Genomic analyses of flowering transition and inflorescence development in grapevine = Análisis genómicos de la transición floral y del desarrollo de la inflorescencia en la vid

The general objective of this work is to analyze the regulatory processes underlying flowering transition and inflorescence and flower development in grapevine. Most of these crucial developmental events take place within buds growing during two seasons in two consecutive years. During the first season, the shoot apical meristem within the bud differentiates all the basic elements of the shoot including flowering transition in lateral primordia and development of inflorescence primordia. These events practically end with bud dormancy. The second season, buds resume shoot growth associated to flower formation and development. In grapevine, the lateral meristems can give rise either to tendril or inflorescence primordia that are homologous organs. With this purpose, we performed global transcriptome analyses along the bud annual cycle and during inflorescence and tendril development. In addition, we approach the genomic analysis of the MIKC type MADS-box gene family in grapevine to identify all its members and assign them putative biological functions. Regarding buds developmental cycle, the results indicate that the main factors explaining the global gene expression differences were the processes of bud dormancy and active growth as well as stress responses. Non dormant buds exhibited up-regulation in functional categories typical of actively proliferating and growing cells (photosynthesis, cell cycle regulation, chromatin assembly) whereas in dormant ones the main functional categories up-regulated were associated to stress response pathways together with transcripts related to starch catabolism. Major transcriptional changes during the dormancy period were associated to the para/endodormancy, endo/ecodormancy and ecodormancy/bud break transitions. Global transcriptional analyses along tendril and inflorescence development suggested that these two homologous organs share a common transcriptional program related to cell proliferation functions. Both structures showed a progressive decrease in the expression of categories such as cell-cycle, auxin metabolism/signaling, DNA metabolism, chromatin assembly and a cluster of five transcripts belonging to the GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF) transcription factor family, that are known to control cell proliferation in other species and determine the size of lateral organs. However, they also showed organ specific transcriptional programs that can be related to their differential organ structure and function. Tendrils showed higher transcription of genes related to photosynthesis, hormone signaling and secondary metabolism than inflorescences, while inflorescences have higher transcriptional activity for genes encoding transcription factors (especially those belonging to the MADS-box gene family). Further analysis along inflorescence development evidenced the relevance of additional functions likely related to processes of flower development such as fatty acid and lipid metabolism, jasmonate signaling and oxylipin biosynthesis. The transcriptional analyses performed highlighted the relevance of several groups of transcriptional regulators in the developmental processes studied. The expression profiles along bud development revealed significant differences for some MADS-box subfamilies in relation to other plant species, like the members of the FLC and SVP subfamilies suggesting new roles for these groups in grapevine. In this way, it was found that VvFLC2 and VvAGL15.1 could participate, together with some members of the SPL-L family, in dormancy regulation, as was shown for some of them in other woody plants. Similarly, the expression patterns of the VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (together with VvFT, VvMFT1 and VFL) genes could indicate that they play a role in flowering transition in grapevine, in parallel to their roles in other plant systems. The expression levels of VFL, the grapevine LEAFY homolog, could be crucial to specify the development of inflorescence and flower meristems instead of tendril meristems. MADS-box genes VvAP3.1 and 2, VvPI, VvAG1 and 3, VvSEP1-4, as well as VvBS1 and 2 are likely associated with the events of flower meristems and flower organs differentiation, while VvAP1 and VvFUL-L (together with VvSOC1.1, VvAGL6.2) could be involved on tendril development given their expression patterns. In addition, the biological function ofVvAP1 and VvTFL1A was analyzed using a gene silencing approach in transgenic grapevine plants. Our preliminary results suggested a possible role for both genes in the initiation and differentiation of tendrils. Finally, the genomic analysis of the MADS-box gene family in grapevine revealed differential features regarding number and expression pattern of genes putatively involved in the flowering transition process as compared to those involved in the specification of flower and fruit organ identity. Altogether, the results obtained allow identifying putative candidate genes and pathways regulating grapevine reproductive developmental processes paving the way to future experiments demonstrating specific gene biological functions. RESUMEN El objetivo general de este trabajo es analizar los procesos regulatorios subyacentes a la inducción floral así como al desarrollo de la inflorescencia y la flor en la vid. La mayor parte de estos eventos cruciales tienen lugar en las yemas a lo largo de dos estaciones de crecimiento consecutivas. Durante la primera estación, el meristemo apical contenido en la yema diferencia los elementos básicos del pámpano, lo cual incluye la inducción de la floración en los meristemos laterales y el subsiguiente desarrollo de primordios de inflorescencia. Estos procesos prácticamente cesan con la entrada en dormición de la yema. En la segunda estación, se reanuda el crecimiento del pámpano acompañado por la formación y desarrollo de las flores. En la vid, los meristemos laterales pueden dar lugar a primordios de inflorescencia o de zarcillo que son considerados órganos homólogos. Con este objetivo llevamos a cabo un estudio a nivel del transcriptoma de la yema a lo largo de su ciclo anual, así como a lo largo del desarrollo de la inflorescencia y del zarcillo. Además realizamos un análisis genómico de la familia MADS de factores transcripcionales (concretamente aquellos del tipo MIKC) para identificar todos sus miembros y tratar de asignarles posibles funciones biológicas. En cuanto al ciclo de desarrollo de la yema, los resultados indican que los principales factores que explican las diferencias globales en la expresión génica fueron los procesos de dormición de la yema y el crecimiento activo junto con las respuestas a diversos tipos de estrés. Las yemas no durmientes mostraron un incremento en la expresión de genes contenidos en categorías funcionales típicas de células en proliferación y crecimiento activo (como fotosíntesis, regulación del ciclo celular, ensamblaje de cromatina), mientras que en las yemas durmientes, las principales categorías funcionales activadas estaban asociadas a respuestas a estrés, así como con el catabolismo de almidón. Los mayores cambios observados a nivel de transcriptoma en la yema coincidieron con las transiciones de para/endodormición, endo/ecodormición y ecodormición/brotación. Los análisis transcripcionales globales a lo largo del desarrollo del zarcillo y de la inflorescencia sugirieron que estos dos órganos homólogos comparten un programa transcripcional común, relacionado con funciones de proliferación celular. Ambas estructuras mostraron un descenso progresivo en la expresión de genes pertenecientes a categorías funcionales como regulación del ciclo celular, metabolismo/señalización por auxinas, metabolismo de ADN, ensamblaje de cromatina y un grupo de cinco tránscritos pertenecientes a la familia de factores transcripcionales GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF), que han sido asociados con el control de la proliferación celular y en determinar el tamaño de los órganos laterales en otras especies. Sin embargo, también pusieron de manifiesto programas transcripcionales que podrían estar relacionados con la diferente estructura y función de dichos órganos. Los zarcillos mostraron mayor actividad transcripcional de genes relacionados con fotosíntesis, señalización hormonal y metabolismo secundario que las inflorescencias, mientras que éstas presentaron mayor actividad transcripcional de genes codificantes de factores de transcripción (especialmente los pertenecientes a la familia MADS-box). Análisis adicionales a lo largo del desarrollo de la inflorescencia evidenciaron la relevancia de otras funciones posiblemente relacionadas con el desarrollo floral, como el metabolismo de lípidos y ácidos grasos, la señalización mediada por jasmonato y la biosíntesis de oxilipinas. Los análisis transcripcionales llevados a cabo pusieron de manifiesto la relevancia de varios grupos de factores transcripcionales en los procesos estudiados. Los perfiles de expresión estudiados a lo largo del desarrollo de la yema mostraron diferencias significativas en algunas de las subfamilias de genes MADS con respecto a otras especies vegetales, como las observadas en los miembros de las subfamilias FLC y SVP, lo cual sugiere que podrían desempeñar nuevas funciones en la vid. En este sentido, se encontró que los genes VvFLC2 y VvAGL15.1 podrían participar, junto con algunos miembros de la familia SPL-L, en la regulación de la dormición. De un modo similar, los patrones de expresión de los genes VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (junto con VvFT, VvMFT1 y VFL) podría indicar que desempeñan un papel en la regulación de la inducción de la floración en la vid, como se ha observado en otros sistemas vegetales. Los niveles de expresión de VFL, el homólogo en vid del gen LEAFY de A. thaliana podrían ser cruciales para la especificación del desarrollo de meristemos de inflorescencia y flor en lugar de meristemos de zarcillo. Los genes VvAP3.1 y 2, VvPI, VvAG1 y 3, VvSEP1-4, así como VvBS1 y 2 parecen estar asociados con los eventos de diferenciación de meristemos y órganos florales, mientras que VvAP1 y VvFUL-L (junto con VvSOC1.1 y VvAGL6.2) podrían estar implicados en el desarrollo del zarcillo dados sus patrones de expresión. Adicionalmente, se analizó la función biológica de los genes VvAP1 y VvTFL1A por medio de una estrategia de silenciamiento génico. Los datos preliminares sugieren un posible papel para ambos genes en la iniciación y diferenciación de los zarcillos. Finalmente, el análisis genómico de la familia MADS en vid evidenció diferencias con respecto a otras especies vegetales en cuanto a número de miembros y patrón de expresión en genes supuestamente implicados en la inducción de la floración, en comparación con aquellos relacionados con la especificación de identidad de órganos florales y desarrollo del fruto. En conjunto, los resultados obtenidos han permitido identificar posibles rutas y genes candidatos a participar en la regulación de los procesos de desarrollo reproductivo de la vid, sentando las bases de futuros experimentos encaminados a conocer la funciones biológicas de genes específicos.

Métodos alternativos de inducción de muda en ponedoras: efectos sobre la pérdida de peso vivo, la regresión del ovario y del oviducto y los resultados productivos

La producción de huevos disminuye a medida que las ponedoras envejecen. Un método para contrarrestar, al menos parcialmente, esta evolución natural del rendimiento productivo es la muda inducida. El retorno a la puesta de las gallinas tras la muda se debe a un proceso de rejuvenecimiento fisiológico de las aves, relacionado con la regresión del ovario y del oviducto durante la muda, siendo la pérdida de peso corporal decisiva para la regresión de estos órganos. En este trabajo estudiamos los efectos de 3 dietas distintas, utilizadas para inducir la muda (salvado de trigo, cebada y pienso comercial suministrado de forma restringida), sobre la pérdida de peso vivo, sobre la regresión del ovario y del oviducto, y sobre los rendimientos productivos posteriores, en gallinas ponedoras de 2 estirpes comerciales, alojadas con dos densidades diferentes (4 y 6 gallinas, por jaula). Se trabajó con 192 gallinas de cada estirpe, sacrificándose 36 animales (18+18) para poder evaluar la regresión del ovario-oviducto. La estirpe no tuvo influencia significativa sobre el porcentaje de pérdida de peso corporal, aunque sí sobre la pérdida de peso del oviducto y sobre la intensidad de puesta (IP) del segundo ciclo productivo. La menor pérdida de peso se produjo con el salvado y con la cebada, aunque la intensidad de puesta (IP) no varió entre tratamientos, excepto en gallinas ligeras mudadas con salvado de trigo, que alcanzaron una IP significativamente menor. Tampoco tuvo efecto significativo el número de gallinas por jaula sobre la IP, ni sobre la pérdida de peso. Egg production lows according layers get older. Induced moulting is a method to counteract this, at least partially. Production after moulting is due a process of physiologic rejuvenation of birds, connected with ovary and oviduct regression during the moult. Body weight loss is decisive for this process. We studied the effect of three different feed used to induce moulting (wheat bran, barley and restricted layer diet) on body weight loss, ovary and oviduct regression, and performance after moulting. 192 layers of two strains were used, housed in cages with 4 ó 6 birds per cage. 36 layers were euthanized to evaluate the reproductive tissues regression. Strain had not significative influence on body weight loss, but it had on ovary and oviduct weight losses, and on egg production (%) of second cycle of laying. The less body weight loss was in layers moulted with wheat bran and of that with barley. Egg production (%) was not different between treatments. Number of bird per cage had not significative effect on production and body, ovary and oviduct weight losses.

Inducción de la muda de gallinas ponedoras mediante el uso de alimentos bajos en energía y proteína: efectos en la producción y en la calidad del huevo postmuda

La inducción de la muda en gallinas ponedoras mediante la supresión total del alimento sólido está prohibida en la UE por perjudicar el bienestar de la gallina y su sistema inmunitario. Por ello, es necesario estudiar alternativas (sin ayuno) que logren una adecuada pérdida de peso vivo para que la puesta cese rápidamente, su tract o reproductor se “rejuvenezca”, y la producción de huevos se reanude rápida y satisfactoriamente, con una mínima mortalidad. El objetivo del trabajo fue determinar la eficacia con que tres alimentos (salvado de trigo, cebada y un pienso comercial suministrado en cantidad restringida) podían inducir la muda en ponedoras de dos estirpes genéticas, y analizar comparativamente los resultados cuantitativos y cualitativos obtenidos, tanto por estirpe como por tratamiento. La muda se indujo a 216 gallinas de una estirpe ligera y a 216 gallinas de estirpe semipesada. Las gallinas se alojaron en bloques de 3 jaulas con 4 aves por jaula, con 18 réplicas por estirpe y 12 réplicas por tratamiento. El salvado y la cebada causaron el cese de la puesta más rápidamente (dí as 7 y 9 desde el inicio de la muda; respectivamente) que el pienso restringido (día14) (P<0,001). La producción de huevos durante la muda fue mayor con pienso restringido ( P < 0,001) y también mayor en las semipesadas (28,1%) que en las ligeras ( 18,9%). Tras la muda, las gallinas ligeras tuvieron mayor producción (73,1%) que las semipesadas (70,8%) , aunque un peso medio del huevo inferior (69,8 vs 70,7 g). El salvado dio lugar a una mayor IP (74,6%) pero el peso del huevo fue inferior (69,7 g). Todos los parámetros cualitativos analizados presentaron diferencias significativas entre gallinas ligeras y semipesadas, de uno u otro signo. En cambio, el alimento utilizado para inducir la muda no influyó en la calidad del huevo tras la muda.

Sistema de control para optimizar la eficiencia de un equipo fotovoltaico de bombeo directo accionado por un motor de inducción

El objetivo principal está recogido en el título de la Tesis. Ampliando éste para hacerlo más explícito, puede decirse que se trata de “desarrollar un sistema de control para que una instalación fotovoltaica de bombeo directo con una bomba centrífuga accionada por un motor de inducción trabaje de la forma más eficiente posible”. Para lograr ese propósito se establecieron los siguientes objetivos específicos: 1. Diseñar y construir un prototipo de instalación fotovoltaica de bombeo directo que utilice principalmente elementos de bajo coste y alta fiabilidad. Para cumplir esos requisitos la instalación consta de un generador fotovoltaico con módulos de silicio monocristalino, una bomba centrífuga accionada por un motor de inducción y un inversor que controla vectorialmente el motor. Los módulos de silicio monocristalino, el motor asíncrono y la bomba centrífuga son, en sus respectivas categorías, los elementos más robustos y fiables que existen, pudiendo ser adquiridos, instalados e incluso reparados (el motor y la bomba) por personas con una mínima formación técnica en casi cualquier lugar del mundo. El inversor no es tan fiable ni fácil de reparar. Ahora bien, para optimizar la potencia que entrega el generador y tener algún tipo de control sobre el motor se necesita al menos un convertidor electrónico. Por tanto, la inclusión del inversor en el sistema no reduce su fiabilidad ni supone un aumento del coste. La exigencia de que el inversor pueda realizar el control vectorial del motor responde a la necesidad de optimizar tanto la operación del conjunto motor-bomba como la del generador fotovoltaico. Como más adelante se indica, lograr esa optimización es otro de los objetivos que se plantea. 2. Reducir al mínimo el número de elementos de medida y control que necesita el sistema para su operación (sensorless control). Con ello se persigue aumentar la robustez y fiabilidad del sistema y reducir sus operaciones de mantenimiento, buscando que sea lo más económico posible. Para ello se deben evitar todas las medidas que pudieran ser redundantes, tomando datos sólo de las variables eléctricas que no pueden obtenerse de otra forma (tensión e intensidad en corriente continua y dos intensidades en corriente alterna) y estimando la velocidad del rotor (en vez de medirla con un encoder u otro dispositivo equivalente). 3. Estudiar posibles formas de mejorar el diseño y la eficiencia de estas instalaciones. Se trata de establecer criterios para seleccionar los dispositivos mas eficientes o con mejor respuesta, de buscar las condiciones para la operación óptima, de corregir problemas de desacoplo entre subsistemas, etc. Mediante el análisis de cada una de las partes de las que consta la instalación se plantearán estrategias para minimizar pérdidas, pautas que permitan identificar los elementos más óptimos y procedimientos de control para que la operación del sistema pueda alcanzar la mayor eficiente posible. 4. Implementar un modelo de simulación del sistema sobre el que ensayar las estrategias de control que sean susceptibles de llevar a la práctica. Para modelar el generador fotovoltaico se requiere un conjunto de parámetros que es necesario estimar previamente a partir de datos obtenidos de los catálogos de los módulos a utilizar o mediante ensayos. Igual sucede con los parámetros para modelar el motor. Como se pretende que el motor trabaje siempre con la máxima eficiencia será necesario realizar su control vectorial, por lo que el modelo que se implemente debe ser también vectorial. Ahora bien, en el modelo vectorial estándar que normalmente se utiliza en los esquemas de control se consideran nulas las pérdidas en el hierro, por lo que sólo se podrá utilizar ese modelo para evaluar la eficiencia del motor si previamente se modifica para que incluya el efecto de dichas pérdidas. 5. Desarrollar un procedimiento de control para que el inversor consiga que el motor trabaje con mínimas pérdidas y a la vez el generador entregue la máxima potencia. Tal como se ha mencionado en el primer objetivo, se trata de establecer un procedimiento de control que determine las señales de consigna más convenientes para que el inversor pueda imponer en cada momento al motor las corrientes de estator para las que sus pérdidas son mínimas. Al mismo tiempo el procedimiento de control debe ser capaz de variar las señales de consigna que recibe el inversor para que éste pueda hacer que el motor demande más o menos potencia al generador fotovoltaico. Actuando de esa forma se puede lograr que el generador fotovoltaico trabaje entregando la máxima potencia. El procedimiento de control desarrollado se implementará en un DSP encargado de generar las señales de referencia que el inversor debe imponer al motor para que trabaje con mínimas pérdidas y a la vez el generador fotovoltaico entregue la máxima potencia.

El paisaje : diseño de una metodología para su análisis, planificación e inclusión en los procesos de toma de decisiones

Esta tesis se inscribe en el campo de la tecnología, o ciencia aplicada, lo que significa que se elabora con la voluntad de que sus hallazgos puedan ser utilizados para acometer los desafíos con que se enfrenta el paisaje en cuanto recurso, testimonio histórico-cultural y factor ambiental, de importancia creciente para la calidad de vida de los ciudadanos. Se estructura en seis capítulos: El primero describe los objetivos, metodología y los medios utilizados en su elaboración; el segundo se refiere al estado actual de la cuestión que se investiga; el tercero y el cuarto constituyen el centro de la tesis, y presentan el modelo conceptual de paisaje y EL modelo metodológico que se proponen para alcanzar el objetivo de la Tesis; el quinto sintetiza la verificación realizada para dichos modelos; y el sexto contiene las conclusiones. Para definir los objetivos, la tesis considera que el paisaje se comporta como un recurso socioeconómico capaz de generar riqueza y empleo, y que, a pesar de la preocupación legal por su conservación, se encuentra sometido a graves procesos de deterioro; por todo ello ha pasado de ser un tema menor en el territorio, a constituir un elemento de interés primordial. Pero el carácter de percepción subjetiva del paisaje supone una gran dificultad para tratarlo técnicamente en los procesos de toma de decisiones que conducen el desarrollo. Y es precisamente el objetivo de esta tesis resolver esa dificultad, mediante el desarrollo una metodología y de unas técnicas que permitan integrar este recurso en la formulación de políticas, planes, proyectos e instrumentos de gestión. La metodología utilizada en la investigación, ha sido una aplicación del método inducción-deducción, según el cual a partir de la observación de hechos particulares se hacen generalizaciones que luego se aplican a otros hechos particulares, y ello, en ciclos sucesivos, va dotando de solvencia y de solidez a las generalizaciones. Respecto al estado de la cuestión, dada la enorme cantidad de antecedentes sobre el paisaje, el doctorando se ha centrado fundamentalmente en los últimos años, por ser en este tiempo cuando se ha conformado la preocupación y el concepto actual de paisaje, el cual asume que, hermoso o feo, todo el territorio es paisaje, y por tanto el objetivo no debe ser protegerlo, sino planificarlo para gestionarlo. En el tercer capítulo se expone el modelo de paisaje que se propone, para lo que se parte de la siguiente definición de paisaje: Percepción polisensorial y subjetiva de la expresión externa en que se manifiesta el sistema territorial, según la cual el Paisaje implica tanto a lo percibido como a quien lo percibe: debe existir un perceptor para que el paisaje se revele y manifieste. Esto da lugar a un modelo de paisaje organizado en dos grandes componentes: una objetiva, la imagen que proyecta un sistema real (el territorial), determinante del "carácter" del paisaje, a lo que se denomina en esta tesis Base Paisajística, y otra subjetiva, que no es más que la percepción de los observadores, cada uno de los cuales se hace su propia composición del paisaje. En el cuarto capítulo, a partir del modelo de paisaje definido, y teniendo en cuenta el objetivo central de la tesis, se presenta una propuesta metodológica para analizar, diagnosticar y planificar el paisaje. La metodología propuesta se estructura en tres niveles, que se desarrollan consecutivamente: en una primera fase se analizan lo que se ha denominado elementos primarios del paisaje, en una segunda fase se desarrollan los elementos elaborados para el diagnóstico, y en una tercera fase se concretan los elementos de percepción para la decisión, que suponen un último nivel de elaboración que permite insertar el paisaje fácilmente en el instrumento que se elabora. El quinto capítulo se destina a verificar o contrastar el comportamiento y la validez del modelo y la metodología diseñados. Así el modelo ha sido refrendado por la comunidad científica, técnica y la sociedad en general, que ha intervenido en los casos que han servido de base a la tesis, tanto en su elaboración, como en su validación a través de procesos de participación pública. Además los casos que se exponen en este capítulo permiten apreciar cómo el modelo se ha ido desarrollando y mejorando a lo largo de varios años, y cómo es suficientemente flexible para poder aplicarse, con los lógicos ajustes derivados de los objetivos específicos, y de la escala, de cada caso concreto, a la extensa casuística que se plantea en la vida profesional. En el sexto y último capítulo, se incluyen una serie de conclusiones que se han ido extrayendo a lo largo del proceso de elaboración de la tesis, y se identifican aquellos campos de investigación que tal proceso ha abierto.