5 resultados para Archivos de la represión
em Universidad Politécnica de Madrid
Resumo:
La resistencia genética mediada por los genes R es uno de los sistemas de defensa de las plantas frente a patógenos y se activa una vez que los patógenos han superado la defensa basal que otorgan la cutícula y pared celular. Los mecanismos de resistencia genética se inician a su vez, por el reconocimiento de productos derivados de genes de avirulencia de los patógenos (avr) por parte de las proteínas R. Tanto la respuesta de defensa basal como la respuesta de defensa por genes R están influenciadas por patrones de regulación hormonal, que incluye a las principales hormonas vegetales ácido salicílico (SA), ácido jasmónico (JA) y etileno (ET). En tomate (Solanum lycopersicum) uno de los genes R es el gen MiG1, que confiere resistencia a nematodos formadores de nódulos (Meloidogyne javanica, M. incognita y M. arenaria). Uno de los eventos más importantes que caracterizan a la respuesta de resistencia es la reacción hipersensible (HR), que está mediada por la activación temprana de una serie de sistemas enzimáticos, entre los que destaca el de las peroxidasas (PRXs) Clase III. Su función es importante tanto para limitar el establecimiento y expansión del nematodo, al generar ambientes altamente tóxicos por su contribución en la producción masiva de ROS, como por su implicación en la síntesis y depósito de lignina generando barreras estructurales en el sitio de infección. Además de estos mecanismos de defensa asociados a la resistencia constitutiva, las plantas pueden desarrollar resistencia sistémica adquirida (SAR) que en la naturaleza ocurre, en ocasiones, en una fase posterior a que la planta haya sufrido el ataque de un patógeno. Así mismo hay diferentes productos de origen químico como el benzotiadiazol o BTH (ácido S-metil benzol-(1,2,3)-tiadiozole-7-carbónico ester) que pueden generar esta misma respuesta SAR. Como resultado, la planta adquiere resistencia sistémica frente a nuevos ataques de patógenos. En este contexto, el presente trabajo aborda en primer lugar el análisis comparativo, mediante microarrays de oligonucleótidos, de los transcriptomas de los sistemas radicales de plantas de tomate de 8 semanas de edad de dos variedades, una portadora del gen de resistencia MiG1 (Motelle) y otra carente del mismo y, por tanto, susceptible (Moneymaker), antes y después de la infección por M. javanica. Previo a la infección se observó que la expresión de un gran número de transcritos era más acusada en la variedad resistente que en la susceptible, entre ellos el propio gen MiG1 o los genes PrG1 (o P4), LEJA1 y ER24, lo que indica que, en ausencia de infección, las rutas hormonales del SA, JA y ET están más activas en la raíz de la variedad resistente. Por el contrario, un número mucho menor de transcritos presentaban su expresión más reducida en Motelle que en Moneymaker, destacando un gen de señalización para sintetizar la hormona giberelina (GA). La infección por M. javanica causa importantes cambios transcripcionales en todo el sistema radical que modifican sustancialmente las diferencias basales entre plantas Motelle y Moneymaker, incluida la sobreexpresión en la variedad resistente de los transcritos de MiG1, que se reduce parcialmente, mientras que las rutas hormonales del SA y el JA continuan más activas que en la susceptible (evidente por los genes PrG1 y LEJA1). Además, los cambios asociados a la infección del nematodo se evidencian por las grandes diferencias entre los dos tiempos post-infección considerados, de tal forma que en la fase temprana (2 dpi) de la interacción compatible predomina la sobreexpresión de genes de pared celular y en la tardía (12 dpi) los relacionados con el ARN. En el análisis de la interacción incompatible, aunque también hay muchas diferencias entre ambas fases, hay que destacar la expresión diferencial común de los genes loxA y mcpi (sobrexpresados) y del gen loxD (reprimido) por su implicación en defensa en otras interacciones planta-patógeno. Cabe destacar que entre las interacciones compatible e incompatible hubo muy pocos genes en común. En la etapa temprana de la interacción compatible destacó la activación de genes de pared celular y la represión de la señalización; en cambio, en la interacción incompatible hubo proteínas principalmente implicadas en defensa. A los 12 días, en la interacción compatible los genes relacionados con el ARN y la pared celular se sobreexpresaban principalmente, y se reprimían los de proteínas y transporte, mientras que en la incompatible se sobreexpresaron los relacionados con el estrés, el metabolismo secundario y el de hormonas y se reprimieron los de ARN, señalización, metabolismo de hormonas y proteínas. Por otra parte, la técnica de silenciamiento génico VIGS reveló que el gen TGA 1a está implicado en la resistencia mediada por el gen MiG1a M. javanica. Así mismo se evaluó el transcriptoma de todo el sistema radical de la variedad susceptible tras la aplicación del inductor BTH, y se comparó con el transcriptoma de la resistente. Los resultados obtenidos revelan que el tratamiento con BTH en hojas de Moneymaker ejerce notables cambios transcripcionales en la raíz; entre otros, la activación de factores de transcripción Myb (THM16 y THM 27) y del gen ACC oxidasa. Las respuestas inducidas por el BTH parecen ser de corta duración ya que no hubo transcritos diferenciales comunes a las dos fases temporales de la infección comparadas (2 y 12 dpi). El transcriptoma de Moneymaker tratada con BTH resultó ser muy diferente al de la variedad resistente Motelle, ambas sin infectar, destacando la mayor expresión en el primero del gen LeEXP2, una expansina relacionada con defensa frente a nematodos. Las respuestas inducidas por los nematodos en Moneymaker-BTH también fueron muy distintas a las observadas previamente en la interacción incompatible mediada por MiG1, pues sólo se detectaron 2 genes sobreexpresados comunes a ambos eventos. Finalmente, se abordó el estudio de la expresión diferencial de genes que codifican PRXs y su relación con la resistencia en la interacción tomate/M. javanica. Para ello, se realizó en primer lugar el estudio del análisis del transcriptoma de tomate de la interacción compatible, obtenido en un estudio previo a partir de tejido radical infectado en distintos tiempos de infección. Se han identificado 16 unigenes de PRXs con expresión diferencial de los cuales 15 se relacionan por primera vez con la respuesta a la infección de nematodos. La mayoría de los genes de PRXs identificados, 11, aparecen fuertemente reprimidos en el sitio de alimentación, en las células gigantes (CG). Dada la implicación directa de las PRXs en la activación del mecanismo de producción de ROS, la supresión de la expresión génica local de genes de PRXs en el sitio de establecimiento y alimentación pone de manifiesto la capacidad del nematodo para modular y superar la respuesta de defensa de la planta de tomate en la interacción compatible. Posteriormente, de estos genes identificados se han elegido 4: SGN-U143455, SGN-U143841 y SGN-U144042 reprimidos en el sitio de infección y SGN-U144671 inducido, cuyos cambios de expresión se han determinado mediante análisis por qRT-PCR y de hibridación in situ en dos tiempos de infección (2 dpi y 4 dpi) y en distintos tejidos radicales de tomate resistente y susceptible. Los patrones de expresión obtenidos demuestran que en la interacción incompatible la transcripción global de los 4 genes estudiados se dispara en la etapa más temprana en el sitio de infección, detectándose la localización in situ de transcritos en el citoplasma de las células corticales de la zona meristemática afectadas por el nematodo. A 4 dpi se observó que los niveles de expresión en el sitio de infección cambian de tendencia y los genes SGN-U144671 y SGN-U144042 se reprimen significativamente. Los diferentes perfiles de expresión de los genes PRXs en los dos tiempos de infección sugieren que su inducción en las primeras 48 horas es crucial para la respuesta de defensa relacionada con la resistencia frente a la invasión del nematodo. Por último, al analizar el tejido radical sistémico, se detectó una inducción significativa de la expresión en la fase más tardía de la infección del gen SGN-U144042 en el genotipo susceptible y del SGN-U143841 en ambos genotipos. En este estudio se describe por primera vez la inducción de la expresión sistémica de genes de PRXs en tomate durante la interacción compatible e incompatible con M. javanica lo que sugiere su posible implicación funcional en la respuesta de defensa SAR activada por la infección previa del nematodo. ABSTRACT Plants defend themselves from pathogens by constitutive and/or induced defenses. A common type of induced defense involves plant resistance genes (R), which are normally activated in response to attack by specific pathogen species. Typically, a specific plant R protein recognizes a specific pathogen avirulence (avr) compound. This initiates a complex biochemical cascade inside the plant that results in synthesis of antipathogen compounds. This response can involve chemical signaling, transcription, translation, enzymes and metabolism, and numerous plant hormones such as salicylic acid (SA), jasmonates (JA) and ethylene (ET). Induced plant defense can also activate Class III peroxidases (PRXs), which produce reactive oxygen species (ROS), regulate extracellular H2O2, and play additional roles in plant defense. R-gene activation and the resulting induced defense often remain localized in the specific tissues invaded by the plant pathogen. In other cases, the plant responds by signaling the entire plant to produce defense compounds (systemic induction). Plant defense can also be induced by the exogenous application of natural or synthetic elicitors, such as benzol-(1,2,3)-thiadiazole-7-carbothionic acid. There is much current scientific interest in R-genes and elicitors, because they might be manipulated to increase agricultural yield. Scientists also are interested in systemic induction, because this allows the entire plant to be defended. In this context, one of the aims of this investigation was the transcriptoma analysis of the root systems of two varieties of tomato, the resistant variety (Motelle) that carrier MiG1 and the susceptible (Moneymaker) without MiG1, before and after infection with M. javanica. The overexpression was more pronounced in the transcriptoma of the resistant variety compared with susceptible, before infection, including the MiG1 gene, PrG1 (or P4) genes, LEJA1 and ER24, indicating that hormone SA, JA and ET are active in the resistant variety. Moreover, GA hormone presents an opposite behavior. M. javanica infection causes significant transcriptional changes in both compatible (Moneymaker-M. javanica) and incompatible (Motelle-M. javanica) interaction. In the incompatible transcriptome root system, was notably reduced the expression of the MiG1 gene, and a continuity in the expression of the hormonal pathways of SA and JA. In other hand, transcriptional profile changes during compatible interaction were associated with nematode infection. The large differences between the two times point infection considered (2 dpi and 12 dpi) indicates an overexpression of cell wall related genes in the first phase, and conversely an overexpression of RNA genes in the late phase. Transcriptoma analysis of incompatible interaction, although there were differences between the two phases, should be highlighted the common differential gene expression: loxA and mcpi (overexpressed) and loxD gene (suppressed), as they are involved in defenses in other plant-pathogen interactions. The VIGS tool has provided evidence that TGA 1a is involved in MiG1 mediated resistance to M. javanica. Likewise, the systemic application of BTH was assessed and compared with susceptible and resistant variety. Root system transcriptoma of BTH treatment on leaves showed the activation of Myb transcription factors (THM16 and THM27), the ACC oxidase gene. and the LeEXP2 gene, encoding for an expansin enzyme, related with defense against nematodes. The activation appears to be reduced by subsequent infection and establishment of nematodes. To assist in elucidate the role of tomato PRXs in plant defence against M. javanica, the transcriptome obtained previously from isolated giant cells (GC) and galls at 3 and 7 dpi from the compatible interaction was analysed. A total of 18 different probes corresponding to 16 PRX encoding genes were differentially expressed in infection site compared to the control uninfected root tissues. Most part of them (11) was down-regulated. These results yielded a first insight on 15 of the PRX genes responding to tomato–Meloidogyne interaction and confirm that repression of PRX genes might be crucial for feeding site formation at the initial stages of infection. To study the involvement of PRX genes in resistance response, four genes have been selected: SGN-U143455, SGN-U143841 and SGN-U144042 consistently down-regulated and SGN-U144671 consistently up-regulated at infection site in compatible interaction. The expression changes were determined by qRT-PCR and in situ location at 2 dpi and 4 dpi, and in different root tissues of resistant and susceptible plants. Early upon infection (2 dpi), the transcripts levels of the four genes were strongly increased in infected tissue of resistant genotype. In situ hybridization showed transcript accumulation of them in meristem cortical cells, where the nematode made injury. The results obtained provide strong evidence that early induction of PRX genes is important for defence response of the resistance against nematode invasion. Moreover, the induction patterns of SGN-U144042 gene observed at 4 dpi in distal noninfected root tissue into the susceptible genotype and of SGN-U143841 gene in both genotypes suggest a potential involvement of PRX in the systemic defence response.
Resumo:
El objetivo de este Proyecto Fin de Carrera es abordar el análisis del capítulo de conclusiones de tesis de ingeniería de telecomunicación a partir de un corpus comparable en inglés y español. A través del léxico podrán conocerse las expresiones típicas y la estructura de capítulo de conclusiones, tanto en inglés como en español. Para empezar este Proyecto, se ha compilado los corpus que se quieren comparar, en total se ha digitalizado tres corpus, uno con 24 conclusiones de tesis doctorales en español, otro con el mismo número de capítulos de conclusiones de tesis doctorales en inglés (PhD) y por último un corpus de conclusiones de tesis de fin de máster y de grado. El primer análisis que se ha realizado es el de la estructura de las conclusiones a partir de los títulos y subtítulos del capítulo. Se han comparado los títulos más utilizados y se han comentado las coincidencias y diferencias entre los corpus. La estructura vista a través de los subtítulos, se ha comparado con la propuesta por la autora Glasman-Deal (2011) en trabajos académicos de investigación, principalmente en artículos de investigación. La siguiente parte del Proyecto se ha centrado en el estudio del léxico, para ello nos hemos ayudado de la herramienta informática Wordsmith tools de la que se han explicado sus herramientas y funciones más útiles para este trabajo entre ellas el plot, que informa número de archivos en la que aparece cada palabra en el corpus. Las palabras con mayor plot son las más usadas por todos los doctorandos cuando escriben el capítulo de conclusiones .Se han elaborado unas pirámides donde se han colocado las palabras propias del género académico de las tesis por orden de uso. Las más usadas, con mayor plot, en la base y según se asciende aparecen las que tienen menor plot, con el fin de ver de una forma gráfica el peso que tiene cada palabra en el corpus. El siguiente paso del análisis del léxico ha tenido el objetivo de diferenciar los contextos de uso de las palabras incluidas en las pirámides. Se ha diferenciado entre los usos de las palabras dependiendo de su denotación académica o técnica. Esta comparación ha permitido comprobar que dentro del mismo corpus un sustantivo como contribuciones tiene connotación positiva o negativa dependiendo del contexto. Con los ejemplos aportados por los corpus se proporciona una base para el análisis lingüístico, centrado en los sustantivos, en este trabajo. Para finalizar el Proyecto, se ha implementado una base de datos con los resultados obtenidos del análisis de los sustantivos en la que se pueden ver las palabras que corresponden a cada nivel de la pirámide y ejemplos del uso de estas palabras. The aim of this Project is to analyze the concluding chapter of PhD thesis in the field of telecommunication engineering by means of a comparable corpus in English and Spanish. Through the lexis we will be able to capture useful expressions and the typical structure of the chapter in these specialized thesis, either in English and Spanish. To start with, three corpora have been compiled. The first one consists of 24 concluding chapters of PhD thesis in Spanish; the second, is made up of the same number of chapters of PhD thesis in the English language; and finally, 24 further chapters of Master and Degree thesis in English were digitalized and prepared for lexis analysis. Second, the study of the structure of the chapter of conclusions has been carried out. In this part the most common titles in the chapter of conclusions have been analysed and compared so as to find differences and similarities between the two languages compared. Moreover, the structure found through the subtitles in the conclusions of the thesis has been compared with the structure proposed by Glasman-Deal (2011) in her book Science Research Writing. Third, the study has been focused on the lexis of each corpus. These corpora have been treated with a lexis analyser called Wordsmith tools. The variables of frequency and plot have been applied to withdraw the most widely used nouns from the list of all the words found in any of the corpus. A pyramidal structure has been designed in order to show the academic or gender nouns - the ones usually found in the concluding chapter of thesis – nouns with a higher plot in the corpus. Two different types of context have been found for these nouns: technical and academic denotation. To show the difference in use of these nouns, arranged examples of contexts are given for each of the words studied. Finally, a database has been implemented to arrange the results of the lexis study. In this database the most significant examples of each noun are shown.
Resumo:
La restauración fílmica del audio es un proceso bastante complejo y se ha indagado poco en este campo. Antes de restaurar cualquier archivo, se debe preservar y conservar los archivos de la mejor manera posible. La preservación son las medidas que se deben tomar para garantizar el acceso permanente y la conservación asegura le existencia del archivo en su forma más original. Mientras que la restauración se basa en el estudio de los posibles deterioros que sufren los soportes fílmicos en el tiempo y los procesos que existen para corregirlos. La restauración siempre debe conservar la mayor originalidad posible, es decir debe mantener el audio como originalmente se expuso por primera vez. En la primera etapa, se identifican los posibles deterioros que se producen en los archivos, si conocemos en qué momento fue grabada la películas y cómo fue grabada, es decir con que máquina se realizó la grabación y el soporte fílmico en el que está grabado. Tanto las máquinas como los soportes han ido evolucionando a lo largo de la historia. El estudio de los soportes fílmicos nos permite conocer las degradaciones que sufren a lo largo del tiempo los archivos y por consecuencia, conocer las posibles restauraciones. Para intentar evitar degradaciones mayores, se intenta preservar y conservar en condiciones óptimas para el soporte. Según el soporte del archivo, tendrá unas condiciones típicas de temperatura, humedad, ventilación… en las cuales el material se conserva de la mejor manera. Tras estos pasos, se procede a restaurar. La restauración más típica es con materiales fotoquímicos, pero es bastante compleja y por tanto, en el proyecto se analiza la restauración tras digitalizar los archivos fílmicos. Para poder digitalizar correctamente los archivos, debemos tener presentes las normas y reglas de digitalización que están establecidas. La digitalización permite identificar las alteraciones típicas que aparecen en los materiales fílmicos, gracias a la herramienta del espectrograma podemos conocer las posibles soluciones de restauración para cada alteración. Las alteraciones que podemos encontrar e identificar son: · Zumbidos e Interferencias. · Siseo y Silbido. · Crujidos. · Pops y Clics. · Wow. · Lagunas o Abandonos. · Ruidos intermitentes. · Reverberación. La última parte del proyecto, una vez que se tienen todas las alteraciones típicas de los archivos fílmicos identificadas, se procede al estudio de cada una de ellas con las herramientas del espectrograma y se realiza el estudio de una manera más técnica. Con el espectrograma se determinan las herramientas que solucionan cada alteración como Reverb para la reverberación, Decrackle para los crujidos… y en el marco técnico se determina las características que tiene cada herramienta, es decir el tipo de filtro, ventana… que se puede utilizar para poder restaurar el audio de cada alteración. La restauración digital es un campo aún por investigar, pero se debería de empezar a concienciar que es una solución factible. Que este tipo de restauración puede mantener el sonido original y no va a modificar los archivos, como muchas veces se piensa. Ya que el paso del tiempo, poco a poco, ira degradando y destruyendo los soportes fílmicos en los que se encuentran, y el principal objetivo que se pretende conseguir es que los materiales fílmicos perduren a lo largo de la historia. ABSTRACT. The film audio restoration is a fairly complex process and little research has been done in this field. Before restoring any files, you must preserve and keep the files in the best way possible. The preservation is the measures to be taken to ensure continued access to and preservation ensures existence of the file in its original form. The restoration is based on the study of possible damage suffered by the film media in time and the processes that exist to correct them. The restoration must always retain the most original as possible, i.e. to keep the audio as originally discussed for the first time. In the first stage, potential impairments that occur in the files are identified, if you know what time it was recorded the movies and how it was recorded, i.e. that machine recording and film media on which is recorded took place. Both machines as media have evolved throughout history. The study of film media lets us know the suffering degradations over time and result files, make possible restorations. To try to prevent further degradation, are intended to preserve and keep in good condition for support. Depending on the media file, will have typical conditions of temperature, humidity, ventilation... in which the material is preserved in the best way. After these steps, we proceed to restore. The most typical is with photochemical restoration materials, but is rather complex and therefore the restoration project is analyzed after scanning film archives. To successfully scan the files must be aware of the rules and regulations are established digitization. Digitization allows identifying the typical alterations that appear in the film materials, thanks to the tool spectrogram we know the possible restoration solutions for each alteration. The alterations that can find and identify are: · Buzz and Interference. · Hiss and Hissing. · Crackle. · Pops and Clicks. · Wow and Flutter. · Audio Dropouts. The last part of the project, when we have all the typical alterations identified film archives, proceed to the study of each of them with the tools of spectrogram and the study of a more technical way is done . With the spectrogram tools that solve every alteration as Reverb for reverb, Decrackle for cracks... and the technical framework the features that each tool is determined, i.e. the type of filter, window... that can be used are determined for to restore the audio of each alteration. Digital restoration is an area for future research, but should start aware that it is a feasible solution. This type of restoration can keep the original sound and will not modify files, as is often thought. Since the passage of time, gradually degrading and destroying anger film media in which they are, and the main objective to be achieved is that the film materials endure throughout history.
Resumo:
A menudo los científicos secuencian el ADN de un gran número de personas con el objetivo de determinar qué genes se asocian con determinadas enfermedades. Esto permite meóon del genoma humano. El precio de un perfil genómico completo se ha posicionado por debajo de los 200 dólares y este servicio lo ofrecen muchas compañías, la mayor parte localizadas en EEUU. Como consecuencia, en unos pocos a~nos la mayoría de las personas procedentes de los países desarrollados tendrán los medios para tener su ADN secuenciado. Alrededor del 0.5% del ADN de cada persona (que corresponde a varios millones de nucleótidos) es diferente del genoma de referencia debido a variaciones genéticas. Así que el genoma contiene información altamente sensible y personal y representa la identidad biológica óon sobre el entorno o estilo de vida de uno (a menudo facilmente obtenible de las redes sociales), sería posible inferir el fenotipo del individuo. Multiples GWAS (Genome Wide Association Studies) realizados en los últimos a~nos muestran que la susceptibilidad de un paciente a tener una enfermedad en particular, como el Alzheimer, cáncer o esquizofrenia, puede ser predicha parcialmente a partir de conjuntos de sus SNP (Single Nucleotide Polimorphism). Estos resultados pueden ser usados para medicina genómica personalizada (facilitando los tratamientos preventivos y diagnósticos), tests de paternidad genéticos y tests de compatibilidad genética para averiguar a qué enfermedades pueden ser susceptibles los descendientes. Estos son algunos de los beneficios que podemos obtener usando la información genética, pero si esta información no es protegida puede ser usada para investigaciones criminales y por compañías aseguradoras. Este hecho podría llevar a discriminaci ón genética. Por lo que podemos concluir que la privacidad genómica es fundamental por el hecho de que contiene información sobre nuestra herencia étnica, nuestra predisposición a múltiples condiciones físicas y mentales, al igual que otras características fenotópicas, ancestros, hermanos y progenitores, pues los genomas de cualquier par de individuos relacionados son idénticos al 99.9%, contrastando con el 99.5% de dos personas aleatorias. La legislación actual no proporciona suficiente información técnica sobre como almacenar y procesar de forma segura los genomas digitalizados, por lo tanto, es necesaria una legislación mas restrictiva ---ABSTRACT---Scientists typically sequence DNA from large numbers of people in order to determine genes associated with particular diseases. This allows to improve the modern healthcare and to provide a better understanding of the human genome. The price of a complete genome profile has plummeted below $200 and this service is ofered by a number of companies, most of them located in the USA. Therefore, in a few years, most individuals in developed countries will have the means of having their genomes sequenced. Around 0.5% of each person's DNA (which corresponds to several millions of nucleotides) is diferent from the reference genome, owing to genetic variations. Thus, the genome contains highly personal and sensitive information, and it represents our ultimate biological identity. By combining genomic data with information about one's environment or lifestyle (often easily obtainable from social networks), could make it possible to infer the individual's phenotype. Multiple Genome Wide Association Studies (GWAS) performed in recent years have shown that a patient's susceptibility to particular diseases, such as Alzheimer's, cancer, or schizophrenia, can be partially predicted from sets of his SNPs. This results can be used for personalized genomic medicine (facilitating preventive treatment and diagnosis), genetic paternity tests, ancestry and genealogical testing, and genetic compatibility tests in order to have knowledge about which deseases would the descendant be susceptible to. These are some of the betefts we can obtain using genoma information, but if this information is not protected it can be used for criminal investigations and insurance purposes. Such issues could lead to genetic discrimination. So we can conclude that genomic privacy is fundamental due to the fact that genome contains information about our ethnic heritage, predisposition to numerous physical and mental health conditions, as well as other phenotypic traits, and ancestors, siblings, and progeny, since genomes of any two closely related individuals are 99.9% identical, in contrast with 99.5%, for two random people. The current legislation does not ofer suficient technical information about safe and secure ways of storing and processing digitized genomes, therefore, there is need for more restrictive legislation.