Diseño e implementación de un módulo para la estructuración de notas clínicas

El presente Trabajo Fin de Grado (TFG) surge de la necesidad de disponer de tecnologías que faciliten el Procesamiento de Lenguaje Natural (NLP) en español dentro del sector de la medicina. Centrado concretamente en la extracción de conocimiento de las historias clínicas electrónicas (HCE), que recogen toda la información relacionada con la salud del paciente y en particular, de los documentos recogidos en dichas historias, pretende la obtención de todos los términos relacionados con la medicina. El Procesamiento de Lenguaje Natural permite la obtención de datos estructurados a partir de información no estructurada. Estas técnicas permiten un análisis de texto que genera etiquetas aportando significado semántico a las palabras para la manipulación de información. A partir de la investigación realizada del estado del arte en NLP y de las tecnologías existentes para otras lenguas, se propone como solución un módulo de anotación de términos médicos extraídos de documentos clínicos. Como términos médicos se han considerado síntomas, enfermedades, partes del cuerpo o tratamientos obtenidos de UMLS, una ontología categorizada que agrega distintas fuentes de datos médicos. Se ha realizado el diseño y la implementación del módulo así como el análisis de los resultados obtenidos realizando una evaluación con treinta y dos documentos que contenían 1372 menciones de terminología médica y que han dado un resultado medio de Precisión: 70,4%, Recall: 36,2%, Accuracy: 31,4% y F-Measure: 47,2%.---ABSTRACT---This Final Thesis arises from the need for technologies that facilitate the Natural Language Processing (NLP) in Spanish in the medical sector. Specifically it is focused on extracting knowledge from Electronic Health Records (EHR), which contain all the information related to the patient's health and, in particular, it expects to obtain all the terms related to medicine from the documents contained in these records. Natural Language Processing allows us to obtain structured information from unstructured data. These techniques enable analysis of text generating labels providing semantic meaning to words for handling information. From the investigation of the state of the art in NLP and existing technologies in other languages, an annotation module of medical terms extracted from clinical documents is proposed as a solution. Symptoms, diseases, body parts or treatments are considered part of the medical terms contained in UMLS ontology which is categorized joining different sources of medical data. This project has completed the design and implementation of a module and the analysis of the results have been obtained. Thirty two documents which contain 1372 mentions of medical terminology have been evaluated and the average results obtained are: Precision: 70.4% Recall: 36.2% Accuracy: 31.4% and F-Measure: 47.2%.

Extracción de Reglas de Asociación en una Base de Datos Clínicos de Pacientes con Vih/Sida

En la actualidad, las personas infectadas por el VIH con acceso a tratamiento retrasan indefinidamente su entrada en la fase SIDA de la enfermedad, convirtiéndose en pacientes crónicos. Un mayor conocimiento del comportamiento del virus y de cómo afecta a las personas infectadas podría conducirnos a optimizar el tratamiento y con ello mejorar la calidad de vida de los pacientes. En este contexto aparece la minería de datos, un conjunto de metodologías que, aplicadas a grandes bases de datos, nos permiten obtener información novedosa y potencialmente útil oculta en ellas. Este trabajo de investigación realiza una primera aproximación al problema mediante la búsqueda de asociaciones en una base de datos en la que se registran las historias clínicas electrónicas de personas infectadas que son tratadas en el Hospital Clínic de Barcelona.

Diseño e implementación de un algoritmo para la detección de la negación de textos clínicos en español

Vivimos en una época en la que cada vez existe una mayor cantidad de información. En el dominio de la salud la historia clínica digital ha permitido digitalizar toda la información de los pacientes. Estas historias clínicas digitales contienen una gran cantidad de información valiosa escrita en forma narrativa que sólo podremos extraer recurriendo a técnicas de procesado de lenguaje natural. No obstante, si se quiere realizar búsquedas sobre estos textos es importante analizar que la información relativa a síntomas, enfermedades, tratamientos etc. se puede refererir al propio paciente o a sus antecentes familiares, y que ciertos términos pueden aparecer negados o ser hipotéticos. A pesar de que el español ocupa la segunda posición en el listado de idiomas más hablados con más de 500 millones de hispano hablantes, hasta donde tenemos de detección de la negación, probabilidad e histórico en textos clínicos en español. Por tanto, este Trabajo Fin de Grado presenta una implementación basada en el algoritmo ConText para la detección de la negación, probabilidad e histórico en textos clínicos escritos en español. El algoritmo se ha validado con 454 oraciones que incluían un total de 1897 disparadores obteniendo unos resultado de 83.5 %, 96.1 %, 96.9 %, 99.7% y 93.4% de exactitud con condiciones afirmados, negados, probable, probable negado e histórico respectivamente. ---ABSTRACT---We live in an era in which there is a huge amount of information. In the domain of health, the electronic health record has allowed to digitize all the information of the patients. These electronic health records contain valuable information written in narrative form that can only be extracted using techniques of natural language processing. However, if you want to search on these texts is important to analyze if the relative information about symptoms, diseases, treatments, etc. are referred to the patient or family casework, and that certain terms may appear negated or be hypothesis. Although Spanish is the second spoken language with more than 500 million speakers, there seems to be no method of detection of negation, hypothesis or historical in medical texts written in Spanish. Thus, this bachelor’s final degree presents an implementation based on the ConText algorithm for the detection of negation, hypothesis and historical in medical texts written in Spanish. The algorithm has been validated with 454 sentences that included a total of 1897 triggers getting a result of 83.5 %, 96.1 %, 96.9 %, 99.7% and 93.4% accuracy with affirmed, negated, hypothesis, negated hypothesis and historical respectively.