An integral model for natural regeneration of Pinus pinea L. in the Northern Plateau (Spain) = Modelo integral de regeneración natural para Pinus pinea L. en la Meseta Norte (España)

Natural regeneration is an ecological key-process that makes plant persistence possible and, consequently, it constitutes an essential element of sustainable forest management. In this respect, natural regeneration in even-aged stands of Pinus pinea L. located in the Spanish Northern Plateau has not always been successfully achieved despite over a century of pine nut-based management. As a result, natural regeneration has recently become a major concern for forest managers when we are living a moment of rationalization of investment in silviculture. The present dissertation is addressed to provide answers to forest managers on this topic through the development of an integral regeneration multistage model for P. pinea stands in the region. From this model, recommendations for natural regeneration-based silviculture can be derived under present and future climate scenarios. Also, the model structure makes it possible to detect the likely bottlenecks affecting the process. The integral model consists of five submodels corresponding to each of the subprocesses linking the stages involved in natural regeneration (seed production, seed dispersal, seed germination, seed predation and seedling survival). The outputs of the submodels represent the transitional probabilities between these stages as a function of climatic and stand variables, which in turn are representative of the ecological factors driving regeneration. At subprocess level, the findings of this dissertation should be interpreted as follows. The scheduling of the shelterwood system currently conducted over low density stands leads to situations of dispersal limitation since the initial stages of the regeneration period. Concerning predation, predator activity appears to be only limited by the occurrence of severe summer droughts and masting events, the summer resulting in a favourable period for seed survival. Out of this time interval, predators were found to almost totally deplete seed crops. Given that P. pinea dissemination occurs in summer (i.e. the safe period against predation), the likelihood of a seed to not be destroyed is conditional to germination occurrence prior to the intensification of predator activity. However, the optimal conditions for germination seldom take place, restraining emergence to few days during the fall. Thus, the window to reach the seedling stage is narrow. In addition, the seedling survival submodel predicts extremely high seedling mortality rates and therefore only some individuals from large cohorts will be able to persist. These facts, along with the strong climate-mediated masting habit exhibited by P. pinea, reveal that viii the overall probability of establishment is low. Given this background, current management –low final stand densities resulting from intense thinning and strict felling schedules– conditions the occurrence of enough favourable events to achieve natural regeneration during the current rotation time. Stochastic simulation and optimisation computed through the integral model confirm this circumstance, suggesting that more flexible and progressive regeneration fellings should be conducted. From an ecological standpoint, these results inform a reproductive strategy leading to uneven-aged stand structures, in full accordance with the medium shade-tolerant behaviour of the species. As a final remark, stochastic simulations performed under a climate-change scenario show that regeneration in the species will not be strongly hampered in the future. This resilient behaviour highlights the fundamental ecological role played by P. pinea in demanding areas where other tree species fail to persist.

La regeneración natural del pino silvestre (Pinus sylvestris L.) en el Valle del Lozoya (Madrid): germinación y supervivencia inicial

La fase de establecimiento del regenerado es un proceso crítico para el desarrollo posterior de la masa tanto por las elevadas tasas de mortalidad que habitualmente lleva asociadas, como por proporcionar el material de partida del que van a disponer las fases subsiguientes. Las restricciones a la germinación y establecimiento de la regeneración del pino silvestre varían enormemente entre las distintas regiones de su extensa área de distribución geográfica. La región Mediterránea constituye un hábitat marginal de la especie en el que las condiciones ecológicas son muy diferentes a las del grueso de su área de distribución. Frente a otras limitaciones (frío, luz, encharcamiento…), en el entorno mediterráneo la tasa de mortalidad parece estar asociada a las condiciones micrometeorológicas del período estival - particularmente, a la sequía -, así como a la presencia excesiva de ganado o ungulados silvestres. No obstante, la mayoría de la información disponible sobre el proceso de regeneración de la especie procede del centro y norte de Europa, por lo que no es de aplicación directa en nuestra región, en la que los estudios de este tipo son mucho más escasos. El presente trabajo pretende contribuir a paliar esta relativa escasez a través del estudio del proceso de regeneración natural en el monte “Cabeza de Hierro”, masa irregular por bosquetes de pino silvestre, paradigma de gestión sostenible y uso múltiple. En este entorno, se pretende caracterizar y cuantificar tanto el proceso de germinación y supervivencia de la especie como la influencia de la cobertura vegetal (estratos arbóreo, arbustivo y herbáceo, y capa de restos vegetales) en su desarrollo. Se persigue así mismo analizar el efecto de la compactación del suelo sobre la persistencia de la masa y contrastar y comparar la eficacia de dos tratamientos edáficos de ayuda a la regeneración: escarificado y decapado+acaballonado. Con este fin se han planteado dos diseños experimentales consistentes en sendas redes de muestreo (Red de Muestreo I o RM I y Red de Muestreo II o RM II) integradas, respectivamente, por 192 y 24 parcelas de 1,5x1,5 m ubicadas bajo distintas condiciones de cobertura vegetal. Sobre una parte de estas parcelas (1/4 en la Red de Muestreo I; 1/2 en la Red de Muestreo II) se han aplicado tratamientos de ayuda a la regeneración (RM I: escarificado; RM II: decapado+acaballonado) y, tras llevar a cabo siembras controladas al inicio del período vegetativo, se han practicado controles periódicos de germinación y supervivencia durante uno (RM II) y tres años consecutivos (RM I). Se han realizado así mismo mediciones complementarias de variables micrometeorológicas, espesura, recubrimiento superficial del suelo y compactación. Los resultados obtenidos a partir de las experiencias realizadas en el monte objeto de estudio permiten concluir que, en relación con el proceso de regeneración natural de la especie en este tipo masa y entorno: 1) la regeneración del pino silvestre durante el primer período vegetativo presenta una tasa de éxito muy baja (1,4% de los sembrados), provocada por una elevada mortalidad durante el primer período estival (>92%) subsiguiente a una germinación de en torno al 17% de las semillas viables que llegan al suelo; 2) la mortalidad sigue siendo elevada hasta el tercer período vegetativo, en que comienza a reducirse significativamente hasta alcanzar el 45%; 3) la cobertura vegetal influye significativamente tanto en el proceso de germinación como en el de supervivencia, aunque ambos procesos presentan una baja correlación linear que pone de manifiesto que los lugares idóneos para la germinación no siempre son los más adecuados para la supervivencia; 4) la escarificación del suelo mejora las tasas iniciales de germinación y supervivencia, pero empeora la tasa de supervivencia posterior (años 2 y 3), por lo que su efecto a medio plazo no resulta significativo; 5) el decapado+acaballonado presenta mejores resultados que el escarificado durante el primer verano, aunque sólo resulta efectivo en condiciones intermedias de espesura de masa; 6) la compactación edáfica no resulta limitante para la productividad ni la persistencia de la masa considerada. ABSTRACT Seedling establishment is critical for later stand progress because it involves high mortality rates and the surviving saplings constitute the starting material for all the subsequent stages. Restrictions for Scots pine germination and seedling survival may vary greatly across its geographical range, as it is widely distributed within north latitudes. Mediterranean region is a marginal sector within this species range and its ecological conditions differ greatly from those of the bulk of the area. Mortality rates in Mediterranean environments seem to be related to summer weather (mainly drought) and high livestock stocking rather than to cold, light or flooding. Most available information on scots pine regeneration process comes from north European experiences and is not transferable to Spanish forests, whereas studies on Mediterranean region are much scarcer. The present work aims at broadening Scots pine regeneration knowledge within Mediterranean region by analyzing its establishment process in the “Cabeza de Hierro” forest: a Scots pine uneven-aged forest at blocklevel scale, exemplary managed for multi-services purpose. Germination and surviving processes are to be characterized and quantified as to vegetation cover both in trees, shrubs, grass and litter strata. Soil compaction effects on forest sustainability are also assessed and the efficacy of some site preparation techniques on regeneration success is tested and compared (scarification vs. scalping+mounding). Two sampling networks comprising respectively 198 (SN I) and 24 plots (SN II) of 1.5x1.5m have been established over a wide range of vegetal cover conditions within the forest. Soil preparation techniques have been applied only to some of the sampling points; namely, 1 out of 4 plots have been scarified within Sampling Network I , while 1 out of 2 plots have been object of scalping & mounding within Sampling Network II. After localized sowing prior to growing season, germination and surviving have been periodically sampled for either one (SN II) or three years (SN I). Supplementary measures for micrometeorological variables, stand density, ground vegetal cover and compaction have also been carried out. Results obtained for the studied forest lead to the following insights regarding Scots pine natural regeneration process within this sort of forest and environment: 1) seedling establishment success rate is quite low (0,15% of sowing seeds), due to high mortality during the first summer (>92%), following a prior 17% rate of germination over viable seeds reaching the soil; 2) mortality rate remains high until the third year after emergence and then decreases to the 50% of surviving; 3) although vegetal cover significantly affects both seedling germination and survival, lineal correlation between those two processes is rather low, which may indicate that places fit for emergence are not necessarily suitable for summer surviving; 4) soil scarification improves both germination and survival during the first growing season, but it is associated to higher mortality rates during the next two years; hence it has no significant medium term effect; 5) scalping & mounding treatment is more effective than scarification concerning establishment improving during the first summer; but its effects are only significant under intermediate stand density levels; 6) soil compaction does not restrict either forest productivity or persistence, despite the area’s long history of high livestock stocking rates and mechanized logging.

Carbon allocation in north-western Amazon forests (Colombia)

Los estudios sobre la asignación del carbono en los ecosistemas forestales proporcionan información esencial para la comprensión de las diferencias espaciales y temporales en el ciclo del carbono de tal forma que pueden aportar información a los modelos y, así predecir las posibles respuestas de los bosques a los cambios en el clima. Dentro de este contexto, los bosques Amazónicos desempeñan un papel particularmente importante en el balance global del carbono; no obstante, existen grandes incertidumbres en cuanto a los controles abióticos en las tasas de la producción primaria neta (PPN), la asignación de los productos de la fotosíntesis a los diferentes componentes o compartimentos del ecosistema (aéreo y subterráneo) y, cómo estos componentes de la asignación del carbono responden a eventos climáticos extremos. El objetivo general de esta tesis es analizar los componentes de la asignación del carbono en bosques tropicales maduros sobre suelos contrastantes, que crecen bajo condiciones climáticas similares en dos sitios ubicados en la Amazonia noroccidental (Colombia): el Parque Natural Nacional Amacayacu y la Estación Biológica Zafire. Con este objetivo, realicé mediciones de los componentes de la asignación del carbono (biomasa, productividad primaria neta, y su fraccionamiento) a nivel ecosistémico y de la dinámica forestal (tasas anuales de mortalidad y reclutamiento), a lo largo de ocho años (20042012) en seis parcelas permanentes de 1 hectárea establecidas en cinco tipos de bosques sobre suelos diferentes (arcilloso, franco-arcilloso, franco-arcilloso-arenoso, franco-arenoso y arena-francosa). Toda esta información me permitió abordar preguntas específicas que detallo a continuación. En el Capítulo 2 evalúe la hipótesis de que a medida que aumenta la fertilidad del suelo disminuye la cantidad del carbono asignado a la producción subterránea (raíces finas con diámetro <2 mm). Y para esto, realicé mediciones de la masa y la producción de raíces finas usando dos métodos: (1) el de los cilindros de crecimiento y, (2) el de los cilindros de extracción secuencial. El monitoreo se realizó durante 2.2 años en los bosques con suelos más contrastantes: arcilla y arena-francosa. Encontré diferencias significativas en la masa de raíces finas y su producción entre los bosques y, también con respecto a la profundidad del suelo (010 y 1020 cm). El bosque sobre arena-francosa asignó más carbono a las raíces finas que el bosque sobre arcillas. La producción de raíces finas en el bosque sobre arena-francosa fue dos veces más alta (media ± error estándar = 2.98 ± 0.36 y 3.33 ± 0.69 Mg C ha1 año1, con el método 1 y 2, respectivamente), que para el bosque sobre arcillas, el suelo más fértil (1.51 ± 0.14, método 1, y desde 1.03 ± 0.31 a 1.36 ± 0.23 Mg C ha1 año1, método 2). Del mismo modo, el promedio de la masa de raíces finas fue tres veces mayor en el bosque sobre arena-francosa (5.47 ± 0.17 Mg C ha1) que en el suelo más fértil (de 1.52 ± 0.08 a 1.82 ± 0.09 Mg C ha1). La masa de las raíces finas también mostró un patrón temporal relacionado con la lluvia, mostrando que la producción de raíces finas disminuyó sustancialmente en el período seco del año 2005. Estos resultados sugieren que los recursos del suelo pueden desempeñar un papel importante en los patrones de la asignación del carbono entre los componentes aéreo y subterráneo de los bosques tropicales; y que el suelo no sólo influye en las diferencias en la masa de raíces finas y su producción, sino que también, en conjunto con la lluvia, sobre la estacionalidad de la producción. En el Capítulo 3 estimé y analicé los tres componentes de la asignación del carbono a nivel del ecosistema: la biomasa, la productividad primaria neta PPN, y su fraccionamiento, en los mismos bosques del Capítulo 2 (el bosque sobre arcillas y el bosque sobre arena-francosa). Encontré diferencias significativas en los patrones de la asignación del carbono entre los bosques; el bosque sobre arcillas presentó una mayor biomasa total y aérea, así como una PPN, que el bosque sobre arena-francosa. Sin embargo, la diferencia entre los dos bosques en términos de la productividad primaria neta total fue menor en comparación con las diferencias entre la biomasa total de los bosques, como consecuencia de las diferentes estrategias en la asignación del carbono a los componentes aéreo y subterráneo del bosque. La proporción o fracción de la PPN asignada a la nueva producción de follaje fue relativamente similar entre los dos bosques. Nuestros resultados de los incrementos de la biomasa aérea sugieren una posible compensación entre la asignación del carbono al crecimiento de las raíces finas versus el de la madera, a diferencia de la compensación comúnmente asumida entre la parte aérea y la subterránea en general. A pesar de estas diferencias entre los bosques en términos de los componentes de la asignación del carbono, el índice de área foliar fue relativamente similar entre ellos, lo que sugiere que el índice de área foliar es más un indicador de la PPN total que de la asignación de carbono entre componentes. En el Capítulo 4 evalué la variación espacial y temporal de los componentes de la asignación del carbono y la dinámica forestal de cinco tipos e bosques amazónicos y sus respuestas a fluctuaciones en la precipitación, lo cual es completamente relevante en el ciclo global del carbono y los procesos biogeoquímicos en general. Estas variaciones son así mismo importantes para evaluar los efectos de la sequía o eventos extremos sobre la dinámica natural de los bosques amazónicos. Evalué la variación interanual y la estacionalidad de los componentes de la asignación del carbono y la dinámica forestal durante el periodo 2004−2012, en cinco bosques maduros sobre diferentes suelos (arcilloso, franco-arcilloso, franco-arcilloso-arenoso, franco-arenoso y arena-francosa), todos bajo el mismo régimen local de precipitación en la Amazonia noroccidental (Colombia). Quería examinar sí estos bosques responden de forma similar a las fluctuaciones en la precipitación, tal y como pronostican muchos modelos. Consideré las siguientes preguntas: (i) ¿Existe una correlación entre los componentes de la asignación del carbono y la dinámica forestal con la precipitación? (ii) ¿Existe correlación entre los bosques? (iii) ¿Es el índice de área foliar (LAI) un indicador de las variaciones en la producción aérea o es un reflejo de los cambios en los patrones de la asignación del carbono entre bosques?. En general, la correlación entre los componentes aéreo y subterráneo de la asignación del carbono con la precipitación sugiere que los suelos juegan un papel importante en las diferencias espaciales y temporales de las respuestas de estos bosques a las variaciones en la precipitación. Por un lado, la mayoría de los bosques mostraron que los componentes aéreos de la asignación del carbono son susceptibles a las fluctuaciones en la precipitación; sin embargo, el bosque sobre arena-francosa solamente presentó correlación con la lluvia con el componente subterráneo (raíces finas). Por otra parte, a pesar de que el noroeste Amazónico es considerado sin una estación seca propiamente (definida como <100 mm meses −1), la hojarasca y la masa de raíces finas mostraron una alta variabilidad y estacionalidad, especialmente marcada durante la sequía del 2005. Además, los bosques del grupo de suelos francos mostraron que la hojarasca responde a retrasos en la precipitación, al igual que la masa de raíces finas del bosque sobre arena-francosa. En cuanto a la dinámica forestal, sólo la tasa de mortalidad del bosque sobre arena-francosa estuvo correlacionada con la precipitación (ρ = 0.77, P <0.1). La variabilidad interanual en los incrementos en el tallo y la biomasa de los individuos resalta la importancia de la mortalidad en la variación de los incrementos en la biomasa aérea. Sin embargo, las tasas de mortalidad y las proporciones de individuos muertos por categoría de muerte (en pie, caído de raíz, partido y desaparecido), no mostraron tendencias claras relacionadas con la sequía. Curiosamente, la hojarasca, el incremento en la biomasa aérea y las tasas de reclutamiento mostraron una alta correlación entre los bosques, en particular dentro del grupo de los bosques con suelos francos. Sin embargo, el índice de área foliar estimado para los bosques con suelos más contrastantes (arcilla y arena-francosa), no presentó correlación significativa con la lluvia; no obstante, estuvo muy correlacionado entre bosques; índice de área foliar no reflejó las diferencias en la asignación de los componentes del carbono, y su respuesta a la precipitación en estos bosques. Por último, los bosques estudiados muestran que el noroeste amazónico es susceptible a fenómenos climáticos, contrario a lo propuesto anteriormente debido a la ausencia de una estación seca propiamente dicha. ABSTRACT Studies of carbon allocation in forests provide essential information for understanding spatial and temporal differences in carbon cycling that can inform models and predict possible responses to changes in climate. Amazon forests play a particularly significant role in the global carbon balance, but there are still large uncertainties regarding abiotic controls on the rates of net primary production (NPP) and the allocation of photosynthetic products to different ecosystem components; and how the carbon allocation components of Amazon forests respond to extreme climate events. The overall objective of this thesis is to examine the carbon allocation components in old-growth tropical forests on contrasting soils, and under similar climatic conditions in two sites at the Amacayacu National Natural Park and the Zafire Biological Station, located in the north-western Amazon (Colombia). Measurements of above- and below-ground carbon allocation components (biomass, net primary production, and its partitioning) at the ecosystem level, and dynamics of tree mortality and recruitment were done along eight years (20042012) in six 1-ha plots established in five Amazon forest types on different soils (clay, clay-loam, sandy-clay-loam, sandy-loam and loamy-sand) to address specific questions detailed in the next paragraphs. In Chapter 2, I evaluated the hypothesis that as soil fertility increases the amount of carbon allocated to below-ground production (fine-roots) should decrease. To address this hypothesis the standing crop mass and production of fine-roots (<2 mm) were estimated by two methods: (1) ingrowth cores and, (2) sequential soil coring, during 2.2 years in the most contrasting forests: the clay-soil forest and the loamy-sand forest. We found that the standing crop fine-root mass and its production were significantly different between forests and also between soil depths (0–10 and 10–20 cm). The loamysand forest allocated more carbon to fine-roots than the clay-soil forest, with fine-root production in the loamy-sand forest twice (mean ± standard error = 2.98 ± 0.36 and 3.33 ± 0.69 Mg C ha −1 yr −1, method 1 and 2, respectively) as much as for the more fertile claysoil forest (1.51 ± 0.14, method 1, and from 1.03 ± 0.31 to 1.36 ± 0.23 Mg C ha −1 yr −1, method 2). Similarly, the average of standing crop fine-root mass was three times higher in the loamy-sand forest (5.47 ± 0.17 Mg C ha1) than in the more fertile soil (from 1.52 ± 0.08 a 1.82 ± 0.09 Mg C ha1). The standing crop fine-root mass also showed a temporal pattern related to rainfall, with the production of fine-roots decreasing substantially in the dry period of the year 2005. These results suggest that soil resources may play an important role in patterns of carbon allocation of below-ground components, not only driven the differences in the biomass and its production, but also in the time when it is produced. In Chapter 3, I assessed the three components of stand-level carbon allocation (biomass, NPP, and its partitioning) for the same forests evaluated in Chapter 2 (clay-soil forest and loamy-sand forest). We found differences in carbon allocation patterns between these two forests, showing that the forest on clay-soil had a higher aboveground and total biomass as well as a higher above-ground NPP than the loamy-sand forest. However, differences between the two types of forests in terms of stand-level NPP were smaller, as a consequence of different strategies in the carbon allocation of above- and below-ground components. The proportional allocation of NPP to new foliage production was relatively similar between the two forests. Our results of aboveground biomass increments and fine-root production suggest a possible trade-off between carbon allocation to fine-roots versus wood growth (as it has been reported by other authors), as opposed to the most commonly assumed trade-off between total above- and below-ground production. Despite these differences among forests in terms of carbon allocation components, the leaf area index showed differences between forests like total NPP, suggesting that the leaf area index is more indicative of total NPP than carbon allocation. In Chapter 4, I evaluated the spatial and temporal variation of carbon allocation components and forest dynamics of Amazon forests as well as their responses to climatic fluctuations. I evaluated the intra- and inter-annual variation of carbon allocation components and forest dynamics during the period 2004−2012 in five forests on different soils (clay, clay-loam, sandy-clay-loam, sandy-loam and loamy-sand), but growing under the same local precipitation regime in north-western Amazonia (Colombia). We were interested in examining if these forests respond similarly to rainfall fluctuations as many models predict, considering the following questions: (i) Is there a correlation in carbon allocation components and forest dynamics with precipitation? (ii) Is there a correlation among forests? (iii) Are temporal responses in leaf area index (LAI) indicative of variations of above-ground production or a reflection of changes in carbon allocation patterns among forests?. Overall, the correlation of above- and below-ground carbon allocation components with rainfall suggests that soils play an important role in the spatial and temporal differences of responses of these forests to rainfall fluctuations. On the one hand, most forests showed that the above-ground components are susceptible to rainfall fluctuations; however, there was a forest on loamy-sand that only showed a correlation with the below-ground component (fine-roots). On the other hand, despite the fact that north-western Amazonia is considered without a conspicuous dry season (defined as <100 mm month−1), litterfall and fine-root mass showed high seasonality and variability, particularly marked during the drought of 2005. Additionally, forests of the loam-soil group showed that litterfall respond to time-lags in rainfall as well as and the fine-root mass of the loamy-sand forest. With regard to forest dynamics, only the mortality rate of the loamy-sand forest was significantly correlated with rainfall (77%). The observed inter-annual variability of stem and biomass increments of individuals highlighted the importance of the mortality in the above-ground biomass increment. However, mortality rates and death type proportion did not show clear trends related to droughts. Interestingly, litterfall, above-ground biomass increment and recruitment rates of forests showed high correlation among forests, particularly within the loam-soil forests group. Nonetheless, LAI measured in the most contrasting forests (clay-soil and loamysand) was poorly correlated with rainfall but highly correlated between forests; LAI did not reflect the differences in the carbon allocation components, and their response to rainfall on these forests. Finally, the forests studied highlight that north-western Amazon forests are also susceptible to climate fluctuations, contrary to what has been proposed previously due to their lack of a pronounced dry season.

Effect of type of dietary carbohydrates on digestion, intestinal barrier and growth performance in 25-d weaned rabbits

Los objetivos globales de esta tesis han sido estudiar el efecto que los carbohidratos de la dieta ejercen sobre los rendimientos productivos, la barrera intestinal, y la digestión de animales destetados a 25 días de edad. Además se ha estudiado cuál es el mejor periodo para determinar la digestibilidad fecal tras el destete a esta edad. En el primer experimento se estudió el efecto de la fibra neutro detergente soluble (FNDS) sobre la barrera intestinal, digestión, microbiota intestinal y rendimientos productivos de gazapos en gazapos en la fase post-destete. Se diseñaron tres piensos isonutritivos en los que la única fuente de variación fueron los niveles de fibra soluble. A partir de una dieta control (AH) con 103 g/kg de materia seca de FNDS y alfalfa como fuente principal de fibra, se sustituyó la mitad de esta alfalfa por una mezcla de pulpa de remolacha y pulpa de manzana (75:25) en el pienso B-AP y por una mezcla de cascarilla y concentrado de proteína de soja (88:12) en el pienso OH, obteniéndose 131 y 79 g/kg de FNDS sobre materia seca, respectivamente. Los conejos se destetaron a 25 días y fueron alimentados con los piensos experimentales hasta los 35 días de edad, momento en el que se sacrificaron para la determinación de la digestibilidad ileal aparente (DIA) de la materia seca (MS), proteína bruta (PB) y almidón, la morfología de la mucosa, y actividad enzimática en el yeyuno, el tejido linfoide asociado a la mucosa, así como la microbiota intestinal. Para la determinación de la morfología de la mucosa se utilizaron adicionalmente 19 animales lactantes de 35 días de edad. Para el estudio de la tasa de mortalidad, se utilizaron 118 animales más por tratamiento que recibieron los piensos experimentales durante las dos semanas post-destete y posteriormente un pienso comercial hasta los 60 días de edad. Los animales recibieron durante todo el experimento medicación en el agua de bebida (100 ppm de apramicina sulfato y 120 ppm de tilosina tartrato). El nivel de fibra soluble mejoró los parámetros que se utilizaron para la caracterización del estado de la barrera intestinal. Los conejos alimentados con el mayor nivel de FNDS en el pienso presentaron una mayor longitud de los villi (P=0.001), un mayor ratio longitud villi/profundidad de las criptas (8.14; P=0.001), una mayor actividad disacaridásica (8671 μmol de glucosa/g de proteína; P=0.019), así como una mayor digestibilidad ileal (96.8%; P=0.002), observándose una reducción en el flujo ileal de almidón a medida que se incrementó el nivel de fibra soluble en el pienso (1,2 vs 0,5 g/d; P=0.001). Los animales lactantes a 35 días de edad presentaron un ratio longitud de villi/profundidad de las criptas menor que el observado en aquéllos alimentados con el pienso B-AP (6.70), pero superior al de los piensos AH y OH. Niveles inferiores de NDFS tendieron (P=0.074) a incrementar la respuesta inmune de tipo celular (linfocitos CD8+). El pienso también afectó a la producción de IL2 (CD25+; P=0.029; CD5+CD25+; P=0.057), pero sin llegar a establecerse una clara relación con el nivel de fibra soluble. La diversidad de la microbiota intestinal no se vio afectada por el pienso (P ≥ 0.38). Los animales alimentados con las piensos B-AP y AH presentaron una reducción en la frecuencia de detección de Clostridium perfringens tanto en íleon (P=0.062) como en ciego (4.3 vs. 17.6%, P =0.047), comparado con el pienso OH. Además la tasa de mortalidad (118 gazapos/pienso) disminuyó de 14.4% en el pienso OH a 5.1% en el pienso B-AP. Entre los 32 y los 35 días de edad se determinó la digestibilidad fecal aparente (14/pienso) de la materia seca (MS), energía bruta (EB), proteína bruta (PB), fibra neutro detergente (FND), fibra ácido detergente (FAD) y almidón. Este grupo, junto con otros nueve animales por tratamiento se utilizaron para determinar el peso del estómago y el ciego, la concentración cecal de ácidos grasos volátiles (AGV) y amoniaco (NH3), así como las tasas de similitud de la microbiota intestinal. Además se estudiaron los rendimientos productivos (35 animales/tratamiento) de los gazapos durante todo el período de cebo, consumiendo los piensos experimentales desde el destete hasta los 35 días y posteriormente un pienso comercial hasta los 60 días de edad. Niveles crecientes de FNDS mejoraron la digestibilidad fecal de la materia seca (MS) y energía (P<0.001). La inclusión FNDS aumentó de manera lineal el peso del contenido cecal (P=0.001) y el peso del aparato digestivo completo (P=0.008), y en los días previos al sacrificio disminuyó de manera lineal el consumo medio diario (P=0.040). Se observó además, una disminución lineal (P≤0.041) del pH del estómago. No se encontró relación entre el pH, la concentración y proporciones molares de AGV y el nivel de FNDS. El pienso pareció tener un efecto, incluso superior al de la madre, sobre la tasa de similitud de la microbiota, y los efectos fueron mayores a nivel cecal que ileal. La eficacia alimenticia aumentó de manera lineal en un 12% entre piensos extremos tras el destete (25- 39d) y en un 3% en el período global de cebo con niveles mayores de NDFS. El consumo medio diario durante la fase post-destete y durante todo el período de cebo, tendió a aumen tar (P≤0.079) con niveles mayores de FNDS, sin embargo no se apreció efecto sobre la ganancia media diaria (P≥0.15). En conclusión, el incremento del nivel de fibra soluble en el pienso parece resultar beneficioso para la salud del animal ya que mejora la integridad de la mucosa, y reduce la frecuencia de detección de potenciales patógenos como C. perfringens y Campylobacter spp. Conforme a estos resultados, debería tenerse en cuenta el contenido en fibra soluble en la formulación de piensos de conejos en la fase post-destete. El objetivo del segundo experimento fue determinar el efecto de la fuente de almidón sobre la digestión, la microbiota intestinal y los rendimientos productivos en conejos destetados con 25 días de edad. Se formularon tres piensos isonutritivos en los que se modificaron las principales fuentes de almidón: trigo crudo, trigo cocido y una combinación de trigo y arroz cocido. Dos grupos de 99 y 193 animales se destetaron con 25 días de edad. El primero de ellos se utilizó para la determinación de los parámetros productivos conforme al mismo protocolo seguido en el experimento anterior. El segundo de los grupos se utilizó para la determinación de la digestibilidad fecal de 32 a 35 d, la digestibilidad ileal aparente (DIA) a 35 d, la morfología de la mucosa intestinal, los parámetros de fermentación cecal; así como, la caracterización de la microbiota intestinal. Se utilizaron además dos grupos adicionales de animales 384 (medicados) y 177 (no medicados) para estudiar el efecto de la suplementación con antibióticos en el agua de bebida sobre la mortalidad. El procesado térmico del trigo mejoró ligeramente la digestibilidad ileal del almidón (P=0.020) pero no modificó el flujo final de almidón que alcanzó el ciego, observándose una mayor frecuencia de detección de Campylobacter spp. y Ruminococcus spp. en ciego (P≤0.023), pero sin cambios a nivel ileal. El procesado térmico del trigo no afectó tampoco a los parámetros productivos, la mortalidad, la digestibilidad ileal y fecal o la morfología de la mucosa. La sustitución parcial del trigo cocido por arroz cocido, penalizó la digestibilidad ileal del almidón (P=0.020) e incrementó el flujo ileal de este nutriente al ciego (P=0.007). Sin embargo no afectó a la mortalidad, pese a que se detectaron cambios en la microbiota tanto a nivel ileal como cecal, disminuyendo la frecuencia de detección de Campylobacter spp. (en íleon y ciego), Helicobacter spp. (en íleon) y Ruminococcus spp (en ciego) e incrementando Bacteroides spp. (en ciego) (P≤0.046). El empleo de arroz cocido en las piensos post-destete no tuvieron efectos sobre los parámetros productivos, la mortalidad, la digestibilidad ileal y fecal a excepción del almidón, o la morfología de la mucosa. La suplementación con antibiótico redujo la fre cuencia de detección de la mayoría de las bacterias estudiadas (P≤0.048), sobre todo para Campylobacter spp., Clostridium perfringens y Propionibacterium spp. (P≤0.048), observándose un efecto mayor a nivel ileal que cecal, lo que se asoció a la bajada significativa (P<0.001) de la mortalidad. En conclusión, los resultados de este experimento indican que la fuente de almidón afecta a la microbiota intestinal pero no influiye sobre la salud del animal. En relación al procesado, el uso de trigo cocido junto con arroz cocido no mejora los resultados obtenidos con trigo duro, si bienserían necesarios más experimentos que confirmaran este punto. El último de los experimentos se centró en un aspecto metodológico. Dado que, los conejos destetados presentan un patrón digestivo diferente al de un animal adulto resultado de su inmadurez digestiva, el objetivo buscado era tratar de determinar el mejor procedimiento para la determinación de la digestibilidad fecal en los gazapos en la fase post-destete. Para tal fin se utilizaron 15 animales/tratamiento de tres camadas diferentes que se destetaron con 25 días, suministrándoles un pienso comercial de crecimiento-cebo. Se registró el consumo medio diario y la excreción diaria de heces desde el día 25 hasta el día 40 de edad para la determinación de la digestibilidad de la MS. La camada afectó al consumo medio diario y la excreción de heces (P=0.013 y 0.014, respectivamente), observándose una tendencia (P=0.061) en la digestibilidad. La edad afectó (P<0.001) a todos estos factores, incrementándose de manera más evidente la excreción que la ingestión de materia seca en la primera semana de vida, para aumentar de forma paralela a partir de la segunda. La correlación entre el consumo medio diario fue mayor con la excreción de heces del mismo día que con la del día siguiente, por lo que se utilizó el primero para la determinación de la digestibilidad de la MS (MSd). La MSd disminuyó de manera lineal hasta los 32 días de edad (2.17±0.25 unidades porcentuales por día), mientras que permaneció constante desde los 32 a los 40 días (69.4±0.47%). Por otro lado, la desviación estándar de la MSd se redujo cuando se incrementó el período de recogida de 2 a 6 días en un 54%. Conforme a los resultados obtenidos, se puede concluir que no es aconsejable comenzar las pruebas de digestibilidad antes de los 32 días de edad y que el número de animales necesario para detectar diferencias significativas entre tratamientos dependerá del período de recogida de heces. ABSTRACT The global aim of this thesis has been to study the effect of dietary carbohydrates on growth, performance, digestion and intestinal barrier in 25-d weaned rabbits. In addition there has also been studied which is the best period to determine the fecal digestibility after weaning. The first experiment focused on the effect of Neutral Detergent Soluble Fibre (NDSF) on gut barrier function, digestion, intestinal microbiota and growth performance n rabbits in the post-weaning period. Three isonutritive diets which only varied in the levels of soluble fiber were formulated such as it described as follows: a control diet (AH) containing 103 g of neutral detergent soluble fiber, including alfalfa as main source of fiber, was replaced by a mixture of beet and apple pulp (75-25) in the B-AP diet and, by a mix of oat hulls and soybean protein concentrate (88:12) in the OH diet, resulting 131 and 79 g of NDFS/kg of dry matter, respectively. Rabbits, weaned at 25 days of age, were fed the experimental diets up to 35 days of age, moment in which they were slaughtered for apparent ileal digestibility (AID) of dry matter (DM), crude protein (CP) and starch, mucosa morphology, sucrose activity, characterization of lamina propria lymphocytes and intestinal microbiota. To assess mucosal morphology, 19 suckling 35-d-old rabbits were also used. For mortality study, besides these animals, 118 additional rabbits per treatment were fed the experimental diets for two weeks period and thereafter received a commercial diet until 60 days of age. Rabbits were water medicated during the whole experimental period (100 ppm de apramicine sulphate and 120 ppm of tylosine tartrate). Level of soluble fiber improved all the parameters used for the characterization of the intestinal barrier condition. Villous height of the jejunal mucosa increased with dietary soluble fiber (P=0.001). Villous height of jejunal mucosa increased with dietary soluble fiber (P = 0.001). Rabbits fed the highest level of soluble fiber (BA-P diet) showed the highest villous height/crypth depth ratio (8.14; P = 0.001), sucrase specific activity (8671 μmol glucose/ g protein; P = 0.019), and the greatest ileal starch digestibility (96.8%; P = 0.002). The opposite effects were observed in rabbits fed decreased levels of soluble fiber (AH and OH diets; 4.70, 5,848 μmol of glucose/g of protein, as average, respectively). The lowest ileal starch digestibility was detected for animal fed OH diet (93.2%). Suckling rabbits of the same age showed a lower villous height/crypt depth ratio (6.70) compared with the B-AP diet group, but this ration was higher that the AH or OH diet groups. Lower levels of soluble fiber tended (P = 0.074) to increase the cellular immune response (CD8+ lymphocytes). Diet affected IL-2 production (CD25+, P = 0.029; CD5+CD25+, P = 0.057), with no clear relationship between soluble fiber and IL-2. The intestinal microbiota biodiversity was not affected by diets (P ≥ 0.38). Animals fed B-AP and AH diets had a reduced cecal frequency of detection compatible with Campylobacter spp. (20.3 vs. 37.8, P = 0.074), and Clostridium perfringens (4.3 vs. 17.6%, P = 0.047), compared with the OH diet group. Moreover, the mortality rates decreased from 14.4 (OH diet) to 5.1% (B-AP diet) with the increased presence of soluble fiber in the diet. Between 32 and 35 days of age, faecal apparent digestibility of dry matter (DM), gross energy (GE), crude protein (CP), neutral detergent fiber (NDF), acid detergent fiber (ADF) and starch was determined (14/diet). This group, plus another nine rabbits/diet were used to determine weight of stomach and caecum and their contents, cecal fermentation traits and similarity rate (SR) of intestinal microbiota. Besides, growth performance parameters (35 rabbits/diet) were studied during the whole fattening period, in animals consuming the experimental feed after the weaning up to 35 days of age and later on a commercial diet up animals reached 60 days of age. Increasing levels of Neutral Detergent Soluble Fiber improved faecal dry matter and energy digestibility (P<0.001). NDSF inclusion improved linearly weight of the caecal content (P=0.001) and the total gastrointestinal tract (P=0.008), and in the previous days to slaughter a linear decrease of daily feed intake in diet with highest level of soluble fiber was also observed. Stomach pH decreased linearly with increasing levels of NDFS (P≤0.041). No relation between NDSF level on pH, concentration and molar proportion of VFA was found. Treatments appeared to influence the similarity rate of microbiota, even higher to mother effect. These effects were higher in ileum than in caecum. A linear positive effect of feed efficiency was observed, which increased around 12% in the two weeks post-weaning (25-39d) and 3% in the whole fattening period between extreme diets with highest levels of soluble fiber. Average daily feed intake during the two weeks after weaning and in the whole fattening period, tended (P≤0.079) to increase with highest levels of NDSF; although there were no effect on daily weight gain (≥0.15). In conclusion, an increase of soluble fiber in the feed seems to be beneficial for animal health, due to improve mucose integrity and reduce detection frequency of those poten tial pathogens like C. perfringens and Campylobacter spp. According to these results, level of soluble fiber should be taking care in feed rabbit formulation in the post-weaning period. The objective of the second experiment was to determine the effect of source of starch on digestion, intestinal microbiota and growth performance in twenty-five-day old weaned rabbits. To accomplish with this aim three iso-nutritive diets were formulated with different source of starch: raw wheat, boiled wheat and a combination of boiled wheat and boiled rice. Two groups of 99 and 193 rabbits were weaned at 25 days of age. The first group was used for growth performance determination following the same protocol than in previous experiment. The second group was used to determine faecal digestibility from 32 to 35 d, apparent ileal digestibility (AID) at 35 d, jejunal mucosa morphology, caecal fermentation traits and characterization of intestinal microbiota. For mortality, two additional groups of 384 (medicated) and 177 (not medicated) were used in order to study the effect of antibiotic water supply supplementation. Heat processing of starch slightly improved ileal digestibility of starch (P=0.020) but did not modify the flow of starch to the caecum. An increase in frequency of detection of Campylobacter spp. y Ruminococcus spp. was observed in the caecum (P≤0.023), with no changes at ileal level. Heat processing of wheat did not modify growth performance, mortality, ileal or faecal digestibility and mucosa morphology. Partial substitution of boiled wheat for boiled rice in the diet impaired ileal starch digestibility (P=0.020) and increased the ileal flow of this nutrient to the caecum (P=0.007). However, it did not affect mortality rate, although changes in the ileal and caecal intestinal microbiota were detected, decreasing the frequency of detection of Campylobacter spp. (both ileum and caecum), Helicobacter spp. (at ileum) and Ruminococcus spp (at caecum) and increasing the Bacteroides spp. (at caecum) (P≤0.046). The effect of boiled rice supplementation did not alter growth performance, mortality, ileal or faecal digestibility of other nutrients than starch, and mucosa morphology. Medication of rabbits reduced the ileal frequency of detection of most bacteria studied (P≤0.048), especially for Campylobacter spp., Clostridium perfringens y Propionibacterium spp. (P≤0.048), resulting the effect higher at ileal than caecal level and relating it with a strong reduction of mortality rate (P<0.001). In conclusion, the results of this experiment make think that the source of starch affects the intestinal microbiota but they do not seem to influence animal health. In relation to the effect of heat processed the use of cooked wheat or cooked rice it does not seem to im prove the results obtained with hard wheat, but there would be necessary more experiments that were confirming this point. The last experiment focused on a methodological aspect. Considering that, weaned rabbits have a different digestive pattern than older animals due to their digestive immaturity; the fixed objective was to determine the best procedure for faecal digestibility determination in young rabbits in the post-weaning period. Fifteen rabbits from 5 different litters were weaned at 25 days of age and fed with a commercial feed. Feed intake and faeces excretion were recorded daily from 25 to 40 days of age for dry matter digestibility (DMd) determination. Litter affected daily DM intake and excretion (P=0.013 y 0.014, respectively) and tended to affect DMd (P=0.061). Age affected all these factors (P<0.001), but ingestion increased slowly than dry matter excretion during the first week buth they evolved similarly in the second week. The correlation between daily feed intakes was higher with the faeces excretion of the day than with faeces excretion of the next day, and the first values were used to determine daily DMd. The DMd decreased linearly from weaning to 32 d of age (2.17±0.25 percentage units per day), whereas from 32 to 40 d remained constant (69.4±0.47%). On the other hand, average standard deviation of DMd decreased by 54% when the length of collection period increased from 2 to 6d. Consequently to the obtained results, it could be concluded that it would not be advisable to start digestibility trials before the 32 days of age and that the number of animals required to detect a significant difference among means would depend on the collection period.

Pulsatile blood flow interaction with arterial walls of aorta : autoregulation and impedance pressure boundary condition and its biomedical applications

Para las decisiones urgentes sobre intervenciones quirúrgicas en el sistema cardiovascular se necesitan simulaciones computacionales con resultados fiables y que consuman un tiempo de cálculo razonable. Durante años los investigadores han trabajado en diversos métodos numéricos de cálculo que resulten atractivos para los cirujanos. Estos métodos, precisos pero costosos desde el punto de vista del coste computacional, crean un desajuste entre la oferta de los ingenieros que realizan las simulaciones y los médicos que operan en el quirófano. Por otra parte, los métodos de cálculo más simplificados reducen el tiempo de cálculo pero pueden proporcionar resultados no realistas. El objetivo de esta tesis es combinar los conceptos de autorregulación e impedancia del sistema circulatorio, la interacción flujo sanguíneo-pared arterial y modelos geométricos idealizados tridimensionales de las arterias pero sin pérdida de realismo, con objeto de proponer una metodología de simulación que proporcione resultados correctos y completos, con tiempos de cálculo moderados. En las simulaciones numéricas, las condiciones de contorno basadas en historias de presión presentan inconvenientes por ser difícil conocerlas con detalle, y porque los resultados son muy sensibles ante pequeñas variaciones de dichas historias. La metodología propuesta se basa en los conceptos de autorregulación, para imponer la demanda de flujo aguas abajo del modelo en el ciclo cardiaco, y la impedancia, para representar el efecto que ejerce el flujo en el resto del sistema circulatorio sobre las arterias modeladas. De este modo las historias de presión en el contorno son resultados del cálculo, que se obtienen de manera iterativa. El método propuesto se aplica en una geometría idealizada del arco aórtico sin patologías y en otra geometría correspondiente a una disección Stanford de tipo A, considerando la interacción del flujo pulsátil con las paredes arteriales. El efecto de los tejidos circundantes también se incorpora en los modelos. También se hacen aplicaciones considerando la interacción en una geometría especifica de un paciente anciano que proviene de una tomografía computarizada. Finalmente se analiza una disección Stanford tipo B con tres modelos que incluyen la fenestración del saco. Clinicians demand fast and reliable numerical results of cardiovascular biomechanic simulations for their urgent pre-surgery decissions. Researchers during many years have work on different numerical methods in order to attract the clinicians' confidence to their colorful contours. Though precise but expensive and time-consuming methodologies create a gap between numerical biomechanics and hospital personnel. On the other hand, simulation simplifications with the aim of reduction in computational time may cause in production of unrealistic outcomes. The main objective of the current investigation is to combine ideas such as autoregulation, impedance, fluid-solid interaction and idealized geometries in order to propose a computationally cheap methodology without excessive or unrealistic simplifications. The pressure boundary conditions are critical and polemic in numerical simulations of cardiovascular system, in which a specific arterial site is of interest and the rest of the netwrok is neglected but represented by a boundary condition. The proposed methodology is a pressure boundary condition which takes advantage of numerical simplicity of application of an imposed pressure boundary condition on outlets, while it includes more sophisticated concepts such as autoregulation and impedance to gain more realistic results. Incorporation of autoregulation and impedance converts the pressure boundary conditions to an active and dynamic boundary conditions, receiving feedback from the results during the numerical calculations and comparing them with the physiological requirements. On the other hand, the impedance boundary condition defines the shapes of the pressure history curves applied at outlets. The applications of the proposed method are seen on idealized geometry of the healthy arotic arch as well as idealized Stanford type A dissection, considering the interaction of the arterial walls with the pulsatile blood flow. The effect of surrounding tissues is incorporated and studied in the models. The simulations continue with FSI analysis of a patient-specific CT scanned geometry of an old individual. Finally, inspiring of the statistic results of mortality rates in Stanford type B dissection, three models of fenestrated dissection sac is studied and discussed. Applying the developed boundary condition, an alternative hypothesis is proposed by the author with respect to the decrease in mortality rates in patients with fenestrations.