Effect of type of dietary carbohydrates on digestion, intestinal barrier and growth performance in 25-d weaned rabbits

Los objetivos globales de esta tesis han sido estudiar el efecto que los carbohidratos de la dieta ejercen sobre los rendimientos productivos, la barrera intestinal, y la digestión de animales destetados a 25 días de edad. Además se ha estudiado cuál es el mejor periodo para determinar la digestibilidad fecal tras el destete a esta edad. En el primer experimento se estudió el efecto de la fibra neutro detergente soluble (FNDS) sobre la barrera intestinal, digestión, microbiota intestinal y rendimientos productivos de gazapos en gazapos en la fase post-destete. Se diseñaron tres piensos isonutritivos en los que la única fuente de variación fueron los niveles de fibra soluble. A partir de una dieta control (AH) con 103 g/kg de materia seca de FNDS y alfalfa como fuente principal de fibra, se sustituyó la mitad de esta alfalfa por una mezcla de pulpa de remolacha y pulpa de manzana (75:25) en el pienso B-AP y por una mezcla de cascarilla y concentrado de proteína de soja (88:12) en el pienso OH, obteniéndose 131 y 79 g/kg de FNDS sobre materia seca, respectivamente. Los conejos se destetaron a 25 días y fueron alimentados con los piensos experimentales hasta los 35 días de edad, momento en el que se sacrificaron para la determinación de la digestibilidad ileal aparente (DIA) de la materia seca (MS), proteína bruta (PB) y almidón, la morfología de la mucosa, y actividad enzimática en el yeyuno, el tejido linfoide asociado a la mucosa, así como la microbiota intestinal. Para la determinación de la morfología de la mucosa se utilizaron adicionalmente 19 animales lactantes de 35 días de edad. Para el estudio de la tasa de mortalidad, se utilizaron 118 animales más por tratamiento que recibieron los piensos experimentales durante las dos semanas post-destete y posteriormente un pienso comercial hasta los 60 días de edad. Los animales recibieron durante todo el experimento medicación en el agua de bebida (100 ppm de apramicina sulfato y 120 ppm de tilosina tartrato). El nivel de fibra soluble mejoró los parámetros que se utilizaron para la caracterización del estado de la barrera intestinal. Los conejos alimentados con el mayor nivel de FNDS en el pienso presentaron una mayor longitud de los villi (P=0.001), un mayor ratio longitud villi/profundidad de las criptas (8.14; P=0.001), una mayor actividad disacaridásica (8671 μmol de glucosa/g de proteína; P=0.019), así como una mayor digestibilidad ileal (96.8%; P=0.002), observándose una reducción en el flujo ileal de almidón a medida que se incrementó el nivel de fibra soluble en el pienso (1,2 vs 0,5 g/d; P=0.001). Los animales lactantes a 35 días de edad presentaron un ratio longitud de villi/profundidad de las criptas menor que el observado en aquéllos alimentados con el pienso B-AP (6.70), pero superior al de los piensos AH y OH. Niveles inferiores de NDFS tendieron (P=0.074) a incrementar la respuesta inmune de tipo celular (linfocitos CD8+). El pienso también afectó a la producción de IL2 (CD25+; P=0.029; CD5+CD25+; P=0.057), pero sin llegar a establecerse una clara relación con el nivel de fibra soluble. La diversidad de la microbiota intestinal no se vio afectada por el pienso (P ≥ 0.38). Los animales alimentados con las piensos B-AP y AH presentaron una reducción en la frecuencia de detección de Clostridium perfringens tanto en íleon (P=0.062) como en ciego (4.3 vs. 17.6%, P =0.047), comparado con el pienso OH. Además la tasa de mortalidad (118 gazapos/pienso) disminuyó de 14.4% en el pienso OH a 5.1% en el pienso B-AP. Entre los 32 y los 35 días de edad se determinó la digestibilidad fecal aparente (14/pienso) de la materia seca (MS), energía bruta (EB), proteína bruta (PB), fibra neutro detergente (FND), fibra ácido detergente (FAD) y almidón. Este grupo, junto con otros nueve animales por tratamiento se utilizaron para determinar el peso del estómago y el ciego, la concentración cecal de ácidos grasos volátiles (AGV) y amoniaco (NH3), así como las tasas de similitud de la microbiota intestinal. Además se estudiaron los rendimientos productivos (35 animales/tratamiento) de los gazapos durante todo el período de cebo, consumiendo los piensos experimentales desde el destete hasta los 35 días y posteriormente un pienso comercial hasta los 60 días de edad. Niveles crecientes de FNDS mejoraron la digestibilidad fecal de la materia seca (MS) y energía (P<0.001). La inclusión FNDS aumentó de manera lineal el peso del contenido cecal (P=0.001) y el peso del aparato digestivo completo (P=0.008), y en los días previos al sacrificio disminuyó de manera lineal el consumo medio diario (P=0.040). Se observó además, una disminución lineal (P≤0.041) del pH del estómago. No se encontró relación entre el pH, la concentración y proporciones molares de AGV y el nivel de FNDS. El pienso pareció tener un efecto, incluso superior al de la madre, sobre la tasa de similitud de la microbiota, y los efectos fueron mayores a nivel cecal que ileal. La eficacia alimenticia aumentó de manera lineal en un 12% entre piensos extremos tras el destete (25- 39d) y en un 3% en el período global de cebo con niveles mayores de NDFS. El consumo medio diario durante la fase post-destete y durante todo el período de cebo, tendió a aumen tar (P≤0.079) con niveles mayores de FNDS, sin embargo no se apreció efecto sobre la ganancia media diaria (P≥0.15). En conclusión, el incremento del nivel de fibra soluble en el pienso parece resultar beneficioso para la salud del animal ya que mejora la integridad de la mucosa, y reduce la frecuencia de detección de potenciales patógenos como C. perfringens y Campylobacter spp. Conforme a estos resultados, debería tenerse en cuenta el contenido en fibra soluble en la formulación de piensos de conejos en la fase post-destete. El objetivo del segundo experimento fue determinar el efecto de la fuente de almidón sobre la digestión, la microbiota intestinal y los rendimientos productivos en conejos destetados con 25 días de edad. Se formularon tres piensos isonutritivos en los que se modificaron las principales fuentes de almidón: trigo crudo, trigo cocido y una combinación de trigo y arroz cocido. Dos grupos de 99 y 193 animales se destetaron con 25 días de edad. El primero de ellos se utilizó para la determinación de los parámetros productivos conforme al mismo protocolo seguido en el experimento anterior. El segundo de los grupos se utilizó para la determinación de la digestibilidad fecal de 32 a 35 d, la digestibilidad ileal aparente (DIA) a 35 d, la morfología de la mucosa intestinal, los parámetros de fermentación cecal; así como, la caracterización de la microbiota intestinal. Se utilizaron además dos grupos adicionales de animales 384 (medicados) y 177 (no medicados) para estudiar el efecto de la suplementación con antibióticos en el agua de bebida sobre la mortalidad. El procesado térmico del trigo mejoró ligeramente la digestibilidad ileal del almidón (P=0.020) pero no modificó el flujo final de almidón que alcanzó el ciego, observándose una mayor frecuencia de detección de Campylobacter spp. y Ruminococcus spp. en ciego (P≤0.023), pero sin cambios a nivel ileal. El procesado térmico del trigo no afectó tampoco a los parámetros productivos, la mortalidad, la digestibilidad ileal y fecal o la morfología de la mucosa. La sustitución parcial del trigo cocido por arroz cocido, penalizó la digestibilidad ileal del almidón (P=0.020) e incrementó el flujo ileal de este nutriente al ciego (P=0.007). Sin embargo no afectó a la mortalidad, pese a que se detectaron cambios en la microbiota tanto a nivel ileal como cecal, disminuyendo la frecuencia de detección de Campylobacter spp. (en íleon y ciego), Helicobacter spp. (en íleon) y Ruminococcus spp (en ciego) e incrementando Bacteroides spp. (en ciego) (P≤0.046). El empleo de arroz cocido en las piensos post-destete no tuvieron efectos sobre los parámetros productivos, la mortalidad, la digestibilidad ileal y fecal a excepción del almidón, o la morfología de la mucosa. La suplementación con antibiótico redujo la fre cuencia de detección de la mayoría de las bacterias estudiadas (P≤0.048), sobre todo para Campylobacter spp., Clostridium perfringens y Propionibacterium spp. (P≤0.048), observándose un efecto mayor a nivel ileal que cecal, lo que se asoció a la bajada significativa (P<0.001) de la mortalidad. En conclusión, los resultados de este experimento indican que la fuente de almidón afecta a la microbiota intestinal pero no influiye sobre la salud del animal. En relación al procesado, el uso de trigo cocido junto con arroz cocido no mejora los resultados obtenidos con trigo duro, si bienserían necesarios más experimentos que confirmaran este punto. El último de los experimentos se centró en un aspecto metodológico. Dado que, los conejos destetados presentan un patrón digestivo diferente al de un animal adulto resultado de su inmadurez digestiva, el objetivo buscado era tratar de determinar el mejor procedimiento para la determinación de la digestibilidad fecal en los gazapos en la fase post-destete. Para tal fin se utilizaron 15 animales/tratamiento de tres camadas diferentes que se destetaron con 25 días, suministrándoles un pienso comercial de crecimiento-cebo. Se registró el consumo medio diario y la excreción diaria de heces desde el día 25 hasta el día 40 de edad para la determinación de la digestibilidad de la MS. La camada afectó al consumo medio diario y la excreción de heces (P=0.013 y 0.014, respectivamente), observándose una tendencia (P=0.061) en la digestibilidad. La edad afectó (P<0.001) a todos estos factores, incrementándose de manera más evidente la excreción que la ingestión de materia seca en la primera semana de vida, para aumentar de forma paralela a partir de la segunda. La correlación entre el consumo medio diario fue mayor con la excreción de heces del mismo día que con la del día siguiente, por lo que se utilizó el primero para la determinación de la digestibilidad de la MS (MSd). La MSd disminuyó de manera lineal hasta los 32 días de edad (2.17±0.25 unidades porcentuales por día), mientras que permaneció constante desde los 32 a los 40 días (69.4±0.47%). Por otro lado, la desviación estándar de la MSd se redujo cuando se incrementó el período de recogida de 2 a 6 días en un 54%. Conforme a los resultados obtenidos, se puede concluir que no es aconsejable comenzar las pruebas de digestibilidad antes de los 32 días de edad y que el número de animales necesario para detectar diferencias significativas entre tratamientos dependerá del período de recogida de heces. ABSTRACT The global aim of this thesis has been to study the effect of dietary carbohydrates on growth, performance, digestion and intestinal barrier in 25-d weaned rabbits. In addition there has also been studied which is the best period to determine the fecal digestibility after weaning. The first experiment focused on the effect of Neutral Detergent Soluble Fibre (NDSF) on gut barrier function, digestion, intestinal microbiota and growth performance n rabbits in the post-weaning period. Three isonutritive diets which only varied in the levels of soluble fiber were formulated such as it described as follows: a control diet (AH) containing 103 g of neutral detergent soluble fiber, including alfalfa as main source of fiber, was replaced by a mixture of beet and apple pulp (75-25) in the B-AP diet and, by a mix of oat hulls and soybean protein concentrate (88:12) in the OH diet, resulting 131 and 79 g of NDFS/kg of dry matter, respectively. Rabbits, weaned at 25 days of age, were fed the experimental diets up to 35 days of age, moment in which they were slaughtered for apparent ileal digestibility (AID) of dry matter (DM), crude protein (CP) and starch, mucosa morphology, sucrose activity, characterization of lamina propria lymphocytes and intestinal microbiota. To assess mucosal morphology, 19 suckling 35-d-old rabbits were also used. For mortality study, besides these animals, 118 additional rabbits per treatment were fed the experimental diets for two weeks period and thereafter received a commercial diet until 60 days of age. Rabbits were water medicated during the whole experimental period (100 ppm de apramicine sulphate and 120 ppm of tylosine tartrate). Level of soluble fiber improved all the parameters used for the characterization of the intestinal barrier condition. Villous height of the jejunal mucosa increased with dietary soluble fiber (P=0.001). Villous height of jejunal mucosa increased with dietary soluble fiber (P = 0.001). Rabbits fed the highest level of soluble fiber (BA-P diet) showed the highest villous height/crypth depth ratio (8.14; P = 0.001), sucrase specific activity (8671 μmol glucose/ g protein; P = 0.019), and the greatest ileal starch digestibility (96.8%; P = 0.002). The opposite effects were observed in rabbits fed decreased levels of soluble fiber (AH and OH diets; 4.70, 5,848 μmol of glucose/g of protein, as average, respectively). The lowest ileal starch digestibility was detected for animal fed OH diet (93.2%). Suckling rabbits of the same age showed a lower villous height/crypt depth ratio (6.70) compared with the B-AP diet group, but this ration was higher that the AH or OH diet groups. Lower levels of soluble fiber tended (P = 0.074) to increase the cellular immune response (CD8+ lymphocytes). Diet affected IL-2 production (CD25+, P = 0.029; CD5+CD25+, P = 0.057), with no clear relationship between soluble fiber and IL-2. The intestinal microbiota biodiversity was not affected by diets (P ≥ 0.38). Animals fed B-AP and AH diets had a reduced cecal frequency of detection compatible with Campylobacter spp. (20.3 vs. 37.8, P = 0.074), and Clostridium perfringens (4.3 vs. 17.6%, P = 0.047), compared with the OH diet group. Moreover, the mortality rates decreased from 14.4 (OH diet) to 5.1% (B-AP diet) with the increased presence of soluble fiber in the diet. Between 32 and 35 days of age, faecal apparent digestibility of dry matter (DM), gross energy (GE), crude protein (CP), neutral detergent fiber (NDF), acid detergent fiber (ADF) and starch was determined (14/diet). This group, plus another nine rabbits/diet were used to determine weight of stomach and caecum and their contents, cecal fermentation traits and similarity rate (SR) of intestinal microbiota. Besides, growth performance parameters (35 rabbits/diet) were studied during the whole fattening period, in animals consuming the experimental feed after the weaning up to 35 days of age and later on a commercial diet up animals reached 60 days of age. Increasing levels of Neutral Detergent Soluble Fiber improved faecal dry matter and energy digestibility (P<0.001). NDSF inclusion improved linearly weight of the caecal content (P=0.001) and the total gastrointestinal tract (P=0.008), and in the previous days to slaughter a linear decrease of daily feed intake in diet with highest level of soluble fiber was also observed. Stomach pH decreased linearly with increasing levels of NDFS (P≤0.041). No relation between NDSF level on pH, concentration and molar proportion of VFA was found. Treatments appeared to influence the similarity rate of microbiota, even higher to mother effect. These effects were higher in ileum than in caecum. A linear positive effect of feed efficiency was observed, which increased around 12% in the two weeks post-weaning (25-39d) and 3% in the whole fattening period between extreme diets with highest levels of soluble fiber. Average daily feed intake during the two weeks after weaning and in the whole fattening period, tended (P≤0.079) to increase with highest levels of NDSF; although there were no effect on daily weight gain (≥0.15). In conclusion, an increase of soluble fiber in the feed seems to be beneficial for animal health, due to improve mucose integrity and reduce detection frequency of those poten tial pathogens like C. perfringens and Campylobacter spp. According to these results, level of soluble fiber should be taking care in feed rabbit formulation in the post-weaning period. The objective of the second experiment was to determine the effect of source of starch on digestion, intestinal microbiota and growth performance in twenty-five-day old weaned rabbits. To accomplish with this aim three iso-nutritive diets were formulated with different source of starch: raw wheat, boiled wheat and a combination of boiled wheat and boiled rice. Two groups of 99 and 193 rabbits were weaned at 25 days of age. The first group was used for growth performance determination following the same protocol than in previous experiment. The second group was used to determine faecal digestibility from 32 to 35 d, apparent ileal digestibility (AID) at 35 d, jejunal mucosa morphology, caecal fermentation traits and characterization of intestinal microbiota. For mortality, two additional groups of 384 (medicated) and 177 (not medicated) were used in order to study the effect of antibiotic water supply supplementation. Heat processing of starch slightly improved ileal digestibility of starch (P=0.020) but did not modify the flow of starch to the caecum. An increase in frequency of detection of Campylobacter spp. y Ruminococcus spp. was observed in the caecum (P≤0.023), with no changes at ileal level. Heat processing of wheat did not modify growth performance, mortality, ileal or faecal digestibility and mucosa morphology. Partial substitution of boiled wheat for boiled rice in the diet impaired ileal starch digestibility (P=0.020) and increased the ileal flow of this nutrient to the caecum (P=0.007). However, it did not affect mortality rate, although changes in the ileal and caecal intestinal microbiota were detected, decreasing the frequency of detection of Campylobacter spp. (both ileum and caecum), Helicobacter spp. (at ileum) and Ruminococcus spp (at caecum) and increasing the Bacteroides spp. (at caecum) (P≤0.046). The effect of boiled rice supplementation did not alter growth performance, mortality, ileal or faecal digestibility of other nutrients than starch, and mucosa morphology. Medication of rabbits reduced the ileal frequency of detection of most bacteria studied (P≤0.048), especially for Campylobacter spp., Clostridium perfringens y Propionibacterium spp. (P≤0.048), resulting the effect higher at ileal than caecal level and relating it with a strong reduction of mortality rate (P<0.001). In conclusion, the results of this experiment make think that the source of starch affects the intestinal microbiota but they do not seem to influence animal health. In relation to the effect of heat processed the use of cooked wheat or cooked rice it does not seem to im prove the results obtained with hard wheat, but there would be necessary more experiments that were confirming this point. The last experiment focused on a methodological aspect. Considering that, weaned rabbits have a different digestive pattern than older animals due to their digestive immaturity; the fixed objective was to determine the best procedure for faecal digestibility determination in young rabbits in the post-weaning period. Fifteen rabbits from 5 different litters were weaned at 25 days of age and fed with a commercial feed. Feed intake and faeces excretion were recorded daily from 25 to 40 days of age for dry matter digestibility (DMd) determination. Litter affected daily DM intake and excretion (P=0.013 y 0.014, respectively) and tended to affect DMd (P=0.061). Age affected all these factors (P<0.001), but ingestion increased slowly than dry matter excretion during the first week buth they evolved similarly in the second week. The correlation between daily feed intakes was higher with the faeces excretion of the day than with faeces excretion of the next day, and the first values were used to determine daily DMd. The DMd decreased linearly from weaning to 32 d of age (2.17±0.25 percentage units per day), whereas from 32 to 40 d remained constant (69.4±0.47%). On the other hand, average standard deviation of DMd decreased by 54% when the length of collection period increased from 2 to 6d. Consequently to the obtained results, it could be concluded that it would not be advisable to start digestibility trials before the 32 days of age and that the number of animals required to detect a significant difference among means would depend on the collection period.

Nematodes as indicators of the effect of soil fumigants on soil functioning

Debido al futuro incierto de la mayor parte de los fumigantes edáficos usados actualmente en la Unión Europea, que pueden implicar riesgos para la salud humana/animal y el medio ambiente, es necesario desarrollar programas de manejo integrado para el control de plagas de cultivos. Estos programas se incluyen como obligatorios en el Reglamento (EC) No. 1107/2009. De acuerdo con este Reglamento, es obligatoria la evaluación del riesgo asociado al uso de productos fitosanitarios sobre los organismos edáficos no diana y sus funciones, además de llevar a cabo ensayos con diferentes especies indicadoras para obtener datos de toxicidad que puedan ser usados posteriormente en la evaluación de riesgo. Sin embargo, la baja representatividad de algunas de estas especies indicadoras en el área Mediterránea supone una gran limitación. En esta situación, el Panel Científico de Productos Fitosanitarios y sus Residuos de la Autoridad Europea en Seguridad Alimentaria (EFSA), ha señalado la necesidad de modificar los datos ecotoxicológicos requeridos para evaluar los efectos adversos de los productos fitosanitarios de una manera más integrada, incluyendo criterios funcionales y estructurales mediante organismos como bacterias, hongos, protozoos y nematodos. De este modo, la EFSA ha recomendado el uso de los nematodos en la evaluación de la funcionalidad y estructura del suelo. Los nematodos están globalmente distribuidos y son morfológicamente diversos; esto junto con su gran abundancia y diversidad de respuestas a las perturbaciones edáficas, los convierte en indicadores adecuados del estado del suelo. Puesto que los nematodos interaccionan con muchos otros organismos que participan en diferentes eslabones de la red trófica edáfica, jugando papeles importantes en procesos edáficos esenciales en los agroescosistemas, la diversidad de nematodos es, a menudo, usada como indicador biológico de los efectos de las prácticas agrícolas en el estado del suelo. En los últimos años, diferentes índices basados en la comunidad nematológica han facilitado la interpretación de datos complejos sobre la ecología del suelo. Los índices de la red trófica edáfica, basados en la abundancia de grupos funcionales definidos como grupos C-P y grupos tróficos, permiten la evaluación de la funcionalidad de la red trófica edáfica. Por otra parte, la dificultad en la identificación taxonómica de nematodos para explicar su uso limitado como indicadores ecológicos, es ampliamente discutida, y existe cierta controversia en cuanto a la eficacia de los diferentes métodos de identificación de nematodos. Se argumenta que la identificación morfológica es difícil y puede llevar mucho tiempo debido a la falta de expertos especializados, y se afirma que las técnicas moleculares pueden resolver algunas limitaciones de las técnicas morfológicas como la identificación de juveniles. Sin embargo, los métodos de identificación molecular tienen también limitaciones; la mayoría de las bases de datos de secuencias de ADN están fuertemente orientadas hacia los nematodos fitoparásitos, los cuales representan sólo una parte de la comunidad edáfica de nematodos, mientras que hay poca información disponible de nematodos de vida libre a pesar de representar la mayoría de los nematodos edáficos. Este trabajo se centra en el estudio de los efectos de fumigantes edáficos en la funcionalidad del suelo a través del uso de diferentes indicadores basados en la comunidad de nematodos, como los índices de la red trófica, índices de diversidad, abundancia de los taxones más relevantes etc. También se han analizado otros indicadores funcionales relacionados con la supresividad edáfica, el ciclo de nutrientes o la actividad de la microfauna del suelo. En el capítulo 1, la diversidad de nematodos estudiada en una explotación comercial de fresa y sus alrededores durante dos campañas consecutivas en el suroeste español, fue baja en los suelos fumigados con fumigantes químicos ambas campañas y, aunque se observó una recuperación a lo largo de la campaña en la zona tratada, los suelos fumigados mostraron una condición perturbada permanente. La comunidad de nematodos estuvo más asociada al ciclo de nutrientes en la zona sin cultivar que en los suelos cultivados, y se observó poca relación entre la biomasa de las plantas y la estructura de la comunidad de nematodos. Los surcos sin tratar dentro de la zona de cultivo funcionaron como reservorio tanto de nematodos fitoparásitos como beneficiosos; sin embargo estas diferencias entre los surcos y los lomos de cultivo no fueron suficientes para mantener la supresividad edáfica en los surcos. Los suelos tratados fueron menos supresivos que los suelos sin tratar, y se observaron correlaciones positivas entre la supresividad edáfica y la estructura de la red trófica edáfica y la diversidad de nematodos. En el capítulo 2, se evaluaron los efectos de dos pesticidas orgánicos con efecto nematicida y dos nematicidas convencionales sobre las propiedades físico químicas del suelo, la diversidad de nematodos y la biomasa de las plantas en condiciones experimentales en dos tipos de suelo: suelos agrícolas poco diversos y suelos provenientes de una zona de vegetación natural muy diversos. El mayor efecto se observó en el tratamiento con neem, el cual indujo un gran incremento en el número de dauerlarvas en los suelos pobres en nutrientes, mientras que el mismo tratamiento indujo un incremento de poblaciones de nematodos bacterívoros, más estables y menos oportunistas, en los suelos del pinar ricos en materia orgánica. En el capítulo 3, se comparó la eficacia de métodos moleculares (TRFLP, Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) y morfológicos (microscopía de alta resolución) para la identificación de diferentes comunidades denematodos de España e Irlanda. Se compararon estadísticamente las diferencias y similitudes en la diversidad de nematodos, otros indicadores ecológicos y de la red trófica edáfica. Las identificaciones mediante el uso de TRFLP sólo detectó un porcentaje de los taxones presentes en las muestras de suelo identificadas morfológicamente, y los nematodos omnívoros y predadores no fueron detectados molecularmente en nuestro estudio. Los índices calculados en base a los nematodos micróboros mostraron más similitud cuando se identificaron morfológica y molecularmente que los índices basados en grupos tróficos más altos. Nuestros resultados muestran que, al menos con la técnica usada en este estudio, la identificación morfológica de nematodos es una herramienta fiable y más precisa que la identificación molecular, puesto que en general se obtiene una mayor resolución en la identificación de nematodos. En el capítulo 4, se estudiaron también los efectos de los nematicidas químicos sobre la comunidad de nematodos y la biomasa de las plantas en condiciones experimentales de campo, donde se aplicaron en una rotación de cultivo judía-col durante un ciclo de cultivo. Se aplicaron dos tipos de enmiendas orgánicas con el objetivo de mitigar el efecto negativo de los productos fitosanitarios sobre la diversidad edáfica. El efecto de los nematicidas sobre las propiedades del suelo y sobre la comunidad de nematodos fue más agudo que el efecto de las enmiendas. La incorporación de los restos de cosecha al final del ciclo de cultivo de la judía tuvo un gran efecto sobre la comunidad de nematodos, y aunque el número total de nematodos incrementó al final del experimento, se observó una condición perturbada permanente de la red trófica edáfica a lo largo del experimento. ABSTRACT Due to the uncertain future of the soil fumigants most commonly used in the EU, that might involve risks for human/animal health and the environment, there is a need to develop new integrated pest management programs, included as mandatory in the Regulation (EC) No. 1107/2009, to control crop diseases. According to this Regulation, evaluating the risk associated to the use of the plant production products (PPP) on non-target soil fauna and their function, and developing assays with different indicator species to obtain toxicity data to be used in the risk evaluation is mandatory. However, the low representativeness of some of these indicator species in the Mediterranean area is a relevant limitation. In this situation, the Scientific Panel of Plant Protection Products and their Residues of the European Food Safety Authority (EFSA) has pointed out the necessity of modifying the ecotoxicological data set required to evaluate non-target effects of PPP in a more integrated way, including structural and functional endpoints with organism such as bacteria, fungi, protists and nematodes. Thus, EFSA has recommended the use of nematodes in the assessment of the functional and structural features of the soil. Nematodes are globally distributed and morphologically diverse, and due to their high abundance and diversity of responses to soil disturbance, they are suitable indicators of the soil condition. Since nematodes interact with many other organisms as participants in several links of the soil food web, playing important roles in essential soil processes in agroecosystems, nematode diversity is often used as a biological indicator of the effects of agricultural practices on soil condition. In the last years, various indices based on soil nematode assemblages, have facilitated the interpretation of complex soil ecological data. Soil food web indices based on the abundances of functional guilds defined by C-P groups and trophic groups, permit evaluating soil food web functioning. On the other hand, the difficulty of nematode taxonomical identification is commonly argued to explain their limited used as ecological indicators, and there is a certain controversy in terms of the efficacy of various nematode identification methods. It is argued that the morphological identification is difficult and time consuming due to the lack of specialist knowledge, and it is claimed that molecular techniques can solve some limitations of morphological techniques such as the identification of juveniles. Nevertheless, molecular identification methods are limited too, since most of the DNA-based databases are strongly oriented towards plant-parasitic nematodes that represent only a fraction of the soil nematode community, while there is little information available on free-living nematodes, which represent most soil nematodes. This work focuses on the study of the effects of soil fumigants on soil functioning through the use of different indicators based on soil nematode community as soil food web indices, diversity indices, the abundance of more relevant taxa etc. Other functional indicators related to soil suppressiveness, nutrient cycling, or the activity of soil microfauna have been also studied. In chapter 1, nematode diversity assessed in a commercial strawberry farm and its surroundings for two consecutive growing seasons in southern Spain, was low in fumigated soils with chemical pesticides throughout both seasons and, although yearly recovery occurred within the treated fields, fumigated soils showed a permanent perturbed condition. The nematode community was more closely associated to nutrient cycling in the non-cropped than in the cropped soils, and the link between plant biomass and nematode community structure was weak. Non-treated furrows within the treated fields were a reservoir of both beneficial and plant-parasitic nematodes, but such difference between furrows and beds was not enough to maintain more suppressive soil assemblages in the furrows. Treated soils were less suppressive than unmanaged soils, and there was a positive and significant correlation between soil suppressiveness and soil food web structure and diversity. In chapter 2, the effects of two organic pesticides with nematicide effect and two chemical nematicides on soil physicalchemical properties, soil nematode diversity and plant biomass in experimental conditions were assessed in two types of soils: low diversity soils from an agricultural farm, and high diversity soils from a natural vegetation area. The larger effect was observed on the neem treatment, which induced a large boost of dauer juveniles in the nutrient-depleted soil, while the same treatment induced the increase of more stable, less opportunistic, populations of generalist bacterivore nematodes in the pine forest soil, rich in organic matter. In chapter 3, comparison of the efficiency of molecular (TRFLP, Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) and morphological (microscopy at high magnification) identification methods was carried out in different nematode communities from five sites of different land uses in Spain and Ireland. Differences and similarities on nematode diversity and other ecological and soil food web indices assessed by both methods, were statistically compared. Molecular identification with TRFLP only detected a percentage of the taxa present in the soil samples identified morphologically, and omnivores and predators were not detected molecularly in our study. Indices involving microbial feeding nematodes were more similar between identification methods than indices involving higher trophic links. Our results show that, at least with the technique used in this study, identifying nematodes morphologically is a reliable and more precise identification tool than molecular identification, since a higher taxonomic resolution is in general obtained compared to TRFLP. In chapter 4, the effect of chemical nematicides on nematode community descriptors and plant biomass was also studied in field conditions in an experimental area in which dazomet and dimethyl disulfide was applied in a bean-cabbage rotation system for a single season. Organic amendments were incorporated into the soil with the aim of mitigate the negative effect of the pesticides on soil diversity. The effect of the nematicides was much more noticeable than the effect of the amendments on soil properties and nematode community descriptors. The incorporation of bean crop residues into the soil at the end of bean crop cycle affected soil nematode community descriptors to a great extent, and although total number of nematodes increased at the end of the experiment, a permanent perturbed soil food web condition was observed along the experiment.