Coevolución virus-planta: impacto de las infecciones virales en poblaciones silvestres de Chiltepín (capsicum annuum var. Aviculare (dierbach) d’arcy & eshbaugh) en México.

El impacto negativo que tienen los virus en las plantas hace que estos puedan ejercer un papel ecológico como moduladores de la dinámica espacio-temporal de las poblaciones de sus huéspedes. Entender cuáles son los mecanismos genéticos y los factores ambientales que determinan tanto la epidemiología como la estructura genética de las poblaciones de virus puede resultar de gran ayuda para la comprensión del papel ecológico de las infecciones virales. Sin embargo, existen pocos trabajos experimentales que hayan abordado esta cuestión. En esta tesis, se analiza el efecto de la heterogeneidad del paisaje sobre la incidencia de los virus y la estructura genética de sus poblaciones. Asimismo, se explora como dichos factores ambientales influyen en la importancia relativa que los principales mecanismos de generación de variabilidad genética (mutación, recombinación y migración) tienen en la evolución de los virus. Para ello se ha usado como sistema los begomovirus que infectan poblaciones de chiltepín (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D´Arcy & Eshbaugh) en México. Se analizó la incidencia de diferentes virus en poblaciones de chiltepín distribuidas a lo largo de seis provincias biogeográficas, representando el área de distribución de la especie en México, y localizadas en hábitats con diferente grado de intervención humana: poblaciones sin intervención humana (silvestres); poblaciones toleradas (lindes y pastizales), y poblaciones manejadas por el hombre (monocultivos y huertos familiares). Entre los virus analizados, los begomovirus mostraron la mayor incidencia, detectándose en todas las poblaciones y años de muestreo. Las únicas dos especies de begomovirus que se encontraron infectando al chiltepín fueron: el virus del mosaico dorado del chile (Pepper golden mosaic virus, PepGMV) y el virus huasteco del amarilleo de venas del chile (Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV). Por ello, todos los análisis realizados en esta tesis se centran en estas dos especies de virus. La incidencia de PepGMV y PHYVV, tanto en infecciones simples como mixtas, aumento cuanto mayor fue el nivel de intervención humana en las poblaciones de chiltepín, lo que a su vez se asoció con una menor biodiversidad y una mayor densidad de plantas. Además, la incidencia de infecciones mixtas, altamente relacionada con la presencia de síntomas, fue también mayor en las poblaciones cultivadas. La incidencia de estos dos virus también varió en función de la población de chiltepín y de la provincia biogeográfica. Por tanto, estos resultados apoyan una de las hipótesis XVI clásicas de la Patología Vegetal según la cual la simplificación de los ecosistemas naturales debida a la intervención humana conduce a un mayor riesgo de enfermedad de las plantas, e ilustran sobre la importancia de la heterogeneidad del paisaje a diferentes escalas en la determinación de patrones epidemiológicos. La heterogeneidad del paisaje no solo afectó a la epidemiología de PepGMV y PHYVV, sino también a la estructura genética de sus poblaciones. En ambos virus, el nivel de diferenciación genética mayor fue la población, probablemente asociado a la capacidad de migración de su vector Bemisia tabaci; y en segundo lugar la provincia biogeográfica, lo que podría estar relacionado con el papel del ser humano como agente dispersor de PepGMV y PHYVV. La estima de las tasas de sustitución nucleotídica de las poblaciones de PepGMV y PHYVV mostró una rápida dinámica evolutiva. Los árboles filogenéticos de ambos virus presentaron una topología en estrella, lo que sugiere una expansión reciente en las poblaciones de chiltepín. La reconstrucción de los patrones de migración de ambos virus indicó que ésta expansión parece haberse producido desde la zona central de México siguiendo un patrón radial, y en los últimos 30 años. Es importante tener en cuenta que el patrón espacial de la diversidad genética de las poblaciones de PepGMV y PHYVV es similar al descrito previamente para el chiltepín lo que podría dar lugar a la congruencia de las genealogías del huésped y la de los virus. Dicha congruencia se encontró cuando se tuvieron en cuenta únicamente las poblaciones de hábitats silvestres y tolerados, lo que probablemente se debe a una codivergencia en el espacio pero no en el tiempo, dado que la evolución de virus y huésped han ocurrido a escalas temporales muy diferentes. Finalmente, el análisis de la frecuencia de recombinación en PepGMV y PHYVV indicó que esta juega un papel importante en la evolución de ambos virus, dependiendo su importancia del nivel de intervención humana de la población de chiltepín. Este factor afectó también a la intensidad de la selección a la que se ven sometidos los genomas de PepGMV y PHYVV. Los resultados de esta tesis ponen de manifiesto la importancia que la reducción de la biodiversidad asociada al nivel de intervención humana de las poblaciones de plantas y la heterogeneidad del paisaje tiene en la emergencia de nuevas enfermedades virales. Por tanto, es necesario considerar estos factores ambientales a la hora de comprender la epidemiologia y la evolución de los virus de plantas.XVII SUMMARY Plant viruses play a key role as modulators of the spatio-temporal dynamics of their host populations, due to their negative impact in plant fitness. Knowledge on the genetic and environmental factors that determine the epidemiology and the genetic structure of virus populations may help to understand the ecological role of viral infections. However, few experimental works have addressed this issue. This thesis analyses the effect of landscape heterogeneity in the prevalence of viruses and the genetic structure of their populations. Also, how these environmental factors influence the relative importance of the main mechanisms for generating genetic variability (mutation, recombination and migration) during virus evolution is explored. To do so, the begomoviruses infecting chiltepin (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D'Arcy & Eshbaugh) populations in Mexico were used. Incidence of different viruses in chiltepin populations of six biogeographical provinces representing the species distribution in Mexico was determined. Populations belonged to different habitats according to the level of human management: populations with no human intervention (Wild); populations naturally dispersed and tolerated in managed habitats (let-standing), and human managed populations (cultivated). Among the analyzed viruses, the begomoviruses showed the highest prevalence, being detected in all populations and sampling years. Only two begomovirus species infected chiltepin: Pepper golden mosaic virus, PepGMV and Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV. Therefore, all the analyses presented in this thesis are focused in these two viruses. The prevalence of PepGMV and PHYVV, in single and mixed infections, increased with higher levels of human management of the host population, which was associated with decreased biodiversity and increased plant density. Furthermore, cultivated populations showed higher prevalence of mixed infections and symptomatic plants. The prevalence of the two viruses also varied depending on the chiltepin population and on the biogeographical province. Therefore, these results support a classical hypothesis of Plant Pathology stating that simplification of natural ecosystems due to human management leads to an increased disease risk, and illustrate on the importance of landscape heterogeneity in determining epidemiological patterns. Landscape heterogeneity not only affected the epidemiology of PepGMV and PHYVV, but also the genetic structure of their populations. Both viruses had the highest level of genetic differentiation at the population scale, probably associated with the XVIII migration patterns of its vector Bemisia tabaci, and a second level at the biogeographical province scale, which could be related to the role of humans as dispersal agents of PepGMV and PHYVV. The estimates of nucleotide substitution rates of the virus populations indicated rapid evolutionary dynamics. Accordingly, phylogenetic trees of both viruses showed a star topology, suggesting a recent diversification in the chiltepin populations. Reconstruction of PepGMV and PHYVV migration patterns indicated that they expanded from central Mexico following a radial pattern during the last 30 years. Importantly, the spatial genetic structures of the virus populations were similar to that described previously for the chiltepin, which may result in the congruence of the host and virus genealogies. Such congruence was found only in wild and let-standing populations. This is probably due to a co-divergence in space but not in time, given the different evolutionary time scales of the host and virus populations. Finally, the frequency of recombination detected in the PepGMV and PHYVV populations indicated that this mechanism plays an important role in the evolution of both viruses at the intra-specific scale. The level of human management had a minor effect on the frequency of recombination, but influenced the strength of negative selective pressures in the viral genomes. The results of this thesis highlight the importance of decreased biodiversity in plant populations associated with the level of human management and of landscape heterogeneity on the emergence of new viral diseases. Therefore it is necessary to consider these environmental factors in order to fully understand the epidemiology and evolution of plant viruses.

Object-based image analysis for mapping Natura 2000 habitats.

Clasificación de una imagen de alta resolución "Quickbird" con la técnica de análisis de imágenes en base a objetos.

Objects-based Image Analysis for Mapping Natura 2000 Habitats to Improve Forest Management.

Clasificación de una imagen de alta resolución "Quickbird" con la técnica de análisis de imágenes en base a objetos

Architectures for Video-on-Demand content distribution in managed networks

La demanda de contenidos de vídeo ha aumentado rápidamente en los últimos años como resultado del gran despliegue de la TV sobre IP (IPTV) y la variedad de servicios ofrecidos por los operadores de red. Uno de los servicios que se ha vuelto especialmente atractivo para los clientes es el vídeo bajo demanda (VoD) en tiempo real, ya que ofrece una transmisión (streaming) inmediata de gran variedad de contenidos de vídeo. El precio que los operadores tienen que pagar por este servicio es el aumento del tráfico en las redes, que están cada vez más congestionadas debido a la mayor demanda de contenidos de VoD y al aumento de la calidad de los propios contenidos de vídeo. Así, uno de los principales objetivos de esta tesis es encontrar soluciones que reduzcan el tráfico en el núcleo de la red, manteniendo la calidad del servicio en el nivel adecuado y reduciendo el coste del tráfico. La tesis propone un sistema jerárquico de servidores de streaming en el que se ejecuta un algoritmo para la ubicación óptima de los contenidos de acuerdo con el comportamiento de los usuarios y el estado de la red. Debido a que cualquier algoritmo óptimo de distribución de contenidos alcanza un límite en el que no se puede llegar a nuevas mejoras, la inclusión de los propios clientes del servicio (los peers) en el proceso de streaming puede reducir aún más el tráfico de red. Este proceso se logra aprovechando el control que el operador tiene en las redes de gestión privada sobre los equipos receptores (Set-Top Box) ubicados en las instalaciones de los clientes. El operador se reserva cierta capacidad de almacenamiento y streaming de los peers para almacenar los contenidos de vídeo y para transmitirlos a otros clientes con el fin de aliviar a los servidores de streaming. Debido a la incapacidad de los peers para sustituir completamente a los servidores de streaming, la tesis propone un sistema de streaming asistido por peers. Algunas de las cuestiones importantes que se abordan en la tesis son saber cómo los parámetros del sistema y las distintas distribuciones de los contenidos de vídeo en los peers afectan al rendimiento general del sistema. Para dar respuesta a estas preguntas, la tesis propone un modelo estocástico preciso y flexible que tiene en cuenta parámetros como las capacidades de enlace de subida y de almacenamiento de los peers, el número de peers, el tamaño de la biblioteca de contenidos de vídeo, el tamaño de los contenidos y el esquema de distribución de contenidos para estimar los beneficios del streaming asistido por los peers. El trabajo también propone una versión extendida del modelo matemático mediante la inclusión de la probabilidad de fallo de los peers y su tiempo de recuperación en el conjunto de parámetros del modelo. Estos modelos se utilizan como una herramienta para la realización de exhaustivos análisis del sistema de streaming de VoD asistido por los peers para la amplia gama de parámetros definidos en los modelos. Abstract The demand of video contents has rapidly increased in the past years as a result of the wide deployment of IPTV and the variety of services offered by the network operators. One of the services that has especially become attractive to the customers is real-time Video on Demand (VoD) because it offers an immediate streaming of a large variety of video contents. The price that the operators have to pay for this convenience is the increased traffic in the networks, which are becoming more congested due to the higher demand for VoD contents and the increased quality of the videos. Therefore, one of the main objectives of this thesis is finding solutions that would reduce the traffic in the core of the network, keeping the quality of service on satisfactory level and reducing the traffic cost. The thesis proposes a system of hierarchical structure of streaming servers that runs an algorithm for optimal placement of the contents according to the users’ behavior and the state of the network. Since any algorithm for optimal content distribution reaches a limit upon which no further improvements can be made, including service customers themselves (the peers) in the streaming process can further reduce the network traffic. This process is achieved by taking advantage of the control that the operator has in the privately managed networks over the Set-Top Boxes placed at the clients’ premises. The operator reserves certain storage and streaming capacity on the peers to store the video contents and to stream them to the other clients in order to alleviate the streaming servers. Because of the inability of the peers to completely substitute the streaming servers, the thesis proposes a system for peer-assisted streaming. Some of the important questions addressed in the thesis are how the system parameters and the various distributions of the video contents on the peers would impact the overall system performance. In order to give answers to these questions, the thesis proposes a precise and flexible stochastic model that takes into consideration parameters like uplink and storage capacity of the peers, number of peers, size of the video content library, size of contents and content distribution scheme to estimate the benefits of the peer-assisted streaming. The work also proposes an extended version of the mathematical model by including the failure probability of the peers and their recovery time in the set of parameters. These models are used as tools for conducting thorough analyses of the peer-assisted system for VoD streaming for the wide range of defined parameters.

Surveillance of habitats and plant diversity indicators across a regional gradient in the Iberian Peninsula

Dentro del Proyecto EBONE (Red de Observación de la Biodiversidad Europea) se analizan diferentes tipos de paisaje en varias zonas de Madrid y norte de Portugal. Se realiza un estudio de los habitats y la diversidad de especies con el objetivo principal de preservarlos y conservalos.