Expresión de la resistencia en plantas de tomate a nematodos formadores de nódulos (Meloidogyne javanica)

La resistencia genética mediada por los genes R es uno de los sistemas de defensa de las plantas frente a patógenos y se activa una vez que los patógenos han superado la defensa basal que otorgan la cutícula y pared celular. Los mecanismos de resistencia genética se inician a su vez, por el reconocimiento de productos derivados de genes de avirulencia de los patógenos (avr) por parte de las proteínas R. Tanto la respuesta de defensa basal como la respuesta de defensa por genes R están influenciadas por patrones de regulación hormonal, que incluye a las principales hormonas vegetales ácido salicílico (SA), ácido jasmónico (JA) y etileno (ET). En tomate (Solanum lycopersicum) uno de los genes R es el gen MiG1, que confiere resistencia a nematodos formadores de nódulos (Meloidogyne javanica, M. incognita y M. arenaria). Uno de los eventos más importantes que caracterizan a la respuesta de resistencia es la reacción hipersensible (HR), que está mediada por la activación temprana de una serie de sistemas enzimáticos, entre los que destaca el de las peroxidasas (PRXs) Clase III. Su función es importante tanto para limitar el establecimiento y expansión del nematodo, al generar ambientes altamente tóxicos por su contribución en la producción masiva de ROS, como por su implicación en la síntesis y depósito de lignina generando barreras estructurales en el sitio de infección. Además de estos mecanismos de defensa asociados a la resistencia constitutiva, las plantas pueden desarrollar resistencia sistémica adquirida (SAR) que en la naturaleza ocurre, en ocasiones, en una fase posterior a que la planta haya sufrido el ataque de un patógeno. Así mismo hay diferentes productos de origen químico como el benzotiadiazol o BTH (ácido S-metil benzol-(1,2,3)-tiadiozole-7-carbónico ester) que pueden generar esta misma respuesta SAR. Como resultado, la planta adquiere resistencia sistémica frente a nuevos ataques de patógenos. En este contexto, el presente trabajo aborda en primer lugar el análisis comparativo, mediante microarrays de oligonucleótidos, de los transcriptomas de los sistemas radicales de plantas de tomate de 8 semanas de edad de dos variedades, una portadora del gen de resistencia MiG1 (Motelle) y otra carente del mismo y, por tanto, susceptible (Moneymaker), antes y después de la infección por M. javanica. Previo a la infección se observó que la expresión de un gran número de transcritos era más acusada en la variedad resistente que en la susceptible, entre ellos el propio gen MiG1 o los genes PrG1 (o P4), LEJA1 y ER24, lo que indica que, en ausencia de infección, las rutas hormonales del SA, JA y ET están más activas en la raíz de la variedad resistente. Por el contrario, un número mucho menor de transcritos presentaban su expresión más reducida en Motelle que en Moneymaker, destacando un gen de señalización para sintetizar la hormona giberelina (GA). La infección por M. javanica causa importantes cambios transcripcionales en todo el sistema radical que modifican sustancialmente las diferencias basales entre plantas Motelle y Moneymaker, incluida la sobreexpresión en la variedad resistente de los transcritos de MiG1, que se reduce parcialmente, mientras que las rutas hormonales del SA y el JA continuan más activas que en la susceptible (evidente por los genes PrG1 y LEJA1). Además, los cambios asociados a la infección del nematodo se evidencian por las grandes diferencias entre los dos tiempos post-infección considerados, de tal forma que en la fase temprana (2 dpi) de la interacción compatible predomina la sobreexpresión de genes de pared celular y en la tardía (12 dpi) los relacionados con el ARN. En el análisis de la interacción incompatible, aunque también hay muchas diferencias entre ambas fases, hay que destacar la expresión diferencial común de los genes loxA y mcpi (sobrexpresados) y del gen loxD (reprimido) por su implicación en defensa en otras interacciones planta-patógeno. Cabe destacar que entre las interacciones compatible e incompatible hubo muy pocos genes en común. En la etapa temprana de la interacción compatible destacó la activación de genes de pared celular y la represión de la señalización; en cambio, en la interacción incompatible hubo proteínas principalmente implicadas en defensa. A los 12 días, en la interacción compatible los genes relacionados con el ARN y la pared celular se sobreexpresaban principalmente, y se reprimían los de proteínas y transporte, mientras que en la incompatible se sobreexpresaron los relacionados con el estrés, el metabolismo secundario y el de hormonas y se reprimieron los de ARN, señalización, metabolismo de hormonas y proteínas. Por otra parte, la técnica de silenciamiento génico VIGS reveló que el gen TGA 1a está implicado en la resistencia mediada por el gen MiG1a M. javanica. Así mismo se evaluó el transcriptoma de todo el sistema radical de la variedad susceptible tras la aplicación del inductor BTH, y se comparó con el transcriptoma de la resistente. Los resultados obtenidos revelan que el tratamiento con BTH en hojas de Moneymaker ejerce notables cambios transcripcionales en la raíz; entre otros, la activación de factores de transcripción Myb (THM16 y THM 27) y del gen ACC oxidasa. Las respuestas inducidas por el BTH parecen ser de corta duración ya que no hubo transcritos diferenciales comunes a las dos fases temporales de la infección comparadas (2 y 12 dpi). El transcriptoma de Moneymaker tratada con BTH resultó ser muy diferente al de la variedad resistente Motelle, ambas sin infectar, destacando la mayor expresión en el primero del gen LeEXP2, una expansina relacionada con defensa frente a nematodos. Las respuestas inducidas por los nematodos en Moneymaker-BTH también fueron muy distintas a las observadas previamente en la interacción incompatible mediada por MiG1, pues sólo se detectaron 2 genes sobreexpresados comunes a ambos eventos. Finalmente, se abordó el estudio de la expresión diferencial de genes que codifican PRXs y su relación con la resistencia en la interacción tomate/M. javanica. Para ello, se realizó en primer lugar el estudio del análisis del transcriptoma de tomate de la interacción compatible, obtenido en un estudio previo a partir de tejido radical infectado en distintos tiempos de infección. Se han identificado 16 unigenes de PRXs con expresión diferencial de los cuales 15 se relacionan por primera vez con la respuesta a la infección de nematodos. La mayoría de los genes de PRXs identificados, 11, aparecen fuertemente reprimidos en el sitio de alimentación, en las células gigantes (CG). Dada la implicación directa de las PRXs en la activación del mecanismo de producción de ROS, la supresión de la expresión génica local de genes de PRXs en el sitio de establecimiento y alimentación pone de manifiesto la capacidad del nematodo para modular y superar la respuesta de defensa de la planta de tomate en la interacción compatible. Posteriormente, de estos genes identificados se han elegido 4: SGN-U143455, SGN-U143841 y SGN-U144042 reprimidos en el sitio de infección y SGN-U144671 inducido, cuyos cambios de expresión se han determinado mediante análisis por qRT-PCR y de hibridación in situ en dos tiempos de infección (2 dpi y 4 dpi) y en distintos tejidos radicales de tomate resistente y susceptible. Los patrones de expresión obtenidos demuestran que en la interacción incompatible la transcripción global de los 4 genes estudiados se dispara en la etapa más temprana en el sitio de infección, detectándose la localización in situ de transcritos en el citoplasma de las células corticales de la zona meristemática afectadas por el nematodo. A 4 dpi se observó que los niveles de expresión en el sitio de infección cambian de tendencia y los genes SGN-U144671 y SGN-U144042 se reprimen significativamente. Los diferentes perfiles de expresión de los genes PRXs en los dos tiempos de infección sugieren que su inducción en las primeras 48 horas es crucial para la respuesta de defensa relacionada con la resistencia frente a la invasión del nematodo. Por último, al analizar el tejido radical sistémico, se detectó una inducción significativa de la expresión en la fase más tardía de la infección del gen SGN-U144042 en el genotipo susceptible y del SGN-U143841 en ambos genotipos. En este estudio se describe por primera vez la inducción de la expresión sistémica de genes de PRXs en tomate durante la interacción compatible e incompatible con M. javanica lo que sugiere su posible implicación funcional en la respuesta de defensa SAR activada por la infección previa del nematodo. ABSTRACT Plants defend themselves from pathogens by constitutive and/or induced defenses. A common type of induced defense involves plant resistance genes (R), which are normally activated in response to attack by specific pathogen species. Typically, a specific plant R protein recognizes a specific pathogen avirulence (avr) compound. This initiates a complex biochemical cascade inside the plant that results in synthesis of antipathogen compounds. This response can involve chemical signaling, transcription, translation, enzymes and metabolism, and numerous plant hormones such as salicylic acid (SA), jasmonates (JA) and ethylene (ET). Induced plant defense can also activate Class III peroxidases (PRXs), which produce reactive oxygen species (ROS), regulate extracellular H2O2, and play additional roles in plant defense. R-gene activation and the resulting induced defense often remain localized in the specific tissues invaded by the plant pathogen. In other cases, the plant responds by signaling the entire plant to produce defense compounds (systemic induction). Plant defense can also be induced by the exogenous application of natural or synthetic elicitors, such as benzol-(1,2,3)-thiadiazole-7-carbothionic acid. There is much current scientific interest in R-genes and elicitors, because they might be manipulated to increase agricultural yield. Scientists also are interested in systemic induction, because this allows the entire plant to be defended. In this context, one of the aims of this investigation was the transcriptoma analysis of the root systems of two varieties of tomato, the resistant variety (Motelle) that carrier MiG1 and the susceptible (Moneymaker) without MiG1, before and after infection with M. javanica. The overexpression was more pronounced in the transcriptoma of the resistant variety compared with susceptible, before infection, including the MiG1 gene, PrG1 (or P4) genes, LEJA1 and ER24, indicating that hormone SA, JA and ET are active in the resistant variety. Moreover, GA hormone presents an opposite behavior. M. javanica infection causes significant transcriptional changes in both compatible (Moneymaker-M. javanica) and incompatible (Motelle-M. javanica) interaction. In the incompatible transcriptome root system, was notably reduced the expression of the MiG1 gene, and a continuity in the expression of the hormonal pathways of SA and JA. In other hand, transcriptional profile changes during compatible interaction were associated with nematode infection. The large differences between the two times point infection considered (2 dpi and 12 dpi) indicates an overexpression of cell wall related genes in the first phase, and conversely an overexpression of RNA genes in the late phase. Transcriptoma analysis of incompatible interaction, although there were differences between the two phases, should be highlighted the common differential gene expression: loxA and mcpi (overexpressed) and loxD gene (suppressed), as they are involved in defenses in other plant-pathogen interactions. The VIGS tool has provided evidence that TGA 1a is involved in MiG1 mediated resistance to M. javanica. Likewise, the systemic application of BTH was assessed and compared with susceptible and resistant variety. Root system transcriptoma of BTH treatment on leaves showed the activation of Myb transcription factors (THM16 and THM27), the ACC oxidase gene. and the LeEXP2 gene, encoding for an expansin enzyme, related with defense against nematodes. The activation appears to be reduced by subsequent infection and establishment of nematodes. To assist in elucidate the role of tomato PRXs in plant defence against M. javanica, the transcriptome obtained previously from isolated giant cells (GC) and galls at 3 and 7 dpi from the compatible interaction was analysed. A total of 18 different probes corresponding to 16 PRX encoding genes were differentially expressed in infection site compared to the control uninfected root tissues. Most part of them (11) was down-regulated. These results yielded a first insight on 15 of the PRX genes responding to tomato–Meloidogyne interaction and confirm that repression of PRX genes might be crucial for feeding site formation at the initial stages of infection. To study the involvement of PRX genes in resistance response, four genes have been selected: SGN-U143455, SGN-U143841 and SGN-U144042 consistently down-regulated and SGN-U144671 consistently up-regulated at infection site in compatible interaction. The expression changes were determined by qRT-PCR and in situ location at 2 dpi and 4 dpi, and in different root tissues of resistant and susceptible plants. Early upon infection (2 dpi), the transcripts levels of the four genes were strongly increased in infected tissue of resistant genotype. In situ hybridization showed transcript accumulation of them in meristem cortical cells, where the nematode made injury. The results obtained provide strong evidence that early induction of PRX genes is important for defence response of the resistance against nematode invasion. Moreover, the induction patterns of SGN-U144042 gene observed at 4 dpi in distal noninfected root tissue into the susceptible genotype and of SGN-U143841 gene in both genotypes suggest a potential involvement of PRX in the systemic defence response.

Características funcionales que influyen en la respuesta a la sequía de las especies del género Quercus: variación inter- e intra-específica

El género Quercus sp. tiene una amplia distribución geográfica a lo largo de todo el Hemisferio Norte, y está presente desde zonas templado-frías de Europa o Norte-América, hasta zonas tropicales de América del Sur. En términos de macro-evolución son muchas las especies de este género que han desarrollado mecanismos de resistencia al estrés hídrico en combinación con caracteres funcionales y morfológicos que evitan la deshidratación de los tejidos aéreos, y que en último término hacen de este grupo de especies organismos muy efectivos en ambientes caracterizados por una fuerte restricción hídrica esporádica o estacional. La falta de agua, sobre todo en fases como la regeneración, interactúa con la disponibilidad lumínica, y de cuyo resultado se establece una compleja modulación de la expresión de los rasgos funcionales. Además, y desde un punto de vista micro-evolutivo, es elemento característico de muchas especies de Quercus un alto grado de variación genética intraespecífica en la respuesta a sequía. Esta diversidad en la respuesta se establece bajo distintos órdenes jerárquicos de variación genética, y desde diferencias poblacionales hasta líneas maternas o individuos dentro de una misma población. Así, muchas especies albergan unos niveles relativamente altos de variabilidad intraespecífica en respuesta a la falta de agua. En este trabajo se revisan diferentes mecanismos de tolerancia y evitación de la sequía que explican el éxito de numerosas especies del género Quercus en ambientes con importantes limitaciones hídricas. El análisis se hace extensible a los estudios de la variación intra-específica, para finalizar con una breve visión de algunos posibles patrones de respuesta esperables en un futuro caracterizado por ambientes hídricamente más estresantes en amplias zonas del mundo, y en particular en el área mediterránea.

Constructed Fashion: The Catwalk System as an Architectural Project

Teniendo en cuenta que no hay nada que se escape de la moda 1, y extendiendonos más allá de esta manida discusión sobre intersecciones formales, esta investigación propone la pasarela como un lugar real de mediación entre moda y arquitectura. Asumiendo esta condición, la pasarela encarna nuevos modos de producción apropiándose de su espacio y estructura, y convierténdose en una máquina capaz de generar múltiples y más bien infinitos significados. La moda es sin duda un proyecto creativo, que ha venido utilizando la pasarela como un marco para la reordenación de su narrativa visual, renovándose asi mismo como fenómeno social. Este proyecto de investigación plantea, que contrariamente las tipologías actuales de las pasarelas no nos facilitan la comprensión de una colección – que suele ser el objetivo principal. Presentan en cambio un entorno en el que se acoplan diferentes formatos visuales, -con varias capas-, conviéndolo en una compleja construcción y provocando nunerosas fricciones con el espacio-tiempo-acción durante el proceso de creación de otros territorios. Partiendo de la idea de la pasarela como un sistema, en el que sus numerosas variables pueden producir diversas combinaciones, esta investigación plantea la hipótesis por la cual un nuevo sistema de pasarela se estaría formando enteramente con capas de información. Este escenario nos conduciría a la inmersión final de la moda en los tejidos de la virtualidad. Si bien el debate sobre la relevancia de los desfiles de moda se ha vuelto más evidente hoy en día, esta investigación especula con la posibilidad del pensamiento arquitectónico y como este puede introducir metodologías de análisis en el marco de estos desfiles de moda, proponiendo una lectura de la pasarela como un sistema de procedimientos específicos inherente a los proyectos/procesos de la arquitectura. Este enfoque enlaza ambas prácticas en un territorio común donde el espacio, el diseño, el comportamiento, el movimiento, y los cuerpos son ordenados/organizados en la creación de estas nuevas posibilidades visuales, y donde las interacciones activan la generación de la novedad y los mensajes. PALABRAS CLAVES moda, sistema, virtual, información, arquitectura Considering that there is nothing left untouched by fashion2, and going beyond the already exhausted discussion about formal intersections, this research introduces the catwalk as the real arena of mediation between fashion and architecture. By assuming this condition, the catwalk embodies new modes of production that appropriates its space and turns it into a machine for generating multiple if not infinite meanings. Fashion, as a creative project, has utilized the catwalk as a frame for rearranging its visual narrative and renewing itself as social phenomena. This research disputes, however, that the current typologies of catwalks do not facilitate the understanding of the collection – as its primary goal - but, instead, present an environment composed of multi-layered visual formats, becoming a complex construct that collides space-time-action in the creation of other territories. Departing from the analysis of the catwalk as a system and how its many variables can produce diverse combinations, this research presents the hypothesis that a new system is being formed entirely built out of information. Such scenario indicates fashion´s final immersion into the fabrics of virtuality. While the discussion about the relevance of fashion shows has become more evident today, this research serves as an introductory speculation on how architectural thinking can introduce methodologies of analysis within the framework of the fashion shows, by proposing a reading of the catwalk as a system through specific procedures that are inherent to architectural projects. Such approach intertwines both practices into a common territory where space, design, behaviour, movement, and bodies are organized for the creation of visual possibilities, and where interactions are triggered in the making of novelty and messages. KEYWORDS fashion, system, virtual, information, architectural

Vacíos urbanos en la ciudad de Zaragoza (1975-2010). Oportunidades para la estructuración y continuidad urbana

La expansión de las ciudades hacia la periferia en las últimas décadas ha generado una serie de tejidos en colisión, donde los intersticios y los espacios residuales muestran la realidad de una ciudad dispersa. A esta serie de espacios intermedios los denominaremos “vacíos urbanos” y determinaremos una serie de factores que hagan posible su identificación Los vacíos urbanos son el objeto de la Tesis. El concepto “vacío urbano” adquiere un determinado significado para la investigación y se acota formulando una serie de parámetros para su definición. Definiremos los “vacíos urbanos” como espacios que han aparecido en el extrarradio de las ciudades, fruto de una expansión sin precedentes de las áreas urbanas. Han surgido como lugares residuales condicionados por elementos naturales o por infraestructuras, ligados a una temporalidad incierta, no inmersos en la dinámicas urbanas o habiendo perdido su funcionalidad. El objetivo de esta investigación es localizar y clasificar los vacíos existentes en la ciudad partiendo de la hipótesis de que es posible establecer una metodología para su reconocimiento y comprobación de los parámetros que los definen. La investigación centra su estudio en la ciudad de Zaragoza, como un ejemplo paradigmático, confirmando que la nueva fenomenología territorial, no sólo se manifiesta en dicha ciudad y en las áreas en concreto donde se ha estudiado, sino que más bien se trata de observarla como una serie de modelos tipológicos que respondan a un proceso de análisis. La propuesta metodológica de loa tesis pasa por reconocerlos, mostrarlos y darles una visibilidad que permita su clasificación, el desarrollo de un estudio de Áreas de la ciudad donde se localizan y un análisis de cada tipología de vacío urbano. Como instrumento metodológico se ha elaborado una detallada cartografía a diferentes escalas. La realización de los planos ha sido el medio de análisis que ha permitido localizar e interpretar los vacíos, complementado con unas escogidas fotografías de estos entornos. La metodología se convierte en un modo de descubrir y analizar los vacíos, el proceso conlleva la comprobación y la clasificación en una tipología. Según se han ido analizando nuevas áreas, se confirma como un hecho repetitivo exitoso y se observa que es aplicable a otras áreas urbanas de similares características, donde se den las condiciones principales de cada tipo. En general, deberán ser espacios localizados en la periferia de núcleos urbanos donde aparezcan fenómenos ligados a una expansión discontinua. Parece probable que el futuro de la ciudad se tenga que resolver en las próximas décadas sobre su actual extensión; bajo este supuesto, es trascendente la función que los vacíos puedan desempeñar en el futuro desarrollo urbano. Toda posibilidad de intervención precisará de una necesaria reinterpretación, puestas las miras en su potencial como elementos capaces de generar una rehabilitación urbana. A su vez se hace conveniente plantear una reflexión sobre estos espacios cargados de una dimensión social y cultural, como lugares capaces de articular y dotar de identidad al medio urbano. Los vacíos deberían protagonizar un papel relevante en la estructuración urbana, abriendo posibilidades para el tramado de la ciudad desde nuevas perspectivas. Una apuesta para que estos espacios libres pasen de ser el objetivo de procesos urbanizadores tradicionales, a ser considerados como oportunos elementos vertebradores de los entornos periurbanos, colaborando en el objetivo de una ciudad contemporánea sostenible. ABSTRACT In the last decades the city periphary expansion has provoked a series of matters to collide, where interstices and waste lands show the reality of a divided city. We shall determine a number of factors allowing us to treat these “in between” spaces, also called "urban voids" as identifiable elements. We will consider them the subject of the thesis and establish them as a "concept", delimiting the meaning of the research specifically acquired, defining, and formulating a set of parameters. "Urban voids" are defined as spaces that have appeared on the outskirts of cities, the result of an unprecedented expansion of urban areas. They have emerged as waste lands, conditioned by natural elements or infrastructure, related to uncertain temporality, not immersed in the urban dynamics, or having lost their functionality. It seems likely that in the upcoming decades, the future of the city will have to resolve its current way of expanding . It is under this assumption that urban voids, as intermediate spaces, will play an important role in future urban developments. Any possible intervention will require a necessary reinterpretation, closely watching their potential as elements capable of generating an urban rehabilitation. At the same time, we wish to reflect on these spaces, in many cases loaded with a social and cultural dimension, as places able to articulate and give identity to the urban environment. Based on the hypothesis that it is possible to establish a methodology for recognition and verification, the purpose of this research is to locate and classify the existing urban voids in the city. The research focuses its study on the city of Saragossa which can be seen as a paradigmatic example. The objective is to confirm that this new territorial phenomenology, not only manifests itself in Saragossa and specific areas under study, but also, can be observed as a series of typological models that respond to a review process. The methodological proposal will recognize, demonstrate, and exhibit these urban voids, in a light that will allow us to classify them, examine the different areas where they can be found, and develop a tipology analysis of each type of urban void found. The technical tool used in this research is a detailed mapping at different scales. A realization of plans, as a mean of analysis, supplemented with a few selected pictures of these environments, will facilitate the location and interpretation of these voids. This scholarly approach to discover and analyze urban voids will involve checking and classifying them in a typology. It has been confirmed as a successful constant regulator while exploring new areas. It will be apply to other urban areas with similar characteristics, that is, spaces located on the periphery of urban areas where expansion is linked to the appearence of discontinuous phenomena. The urban voids play a fundamental role within the urban structure, providing the city a weaving scheme with opportunities of fresh perspectives. The challenge for these free spaces is to move from being the consequence of traditional urban development processes, to being considered opportune backbone elements of peri-urban environments, and to finally contribute to the objectives of a sustainable contemporary city.

A mechanical characterization of soft tissues based on their mesostructure

Se presenta una relación entre las propiedades mecánicas de los tejidos fibrados y las características geométricas y mecánicas de los fibriles que lo forman a escala mesoscópica. In this work we derive a relationship between the mechanical and geometrical properties of the fibril constituents and the soft tissue material parameters at macroscopic scale.

Fragmentación formal y simplificación funcional de la ciudad de Tacubaya, dentro de la metrópoli de México, durante los procesos de expansión de la primera mitad del siglo XX

La fragmentación espacial de una ciudad, que será el principal enfoque de la presente Tesis, ocurre cuando una entidad pequeña se ve obligada a adecuar sus relaciones ante la inminente presencia de un entorno urbano de mayor peso que se aproxima y densifica. Este tipo de fragmentación se analizará tomando en cuenta tres factores (especulación, desorganización y falta de protección) que moldean el desarrollo de procesos urbanísticos modernos en las grandes metrópolis Latinoamericanas, particularmente en la Ciudad de México. La Ciudad de México tuvo un desarrollo altamente competitivo, que ha sido también el catalizador de un largo y sostenido crecimiento urbano. Con el pasar del tiempo, la capital ha sobrepasado las expectativas de los más visionarios. El estudio detallado del asentamiento de Tacubaya (el cual conforma una parte dinámica de la Ciudad de México), permitirá al lector evaluar el extravagante crecimiento que ocurre en la Ciudad de México y los asentamientos que lo rodean, en la primera mitad del siglo XX. Tacubaya, así como muchos de los pequeños poblados preexistentes que se ubicaban en las afueras de la gran urbe, fue alcanzado y engullido por la mancha urbana, sufriendo importantes cambios en su núcleo urbano. Sin embargo, partes de esta antigua centralidad han persistido junto con una parte de los elementos urbanos que la estructuraban; monumentos y riquezas históricas, los cuales han facilitado la reinvención de su centro urbano, sobreviviendo tanto a los abates del tiempo como a las oleadas de nuevos pobladores. El lugar que permanece es un centro urbano sumamente fragmentado, permeado por: una incesante superposición de tejidos y elementos estructuradores olvidados, poblaciones flotantes y de paso que desestabilizan las zonas residenciales, estratos sociales cada vez más apartados. Pensaríamos que las circunstancias que envuelven la demarcación la han dejado en caos, sin embargo, para la sorpresa de muchos, Tacubaya se sigue adaptando a pesar de todos los obstáculos. ABSTRACT In urbanism, the type of spatial fragmentation, that will be the main focus of this Thesis, occurs when a stronger and denser environment takes over a smaller entity, forcing it to adapt its functional relations. This type of fragmentation will be analyzed taking into account three specific factors (speculation, disorganization, and lack of protection) that mold the development of modern urbanistic processes in large Latin American cities, particularly in Mexico City. Mexico City had a highly competitive and bright development, which served as catalyst in a long and sustained urban growth. With the passing of time, the capital has outgrown the measures, previsions and administrative limits created by the government and its visionaries. The detailed study of the Tacubaya settlement (which conforms a vibrant part of Mexico City) will allow the reader to appreciate the exceptional and rare growth that occurs in Mexico City and in the settlements that surround it, in the first half of the 20th century. Tacubaya as well as many other small preexisting settlements located on the outskirts of the city, has been engulfed by the urban expansion suffering important changes in its urban core. Parts of the ancient centrality have persisted along with its structural urban elements, due mainly to monuments and other historical entities that have facilitated the reinvention of the downtown area, helping it survive not only the passing of time, but also the incrementing population. The city that now exists is fragmented beyond recognition. Tacubaya is permeated by an endless fabric overlay created by forgotten structural elements, floating populations that affect the residential zones, and a polarized society that diverges with every passing day. We may think that the circumstances that surround the city have left it in shambles; however, to the surprise of many, Tacubaya is still adapting in spite of all the obstacles.

Natural Patterns and Complex Architectures

Análisis de los procesos de generación de formas naturales como las películas de jabón, los tejidos celulares, las moléculas de carbono y los radiolarios. Mostrando ejemplos arquitectónicos que utilizan las mismas leyes geométricas.

Desarrollo de una aplicación de información para una ONG

El presente trabajo de fin de grado consiste en la realización de una aplicación web para la ONG Manos Unidas. Esta aplicación tiene el objetivo de acercar Manos Unidas a los donantes. Para ello, presenta un sistema de seguimiento de proyectos en los que se puede participar. Los usuarios se registran en el sistema y en cuanto donan al proyecto que ellos deseen podrán ver la evolución de este hasta su conclusión, la cual se les notificará. Gracias a esta aplicación se puede solucionar el problema de desconfianza de los donantes hacia las ONGs que es el planteamiento con el cual Manos Unidas propuso llevar a cabo este proyecto. El trabajo consta de una parte servidor realizada a través de Node.js y una parte cliente que presenta la información a los usuarios a través de una interfaz gráfica. La base de datos se ha realizado con MongoDB y el despliegue en la plataforma Heroku.

Desarrollo de un sistema de escaneado 3D a partir de un dispositivo de holografía conoscópica

La radioterapia intraoperatoria (RIO) con electrones es una modalidad de tratamiento contra el cáncer que combina cirugía y radiación terapéutica aplicada a un tumor sin resecar o al lecho tumoral después de una resección. Este tratamiento se planifica con una imagen preoperatoria del paciente. Sería adecuado incluir en la planificación información acerca de la superficie del lecho tumoral ya que la acumulación de fluidos, las superficies cóncavas y las irregularidades en la superficie irradiada modifican significativamente la distribución de la dosis. Existen diversos escáneres de superficie pero el que mejor se podría adaptar al entorno de la RIO sería el que utiliza un dispositivo de holografía conoscópica (ConoProbe, Optimet Metrology Ltd.) ya que permite realizar medidas de distancias en cavidades, en superficies reflectantes y en tejidos biológicos. La holografía conoscópica es una técnica de interferometría basada en la propagación de la luz en cristales birrefringentes. Para obtener las coordenadas 3D de los puntos de la superficie barridos por el dispositivo ConoProbe es necesario utilizar un sistema de posicionamiento como el que se utiliza en el quirófano de la RIO para localizar el aplicador de RIO con el que se conduce el haz de electrones (sistema de posicionamiento óptico OptiTrack, NaturalPoint Inc.). El objetivo de este proyecto fin de grado consistió en desarrollar un sistema de escaneado de superficies y realizar diversas pruebas para evaluar la calidad del sistema desarrollado y su viabilidad en el entorno de la RIO. Para integrar la información del dispositivo ConoProbe y del sistema de posicionamiento OptiTrack se realizó una calibración temporal para sincronizar los datos de ambos dispositivos utilizando la función de correlación cruzada y una calibración espacial para transformar la distancia medida por el dispositivo ConoProbe en coordenadas 3D de la superficie del objeto escaneado. Se plantearon dos métodos para realizar esta calibración espacial, por ajuste de pares de puntos y por ajuste a un plano. La calibración espacial elegida fue la primera ya que presentaba menor error. El error del sistema es inferior a 2 mm siendo un error aceptable en el entorno de la RIO. Diferentes pruebas con diversos materiales y formas han permitido comprobar que el sistema de escaneado funciona incluso con líquidos. En un procedimiento de RIO, el escaneado de la superficie se haría después de colocar el aplicador. En este caso, se puede obtener también la superficie del objeto alrededor de centro del aplicador colocando verticalmente el dispositivo ConoProbe. Es complicado obtener la superficie próxima a las paredes del aplicador debido a que estas afectan al cono de luz reflejado. De todas formas, el sistema de escaneado desarrollado proporciona más información en este escenario que un sistema de escáner 3D de luz estructurada (no se podría escanear nada de la superficie con el aplicador colocado). Esta información es útil para la estimación de la distribución de la dosis real que recibe un paciente en un procedimiento de RIO.

Automatic physical activity pattern recognition and meal intake modelling in type 1 diabetes for their inclusion in artificial pancreas systems

La diabetes comprende un conjunto de enfermedades metabólicas que se caracterizan por concentraciones de glucosa en sangre anormalmente altas. En el caso de la diabetes tipo 1 (T1D, por sus siglas en inglés), esta situación es debida a una ausencia total de secreción endógena de insulina, lo que impide a la mayoría de tejidos usar la glucosa. En tales circunstancias, se hace necesario el suministro exógeno de insulina para preservar la vida del paciente; no obstante, siempre con la precaución de evitar caídas agudas de la glucemia por debajo de los niveles recomendados de seguridad. Además de la administración de insulina, las ingestas y la actividad física son factores fundamentales que influyen en la homeostasis de la glucosa. En consecuencia, una gestión apropiada de la T1D debería incorporar estos dos fenómenos fisiológicos, en base a una identificación y un modelado apropiado de los mismos y de sus sorrespondientes efectos en el balance glucosa-insulina. En particular, los sistemas de páncreas artificial –ideados para llevar a cabo un control automático de los niveles de glucemia del paciente– podrían beneficiarse de la integración de esta clase de información. La primera parte de esta tesis doctoral cubre la caracterización del efecto agudo de la actividad física en los perfiles de glucosa. Con este objetivo se ha llevado a cabo una revisión sistemática de la literatura y meta-análisis que determinen las respuestas ante varias modalidades de ejercicio para pacientes con T1D, abordando esta caracterización mediante unas magnitudes que cuantifican las tasas de cambio en la glucemia a lo largo del tiempo. Por otro lado, una identificación fiable de los periodos con actividad física es un requisito imprescindible para poder proveer de esa información a los sistemas de páncreas artificial en condiciones libres y ambulatorias. Por esta razón, la segunda parte de esta tesis está enfocada a la propuesta y evaluación de un sistema automático diseñado para reconocer periodos de actividad física, clasificando su nivel de intensidad (ligera, moderada o vigorosa); así como, en el caso de periodos vigorosos, identificando también la modalidad de ejercicio (aeróbica, mixta o de fuerza). En este sentido, ambos aspectos tienen una influencia específica en el mecanismo metabólico que suministra la energía para llevar a cabo el ejercicio y, por tanto, en las respuestas glucémicas en T1D. En este trabajo se aplican varias combinaciones de técnicas de aprendizaje máquina y reconocimiento de patrones sobre la fusión multimodal de señales de acelerometría y ritmo cardíaco, las cuales describen tanto aspectos mecánicos del movimiento como la respuesta fisiológica del sistema cardiovascular ante el ejercicio. Después del reconocimiento de patrones se incorpora también un módulo de filtrado temporal para sacar partido a la considerable coherencia temporal presente en los datos, una redundancia que se origina en el hecho de que en la práctica, las tendencias en cuanto a actividad física suelen mantenerse estables a lo largo de cierto tiempo, sin fluctuaciones rápidas y repetitivas. El tercer bloque de esta tesis doctoral aborda el tema de las ingestas en el ámbito de la T1D. En concreto, se propone una serie de modelos compartimentales y se evalúan éstos en función de su capacidad para describir matemáticamente el efecto remoto de las concetraciones plasmáticas de insulina exógena sobre las tasas de eleiminación de la glucosa atribuible a la ingesta; un aspecto hasta ahora no incorporado en los principales modelos de paciente para T1D existentes en la literatura. Los datos aquí utilizados se obtuvieron gracias a un experimento realizado por el Institute of Metabolic Science (Universidad de Cambridge, Reino Unido) con 16 pacientes jóvenes. En el experimento, de tipo ‘clamp’ con objetivo variable, se replicaron los perfiles individuales de glucosa, según lo observado durante una visita preliminar tras la ingesta de una cena con o bien alta carga glucémica, o bien baja. Los seis modelos mecanísticos evaluados constaban de: a) submodelos de doble compartimento para las masas de trazadores de glucosa, b) un submodelo de único compartimento para reflejar el efecto remoto de la insulina, c) dos tipos de activación de este mismo efecto remoto (bien lineal, bien con un punto de corte), y d) diversas condiciones iniciales. ABSTRACT Diabetes encompasses a series of metabolic diseases characterized by abnormally high blood glucose concentrations. In the case of type 1 diabetes (T1D), this situation is caused by a total absence of endogenous insulin secretion, which impedes the use of glucose by most tissues. In these circumstances, exogenous insulin supplies are necessary to maintain patient’s life; although caution is always needed to avoid acute decays in glycaemia below safe levels. In addition to insulin administrations, meal intakes and physical activity are fundamental factors influencing glucose homoeostasis. Consequently, a successful management of T1D should incorporate these two physiological phenomena, based on an appropriate identification and modelling of these events and their corresponding effect on the glucose-insulin balance. In particular, artificial pancreas systems –designed to perform an automated control of patient’s glycaemia levels– may benefit from the integration of this type of information. The first part of this PhD thesis covers the characterization of the acute effect of physical activity on glucose profiles. With this aim, a systematic review of literature and metaanalyses are conduced to determine responses to various exercise modalities in patients with T1D, assessed via rates-of-change magnitudes to quantify temporal variations in glycaemia. On the other hand, a reliable identification of physical activity periods is an essential prerequisite to feed artificial pancreas systems with information concerning exercise in ambulatory, free-living conditions. For this reason, the second part of this thesis focuses on the proposal and evaluation of an automatic system devised to recognize physical activity, classifying its intensity level (light, moderate or vigorous) and for vigorous periods, identifying also its exercise modality (aerobic, mixed or resistance); since both aspects have a distinctive influence on the predominant metabolic pathway involved in fuelling exercise, and therefore, in the glycaemic responses in T1D. Various combinations of machine learning and pattern recognition techniques are applied on the fusion of multi-modal signal sources, namely: accelerometry and heart rate measurements, which describe both mechanical aspects of movement and the physiological response of the cardiovascular system to exercise. An additional temporal filtering module is incorporated after recognition in order to exploit the considerable temporal coherence (i.e. redundancy) present in data, which stems from the fact that in practice, physical activity trends are often maintained stable along time, instead of fluctuating rapid and repeatedly. The third block of this PhD thesis addresses meal intakes in the context of T1D. In particular, a number of compartmental models are proposed and compared in terms of their ability to describe mathematically the remote effect of exogenous plasma insulin concentrations on the disposal rates of meal-attributable glucose, an aspect which had not yet been incorporated to the prevailing T1D patient models in literature. Data were acquired in an experiment conduced at the Institute of Metabolic Science (University of Cambridge, UK) on 16 young patients. A variable-target glucose clamp replicated their individual glucose profiles, observed during a preliminary visit after ingesting either a high glycaemic-load or a low glycaemic-load evening meal. The six mechanistic models under evaluation here comprised: a) two-compartmental submodels for glucose tracer masses, b) a single-compartmental submodel for insulin’s remote effect, c) two types of activations for this remote effect (either linear or with a ‘cut-off’ point), and d) diverse forms of initial conditions.

Análisis y prospectiva del sector Desarrollo Rural y Seguridad Alimentaria Nutricional desde el enfoque de la Cooperación Española Internacional al Desarrollo

Esta investigación nace de la necesidad de aunar el máximo conocimiento sobre el sector Desarrollo Rural, Seguridad Alimentaria y Nutrición en la Cooperación Española, tanto desde un punto de vista teórico como práctico, que facilite, por un lado, precisar los límites que abarca el sector, conceptuales y de aplicación, mejorando la eficiencia y eficacia de las intervenciones en él, y por otro, conformar una prospectiva del mismo. La tesis propone una metodología de investigación-acción, puesto que por la propia posición de trabajo de la investigadora en la AECID y en el sector, esta es, a la vez, objeto y actora de la realidad vivida y del cambio a futuro. Para el trabajo de campo se ha contado con un importante grupo de expertos en la materia, que han participado en talleres de reflexión y en la encuesta Delphi, así como con una serie de entrevistas en profundidad. El requisito de contar con un marco teórico en el que se sustente el sector es esencial y el capítulo IV contempla este, partiendo de los antecedentes y marco normativo de la política de cooperación española, substancialmente la Ley de Cooperación Internacional para el Desarrollo, pasando por los principales instrumentos de planificación de esta política: Planes Directores, Estrategias sectoriales y Plan de Actuación Sectorial de Desarrollo Rural y Lucha contra el Hambre. Se puntualiza la cooperación reembolsable en el sector, y se repasan las principales actuaciones que han tenido lugar en el contexto internacional con especial hincapié en la crisis provocada por la subida del precio de los alimentos y las medidas más significativas que se tomaron para combatirla, pasando a continuación al proceso post-2015, los Objetivos de Desarrollo Sostenible y la posición española en él. En el marco conceptual se revisan términos tales como Derecho Humano a la Alimentación, Seguridad Alimentaria y Nutrición, Seguridad alimentaria, Seguridad alimentaria nutricional, Soberanía alimentaria, Seguridad alimentaria como Bien Público Mundial, Desarrollo Rural, Desarrollo Rural Territorial, Enfoque Territorial y Resiliencia, concluyendo este apartado con la búsqueda de las interrelaciones entre Seguridad alimentaria, Derecho Humano a la Alimentación y Desarrollo Rural Territorial. El capítulo termina con un breve repaso de lo que hacen en esta materia las principales agencias de Cooperación Internacional de los donantes más importantes del CAD. En el Marco de Aplicación se acomete una comparación de la evolución de la AOD en el marco temporal de la investigación, del 2000 al 2013, concedida al sector por la Cooperación Española en función de los distintos subsectores y también una comparativa de la ayuda otorgada por los principales donantes del CAD para este mismo periodo. Posteriormente se examinan las intervenciones centrales de la Cooperación Española en Derecho Humano a la Alimentación con la sociedad civil, con la FAO y con el relator especial de NNUU para el Derecho a la Alimentación, Seguridad Alimentaria Nutricional, destacando el Fondo España-ODM y el Programa Especial de Seguridad Alimentaria (PESA)y Desarrollo Rural Territorial , sobre el proyecto EXPIDER I y II (Experiencias de desarrollo local rural en América Latina) , y el proyecto PIDERAL ( Proyecto de políticas innovadoras de desarrollo de los territorios rurales en América Latina ) y tres intervenciones con enfoque regional como son :La Iniciativa América Latina y Caribe sin Hambre (IALCSH), la Estrategia Centroamericana de Desarrollo Rural Territorial (ECADERT) y la intervención de la Cooperación Española apoyando la Política Agraria de la CEDEAO. La investigación empírica esencialmente con un enfoque cualitativo, se examina y detalla en el capítulo VI, reflejándose las principales conclusiones de la misma en el capítulo del mismo nombre, tras haber contrastado las hipótesis formuladas y posteriormente cotejar las aplicaciones prácticas de la tesis y proponer posibles nuevas líneas de investigación. ABSTRACT This research stems from the need to combine the best knowledge about the Rural Development, Food Security and Nutrition sectors in Spanish Cooperation, both from a theoretical and practical point of view, that enables, on the one hand, to specify the limits that the sector covers, both conceptual and of implementation, improving the efficiency and effectiveness of interventions in it, and on the other, shape the future thereof. The thesis proposes a methodology of research-action, which is the AECID researcher´s own position in the sector, being at the same time, both researcher and participant of the reality experienced and future change. The field work benefitted from the support of a major group of experts in the field, who participated in reflection workshops, the Delphi survey and a series of in-depth interviews. The requirement for a theoretical framework that sustains the sector is essential and Chapter IV provides for this, starting with the background and legal framework of the policy of Spanish cooperation, essentially the International Development Cooperation Law, through the main instruments of policy planning: Master Plans; sectorial strategies; the Sectorial Action Plan for Rural Development; Fight against hunger. Refundable cooperation in the sector is specified, and the key actions that have taken place in the international context with special emphasis on the crisis caused by rising food prices and the most significant measures taken to combat it are reviewed. Then continuing with the post-2015 process, the Sustainable Development Objectives and the Spanish position in them. Conceptional framework terms such as Human Right to Food, Food Security and Nutrition, Food Security, Nutritional Food Security, Food Sovereignty, Food Security as a global public good, Rural Development, Rural Regional Development, Regional Approach and Resilience are reviewed, ending this section with the search for the interrelationship between Food Security, Human Right to Food and Rural Regional Development. The chapter ends with a brief overview of what the main agencies for International Cooperation of the major DAC donors do in this area. In the implementation framework, a comparison is provided of the evolution of the ODA within the time frame of the investigation, from 2000 to 2013, granted to the sector by the Spanish Cooperation in terms of the various subsectors and also a comparison is made of the support provided by the DAC's major donors for the same period. Subsequently the core interventions of Spanish Cooperation in the Human Right to Food with civil society, with FAO and the UN Special Rapporteur on the Right to Food, Food Security Nutrition are examined, highlighting the Spain MDG Fund and the Special Programme for Food Security (PESA) and Regional Rural Development on the EXPIDER I and II project (Rural local development experiences in Latin America), and the PIDERAL project (Innovative policy development project of rural areas in Latin America) and three regionally focused interventions such as: the Latin America and Caribbean without Hunger (HFLACI) Initiative, the Central American Strategy for Rural Development (ECADERT) and the intervention of the Spanish Cooperation to support the ECOWAS Agricultural Policy. Empirical research, essentially with a qualitative approach, is examined and detailed in Chapter VI, reflecting the main conclusions of the investigation in the chapter of the same name, after having contrasted the ideas put forward, and then later compares the practical applications of the thesis and proposes possible new lines of research.

Methods for the analysis of multi-scale cell dynamics from fluorescence microscopy images

La embriogénesis es el proceso mediante el cual una célula se convierte en un ser un vivo. A lo largo de diferentes etapas de desarrollo, la población de células va proliferando a la vez que el embrión va tomando forma y se configura. Esto es posible gracias a la acción de varios procesos genéticos, bioquímicos y mecánicos que interaccionan y se regulan entre ellos formando un sistema complejo que se organiza a diferentes escalas espaciales y temporales. Este proceso ocurre de manera robusta y reproducible, pero también con cierta variabilidad que permite la diversidad de individuos de una misma especie. La aparición de la microscopía de fluorescencia, posible gracias a proteínas fluorescentes que pueden ser adheridas a las cadenas de expresión de las células, y los avances en la física óptica de los microscopios han permitido observar este proceso de embriogénesis in-vivo y generar secuencias de imágenes tridimensionales de alta resolución espacio-temporal. Estas imágenes permiten el estudio de los procesos de desarrollo embrionario con técnicas de análisis de imagen y de datos, reconstruyendo dichos procesos para crear la representación de un embrión digital. Una de las más actuales problemáticas en este campo es entender los procesos mecánicos, de manera aislada y en interacción con otros factores como la expresión genética, para que el embrión se desarrolle. Debido a la complejidad de estos procesos, estos problemas se afrontan mediante diferentes técnicas y escalas específicas donde, a través de experimentos, pueden hacerse y confrontarse hipótesis, obteniendo conclusiones sobre el funcionamiento de los mecanismos estudiados. Esta tesis doctoral se ha enfocado sobre esta problemática intentando mejorar las metodologías del estado del arte y con un objetivo específico: estudiar patrones de deformación que emergen del movimiento organizado de las células durante diferentes estados del desarrollo del embrión, de manera global o en tejidos concretos. Estudios se han centrado en la mecánica en relación con procesos de señalización o interacciones a nivel celular o de tejido. En este trabajo, se propone un esquema para generalizar el estudio del movimiento y las interacciones mecánicas que se desprenden del mismo a diferentes escalas espaciales y temporales. Esto permitiría no sólo estudios locales, si no estudios sistemáticos de las escalas de interacción mecánica dentro de un embrión. Por tanto, el esquema propuesto obvia las causas de generación de movimiento (fuerzas) y se centra en la cuantificación de la cinemática (deformación y esfuerzos) a partir de imágenes de forma no invasiva. Hoy en día las dificultades experimentales y metodológicas y la complejidad de los sistemas biológicos impiden una descripción mecánica completa de manera sistemática. Sin embargo, patrones de deformación muestran el resultado de diferentes factores mecánicos en interacción con otros elementos dando lugar a una organización mecánica, necesaria para el desarrollo, que puede ser cuantificado a partir de la metodología propuesta en esta tesis. La metodología asume un medio continuo descrito de forma Lagrangiana (en función de las trayectorias de puntos materiales que se mueven en el sistema en lugar de puntos espaciales) de la dinámica del movimiento, estimado a partir de las imágenes mediante métodos de seguimiento de células o de técnicas de registro de imagen. Gracias a este esquema es posible describir la deformación instantánea y acumulada respecto a un estado inicial para cualquier dominio del embrión. La aplicación de esta metodología a imágenes 3D + t del pez zebra sirvió para desvelar estructuras mecánicas que tienden a estabilizarse a lo largo del tiempo en dicho embrión, y que se organizan a una escala semejante al del mapa de diferenciación celular y con indicios de correlación con patrones de expresión genética. También se aplicó la metodología al estudio del tejido amnioserosa de la Drosophila (mosca de la fruta) durante el cierre dorsal, obteniendo indicios de un acoplamiento entre escalas subcelulares, celulares y supracelulares, que genera patrones complejos en respuesta a la fuerza generada por los esqueletos de acto-myosina. En definitiva, esta tesis doctoral propone una estrategia novedosa de análisis de la dinámica celular multi-escala que permite cuantificar patrones de manera inmediata y que además ofrece una representación que reconstruye la evolución de los procesos como los ven las células, en lugar de como son observados desde el microscopio. Esta metodología por tanto permite nuevas formas de análisis y comparación de embriones y tejidos durante la embriogénesis a partir de imágenes in-vivo. ABSTRACT The embryogenesis is the process from which a single cell turns into a living organism. Through several stages of development, the cell population proliferates at the same time the embryo shapes and the organs develop gaining their functionality. This is possible through genetic, biochemical and mechanical factors that are involved in a complex interaction of processes organized in different levels and in different spatio-temporal scales. The embryogenesis, through this complexity, develops in a robust and reproducible way, but allowing variability that makes possible the diversity of living specimens. The advances in physics of microscopes and the appearance of fluorescent proteins that can be attached to expression chains, reporting about structural and functional elements of the cell, have enabled for the in-vivo observation of embryogenesis. The imaging process results in sequences of high spatio-temporal resolution 3D+time data of the embryogenesis as a digital representation of the embryos that can be further analyzed, provided new image processing and data analysis techniques are developed. One of the most relevant and challenging lines of research in the field is the quantification of the mechanical factors and processes involved in the shaping process of the embryo and their interactions with other embryogenesis factors such as genetics. Due to the complexity of the processes, studies have focused on specific problems and scales controlled in the experiments, posing and testing hypothesis to gain new biological insight. However, methodologies are often difficult to be exported to study other biological phenomena or specimens. This PhD Thesis is framed within this paradigm of research and tries to propose a systematic methodology to quantify the emergent deformation patterns from the motion estimated in in-vivo images of embryogenesis. Thanks to this strategy it would be possible to quantify not only local mechanisms, but to discover and characterize the scales of mechanical organization within the embryo. The framework focuses on the quantification of the motion kinematics (deformation and strains), neglecting the causes of the motion (forces), from images in a non-invasive way. Experimental and methodological challenges hamper the quantification of exerted forces and the mechanical properties of tissues. However, a descriptive framework of deformation patterns provides valuable insight about the organization and scales of the mechanical interactions, along the embryo development. Such a characterization would help to improve mechanical models and progressively understand the complexity of embryogenesis. This framework relies on a Lagrangian representation of the cell dynamics system based on the trajectories of points moving along the deformation. This approach of analysis enables the reconstruction of the mechanical patterning as experienced by the cells and tissues. Thus, we can build temporal profiles of deformation along stages of development, comprising both the instantaneous events and the cumulative deformation history. The application of this framework to 3D + time data of zebrafish embryogenesis allowed us to discover mechanical profiles that stabilized through time forming structures that organize in a scale comparable to the map of cell differentiation (fate map), and also suggesting correlation with genetic patterns. The framework was also applied to the analysis of the amnioserosa tissue in the drosophila’s dorsal closure, revealing that the oscillatory contraction triggered by the acto-myosin network organized complexly coupling different scales: local force generation foci, cellular morphology control mechanisms and tissue geometrical constraints. In summary, this PhD Thesis proposes a theoretical framework for the analysis of multi-scale cell dynamics that enables to quantify automatically mechanical patterns and also offers a new representation of the embryo dynamics as experienced by cells instead of how the microscope captures instantaneously the processes. Therefore, this framework enables for new strategies of quantitative analysis and comparison between embryos and tissues during embryogenesis from in-vivo images.

Manual Control de calidad en productos textiles y afines

El campo de los materiales textiles y afines no suele estar incluido dentro de la disciplina de Conocimiento de materiales o en ocasiones suele estar mínimamente contemplado dentro del área de materiales plásticos y polímeros; por lo cual en general suele ser muy desconocido en la formación de ingenieros y técnicos. Históricamente en las escuelas de ingenieros industriales se encontraba la especialización en industrias textiles, aunque con posterioridad pasó a formar una carrera propia como tal Ingeniero Textil. Es de resaltar también, la importancia del sector textil como de otros muchos que encajan perfectamente dentro de la denominada Ciencia Industrial y de las Escuelas de Artes y Oficios que tanto pueden contribuir al desarrollo industrial y económico de los países. En la actualidad, queda patente la importancia del sector textil tradicional así como de los nuevos materiales textiles con aplicaciones especiales o funcionales que están siendo de amplio desarrollo e investigación. Quisiera resaltar también la importancia en la ingeniería de los textiles técnicos así como de aquellas fibras con aplicaciones estructurales y sometidas a solicitaciones mecánicas, térmicas, de aplicación militar, material deportivo, etc. También es de resaltar las aplicaciones en cordelería industrial, cabos, maromas, etc., de multitud de aplicaciones en sujeción, elementos mecánicos y estructurales. Lo que se pretende con esta compilación de cuestiones relacionados con textiles obtenidas de diversas fuentes, que nació como un resumen sobre materiales textiles y fibras para cursos de postgrado de la Universidad Politécnica de Madrid, es recoger de una forma fácilmente accesible, más completa y extensa, de fácil consulta, aquellos aspectos relacionados principalmente con la naturaleza de las fibras que normalmente se encuentran muy dispersos. Fundamentalmente se tratan aspectos como caracterización de fibras y tejidos, mezclas de fibras, tintes y tinción, funcionalidad y confort, análisis y control de calidad de producto acabado desde el punto de vista de aptitud al uso, caracterización morfológica de las fibras por microscopía, análisis químico cuantitativo según Normas y Directivas de la UE más actuales, características de los textiles en el campo de la restauración de patrimonio artístico, análisis forense de las fibras, etc. A partir de mi formación en ingeniería industrial, conocimiento de materiales dentro del campo de los polímeros y mi experiencia en análisis y control de calidad dentro de un laboratorio textil, así como cursos impartidos sobre análisis y control de calidad en tejidos; creo tener el bagaje suficiente para poder afrontar esta tarea y proporcionar una obra de consulta y ayuda a las personas interesadas en este campo del conocimiento.

Pulsatile blood flow interaction with arterial walls of aorta : autoregulation and impedance pressure boundary condition and its biomedical applications

Para las decisiones urgentes sobre intervenciones quirúrgicas en el sistema cardiovascular se necesitan simulaciones computacionales con resultados fiables y que consuman un tiempo de cálculo razonable. Durante años los investigadores han trabajado en diversos métodos numéricos de cálculo que resulten atractivos para los cirujanos. Estos métodos, precisos pero costosos desde el punto de vista del coste computacional, crean un desajuste entre la oferta de los ingenieros que realizan las simulaciones y los médicos que operan en el quirófano. Por otra parte, los métodos de cálculo más simplificados reducen el tiempo de cálculo pero pueden proporcionar resultados no realistas. El objetivo de esta tesis es combinar los conceptos de autorregulación e impedancia del sistema circulatorio, la interacción flujo sanguíneo-pared arterial y modelos geométricos idealizados tridimensionales de las arterias pero sin pérdida de realismo, con objeto de proponer una metodología de simulación que proporcione resultados correctos y completos, con tiempos de cálculo moderados. En las simulaciones numéricas, las condiciones de contorno basadas en historias de presión presentan inconvenientes por ser difícil conocerlas con detalle, y porque los resultados son muy sensibles ante pequeñas variaciones de dichas historias. La metodología propuesta se basa en los conceptos de autorregulación, para imponer la demanda de flujo aguas abajo del modelo en el ciclo cardiaco, y la impedancia, para representar el efecto que ejerce el flujo en el resto del sistema circulatorio sobre las arterias modeladas. De este modo las historias de presión en el contorno son resultados del cálculo, que se obtienen de manera iterativa. El método propuesto se aplica en una geometría idealizada del arco aórtico sin patologías y en otra geometría correspondiente a una disección Stanford de tipo A, considerando la interacción del flujo pulsátil con las paredes arteriales. El efecto de los tejidos circundantes también se incorpora en los modelos. También se hacen aplicaciones considerando la interacción en una geometría especifica de un paciente anciano que proviene de una tomografía computarizada. Finalmente se analiza una disección Stanford tipo B con tres modelos que incluyen la fenestración del saco. Clinicians demand fast and reliable numerical results of cardiovascular biomechanic simulations for their urgent pre-surgery decissions. Researchers during many years have work on different numerical methods in order to attract the clinicians' confidence to their colorful contours. Though precise but expensive and time-consuming methodologies create a gap between numerical biomechanics and hospital personnel. On the other hand, simulation simplifications with the aim of reduction in computational time may cause in production of unrealistic outcomes. The main objective of the current investigation is to combine ideas such as autoregulation, impedance, fluid-solid interaction and idealized geometries in order to propose a computationally cheap methodology without excessive or unrealistic simplifications. The pressure boundary conditions are critical and polemic in numerical simulations of cardiovascular system, in which a specific arterial site is of interest and the rest of the netwrok is neglected but represented by a boundary condition. The proposed methodology is a pressure boundary condition which takes advantage of numerical simplicity of application of an imposed pressure boundary condition on outlets, while it includes more sophisticated concepts such as autoregulation and impedance to gain more realistic results. Incorporation of autoregulation and impedance converts the pressure boundary conditions to an active and dynamic boundary conditions, receiving feedback from the results during the numerical calculations and comparing them with the physiological requirements. On the other hand, the impedance boundary condition defines the shapes of the pressure history curves applied at outlets. The applications of the proposed method are seen on idealized geometry of the healthy arotic arch as well as idealized Stanford type A dissection, considering the interaction of the arterial walls with the pulsatile blood flow. The effect of surrounding tissues is incorporated and studied in the models. The simulations continue with FSI analysis of a patient-specific CT scanned geometry of an old individual. Finally, inspiring of the statistic results of mortality rates in Stanford type B dissection, three models of fenestrated dissection sac is studied and discussed. Applying the developed boundary condition, an alternative hypothesis is proposed by the author with respect to the decrease in mortality rates in patients with fenestrations.

Contribución al estudio de propiedades ópticas en medios heterogéneos

Como contribución del estudio de medios heterogéneos, esta tesis recoge el trabajo llevado a cabo sobre modelado teórico y simulación del estudio de las propiedades ópticas de la piel y del agua del mar, como ejemplos paradigmáticos de medios heterogéneos. Se ha tomado como punto de partida el estudio de la propagación de la radiación óptica, más concretamente de la radiación láser, en un tejido biológico. La importancia de la caracterización óptica de un tejido es fundamental para manejar la interacción radiación-tejido que permite tanto el diagnóstico como la terapéutica de enfermedades y/o de disfunciones en las Ciencias de la Salud. Sin olvidar el objetivo de ofrecer una metodología de estudio, con un «enfoque ingenieril», de las propiedades ópticas en un medio heterogéneo, que no tiene por qué ser exclusivamente el tejido biológico. Como consecuencia de lo anterior y de la importancia que tiene el agua dentro de los tejidos biológicos se decide estudiar en otro capítulo las propiedades ópticas del agua dentro de un entorno heterogéneo como es el agua del mar. La selección del agua del mar, como objeto de estudio adicional, es motivada, principalmente, porque se trata de un sistema heterogéneo fácilmente descriptible en cada uno de sus elementos y permite evaluar una amplia bibliografía. Además se considera que los avances que han tenido lugar en los últimos años en las tecnologías fotónicas van a permitir su uso en los métodos experimentales de análisis de las aguas. El conocimiento de sus propiedades ópticas permite caracterizar los diferentes tipos de aguas de acuerdo con sus compuestos, así como poder identificar su presencia. Todo ello abre un amplio abanico de aplicaciones. En esta tesis doctoral, se ha conseguido de manera general: • Realizar un estudio del estado del arte del conocimiento de las propiedades ópticas de la piel y la identificación de sus elementos dispersores de la luz. • Establecer una metodología de estudio que nos permita obtener datos sobre posibles efectos de la radiación en los tejidos biológicos. •Usar distintas herramientas informáticas para simular el transporte de la radiación laser en tejidos biológicos. • Realizar experimentos mediante simulación de láser, tejidos biológicos y detectores. • Comparar los resultados conocidos experimentalmente con los simulados. • Estudiar los instrumentos de medida de la respuesta a la propagación de radiación laser en tejidos anisotrópicos. • Obtener resultados originales para el diagnóstico y tratamiento de pieles, considerando diferente razas y como alteración posible en la piel, se ha estudiado la presencia del basalioma. • Aplicación de la metodología de estudio realizada en la piel a la simulación de agua de mar. • Obtener resultados originales de simulación y análisis de cantidad de fitoplancton en agua; con el objetivo de facilitar la caracterización de diferentes tipos de aguas. La tesis doctoral se articula en 6 capítulos y 3 anexos perfectamente diferenciados con su propia bibliografía en cada uno de ellos. El primer capítulo está centrado en la problemática del difícil estudio y caracterización de los medios heterogéneos debidos a su comportamiento no homogéneo y anisotrópico ante las radiaciones ópticas. Así pues, presentaremos una breve introducción al comportamiento tanto de los tejidos como del océano ante radiaciones ópticas y definiremos sus principales propiedades: la absorción, el scattering, la anisotropía y los coeficientes de reflexión. Como continuación, un segundo capítulo trata de acercarnos a la resolución del problema de cómo caracterizar las propiedades ópticas descritas en el primer capítulo. Para ello, primero se introducen los modelos teóricos, en segundo lugar los métodos de simulación más empleados y, por último, enumerar las principales técnicas de medida de la propagación de la luz en los tejidos vivos. El tercer capítulo, centrado en la piel y sus propiedades, intenta realizar una síntesis de lo que se conoce sobre el comportamiento de la piel frente a la propagación de las radiaciones ópticas. Se estudian sus elementos constituyentes y los distintos tipos de pieles. Por último se describe un ejemplo de aplicación más inmediata que se beneficia de este conocimiento. Sabemos que el porcentaje de agua en el cuerpo humano es muy elevado, en concreto en la piel se considera de aproximadamente un 70%. Es obvio, por tanto, que conocer cómo afecta el agua en la propagación de una radiación óptica facilitaría el disponer de patrones de referencia; para ello, se realiza el estudio del agua del mar. En el cuarto capítulo se estudian las propiedades del agua del mar como medio heterogéneo de partículas. En este capítulo presentamos una síntesis de los elementos más significativos de dispersores en el océano, un estudio de su comportamiento individual frente a radiaciones ópticas y su contribución al océano en su conjunto. Finalmente, en el quinto capítulo se describen los resultados obtenidos en los distintos tipos de simulaciones realizadas. Las herramientas de simulación empleadas han sido las mismas tanto para el caso del estudio de la piel como para el agua del mar, por ello ambos resultados son expuestos en el mismo capítulo. En el primer caso se analizan diferentes tipos de agua oceánica, mediante la variación de las concentraciones de fitoplancton. El método empleado permite comprobar las diferencias que pueden encontrarse en la caracterización y diagnóstico de aguas. El segundo caso analizado es el de la piel; donde se estudia el comportamiento de distintos tipos de piel, se analizan para validar el método y se comprueba cómo el resultado es compatible con aplicaciones, actualmente comerciales, como la de la depilación con láser. Como resultado significativo se muestra la posible metodología a aplicar para el diagnóstico del cáncer de piel conocido como basalioma. Finalmente presentamos un capítulo dedicado a los trabajos futuros basados en experimentación real y el coste asociado que implicaría el llevarlo a cabo. Los anexos que concluyen la tesis doctoral versan por un lado sobre el funcionamiento del vector común de toda la tesis: el láser, sus aplicaciones y su control en la seguridad y por otro presentamos los coeficientes de absorción y scattering que hemos utilizado en nuestras simulaciones. El primero condensa las principales características de una radiación láser desde el punto de vista de su generación, el segundo presenta la seguridad en su uso y el tercero son tablas propias, cuyos parámetros son los utilizados en el apartado de experimentación. Aunque por el tipo de tesis que defiendo no se ajusta a los modelos canónicos de tesis doctoral, el lector podrá encontrar en esta tesis de forma imbricada, el modelo común a todas las tesis o proyectos de investigación con una sección dedicada al estado del arte con ejemplos pedagógicos para facilitar la compresión y se plantean unos objetivos (capítulos 1-4), y un capítulo que se subdivide en materiales y métodos y resultados y discusiones (capítulo 5 con sus subsecciones), para finalizar con una vista al futuro y los trabajos futuros que se desprenden de la tesis (capítulo 6). ABSTRACT As contribution to the study of heterogeneous media, this thesis covers the work carried out on theoretical modelling and simulation study of the optical properties of the skin and seawater, as paradigmatic examples of heterogeneous media. It is taken as a starting point the study of the propagation of optical radiation, in particular laser radiation in a biological tissue. The importance of optical characterization of a tissue is critical for managing the interaction between radiation and tissues that allows both diagnosis and therapy of diseases and / or dysfunctions in Health Sciences. Without forgetting the aim of providing a methodology of study, with "engineering approach" of the optical properties in a heterogeneous environment, which does not have to be exclusively biological tissue. As a result of this and the importance of water in biological tissues, we have decided to study the optical properties of water in a heterogeneous environment such as seawater in another chapter. The selection of sea water as an object of further study is motivated mainly because it is considered that the advances that have taken place in recent years in photonic technologies will allow its use in experimental methods of water analysis. Knowledge of the optical properties to characterize the different types of waters according to their compounds, as well as to identify its presence. All of this opens a wide range of applications. In this thesis, it has been generally achieved: • Conduct a study of the state of the art knowledge of the optical properties of the skin and identifying its light scattering elements. • Establish a study methodology that allows us to obtain data on possible effects of radiation on biological tissues. • Use different computer tools to simulate the transport of laser radiation in biological tissues. • Conduct experiments by simulating: laser, detectors, and biological tissues. • Compare the known results with our experimentally simulation. • Study the measuring instruments and its response to the propagation of laser radiation in anisotropic tissues. • Get innovative results for diagnosis and treatment of skin, considering different races and a possible alteration in the skin that we studied: the presence of basal cell carcinoma. • Application of the methodology of the study conducted in the skin to simulate seawater. • Get innovative results of simulation and analysis of amount of phytoplankton in water; in order to facilitate the characterization of different types of water. The dissertation is divided into six chapters and three annexes clearly distinguished by their own literature in each of them. The first chapter is focused on the problem of difficult study and characterization of heterogeneous media due to their inhomogeneous and anisotropic behaviour of optical radiation. So we present a brief introduction to the behaviour of both tissues at the cellular level as the ocean, to optical radiation and define the main optical properties: absorption, scattering, anisotropy and reflection coefficients. Following from this, a second chapter is an approach to solving the problem of how to characterize the optical properties described in the first chapter. For this, first the theoretical models are introduced, secondly simulation methods more used and, finally, the main techniques for measuring the propagation of light in living tissue. The third chapter is focused on the skin and its properties, tries to make a synthesis of what is known about the behaviour of the skin and its constituents tackle the spread of optical radiation. Different skin types are studied and an example of immediate application of this knowledge benefits described. We know that the percentage of water in the human body is very high, particularly in the skin is considered about 70%. It is obvious, therefore, that knowing how the water is affected by the propagation of an optical radiation facilitate to get reference patterns; For this, the study of seawater is performed. In the fourth chapter the properties of seawater as a heterogeneous component particles are studied. This chapter presents a summary of the scattering elements in the ocean, its individual response to optical radiation and its contribution to the ocean as a whole. In the fifth chapter the results of the different types of simulations are described. Simulation tools used were the same for the study of skin and seawater, so both results are presented in the chapter. In the first case different types of ocean water is analysed by varying the concentrations of phytoplankton. The method allows to check the differences that can be found in the characterization and diagnosis of water. The second case analysed is the skin; where the behaviour of different skin types are studied and checked how the result is compatible with applications currently trade, such as laser hair removal. As a significant result of the possible methodology to be applied for the diagnosis of skin cancer known as basal cell carcinoma is shown. Finally we present a chapter on future work based on actual experimentation and the associated cost which it would involve carrying out. The annexes conclude the thesis deal with one hand on the functioning of the common vector of the whole thesis: laser, control applications and safety and secondly we present the absorption and scattering coefficients we used in our simulations. The first condenses the main characteristics of laser radiation from the point of view of their generation, the second presents the safety in use and the third are own tables, whose parameters are used in the experimental section. Although the kind of view which I advocate does not meet the standard models doctoral thesis, the reader will find in this thesis so interwoven, the common model to all theses or research projects with a section on the state of the art pedagogical examples to facilitate the understanding and objectives (Chapters 1-4), and a chapter is divided into materials and methods and results and discussions (Chapter 5 subsections) arise, finishing with a view to the future and work future arising from the thesis (Chapter 6).