MPEG-M: A Digital Media Ecosystem for Interoperable Applications

MPEG-M is a suite of ISO/IEC standards (ISO/IEC 23006) that has been developed under the auspices of Moving Picture Experts Group (MPEG). MPEG-M, also known as Multimedia Service Platform Technologies (MSPT), facilitates a collection of multimedia middleware APIs and elementary services as well as service aggregation so that service providers can offer users a plethora of innovative services by extending current IPTV technology toward the seamless integration of personal content creation and distribution, e-commerce, social networks and Internet distribution of digital media.

Quality-optimization algorithm based on stochastic dynamic programming for MPEG DASH video streaming

In contrast to traditional push-based protocols, adaptive streaming techniques like Dynamic Adaptive Streaming over HTTP (DASH) fix attention on the client, who dynamically requests different-quality portions of the content to cope with a limited and variable bandwidth but aiming at maximizing the quality perceived by the user. Since DASH adaptation logic at the client is not covered by the standard, we propose a solution based on Stochastic Dynamic Programming (SDP) techniques to find the optimal request policies that guarantee the users' Quality of Experience (QoE). Our algorithm is evaluated in a simulated streaming session and is compared with other adaptation approaches. The results show that our proposal outperforms them in terms of QoE, requesting higher qualities on average.

Cabecera de televisión por cable

En el presente proyecto se realiza un estudio para la construcción de una cabecera de televisión por cable. Se trata de un proyecto puramente teórico en el que se especifican cada una de las partes que forman una cabecera de televisión y cómo funciona cada una de ellas. En un principio, se sitúa la cabecera de televisión dentro de una plataforma general de transmisión, para indicar sus funciones. Posteriormente, se analizan las distintas tecnologías que implementan esta transmisión y los estándares DVB que las rigen, como son DVB-C y DVB-C2 para las transmisiones por cable propiamente dichas y DVB-IPTV para las transmisiones por IP, para elegir cuál de las opciones es la más acertada y adaptar la cabecera de televisión a la misma. En cuanto al desarrollo teórico de la cabecera, se estudia el proceso que sigue la señal dentro de la misma, desde la recepción de los canales hasta el envío de los mismos hacia los hogares de los distintos usuarios, pasando previamente por las etapas de codificación y multiplexación. Además, se especifican los equipos necesarios para el correcto funcionamiento de cada una de las etapas. En la recepción, se reciben los canales por cada uno de los medios posibles (satélite, cable, TDT y estudio), que son demodulados y decodificados por el receptor. A continuación, son codificados (en este proyecto en MPEG-2 o H.264) para posteriormente ser multiplexados. En la etapa de multiplexación, se forma una trama Transport Stream por cada canal, compuesta por su flujo de video, audio y datos. Estos datos se trata de una serie de tablas (SI y PSI) que guían al set-topbox del usuario en la decodificación de los programas (tablas PSI) y que proporcionan información de cada uno de los mismos y del sistema (tablas SI). Con estas últimas el decodificador forma la EPG. Posteriormente, se realiza una segunda multiplexación, de forma que se incluyen múltiples programas en una sola trama Transport Stream (MPTS). Estos MPTS son los flujos que les son enviados a cada uno de los usuarios. El mecanismo de transmisión es de dos tipos en función del contenido y los destinatarios: multicast o unicast. Por último, se especifica el funcionamiento básico de un sistema de acceso condicional, así como su estructura, el cual es imprescindible en todas las cabeceras para asegurar que cada usuario solo visualiza los contenidos contratados. In this project, a study is realized for the cable television head-end construction . It is a theoretical project in which there are specified each of the parts that form a television headend and how their works each of them. At first, the television head-end places inside a general platform of transmission, to indicate its functions. Later, the different technologies that implement this transmission and the standards DVB that govern them are analyzed, since the standards that govern the cable transmissions (DVB-C and DVB-C2) to the standard that govern the IP transmissions (DVB-IPTV), to choose which of the options is the most guessed right and to adapt the television head-end to the same one. The theoretical development of the head-end, there is studied the process that follows the sign inside the same one, from the receipt of the channels up to the sending of the same ones towards the homes of the different users, happening before for the stages of codification and multiplexación. In addition, there are specified the equipments necessary for the correct functioning of each one of the stages. In the reception, the channels are receiving for each of the possible systems(satellite, cable, TDT and study), and they are demodulated and decoded by the receiver. Later, they are codified (in this project in MPEG-2 or H.264). The next stage is the stage of multiplexing. In the multiplexing stage, the channels are packetized in Transport Stream, composed by his video flow, audio and information. The information are composed by many tables(SI and PSI). The PSI tables guide the set-top-box of the user in the programs decoding and the SI tables provide information about the programs and system. With the information mentioned the decoder forms the EPG. Later, a second multiplexación is realized, so that there includes multiple programs in an alone Transport Stream (MPTS). These MPTS are the flows that are sent to each of the users. Two types of transmission are possible: unicast (VoD channels) and multicast (live channels). Finally, the basic functioning of a conditional access system is specified and his structure too, which is indispensable in all the head-end to assure that every users visualizes the contracted contents only.

Exploration of RVC applications using an ARM multicore processor = Exploración de aplicaciones RVC empleando un procesador ARM multinúcleo

Single core capabilities have reached their maximum clock speed; new multicore architectures provide an alternative way to tackle this issue instead. The design of decoding applications running on top of these multicore platforms and their optimization to exploit all system computational power is crucial to obtain best results. Since the development at the integration level of printed circuit boards are increasingly difficult to optimize due to physical constraints and the inherent increase in power consumption, development of multiprocessor architectures is becoming the new Holy Grail. In this sense, it is crucial to develop applications that can run on the new multi-core architectures and find out distributions to maximize the potential use of the system. Today most of commercial electronic devices, available in the market, are composed of embedded systems. These devices incorporate recently multi-core processors. Task management onto multiple core/processors is not a trivial issue, and a good task/actor scheduling can yield to significant improvements in terms of efficiency gains and also processor power consumption. Scheduling of data flows between the actors that implement the applications aims to harness multi-core architectures to more types of applications, with an explicit expression of parallelism into the application. On the other hand, the recent development of the MPEG Reconfigurable Video Coding (RVC) standard allows the reconfiguration of the video decoders. RVC is a flexible standard compatible with MPEG developed codecs, making it the ideal tool to integrate into the new multimedia terminals to decode video sequences. With the new versions of the Open RVC-CAL Compiler (Orcc), a static mapping of the actors that implement the functionality of the application can be done once the application executable has been generated. This static mapping must be done for each of the different cores available on the working platform. It has been chosen an embedded system with a processor with two ARMv7 cores. This platform allows us to obtain the desired tests, get as much improvement results from the execution on a single core, and contrast both with a PC-based multiprocessor system. Las posibilidades ofrecidas por el aumento de la velocidad de la frecuencia de reloj de sistemas de un solo procesador están siendo agotadas. Las nuevas arquitecturas multiprocesador proporcionan una vía de desarrollo alternativa en este sentido. El diseño y optimización de aplicaciones de descodificación de video que se ejecuten sobre las nuevas arquitecturas permiten un mejor aprovechamiento y favorecen la obtención de mayores rendimientos. Hoy en día muchos de los dispositivos comerciales que se están lanzando al mercado están integrados por sistemas embebidos, que recientemente están basados en arquitecturas multinúcleo. El manejo de las tareas de ejecución sobre este tipo de arquitecturas no es una tarea trivial, y una buena planificación de los actores que implementan las funcionalidades puede proporcionar importantes mejoras en términos de eficiencia en el uso de la capacidad de los procesadores y, por ende, del consumo de energía. Por otro lado, el reciente desarrollo del estándar de Codificación de Video Reconfigurable (RVC), permite la reconfiguración de los descodificadores de video. RVC es un estándar flexible y compatible con anteriores codecs desarrollados por MPEG. Esto hace de RVC el estándar ideal para ser incorporado en los nuevos terminales multimedia que se están comercializando. Con el desarrollo de las nuevas versiones del compilador específico para el desarrollo de lenguaje RVC-CAL (Orcc), en el que se basa MPEG RVC, el mapeo estático, para entornos basados en multiprocesador, de los actores que integran un descodificador es posible. Se ha elegido un sistema embebido con un procesador con dos núcleos ARMv7. Esta plataforma nos permitirá llevar a cabo las pruebas de verificación y contraste de los conceptos estudiados en este trabajo, en el sentido del desarrollo de descodificadores de video basados en MPEG RVC y del estudio de la planificación y mapeo estático de los mismos.

Modelado en alto nivel con SystemC

El presente proyecto final de carrera titulado “Modelado de alto nivel con SystemC” tiene como objetivo principal el modelado de algunos módulos de un codificador de vídeo MPEG-2 utilizando el lenguaje de descripción de sistemas igitales SystemC con un nivel de abstracción TLM o Transaction Level Modeling. SystemC es un lenguaje de descripción de sistemas digitales basado en C++. En él hay un conjunto de rutinas y librerías que implementan tipos de datos, estructuras y procesos especiales para el modelado de sistemas digitales. Su descripción se puede consultar en [GLMS02] El nivel de abstracción TLM se caracteriza por separar la comunicación entre los módulos de su funcionalidad. Este nivel de abstracción hace un mayor énfasis en la funcionalidad de la comunicación entre los módulos (de donde a donde van datos) que la implementación exacta de la misma. En los documentos [RSPF] y [HG] se describen el TLM y un ejemplo de implementación. La arquitectura del modelo se basa en el codificador MVIP-2 descrito en [Gar04], de dicho modelo, los módulos implementados son: · IVIDEOH: módulo que realiza un filtrado del vídeo de entrada en la dimensión horizontal y guarda en memoria el video filtrado. · IVIDEOV: módulo que lee de la memoria el vídeo filtrado por IVIDEOH, realiza el filtrado en la dimensión horizontal y escribe el video filtrado en memoria. · DCT: módulo que lee el video filtrado por IVIDEOV, hace la transformada discreta del coseno y guarda el vídeo transformado en la memoria. · QUANT: módulo que lee el video transformado por DCT, lo cuantifica y guarda el resultado en la memoria. · IQUANT: módulo que lee el video cuantificado por QUANT, realiza la cuantificación inversa y guarda el resultado en memoria. · IDCT: módulo que lee el video procesado por IQUANT, realiza la transformada inversa del coseno y guarda el resultado en memoria. · IMEM: módulo que hace de interfaz entre los módulos anteriores y la memoria. Gestiona las peticiones simultáneas de acceso a la memoria y asegura el acceso exclusivo a la memoria en cada instante de tiempo. Todos estos módulos aparecen en gris en la siguiente figura en la que se muestra la arquitectura del modelo: Figura 1. Arquitectura del modelo (VER PDF DEL PFC) En figura también aparecen unos módulos en blanco, dichos módulos son de pruebas y se han añadido para realizar simulaciones y probar los módulos del modelo: · CAMARA: módulo que simula una cámara en blanco y negro, lee la luminancia de un fichero de vídeo y lo envía al modelo a través de una FIFO. · FIFO: hace de interfaz entre la cámara y el modelo, guarda los datos que envía la cámara hasta que IVIDEOH los lee. · CONTROL: módulo que se encarga de controlar los módulos que procesan el vídeo, estos le indican cuando terminan de procesar un frame de vídeo y este módulo se encarga de iniciar los módulos que sean necesarios para seguir con la codificación. Este módulo se encarga del correcto secuenciamiento de los módulos procesadores de vídeo. · RAM: módulo que simula una memoria RAM, incluye un retardo programable en el acceso. Para las pruebas también se han generado ficheros de vídeo con el resultado de cada módulo procesador de vídeo, ficheros con mensajes y un fichero de trazas en el que se muestra el secuenciamiento de los procesadores. Como resultado del trabajo en el presente PFC se puede concluir que SystemC permite el modelado de sistemas digitales con bastante sencillez (hace falta conocimientos previos de C++ y programación orientada objetos) y permite la realización de modelos con un nivel de abstracción mayor a RTL, el habitual en Verilog y VHDL, en el caso del presente PFC, el TLM. ABSTRACT This final career project titled “High level modeling with SystemC” have as main objective the modeling of some of the modules of an MPEG-2 video coder using the SystemC digital systems description language at the TLM or Transaction Level Modeling abstraction level. SystemC is a digital systems description language based in C++. It contains routines and libraries that define special data types, structures and process to model digital systems. There is a complete description of the SystemC language in the document [GLMS02]. The main characteristic of TLM abstraction level is that it separates the communication among modules of their functionality. This abstraction level puts a higher emphasis in the functionality of the communication (from where to where the data go) than the exact implementation of it. The TLM and an example are described in the documents [RSPF] and [HG]. The architecture of the model is based in the MVIP-2 video coder (described in the document [Gar04]) The modeled modules are: · IVIDEOH: module that filter the video input in the horizontal dimension. It saves the filtered video in the memory. · IVIDEOV: module that read the IVIDEOH filtered video, filter it in the vertical dimension and save the filtered video in the memory. · DCT: module that read the IVIDEOV filtered video, do the discrete cosine transform and save the transformed video in the memory. · QUANT: module that read the DCT transformed video, quantify it and save the quantified video in the memory. · IQUANT: module that read the QUANT processed video, do the inverse quantification and save the result in the memory. · IDCT: module that read the IQUANT processed video, do the inverse cosine transform and save the result in the memory. · IMEM: this module is the interface between the modules described previously and the memory. It manage the simultaneous accesses to the memory and ensure an unique access at each instant of time All this modules are included in grey in the following figure (SEE PDF OF PFC). This figure shows the architecture of the model: Figure 1. Architecture of the model This figure also includes other modules in white, these modules have been added to the model in order to simulate and prove the modules of the model: · CAMARA: simulates a black and white video camera, it reads the luminance of a video file and sends it to the model through a FIFO. · FIFO: is the interface between the camera and the model, it saves the video data sent by the camera until the IVIDEOH module reads it. · CONTROL: controls the modules that process the video. These modules indicate the CONTROL module when they have finished the processing of a video frame. The CONTROL module, then, init the necessary modules to continue with the video coding. This module is responsible of the right sequence of the video processing modules. · RAM: it simulates a RAM memory; it also simulates a programmable delay in the access to the memory. It has been generated video files, text files and a trace file to check the correct function of the model. The trace file shows the sequence of the video processing modules. As a result of the present final career project, it can be deduced that it is quite easy to model digital systems with SystemC (it is only needed previous knowledge of C++ and object oriented programming) and it also allow the modeling with a level of abstraction higher than the RTL used in Verilog and VHDL, in the case of the present final career project, the TLM.

“Entrenamiento de la flexibilidad en fútbol: programa de estiramientos preventivos”

En el presente trabajo se desarrolla un programa de estiramientos preventivos para el mantenimiento o desarrollo de la flexibilidad en fútbol. El contexto en el que se desarrolla este programa es el Club de Fútbol Pozuelo de Alarcón durante la temporada 2013-2014. El equipo en el que se lleva a cabo es Femenino A, actualmente en 2ª división. Este está formado por jugadoras sénior de entre 20 y 28 años.

Reconfigurable video code (RVC) : aplicación para automatizar la asignación de procesos RUC a los núcleos de un sistema multiprocesador

El esquema actual que existe en el ámbito de la normalización y el diseño de nuevos estándares de codificación de vídeo se está convirtiendo en una tarea difícil de satisfacer la evolución y dinamismo de la comunidad de codificación de vídeo. El problema estaba centrado principalmente en poder explotar todas las características y similitudes entre los diferentes códecs y estándares de codificación. Esto ha obligado a tener que rediseñar algunas partes comunes a varios estándares de codificación. Este problema originó la aparición de una nueva iniciativa de normalización dentro del comité ISO/IEC MPEG, llamado Reconfigurable Video Coding (RVC). Su principal idea era desarrollar un estándar de codificación de vídeo que actualizase e incrementase progresivamente una biblioteca de los componentes, aportando flexibilidad y la capacidad de tener un código reconfigurable mediante el uso de un nuevo lenguaje orientado a flujo de Actores/datos denominado CAL. Este lenguaje se usa para la especificación de la biblioteca estándar y para la creación de instancias del modelo del decodificador. Más tarde, se desarrolló un nuevo estándar de codificación de vídeo denominado High Efficiency Video Coding (HEVC), que actualmente se encuentra en continuo proceso de actualización y desarrollo, que mejorase la eficiencia y compresión de la codificación de vídeo. Obviamente se ha desarrollado una visión de HEVC empleando la metodología de RVC. En este PFC, se emplean diferentes implementaciones de estándares empleando RVC. Por ejemplo mediante los decodificadores Mpeg 4 Part 2 SP y Mpeg 4 Part 10 CBP y PHP así como del nuevo estándar de codificación HEVC, resaltando las características y utilidad de cada uno de ellos. En RVC los algoritmos se describen mediante una clase de actores que intercambian flujos de datos (tokens) para realizar diferentes acciones. El objetivo de este proyecto es desarrollar un programa que, partiendo de los decodificadores anteriormente mencionados, una serie de secuencia de vídeo en diferentes formatos de compresión y una distribución estándar de los actores (para cada uno de los decodificadores), sea capaz de generar diferentes distribuciones de los actores del decodificador sobre uno o varios procesadores del sistema sobre el que se ejecuta, para conseguir la mayor eficiencia en la codificación del vídeo. La finalidad del programa desarrollado en este proyecto es la de facilitar la realización de las distribuciones de los actores sobre los núcleos del sistema, y obtener las mejores configuraciones posibles de una manera automática y eficiente. ABSTRACT. The current scheme that exists in the field of standardization and the design of new video coding standards is becoming a difficult task to meet the evolving and dynamic community of video encoding. The problem was centered mainly in order to exploit all the features and similarities between different codecs and encoding standards. This has forced redesigning some parts common to several coding standards. This problem led to the emergence of a new initiative for standardization within the ISO / IEC MPEG committee, called Reconfigurable Video Coding (RVC). His main idea was to develop a video coding standard and gradually incrementase to update a library of components, providing flexibility and the ability to have a reconfigurable code using a new flow -oriented language Actors / data called CAL. This language is used for the specification of the standard library and to the instantiation model decoder. Later, a new video coding standard called High Efficiency Video Coding (HEVC), which currently is in continuous process of updating and development, which would improve the compression efficiency and video coding is developed. Obviously has developed a vision of using the methodology HEVC RVC. In this PFC, different implementations using RVC standard are used. For example, using decoders MPEG 4 Part 2 SP and MPEG 4 Part 10 CBP and PHP and the new coding standard HEVC, highlighting the features and usefulness of each. In RVC, the algorithms are described by a class of actors that exchange streams of data (tokens) to perform different actions. The objective of this project is to develop a program that, based on the aforementioned decoders, a series of video stream in different compression formats and a standard distribution of actors (for each of the decoders), is capable of generating different distributions decoder actors on one or more processors of the system on which it runs, to achieve greater efficiency in video coding. The purpose of the program developed in this project is to facilitate the realization of the distributions of the actors on the cores of the system, and get the best possible settings automatically and efficiently.

Caracterización de un descodificador HEVC ejecutándose en un DSP

HEVC es el nuevo estándar de codificación de vídeo que está siendo desarrollado conjuntamente por las organizaciones ITU-T Video Coding Experts Group (VCEG) e ISO/IEC Moving Picture Experts Group (MPEG). Su objetivo principal es mejorar la compresión de vídeo, en relación a los actuales estándares. Es común hoy en día, debido a su flexibilidad para aplicaciones de bajo consumo, diseñar sistemas de descodificación de vídeo basados en un procesador digital de señal (DSP). En la mayoría de las veces, los diseños parten de un código creado para ser ejecutado en un ordenador personal y posteriormente se optimizan para tecnología DSP. El objetivo principal de este proyecto es caracterizar el rendimiento de un sistema basado en DSP que ejecute el código de un descodificador de video HEVC. ABSTRACT. HEVC is a new video coding standard which is being developed by both ITU-T Video Coding Experts Group (VCEG) and ISO/IEC Moving Picture Experts Group (MPEG). Its main goal is to improve video compression, compared with the actual standards. It is common practice, because of the flexibility in low power applications, to design video decoding systems using digital signal processors (DSP). Most of the time, these designs start with a code suitable to be executed in personal computers and then it is optimized forDSP technology. The main goal in this final degree project is to characterize the performance of a DSP based system executing an HEVC video decoder.

Redes VSAT con el estándar DVB-S

Actualmente las redes VSAT (Very Small Aperture Terminal) están adquiriendo una mayor importancia en las comunicaciones por satélite debido a las nuevas aplicaciones que se están desarrollando tanto a nivel empresarial como a nivel de usuario final. El presente proyecto pretende hacer un estudio de este tipo de red para presentarla como una solución al problema de querer conectar estaciones dispersas, que por el perfil del terreno hace difícil la conexión de las mismas a través de las redes terrestres convencionales. Los nuevos estándares están haciendo que este tipo de redes proliferen muy deprisa ya que se consigue una mayor flexibilidad que con los estándares precedentes para este tipo de red. En concreto, en este proyecto se ha estudiado el estándar abierto DVB-S desarrollado por el grupo de trabajo DVB por ser uno de los más aceptado internacionalmente. Para comprender este sistema de comunicaciones, el proyecto está estructurado en dos partes. En la primera parte se hace una revisión de cómo han evolucionado las comunicaciones satelitales VSAT, indicando las ventajas y desventajas de su implementación y sobre todo la orientación que éstas muestran a la utilización de los estándares DVB. Posteriormente se realiza un estudio de los estándares DVB-S y DVBRCS en donde se profundiza en conceptos claves tales como el Multiplexado de Transporte MPEG-2, los mecanismos de envío de mensajes de señalización, etc. En la segunda parte del proyecto se presta atención a la seguridad de la red, analizando los mecanismos propios que presenta el estándar DVB así como los diferentes protocolos de seguridad existentes en las capas superiores para una protección adicional. Para concluir el proyecto se han creado dos aplicaciones, la primera como método didáctico para comprender mejor el comportamiento de las redes VSAT con el estándar DVB-S, y una segunda aplicación con carácter comercial para la transferencia de ficheros de manera segura con características específicas, enfocada particularmente en redes VSAT, aunque siendo posible su uso en otras redes. ABSTRACT. Nowadays VSAT networks (Very Small Aperture Terminal) are becoming more important in satellite communications, due to several new applications that are being developed both at company level and end user level. This project aims to make a study of this type of network to present it as a solution to the problem of wanting to connect scattered stations, because the terrain profile makes difficult to connect them via conventional terrestrial networks. New standards are making that such networks proliferate very quickly for the reason that a more flexibility than the previous standards for this type of network is achieved. Specifically, this project has studied the open standard DVB-S developed by the DVB workgroup as one of the most internationally accepted. To understand this communication system, this project is structured in two different parts: On one hand, in the first part a review about how VSAT satellite communications have evolved, indicating the advantages and disadvantages of its implementation and above all, the guidance that they show to the use of the DVB standards. Subsequently, a study of the DVB-S and DVB-RCS standards is developed, where delves into key concepts such as MPEG-2 Multiplexed Transport, mechanisms of transmission of signaling messages, etc. On the other hand, in the second part of the project, we focus on network security, analyzing the mechanisms presented by the DVB standard and various existing security protocols in the upper layers for an extra protection. To complete the project two different applications have been developed: the first one as a teaching method to better understand the behavior of VSAT networks in DVB-S standard, and the second one with a commercial basis for transferring files securely with specific features applications focused particularly in VSAT networks, although with a possible use on other networks.

Subjective quality assessment of an adaptive video streaming model

With the recent increased popularity and high usage of HTTP Adaptive Streaming (HAS) techniques, various studies have been carried out in this area which generally focused on the technical enhancement of HAS technology and applications. However, a lack of common HAS standard led to multiple proprietary approaches which have been developed by major Internet companies. In the emerging MPEG-DASH standard the packagings of the video content and HTTP syntax have been standardized; but all the details of the adaptation behavior are left to the client implementation. Nevertheless, to design an adaptation algorithm which optimizes the viewing experience of the enduser, the multimedia service providers need to know about the Quality of Experience (QoE) of different adaptation schemes. Taking this into account, the objective of this experiment was to study the QoE of a HAS-based video broadcast model. The experiment has been carried out through a subjective study of the end user response to various possible clients’ behavior for changing the video quality taking different QoE-influence factors into account. The experimental conclusions have made a good insight into the QoE of different adaptation schemes which can be exploited by HAS clients for designing the adaptation algorithms.

Methods for the analysis of multi-scale cell dynamics from fluorescence microscopy images

La embriogénesis es el proceso mediante el cual una célula se convierte en un ser un vivo. A lo largo de diferentes etapas de desarrollo, la población de células va proliferando a la vez que el embrión va tomando forma y se configura. Esto es posible gracias a la acción de varios procesos genéticos, bioquímicos y mecánicos que interaccionan y se regulan entre ellos formando un sistema complejo que se organiza a diferentes escalas espaciales y temporales. Este proceso ocurre de manera robusta y reproducible, pero también con cierta variabilidad que permite la diversidad de individuos de una misma especie. La aparición de la microscopía de fluorescencia, posible gracias a proteínas fluorescentes que pueden ser adheridas a las cadenas de expresión de las células, y los avances en la física óptica de los microscopios han permitido observar este proceso de embriogénesis in-vivo y generar secuencias de imágenes tridimensionales de alta resolución espacio-temporal. Estas imágenes permiten el estudio de los procesos de desarrollo embrionario con técnicas de análisis de imagen y de datos, reconstruyendo dichos procesos para crear la representación de un embrión digital. Una de las más actuales problemáticas en este campo es entender los procesos mecánicos, de manera aislada y en interacción con otros factores como la expresión genética, para que el embrión se desarrolle. Debido a la complejidad de estos procesos, estos problemas se afrontan mediante diferentes técnicas y escalas específicas donde, a través de experimentos, pueden hacerse y confrontarse hipótesis, obteniendo conclusiones sobre el funcionamiento de los mecanismos estudiados. Esta tesis doctoral se ha enfocado sobre esta problemática intentando mejorar las metodologías del estado del arte y con un objetivo específico: estudiar patrones de deformación que emergen del movimiento organizado de las células durante diferentes estados del desarrollo del embrión, de manera global o en tejidos concretos. Estudios se han centrado en la mecánica en relación con procesos de señalización o interacciones a nivel celular o de tejido. En este trabajo, se propone un esquema para generalizar el estudio del movimiento y las interacciones mecánicas que se desprenden del mismo a diferentes escalas espaciales y temporales. Esto permitiría no sólo estudios locales, si no estudios sistemáticos de las escalas de interacción mecánica dentro de un embrión. Por tanto, el esquema propuesto obvia las causas de generación de movimiento (fuerzas) y se centra en la cuantificación de la cinemática (deformación y esfuerzos) a partir de imágenes de forma no invasiva. Hoy en día las dificultades experimentales y metodológicas y la complejidad de los sistemas biológicos impiden una descripción mecánica completa de manera sistemática. Sin embargo, patrones de deformación muestran el resultado de diferentes factores mecánicos en interacción con otros elementos dando lugar a una organización mecánica, necesaria para el desarrollo, que puede ser cuantificado a partir de la metodología propuesta en esta tesis. La metodología asume un medio continuo descrito de forma Lagrangiana (en función de las trayectorias de puntos materiales que se mueven en el sistema en lugar de puntos espaciales) de la dinámica del movimiento, estimado a partir de las imágenes mediante métodos de seguimiento de células o de técnicas de registro de imagen. Gracias a este esquema es posible describir la deformación instantánea y acumulada respecto a un estado inicial para cualquier dominio del embrión. La aplicación de esta metodología a imágenes 3D + t del pez zebra sirvió para desvelar estructuras mecánicas que tienden a estabilizarse a lo largo del tiempo en dicho embrión, y que se organizan a una escala semejante al del mapa de diferenciación celular y con indicios de correlación con patrones de expresión genética. También se aplicó la metodología al estudio del tejido amnioserosa de la Drosophila (mosca de la fruta) durante el cierre dorsal, obteniendo indicios de un acoplamiento entre escalas subcelulares, celulares y supracelulares, que genera patrones complejos en respuesta a la fuerza generada por los esqueletos de acto-myosina. En definitiva, esta tesis doctoral propone una estrategia novedosa de análisis de la dinámica celular multi-escala que permite cuantificar patrones de manera inmediata y que además ofrece una representación que reconstruye la evolución de los procesos como los ven las células, en lugar de como son observados desde el microscopio. Esta metodología por tanto permite nuevas formas de análisis y comparación de embriones y tejidos durante la embriogénesis a partir de imágenes in-vivo. ABSTRACT The embryogenesis is the process from which a single cell turns into a living organism. Through several stages of development, the cell population proliferates at the same time the embryo shapes and the organs develop gaining their functionality. This is possible through genetic, biochemical and mechanical factors that are involved in a complex interaction of processes organized in different levels and in different spatio-temporal scales. The embryogenesis, through this complexity, develops in a robust and reproducible way, but allowing variability that makes possible the diversity of living specimens. The advances in physics of microscopes and the appearance of fluorescent proteins that can be attached to expression chains, reporting about structural and functional elements of the cell, have enabled for the in-vivo observation of embryogenesis. The imaging process results in sequences of high spatio-temporal resolution 3D+time data of the embryogenesis as a digital representation of the embryos that can be further analyzed, provided new image processing and data analysis techniques are developed. One of the most relevant and challenging lines of research in the field is the quantification of the mechanical factors and processes involved in the shaping process of the embryo and their interactions with other embryogenesis factors such as genetics. Due to the complexity of the processes, studies have focused on specific problems and scales controlled in the experiments, posing and testing hypothesis to gain new biological insight. However, methodologies are often difficult to be exported to study other biological phenomena or specimens. This PhD Thesis is framed within this paradigm of research and tries to propose a systematic methodology to quantify the emergent deformation patterns from the motion estimated in in-vivo images of embryogenesis. Thanks to this strategy it would be possible to quantify not only local mechanisms, but to discover and characterize the scales of mechanical organization within the embryo. The framework focuses on the quantification of the motion kinematics (deformation and strains), neglecting the causes of the motion (forces), from images in a non-invasive way. Experimental and methodological challenges hamper the quantification of exerted forces and the mechanical properties of tissues. However, a descriptive framework of deformation patterns provides valuable insight about the organization and scales of the mechanical interactions, along the embryo development. Such a characterization would help to improve mechanical models and progressively understand the complexity of embryogenesis. This framework relies on a Lagrangian representation of the cell dynamics system based on the trajectories of points moving along the deformation. This approach of analysis enables the reconstruction of the mechanical patterning as experienced by the cells and tissues. Thus, we can build temporal profiles of deformation along stages of development, comprising both the instantaneous events and the cumulative deformation history. The application of this framework to 3D + time data of zebrafish embryogenesis allowed us to discover mechanical profiles that stabilized through time forming structures that organize in a scale comparable to the map of cell differentiation (fate map), and also suggesting correlation with genetic patterns. The framework was also applied to the analysis of the amnioserosa tissue in the drosophila’s dorsal closure, revealing that the oscillatory contraction triggered by the acto-myosin network organized complexly coupling different scales: local force generation foci, cellular morphology control mechanisms and tissue geometrical constraints. In summary, this PhD Thesis proposes a theoretical framework for the analysis of multi-scale cell dynamics that enables to quantify automatically mechanical patterns and also offers a new representation of the embryo dynamics as experienced by cells instead of how the microscope captures instantaneously the processes. Therefore, this framework enables for new strategies of quantitative analysis and comparison between embryos and tissues during embryogenesis from in-vivo images.

Herramienta de medida y visualización de prestaciones basada en eventos para especificaciones RVC-CAL

Este proyecto fin de grado presenta dos herramientas, Papify y Papify-Viewer, para medir y visualizar, respectivamente, las prestaciones a bajo nivel de especificaciones RVC-CAL basándose en eventos hardware. RVC-CAL es un lenguaje de flujo de datos estandarizado por MPEG y utilizado para definir herramientas relacionadas con la codificación de vídeo. La estructura de los programas descritos en RVC-CAL se basa en unidades funcionales llamadas actores, que a su vez se subdividen en funciones o procedimientos llamados acciones. ORCC (Open RVC-CAL Compiler) es un compilador de código abierto que utiliza como entrada descripciones RVC-CAL y genera a partir de ellas código fuente en un lenguaje dado, como por ejemplo C. Internamente, el compilador ORCC se divide en tres etapas distinguibles: front-end, middle-end y back-end. La implementación de Papify consiste en modificar la etapa del back-end del compilador, encargada de la generación de código, de modo tal que los actores, al ser traducidos a lenguaje C, queden instrumentados con PAPI (Performance Application Programing Interface), una herramienta utilizada como interfaz a los registros contadores de rendimiento (PMC) de los procesadores. Además, también se modifica el front-end para permitir identificar cierto tipo de anotaciones en las descripciones RVC-CAL, utilizadas para que el diseñador pueda indicar qué actores o acciones en particular se desean analizar. Los actores instrumentados, además de conservar su funcionalidad original, generan una serie de ficheros que contienen datos sobre los distintos eventos hardware que suceden a lo largo de su ejecución. Los eventos incluidos en estos ficheros son configurables dentro de las anotaciones previamente mencionadas. La segunda herramienta, Papify-Viewer, utiliza los datos generados por Papify y los procesa, obteniendo una representación visual de la información a dos niveles: por un lado, representa cronológicamente la ejecución de la aplicación, distinguiendo cada uno de los actores a lo largo de la misma. Por otro lado, genera estadísticas sobre la cantidad de eventos disparados por acción, actor o núcleo de ejecución y las representa mediante gráficos de barra. Ambas herramientas pueden ser utilizadas en conjunto para verificar el funcionamiento del programa, balancear la carga de los actores o la distribución por núcleos de los mismos, mejorar el rendimiento y diagnosticar problemas. ABSTRACT. This diploma project presents two tools, Papify and Papify-Viewer, used to measure and visualize the low level performance of RVC-CAL specifications based on hardware events. RVC-CAL is a dataflow language standardized by MPEG which is used to define video codec tools. The structure of the applications described in RVC-CAL is based on functional units called actors, which are in turn divided into smaller procedures called actions. ORCC (Open RVC-CAL Compiler) is an open-source compiler capable of transforming RVC-CAL descriptions into source code in a given language, such as C. Internally, the compiler is divided into three distinguishable stages: front-end, middle-end and back-end. Papify’s implementation consists of modifying the compiler’s back-end stage, which is responsible for generating the final source code, so that translated actors in C code are now instrumented with PAPI (Performance Application Programming Interface), a tool that provides an interface to the microprocessor’s performance monitoring counters (PMC). In addition, the front-end is also modified in such a way that allows identification of a certain type of annotations in the RVC-CAL descriptions, allowing the designer to set the actors or actions to be included in the measurement. Besides preserving their initial behavior, the instrumented actors will also generate a set of files containing data about the different events triggered throughout the program’s execution. The events included in these files can be configured inside the previously mentioned annotations. The second tool, Papify-Viewer, makes use of the files generated by Papify to process them and provide a visual representation of the information in two different ways: on one hand, a chronological representation of the application’s execution where each actor has its own timeline. On the other hand, statistical information is generated about the amount of triggered events per action, actor or core. Both tools can be used together to assert the normal functioning of the program, balance the load between actors or cores, improve performance and identify problems.