Genomic analyses of flowering transition and inflorescence development in grapevine = Análisis genómicos de la transición floral y del desarrollo de la inflorescencia en la vid

The general objective of this work is to analyze the regulatory processes underlying flowering transition and inflorescence and flower development in grapevine. Most of these crucial developmental events take place within buds growing during two seasons in two consecutive years. During the first season, the shoot apical meristem within the bud differentiates all the basic elements of the shoot including flowering transition in lateral primordia and development of inflorescence primordia. These events practically end with bud dormancy. The second season, buds resume shoot growth associated to flower formation and development. In grapevine, the lateral meristems can give rise either to tendril or inflorescence primordia that are homologous organs. With this purpose, we performed global transcriptome analyses along the bud annual cycle and during inflorescence and tendril development. In addition, we approach the genomic analysis of the MIKC type MADS-box gene family in grapevine to identify all its members and assign them putative biological functions. Regarding buds developmental cycle, the results indicate that the main factors explaining the global gene expression differences were the processes of bud dormancy and active growth as well as stress responses. Non dormant buds exhibited up-regulation in functional categories typical of actively proliferating and growing cells (photosynthesis, cell cycle regulation, chromatin assembly) whereas in dormant ones the main functional categories up-regulated were associated to stress response pathways together with transcripts related to starch catabolism. Major transcriptional changes during the dormancy period were associated to the para/endodormancy, endo/ecodormancy and ecodormancy/bud break transitions. Global transcriptional analyses along tendril and inflorescence development suggested that these two homologous organs share a common transcriptional program related to cell proliferation functions. Both structures showed a progressive decrease in the expression of categories such as cell-cycle, auxin metabolism/signaling, DNA metabolism, chromatin assembly and a cluster of five transcripts belonging to the GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF) transcription factor family, that are known to control cell proliferation in other species and determine the size of lateral organs. However, they also showed organ specific transcriptional programs that can be related to their differential organ structure and function. Tendrils showed higher transcription of genes related to photosynthesis, hormone signaling and secondary metabolism than inflorescences, while inflorescences have higher transcriptional activity for genes encoding transcription factors (especially those belonging to the MADS-box gene family). Further analysis along inflorescence development evidenced the relevance of additional functions likely related to processes of flower development such as fatty acid and lipid metabolism, jasmonate signaling and oxylipin biosynthesis. The transcriptional analyses performed highlighted the relevance of several groups of transcriptional regulators in the developmental processes studied. The expression profiles along bud development revealed significant differences for some MADS-box subfamilies in relation to other plant species, like the members of the FLC and SVP subfamilies suggesting new roles for these groups in grapevine. In this way, it was found that VvFLC2 and VvAGL15.1 could participate, together with some members of the SPL-L family, in dormancy regulation, as was shown for some of them in other woody plants. Similarly, the expression patterns of the VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (together with VvFT, VvMFT1 and VFL) genes could indicate that they play a role in flowering transition in grapevine, in parallel to their roles in other plant systems. The expression levels of VFL, the grapevine LEAFY homolog, could be crucial to specify the development of inflorescence and flower meristems instead of tendril meristems. MADS-box genes VvAP3.1 and 2, VvPI, VvAG1 and 3, VvSEP1-4, as well as VvBS1 and 2 are likely associated with the events of flower meristems and flower organs differentiation, while VvAP1 and VvFUL-L (together with VvSOC1.1, VvAGL6.2) could be involved on tendril development given their expression patterns. In addition, the biological function ofVvAP1 and VvTFL1A was analyzed using a gene silencing approach in transgenic grapevine plants. Our preliminary results suggested a possible role for both genes in the initiation and differentiation of tendrils. Finally, the genomic analysis of the MADS-box gene family in grapevine revealed differential features regarding number and expression pattern of genes putatively involved in the flowering transition process as compared to those involved in the specification of flower and fruit organ identity. Altogether, the results obtained allow identifying putative candidate genes and pathways regulating grapevine reproductive developmental processes paving the way to future experiments demonstrating specific gene biological functions. RESUMEN El objetivo general de este trabajo es analizar los procesos regulatorios subyacentes a la inducción floral así como al desarrollo de la inflorescencia y la flor en la vid. La mayor parte de estos eventos cruciales tienen lugar en las yemas a lo largo de dos estaciones de crecimiento consecutivas. Durante la primera estación, el meristemo apical contenido en la yema diferencia los elementos básicos del pámpano, lo cual incluye la inducción de la floración en los meristemos laterales y el subsiguiente desarrollo de primordios de inflorescencia. Estos procesos prácticamente cesan con la entrada en dormición de la yema. En la segunda estación, se reanuda el crecimiento del pámpano acompañado por la formación y desarrollo de las flores. En la vid, los meristemos laterales pueden dar lugar a primordios de inflorescencia o de zarcillo que son considerados órganos homólogos. Con este objetivo llevamos a cabo un estudio a nivel del transcriptoma de la yema a lo largo de su ciclo anual, así como a lo largo del desarrollo de la inflorescencia y del zarcillo. Además realizamos un análisis genómico de la familia MADS de factores transcripcionales (concretamente aquellos del tipo MIKC) para identificar todos sus miembros y tratar de asignarles posibles funciones biológicas. En cuanto al ciclo de desarrollo de la yema, los resultados indican que los principales factores que explican las diferencias globales en la expresión génica fueron los procesos de dormición de la yema y el crecimiento activo junto con las respuestas a diversos tipos de estrés. Las yemas no durmientes mostraron un incremento en la expresión de genes contenidos en categorías funcionales típicas de células en proliferación y crecimiento activo (como fotosíntesis, regulación del ciclo celular, ensamblaje de cromatina), mientras que en las yemas durmientes, las principales categorías funcionales activadas estaban asociadas a respuestas a estrés, así como con el catabolismo de almidón. Los mayores cambios observados a nivel de transcriptoma en la yema coincidieron con las transiciones de para/endodormición, endo/ecodormición y ecodormición/brotación. Los análisis transcripcionales globales a lo largo del desarrollo del zarcillo y de la inflorescencia sugirieron que estos dos órganos homólogos comparten un programa transcripcional común, relacionado con funciones de proliferación celular. Ambas estructuras mostraron un descenso progresivo en la expresión de genes pertenecientes a categorías funcionales como regulación del ciclo celular, metabolismo/señalización por auxinas, metabolismo de ADN, ensamblaje de cromatina y un grupo de cinco tránscritos pertenecientes a la familia de factores transcripcionales GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF), que han sido asociados con el control de la proliferación celular y en determinar el tamaño de los órganos laterales en otras especies. Sin embargo, también pusieron de manifiesto programas transcripcionales que podrían estar relacionados con la diferente estructura y función de dichos órganos. Los zarcillos mostraron mayor actividad transcripcional de genes relacionados con fotosíntesis, señalización hormonal y metabolismo secundario que las inflorescencias, mientras que éstas presentaron mayor actividad transcripcional de genes codificantes de factores de transcripción (especialmente los pertenecientes a la familia MADS-box). Análisis adicionales a lo largo del desarrollo de la inflorescencia evidenciaron la relevancia de otras funciones posiblemente relacionadas con el desarrollo floral, como el metabolismo de lípidos y ácidos grasos, la señalización mediada por jasmonato y la biosíntesis de oxilipinas. Los análisis transcripcionales llevados a cabo pusieron de manifiesto la relevancia de varios grupos de factores transcripcionales en los procesos estudiados. Los perfiles de expresión estudiados a lo largo del desarrollo de la yema mostraron diferencias significativas en algunas de las subfamilias de genes MADS con respecto a otras especies vegetales, como las observadas en los miembros de las subfamilias FLC y SVP, lo cual sugiere que podrían desempeñar nuevas funciones en la vid. En este sentido, se encontró que los genes VvFLC2 y VvAGL15.1 podrían participar, junto con algunos miembros de la familia SPL-L, en la regulación de la dormición. De un modo similar, los patrones de expresión de los genes VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (junto con VvFT, VvMFT1 y VFL) podría indicar que desempeñan un papel en la regulación de la inducción de la floración en la vid, como se ha observado en otros sistemas vegetales. Los niveles de expresión de VFL, el homólogo en vid del gen LEAFY de A. thaliana podrían ser cruciales para la especificación del desarrollo de meristemos de inflorescencia y flor en lugar de meristemos de zarcillo. Los genes VvAP3.1 y 2, VvPI, VvAG1 y 3, VvSEP1-4, así como VvBS1 y 2 parecen estar asociados con los eventos de diferenciación de meristemos y órganos florales, mientras que VvAP1 y VvFUL-L (junto con VvSOC1.1 y VvAGL6.2) podrían estar implicados en el desarrollo del zarcillo dados sus patrones de expresión. Adicionalmente, se analizó la función biológica de los genes VvAP1 y VvTFL1A por medio de una estrategia de silenciamiento génico. Los datos preliminares sugieren un posible papel para ambos genes en la iniciación y diferenciación de los zarcillos. Finalmente, el análisis genómico de la familia MADS en vid evidenció diferencias con respecto a otras especies vegetales en cuanto a número de miembros y patrón de expresión en genes supuestamente implicados en la inducción de la floración, en comparación con aquellos relacionados con la especificación de identidad de órganos florales y desarrollo del fruto. En conjunto, los resultados obtenidos han permitido identificar posibles rutas y genes candidatos a participar en la regulación de los procesos de desarrollo reproductivo de la vid, sentando las bases de futuros experimentos encaminados a conocer la funciones biológicas de genes específicos.

The family of DOF transcription factors in Brachypodium distachyon: phylogenetic comparison with rice and barley DOFs and expression profiling

ABSTRACT: Transcription factors (TFs) are proteins that have played a central role both in evolution and in domestication, and are major regulators of development in living organisms. Plant genome sequences reveal that approximately 7% of all genes encode putative TFs. The DOF (DNA binding with One Finger) TF family has been associated with vital processes exclusive to higher plants and to their close ancestors (algae, mosses and ferns). These are seed maturation and germination, light-mediated regulation, phytohormone and plant responses to biotic and abiotic stresses, etc. In Hordeum vulgare and Oryza sativa, 26 and 30 different Dof genes, respectively, have been annotated. Brachypodium distachyon has been the first Pooideae grass to be sequenced and, due to its genomic, morphological and physiological characteristics, has emerged as the model system for temperate cereals, such as wheat and barley. RESULTS: Through searches in the B. distachyon genome, 27 Dof genes have been identified and a phylogenetic comparison with the Oryza sativa and the Hordeum vulgare DOFs has been performed. To explore the evolutionary relationship among these DOF proteins, a combined phylogenetic tree has been constructed with the Brachypodium DOFs and those from rice and barley. This phylogenetic analysis has classified the DOF proteins into four Major Cluster of Orthologous Groups (MCOGs). Using RT-qPCR analysis the expression profiles of the annotated BdDof genes across four organs (leaves, roots, spikes and seeds) has been investigated. These results have led to a classification of the BdDof genes into two groups, according to their expression levels. The genes highly or preferentially expressed in seeds have been subjected to a more detailed expression analysis (maturation, dry stage and germination). CONCLUSIONS: Comparison of the expression profiles of the Brachypodium Dof genes with the published functions of closely related DOF sequences from the cereal species considered here, deduced from the phylogenetic analysis, indicates that although the expression profile has been conserved in many of the putative orthologs, in some cases duplication followed by subsequent divergence may have occurred (neo-functionalization).

Native bradyrhizobial symbionts of Lupinus mariae-josephae, a unique endemism thriving in alkaline soils in Eastern Spain

Lupinus mariae-josephae (Lmj) es una especie de lupino endémica de una pequeña y específica área de Comunidad Valenciana (Este de España), donde prospera en suelos alcalinoscalcáreos, un hábitat singular para los altramuces, que crecen preferentemente en suelos ácidos o neutros. Esto hace de Lmj una especie de lupino única. Cuando se inició este trabajo, la extensión conocida de este endemismo abarcaba unos 700 kilómetros cuadrados, confinados en la provincia de Valencia. En esta área, Lmj prospera en pequeñas poblaciones aisladas que contienen un número reducido de plantas por lo que se la consideró una especie en peligro de extinción. Todos los esfuerzos, utilizando estrategias clásicas dirigidas a ampliar el área de crecimiento de Lmj y garantizar su conservación, han tenido un éxito limitado. El trabajo que se presenta está dirigido a mejorar el conocimiento de la ecología de Lmj, en particular la interacción simbiótica que establece con bacterias del suelo denominadas rizobios y se centra en la caracterización fenotípica, filogenética y genómica de esos rizobios. También se investiga la posible contribución de la simbiosis en mejorar la conservación de Lmj. Para este fin, se han estudiado diferentes aspectos que se describen a continuación. El primero objetivo se centró en aislar y estudiar de la diversidad genética de las bacterias endosimbióticas de Lmj. . Se realizó un análisis filogenético de genes esenciales que mostró que las cepas de Lmj pertenecen al género Bradyrhizobium y que presentan una gran diversidad con características fenotípicas y simbióticas diferentes de cepas de Bradyrhizobium que nodulan otras especies de lupinos nativos de España (cepas ISLU). Las cepas estudiadas se dividieron en dos grupos (Clado I y Clado II). El Clado I, incluye a las cepas Lmj, definiendo un nuevo linaje, filogenéticamente relacionado con otras especies de Bradyrhizobium, como B. jicamae y B. elkanii. El Clado II contiene cepas ISLU relacionadas con cepas de B. canariense y B. japonicum que establecen simbiosis con lupinos de suelos ácidos. Otro análisis filogenético basado en genes simbióticos, distribuyó las cepas de Lmj en sólo dos grupos diferentes. La singularidad y gran diversidad de estas cepas en una pequeña área geográfica, hacen de este, un atractivo sistema para el estudio de la evolución y adaptación de las bacterias simbióticas a su respectiva planta huésped. Adicionalmente, se estudio la presencia de bacterias capaces de nodular Lmj en suelos básicos de Chiapas, México. Sorprendentemente, estos suelos contienen bacterias capaces establecer interacciones simbióticas eficientes con Lmj en ensayos de invernadero. A continuación se investigó la taxonomía de los endosimbiontes de Lmj analizando la secuencia de cuatro genes esenciales (16S rRNA, recA, glnII y atpD) y el promedio de identidad de nucleótidos de genomas completos de algunas cepas representativas de la diversidad (ANIm). Se identificaron nuevas especies de Bradyrhizobium dentro del Clado I y se definió una de ellas: 'Bradyrhizobium valentinum' sp. nov (cepa tipo LmjM3T = CECT 8364T, LMG 2761T). También se abordó cómo conservar Lmj en su hábitat natural mediante inoculación con alguna de las cepas aisladas. Se demostró la ausencia de bacterias capaces de nodular Lmj en suelos rojos alcalinos o ‘‘terra rossa’’ de la Península Ibérica y Baleares. Dos cepas, altamente eficientes en cuanto a la fijación de nitrógeno, LmjC y LmjM3T, fueron seleccionadas para ser empleadas como inoculantes. Dos experimentos de campo llevados a cabo en años consecutivos en áreas con características edafoclimáticas similares a las que presentan las poblaciones de Lmj, lograron la reproducción exitosa de la planta. Se concluyó que un ciclo reproductivo exitoso de Lmj es absolutamente dependiente de la inoculación con sus simbiontes naturales y que la simbiosis debe ser considerada un factor esencial en estrategias de conservación de leguminosas en peligro. La obtención de varias secuencias genómicas de cepas aisladas de Lmj y de otras cepas de Bradyrhizobium reveló una alta similitud entre los genomas de las cepas del Clado I, y permitió la identificación de cinco posibles nuevas especies. Además, se estudiaron tres agrupaciones de genes relacionados con la simbiosis (nod, nif y fix) definiendo un nuevo linaje para las cepas de Lmj, diferente del symbiovar “genistearum” de B. canariense y B. japonicum. La baja diversidad encontrada en el análisis filogenético de los genes simbióticos contrasta con la gran diversidad asociada a genes esenciales. La presencia de plásmidos en cepas del género Bradyrhizobium ha sido descrita en muy pocas ocasiones, sin embargo el análisis de la secuencia genómica de la cepa ISLU101, aislada de Lupinus angustifolius, reveló la presencia de un origen de replicación extracromosómico homólogo al operón repABC, presente en el plásmido de Bradyrhizobium sp BTAi1. Gracias a esta secuencia se identificaron genes homólogos en 19 de 72 cepas ISLU. Filogenéticamente, las secuencias de repABC se agruparon en un grupo monofilético con las de pBTAi1 y separadas de los rizobios de crecimiento rápido. Finalmente, se identificaron sistemas de secreción de proteínas de tipo III (T3SS) en nueve genomas de cepas de Lmj. Los T3SS pueden inyectar proteínas efectoras al interior de células vegetales. Su presencia en rizobios se ha relacionado con la gama de hospedador que pueden nodular y puede tener un efecto beneficioso, neutro o perjudicial en la simbiosis. Los T3SS de las cepas de Lmj codifican para una proteína efectora similar a NopE, un efector dependiente de T3SS descrito en B. diazoefficiens USDA 110T. La proteína NopE de la cepa LmjC se ha caracterizado bioquímicamente. ABSTRACT Lupinus mariae-josephae (Lmj) is a lupine species endemic of a unique small area in Valencia region (Eastern Spain) where the lupine plants thrive in alkaline-limed soils, which preferentially grow in acid or neutral soils. This is the type of soils native lupines of Spain. When this work was initiated, the extension of the endemic area of Lmj was of about 700 squared kilometers confined to the Valencia province. In this area, Lmj thrives in small, isolated patches containing a reduced number of plants, and points to an endemism that can easily became endangered or extinct. Consequently, the Valencia Community authorities gave a ‘‘microreserve” status for conservation of the species. All efforts, using classical strategies directed to extend the area of Lmj growth and ensure its conservation have been so far unsuccessful. The work presented here is directed to improve our knowledge of Lmj ecology and it is centered in the characterization of the rhizobial symbiosis by phenotypic, phylogenetic and genomic analysis as well as in investigate the potential contribution of the symbiosis to improve its conservation. To this end, five different topics have been studied, and results are briefly described here. Extensive details can be followed en the attached, published articles. The first topic deals with the indigenous rhizobial symbionts of the Lmj endemism, and its genetic diversity was investigated. The Lmj root symbionts belong to the Bradyrhizobium genus, and phylogenetic analysis based on core genes identified a large diversity of Bradyrhizobium strains with phenotypic and symbiotic characteristics different from rhizobia nodulating other Lupinus spp. native of Spain. The strains were split in two clades. Clade II contained strains close to classical B. canariense and B. japonicum lineages that establish symbioses with lupines in acid soils of the Mediterranean area. Clade I included Lmj strains that define a new lineage, close to other Bradyrhizobium species as B. jicamae and B. elkanii. The phylogenetic analysis based on symbiotic genes identified only two distinct clusters. The singularity and large diversity of these strains in such a small geographical area makes this an attractive system for studying the evolution and adaptation of the rhizobial symbiont to the plant host. Additionally, the presence of bacteria able to nodulate Lmj in basic soils from Chiapas, Mexico was investigated. Surprisingly, these soils contain bacteria able to effectively nodulate and fix nitrogen with Lmj plants in greenhouse assays. In the second topic, the taxonomic status of the endosymbiotic bacteria of Lmj from Valencia endemism and Chiapas was investigated. Results from phylogenetic analysis of core genes and Average Nucleotide Identity (ANIm) using draft genomic sequences identified new Bradyrhizobium species within strains of Clade I of Lmj endosymbiotic bacteria. Only one of these potentially new species has been defined, meanwhile the others are under process of characterization. The name ‘Bradyrhizobium valentinum’ sp. nov. was proposed for the defined species (type strain LmjM3T= CECT 8364T, LMG 2761T). The third topic was directed to conservation of endangered Lmj in its natural habitat. The relevant conclusion of this experimentation is that the symbiosis should be considered as a relevant factor in the conservation strategies for endangered legumes. First, we showed absence of bacteria able to nodulate Lmj in all the inspected ‘‘terra rossa’’ or alkaline red soils of the Iberian Peninsula and Balearic Islands. Then, two efficient nitrogen fixing strains with Lmj plants, LmjC and LmjM3T, were selected as inoculum for seed coating. Two planting experiments were carried out in consecutive years under natural conditions in areas with edapho-climatic characteristics identical to those sustaining natural Lmj populations, and successful reproduction of the plant was achieved. The relevant conclusion from these assays was that the successful reproductive cycle was absolutely dependent on seedling inoculation with effective bradyrhizobia The forth topic deep into the analysis of the genomic of Lmj representative strains. To this end, draft genomic sequences of selected Lmj strains and type strains of Bradyrhizobium spp. were assembled. The comparison analysis of the draft genomic sequences of Lmj strains and related Bradyrhizobium species grouped in Clade I, revealed a high genomic homology among them, and allowed the definition of five potentially new species of Lmj nodulating bacteria. Also, based on the available draft genomic sequences, only three clusters of nod, fix and nif genes from Lmj strains were identified and showed to define a new symbiotic lineage, distant from that of B. canariense and B. japonicum bv. genistearum. The low diversity exhibited by the phylogenetic analysis of symbiotic genes contrast with the large diversity of strains as regards the housekeeping genes analyzed. Besides, the genomic analysis of a Lupinus angustifolius strain ISLU101, revealed the presence of an extrachromosomal replication origin homologous to repABC cluster from plasmid present in Bradyrhizobium spp BTAi1. This repABC cluster gene sequence allowed the identification of extrachromosomic replication origin in 19 out of 72 Bradyrhizobium strains from Lupinus spp., a highly significant result since the absence of plasmids in the Bradyrhizobium genus was traditionally assumed. The repABC gene sequences of these strains grouped them in a unique monophyletic group, related to B. sp. BTAi1 plasmid, but differentiated from the repABC gene cluster of plasmids in fast growing rhizobium strains. The last topic was focused on characterization of type III secreted effectors present in Lmj endosymbiotic bacteria. Type III secretion systems (T3SS) are specialized protein export machineries which can deliver effector proteins into plant cells. The presence of T3SS in rhizobia has frequently been related to the symbiotic nodulation host-range and may have a beneficial or detrimental effect on the symbiosis with legumes. In this context, the presence of T3SS in genomes of nine Lmj strains was investigated, and it was shown the presence of clusters encoding NopE type III-secreted protein similar to the NopE1 and NopE2 of B. diazoefficiens USDA 110T. The putative NopE protein of LmjC strain is at present being characterized regarding its structure and function.

Nitrogen fixation by native Bradyrhizobia in symbiosis with Lupinus mariae-josephae requires a T3SS encoding a NopE-like effector

Several bradyrhizobial isolates from L. mariae-josephae root nodules [1] contain a type III secretion system (T3SS) within a cluster of about 30 genes. Among those genes, ttsI codes for the transcriptional activator of the system. Mutation of ttsI resulted in the formation of white, non-fixing nodules with the natural legume host, L. mariae-josephae. The T3SS cluster also contains a gene coding for a NopE-like protein. NopE proteins have been demonstrated to be effectors in the Bradyrhizobium-soybean symbiosis [2] and belong to a small group of poorly characterized proteins from plant-associated bacteria that contain one or two autocleavage motifs known as DUF1521 (Schirrmeister et al. 2011). The amino acid sequence of a NopE-like protein in the L. mariae-josephae strain LmjC contains just one autocatalytic motif. This is unlike NopE1 and NopE2 proteins secreted by the T3SS of B. japonicum, that contain two motifs [3]. The autocleavage of LmjC NopE protein was analyzed after expression in E. coli and purification. Two protein fragments of the predicted sizes appeared in the presence of Ca2+, Cu2+, Cd2+, Zn2+ and Mn2+ cations. In contrast, autocleavage did not take place in the presence of Ni2+, Co2+ or Mg2+. Site-directed mutagenesis of the DUF1521 motif in LmjC NopE abolished self-cleavage in vitro. Symbiotic competence of a NopE- mutant with the L. mariae-josephae host was not affected. Possible roles of NopE are discussed.

Metodología para la asignación de vehículos de una flota a rutas preestablecidas

En general, la distribución de una flota de vehículos que recorre rutas fijas no se realiza completamente en base a criterios objetivos, primando otros aspectos más difícilmente cuantificables. El análisis apropiado debería tener en consideración la variabilidad existente entre las diferentes rutas dentro de una misma ciudad para así determinar qué tecnología es la que mejor se adapta a las características de cada itinerario. Este trabajo presenta una metodología para optimizar la asignación de una flota de vehículos a sus rutas, consiguiendo reducir el consumo y las emisiones contaminantes. El método propuesto está organizado según el siguiente procedimiento: - Registro de las características cinemáticas de los vehículos que recorren un conjunto representativo de rutas. - Agrupamiento de las líneas en conglomerados de líneas similares empleando un algoritmo jerárquico que optimice el índice de semejanza entre rutas obtenido mediante contraste de hipótesis de las variables representativas. - Generación de un ciclo cinemático específico para cada conglomerado. - Tipificación de variables macroscópicas que faciliten la clasificación de las restantes líneas utilizando una red neuronal entrenada con la información recopilada en las rutas medidas. - Conocimiento de las características de la flota disponible. - Disponibilidad de un modelo que estime, según la tecnología del vehículo, el consumo y las emisiones asociados a las variables cinemáticas de los ciclos. - Desarrollo de un algoritmo de reasignación de vehículos que optimice una función objetivo dependiente de las emisiones. En el proceso de optimización de la flota se plantean dos escenarios de gran trascendencia en la evaluación ambiental, consistentes en minimizar la emisión de dióxido de carbono y su impacto como gas de efecto invernadero (GEI), y alternativamente, la producción de nitróxidos, por su influencia en la lluvia ácida y en la formación de ozono troposférico en núcleos urbanos. Además, en ambos supuestos se introducen en el problema restricciones adicionales para evitar que las emisiones de las restantes sustancias superen los valores estipulados según la organización de la flota actualmente realizada por el operador. La metodología ha sido aplicada en 160 líneas de autobús de la EMT de Madrid, conociéndose los datos cinemáticos de 25 rutas. Los resultados indican que, en ambos supuestos, es factible obtener una redistribución de la flota que consiga reducir significativamente la mayoría de las sustancias contaminantes, evitando que, en contraprestación, aumente la emisión de cualquier otro contaminante. ABSTRACT In general, the distribution of a fleet of vehicles that travel fixed routes is not usually implemented on the basis of objective criteria, thus prioritizing on other features that are more difficult to quantify. The appropriate analysis should consider the existing variability amongst the different routes within the city in order to determine which technology adapts better to the peculiarities of each itinerary. This study proposes a methodology to optimize the allocation of a fleet of vehicles to the routes in order to reduce fuel consumption and pollutant emissions. The suggested method is structured in accordance with the following procedure: - Recording of the kinematic characteristics of the vehicles that travel a representative set of routes. - Grouping of the lines in clusters of similar routes by utilizing a hierarchical algorithm that optimizes the similarity index between routes, which has been previously obtained by means of hypothesis contrast based on a set of representative variables. - Construction of a specific kinematic cycle to represent each cluster of routes. - Designation of macroscopic variables that allow the classification of the remaining lines using a neural network trained with the information gathered from a sample of routes. - Identification and comprehension of the operational characteristics of the existing fleet. - Availability of a model that evaluates, in accordance with the technology of the vehicle, the fuel consumption and the emissions related with the kinematic variables of the cycles. - Development of an algorithm for the relocation of the vehicle fleet by optimizing an objective function which relies on the values of the pollutant emissions. Two scenarios having great relevance in environmental evaluation are assessed during the optimization process of the fleet, these consisting in minimizing carbon dioxide emissions due to its impact as greenhouse gas (GHG), and alternatively, the production of nitroxides for their influence on acid rain and in the formation of tropospheric ozone in urban areas. Furthermore, additional restrictions are introduced in both assumptions in order to prevent that emission levels for the remaining substances exceed the stipulated values for the actual fleet organization implemented by the system operator. The methodology has been applied in 160 bus lines of the EMT of Madrid, for which kinematic information is known for a sample consisting of 25 routes. The results show that, in both circumstances, it is feasible to obtain a redistribution of the fleet that significantly reduces the emissions for the majority of the pollutant substances, while preventing an alternative increase in the emission level of any other contaminant.

Complejidad Esencial: Un argumento por la complementariedad entre ciencia y sensibilidad = Essential Complexity: An argument for complementarity between science and sensibility

Esta investigación recoge un cúmulo de intereses en torno a un modo de generar arquitectura muy específico: La producción de objetos con una forma subyacente no apriorística. Los conocimientos expuestos se apoyan en condiciones del pensamiento reciente que impulsan la ilusión por alimentar la fuente creativa de la arquitectura con otros campos del saber. Los tiempos del conocimiento animista sensible y el conocimiento objetivo de carácter científico son correlativos en la historia pero casi nunca han sido sincrónicos. Representa asimismo un intento por aunar los dos tipos de conocimiento retomando la inercia que ya se presentía a comienzos del siglo XX. Se trata por tanto, de un ensayo sobre la posible anulación de la contraposición entre estos dos mundos para pasar a una complementariedad entre ambos en una sola visión conjunta compartida. Como meta final de esta investigación se presenta el desarrollo de un sistema crítico de análisis para los objetos arquitectónicos que permita una diferenciación entre aquellos que responden a los problemas de manera completa y sincera y aquellos otros que esconden, bajo una superficie consensuada, la falta de un método resolutivo de la complejidad en el presente creativo. La Investigación observa tres grupos de conocimiento diferenciados agrupados en sus capítulos correspondientes: El primer capítulo versa sobre el Impulso Creador. En él se define la necesidad de crear un marco para el individuo creador, aquel que independientemente de las fuerzas sociales del momento presiente que existe algo más allá que está sin resolver. Denominamos aquí “creador rebelde” a un tipo de personaje reconocible a lo largo de la Historia como aquel capaz de reconocer los cambios que ese operan en su presente y que utiliza para descubrir lo nuevo y acercarse algo al origen creativo. En el momento actual ese tipo de personaje es el que intuye o ya ha intuido hace tiempo la existencia de una complejidad creciente no obviable en el pensamiento de este tiempo. El segundo capítulo desarrolla algunas Propiedades de Sistemas de actuación creativa. En él se muestra una investigación que desarrolla un marco de conocimientos científicos muy específicos de nuestro tiempo que la arquitectura, de momento, no ha absorbido ni refleja de manera directa en su manera de crear. Son temas de presencia casi ya mundana en la sociedad pero que se resisten a ser incluidos en los procesos creativos como parte de la conciencia. La mayoría de ellos hablan de precisión, órdenes invisibles, propiedades de la materia o la energía tratados de manera objetiva y apolítica. La meta final supone el acercamiento e incorporación de estos conceptos y propiedades a nuestro mundo sensible unificándolos indisociablemente bajo un solo punto de vista. El último capítulo versa sobre la Complejidad y su capacidad de reducción a lo esencial. Aquí se muestran, a modo de conclusiones, la introducción de varios conceptos para el desarrollo de un sistema crítico hacia la arquitectura de nuestro tiempo. Entre ellos, el de Complejidad Esencial, definido como aquella de carácter inevitable a la hora de responder la arquitectura a los problemas y solicitaciones crecientes a los que se enfrenta en el presente. La Tesis mantiene la importancia de informar sobre la imposibilidad en el estado actual de las cosas de responder de manera sincera con soluciones de carácter simplista y la necesidad, por tanto, de soluciones necesarias de carácter complejo. En este sentido se define asimismo el concepto de Forma Subyacente como herramienta crítica para poder evaluar la respuesta de cada arquitectura y poder tener un sistema y visión crítica sobre lo que es un objeto consistente frente a la situación a la que se enfrenta. Dicha forma subyacente se define como aquella manera de entender conjuntamente y de manera sincrónica aquello que percibimos de manera sensible inseparable de las fuerzas ocultas, creativas, tecnológicas, materiales y energéticas que sustentan la definición y entendimiento de cualquier objeto construido. ABSTRACT This research includes a cluster of interests around a specific way to generate architecture: The production of objects without an a priori underlying form. The knowledge presented is based on current conditions of thought promoting the illusion to feed the creative source of architecture with other fields of knowledge. The sensible animist knowledge and objective scientific knowledge are correlative in history but have rarely been synchronous. This research is also an attempt to combine both types of knowledge to regain the inertia already sensed in the early twentieth century. It is therefore an essay on the annulment of the opposition between these two worlds to move towards complementarities of both in a single shared vision. The ultimate goal of this research is to present the development of a critical analysis system for architectural objects that allows differentiation between those who respond to the problems sincerely and those who hide under an agreed appearance, the lack of a method for solving the complexity of the creative present. The research observes three distinct groups of knowledge contained in their respective chapters: The first chapter deals with the Creative Impulse. In it is defined the need to create a framework for the creative individual who, regardless of the current social forces, forebodes that there is something hidden beyond which is still unresolved. We define the "rebel creator" as a kind of person existing throughout history who is able to recognize the changes operating in its present and use them to discover something new and get closer to the origin of creation. At present, this type of character is the one who intuits the existence of a non obviable increasing complexity in society and thought. The second chapter presents some systems, and their properties, for creative performance. It describes the development of a framework composed of current scientific knowledge that architecture has not yet absorbed or reflected directly in her procedures. These are issues of common presence in society but are still reluctant to be included in the creative processes even if they already belong to the collective consciousness. Most of them talk about accuracy, invisible orders, properties of matter and energy, always treated from an objective and apolitical perspective. The ultimate goal pursues the approach and incorporation of these concepts and properties to the sensible world, inextricably unifying all under a single point of view. The last chapter deals with complexity and the ability to reduce it to the essentials. Here we show, as a conclusion, the introduction of several concepts to develop a critical approach to analyzing the architecture of our time. Among them, the concept of Essential Complexity, defined as one that inevitably arises when architecture responds to the increasing stresses that faces today. The thesis maintains the importance of reporting, in the present state of things, the impossibility to respond openly with simplistic solutions and, therefore, the need for solutions to complex character. In this sense, the concept of Underlying Form is defined as a critical tool to evaluate the response of each architecture and possess a critical system to clarify what is an consistent object facing a certain situation. The underlying form is then defined as a way to synchronously understand what we perceive sensitively inseparable from the hidden forces of creative, technological, material and energetic character that support the definition and understanding of any constructed object.

Deciduous tree reconstruction algorithm based on cylinder fitting from mobile terrestrial laser scanned point clouds

Vector reconstruction of objects from an unstructured point cloud obtained with a LiDAR-based system (light detection and ranging) is one of the most promising methods to build three dimensional models of orchards. The cylinder fitting method for woody structure reconstruction of leafless trees from point clouds obtained with a mobile terrestrial laser scanner (MTLS) has been analysed. The advantage of this method is that it performs reconstruction in a single step. The most time consuming part of the algorithm is generation of the cylinder direction, which must be recalculated at the inclusion of each point in the cylinder. The tree skeleton is obtained at the same time as the cluster of cylinders is formed. The method does not guarantee a unique convergence and the reconstruction parameter values must be carefully chosen. A balanced processing of clusters has also been defined which has proven to be very efficient in terms of processing time by following the hierarchy of branches, predecessors and successors. The algorithm was applied to simulated MTLS of virtual orchard models and to MTLS data of real orchards. The constraints applied in the method have been reviewed to ensure better convergence and simpler use of parameters. The results obtained show a correct reconstruction of the woody structure of the trees and the algorithm runs in linear logarithmic time

Lo público en lo privado : la calle elevada como catalizador del encuentro colectivo

En la actualidad, el individualismo social originado por las nuevas sociedades de la información, la crisis económica, y, aún más acusado por aquella arquitectura que busca la máxima rentabilidad, ha provocado una creciente incomunicación entre las personas que comparten los mismos espacios residenciales. La presente tesis doctoral aborda el estudio del espacio común dentro del proyecto de vivienda colectiva, desde la noción de espacio intermedio, entendido como frontera espacial –entre el espacio público de la ciudad y la atmosfera íntima de la vivienda– donde tienen lugar los encuentros sociales entre residentes. El principal objetivo de la investigación es rescatar y poner en valor principios básicos del diseño arquitectónico –muchos de ellos en desuso– que mejoran la calidad del espacio colectivo y favorecen la aparición de una atmósfera agradable para el encuentro interpersonal, así como un intento de codificación de estos aspectos, atendiendo a criterios conceptuales que definen el espacio público contemporáneo. La hipótesis de partida se basa en la consideración del proyecto de viviendas como modelo análogo al proyecto urbano de la ciudad –con el que guarda sugerentes similitudes–, y los espacios intermedios como espacio de referencia que pone en valor aquello que liga – integrado en el propio proyecto–. Este supuesto básico ha permitido a diferentes autores poner en relación fecunda el diseño de la casa, el edificio y la ciudad, con el individuo, la comunidad y la sociedad; y ha posibilitado plantear la trasposición de conceptos arquitectónicos fructíferos, en relación con el espacio público –usando como representante la idea de calle elevada–, que ahora pueden enriquecer el entorno privado del edificio. Sirviéndose de instrumentos específicos de la disciplina arquitectónica, la tesis trata de explicar la devaluación a nivel social de los espacios colectivos, derivada de la construcción en altura y del uso excesivo de la estandarización en el proyecto de viviendas a partir del período de postguerra, e intensificada en el postmodernismo por la revolución de las comunicaciones. Se puede así reorientar el diseño de los proyectos de vivienda colectiva no como una simple agrupación de viviendas que favorecen la incomunicación, sino tratando de impulsar unas edificaciones que potencien la comunicación interpersonal. La reunión y reagrupación de un vocabulario arquitectónico específico, acorde con la complejidad social intrínseca en los espacios colectivos, amplia el alcance de los conceptos tratados. Dicha terminología se basa principalmente en mecanismos de cualificación espacial y permite evaluar la dimensión colectiva de la esfera semipública en el edificio de viviendas. ABSTRACT Currently, the social individualism caused by the new societies of information, the economic crisis and even more by architecture, which looks for maximum profitability, has led to a rising lack of communication between people that share the same living space. This doctoral thesis deals with the study of common space, which is based on the notion of in-between space, within the collective housing project. It is considered as a spatial frontier –between the public space of the city and the intimate atmosphere of the housing– where social contact between residents takes place. The main purpose of this research is to collect basic principles of architectural design –many of them no longer in use– that improve the quality of collective space. Following conceptual criteria that define the contemporary public space, they encourage the emergence of a pleasant atmosphere for interpersonal meeting as well as an attempt to codify these aspects. The initial hypothesis is based on the consideration of the housing project as a model analogous to the urban project of the city, with which it bears some similarities. Furthermore, it is based on the in-between spaces as space of reference that valuates what binds – integrated in the project-. That basic supposition has served various authors to connect the design of the house, the building and the city with the individual, the community and the society. In addition –regarding public space and using the idea of the street in the sky as representative–, it has enabled to bring up the transposition of productive architectural concepts, which can now enrich the private environment of the building. Using specific architectural instruments, this thesis deals with explaining the social devaluation of collective spaces. It has resulted from the high rise building construction as well as from the excessive standardization in the housing project since the postwar period and is intensified by the communications revolution in postmodernism. Thus, it is possible to change the design of collective housing projects not as a mere cluster of dwellings that enhance isolation, but by trying to promote buildings that improve interpersonal communication. The collection and regrouping of a specific architectural vocabulary, in accordance with the social complexity inherent in collective spaces, expands the scope of the discussed concepts. Such terminology is mainly based on qualifying spatial strategies and allows to assess the collective dimension of the semi-public sphere in dwelling.