Inference Models in DNA Computing

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos, como las enzimas de restricción o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo de manera determinante a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. El trabajo presentado por Adleman (1994) logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos de fuerza bruta similares al utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos, como por ejemplo el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT (Lipton, 1995). Pronto se comprendió que la computación biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas con aplicación biomédica (Simmel, 2007), dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la polimerasa (Hagiya et al., 1997), autómatas que funcionan con enzimas de restricción (Benenson et al., 2001) o con deoxiribozimas (Stojanovic et al., 2002), o circuitos de hibridación competitiva (Yurke et al., 2000). Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando técnicas de computación biomolecular (hibridación competitiva del ADN y reacciones enzimáticas) con aplicaciones en diagnóstico genético. El primer conjunto de modelos, presentados en el Capítulo 5 y publicados en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012b), Rodríguez-Patón et al. (2010a) y Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2010), define un tipo de biosensor que usa hebras simples de ADN para codificar reglas sencillas, como por ejemplo "SI hebra-ADN-1 Y hebra-ADN-2 presentes, ENTONCES enfermedad-B". Estas reglas interactúan con señales de entrada (ADN o ARN de cualquier tipo) para producir una señal de salida (también en forma de ácido nucleico). Dicha señal de salida representa un diagnóstico, que puede medirse mediante partículas fluorescentes técnicas FRET) o incluso ser un tratamiento administrado en respuesta a un conjunto de síntomas. El modelo presentado en el Capítulo 5, publicado en Rodríguez-Patón et al. (2011), es capaz de ejecutar cadenas de resolución sobre fórmulas lógicas en forma normal conjuntiva. Cada cláusula de una fórmula se codifica en una molécula de ADN. Cada proposición p se codifica asignándole una hebra simple de ADN, y la correspondiente hebra complementaria a la proposición ¬p. Las cláusulas se codifican incluyendo distintas proposiciones en la misma hebra de ADN. El modelo permite ejecutar programas lógicos de cláusulas Horn aplicando múltiples iteraciones de resolución en cascada, con el fin de implementar la función de un nanodispositivo autónomo programable. Esta técnica también puede emplearse para resolver SAP sin ayuda externa. El modelo presentado en el Capítulo 6 se ha publicado en publicado en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012c), y el modelo presentado en el Capítulo 7 se ha publicado en (Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón, 2013c). Aunque explotan métodos de computación biomolecular diferentes (hibridación competitiva de ADN en el Capítulo 6 frente a reacciones enzimáticas en el 7), ambos modelos son capaces de realizar inferencia Bayesiana. Funcionan tomando hebras simples de ADN como entrada, representando la presencia o la ausencia de un indicador molecular concreto (una evidencia). La probabilidad a priori de una enfermedad, así como la probabilidad condicionada de una señal (o síntoma) dada la enfermedad representan la base de conocimiento, y se codifican combinando distintas moléculas de ADN y sus concentraciones relativas. Cuando las moléculas de entrada interaccionan con las de la base de conocimiento, se liberan dos clases de hebras de ADN, cuya proporción relativa representa la aplicación del teorema de Bayes: la probabilidad condicionada de la enfermedad dada la señal (o síntoma). Todos estos dispositivos pueden verse como elementos básicos que, combinados modularmente, permiten la implementación de sistemas in vitro a partir de sensores de ADN, capaces de percibir y procesar señales biológicas. Este tipo de autómatas tienen en la actualidad una gran potencial, además de una gran repercusión científica. Un perfecto ejemplo fue la publicación de (Xie et al., 2011) en Science, presentando un autómata biomolecular de diagnóstico capaz de activar selectivamente el proceso de apoptosis en células cancerígenas sin afectar a células sanas.

Estudio y diseño de un régimen fiscal que optimice la inversión en exploración y producción de hidrocarburos

Los regímenes fiscales que se aplican a los contratos de exploración y desarrollo de petróleo y gas, entre los propietarios del recurso natural (generalmente el país soberano representado por su gobierno) y las compañías operadoras internacionales (COI) que aportan capital, experiencia y tecnología, no han sabido responder a la reciente escalada de los precios del crudo y han dado lugar a que los países productores no estén recibiendo la parte de renta correspondiente al incremento de precios. Esto ha provocado una ola de renegociaciones llegándose incluso a la imposición unilateral de nuevos términos por parte de algunos gobiernos entre los que destacan el caso de Venezuela y Argentina, por ser los más radicales. El objetivo del presente trabajo es el estudio y diseño de un régimen fiscal que, en las actuales condiciones del mercado, consiga que los gobiernos optimicen sus ingresos incentivando la inversión. Para ello se simulan los efectos de siete tipos diferentes de fiscalidades aplicadas a dos yacimientos de características muy distintas y se valoran los resultados. El modelo utilizado para la simulación es el modelo de escenarios, ampliamente utilizado tanto por la comunidad académica como por la industria para comparar el comportamiento de diferentes regímenes fiscales. Para decidir cuál de las fiscalidades estudiadas es la mejor se emplea un método optimización multicriterio. Los criterios que se han aplicado para valorar los resultados recogen la opinión de expertos de la industria sobre qué factores se consideran deseables en un contrato a la hora invertir. El resultado permite delinear las características de un marco fiscal ideal del tipo acuerdo de producción compartida, sin royalties, con un límite alto de recuperación de crudo coste que permita recobrar todos los costes operativos y una parte de los de capital en cualquier escenario de precios, un reparto de los beneficios en función de un indicador de rentabilidad como es la TIR, con un mecanismo de recuperación de costes adicional (uplift) que incentive la inversión y con disposiciones que premien la exploración y más la de alto riesgo como la amortización acelerada de los gastos de capital o una ampliación de la cláusula de ringfence. Un contrato con estas características permitirá al gobierno optimizar los ingresos obtenidos de sus reservas de petróleo y gas maximizando la producción al atraer inversión para la exploración y mejorar la recuperación alargando la vida del yacimiento. Además al reducir el riesgo percibido por el inversor que recupera sus costes, menor será la rentabilidad exigida al capital invertido y por tanto mayor la parte de esos ingresos que irá a parar al gobierno del país productor. ABSTRACT Fiscal systems used in petroleum arrangements between the owners of the resource (usually a sovereign country represented by its government) and the international operating company (IOC) that provides capital, knowhow and technology, have failed to allocate profits from the recent escalation of oil prices and have resulted in producing countries not receiving the right share of that increase. This has caused a wave of renegotiations and even in some cases, like Venezuela and Argentina, government unilaterally imposed new terms. This paper aims to outline desirable features of a petroleum fiscal system, under current market conditions, for governments to maximize their revenues while encouraging investment. Firstly the impact of seven different types of fiscal regimes is studied with a simulation for two separate oil fields using the scenario approach. The scenario approach has been frequently employed by academic and business researchers to compare the performance of diverse fiscal regimes. In order to decide which of the fiscal regimes’ performance is best we used a multi-objective optimization decision making approach to assess the results. The criteria applied gather the preferences of a panel of industry experts about the desirable features of a contract when making investment decisions. The results show the characteristics of an ideal fiscal framework that closely resembles a production sharing contract, with no royalty payment and a high cost recovery limit that allows the IOC to recover all operating expenses and a share of its capital costs under any price scenario, a profit oil sharing mechanism based on a profitability indicator such as the ROR, with an uplift that allows to recover an additional percentage of capital costs and provisions that promote exploration investment, specially high-risk exploration, such as accelerated depreciation for capital costs and a wide definition of the ringfence clause. A contract with these features will allow governments to optimize overall revenues from its petroleum resources maximizing production by promoting investment on exploration and extending oil fields life. Also by reducing the investor’s perception of risk it will reduce the minimum return to capital required by the IOC and therefore it will increase the government share of those revenues.