AFRICA BUILD Portal: developing a social network of African health researchers and educators

One of the main outputs of the project is a collaborative platform which integrates a myriad of research and learning resources. This article presents the first prototype of this platform: the AFRICA BUILD Portal (ABP 1.0). The ABP is a Web 2.0 platform which facilitates the access, in a collaborative manner, to these resources. Through a usable web interface, the ABP has been designed to avoid, as much as possible, the connectivity problems of African institutions. In this paper, we suggest that the access to complex systems does not imply slow response rates, and that their development model guides the project to a natural technological transfer, adaptation and user acceptance. Finally, this platform aims to motivate research attitudes during the learning process and stimulate user?s collaborations.

Sistema de recomendación semántico para la movilidad en el entorno AFRICA BUILD Portal

La Gestión de Recursos Humanos a través de Internet es un problema latente y presente actualmente en cualquier sitio web dedicado a la búsqueda de empleo. Este problema también está presente en AFRICA BUILD Portal. AFRICA BUILD Portal es una emergente red socio-profesional nacida con el ánimo de crear comunidades virtuales que fomenten la educación e investigación en el área de la salud en países africanos. Uno de los métodos para fomentar la educación e investigación es mediante la movilidad de estudiantes e investigadores entre instituciones, apareciendo así, el citado problema de la gestión de recursos humanos. Por tanto, este trabajo se centra en solventar el problema de la gestión de recursos humanos en el entorno específico de AFRICA BUILD Portal. Para solventar este problema, el objetivo es desarrollar un sistema de recomendación que ayude en la gestión de recursos humanos en lo que concierne a la selección de las mejores ofertas y demandas de movilidad. Caracterizando al sistema de recomendación como un sistema semántico el cual ofrecerá las recomendaciones basándose en las reglas y restricciones impuestas por el dominio. La aproximación propuesta se basa en seguir el enfoque de los sistemas de Matchmaking semánticos. Siguiendo este enfoque, por un lado, se ha empleado un razonador de lógica descriptiva que ofrece inferencias útiles en el cálculo de las recomendaciones y por otro lado, herramientas de procesamiento de lenguaje natural para dar soporte al proceso de recomendación. Finalmente para la integración del sistema de recomendación con AFRICA BUILD Portal se han empleado diversas tecnologías web. Los resultados del sistema basados en la comparación de recomendaciones creadas por el sistema y por usuarios reales han mostrado un funcionamiento y rendimiento aceptable. Empleando medidas de evaluación de sistemas de recuperación de información se ha obtenido una precisión media del sistema de un 52%, cifra satisfactoria tratándose de un sistema semántico. Pudiendo concluir que con la solución implementada se ha construido un sistema estable y modular posibilitando: por un lado, una fácil evolución que debería ir encaminada a lograr un rendimiento mayor, incrementando su precisión y por otro lado, dejando abiertas nuevas vías de crecimiento orientadas a la explotación del potencial de AFRICA BUILD Portal mediante la Web 3.0. ---ABSTRACT---The Human Resource Management through Internet is currently a latent problem shown in any employment website. This problem has also appeared in AFRICA BUILD Portal. AFRICA BUILD Portal is an emerging socio-professional network with the objective of creating virtual communities to foster the capacity for health research and education in African countries. One way to foster this capacity of research and education is through the mobility of students and researches between institutions, thus appearing the Human Resource Management problem. Therefore, this dissertation focuses on solving the Human Resource Management problem in the specific environment of AFRICA BUILD Portal. To solve this problem, the objective is to develop a recommender system which assists the management of Human Resources with respect to the selection of the best mobility supplies and demands. The recommender system is a semantic system which will provide the recommendations according to the domain rules and restrictions. The proposed approach is based on semantic matchmaking solutions. So, this approach on the one hand uses a Description Logics reasoning engine which provides useful inferences to the recommendation process and on the other hand uses Natural Language Processing techniques to support the recommendation process. Finally, Web technologies are used in order to integrate the recommendation system into AFRICA BUILD Portal. The results of evaluating the system are based on the comparison between recommendations created by the system and by real users. These results have shown an acceptable behavior and performance. The average precision of the system has been obtained by evaluation measures for information retrieval systems, so the average precision of the system is at 52% which may be considered as a satisfactory result taking into account that the system is a semantic system. To conclude, it could be stated that the implemented system is stable and modular. This fact on the one hand allows an easy evolution that should aim to achieve a higher performance by increasing its average precision and on the other hand keeps open new ways to increase the functionality of the system oriented to exploit the potential of AFRICA BUILD Portal through Web 3.0.

Sistema de e-learning en el entorno AFRICA BUILD Portal

Diversos estudios consideran que las claves para el desarrollo técnico, social y económico de los países en desarrollo, y en especial en África, son la educación, la investigación y la innovación. No obstante, en el ámbito sanitario en particular, la formación e investigación en África sigue siendo escasa por diversos motivos. Por un lado, los investigadores africanos encuentran dificultades añadidas para obtener financiación frente a investigadores en países de desarrollo. Y, por otro lado, los investigadores no disponen de las herramientas y tecnologías adecuadas para acceder a información relevante para su trabajo. En este contexto, el proyecto AFRICA BUILD tiene como principal objetivo mejorar y fomentar la investigación y educación sanitaria en África a través de las nuevas tecnologías. Uno de los resultados principales de este proyecto es el AFRICA BUILD Portal (ABP), que pretende ser un punto de encuentro para los investigadores africanos, donde podrán encontrar un amplio abanico de herramientas que les permita no sólo mejorar su educación, sino compartir conocimientos con otros investigadores. Este portal, que está actualmente en desarrollo, pretende fomentar la comunicación entre instituciones africanas y les proveerá herramientas biomédicas avanzadas. En este Trabajo de Fin de Grado se han marcado como principal objetivo la mejora del sistema de e-learning que existía en el ABP. El nuevo sistema será: (i) más potente, óptimo y rico en funcionalidades, (ii) tendrá una importante base social permitiendo a los usuarios aportar información y compartir conocimiento, y (iii) será distribuido y escalable, capaz de integrar distintos gestores de contenidos didácticos como fuentes de información. Los resultados obtenidos son positivos y el nuevo sistema de aprendizaje ha mejorado la usabilidad, funcionalidad y apariencia del anterior. Para concluir, la herramienta posee aún un gran margen de mejora, pero gracias al trabajo realizado el sistema de e-learning es ahora más social, distribuido, escalable e innovador. ---ABSTRACT---Several studies find that the keys to the technical, social and economic development of developing countries, especially in Africa, are education, research and innovation. However, in the health sector in particular, training and research in Africa remains low for various reasons. On the one hand, African researchers experience additional difficulties for funding against researchers in developing countries. And on the other hand, researchers do not have the right tools and technologies to access information relevant to their work. In this context, the AFRICA BUILD project's main objective is to improve and enhance research and health education in Africa through new technologies. One of the main results of this project is the AFRICA BUILD Portal (ABP), which aims to be a meeting point for African researchers, where they can find a wide range of tools that allows them to not only improve their education but to share knowledge with other researchers. This portal, which is currently under development, aims to promote communication between African institutions and will provide advanced biomedical tools. The main objective of this Final Year Project is the improvement of the former elearning system that already existed in the ABP. The new system will be: (i) more powerful, richer in features, (ii) will have an important social base allowing users to contribute information and knowledge sharing; and (iii) will be distributed and scalable, capable of integrating different learning management systems as sources of information. The final results obtained are fairly positive and the new e-learning system has improved its usability, functionality and appearance of the former. To conclude, the tool still has much room for improvement, but thanks to the new features of the improved elearning system has become more social, distributed, scalable and innovative.

A digital framework to build, visualize and analyze a gene expression atlas with cellular resolution in zebrafish early embryogenesis

A gene expression atlas is an essential resource to quantify and understand the multiscale processes of embryogenesis in time and space. The automated reconstruction of a prototypic 4D atlas for vertebrate early embryos, using multicolor fluorescence in situ hybridization with nuclear counterstain, requires dedicated computational strategies. To this goal, we designed an original methodological framework implemented in a software tool called Match-IT. With only minimal human supervision, our system is able to gather gene expression patterns observed in different analyzed embryos with phenotypic variability and map them onto a series of common 3D templates over time, creating a 4D atlas. This framework was used to construct an atlas composed of 6 gene expression templates from a cohort of zebrafish early embryos spanning 6 developmental stages from 4 to 6.3 hpf (hours post fertilization). They included 53 specimens, 181,415 detected cell nuclei and the segmentation of 98 gene expression patterns observed in 3D for 9 different genes. In addition, an interactive visualization software, Atlas-IT, was developed to inspect, supervise and analyze the atlas. Match-IT and Atlas-IT, including user manuals, representative datasets and video tutorials, are publicly and freely available online. We also propose computational methods and tools for the quantitative assessment of the gene expression templates at the cellular scale, with the identification, visualization and analysis of coexpression patterns, synexpression groups and their dynamics through developmental stages.

Aplicación Móvil orientada a M-Learning e implementación de una capa de Servicios Web para el acceso remoto para la plataforma AFRICA BUILD Portal.

El presente Trabajo de Fin de Grado (TFG) se enmarca dentro del proyecto AFRICA BUILD. Dicho proyecto tiene como objetivo principal fomentar la investigación y fortalecer las capacidades de cuatro centros de educación superior en África a través de las TIC. Para cumplir este objetivo se ha diseñado el sistema AFRICA BUILD Portal (ABP). El ABP consiste en una solución web basada en “e-learning” para estudiantes, profesores e investigadores dentro del continente africano. El objetivo de este TFG consiste en ampliar la accesibilidad y el uso del portal a través de dispositivos móviles. La solución propuesta en este TFG consiste en el desarrollo de dos soluciones que complementan el ABP: (I) una capa de servicios web para el portal y (II) la versión App para dispositivos móviles del mismo. Cabe destacar la relación existente entre ambas soluciones ya que la segunda necesita de la primera para poder funcionar y comunicarse así con el portal.

Capacity Building through education, research and collaboration: AFRICA BUILD, an eHealth Case Study

AFRICA BUILD (AB) is a Coordination Action project under the 7th European Framework Programme having the aim of improving the capacities for health research and education in Africa through Information and Communication Technologies (ICT). This project, started in 2012, has promoted health research, education and evidence-based practice in Africa through the creation of centers of excellence, by using ICT,?know-how?, eLearning and knowledge sharing, through Web-enabled virtual communities.