Allergy to Uncommon Pets: New Allergies but the Same Allergens.

The prevalence of exotic pet allergies has been increasing over the last decade. Years ago, the main allergy-causing domestic animals were dogs and cats, although nowadays there is an increasing number of allergic diseases related to insects, rodents, amphibians, fish, and birds, among others. The current socio-economic situation, in which more and more people have to live in small apartments, might be related to this tendency. The main allergic symptoms related to exotic pets are the same as those described for dog and cat allergy: respiratory symptoms. Animal allergens are therefore, important sensitizing agents and an important risk factor for asthma. There are three main protein families implicated in these allergies, which are the lipocalin superfamily, serum albumin family, and secretoglobin superfamily. Detailed knowledge of the characteristics of allergens is crucial to improvement treatment of uncommon-pet allergies.

Is the performance of ImmunoCAP ISAC 112 sufficient to diagnose peach and apple allergies?

Food allergies constitute a public health issue, with a reported overall estimated prevalence of 6% in Europe1 and Rosacea as the main allergenic fruits among adults.2 The commercial microarray ImmunoCAP ISAC 112 (Thermofisher, Uppsala, Sweden) is a semiquantitative and reproducible in vitro diagnostic tool used for the determination of specific IgE (sIgE).3 However, its panel of allergens does not have the best accuracy when it comes to determining fruit allergies in the Mediterranean area: the inclusion of the thaumatinlike protein (TLP) Pru p 2 or the apple lipid transfer protein (LTP) Mal d 3 has been proposed to improve the diagnosis of peach4 and apple5 allergies, respectively, in the Mediterranean basin. We sought to determine the usefulness of a component-resolved microarray for the diagnosis of peach and apple allergies in the Mediterranean area.

Graph based study of allergen cross-reactivity of plant lipid transfer proteins (LTPs) using microarray in a multicenter study.

The study of cross-reactivity in allergy is key to both understanding. the allergic response of many patients and providing them with a rational treatment In the present study, protein microarrays and a co-sensitization graph approach were used in conjunction with an allergen microarray immunoassay. This enabled us to include a wide number of proteins and a large number of patients, and to study sensitization profiles among members of the LTP family. Fourteen LTPs from the most frequent plant food-induced allergies in the geographical area studied were printed into a microarray specifically designed for this research. 212 patients with fruit allergy and 117 food-tolerant pollen allergic subjects were recruited from seven regions of Spain with different pollen profiles, and their sera were tested with allergen microarray. This approach has proven itself to be a good tool to study cross-reactivity between members of LTP family, and could become a useful strategy to analyze other families of allergens.

The involvement of thaumatin-like proteins in plant food cross-reactivity: a multicenter study using a specific protein microarray.

Cross-reactivity of plant foods is an important phenomenon in allergy, with geographical variations with respect to the number and prevalence of the allergens involved in this process, whose complexity requires detailed studies. We have addressed the role of thaumatin-like proteins (TLPs) in cross-reactivity between fruit and pollen allergies. A representative panel of 16 purified TLPs was printed onto an allergen microarray. The proteins selected belonged to the sources most frequently associated with peach allergy in representative regions of Spain. Sera from two groups of well characterized patients, one with allergy to Rosaceae fruit (FAG) and another against pollens but tolerant to food-plant allergens (PAG), were obtained from seven geographical areas with different environmental pollen profiles. Cross-reactivity between members of this family was demonstrated by inhibition assays. Only 6 out of 16 purified TLPs showed noticeable allergenic activity in the studied populations. Pru p 2.0201, the peach TLP (41%), chestnut TLP (24%) and plane pollen TLP (22%) proved to be allergens of probable relevance to fruit allergy, being mainly associated with pollen sensitization, and strongly linked to specific geographical areas such as Barcelona, Bilbao, the Canary Islands and Madrid. The patients exhibited mayor que50% positive response to Pru p 2.0201 and to chestnut TLP in these specific areas. Therefore, their recognition patterns were associated with the geographical area, suggesting a role for pollen in the sensitization of these allergens. Finally, the co-sensitizations of patients considering pairs of TLP allergens were analyzed by using the co-sensitization graph associated with an allergen microarray immunoassay. Our data indicate that TLPs are significant allergens in plant food allergy and should be considered when diagnosing and treating pollen-food allergy.

Scalable Raid Storage Based on the Structure of Multimedia File.

In professional video production, users have to access to huge multimedia files simultaneously in an error-free environment, this restriction force the use of expensive disk architectures for video servers. Previous researches proposed different RAID systems for each specific task (ingest, editing, file, play-out, etc.). Video production companies have to acquire different servers with different RAIDs systems in order to support each task in the production workflow. The solution has multiples disadvantages, duplicated material in several RAIDs, duplicated material for different qualities, transfer and transcoding processes, etc. In this work, an architecture for video servers based on the spreading of JPEG200 data in different RAIDs is presented, each individual part of the data structure goes to a specific RAID type depending on the effect that produces the data on the overall image quality, the method provide a redundancy correlated with the data rank. The global storage can be used in all the different tasks of the production workflow saving disk space, redundant files and transfers procedures.

Analysis of service-oriented computing systems

La computación basada en servicios (Service-Oriented Computing, SOC) se estableció como un paradigma ampliamente aceptado para el desarollo de sistemas de software flexibles, distribuidos y adaptables, donde las composiciones de los servicios realizan las tareas más complejas o de nivel más alto, frecuentemente tareas inter-organizativas usando los servicios atómicos u otras composiciones de servicios. En tales sistemas, las propriedades de la calidad de servicio (Quality of Service, QoS), como la rapídez de procesamiento, coste, disponibilidad o seguridad, son críticas para la usabilidad de los servicios o sus composiciones en cualquier aplicación concreta. El análisis de estas propriedades se puede realizarse de una forma más precisa y rica en información si se utilizan las técnicas de análisis de programas, como el análisis de complejidad o de compartición de datos, que son capables de analizar simultáneamente tanto las estructuras de control como las de datos, dependencias y operaciones en una composición. El análisis de coste computacional para la composicion de servicios puede ayudar a una monitorización predictiva así como a una adaptación proactiva a través de una inferencia automática de coste computacional, usando los limites altos y bajos como funciones del valor o del tamaño de los mensajes de entrada. Tales funciones de coste se pueden usar para adaptación en la forma de selección de los candidatos entre los servicios que minimizan el coste total de la composición, basado en los datos reales que se pasan al servicio. Las funciones de coste también pueden ser combinadas con los parámetros extraídos empíricamente desde la infraestructura, para producir las funciones de los límites de QoS sobre los datos de entrada, cuales se pueden usar para previsar, en el momento de invocación, las violaciones de los compromisos al nivel de servicios (Service Level Agreements, SLA) potenciales or inminentes. En las composiciones críticas, una previsión continua de QoS bastante eficaz y precisa se puede basar en el modelado con restricciones de QoS desde la estructura de la composition, datos empiricos en tiempo de ejecución y (cuando estén disponibles) los resultados del análisis de complejidad. Este enfoque se puede aplicar a las orquestaciones de servicios con un control centralizado del flujo, así como a las coreografías con participantes multiples, siguiendo unas interacciones complejas que modifican su estado. El análisis del compartición de datos puede servir de apoyo para acciones de adaptación, como la paralelización, fragmentación y selección de los componentes, las cuales son basadas en dependencias funcionales y en el contenido de información en los mensajes, datos internos y las actividades de la composición, cuando se usan construcciones de control complejas, como bucles, bifurcaciones y flujos anidados. Tanto las dependencias funcionales como el contenido de información (descrito a través de algunos atributos definidos por el usuario) se pueden expresar usando una representación basada en la lógica de primer orden (claúsulas de Horn), y los resultados del análisis se pueden interpretar como modelos conceptuales basados en retículos. ABSTRACT Service-Oriented Computing (SOC) is a widely accepted paradigm for development of flexible, distributed and adaptable software systems, in which service compositions perform more complex, higher-level, often cross-organizational tasks using atomic services or other service compositions. In such systems, Quality of Service (QoS) properties, such as the performance, cost, availability or security, are critical for the usability of services and their compositions in concrete applications. Analysis of these properties can become more precise and richer in information, if it employs program analysis techniques, such as the complexity and sharing analyses, which are able to simultaneously take into account both the control and the data structures, dependencies, and operations in a composition. Computation cost analysis for service composition can support predictive monitoring and proactive adaptation by automatically inferring computation cost using the upper and lower bound functions of value or size of input messages. These cost functions can be used for adaptation by selecting service candidates that minimize total cost of the composition, based on the actual data that is passed to them. The cost functions can also be combined with the empirically collected infrastructural parameters to produce QoS bounds functions of input data that can be used to predict potential or imminent Service Level Agreement (SLA) violations at the moment of invocation. In mission-critical applications, an effective and accurate continuous QoS prediction, based on continuations, can be achieved by constraint modeling of composition QoS based on its structure, known data at runtime, and (when available) the results of complexity analysis. This approach can be applied to service orchestrations with centralized flow control, and choreographies with multiple participants with complex stateful interactions. Sharing analysis can support adaptation actions, such as parallelization, fragmentation, and component selection, which are based on functional dependencies and information content of the composition messages, internal data, and activities, in presence of complex control constructs, such as loops, branches, and sub-workflows. Both the functional dependencies and the information content (described using user-defined attributes) can be expressed using a first-order logic (Horn clause) representation, and the analysis results can be interpreted as a lattice-based conceptual models.

Sensitization profiles and cross-reactivity among plant allergens. Molecular mechanisms of food allergy development and the role of enhancers

La prevalencia de las alergias está aumentando desde mediados del siglo XX, y se estima que actualmente afectan a alrededor del 2-8 % de la población, pero las causas de este aumento aún no están claras. Encontrar el origen del mecanismo por el cual una proteína inofensiva se convierte en capaz de inducir una respuesta alérgica es de vital importancia para prevenir y tratar estas enfermedades. Aunque la caracterización de alérgenos relevantes ha ayudado a mejorar el manejo clínico y a aclarar los mecanismos básicos de las reacciones alérgicas, todavía queda un largo camino para establecer el origen de la alergenicidad y reactividad cruzada. El objetivo de esta tesis ha sido caracterizar las bases moleculares de la alergenicidad tomando como modelo dos familias de panalergenos (proteínas de transferencia de lípidos –LTPs- y taumatinas –TLPs-) y estudiando los mecanismos que median la sensibilización y la reactividad cruzada para mejorar tanto el diagnóstico como el tratamiento de la alergia. Para ello, se llevaron a cabo dos estrategias: estudiar la reactividad cruzada de miembros de familias de panalérgenos; y estudiar moléculas-co-adyuvantes que pudieran favorecer la capacidad alergénica de dichas proteínas. Para estudiar la reactividad cruzada entre miembros de la misma familia de proteínas, se seleccionaron LTPs y TLPs, descritas como alergenos, tomando como modelo la alergia a frutas. Por otra parte, se estudiaron los perfiles de sensibilización a alérgenos de trigo relacionados con el asma del panadero, la enfermedad ocupacional más relevante de origen alérgico. Estos estudios se llevaron a cabo estandarizando ensayos tipo microarrays con alérgenos y analizando los resultados por la teoría de grafos. En relación al estudiar moléculas-co-adyuvantes que pudieran favorecer la capacidad alergénica de dichas proteínas, se llevaron a cabo estudios sobre la interacción de los alérgenos alimentarios con células del sistema inmune humano y murino y el epitelio de las mucosas, analizando la importancia de moléculas co-transportadas con los alérgenos en el desarrollo de una respuesta Th2. Para ello, Pru p 3(LTP y alérgeno principal del melocotón) se selección como modelo para llevarlo a cabo. Por otra parte, se analizó el papel de moléculas activadoras del sistema inmune producidas por patógenos en la inducción de alergias alimentarias seleccionando el modelo kiwi-alternaria, y el papel de Alt a 1, alérgeno mayor de dicho hongo, en la sensibilización a Act d 2, alérgeno mayor de kiwi. En resumen, el presente trabajo presenta una investigación innovadora aportando resultados de gran utilidad tanto para la mejora del diagnóstico como para nuevas investigaciones sobre la alergia y el esclarecimiento final de los mecanismos que caracterizan esta enfermedad. ABSTRACT Allergies are increasing their prevalence from mid twentieth century, and they are currently estimated to affect around 2-8% of the population but the underlying causes of this increase remain still elusive. The understanding of the mechanism by which a harmless protein becomes capable of inducing an allergic response provides us the basis to prevent and treat these diseases. Although the characterization of relevant allergens has led to improved clinical management and has helped to clarify the basic mechanisms of allergic reactions, it seems justified in aspiring to molecularly dissecting these allergens to establish the structural basis of their allergenicity and cross-reactivity. The aim of this thesis was to characterize the molecular basis of the allergenicity of model proteins belonging to different families (Lipid Transfer Proteins –LTPs-, and Thaumatin-like Proteins –TLPs-) in order to identify mechanisms that mediate sensitization and cross reactivity for developing new strategies in the management of allergy, both diagnosis and treatment, in the near future. With this purpose, two strategies have been conducted: studies of cross-reactivity among panallergen families and molecular studies of the contribution of cofactors in the induction of the allergic response by these panallergens. Following the first strategy, we studied the cross-reactivity among members of two plant panallergens (LTPs , Lipid Transfer Proteins , and TLPs , Thaumatin-like Proteins) using the peach allergy as a model. Similarly, we characterized the sensitization profiles to wheat allergens in baker's asthma development, the most relevant occupational disease. These studies were performed using allergen microarrays and the graph theory for analyzing the results. Regarding the second approach, we analyzed the interaction of plant allergens with immune and epithelial cells. To perform these studies , we examined the importance of ligands and co-transported molecules of plant allergens in the development of Th2 responses. To this end, Pru p 3, nsLTP (non-specific Lipid Transfer Protein) and peach major allergen, was selected as a model to investigate its interaction with cells of the human and murine immune systems as well as with the intestinal epithelium and the contribution of its ligand in inducing an allergic response was studied. Moreover, we analyzed the role of pathogen associated molecules in the induction of food allergy. For that, we selected the kiwi- alternaria system as a model and the role of Alt a 1 , major allergen of the fungus, in the development of Act d 2-sensitization was studied. In summary, this work presents an innovative research providing useful results for improving diagnosis and leading to further research on allergy and the final clarification of the mechanisms that characterize this disease.

Adapting mode switches into the hierarchical scheduling

Mode switches are used to partition the system’s behavior into different modes to reduce the complexity of large embedded systems. Such systems operate in multiple modes in which each one corresponds to a specific application scenario; these are called Multi-Mode Systems (MMS). A different piece of software is normally executed for each mode. At any given time, the system can be in one of the predefined modes and then be switched to another as a result of a certain condition. A mode switch mechanism (or mode change protocol) is used to shift the system from one mode to another at run-time. In this thesis we have used a hierarchical scheduling framework to implement a multi-mode system called Multi-Mode Hierarchical Scheduling Framework (MMHSF). A two-level Hierarchical Scheduling Framework (HSF) has already been implemented in an open source real-time operating system, FreeRTOS, to support temporal isolation among real-time components. The main contribution of this thesis is the extension of the HSF featuring a multimode feature with an emphasis on making minimal changes in the underlying operating system (FreeRTOS) and its HSF implementation. Our implementation uses fixed-priority preemptive scheduling at both local and global scheduling levels and idling periodic servers. It also now supports different modes of the system which can be switched at run-time. Each subsystem and task exhibit different timing attributes according to mode, and upon a Mode Change Request (MCR) the task-set and timing interfaces of the entire system (including subsystems and tasks) undergo a change. A Mode Change Protocol specifies precisely how the system-mode will be changed. However, an application may not only need to change a mode but also a different mode change protocol semantic. For example, the mode change from normal to shutdown can allow all the tasks to be completed before the mode itself is changed, while changing a mode from normal to emergency may require aborting all tasks instantly. In our work, both the system mode and the mode change protocol can be changed at run-time. We have implemented three different mode change protocols to switch from one mode to another: the Suspend/resume protocol, the Abort protocol, and the Complete protocol. These protocols increase the flexibility of the system, allowing users to select the way they want to switch to a new mode. The implementation of MMHSF is tested and evaluated on an AVR-based 32 bit board EVK1100 with an AVR32UC3A0512 micro-controller. We have tested the behavior of each system mode and for each mode change protocol. We also provide the results for the performance measures of all mode change protocols in the thesis. RESUMEN Los conmutadores de modo son usados para particionar el comportamiento del sistema en diferentes modos, reduciendo así la complejidad de grandes sistemas empotrados. Estos sistemas tienen multiples modos de operación, cada uno de ellos correspondiente a distintos escenarios y para distintas aplicaciones; son llamados Sistemas Multimodales (o en inglés “Multi-Mode Systems” o MMS). Normalmente cada modo ejecuta una parte de código distinto. En un momento dado el sistema, que está en un modo concreto, puede ser cambiado a otro modo distinto como resultado de alguna condicion impuesta previamente. Los mecanismos de cambio de modo (o protocolos de cambio de modo) son usados para mover el sistema de un modo a otro durante el tiempo de ejecución. En este trabajo se ha usado un modelo de sistema operativo para implementar un sistema multimodo llamado MMHSF, siglas en inglés correspondientes a (Multi-Mode Hierarchical Scheduling Framework). Este sistema está basado en el HSF (Hierarchical Scheduling Framework), un modelo de sistema operativo con jerarquía de dos niveles, implementado en un sistema operativo en tiempo real de libre distribución llamado FreeRTOS, capaz de permitir el aislamiento temporal entre componentes. La principal contribución de este trabajo es la ampliación del HSF convirtiendolo en un sistema multimodo realizando los cambios mínimos necesarios sobre el sistema operativo FreeRTOS y la implementación ya existente del HSF. Esta implementación usa un sistema de planificación de prioridad fija para ambos niveles de jerarquía, ocupando el tiempo entre tareas con un “modo reposo”. Además el sistema es capaz de cambiar de un modo a otro en tiempo de ejecución. Cada subsistema y tarea son capaces de tener distintos atributos de tiempo (prioridad, periodo y tiempo de ejecución) en función del modo. Bajo una demanda de cambio de modo (Mode Change Request MCR) se puede variar el set de tareas en ejecución, así como los atributos de los servidores y las tareas. Un protocolo de cambio de modo espeficica precisamente cómo será cambiado el sistema de un modo a otro. Sin embargo una aplicación puede requerir no solo un cambio de modo, sino que lo haga de una forma especifica. Por ejemplo, el cambio de modo de “normal” a “apagado” puede permitir a las tareas en ejecución ser finalizadas antes de que se complete la transición, pero sin embargo el cambio de “normal” a “emergencia” puede requerir abortar todas las tareas instantaneamente. En este trabajo ambas características, tanto el modo como el protocolo de cambio, pueden ser cambiadas en tiempo de ejecución, pero deben ser previamente definidas por el desarrollador. Han sido definidos tres protocolos de cambios: el protocolo “suspender/continuar”, protocolo “abortar” y el protocolo “completar”. Estos protocolos incrementan la flexibilidad del sistema, permitiendo al usuario seleccionar de que forma quieren cambiar hacia el nuevo modo. La implementación del MMHSF ha sido testada y evaluada en una placa AVR EVK1100, con un micro-controlador AVR32UC3A0. Se ha comprobado el comportamiento de los distintos modos para los distintos protocolos, definidos previamente. Como resultado se proporcionan las medidades de rendimiento de los distintos protocolos de cambio de modo.

Synchronizing sound from different devices over a TCP network

Nowadays, we can send audio on the Internet for multiples uses like telephony, broadcast audio or teleconferencing. The issue comes when you need to synchronize the sound from different sources because the network where we are going to work could lose packets and introduce delay in the delivery. This can also come because the sound cards could be work in different speeds. In this project, we will work with two computers emitting sound (one will simulate the left channel (mono) of a stereo signal, and the other the right channel) and connected with a third computer by a TCP network. The last computer must get the sound from both computers and reproduce it in a speaker properly (without delay). So, basically, the main goal of the project is to synchronize multi-track sound over a network. TCP networks introduce latency into data transfers. Streaming audio suffers from two problems: a delay and an offset between the channels. This project explores the causes of latency, investigates the affect of the inter-channel offset and proposes a solution to synchronize the received channels. In conclusion, a good synchronization of the sound is required in a time when several audio applications are being developed. When two devices are ready to send audio over a network, this multi-track sound will arrive at the third computer with an offset giving a negative effect to the listener. This project has dealt with this offset achieving a good synchronization of the multitrack sound getting a good effect on the listener. This was achieved thanks to the division of the project into several steps having constantly a good vision of the problem, a good scalability and having controlled the latency at all times. As we can see in the chapter 4 of the project, a lack of synchronization over c. 100μs is audible to the listener. RESUMEN. A día de hoy, podemos transmitir audio a través de Internet por varios motivos como pueden ser: una llamada telefónica, una emisión de audio o una teleconferencia. El problema viene cuando necesitas sincronizar ese sonido producido por los diferentes orígenes ya que la red a la que nos vamos a conectar puede perder los paquetes y/o introducir un retardo en las entregas de los mismos. Así mismo, estos retardos también pueden venir producidos por las diferentes velocidades a las que trabajan las tarjetas de sonido de cada dispositivo. En este proyecto, se ha trabajado con dos ordenadores emitiendo sonido de manera intermitente (uno se encargará de simular el canal izquierdo (mono) de la señal estéreo emitida, y el otro del canal derecho), estando conectados a través de una red TCP a un tercer ordenador, el cual debe recibir el sonido y reproducirlo en unos altavoces adecuadamente y sin retardo (deberá juntar los dos canales y reproducirlo como si de estéreo de tratara). Así, el objetivo principal de este proyecto es el de encontrar la manera de sincronizar el sonido producido por los dos ordenadores y escuchar el conjunto en unos altavoces finales. Las redes TCP introducen latencia en la transferencia de datos. El streaming de audio emitido a través de una red de este tipo puede sufrir dos grandes contratiempos: retardo y offset, los dos existentes en las comunicaciones entre ambos canales. Este proyecto se centra en las causas de ese retardo, investiga el efecto que provoca el offset entre ambos canales y propone una solución para sincronizar los canales en el dispositivo receptor. Para terminar, una buena sincronización del sonido es requerida en una época donde las aplicaciones de audio se están desarrollando continuamente. Cuando los dos dispositivos estén preparados para enviar audio a través de la red, la señal de sonido multi-canal llegará al tercer ordenador con un offset añadido, por lo que resultará en una mala experiencia en la escucha final. En este proyecto se ha tenido que lidiar con ese offset mencionado anteriormente y se ha conseguido una buena sincronización del sonido multi-canal obteniendo un buen efecto en la escucha final. Esto ha sido posible gracias a una división del proyecto en diversas etapas que proporcionaban la facilidad de poder solucionar los errores en cada paso dando una importante visión del problema y teniendo controlada la latencia en todo momento. Como se puede ver en el capítulo 4 del proyecto, la falta de sincronización sobre una diferencia de 100μs entre dos canales (offset) empieza a ser audible en la escucha final.

Air Mines. Urban Space Station

Air Mines The sky over the city's port was the color of a faulty screen, only partly lit up. As the silhouette of nearby buildings became darker, but more clearly visible against the fading blur-filter of a background, the realization came about how persistent a change had been taking place. Slowly, old wooden water reservoirs and rattling HVAC systems stopped being the only inhabitants of roofs. Slightly trembling, milkish jellyfish-translucent air volumes had joined the show in multiples. A few years ago artists and architects seized upon the death of buildings as their life-saving media. Equipped with constructive atlases and instruments they started disemboweling their subjects, poking about their systems, dumping out on the street the battered ugliness of their embarrassing bits and pieces, so rightly hidden by facades and height from everyday view. But, would you believe it? Even ?old ladies?, investment bankers or small children failed to get upset. Of course, old ladies are not what they used to be. It was old ladies themselves that made it happen after years of fights with the town hall, imaginative proposals and factual arguments. An industry with little financial gains but lots of welcome externalities was not, in fact, the ground for investment bankers. But they too had to admit that having otherwise stately buildings make fine particulate pencils with their facades was not the worse that could happen. Yes, making soot pencils had been found an interesting and visible end product of the endeavor, a sort of mining the air for vintage writing tools one can actually touch. The new view from the street did not seem as solid or dignified as that of old, and they hated that the market for Fine Particulates Extraction (FPE, read efpee) had to be applied on a matrix of blocks and streets that prevented undue concentration of the best or worse solutions. It had to be an evenly distributed city policy in order for the city to apply for cleaning casino money. Once the first prototypes had been deployed in buildings siding Garden Avenue or Bulwark Street even fast movers appreciated the sidekick of flower and plant smell dripping down the Urban Space Stations (USS, read use; USSs, read uses) as air and walls cooled off for a few hours after sunset. Enough. It was all nice to remember, but it was now time to go up and start the lightweight afternoon maintenance of their USS. Coop discussions had taken place all through the planning and continued through the construction phase as to how maintenance was going to be organized. Fasters had voted for a pro, pay a small amount and let them use it for rent and produce. In the end some neighbors decided they were slow enough to take care and it was now the turn. Regret came periodically, sometimes a week before, and lasted until work actually started. But lately it had been replaced by anxiety when it needed to be passed over to the next caretaker. It did not look their shift was good enough and couldn?t wait to fix it. Today small preparations needed to be made for a class visit next day from a nearby cook school. They were frequenters. It had not been easy, but it shouldn?t have been that hard. In the end, even the easiest things are hard if they involve a city, buildings and neighbors. On the face of the data, the technicalities and the way final designs had been worked out for adaptation to the different settings, the decision of where to go was self evident, but organization issues and the ever-growing politics of taste in a city of already-gentrified-rodents almost put the project in the frozen orbit of timeless beautiful future possibilities. This is how it was. A series of designs by XClinic and OSS had made it possible to adapt to different building structures, leave in most cases the roof untouched and adapted a new technology of flexing fiberglass tubes that dissipated wind pressure in smooth bending.......

Extending the expressiveness of fuzzy logic languages

En el trabajo que aquí presentamos se incluye la base teórica (sintaxis y semántica) y una implementación de un framework para codificar el razonamiento de la representación difusa o borrosa del mundo (tal y como nosotros, seres humanos, entendemos éste). El interés en la realización de éste trabajo parte de dos fuentes: eliminar la complejidad existente cuando se realiza una implementación con un lenguaje de programación de los llamados de propósito general y proporcionar una herramienta lo suficientemente inteligente para dar respuestas de forma constructiva a consultas difusas o borrosas. El framework, RFuzzy, permite codificar reglas y consultas en una sintaxis muy cercana al lenguaje natural usado por los seres humanos para expresar sus pensamientos, pero es bastante más que eso. Permite representar conceptos muy interesantes, como fuzzificaciones (funciones usadas para convertir conceptos no difusos en difusos), valores por defecto (que se usan para devolver resultados un poco menos válidos que los que devolveríamos si tuviésemos la información necesaria para calcular los más válidos), similaridad entre atributos (característica que utilizamos para buscar aquellos individuos en la base de datos con una característica similar a la buscada), sinónimos o antónimos y, además, nos permite extender el numero de conectivas y modificadores (incluyendo modificadores de negación) que podemos usar en las reglas y consultas. La personalización de la definición de conceptos difusos (muy útil para lidiar con el carácter subjetivo de los conceptos borrosos, donde nos encontramos con que cualificar a alguien de “alto” depende de la altura de la persona que cualifica) es otra de las facilidades incluida. Además, RFuzzy implementa la semántica multi-adjunta. El interés en esta reside en que introduce la posibilidad de obtener la credibilidad de una regla a partir de un conjunto de datos y una regla dada y no solo el grado de satisfacción de una regla a partir de el universo modelado en nuestro programa. De esa forma podemos obtener automáticamente la credibilidad de una regla para una determinada situación. Aún cuando la contribución teórica de la tesis es interesante en si misma, especialmente la inclusión del modificador de negacion, sus multiples usos practicos lo son también. Entre los diferentes usos que se han dado al framework destacamos el reconocimiento de emociones, el control de robots, el control granular en computacion paralela/distribuída y las busquedas difusas o borrosas en bases de datos. ABSTRACT In this work we provide a theoretical basis (syntax and semantics) and a practical implementation of a framework for encoding the reasoning and the fuzzy representation of the world (as human beings understand it). The interest for this work comes from two sources: removing the existing complexity when doing it with a general purpose programming language (one developed without focusing in providing special constructions for representing fuzzy information) and providing a tool intelligent enough to answer, in a constructive way, expressive queries over conventional data. The framework, RFuzzy, allows to encode rules and queries in a syntax very close to the natural language used by human beings to express their thoughts, but it is more than that. It allows to encode very interesting concepts, as fuzzifications (functions to easily fuzzify crisp concepts), default values (used for providing results less adequate but still valid when the information needed to provide results is missing), similarity between attributes (used to search for individuals with a characteristic similar to the one we are looking for), synonyms or antonyms and it allows to extend the number of connectives and modifiers (even negation) we can use in the rules. The personalization of the definition of fuzzy concepts (very useful for dealing with the subjective character of fuzziness, in which a concept like tall depends on the height of the person performing the query) is another of the facilities included. Besides, RFuzzy implements the multi-adjoint semantics. The interest in them is that in addition to obtaining the grade of satisfaction of a consequent from a rule, its credibility and the grade of satisfaction of the antecedents we can determine from a set of data how much credibility we must assign to a rule to model the behaviour of the set of data. So, we can determine automatically the credibility of a rule for a particular situation. Although the theoretical contribution is interesting by itself, specially the inclusion of the negation modifier, the practical usage of it is equally important. Between the different uses given to the framework we highlight emotion recognition, robocup control, granularity control in parallel/distributed computing and flexible searches in databases.

Estimación del coste de almacenamiento de una solución de preservación de la privacidad en archivos BAM reales

A menudo los científicos secuencian el ADN de un gran número de personas con el objetivo de determinar qué genes se asocian con determinadas enfermedades. Esto permite meóon del genoma humano. El precio de un perfil genómico completo se ha posicionado por debajo de los 200 dólares y este servicio lo ofrecen muchas compañías, la mayor parte localizadas en EEUU. Como consecuencia, en unos pocos a~nos la mayoría de las personas procedentes de los países desarrollados tendrán los medios para tener su ADN secuenciado. Alrededor del 0.5% del ADN de cada persona (que corresponde a varios millones de nucleótidos) es diferente del genoma de referencia debido a variaciones genéticas. Así que el genoma contiene información altamente sensible y personal y representa la identidad biológica óon sobre el entorno o estilo de vida de uno (a menudo facilmente obtenible de las redes sociales), sería posible inferir el fenotipo del individuo. Multiples GWAS (Genome Wide Association Studies) realizados en los últimos a~nos muestran que la susceptibilidad de un paciente a tener una enfermedad en particular, como el Alzheimer, cáncer o esquizofrenia, puede ser predicha parcialmente a partir de conjuntos de sus SNP (Single Nucleotide Polimorphism). Estos resultados pueden ser usados para medicina genómica personalizada (facilitando los tratamientos preventivos y diagnósticos), tests de paternidad genéticos y tests de compatibilidad genética para averiguar a qué enfermedades pueden ser susceptibles los descendientes. Estos son algunos de los beneficios que podemos obtener usando la información genética, pero si esta información no es protegida puede ser usada para investigaciones criminales y por compañías aseguradoras. Este hecho podría llevar a discriminaci ón genética. Por lo que podemos concluir que la privacidad genómica es fundamental por el hecho de que contiene información sobre nuestra herencia étnica, nuestra predisposición a múltiples condiciones físicas y mentales, al igual que otras características fenotópicas, ancestros, hermanos y progenitores, pues los genomas de cualquier par de individuos relacionados son idénticos al 99.9%, contrastando con el 99.5% de dos personas aleatorias. La legislación actual no proporciona suficiente información técnica sobre como almacenar y procesar de forma segura los genomas digitalizados, por lo tanto, es necesaria una legislación mas restrictiva ---ABSTRACT---Scientists typically sequence DNA from large numbers of people in order to determine genes associated with particular diseases. This allows to improve the modern healthcare and to provide a better understanding of the human genome. The price of a complete genome profile has plummeted below $200 and this service is ofered by a number of companies, most of them located in the USA. Therefore, in a few years, most individuals in developed countries will have the means of having their genomes sequenced. Around 0.5% of each person's DNA (which corresponds to several millions of nucleotides) is diferent from the reference genome, owing to genetic variations. Thus, the genome contains highly personal and sensitive information, and it represents our ultimate biological identity. By combining genomic data with information about one's environment or lifestyle (often easily obtainable from social networks), could make it possible to infer the individual's phenotype. Multiple Genome Wide Association Studies (GWAS) performed in recent years have shown that a patient's susceptibility to particular diseases, such as Alzheimer's, cancer, or schizophrenia, can be partially predicted from sets of his SNPs. This results can be used for personalized genomic medicine (facilitating preventive treatment and diagnosis), genetic paternity tests, ancestry and genealogical testing, and genetic compatibility tests in order to have knowledge about which deseases would the descendant be susceptible to. These are some of the betefts we can obtain using genoma information, but if this information is not protected it can be used for criminal investigations and insurance purposes. Such issues could lead to genetic discrimination. So we can conclude that genomic privacy is fundamental due to the fact that genome contains information about our ethnic heritage, predisposition to numerous physical and mental health conditions, as well as other phenotypic traits, and ancestors, siblings, and progeny, since genomes of any two closely related individuals are 99.9% identical, in contrast with 99.5%, for two random people. The current legislation does not ofer suficient technical information about safe and secure ways of storing and processing digitized genomes, therefore, there is need for more restrictive legislation.

Differential elimination by differential specialization of Sylvester style matrices

Differential resultant formulas are defined, for a system $\cP$ of $n$ ordinary Laurent differential polynomials in $n-1$ differential variables. These are determinants of coefficient matrices of an extended system of polynomials obtained from $\cP$ through derivations and multiplications by Laurent monomials. To start, through derivations, a system $\ps(\cP)$ of $L$ polynomials in $L-1$ algebraic variables is obtained, which is non sparse in the order of derivation. This enables the use of existing formulas for the computation of algebraic resultants, of the multivariate sparse algebraic polynomials in $\ps(\cP)$, to obtain polynomials in the differential elimination ideal generated by $\cP$. The formulas obtained are multiples of the sparse differential resultant defined by Li, Yuan and Gao, and provide order and degree bounds in terms of mixed volumes in the generic case.

Star dust memories, or how to detect allergen traces in powder foods

Allergies and food intolerances are at the forefront of institutional interest (European Regulation No 1169/2011) for their impact on consumer health. Allergies to peanuts and other nuts and gluten intolerance, makes production processes involving mixtures of powders a great concern for the industry, given the need to indicate the existence of traces of any of them. The food industry requires non-destructive and non-invasive methods of quantification that meet sensitivity requirements but also specificity levels. Optical methods such as NIR spectrophotometry or hyper-spectral image are currently some of the technologies that show potential success. This is the context of this paper that evaluates how to use NIR spectroscopy (900-1600nm) to detect traces of 15 different kinds of nuts and 20 other flours.

Estrategias de desarrollo sostenible de la arquitectura del oasis de M’hamid, desierto del Sahara

Esta investigación se plantea con la hipótesis radical de cómo habitar el desierto de forma sostenible, desde una actitud pragmática y experimental basada en el progreso. La justificación se basa en primer lugar en los 2.000 millones de personas en el mundo que viven en entornos desérticos, el 80% de ellas, en países en desarrollo, porque el 40% de la superficie terrestre está bajo amenaza de desertificación afectando al 37% de la población mundial, con 12 millones de hectáreas al año perdidas por esa causa, y por último, porque se considera el desierto como un entorno de gran atractivo y potencial. El contenido de la investigación se estructura en tres movimientos: posicionamiento, mirada y acción: Desde el posicionamiento se define en primer lugar la sostenibilidad, aportando un nuevo diagrama donde se incorpora el ámbito arquitectónico como uno de los pilares principales, y, posteriormente, se establecen los criterios de evaluación de la sostenibilidad, aportando un sistema de indicadores donde se incorporan parámetros adecuados a las circunstancias del oasis. Del mismo modo, se estudian y analizan metodologías de actuación y proyectos de desarrollo sostenible existentes que enmarcan el estado del arte, constatando la dificultad de adaptación de los mismos a las condiciones de los oasis, por lo que se elabora una metodología propia donde se modifica la dinámica estratégica, de forma que el impulso se plantea desde la acción social, a través de hipótesis de estrategias basadas en sistemas low-cost, autoconstruidas, asumibles económicamente y de implantación factible. El caso de estudio específico radica en la situación extrema de las condiciones en el oasis de M’hamid, donde se evidencia un proceso de desintegración y abandono. Esto es debido a una acumulación de circunstancias externas e internas, de múltiples factores: naturales y antrópicos que afectan al oasis, llevando al extremo las condiciones climáticas y la escasez de recursos, naturales y artificiales. Factores como el cambio climático, la sequía, los cambios en las políticas del agua, la amenaza de desertificación, los conflictos sociales, el desequilibrio ecológico, la escasez económica, la crisis energética, la obsolescencia arquitectónica, el patrimonio construido prácticamente destruido, y la malentendida nueva arquitectura. Es importante constatar la escasa documentación gráfica existente sobre la zona de actuación lo que ha conllevado un amplio trabajo de documentación, tanto cartográfica como de observación directa, aportada a la tesis como investigación de elaboración propia. La mirada analítica al caso de estudio permite conocer los recursos disponibles y las potencialidades latentes del oasis de M’hamid, que permitirán actuar para subvertir la dinámica involutiva imperante, de forma que los dibujos iniciales de apropiación contextual y análisis críticos derivan en mapas de acción diagramados conformados por un sistema de objetos y la definición de estrategias transversales, deconstruyendo el pasado y reconstruyendo el futuro, incorporando sistemas alternativos que se definen en 7 líneas estratégicas de acción formuladas desde los 3 ámbitos relacionados con el ecosistema: ecológico, socio- económico y arquitectónico. Así, la tesis defiende la acción arquitectónica como impulsora del desarrollo sostenible, apoyada en 3 elementos: - la creación de objetos “tecnoartesanos”, para el aprovechamiento de los recursos energéticos - las transformaciones arquitectónicas, para reformular el hábitat desde la eficiencia energética y el progreso - y el impulso de acciones cotidianas, que redefinan las relaciones sociales, creando entornos cooperativos y colaborativos. En el ámbito ecológico se proponen actuaciones anti desertificación mediante incubadoras de árboles; sistemas alternativos de gestión del agua, como la lluvia sólida; estrategias de potenciación de la producción agrícola; la construcción de mecanismos de obtención de energía a partir de residuos, como los paneles solares con botellas PET. En el ámbito socioeconómico se plantean nuevas formas de acción social y de reactivación económica. Por último, en el ámbito urbano-arquitectónico, se incorporan modificaciones morfológicas a la arquitectura existente y una relectura contemporánea de la tierra, como material que permite nuevas geometrías, obteniendo arena petrificada por procesos microbiológicos, y potenciando la tierra como recurso artístico. Esta tesis es un punto de partida, recoge sistemas, estrategias y experiencias, para funcionar como un estímulo o impulso dinamizador del futuro desarrollo sostenible del oasis, abriendo vías de investigación y experimentación. ABSTRACT This research puts forth the radical hypothesis of how to inhabit the desert in a sustainable way, using a pragmatic and experimental approach based on progress. The justification for this resides in the fact that there are 2,000 million people in the world living in desert environments, 80% of them in developing countries. Forty percent of the earth’s surface is under threat of desertification, affecting 37% of the world population and with 12 million hectares being lost each year. And finally, the desert is considered as an attractive environment and therefore, with great potential. The content of the research is structured in three main sections: positioning, observation and action: As a point of departure, sustainability is defined, proposing a new framework where architecture is incorporated as one of the main pillars. Then, the criteria for evaluating sustainability are established. These provide a system of indicators, which incorporate parameters based on the specific circumstances of the oasis. Methodologies and existing sustainable development projects that represent the state-of-the-art are analyzed, discussing the difficulty of adapting them to conditions of oases. A methodology that modifies strategic concepts is developed, whereby the catalyst is social action, and strategies are developed based on low-cost, self-built, and feasible implementation systems. The specific case study lies in the extreme conditions in the oasis of M'hamid, where a process of decay and neglect is evident. This deterioration is due to an accumulation of external and internal circumstances, and of natural and anthropogenic factors that affect the oasis, leading to extreme weather conditions and a shortage of both natural and artificial resources. Factors include; climate change, drought, changes in water policies, the threat of desertification, social conflicts, ecological imbalance, economic shortage, the energy crisis, architectural obsolescence, destruction of built heritage, and misunderstood new architecture. It is important to note the extremely limited graphic information about the area has led me to produce an extensive archive of maps and drawings, many developed by direct observation, that contribute to the research. The case study analysis of the oasis of M'hamid examines the resources available and the latent potential to slow the prevailing trend towards deterioration. The initial drawings of contextual appropriation and critical analysis result in maps and diagrams of action, which are formed by a system of objects and the definition of strategies. These can be thought of as understanding or “deconstructing” the past to reconstruct the future. Alternative approaches defined in seven strategies for action are based on three fields related to the ecosystem: ecological, socioeconomic and architectural. Thus, the thesis defends architectural action to promote sustainable development, based on three elements: - The creation of "techno-artisans", to make use of energy resources - Architectural changes, to reformulate habitat in terms of energy efficiency and progress - And the promotion of everyday actions, to redefine social relations, creating cooperative and collaborative environments. In the ecological field, I propose anti-desertification actions such as; tree incubators, alternative water management systems(such as solid rain),; strategies to empower the agricultural production, energy from low-cost systems made out from recycled materials(such as solar panels from PET bottles or wind turbine from bicycle wheels). In the socioeconomic sphere, I propose to implement new forms of social action and economic regeneration. Finally, within the urban and architectural field, I propose morphological changes to the existing architecture and a contemporary reinterpretation of the earth as a material that allows new geometries, creating petrified sand by microbiological processes or enhancing nature as an artistic and energy resource. This thesis is a starting point. It collects systems, strategies and experiences to serve as a stimulus or dynamic momentum for future sustainable development of the oasis, opening new avenues of research and experimentation. RÉSUMÉ Cette recherche part d'une hypothèse radicale : comment habiter le désert de façon durable, et ce à partir d'une approche pragmatique et expérimentale basée sur le progrès. Cette hypothèse se justifie en raison des 2 milliards de personnes qui dans le monde habitent des environnements désertiques, 80% d'entre eux dans des pays en voie de développement, mais aussi parce que 40% de la surface de la planète est sous menace de désertification, un phénomène affectant 37% de la population mondiale et qui cause la perte de 12 millions d'hectares par an; et enfin parce que le désert est considéré comme un environnement très attrayant et fort d’un grand potentiel. Le contenu de la recherche se divise en trois mouvements: le positionnement, le regard et l'action : Du point de vue du positionnement on définit tout d'abord la durabilité, présentant un nouveau schéma où le domaine de l'architecture devient un des principaux piliers, et, par la suite, des critères d'évaluation de la durabilité sont établis, en fournissant un système d’indicateurs qui intègre les paramètres appropriés aux circonstances de l'oasis. De même, des méthodologies et des projets de développement durable existants sont étudiés et analysés, ce qui encadre l'état de l'art, remarquant la difficulté de les adapter aux conditions des oasis. De cette difficulté découle l'élaboration d'une méthodologie qui modifie la dynamique stratégique, de sorte que l'impulsion provient de l'action sociale, à travers des hypothèses de stratégie basées sur des systèmes low-cost, auto-construits, et de mise en oeuvre économiquement viable. Le cas d'étude spécifique réside en la situation extrême des conditions de l'oasis de M’hamid, où un processus de décadence et de négligence est évident. Cela est dû à une accumulation de circonstances externes et internes, de multiples facteurs: les facteurs naturels et anthropiques qui affectent l'oasis, menant à l'extrême les conditions météorologiques et la pénurie de ressources, autant naturelles qu'artificielles. Des facteurs tels que le changement climatique, la sécheresse, les changements dans les politiques de l'eau, la menace de la désertification, les conflits sociaux, le déséquilibre écologique, la pénurie économique, la crise de l'énergie, l'obsolescence architecturale, le patrimoine bâti pratiquement détruit et une mauvais compréhensif de la nouvelle architecture. Il est important de de faire remarquer le peu d'informations graphiques du domaine d'action, ce qui a conduit à un vaste travail de documentation, autant cartographique que relative à l'observation directe. Cette documentation s'ajoute à la thèse en tant que recherche propre. Le regard analytique sur le cas d'étude permet de connaître les ressources disponibles et le potentiel latent de l'oasis de M’hamid, qui agiront pour renverser la dynamique d'involution en vigueur. Ainsi, les premiers dessins d'appropriation contextuelle et analyse critique deviennent des cartes d'action schématisées formées par un système d'objets et la définition de stratégies transversales, qui déconstruisent le passé et reconstruisent l'avenir, en incorporant des systèmes alternatifs qui se définissent sur 7 lignes stratégiques d'action formulées à partir des 3 domaines en relation avec l’écosystème: l’écologique, le socio-économique et l'architectural. Ainsi, la thèse défend l'action architecturale en tant que promotrice du développement durable, et ce basé sur 3 éléments: - la création d'objets "technoartisans" pour l'exploitation des ressources énergétiques - les modifications architecturales, pour reformuler l'habitat du point de vue de l'efficacité énergétique et le progrès - et la promotion des actions quotidiennes, pour redéfinir les relations sociales, et la création d'environnements de coopération et collaboration. Dans le domaine de l'écologie des actions de lutte contre la désertification sont proposées à travers des pépinières d'arbres, des systèmes alternatifs de gestion de l'eau comme par exemple la pluie solide, des stratégies de mise en valeur de la production agricole, la construction de mécanismes de production d'énergie à partir de résidus, tels que les panneaux solaires ou les bouteilles en PET. Dans le domaine socio-économique, l'on propose de nouvelles formes d'action sociale et de reprise économique. Enfin, dans le domaine de l'urbain et de l'architectural, on incorpore des changements morphologiques à l'architecture existante et une relecture contemporaine de la terre, comme matériau qui permet de nouvelles géométries, en obtenant du sable pétrifié par des procédés microbiologiques et en mettant en valeur la terre comme une ressource artistique. Cette thèse n'est qu'un point de départ. Elle recueille des systèmes, des stratégies et des expériences pour servir de stimulus ou d'impulsion dynamisatrice du futur développement durable de l'oasis, en ouvrant des voies de recherche et d'expérimentation.