Beyond filtered backprojection: a reconstruction software package for ion beam microtomography data

A new version of the TomoRebuild data reduction software package is presented, for the reconstruction of scanning transmission ion microscopy tomography (STIMT) and particle induced X-ray emission tomography (PIXET) images. First, we present a state of the art of the reconstruction codes available for ion beam microtomography. The algorithm proposed here brings several advantages. It is a portable, multi-platform code, designed in C++ with well-separated classes for easier use and evolution. Data reduction is separated in different steps and the intermediate results may be checked if necessary. Although no additional graphic library or numerical tool is required to run the program as a command line, a user friendly interface was designed in Java, as an ImageJ plugin. All experimental and reconstruction parameters may be entered either through this plugin or directly in text format files. A simple standard format is proposed for the input of experimental data. Optional graphic applications using the ROOT interface may be used separately to display and fit energy spectra. Regarding the reconstruction process, the filtered backprojection (FBP) algorithm, already present in the previous version of the code, was optimized so that it is about 10 times as fast. In addition, Maximum Likelihood Expectation Maximization (MLEM) and its accelerated version Ordered Subsets Expectation Maximization (OSEM) algorithms were implemented. A detailed user guide in English is available. A reconstruction example of experimental data from a biological sample is given. It shows the capability of the code to reduce noise in the sinograms and to deal with incomplete data, which puts a new perspective on tomography using low number of projections or limited angle.

Explotación de servicios de la Infraestructura de Datos Espaciales de España (IDEE) en dispositivos móviles

En los últimos años el número de dispositivos móviles y smartphones ha aumentado drásticamente, así como el número de aplicaciones destinadas a estos. Los desarrolladores siempre se han visto frenados en la creación de estas aplicaciones debido a la complejidad que supone la diversidad de sistemas operativos (Android, iOS, Windows Phone, etc), que utilizan lenguajes de programación diferentes, haciendo que, para poder desarrollar una aplicación que funcione en estas plataformas, en verdad haya que implementar una aplicación independiente para cada una de las plataformas. Para solucionar este problema han surgido frameworks, como Appcelerator Titanium, que permiten escribir una sola vez la aplicación y compilarla para las diferentes plataformas móviles objetivo. Sin embargo, estos frameworks están aún en estado muy temprano de desarrollo, por lo que no resuelven toda la problemática ni dan una respuesta completa a los desarrolladores. El objetivo de este Trabajo de Fin de Grado ha sido contribuir a la evolución de estos frameworks mediante la creación de un módulo para Appcelerator Titanium que permita construir de manera ágil aplicaciones multiplataforma que hagan uso de visualizadores de información geográfica. Para ello se propone el desarrollo de un módulo de mapa con soporte para capas WMS, rutas y polígonos en WKT, KML y GeoJSON. Se facilitará además que estas aplicaciones puedan acceder a capacidades del hardware como la brújula y el GPS para realizar un seguimiento de la localización, a la vez que se hace uso de la aceleración por el hardware subyacente para mejorar la velocidad y fluidez de la información visualizada en el mapa. A partir de este módulo se ha creado una aplicación que hace uso de todas sus características y posteriormente se ha migrado a la plataforma Wirecloud4Tablet como componente nativo que puede integrarse con otros componentes web (widgets) mediante técnicas de mashup. Gracias a esto se ha podido fusionar por un lado todas las ventajas que ofrece Wirecloud para el rápido desarrollo de aplicaciones sin necesidad de tener conocimientos de programación, junto con las ventajas que ofrecen las aplicaciones nativas en cuanto a rendimiento y características extras. Usando los resultados de este proyecto, se pueden crear de manera ágil aplicaciones composicionales nativas multiplataforma que hagan uso de visualización de información geográfica; es decir, se pueden crear aplicaciones en pocos minutos y sin conocimientos de programación que pueden ejecutar diferentes componentes (como el mapa) de manera nativa en múltiples plataformas. Se facilita también la integración de componentes nativos (como es el mapa desarrollado) con otros componentes web (widgets) en un mashup que puede visualizarse en dispositivos móviles mediante la plataforma Wirecloud. ---ABSTRACT---In recent years the number of mobile devices and smartphones has increased dramatically as well as the number of applications targeted at them. Developers always have been slowed in the creation of these applications due to the complexity caused by the diversity of operating systems (Android, iOS, Windows Phone, etc), each of them using different programming languages, so that, in order to develop an application that works on these platforms, the developer really has to implement a different application for each platform. To solve this problem frameworks such as Appcelerator Titanium have emerged, allowing developers to write the application once and to compile it for different target mobile platforms. However, these frameworks are still in very early stage of development, so they do not solve all the difficulties nor give a complete solution to the developers. The objective of this final year dissertation is to contribute to the evolution of these frameworks by creating a module for Appcelerator Titanium that permits to nimbly build multi-platform applications that make use of geographical information visualization. To this end, the development of a map module with support for WMS layers, paths, and polygons in WKT, KML, and GeoJSON is proposed. This module will also facilitate these applications to access hardware capabilities such as GPS and compass to track the location, while it makes use of the underlying hardware acceleration to improve the speed and fluidity of the information displayed on the map. Based on this module, it has been created an application that makes use of all its features and subsequently it has been migrated to the platform Wirecloud4Tablet as a native component that can be integrated with other web components (widgets) using mashup techniques. As a result, it has been fused on one side all the advantages Wirecloud provides for fast application development without the need of programming skills, along with the advantages of native apps, such as performance and extra features. Using the results of this project, compositional platform native applications that make use of geographical information visualization can be created in an agile way; ie, in a few minutes and without having programming skills, a developer could create applications that can run different components (like the map) natively on multiple platforms. It also facilitates the integration of native components (like the map) with other web components (widgets) in a mashup that can be displayed on mobile devices through the Wirecloud platform.

CumuloNimbo: A highly-scalable transaction processing platform as a service.

One of the main challenges facing next generation Cloud platform services is the need to simultaneously achieve ease of programming, consistency, and high scalability. Big Data applications have so far focused on batch processing. The next step for Big Data is to move to the online world. This shift will raise the requirements for transactional guarantees. CumuloNimbo is a new EC-funded project led by Universidad Politécnica de Madrid (UPM) that addresses these issues via a highly scalable multi-tier transactional platform as a service (PaaS) that bridges the gap between OLTP and Big Data applications.

Open multi-technology building energy management system

Energy Efficiency is one of the goals of the Smart Building initiatives. This paper presents an Open Energy Management System which consists of an ontology-based multi-technology platform and a wireless transducer network using 6LoWPAN communication technology. The system allows the integration of several building automation protocols and eases the development of different kind of services to make use of them. The system has been implemented and tested in the Energy Efficiency Research Facility at CeDInt-UPM.

A federated repository for PaaS components in a multi-cloud environment

Cloud computing has seen an impressive growth in recent years, with virtualization technologies being massively adopted to create IaaS (Infrastructure as a Service) public and private solutions. Today, the interest is shifting towards the PaaS (Platform as a Service) model, which allows developers to abstract from the execution platform and focus only on the functionality. There are several public PaaS offerings available, but currently no private PaaS solution is ready for production environments. To fill this gap a new solution must be developed. In this paper we present a key element for enabling this model: a cloud repository based on the OSGi component model. The repository stores, manages, provisions and resolves the dependencies of PaaS software components and services. This repository can federate with other repositories located in the same or different clouds, both private and public. This way, dependencies can be fulfilled collaboratively, and new business models can be implemented.

Bat-MP: An Ontology-Based Energy Management Platform

This paper presents an Ontology-Based multi-technology platform as part of an open energy management system which also comprises a wireless transducer network for control and monitoring. The platform allows the integration of several building automation protocols, eases the development and implementation of different kinds of services and allows sharing of the data of a building. The system has been implemented and tested in the Energy Efficiency Research Facility at CeDInt-UPM.

Evaluation and implementation of a hybrid cross-platform application combining mobile web-technologies and native device functions

Este Proyecto de Fin de Carrera presenta un prototipo de aplicación móvil híbrida multi-plataforma para Android y iOS. Las aplicaciones móviles híbridas son una combinación de aplicaciones web móviles y aplicaciones móviles nativas. Se desarrollan parcialmente con tecnologías web y pueden acceder a la capa nativa y sensores del teléfono. Para el usuario se presentan como aplicaciones nativas, ya que se pueden descargar de las tiendas de aplicaciones y son instaladas en el dispositivo. El prototipo consiste en la migración del módulo de noticias financieras de las aplicaciones actuales para móviles de una compañía bancaria reimplementándolo como aplicación híbrida utilizando uno de los entornos de desarrollo disponibles en el mercado para este propósito. El desarrollo de aplicaciones híbridas puede ahorrar tiempo y dinero cuando se pretende alcanzar más de una plataforma móvil. El objetivo es la evaluación de las ventajas e inconvenientes que ofrece el desarrollo de aplicaciones híbridas en términos de reducción de costes, tiempo de desarrollo y resultado final de la aplicación. El proyecto consta de varias fases. Durante la primera fase se realiza un estudio sobre las aplicaciones híbridas que podemos encontrar hoy en día en el mercado utilizando los ejemplos de linkedIn, Facebook y Financial times. Se hace hincapié en las tecnologías utilizadas, uso de la red móvil y problemas encontrados. Posteriormente se realiza una comparación de distintos entornos de desarrollo multi-plataforma para aplicaciones híbridas en términos de la estrategia utilizada, plataformas soportadas, lenguajes de programación, acceso a capacidades nativas de los dispositivos y licencias de uso. Esta primera fase da como resultado la elección del entorno de desarrollo más adecuado a las exigencias del proyecto, que es PhoneGap, y continua con un análisis más detallado de dicho entorno en cuanto a su arquitectura, características y componentes. La siguiente fase comienza con un estudio de las aplicaciones actuales de la compañía para extraer el código fuente necesario y adaptarlo a la arquitectura que tendrá la aplicación. Para la realización del prototipo se hace uso de la característica que ofrece PhoneGap para acceder a la capa nativa del dispositivo, esto es, el uso de plugins. Se diseña y desarrolla un plugin que permite acceder a la capa nativa para cada plataforma. Una vez desarrollado el prototipo para la plataforma Android, se migra y adapta para la plataforma iOS. Por último se hace una evaluación de los prototipos en cuanto a su facilidad y tiempo de desarrollo, rendimiento, funcionalidad y apariencia de la interfaz de usuario. ABSTRACT. This bachelor's thesis presents a prototype of a hybrid cross-platform mobile application for Android and iOS. Hybrid mobile applications are a combination of mobile web and mobile native applications. They are built partially with web technologies and they can also access native features and sensors of the device. For a user, they look like native applications as they are downloaded from the application stores and installed on the device. This prototype consists of the migration of the financial news module of current mobile applications from a financial bank reimplementing them as a hybrid application using one of the frameworks available in the market for that purpose. Development of applications on a hybrid way can help reducing costs and effort when targeting more than one platform. The target of the project is the evaluation of the advantages and disadvantages that hybrid development can offer in terms of reducing costs and efforts and the final result of the application. The project starts with an analysis of successfully released hybrid applications using the examples of linkedIn, Facebook and Financial Times, emphasizing the different used technologies, the transmitted network data and the encountered problems during the development. This analysis is followed by a comparison of most popular hybrid crossplatform development frameworks in terms of the different approaches, supported platforms, programming languages, access to native features and license. This first stage has the outcome of finding the development framework that best fits to the requirements of the project, that is PhoneGap, and continues with a deeper analysis of its architecture, features and components. Next stage analyzes current company's applications to extract the needed source code and adapt it to the architecture of the prototype. For the realization of the application, the feature that PhoneGap offers to access the native layer of the device is used. This feature is called plugin. A custom plugin is designed and developed to access the native layer of each targeted platform. Once the prototype is finished for Android, it is migrated and adapted to the iOS platform. As a final conclusion the prototypes are evaluated in terms of ease and time of development, performance, functionality and look and feel.

Real-Time Adaptive Multi-Classifier Multi-Resolution Visual Tracking Framework for Unmanned Aerial Vehicles

This paper presents a novel robust visual tracking framework, based on discriminative method, for Unmanned Aerial Vehicles (UAVs) to track an arbitrary 2D/3D target at real-time frame rates, that is called the Adaptive Multi-Classifier Multi-Resolution (AMCMR) framework. In this framework, adaptive Multiple Classifiers (MC) are updated in the (k-1)th frame-based Multiple Resolutions (MR) structure with compressed positive and negative samples, and then applied them in the kth frame-based Multiple Resolutions (MR) structure to detect the current target. The sample importance has been integrated into this framework to improve the tracking stability and accuracy. The performance of this framework was evaluated with the Ground Truth (GT) in different types of public image databases and real flight-based aerial image datasets firstly, then the framework has been applied in the UAV to inspect the Offshore Floating Platform (OFP). The evaluation and application results show that this framework is more robust, efficient and accurate against the existing state-of-art trackers, overcoming the problems generated by the challenging situations such as obvious appearance change, variant illumination, partial/full target occlusion, blur motion, rapid pose variation and onboard mechanical vibration, among others. To our best knowledge, this is the first work to present this framework for solving the online learning and tracking freewill 2D/3D target problems, and applied it in the UAVs.

Automated wordlength optimization framework for multi-source statistical interval-based analysis of nonlinear systems with control-flow structures

El uso de aritmética de punto fijo es una opción de diseño muy extendida en sistemas con fuertes restricciones de área, consumo o rendimiento. Para producir implementaciones donde los costes se minimicen sin impactar negativamente en la precisión de los resultados debemos llevar a cabo una asignación cuidadosa de anchuras de palabra. Encontrar la combinación óptima de anchuras de palabra en coma fija para un sistema dado es un problema combinatorio NP-hard al que los diseñadores dedican entre el 25 y el 50 % del ciclo de diseño. Las plataformas hardware reconfigurables, como son las FPGAs, también se benefician de las ventajas que ofrece la aritmética de coma fija, ya que éstas compensan las frecuencias de reloj más bajas y el uso más ineficiente del hardware que hacen estas plataformas respecto a los ASICs. A medida que las FPGAs se popularizan para su uso en computación científica los diseños aumentan de tamaño y complejidad hasta llegar al punto en que no pueden ser manejados eficientemente por las técnicas actuales de modelado de señal y ruido de cuantificación y de optimización de anchura de palabra. En esta Tesis Doctoral exploramos distintos aspectos del problema de la cuantificación y presentamos nuevas metodologías para cada uno de ellos: Las técnicas basadas en extensiones de intervalos han permitido obtener modelos de propagación de señal y ruido de cuantificación muy precisos en sistemas con operaciones no lineales. Nosotros llevamos esta aproximación un paso más allá introduciendo elementos de Multi-Element Generalized Polynomial Chaos (ME-gPC) y combinándolos con una técnica moderna basada en Modified Affine Arithmetic (MAA) estadístico para así modelar sistemas que contienen estructuras de control de flujo. Nuestra metodología genera los distintos caminos de ejecución automáticamente, determina las regiones del dominio de entrada que ejercitarán cada uno de ellos y extrae los momentos estadísticos del sistema a partir de dichas soluciones parciales. Utilizamos esta técnica para estimar tanto el rango dinámico como el ruido de redondeo en sistemas con las ya mencionadas estructuras de control de flujo y mostramos la precisión de nuestra aproximación, que en determinados casos de uso con operadores no lineales llega a tener tan solo una desviación del 0.04% con respecto a los valores de referencia obtenidos mediante simulación. Un inconveniente conocido de las técnicas basadas en extensiones de intervalos es la explosión combinacional de términos a medida que el tamaño de los sistemas a estudiar crece, lo cual conlleva problemas de escalabilidad. Para afrontar este problema presen tamos una técnica de inyección de ruidos agrupados que hace grupos con las señales del sistema, introduce las fuentes de ruido para cada uno de los grupos por separado y finalmente combina los resultados de cada uno de ellos. De esta forma, el número de fuentes de ruido queda controlado en cada momento y, debido a ello, la explosión combinatoria se minimiza. También presentamos un algoritmo de particionado multi-vía destinado a minimizar la desviación de los resultados a causa de la pérdida de correlación entre términos de ruido con el objetivo de mantener los resultados tan precisos como sea posible. La presente Tesis Doctoral también aborda el desarrollo de metodologías de optimización de anchura de palabra basadas en simulaciones de Monte-Cario que se ejecuten en tiempos razonables. Para ello presentamos dos nuevas técnicas que exploran la reducción del tiempo de ejecución desde distintos ángulos: En primer lugar, el método interpolativo aplica un interpolador sencillo pero preciso para estimar la sensibilidad de cada señal, y que es usado después durante la etapa de optimización. En segundo lugar, el método incremental gira en torno al hecho de que, aunque es estrictamente necesario mantener un intervalo de confianza dado para los resultados finales de nuestra búsqueda, podemos emplear niveles de confianza más relajados, lo cual deriva en un menor número de pruebas por simulación, en las etapas iniciales de la búsqueda, cuando todavía estamos lejos de las soluciones optimizadas. Mediante estas dos aproximaciones demostramos que podemos acelerar el tiempo de ejecución de los algoritmos clásicos de búsqueda voraz en factores de hasta x240 para problemas de tamaño pequeño/mediano. Finalmente, este libro presenta HOPLITE, una infraestructura de cuantificación automatizada, flexible y modular que incluye la implementación de las técnicas anteriores y se proporciona de forma pública. Su objetivo es ofrecer a desabolladores e investigadores un entorno común para prototipar y verificar nuevas metodologías de cuantificación de forma sencilla. Describimos el flujo de trabajo, justificamos las decisiones de diseño tomadas, explicamos su API pública y hacemos una demostración paso a paso de su funcionamiento. Además mostramos, a través de un ejemplo sencillo, la forma en que conectar nuevas extensiones a la herramienta con las interfaces ya existentes para poder así expandir y mejorar las capacidades de HOPLITE. ABSTRACT Using fixed-point arithmetic is one of the most common design choices for systems where area, power or throughput are heavily constrained. In order to produce implementations where the cost is minimized without negatively impacting the accuracy of the results, a careful assignment of word-lengths is required. The problem of finding the optimal combination of fixed-point word-lengths for a given system is a combinatorial NP-hard problem to which developers devote between 25 and 50% of the design-cycle time. Reconfigurable hardware platforms such as FPGAs also benefit of the advantages of fixed-point arithmetic, as it compensates for the slower clock frequencies and less efficient area utilization of the hardware platform with respect to ASICs. As FPGAs become commonly used for scientific computation, designs constantly grow larger and more complex, up to the point where they cannot be handled efficiently by current signal and quantization noise modelling and word-length optimization methodologies. In this Ph.D. Thesis we explore different aspects of the quantization problem and we present new methodologies for each of them: The techniques based on extensions of intervals have allowed to obtain accurate models of the signal and quantization noise propagation in systems with non-linear operations. We take this approach a step further by introducing elements of MultiElement Generalized Polynomial Chaos (ME-gPC) and combining them with an stateof- the-art Statistical Modified Affine Arithmetic (MAA) based methodology in order to model systems that contain control-flow structures. Our methodology produces the different execution paths automatically, determines the regions of the input domain that will exercise them, and extracts the system statistical moments from the partial results. We use this technique to estimate both the dynamic range and the round-off noise in systems with the aforementioned control-flow structures. We show the good accuracy of our approach, which in some case studies with non-linear operators shows a 0.04 % deviation respect to the simulation-based reference values. A known drawback of the techniques based on extensions of intervals is the combinatorial explosion of terms as the size of the targeted systems grows, which leads to scalability problems. To address this issue we present a clustered noise injection technique that groups the signals in the system, introduces the noise terms in each group independently and then combines the results at the end. In this way, the number of noise sources in the system at a given time is controlled and, because of this, the combinato rial explosion is minimized. We also present a multi-way partitioning algorithm aimed at minimizing the deviation of the results due to the loss of correlation between noise terms, in order to keep the results as accurate as possible. This Ph.D. Thesis also covers the development of methodologies for word-length optimization based on Monte-Carlo simulations in reasonable times. We do so by presenting two novel techniques that explore the reduction of the execution times approaching the problem in two different ways: First, the interpolative method applies a simple but precise interpolator to estimate the sensitivity of each signal, which is later used to guide the optimization effort. Second, the incremental method revolves on the fact that, although we strictly need to guarantee a certain confidence level in the simulations for the final results of the optimization process, we can do it with more relaxed levels, which in turn implies using a considerably smaller amount of samples, in the initial stages of the process, when we are still far from the optimized solution. Through these two approaches we demonstrate that the execution time of classical greedy techniques can be accelerated by factors of up to ×240 for small/medium sized problems. Finally, this book introduces HOPLITE, an automated, flexible and modular framework for quantization that includes the implementation of the previous techniques and is provided for public access. The aim is to offer a common ground for developers and researches for prototyping and verifying new techniques for system modelling and word-length optimization easily. We describe its work flow, justifying the taken design decisions, explain its public API and we do a step-by-step demonstration of its execution. We also show, through an example, the way new extensions to the flow should be connected to the existing interfaces in order to expand and improve the capabilities of HOPLITE.

Multi-textured 3D humanoid reconstruction through passive and active automatic techniques = Reconstrucción de humanoides 3D multi-texturados mediante técnicas pasivas y activas automáticas

The proliferation of video games and other applications of computer graphics in everyday life demands a much easier way to create animatable virtual human characters. Traditionally, this has been the job of highly skilled artists and animators that painstakingly model, rig and animate their avatars, and usually have to tune them for each application and transmission/rendering platform. The emergence of virtual/mixed reality environments also calls for practical and costeffective ways to produce custom models of actual people. The purpose of the present dissertation is bringing 3D human scanning closer to the average user. For this, two different techniques are presented, one passive and one active. The first one is a fully automatic system for generating statically multi-textured avatars of real people captured with several standard cameras. Our system uses a state-of-the-art shape from silhouette technique to retrieve the shape of subject. However, to deal with the lack of detail that is common in the facial region for these kind of techniques, which do not handle concavities correctly, our system proposes an approach to improve the quality of this region. This face enhancement technique uses a generic facial model which is transformed according to the specific facial features of the subject. Moreover, this system features a novel technique for generating view-independent texture atlases computed from the original images. This static multi-texturing system yields a seamless texture atlas calculated by combining the color information from several photos. We suppress the color seams due to image misalignments and irregular lighting conditions that multi-texturing approaches typically suffer from, while minimizing the blurring effect introduced by color blending techniques. The second technique features a system to retrieve a fully animatable 3D model of a human using a commercial depth sensor. Differently to other approaches in the current state of the art, our system does not require the user to be completely still through the scanning process, and neither the depth sensor is moved around the subject to cover all its surface. Instead, the depth sensor remains static and the skeleton tracking information is used to compensate the user’s movements during the scanning stage. RESUMEN La popularización de videojuegos y otras aplicaciones de los gráficos por ordenador en el día a día requiere una manera más sencilla de crear modelos virtuales humanos animables. Tradicionalmente, estos modelos han sido creados por artistas profesionales que cuidadosamente los modelan y animan, y que tienen que adaptar específicamente para cada aplicación y plataforma de transmisión o visualización. La aparición de los entornos de realidad virtual/mixta aumenta incluso más la demanda de técnicas prácticas y baratas para producir modelos 3D representando personas reales. El objetivo de esta tesis es acercar el escaneo de humanos en 3D al usuario medio. Para ello, se presentan dos técnicas diferentes, una pasiva y una activa. La primera es un sistema automático para generar avatares multi-texturizados de personas reales mediante una serie de cámaras comunes. Nuestro sistema usa técnicas del estado del arte basadas en shape from silhouette para extraer la forma del sujeto a escanear. Sin embargo, este tipo de técnicas no gestiona las concavidades correctamente, por lo que nuestro sistema propone una manera de incrementar la calidad en una región del modelo que se ve especialmente afectada: la cara. Esta técnica de mejora facial usa un modelo 3D genérico de una cara y lo modifica según los rasgos faciales específicos del sujeto. Además, el sistema incluye una novedosa técnica para generar un atlas de textura a partir de las imágenes capturadas. Este sistema de multi-texturización consigue un atlas de textura sin transiciones abruptas de color gracias a su manera de mezclar la información de color de varias imágenes sobre cada triángulo. Todas las costuras y discontinuidades de color debidas a las condiciones de iluminación irregulares son eliminadas, minimizando el efecto de desenfoque de la interpolación que normalmente introducen este tipo de métodos. La segunda técnica presenta un sistema para conseguir un modelo humano 3D completamente animable utilizando un sensor de profundidad. A diferencia de otros métodos del estado de arte, nuestro sistema no requiere que el usuario esté completamente quieto durante el proceso de escaneado, ni mover el sensor alrededor del sujeto para cubrir toda su superficie. Por el contrario, el sensor se mantiene estático y el esqueleto virtual de la persona, que se va siguiendo durante el proceso, se utiliza para compensar sus movimientos durante el escaneado.