Uso de marcadores moleculares para la racionalización y evaluación de la calidad en las colecciones de Recursos Fitogenéticos de trigo

Esta tesis tiene dos objetivos generales: el primero, analizar el uso de proteínas del endospermo y SSRs para la racionalización de las colecciones de trigo, y el segundo, estudiar la influencia de las proteínas del endospermo, del año de cultivo y del abonado nitrogenado en la calidad en un grupo de variedades locales españolas. Dentro del primer objetivo, se estudió la diversidad genética de la colección de Triticum monococcum L. (escaña menor), y de una muestra de la colección de Triticum turgidum L. (trigo duro) del CRF-INIA, con 2 y 6 loci de gliadinas, y 6 y 24 SSRs, para la escaña menor y el trigo duro, respectivamente. Ambas colecciones presentaron una gran diversidad genética, con una gran diferenciación entre las variedades y pequeña dentro de ellas. Los loci de gliadinas mostraron una gran variabilidad, siendo los loci Gli-2 los más útiles para distinguir variedades. En la escaña menor, las gliadinas presentaron mayor poder de discriminación que los SSRs; aunque en trigo duro los SSRs identificaron más genotipos. El número de alelos encontrado fue alto; 24 y 38 en gliadinas, y 29 y 203 en SSRs, en escaña menor y trigo duro, respectivamente. En trigo duro, se identificaron 17 alelos nuevos de gliadinas lo que demuestra que el germoplasma español es muy singular. En ambas especies, se detectaron asociaciones entre la variación alélica en prolaminas y el origen geográfico y filogenético de las variedades. La utilidad de las proteínas (6 loci de gliadinas, 2 loci de gluteninas y proteína total) y de los SSRs (24 loci) para verificar duplicados, y analizar la variabilidad intraaccesión, se estudió en 23 casos de duplicados potenciales de trigo duro. Los resultados indicaron que tanto los biotipos como las accesiones duplicadas mostraban el mismo genotipo en gliadinas, pocas diferencias o ninguna en las subunidades de gluteninas HMW y proteína total, y diferencias en menos de tres loci de SSRs. El mismo resultado se obtuvo para los biotipos de la colección de T. monococcum. Sin embargo, las discrepancias observadas en algunos casos entre proteínas y SSRs demostraron la utilidad del uso conjunto de ambos tipos de marcadores. Tanto las proteínas como los SSRs mostraron gran concordancia con los caracteres agro-morfológicos, especialmente cuando las diferencias entre los genotipos eran grandes. Sin embargo, los caracteres agro-morfológicos fueron menos discriminantes que los marcadores moleculares. Para el segundo objetivo de la tesis, se analizó la variación alélica en siete loci de prolaminas relacionados con la calidad en trigo duro: Glu-A1 y Glu-B1 de gluteninas HMW, Glu-A3, Glu-B3 y Glu-B2 de gluteninas B-LMW, y Gli-A1 y Gli-B1 de gliadinas. La submuestra analizada incluía variedades locales de todas las provincias españolas donde se ha cultivado tradicionalmente el trigo duro. Todos los loci, excepto el Glu-B2, mostraron gran variabilidad genética, siendo los Glu-3 los más polimórficos. En total, se identificaron 65 alelos, de los que 29 eran nuevos, que representan una fuente importante de variabilidad genética para la mejora de la calidad. Se detectaron diferencias en la composición en prolaminas entre la convar. turgidum y la zona norte, y la convar. durum y la zona sur; el genotipo Glu-B3new-1 - Gli-B1new-1 fue muy común en la convar. turgidum, mientras que el Glu-B3a - Gli-B1c, asociado con mejor calidad, fue más frecuente en la convar. durum. En la convar. turgidum, se observó mayor variabilidad que en la convar. durum, principalmente en los loci Glu-B1 y Glu-B3, lo que indica que esta convariedad puede ser una fuente valiosa de nuevos alelos de gluteninas. Esta submuestra fue evaluada para calidad (contenido en proteína, P, y test de sedimentación, SDSS) con dos dosis de abonado nitrogenado (N), y en dos años diferentes. No se detectaron interacciones Variedad × Año, ni Variedad × N en la calidad. Para la P, los efectos ambientales (año y N) fueron mayores que el efecto de la variedad, siendo, en general, mayor la P con dosis altas de N. La variedad influyó más en el test SDSS, que no se vio afectado por el año ni el N. El aumento del contenido en proteína no influyó significativamente sobre la fuerza del gluten estimada con el SDSS. Respecto a la influencia de las prolaminas en la fuerza del gluten, se confirmó la superioridad del Glu-B3a; aunque también se detectó una influencia alta y positiva de los alelos nuevos Glu-A3new-1, y Glu-B3new-6 y new-9. La no correlación entre el rendimiento (evaluado en un trabajo anterior) y la P, en las variedades adaptadas a bajo N, permitió seleccionar cuatro variedades locales con alto rendimiento y buena fuerza del gluten para producción con bajo N. SUMMARY There are two main objectives in this thesis: The first, to analyse the use of endosperm proteins and SSRs to rationalize the wheat collections, and the second, to study the influence on quality of endosperm proteins, year and nitrogen fertilization in a group of Spanish landraces. For the first objective, we studied the genetic diversity of the collection of Triticum monococcum L. (cultivated einkorn), and of a sample of the collection of Triticum turgidum L. (durum wheat) maintained at the CRF-INIA. Two and 6 gliadin loci, and 6 and 24 SSRs, were used for einkorn and durum wheat, respectively. Both collections possessed a high genetic diversity, being the differentiation large between varieties and small within them. Gliadin loci showed great variability, being the loci Gli-2 the most useful for distinguish among varieties. In einkorn, the gliadins showed higher discrimination power than SSRs; although SSRs identified more genotypes in durum wheat. Large number of alleles were found; 24 and 38 in gliadins, and 29 and 203 in SSRs, for einkorn and durum wheat, respectively. In durum wheat, 17 new alleles of gliadins were identified, which indicate that Spanish durum wheat germplasm is rather unique. Some associations between prolamin alleles and geographical and phylogenetic origin of varieties were found in both species. The value of endosperm proteins (6 gliadin loci, 2 glutenin loci and total protein) and SSRs (24 loci) for validation of duplicates, and monitoring the intra-accession variability, was studied in 23 potential duplicates of durum wheat. The results indicated that biotypes and duplicated accessions showed identical gliadin genotype, few or none differences in HMW glutenin subunits and total protein, and less than three different SSR loci. A similar result was obtained for biotypes of T. monococcum. However, the discrepancies in some cases support the convenience to use together both marker systems. A good concordance among endosperm proteins, agro-morphological traits and SSRs were also found, mainly when differences between genotypes were high. However, agro-morphological traits discriminated less between accessions than molecular markers. For the second objective of the thesis, we analysed the allelic variation at seven prolamin loci, involved in durum wheat quality: Glu-A1 and Glu-B1 of HMW glutenin, Glu-A3, Glu-B3 and Glu-B2 of B-LMW glutenin, and Gli-A1 and Gli-B1 of gliadin. The subsample analysed included landraces from all the Spanish provinces where the crop was traditionally cultivated. All the loci, except for Glu-B2, showed high genetic variability, being Glu-3 the most polymorphic. A total of 65 alleles were studied, 29 of them being new, which represent an important source of variability for quality improvement. Differences in prolamin composition were detected between convar. turgidum and the North zone, and the convar. durum and the South zone; the genotype Glu-B3new-1 - Gli-B1new-1 was very common in the convar. turgidum, while the Glu- B3a - Gli-B1c, associated with better quality, was more frequent in the convar. durum. Higher variability was detected in the convar. turgidum than in the convar. durum, mainly at the Glu-B1 and Glu-B3, showing that this convariety could be a valuable source of new glutenin alleles. The subsample was evaluated for quality (protein content, P, and sedimentation test, SDSS) with two doses of nitrogen fertiliser (N), and in two different years. No significant Variety x Year or Variety x Nitrogen interactions were detected. For P, environmental (year and N) effects were higher than variety effect, being P values , in general, larger with high dose of N. The variety exhibited a strong influence on SDSS test, which was not affected by year and N. Increasing values of P did not significantly influence on gluten strength, estimated with the SDSS. Respect to the prolamin effects on gluten strength, the superiority of Glu-B3a was confirmed; although a high positive effect of the new alleles Glu-A3new-1, and Glu-B3new-6 and new-9 was also detected. The no correlation between yield (evaluated in a previous research) and P, in the landraces adapted to low N, allowed to select four landraces with high yield and high gluten strength for low N production.

Selección de escritos sociotécnicos sobre tecnologías de la información (especialmente informática)

Se compone de quince documentos sobre tecnologías de la información

La historia del oso de las cavernas: vida y muerte de un animal desaparecido

El título de este libro «La historia del oso de las cavernas: vida y muerte de un animal desaparecido» no es una feliz ocurrencia. Es una traducción del libro escrito por el paleontólogo fmés BjomKurten (1924-88) de la Universidad de Helsinki: The cave bear story: life and death of a vanished animal (Columbia University Press 1976) que, junto con innumerables artículos científicos, fueron inspiración de mi trabajo de investigación. No llegué a conocerle personalmente pero mantuve con él una relación epistolar y me ofreció sugerencias interesantes e, incluso, material en préstamo, el año de su muerte. El título del libro es más largo ya que reconcoce la contribución del yacimiento de Amutxate a esta historia. Como editor de este libro creo que, además de la satisfacción que me ha producido su escritura y coordinación, llega el momento de echar la vista atrás, recordar tantos buenos/malos momentos. He decidido hablar de buenos/malos momentos porque la espeleología, sea en su faceta científica o en la deportiva, consiste en una sucesión de vivencias en un ambiente hosti 1 que culmina con la satisfacción que produce el descubrimiento. En 1966 se produjo un hecho que marcó mi futuro participando en las exploraciones como miembro del GEM (Grupo Espeleológico de Minas) encontré mis primeros fósiles en la cueva del Reguerillo, cerca de Madrid. Esta cueva la excavé en 1971-1976 y, en años posteriores trabajé en otras muchas: Arrikrutz (Oñati, Guipúzcoa), Sima de los Huesos (Atapuerca, Burgos), Troskaeta (Ataun, Guipúzcoa), Los Osos (Tella-sin, Huesca), Eirós (Triacastela, Lugo ), La Lucia (Quintanilla, Cantabria), Santa Isabel (Ranero, Vizcaya) y, finalmente, Amutxate en la Sierra de Aralar.

Escritos desde la Arquitectura

Escrito desde la Arquitectura

La muerte del aura o el recurso de la ambigüedad como teorema

La muerte del aura o el recurso de la ambigüedad como teorema

Las primaveras de Ilión (escritos sobre arquitectura y ciudad,1990-2010)

Los textos que componen la presente edición, bajo el título de Las primaveras de Ilión, se agrupan en cuatro apartados epigrafiados en contenidos y direcciones diferentes. El primero, «Anphiteatrum», corresponde a diversos discursos académicos dictados con ocasión de acontecimientos culturales muy concretos y organizados cronológicamente como una secuencia de microensayos, apuntes de crítica cultural en torno al discurrir de la construcción de la arquitectura y a la ciudad. No sólo desde los avatares de las propias isciplinas formales o de los radiales mapas de la planificación.

[Comentario a la muerte de] Don Modesto López Otero

[Comentario a la muerte de] Don Modesto López Otero

La arquitectura cortés y otros escritos

La arquitectura cortés y otros escritos

Un estudio del adjetivo en un corpus de textos escritos en inglés y español pertenecientes al discurso de especialidad de las Tecnologías de la Información y las Comunicaciones

Esta investigación se enmarca dentro de los denominados lenguajes de especialidad que para esta tesis será el de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC). De todos los aspectos relacionados con el estudio de estos lenguajes que pudieran tener interés lingüístico ha primado el análisis del componente terminológico. Tradicionalmente la conceptualización de un campo del saber se representaba mayoritariamente a través del elemento nominal, así lo defiende la Teoría General de la Terminología (Wüster, 1968). Tanto la lexicología como la lexicografía han aportado importantes contribuciones a los estudios terminológicos para la identificación del componente léxico a través del cual se transmite la información especializada. No obstante esos primeros estudios terminológicos que apuntaban al sustantivo como elmentos denominativo-conceptual, otras teorías más recientes, entre las que destacamos la Teoría Comunicativa de la Terminología (Cabré, 1999) identifican otras estructuras morfosintácticas integradas por otros elementos no nominales portadores igualmente de esa carga conceptual. A partir de esta consideración, hemos seleccionado para este estudio el adjetivo relacional en tanto que representa otra categoría gramatical distinta al sustantivo y mantiene un vínculo con éste debido a su procedencia. Todo lo cual puede suscitar cierto interés terminológico. A través de esta investigación, nos hemos propuesto demostrar las siguientes hipótesis: 1. El adjetivo relacional aporta contenido especializado en su asociación con el componente nominal. 2. El adjetivo relacional es portador de un valor semántico que hace posible identificar con más precisión la relación conceptual de los elementos -adjetivo y sustantivo - de la combinación léxica resultante, especialmente en algunas formaciones ambiguas. 3. El adjetivo relacional, como modificador natural del sustantivo al que acompaña, podría imponer cierta restricción en sus combinaciones y, por tanto, hacer una selección discriminada de los integrantes de la combinación léxica especializada. Teniendo en cuenta las anteriores hipótesis, esta investigación ha delimitado y caracterizado el segmento léxico objeto de estudio: la ‘combinación léxica especializada (CLE)’ formalmente representada por la estructura sintáctica [adjR+n], en donde adjR es el adjetivo y n el sustantivo al que acompaña. De igual forma hemos descrito el marco teórico desde el que abordar nuestro análisis. Se trata de la teoría del Lexicón Generatvio (LG) y de la representación semántica (Pustojovsky, 1995) que propone como explicación de la generación de significados. Hemos analizado las distintas estructuras de representación léxica y en especial la estructura qualia a través de la cual hemos identificado la relación semántica que mantienen los dos ítems léxicos [adjR+n] de la estructura sintáctica de nuestro estudio. El estudio semántico de las dos piezas léxicas ha permitido, además, comprobar el valor denominativo del adjetivo en la combinación. Ha sido necesario elaborar un corpus de textos escritos en inglés y español pertenecientes al discurso de especialidad de las TIC. Este material ha sido procesado para nuestros fines utilizando distintas herramientas electrónicas. Se ha hecho uso de lexicones electrónicos, diccionarios online generales y de especialidad y corpus de referencia online, estos últimos para poder eventualmente validad nuetros datos. Asimismo se han utilizado motores de búsqueda, entre ellos WordNet Search 3.1, para obtener la información semántica de nuestros elementos léxicos. Nuestras conclusiones han corroborado las hipótesis que se planteaban en esta tesis, en especial la referente al valor denominativo-conceptual del adjetivo relacional el cual, junto con el sustantivo al que acompaña, forma parte de la representación cognitiva del lenguaje de especialidad de las TIC. Como continuación a este estudio se proponen sugerencias sobre líneas futuras de investigación así como el diseño de herramientas informáticas que pudieran incorporar estos datos semánticos como complemento de los ítems léxicos dotados de valor denominativo-conceptual. ABSTRACT This research falls within the field of the so-called Specialized Languages which for the purpose of this study is the Information and Communication Technology (ICT) discourse. Considering their several distinguishing features terminology concentrates our interest from the point of view of linguistics. It is broadly assumed that terms represent concepts of a subject field. For the classical view of terminology (Wüster, 1968) these terms are formally represented by nouns. Both lexicology and terminology have made significant contributions to the study of terms. Later research as well as other theories on Terminology such as the Communicative Theory of Terminology (Cabré, 1993) have shown that other lexical units can also represent knowledge organization. On these bases, we have focused our research on the relational adjective which represents a functional unit different from a noun while still connected to the noun by means of its nominal root. This may have a potential terminological interest. Therefore the present research is based on the next hypotheses: 1. The relational adjective conveys specialized information when combined with the noun. 2. The relational adjective has a semantic meaning which helps understand the conceptual relationship between the adjective and the noun being modified and disambiguate certain senses of the resulting lexical combination. 3. The relational adjective may impose some restrictions when choosing the nouns it modifies. Considering the above hypotheses, this study has identified and described a multi-word lexical unit pattern [Radj+n] referred to as a Specialized Lexical Combination (SLC) linguistically realized by a relational adjective, Radj, and a noun, n. The analysis of such a syntactic pattern is addressed from the framework of the Generative Lexicon (Pustojovsky, 1995). Such theory provides several levels of semantic description which help lexical decomposition performed generatively. These levels of semantic representation are connected through generative operations or generative devices which account for the compositional interpretation of any linguistic utterance in a given context. This study analyses these different levels and focuses on one of them, i.e. the qualia structure since it may encode the conceptual meaning of the syntactic pattern [Radj+n]. The semantic study of these two lexical items has ultimately confirmed the conceptual meaning of the relational adjective. A corpus made of online ICT articles from magazines written in English and Spanish – some being their translations - has been used for the word extraction. For this purpose some word processing software packages have been employed. Moreover online general language and specialized language dictionaries have been consulted. Search engines, namely WordNet Search 3.1, have been also exploited to find the semantic information of our lexical units. Online reference corpora in English and Spanish have been used for a contrastive analysis of our data. Finally our conclusions have confirmed our initial hypotheses, i.e. relational adjectives are specialized lexical units which together with the nouns are part of the knowledge representation of the ICT subject field. Proposals for new research have been made together with some other suggestions for the design of computer applications to visually show the conceptual meaning of certain lexical units.

Modelado y Comparación de Colecciones en la Web Semántica

En esta tesis se estudia la representación, modelado y comparación de colecciones mediante el uso de ontologías en el ámbito de la Web Semántica. Las colecciones, entendidas como agrupaciones de objetos o elementos con entidad propia, son construcciones que aparecen frecuentemente en prácticamente todos los dominios del mundo real, y por tanto, es imprescindible disponer de conceptualizaciones de estas estructuras abstractas y de representaciones de estas conceptualizaciones en los sistemas informáticos, que definan adecuadamente su semántica. Mientras que en muchos ámbitos de la Informática y la Inteligencia Artificial, como por ejemplo la programación, las bases de datos o la recuperación de información, las colecciones han sido ampliamente estudiadas y se han desarrollado representaciones que responden a multitud de conceptualizaciones, en el ámbito de la Web Semántica, sin embargo, su estudio ha sido bastante limitado. De hecho hasta la fecha existen pocas propuestas de representación de colecciones mediante ontologías, y las que hay sólo cubren algunos tipos de colecciones y presentan importantes limitaciones. Esto impide la representación adecuada de colecciones y dificulta otras tareas comunes como la comparación de colecciones, algo crítico en operaciones habituales como las búsquedas semánticas o el enlazado de datos en la Web Semántica. Para solventar este problema esta tesis hace una propuesta de modelización de colecciones basada en una nueva clasificación de colecciones de acuerdo a sus características estructurales (homogeneidad, unicidad, orden y cardinalidad). Esta clasificación permite definir una taxonomía con hasta 16 tipos de colecciones distintas. Entre otras ventajas, esta nueva clasificación permite aprovechar la semántica de las propiedades estructurales de cada tipo de colección para realizar comparaciones utilizando las funciones de similitud y disimilitud más apropiadas. De este modo, la tesis desarrolla además un nuevo catálogo de funciones de similitud para las distintas colecciones, donde se han recogido las funciones de (di)similitud más conocidas y también algunas nuevas. Esta propuesta se ha implementado mediante dos ontologías paralelas, la ontología E-Collections, que representa los distintos tipos de colecciones de la taxonomía y su axiomática, y la ontología SIMEON (Similarity Measures Ontology) que representa los tipos de funciones de (di)similitud para cada tipo de colección. Gracias a estas ontologías, para comparar dos colecciones, una vez representadas como instancias de la clase más apropiada de la ontología E-Collections, automáticamente se sabe qué funciones de (di)similitud de la ontología SIMEON pueden utilizarse para su comparación. Abstract This thesis studies the representation, modeling and comparison of collections in the Semantic Web using ontologies. Collections, understood as groups of objects or elements with their own identities, are constructions that appear frequently in almost all areas of the real world. Therefore, it is essential to have conceptualizations of these abstract structures and representations of these conceptualizations in computer systems, that define their semantic properly. While in many areas of Computer Science and Artificial Intelligence, such as Programming, Databases or Information Retrieval, the collections have been extensively studied and there are representations that match many conceptualizations, in the field Semantic Web, however, their study has been quite limited. In fact, there are few representations of collections using ontologies so far, and they only cover some types of collections and have important limitations. This hinders a proper representation of collections and other common tasks like comparing collections, something critical in usual operations such as semantic search or linking data on the Semantic Web. To solve this problem this thesis makes a proposal for modelling collections based on a new classification of collections according to their structural characteristics (homogeneity, uniqueness, order and cardinality). This classification allows to define a taxonomy with up to 16 different types of collections. Among other advantages, this new classification can leverage the semantics of the structural properties of each type of collection to make comparisons using the most appropriate (dis)similarity functions. Thus, the thesis also develops a new catalog of similarity functions for the different types of collections. This catalog contains the most common (dis)similarity functions as well as new ones. This proposal is implemented through two parallel ontologies, the E-Collections ontology that represents the different types of collections in the taxonomy and their axiomatic, and the SIMEON ontology (Similarity Measures Ontology) that represents the types of (dis)similarity functions for each type of collection. Thanks to these ontologies, to compare two collections, once represented as instances of the appropriate class of E-Collections ontology, we can know automatically which (dis)similarity functions of the SIMEON ontology are suitable for the comparison. Finally, the feasibility and usefulness of this modeling and comparison of collections proposal is proved in the field of oenology, applying both E-Collections and SIMEON ontologies to the representation and comparison of wines with the E-Baco ontology.