico, siendo uno de los principales controladores de la estructura, composición y distribución de la vegetación de ribera. Para investigar las interacciones mencionadas previamente, se presenta un nuevo índice, Riparian Forest Evaluation (RFV). El objetivo de este índice es valorar el estado de la vegetación de ribera en base a los principales controladores hidro-morfológicos responsables de la dinámica fluvial, y por tanto, relacionados con el desarrollo del corredor ribereño. RFV divide la evaluación del bosque de ribera en cuatro componentes: continuidad longitudinal, transversal, y vertical (dimensiones espaciales), y condiciones del regenerado (dimensión temporal). La clasificación final está basada en las mismas cinco clases fijadas por la Directiva europea Marco del Agua (DMA) (2000/60/CE) para valorar el estado ecológico de las masas de agua. La aplicación de este índice en 187 masas de agua ha mostrado su facilidad de aplicación y su consistencia desde un punto de vista legislativo y técnicocientífico. En paralelo al diseño del índice RFV, se ha desarrollado una nueva herramienta para dar apoyo a la evaluación del bosque de ribera (RFV) y la extracción de variables hidromorfológicas a escala de masa de agua en lugar de a escala local (muestreo de campo local). Se trata de Riparian Characterisation by LiDAR (RiC-DAR), que permite valorar el estado del bosque de ribera de una manera semiautomática, en un modo cuasi-continuo, usando LiDAR de alta resolución. Esto hecho permite mejorar significativamente la calidad y cantidad de información comparado con la toma de datos en campo, lo que permite reducir los recursos, particularmente cuando se trabaja a escala de masas de agua. Una de las potenciales causas de la degradación del bosque de ribera es la alteración hidrológica; así una vez se ha realizado la evaluación del bosque de ribera basada en elementos hidro-morfológicos ligados al régimen hídrico (RFV), se han identificado las potenciales relaciones entre la alteración hidrológica y la degradación de la vegetación riparia. Para ello, se requiere contar con series de aforos fiables y de una duración apropiada. Para satisfacer este requerimiento, se ha creado una nueva herramienta: el Servidor de Datos para el Estudio de la Alteración Hidrológica (SEDAH). Esta herramienta genera datos diarios y mensuales completados para más años, construyendo así bases de datos más aptas para el estudio de la alteración hidrológica. (http://ambiental.cedex.es/Sedah) Haciendo uso de las herramientas y métodos desarrollados previamente, se han calculado diferentes indicadores de alteración hidrológica en 87 masas de agua que han sido analizados conjuntamente con el estado de la vegetación de ribera. Los resultados estadísticos han mostrado relaciones significativas entre ellos: la degradación de la vegetación podría estar fuertemente ligada a la alteración del régimen hídrico en años secos y a las sequías en el entorno mediterráneo. A su vez se ha analizado la relación del estado del bosque de ribera con el estado ecológico basado en la DMA, mostrando una relación no significativa. Esta y otras potenciales relaciones son discutidas a lo largo del documento. Los resultados permiten proponer recomendaciones de gestión de la vegetación de ribera y de manejo del régimen de caudales para masas de agua reguladas. ABSTRACT The general objective of this work is to explore the potential interactions between hydrologic alteration and degradation of the riparian vegetation, mainly focused in the Mediterranean Environment. The majority of the study area is part of the Spanish Mediterranean region, a geographical environment characterized by a singular climatologic, ecological and socio-economical behavior. The basins analysed in this work are: Guadiana, Guadalquivir, Tagus, Douro. In order to complete the results and compare those to other climatic regions in Spain, two Atlantic Districts where selected: Cantábrico and Miño-Sil. The river functioning, in the Mediterranean areas, presents great variations in the flow regimes being one of the main drivers of the riparian vegetation development. To explore the interactions stated above, a new index is presented, Riparian Forest Evaluation (RFV). This index is aimed to assess the status of the riparian vegetation based on the main hydromorphological drivers responsible of the river dynamic, and so, related to the development of the riparian corridor. RFV split the evaluation of the riparian forest into four components: longitudinal continuity, transversal continuity, vertical (structure) continuity and regeneration (temporal) continuity. The final classification is based in the same five classes to those stated in the European Water Frame Work directive to assess the ecological status. The application of this index over 187 water bodies has shown to be easily applicable and consistent from a regulatory perspective. In parallel to the design of RFV, a new tool has been developed to enhance the evaluation of the riparian forest and river morphology (RFV and morphological parameters) at water body scale rather than at local scale, i.e. when field surveyed at different sites. The Riparian Characterisation by LiDAR, RiC-DAR allows to assess the status of the riparian vegetation semi-automatically in a quasi-continuous way using high resolution LiDAR. This improves significantly the quantity and quality of information gathered through field sampling methods, reducing resources when working at larger scales. One of the potential major causes of degradation of the riparian forest is the hydrologic alteration; hence, once the evaluation of the riparian forest is done consistently based on hydro-morphological features linked to the hydrological regime (RVF), this work has identified potential relationships between hydrologic alteration and degradation of riparian vegetation. In order to do this, it is required to count with reliable series of flow records describing both reference and altered regimes. To satisfy this need, a new tool has been created, SEDAH, data server for assessing hydrologic alteration. This tool has completed daily and monthly gaps in the flow series to build up an improved database to assess the hydrologic alteration. This application is available on line (http://ambiental.cedex.es). Making use of the tools and methods developed previously, this work uses these data to work out indicators of hydrologic alteration through 87 water bodies to be analysed against the riparian status. These indicators are statistically analysed exploring significant relationships with the status of riparian vegetation and ecological status, showing some potential significant relationships; hence it seems that the degradation of riparian vegetation, particularly the regeneration, is associated with the alteration of the hydrologic regimen in dry years and draughts in Mediterranean environments. Furthermore, the analysis of the status of the ecological status and the status of the riparian vegetation has shown the lack of significant influence of the riparian vegetation in the final ecological status using the WFD approach applied in Spain. This and other potential relationships are discussed in this work. The results allow giving guidance on the management of both riparian vegetation and environmental flows of water bodies affected by flow regulation.

Deforestación y Pérdida de hábitat en Bosques de montaña en la Cuenca alta del Río Zamora (Loja, Ecuador)

Los bosques húmedos de montaña se encuentran reconocidos como uno de los ecosistemas más amenazados en el mundo, llegando inclusive a ser considerado como un “hotspot” por su alta diversidad y endemismo. La acelerada pérdida de cobertura vegetal de estos bosques ha ocasionado que, en la actualidad, se encuentren restringidos a una pequeña fracción de su área de distribución histórica. Pese a esto, los estudios realizados sobre cual es efecto de la deforestación, fragmentación, cambios de uso de suelo y su efecto en las comunidades de plantas presentes en este tipo de vegetación aún son muy escuetos, en comparación a los realizados con sus similares amazónicos. En este trabajo, el cual se encuentra dividido en seis capítulos, abordaremos los siguientes objetivos: a) Comprender cuál es la dinámica que han seguido los diferentes tipos de bosques montanos andinos de la cuenca del Rio Zamora, Sur de Ecuador durante entre 1976 y 2002. b) Proveer de evidencia de las tasas de deforestación y fragmentación de todos los tipos diferentes de bosques montanos andinos presentes en la cuenca del Rio Zamora, Sur de Ecuador entre 1976 y 2002. c) Determinar qué factores inducen a la fragmentación de bosques de montaña en la cuenca alta del río Zamora entre 1976 y 2002. d) Determinar cuáles son y cómo afectan los factores ambientales y socioeconómicos a la dinámica de la deforestación y regeneración (pérdida y recuperación del hábitat) sufrida por los bosques de montaña dentro de la zona de estudio y e) Determinar si la deforestación y fragmentación actúan sobre la diversidad y estructura de las comunidades de tres tipos de organismos (comunidades de árboles, comunidades de líquenes epífitos y comunidades de hepáticas epífitas). Este estudio se centró en el cuenca alta del río Zamora, localizada al sur de Ecuador entre las coordenadas 3º 00´ 53” a 4º 20´ 24.65” de latitud sur y 79º 49´58” a 78º 35´ 38” de longitud oeste, que cubre alrededor de 4300 km2 de territorio situado entre las capitales de las provincias de Loja y Zamora-Chinchipe. Con objeto de predecir la dinámica futura de la deforestación en la región de Loja y cómo se verán afectados los diferentes tipos de hábitat, así como para detectar los factores que más influyen en dicha dinámica, se han construido modelos basados en la historia de la deforestación derivados de fotografías aéreas e imágenes satelitales de tres fechas (1976, 1989 y 2002). La cuantificación de la deforestación se realizó mediante la tasa de interés compuesto y para la caracterización de la configuración espacial de los fragmentos de bosque nativo se calcularon índices de paisaje los cuales fueron calculados utilizando el programa Fragstats 3.3. Se ha clasificado el recubrimiento del terreno en forestal y no forestal y se ha modelado su evolución temporal con Modelos Lineales Generalizados Mixtos (GLMM), empleando como variables explicativas tanto variables ambientales espacialmente explícitas (altitud, orientación, pendiente, etc) como antrópicas (distancia a zonas urbanizadas, deforestadas, caminos, entre otras). Para medir el efecto de la deforestación sobre las comunidades modelo (de árboles, líquenes y hepáticas) se monitorearon 11 fragmentos de vegetación de distinto tamaño: dos fragmentos de más de cien hectáreas, tres fragmentos de entre diez y noventa ha y seis fragmentos de menos de diez hectáreas. En ellos se instalaron un total de 38 transectos y 113 cuadrantes de 20 x 20 m a distancias que se alejaban progresivamente del borde en 10, 40 y 80 m. Nuestros resultados muestran una tasa media anual de deforestación del 1,16% para todo el período de estudio, que el tipo de vegetación que más alta tasa de destrucción ha sufrido, es el páramo herbáceo, con un 2,45% anual. El análisis de los patrones de fragmentación determinó un aumento en 2002 de más del doble de fragmentos presentes en 1976, lo cual se repite en el análisis del índice de densidad promedio. El índice de proximidad media entre fragmentos muestra una reducción progresiva de la continuidad de las áreas forestadas. Si bien las formas de los fragmentos se han mantenido bastante similares a lo largo del período de estudio, la conectividad entre estos ha disminuido en un 84%. Por otro lado, de nuestros análisis se desprende que las zonas con mayor probabilidad de deforestarse son aquellas que están cercanas a zonas previamente deforestadas; la cercanía a las vías también influye significativamente en la deforestación, causando un efecto directo en la composición y estructura de las comunidades estudiadas, que en el caso de los árboles viene mediado por el tamaño del fragmento y en el caso del componente epífito (hepáticas y líquenes), viene mediado tanto por el tamaño del fragmento como por la distancia al borde del mismo. Se concluye la posibilidad de que, de mantenerse esta tendencia, este tipo de bosques desaparecerá en corto tiempo y los servicios ecosistémicos que prestan, se verán seriamente comprometidos. ABSTRACT Mountain rainforests are recognized as one of the most threatened ecosystems in the world, and have even come to be considered as a “hotspot” due to their high degree of diversity and endemism. The accelerated loss of plant cover of these forests has caused them to be restricted today to a small fraction of their area of historic distribution. In spite of this, studies done on the effect of deforestation, fragmentation, changes in soil use and their effect on the plant communities present in this type of vegetation are very brief compared to those done on their analogues in the Amazon region. In this study, which is divided into six chapters, we will address the following objectives: a) To understand what the dynamic followed by the different types of Andean mountain forests in the Zamora River watershed of southern Ecuador has been between 1976 and 2002. b) To provide evidence of the rates of deforestation and fragmentation of all the different types of Andean mountain forests existing in the upper watershed of the Zamora River between 1976 and 2002. c) To determine the factors that induces fragmentation of all different types of Andean mountain forests existing in the upper watershed of the Zamora River between 1976 and 2002. d) To determine what the environmental and anthropogenic factors are driving the dynamic of deforestation and regeneration (loss and recuperation of the habitat) suffered by the mountain forests in the area of the study and e) To determine if the deforestation and fragmentation act upon the diversity and structure of three model communities: trees, epiphytic lichens and epiphytic liverworts. This study is centered on the upper Zamora River watershed, located in southern Ecuador between 3º 00´ 53” and 4º 20´ 24.65 south latitude and 79º 49´ 58” to 78º 35´ 38” west longitude, and covers around 4,300 km2 of territory located between Loja and Zamora-Chinchipe provinces. For the purpose of predicting the future dynamic of deforestation in the Loja region and how different types of habitats will be affected, as well as detecting the environmental and socioeconomic factors that influence landscape dynamics, models were constructed based on deforestation history, derived from aerial photographs and satellite images for three dates (1976, 1989 and 2002). Quantifying the deforestation was done using the compound interest rate; to characterize the spatial configuration of fragments of native forest, landscape indices were calculated with Fragstats 3.3 program. Land cover was classified as forested and not forested and its evolution over time was modeled with Generalized Linear Mixed Models (GLMM), using spatially explicit environmental variables (altitude, orientation, slope, etc.) as well as anthropic variables (distance to urbanized, deforested areas and roads, among others) as explanatory variables. To measure the effects of fragmentation on three types of model communities (forest trees and epiphytic lichen and liverworts), 11 vegetation fragments of different sizes were monitored: two fragments of more than one hundred hectares, three fragments of between ten and ninety ha and six fragments of fewer than ten hectares . In these fragments, a total of 38 transects and 113 20 x 20 m quadrats were installed at distances that progressively moved away from the edge of the fragment by 10, 40 and 80 m. Our results show an average annual rate of deforestation of 1.16% for the entire period of the study, and that the type of vegetation that suffered the highest rate of destruction was grassy paramo, with an annual rate of 2.45%. The analysis of fragmentation patterns determined the number of fragments in 2002 more than doubled the number of fragments present in 1976, and the same occurred for the average density index. The variation of the average proximity index among fragments showed a progressive reduction of the continuity of forested areas. Although fragment shapes have remained quite similar over the period of the study, connectivity among them has diminished by 84%. On the other hand, it emerged from our analysis that the areas of greatest probability of deforestation were those that are close to previously deforested areas; proximity to roads also significantly favored the deforestation causing a direct effect on the composition of our model communities, that in the case of forest trees is determined by the size of the fragment, and in the case of the epiphyte communities (liverworts and lichens), is determined, by the size of the fragment as well as the distance to edge. A subject under discussion is the possibility that if this tendency continues, this type of forest will disappear in a short time, and the ecological services it provides, will be seriously endangered.