Mesh traversal and sorting for efficient memory usage in scientific codes

Applications that operate on meshes are very popular in High Performance Computing (HPC) environments. In the past, many techniques have been developed in order to optimize the memory accesses for these datasets. Different loop transformations and domain decompositions are com- monly used for structured meshes. However, unstructured grids are more challenging. The memory accesses, based on the mesh connectivity, do not map well to the usual lin- ear memory model. This work presents a method to improve the memory performance which is suitable for HPC codes that operate on meshes. We develop a method to adjust the sequence in which the data are used inside the algorithm, by means of traversing and sorting the mesh. This sorted mesh can be transferred sequentially to the lower memory levels and allows for minimum data transfer requirements. The method also reduces the lower memory requirements dra- matically: up to 63% of the L1 cache misses are removed in a traditional cache system. We have obtained speedups of up to 2.58 on memory operations as measured in a general- purpose CPU. An improvement is also observed with se- quential access memories, where we have observed reduc- tions of up to 99% in the required low-level memory size.

El límite y su reversibilidad

La propuesta busca desarrollar herramientas nuevas para entendimiento de los límites y bordes arquitectónicos. Entendiendo las características tanto físicas como psicológicas de los límites, busco que la arquitectura que se propone genere una ruptura de las simplistas contraposiciones binarias que se encuentran en la base de la comprensión arquitectónica tradicional; los conceptos de interior / exterior, dentro / fuera, sujeto / objeto, ciudad / campo, naturaleza/ artificio; son desde mi punto de vista atavismos que deben ser superados para poder producir una arquitectura acorde a los nuevos tiempos, que se adapte a las condicionantes de su entorno. Al entender que los límites encarnan la existencia de situaciones duales e hibridas, que suceden a los dos lados del límite busco aprovechar las situaciones de tensión, negación, negociación, confrontación, contraposición, etc., la propuesta busca poner en valor las características de convivencia, dialogo y relación de la ciudad tradicional. Es decir las características políticas de la polis y la civitas. Entendiendo que el hombre es un animal político por excelencia, la propuesta busca potenciar el carácter político y de socialización de la arquitectura. Por medio del entendimiento de las relaciones y espacializaciones que generan los choques cuerpos en el espacio; y la necesidad de que los límites de la arquitectura y la ciudad sean transgredidos física y programáticamente para que adquieran un carácter más dinámico y poroso que ayuden a esta relación. La propuesta introduce ejemplos de líneas de fuga y rupturas, que se puedan materializar mediante pequeñas intervenciones. Intervenciones arquitectónicas, que a pesar de sus limitados recursos formales, puedan generar resultados exponencialmente superiores que transformen las condiciones iniciales del sitio. The proposal seeks to develop new tools for the understanding of the Architectural limits and borders. By understanding of limit`s physical and psychological qualities, I seek that architecture could generate a breakdown of the simplistic binary oppositions that are at the base of the traditional Architectural understanding; concepts such as interior / exterior, inside / outside, object/subject, city/countryside, nature/artifice; They are from my point of view atavism that must be overcome in order to produce an architecture according to the times, that suit the conditions of their milieu. By understanding that limits embodies the existence of dual and hybrid situations that occur on both sides of the limit, I manage to take stressful situations of , denial, bargaining, confrontation, contrast, etc., the proposal seeks to assess the characteristics of living , dialogue and respect of the traditional city. I.e. the political characteristics of the polis and civitas. By realizing that the man is a political animal par excellence, the proposal seeks to strengthen political and socialization architectural character. Through the understanding of spatial relationships that shocking bodies generates in space; and the need for architecture and city limits get physically and programmatically transgressed to acquire a more dynamic and porous nature that helps in this relationship. The proposal introduces examples of flight lines and breaks, which can be realized through small interventions. Architectural interventions, despite his limited formal resources can generate exponentially greater results that transform the initial conditions of the site.

Un deseo moderno todavía pendiente : la casa patio, una posible técnica de agrupación de vivienda colectiva vertical

La idea de aportar a la vivienda en altura las cualidades de la casa patio, se ha estudiado durante años. Podemos decir que el origen de este análisis se inició en 1922 cuando Le Corbusier empezó a investigar a cerca de los Inmuebles Villa; sin duda sabemos que ha llegado hasta la actualidad. Ayudado por la labor de búsqueda de diferentes arquitectos a lo largo de la historia, podemos afirmar que todos los casos conforman una idea única de proyecto. La idea de agrupar casas patio en altura manteniendo las características propias de este tipo de viviendas, privacidad, espacio libre, apertura cenital, comunicación interior‐exterior… Los Inmuebles‐Villa serán repetidamente aludidos, citados o retomados como un tipo paradigmático entre las propuestas de agrupaciones de casas patio en altura. Si pensamos en el concepto tradicional de patio, denominarlo como un espacio de viviendas apiladas en altura no parece una elección adecuada, no obstante la noción de patio permite una gran cantidad de asociaciones. Su valor radica en el traslado de una idea conocida a un nuevo contexto, produciendo así una reformulación del problema. Elegimos para este proceso, la vivienda colectiva, entendiendo la colectividad como agrupación, pues es esta agrupación de vivienda la encargada de crear ciudad; así no sólo vale la pena dar importancia a una célula con su independencia, sino en la relación que estas establecen con sus semejantes. De ahí la idea de que esa colectividad de casas patio, pueda darse también en vertical, buscando las condiciones antes mencionadas. Un deseo que apareció en el Movimiento Moderno y que desde ese momento ha sido algo anhelado por la arquitectura hasta nuestros días. El patio se presenta en la mayoría de las ocasiones como un espacio con múltiples afecciones, desde el patio que aporta a la vivienda una zona de esparcimiento hasta un espacio destinado a la ventilación, aunque en definitiva, podemos decir que consiste en un espacio capaz de contener un lugar. Quizás por eso aparece de diversas formas en nuestra arquitectura, sin importar su ubicación o forma. Simplemente un espacio que aporta al interior unas características que esas viviendas nunca alcanzarían sin él. Por eso lo que conocemos como casa patio es un tipo de arquitectura que se extiende hasta la antigüedad. Ese concepto de espacio exterior incorporado a la vivienda es una de las piezas fundamentales en nuestra arquitectura. Una idea ampliamente estudiada que deja a un lado los diferentes tipos de “patio” que fueron apareciendo, así como las múltiples funciones que dichos espacios fueron capaces de llevar a cabo, primando en definitiva la forma en la que cambiaron la idea de habitar. A lo largo de este análisis se han ido hallando evidencias de los múltiples mecanismos empleados en los casos estudiados. Como se ha visto, en ellos aparecen características que únicamente pueden aparecer en un espacio exterior cuando se trata de un patio. Los patios estudiados se consideran patios tradicionales, independientemente de la cota a la que se encuentren, aunque no cumplan alguna de las características a priori necesarias para la definición de patio. Para captar la esencia de esos espacios, no es necesario traspasar sus límites, ya que ésta se irradia al interior e invade la atmósfera de los espacios contiguos. Se plantea como objetivo principal rastrear las huellas de una investigación proyectual que Le Corbusier inaugura y deja abierta; se trata de descubrir qué ecos, qué rebotes, qué repercusiones tiene el concepto de patio en altura a lo largo de su historia. En esta búsqueda de identificación de las características de estos espacios, hemos seleccionado tres casos, partiendo de las experiencias tanto en patios tradicionales como en patios en altura de tres maestros como son Le Corbusier, José Luis Sert y Charles Correa. Los casos estudiados podrían haber sido muchos más. Este número supone solo un ejemplo de un universo mayor, que ha sido operativo para el desarrollo de este trabajo. Ellos nos guiarán por su arquitectura para intentar resolver la idea de los patios en altura. Hemos analizado las influencias proyectuales existentes entre algunos de los casos que forman parte de esta reflexión, entre los que existen unos vínculos claros, que pueden ser esas claves que estamos buscando para resolver la agrupación de casa patio en altura. A través de este trabajo se ha puesto de manifiesto que la aplicación del concepto de casas patio en altura depende tanto de su ubicación, del clima y la cultura local, como el tipo de patio del que se parte. De estos conceptos surgen soluciones diferentes entre ellas y por tanto no pueden extrapolarse una sola idea a todos los casos. Algunas ideas están presentes durante toda la investigación: fachadas como resultado de la repetición de células, sucesión de espacios, plantas de casas patio tradicional, dobles alturas…Otros casos destacan por su singularidad, por haber buscado la solución del problema mediante la originalidad. En definitiva buscamos casas patio en altura. Y si esta tesis contribuye, en alguna medida, a obtener las claves para que esta tipología edificatoria funcione, de sus características, sus necesidades, y su resultado, es decir, de su búsqueda de ese deseo moderno que presentábamos al principio, será entonces que esa tipología ilusoria, sea una arquitectura real, y por lo tanto también podrá llevarse a cabo y dejar de ser un deseo para convertirse en realidad. Sera que el deseo moderno se ha cumplido. ABSTRACT The idea of giving housing the height of the patio housing qualities, it has been studied for ages. It can be said that the origin of this analysis was started in 1922, when Le Cobustier began investigating about The Villa Building: obviously it is known nowadays due to different architect’s labor of searching through the history. It’s easy to say that all the cases shape a single project idea , the idea of gathering patio houses with the same height keeping the inner characteristics of traditional patio houses such privacy, free space, zenithal opening, inside –outside communication…etc. If we thought about the traditional concept of patio, to define it, in the case of gathering because of the height, it is not suitable to consider it like a pile of houses with the same height. Nevertheless the concept of patio allows a wide variety of settlements. Its worth is based on the transference of a renowned idea into a new context, producing thus a reformulation of the problem. The patio is frequently disposed like a zone with multiple utilities, from the leisure zone patio to an air circulating space, definitively it can be said that it consists on a space which is able to content a place. Maybe that is why it appears in various forms in our architecture, regardless of its placement or shape. It is simply a space which provides many features which are impossible to reach without it. That is what we know as patio house is a type of architecture which is spread till antiquity. This concept of outdoors space joined housing is one of the main pieces of our architecture. It is an idea wide analyses which lefts aside the different types of patios which were developed, focusing mainly the way they changed the idea of inhabiting. We have chosen for this analysis process, the collective housing, we understood collective like group, thus it is the group of housing responsible to built up a city, not just it is worth to give importance to an independent cell, in addition to the relation which those ones can stablish with their similar ones. Due to the idea of collectivity of patio houses, it can be also developed in vertical, looking for the previously mention condition. A wish which appeared with the modern movement and since then it has been something desired by architecture just nowadays. It is understood as the main target to follow the trail about a project investigation which was begun and left open by Le Cobustier: the task is discovering the resonances, the bounces and repercussions which belong to the patio concept in height through its history. In this quest to distinguish the characteristics of these spaces, we have chosen three cases, starting from the experiences as traditional patios as in the height of patios of the masters such as Le Cobustier, Jose Luis Sert and Charles Correa. The studied cases could be even more. This number is just an example of a huger universe, which has been operational for the developing of this work. We will be managed through their architecture trying to solve the idea of patios according to their height. Over this analysis evidences there are found multiple mechanics used in the studied cases. As we could see later, in these ones there are characteristics which are only found in an outdoors space when it is a patio. The studied patios are considered traditional patios, independently of the level they have, although they do not fit at first some of the necessary characteristics included in a patio definition. To catch the essence of those spaces, it is not necessary to go through its limits, since it is transmitted to the interior and pervades the adjoining spaces. It has been analyzed the project influences exiting among several cases which build up part of this consideration , among them there are some clear links, which may be these keys we are looking for to solve the joint of patio houses in height. With this work it has been highlighted that the application of the patios houses in height concept depends not only on its placement, the weather and the local culture, but also on the type of patio we are using. From these considerations different solutions were given by themselves as consequence they can be extrapolated into a single idea for all the cases. Some ideas are present along the complete investigation: facades resulting from cells repetition, series of spaces, traditional patio house floor, double height… Some other cases stand out due to it singularity, because they have searched for a solution to the problem by means of originality. To sum up, we look for patio houses in height. And if this thesis contributes, in some way, to get the clues to make work this type of building, about its characteristics, its necessities and its result, in other words, its searching of this modern desire that we showed at the beginning, then this imaginary typo will be a real architecture therefore it can also come truth and can abandon the form of wish to became into a reality. So the modern desire has been fulfilled.

Mejoras en el procesamiento de imágenes de TC para el tratamiento con radioterapia adaptativa del cáncer de próstata

El cáncer de próstata es el tipo de cáncer con mayor prevalencia entre los hombres del mundo occidental y, pese a tener una alta tasa de supervivencia relativa, es la segunda mayor causa de muerte por cáncer en este sector de la población. El tratamiento de elección frente al cáncer de próstata es, en la mayoría de los casos, la radioterapia externa. Las técnicas más modernas de radioterapia externa, como la radioterapia modulada en intensidad, permiten incrementar la dosis en el tumor mientras se reduce la dosis en el tejido sano. Sin embargo, la localización del volumen objetivo varía con el día de tratamiento, y se requieren movimientos muy pequeños de los órganos para sacar partes del volumen objetivo fuera de la región terapéutica, o para introducir tejidos sanos críticos dentro. Para evitar esto se han desarrollado técnicas más avanzadas, como la radioterapia guiada por imagen, que se define por un manejo más preciso de los movimientos internos mediante una adaptación de la planificación del tratamiento basada en la información anatómica obtenida de imágenes de tomografía computarizada (TC) previas a la sesión terapéutica. Además, la radioterapia adaptativa añade la información dosimétrica de las fracciones previas a la información anatómica. Uno de los fundamentos de la radioterapia adaptativa es el registro deformable de imágenes, de gran utilidad a la hora de modelar los desplazamientos y deformaciones de los órganos internos. Sin embargo, su utilización conlleva nuevos retos científico-tecnológicos en el procesamiento de imágenes, principalmente asociados a la variabilidad de los órganos, tanto en localización como en apariencia. El objetivo de esta tesis doctoral es mejorar los procesos clínicos de delineación automática de contornos y de cálculo de dosis acumulada para la planificación y monitorización de tratamientos con radioterapia adaptativa, a partir de nuevos métodos de procesamiento de imágenes de TC (1) en presencia de contrastes variables, y (2) cambios de apariencia del recto. Además, se pretende (3) proveer de herramientas para la evaluación de la calidad de los contornos obtenidos en el caso del gross tumor volumen (GTV). Las principales contribuciones de esta tesis doctoral son las siguientes: _ 1. La adaptación, implementación y evaluación de un algoritmo de registro basado en el flujo óptico de la fase de la imagen como herramienta para el cálculo de transformaciones no-rígidas en presencia de cambios de intensidad, y su aplicabilidad a tratamientos de radioterapia adaptativa en cáncer de próstata con uso de agentes de contraste radiológico. Los resultados demuestran que el algoritmo seleccionado presenta mejores resultados cualitativos en presencia de contraste radiológico en la vejiga, y no distorsiona la imagen forzando deformaciones poco realistas. 2. La definición, desarrollo y validación de un nuevo método de enmascaramiento de los contenidos del recto (MER), y la evaluación de su influencia en el procedimiento de radioterapia adaptativa en cáncer de próstata. Las segmentaciones obtenidas mediante el MER para la creación de máscaras homogéneas en las imágenes de sesión permiten mejorar sensiblemente los resultados de los algoritmos de registro en la región rectal. Así, el uso de la metodología propuesta incrementa el índice de volumen solapado entre los contornos manuales y automáticos del recto hasta un valor del 89%, cercano a los resultados obtenidos usando máscaras manuales para el registro de las dos imágenes. De esta manera se pueden corregir tanto el cálculo de los nuevos contornos como el cálculo de la dosis acumulada. 3. La definición de una metodología de evaluación de la calidad de los contornos del GTV, que permite la representación de la distribución espacial del error, adaptándola a volúmenes no-convexos como el formado por la próstata y las vesículas seminales. Dicha metodología de evaluación, basada en un nuevo algoritmo de reconstrucción tridimensional y una nueva métrica de cuantificación, presenta resultados precisos con una gran resolución espacial en un tiempo despreciable frente al tiempo de registro. Esta nueva metodología puede ser una herramienta útil para la comparación de distintos algoritmos de registro deformable orientados a la radioterapia adaptativa en cáncer de próstata. En conclusión, el trabajo realizado en esta tesis doctoral corrobora las hipótesis de investigación postuladas, y pretende servir como cimiento de futuros avances en el procesamiento de imagen médica en los tratamientos de radioterapia adaptativa en cáncer de próstata. Asimismo, se siguen abriendo nuevas líneas de aplicación futura de métodos de procesamiento de imágenes médicas con el fin de mejorar los procesos de radioterapia adaptativa en presencia de cambios de apariencia de los órganos, e incrementar la seguridad del paciente. I.2 Inglés Prostate cancer is the most prevalent cancer amongst men in the Western world and, despite having a relatively high survival rate, is the second leading cause of cancer death in this sector of the population. The treatment of choice against prostate cancer is, in most cases, external beam radiation therapy. The most modern techniques of external radiotherapy, as intensity modulated radiotherapy, allow increasing the dose to the tumor whilst reducing the dose to healthy tissue. However, the location of the target volume varies with the day of treatment, and very small movements of the organs are required to pull out parts of the target volume outside the therapeutic region, or to introduce critical healthy tissues inside. Advanced techniques, such as the image-guided radiotherapy (IGRT), have been developed to avoid this. IGRT is defined by more precise handling of internal movements by adapting treatment planning based on the anatomical information obtained from computed tomography (CT) images prior to the therapy session. Moreover, the adaptive radiotherapy adds dosimetric information of previous fractions to the anatomical information. One of the fundamentals of adaptive radiotherapy is deformable image registration, very useful when modeling the displacements and deformations of the internal organs. However, its use brings new scientific and technological challenges in image processing, mainly associated to the variability of the organs, both in location and appearance. The aim of this thesis is to improve clinical processes of automatic contour delineation and cumulative dose calculation for planning and monitoring of adaptive radiotherapy treatments, based on new methods of CT image processing (1) in the presence of varying contrasts, and (2) rectum appearance changes. It also aims (3) to provide tools for assessing the quality of contours obtained in the case of gross tumor volume (GTV). The main contributions of this PhD thesis are as follows: 1. The adaptation, implementation and evaluation of a registration algorithm based on the optical flow of the image phase as a tool for the calculation of non-rigid transformations in the presence of intensity changes, and its applicability to adaptive radiotherapy treatment in prostate cancer with use of radiological contrast agents. The results demonstrate that the selected algorithm shows better qualitative results in the presence of radiological contrast agents in the urinary bladder, and does not distort the image forcing unrealistic deformations. 2. The definition, development and validation of a new method for masking the contents of the rectum (MER, Spanish acronym), and assessing their impact on the process of adaptive radiotherapy in prostate cancer. The segmentations obtained by the MER for the creation of homogenous masks in the session CT images can improve significantly the results of registration algorithms in the rectal region. Thus, the use of the proposed methodology increases the volume overlap index between manual and automatic contours of the rectum to a value of 89%, close to the results obtained using manual masks for both images. In this way, both the calculation of new contours and the calculation of the accumulated dose can be corrected. 3. The definition of a methodology for assessing the quality of the contours of the GTV, which allows the representation of the spatial distribution of the error, adapting it to non-convex volumes such as that formed by the prostate and seminal vesicles. Said evaluation methodology, based on a new three-dimensional reconstruction algorithm and a new quantification metric, presents accurate results with high spatial resolution in a time negligible compared to the registration time. This new approach may be a useful tool to compare different deformable registration algorithms oriented to adaptive radiotherapy in prostate cancer In conclusion, this PhD thesis corroborates the postulated research hypotheses, and is intended to serve as a foundation for future advances in medical image processing in adaptive radiotherapy treatment in prostate cancer. In addition, it opens new future applications for medical image processing methods aimed at improving the adaptive radiotherapy processes in the presence of organ’s appearance changes, and increase the patient safety.

Signal-to-noise ratio of the MEG signal after preprocessing

Background Magnetoencephalography (MEG) provides a direct measure of brain activity with high combined spatiotemporal resolution. Preprocessing is necessary to reduce contributions from environmental interference and biological noise. New method The effect on the signal-to-noise ratio of different preprocessing techniques is evaluated. The signal-to-noise ratio (SNR) was defined as the ratio between the mean signal amplitude (evoked field) and the standard error of the mean over trials. Results Recordings from 26 subjects obtained during and event-related visual paradigm with an Elekta MEG scanner were employed. Two methods were considered as first-step noise reduction: Signal Space Separation and temporal Signal Space Separation, which decompose the signal into components with origin inside and outside the head. Both algorithm increased the SNR by approximately 100%. Epoch-based methods, aimed at identifying and rejecting epochs containing eye blinks, muscular artifacts and sensor jumps provided an SNR improvement of 5–10%. Decomposition methods evaluated were independent component analysis (ICA) and second-order blind identification (SOBI). The increase in SNR was of about 36% with ICA and 33% with SOBI. Comparison with existing methods No previous systematic evaluation of the effect of the typical preprocessing steps in the SNR of the MEG signal has been performed. Conclusions The application of either SSS or tSSS is mandatory in Elekta systems. No significant differences were found between the two. While epoch-based methods have been routinely applied the less often considered decomposition methods were clearly superior and therefore their use seems advisable.

Integration of embedded data processing algorithms inside PAMELA devices

PAMELA (Phased Array Monitoring for Enhanced Life Assessment) SHMTM System is an integrated embedded ultrasonic guided waves based system consisting of several electronic devices and one system manager controller. The data collected by all PAMELA devices in the system must be transmitted to the controller, who will be responsible for carrying out the advanced signal processing to obtain SHM maps. PAMELA devices consist of hardware based on a Virtex 5 FPGA with a PowerPC 440 running an embedded Linux distribution. Therefore, PAMELA devices, in addition to the capability of performing tests and transmitting the collected data to the controller, have the capability of perform local data processing or pre-processing (reduction, normalization, pattern recognition, feature extraction, etc.). Local data processing decreases the data traffic over the network and allows CPU load of the external computer to be reduced. Even it is possible that PAMELA devices are running autonomously performing scheduled tests, and only communicates with the controller in case of detection of structural damages or when programmed. Each PAMELA device integrates a software management application (SMA) that allows to the developer downloading his own algorithm code and adding the new data processing algorithm to the device. The development of the SMA is done in a virtual machine with an Ubuntu Linux distribution including all necessary software tools to perform the entire cycle of development. Eclipse IDE (Integrated Development Environment) is used to develop the SMA project and to write the code of each data processing algorithm. This paper presents the developed software architecture and describes the necessary steps to add new data processing algorithms to SMA in order to increase the processing capabilities of PAMELA devices.An example of basic damage index estimation using delay and sum algorithm is provided.

Diseño de un sistema regional de alerta de tsunamis como parte integral de la operación portuaria

En este trabajo se presenta el desarrollo de una metodología para obtener un universo de funciones de Green y el algoritmo correspondiente, para estimar la altura de tsunamis a lo largo de la costa occidental de México en función del momento sísmico y de la extensión del área de ruptura de sismos interplaca localizados entre la costa y la Trinchera Mesoamericana. Tomando como caso de estudio el sismo ocurrido el 9 de octubre de 1995 en la costa de Jalisco-Colima, se estudiaron los efectos del tsunami originados en la hidrodinámica del Puerto de Manzanillo, México, con una propuesta metodológica que contempló lo siguiente: El primer paso de la metodología contempló la aplicación del método inverso de tsunamis para acotar los parámetros de la fuente sísmica mediante la confección de un universo de funciones de Green para la costa occidental de México. Tanto el momento sísmico como la localización y extensión del área de ruptura de sismos se prescribe en segmentos de planos de falla de 30 X 30 km. A cada uno de estos segmentos del plano de falla corresponde un conjunto de funciones de Green ubicadas en la isobata de 100 m, para 172 localidades a lo largo de la costa, separadas en promedio 12 km entre una y otra. El segundo paso de la metodología contempló el estudio de la hidrodinámica (velocidades de las corrientes y niveles del mar en el interior del puerto y el estudio del runup en la playa) originada por el tsunami, la cual se estudió en un modelo hidráulico de fondo fijo y en un modelo numérico, representando un tsunami sintético en la profundidad de 34 m como condición inicial, el cual se propagó a la costa con una señal de onda solitaria. Como resultado de la hidrodinámica del puerto de Manzanillo, se realizó un análisis de riesgo para la definición de las condiciones operativas del puerto en términos de las velocidades en el interior del mismo, y partiendo de las condiciones iniciales del terremoto de 1995, se definieron las condiciones límites de operación de los barcos en el interior y exterior del puerto. In this work is presented the development of a methodology in order to obtain a universe of Green's functions and the corresponding algorithm in order to estimate the tsunami wave height along the west coast of Mexico, in terms of seismic moment and the extent of the area of the rupture, in the interplate earthquakes located between the coast and the Middle America Trench. Taking as a case of study the earthquake occurred on October 9, 1995 on the coast of Jalisco-Colima, were studied the hydrodynamics effects of the tsunami caused in the Port of Manzanillo, Mexico, with a methodology that contemplated the following The first step of the methodology contemplated the implementation of the tsunami inverse method to narrow the parameters of the seismic source through the creation of a universe of Green's functions for the west coast of Mexico. Both the seismic moment as the location and extent of earthquake rupture area prescribed in segments fault planes of 30 X 30 km. Each of these segments of the fault plane corresponds a set of Green's functions located in the 100 m isobath, to 172 locations along the coast, separated on average 12 km from each other. The second step of the methodology contemplated the study of the hydrodynamics (speed and directions of currents and sea levels within the port and the study of the runup on the beach Las Brisas) caused by the tsunami, which was studied in a hydraulic model of fix bed and in a numerical model, representing a synthetic tsunami in the depth of 34 m as an initial condition which spread to the coast with a solitary wave signal. As a result of the hydrodynamics of the port of Manzanillo, a risk analysis to define the operating conditions of the port in terms of the velocities in the inner and outside of the port was made, taken in account the initial conditions of the earthquake and tsunami ocurred in Manzanillo port in 1995, were defined the limits conditions of operation of the ships inside and outside the port.