Sistema para integrar automáticamente datos públicos del NCBI en la plataforma de medicina personalizada p-medicine

En los últimos años ha habido un gran aumento de fuentes de datos biomédicos. La aparición de nuevas técnicas de extracción de datos genómicos y generación de bases de datos que contienen esta información ha creado la necesidad de guardarla para poder acceder a ella y trabajar con los datos que esta contiene. La información contenida en las investigaciones del campo biomédico se guarda en bases de datos. Esto se debe a que las bases de datos permiten almacenar y manejar datos de una manera simple y rápida. Dentro de las bases de datos existen una gran variedad de formatos, como pueden ser bases de datos en Excel, CSV o RDF entre otros. Actualmente, estas investigaciones se basan en el análisis de datos, para a partir de ellos, buscar correlaciones que permitan inferir, por ejemplo, tratamientos nuevos o terapias más efectivas para una determinada enfermedad o dolencia. El volumen de datos que se maneja en ellas es muy grande y dispar, lo que hace que sea necesario el desarrollo de métodos automáticos de integración y homogeneización de los datos heterogéneos. El proyecto europeo p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) tiene como objetivo asistir a los investigadores médicos, en este caso de investigaciones relacionadas con el cáncer, proveyéndoles con nuevas herramientas para el manejo de datos y generación de nuevo conocimiento a partir del análisis de los datos gestionados. La ingestión de datos en la plataforma de p-medicine, y el procesamiento de los mismos con los métodos proporcionados, buscan generar nuevos modelos para la toma de decisiones clínicas. Dentro de este proyecto existen diversas herramientas para integración de datos heterogéneos, diseño y gestión de ensayos clínicos, simulación y visualización de tumores y análisis estadístico de datos. Precisamente en el ámbito de la integración de datos heterogéneos surge la necesidad de añadir información externa al sistema proveniente de bases de datos públicas, así como relacionarla con la ya existente mediante técnicas de integración semántica. Para resolver esta necesidad se ha creado una herramienta, llamada Term Searcher, que permite hacer este proceso de una manera semiautomática. En el trabajo aquí expuesto se describe el desarrollo y los algoritmos creados para su correcto funcionamiento. Esta herramienta ofrece nuevas funcionalidades que no existían dentro del proyecto para la adición de nuevos datos provenientes de fuentes públicas y su integración semántica con datos privados.---ABSTRACT---Over the last few years, there has been a huge growth of biomedical data sources. The emergence of new techniques of genomic data generation and data base generation that contain this information, has created the need of storing it in order to access and work with its data. The information employed in the biomedical research field is stored in databases. This is due to the capability of databases to allow storing and managing data in a quick and simple way. Within databases there is a variety of formats, such as Excel, CSV or RDF. Currently, these biomedical investigations are based on data analysis, which lead to the discovery of correlations that allow inferring, for example, new treatments or more effective therapies for a specific disease or ailment. The volume of data handled in them is very large and dissimilar, which leads to the need of developing new methods for automatically integrating and homogenizing the heterogeneous data. The p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) European project aims to assist medical researchers, in this case related to cancer research, providing them with new tools for managing and creating new knowledge from the analysis of the managed data. The ingestion of data into the platform and its subsequent processing with the provided tools aims to enable the generation of new models to assist in clinical decision support processes. Inside this project, there exist different tools related to areas such as the integration of heterogeneous data, the design and management of clinical trials, simulation and visualization of tumors and statistical data analysis. Particularly in the field of heterogeneous data integration, there is a need to add external information from public databases, and relate it to the existing ones through semantic integration methods. To solve this need a tool has been created: the term Searcher. This tool aims to make this process in a semiautomatic way. This work describes the development of this tool and the algorithms employed in its operation. This new tool provides new functionalities that did not exist inside the p-medicine project for adding new data from public databases and semantically integrate them with private data.

Recuperación cruzada de información pública clínico-genómica a partir de consultas sobre repositorios clínicos privados

Parte de la investigación biomédica actual se encuentra centrada en el análisis de datos heterogéneos. Estos datos pueden tener distinto origen, estructura, y semántica. Gran cantidad de datos de interés para los investigadores se encuentran en bases de datos públicas, que recogen información de distintas fuentes y la ponen a disposición de la comunidad de forma gratuita. Para homogeneizar estas fuentes de datos públicas con otras de origen privado, existen diversas herramientas y técnicas que permiten automatizar los procesos de homogeneización de datos heterogéneos. El Grupo de Informática Biomédica (GIB) [1] de la Universidad Politécnica de Madrid colabora en el proyecto europeo P-medicine [2], cuya finalidad reside en el desarrollo de una infraestructura que facilite la evolución de los procedimientos médicos actuales hacia la medicina personalizada. Una de las tareas enmarcadas en el proyecto P-medicine que tiene asignado el grupo consiste en elaborar herramientas que ayuden a usuarios en el proceso de integración de datos contenidos en fuentes de información heterogéneas. Algunas de estas fuentes de información son bases de datos públicas de ámbito biomédico contenidas en la plataforma NCBI [3] (National Center for Biotechnology Information). Una de las herramientas que el grupo desarrolla para integrar fuentes de datos es Ontology Annotator. En una de sus fases, la labor del usuario consiste en recuperar información de una base de datos pública y seleccionar de forma manual los resultados relevantes. Para automatizar el proceso de búsqueda y selección de resultados relevantes, por un lado existe un gran interés en conseguir generar consultas que guíen hacia resultados lo más precisos y exactos como sea posible, por otro lado, existe un gran interés en extraer información relevante de elevadas cantidades de documentos, lo cual requiere de sistemas que analicen y ponderen los datos que caracterizan a los mismos. En el campo informático de la inteligencia artificial, dentro de la rama de la recuperación de la información, existen diversos estudios acerca de la expansión de consultas a partir de retroalimentación relevante que podrían ser de gran utilidad para dar solución a la cuestión. Estos estudios se centran en técnicas para reformular o expandir la consulta inicial utilizando como realimentación los resultados que en una primera instancia fueron relevantes para el usuario, de forma que el nuevo conjunto de resultados tenga mayor proximidad con los que el usuario realmente desea. El objetivo de este trabajo de fin de grado consiste en el estudio, implementación y experimentación de métodos que automaticen el proceso de extracción de información trascendente de documentos, utilizándola para expandir o reformular consultas. De esta forma se pretende mejorar la precisión y el ranking de los resultados asociados. Dichos métodos serán integrados en la herramienta Ontology Annotator y enfocados a la fuente de datos de PubMed [4].---ABSTRACT---Part of the current biomedical research is focused on the analysis of heterogeneous data. These data may have different origin, structure and semantics. A big quantity of interesting data is contained in public databases which gather information from different sources and make it open and free to be used by the community. In order to homogenize thise sources of public data with others which origin is private, there are some tools and techniques that allow automating the processes of integration heterogeneous data. The biomedical informatics group of the Universidad Politécnica de Madrid cooperates with the European project P-medicine which main purpose is to create an infrastructure and models to facilitate the transition from current medical practice to personalized medicine. One of the tasks of the project that the group is in charge of consists on the development of tools that will help users in the process of integrating data from diverse sources. Some of the sources are biomedical public data bases from the NCBI platform (National Center for Biotechnology Information). One of the tools in which the group is currently working on for the integration of data sources is called the Ontology Annotator. In this tool there is a phase in which the user has to retrieve information from a public data base and select the relevant data contained in it manually. For automating the process of searching and selecting data on the one hand, there is an interest in automatically generating queries that guide towards the more precise results as possible. On the other hand, there is an interest on retrieve relevant information from large quantities of documents. The solution requires systems that analyze and weigh the data allowing the localization of the relevant items. In the computer science field of the artificial intelligence, in the branch of information retrieval there are diverse studies about the query expansion from relevance feedback that could be used to solve the problem. The main purpose of this studies is to obtain a set of results that is the closer as possible to the information that the user really wants to retrieve. In order to reach this purpose different techniques are used to reformulate or expand the initial query using a feedback the results that where relevant for the user, with this method, the new set of results will have more proximity with the ones that the user really desires. The goal of this final dissertation project consists on the study, implementation and experimentation of methods that automate the process of extraction of relevant information from documents using this information to expand queries. This way, the precision and the ranking of the results associated will be improved. These methods will be integrated in the Ontology Annotator tool and will focus on the PubMed data source.

Sistema supervisor central de eventos en entorno ferroviario

En el campo del ferrocarril es necesaria tecnología avanzada que ayude en la seguridad de los trenes y de los pasajeros, en caso de viajes comerciales. Para ello en los pasos a nivel es necesario tener mecanismos que detallen cualquier incidencia, o cualquier anomalía respecto a las vías, bajadas de vayas, etc. Aquí toma vida esta aplicación llamada SCSE (Sistema Supervisor Central de Eventos en Entorno Ferroviario), que ofrece una cantidad importante de información. Esta aplicación recoge en el momento toda la información de los distintos pasos a nivel; y nos dice dónde está fallando el paso, si hay un error en la subida/bajada de vayas, si el semáforo no ha cambiado de color a tiempo... y lo hace visual en la pantalla. Con esta aplicación se pretende ofrecer una mayor eficacia en seguridad, una mayor rapidez en reparación de incidencias y una organización dentro de la empresa para poder ver sobre que se está trabajando.---ABSTRACT---In the field of rail technology is needed to assist in the safety of trains and passengers in case of commercial travel. To do this on level crossings is necessary to have mechanisms that detail any incident or any matter relating to rails etc. Here comes alive this application called SCSE (Central Events Supervisor System Environment Railway), which provides a significant amount of information. This application collects in the moment all the information of the different level crossings; and it tells us where it is failing level crossing, if there is an error in the up / down, if the light has not changed color in time ... and makes visual on the screen. With this application is intended to provide more effective security, a faster repair incidents and organization inside the company to see on which they are working.

Sistema de gestión de rankings deportivos V6: funcionalidades avanzadas

El trabajo realizado en este Trabajo de Fin de Grado (en adelante, TFG) consiste en la inclusión de nuevas funcionalidades avanzadas a la última versión del Sistema de Gestión de Rankings de carreras de orientación. El proyecto, actualmente en fase de explotación, es un sistema de clasificación y manejo de diferentes tipos de rankings para las carreas de orientación a pie de la FEDO1. Por medio de este ranking, se determina la clasificación global de los distintos corredores federados dentro de cada categoría, a través de diferentes parámetros de entrada que establecen la funcionalidad del ranking. En cuanto al trabajo realizado en este TFG, se trata de la implementación de la siguiente versión del sistema (versión 6). En esta nueva versión se ha querido incluir nuevas funcionalidades requeridas por los miembros de la federación, así como mejora de otras que no funcionan correctamente. El primer punto del trabajo fue el de comprender y familiarizarme con la herramienta ya implementada hasta el momento, así como aprender un nuevo lenguaje de programación desconocido hasta la fecha para mí; Python. Una de las primeras modificaciones realizadas, sobre las versiones anteriores, es la modificación del Sistema de Gestión de Rankings para los organizadores de carreras. Los organizadores de las carreras obtienen una recompensa de puntos por la organización de carreras, lo que significa un punto de gran importancia para el sistema. Esta funcionalidad no funcionaba correctamente en las versiones anteriores, de manera se tuvo que rehacer desde cero con las especificaciones necesarias. Otro requisito necesario fue modificar los requisitos para el cálculo de las nuevas medias de corredores, permitiendo el cálculo de la misma de forma continua o solo cuando se cumplan todos los requisitos. Respecto a la versión anterior, existía un problema con los accesos a los directorios de cada ranking. En caso de introducir los valores iniciales del ranking desde una carpeta diferente al directorio raíz de la aplicación, el sistema no realizaba correctamente la búsqueda de archivos en el directorio de ranking. De esta manera, había que modificar todo el código implementado para que todas las búsquedas se realizaran sobre el directorio de cada ranking. A continuación, se incluyó una nueva funcionalidad para el ranking individual de los corredores. Esta nueva funcionalidad permite la inclusión de una nueva opción de cálculo de puntuaciones para el ranking individual, a través de un fichero de entrada de puntuaciones que determinase las puntuaciones de los corredores exactas. Durante toda la fase del proyecto se ha tenido que añadir otra serie de especificaciones en la aplicación, las cuales serán explicadas en esta memoria. En definitiva, el trabajo realizado se ha basado en la mejora de una aplicación que gestiona rankings deportivos, de manera que esta versión se acercase lo máximo posible a la versión final de la aplicación.---ABSTRACT---The work done during these months is based on the addition of new advanced functionalities to the last version of the "Sistema de Gestión de Rankings" of orientation races. The project, now in phase of operation, is based on a classification system and management of different types of rankings for walk orienteering of the FEDO. Through this ranking, the global classification of the federal runners in each category is determinated, through various input parameters which establish the functionality of the ranking. Talking about the work done, it consist in the implementation of a new system version (version 6). This new version include new required functionalities by the members of the federation, as well as improving others that were working wrong. The first point of the project was to understand and become familiar with the tool already implemented in that moment, as well as learn a new programming language unknown to date for me; Python. One of the first changes made on previous versions, was the modification of the system for races organizers. The races organizers obtained a reward of points for the organized race, which means a point of great important for the system. This functionality didn't work correctly in previous versions, so was essential to redo it from zero with the required specifications. Another requirement was the addition of a new option for calculating the average of organizers, allowing calculation of it at all times. In the previous version, there was a problem with the access to directories of each ranking. In case of introduce the initial values of the ranking from a different folder to the root directory of the application, the system didn't perform correctly the finding of files in the directory of the ranking. So check all the implemented code for all searches were carried out on each ranking directory.Then a new functionality was included for the individual ranking of runners. This new feature is the inclusion of a new option to calculate scores for the individual ranking, through an input file that determinates exact scores for the runners. Throughout the project phase the addition of another set of specifications in the application was important, which will be explained in this memory. In short, the work done has been based on improving of an application that manage sport rankings, so this version could approach as much as possible to the final version of the application.

Monitorización de sistemas en alta disponibilidad

El objetivo del proyecto es implantar un sistema de monitorización, con la peculiaridad de encontrarse en alta disponibilidad, esto es, que el servicio (la monitorización de una infraestructura) se preste forma continua y no se vea interrumpido. Dado que el propósito del sistema es monitorizar activamente una infraestructura, ha sido necesario desplegar una infraestructura, además del sistema de monitorización. La infraestructura en cuestión está compuesta por un servidor de documentación, un servidor de base de datos, un servidor de aplicaciones y un servidor web. El sistema de monitorización se ha desplegado en la misma red de área local de esta infraestructura y monitoriza que los servicios prestados por los componentes de esta infraestructura se encuentren operativos y funcionando adecuadamente. Así pues, se tendría un sistema de monitorización local funcional. No obstante, el proyecto plantea un sistema escalable, que esté preparado para el crecimiento de la infraestructura y continúe siendo eficiente. Para ello, sistema de monitorización se encuentre dividido por dos componentes:  Sonda delegada: monitoriza localmente los activos de la infraestructura a monitorizar, es el escenario anteriormente descrito.  Sonda maestra: recibe los resultados de la monitorización realizada, este sistema puede estar desplegado en otra red distinta a la sonda delegada. Este enfoque no solo es escalable, sino también es fiel a la realidad, pues puede darse el caso de que las sondas pertenezcan a distintas infraestructuras e inclusive, distintas organizaciones, y se comuniquen a través de internet, mediante un mecanismo confiable a ser posible. El proyecto plantea que ambas sondas se encuentren en alta disponibilidad (en adelante HA, referente a high availability), y que cada sonda está compuesta por dos equipos (nodos, en adelante). Como se analizará en posteriores capítulos, existen diversas configuraciones que permiten implantar un sistema en HA, la configuración escogida para el proyecto es Activo – Pasivo(los detalles de esta configuración también se explican en posteriores capítulos). Para finalizar, se estudiara la posibilidad de ofrecer respuestas activas en ciertas situaciones y configuraciones adicionales sobre el sistema de monitorización base. Por otro lado, para la implantación del proyecto se ha usado software de código abierto para la virtualización de la infraestructura (Virtual Box y GNS3), los sistemas operativos base (Linux), el sistema de monitorización(Nagios Core) así como el software que implementa la HA (corosync y pacemaker).---ABSTRACT---The aim of the Project is to implement a monitoring system, with the peculiarity of being deployed in high availability, what it is that the service (monitoring infrastructure) is provided continuously and not interrupted. As the purpose of the system is monitoring infrastructure actively, an infrastructure has been deployed, and also the monitoring system. The infrastructure monitored is composed of a documentation server, a server database, an application server and a Web server. The monitoring system has been also deployed on the same LAN of this infrastructure and monitors the services provided by the components of this infrastructure are operational and working as expected. This is a local monitoring system functional. However, the project also proposes a scalable system that is ready for growth of infrastructure and efficient. This is the reason of divide the system in two components:  Slave Component: monitors locally the infrastructure assets to be monitored, this is the scenario described above.  Master Component: get the results from the monitoring, provided by the Slave Component. This system can be deployed in a different network than the slave component. This approach is not only scalable but also a real scenario, as may be the case that the Components belongs to different infrastructures and even, different organizations, also this components can communicate over the Internet, through a reliable mechanism if possible. The project proposes that both Components are deployed in high availability (HA onwards concerning high availability), each Component is composed of two servers (nodes, hereafter). As will be discussed in later chapters, there are several settings available to deploy a system in HA, the configuration chosen for the project is Active - Passive (details of this configuration are also explained in later chapters). Finally the possibility of offering active responses in certain situations and additional settings on the monitoring system will be discussed. On the other hand, for the implementation of the project, open source software has been used, for virtualization infrastructure (Virtual Box and GNS3), code-based operating systems (Linux), the monitoring system (Nagios core), as well as the software that implements the HA (corosync and pacemaker).

Desarrollo de un sistema interactivo de procesado de una colección de documentos para clasificarlos en base a su temática

A día de hoy, existen millones de artículos en internet que tratan sobre diferentes temas. Los investigadores hacen búsquedas exhaustivas para encontrar aquellos artículos que encuentran más importantes, los cuales se van descargando en su ordenador llegando a tal extremo que la cantidad de documentos que pueden llegar a tener se vuelve casi inmanejable. El proyecto Calimaco, el cual se está llevando a cabo en el Laboratorio Decoroso Crespo, busca dar soporte a la tarea de búsqueda de información en el ámbito de la investigación, donde la cantidad de información existente es abrumadora. El objetivo es generar una visualización tridimensional de una serie de documentos (corpus), de manera que el usuario pueda explorarlo fácilmente. Además se pretende que dicho proceso se adapte a las necesidades y características particulares del usuario. Esto puede resultar muy útil cuando, por ejemplo, un investigador desea buscar información acerca de un determinado tema dentro de todos sus documentos, ya que el sistema los clasificará en base a dichos temas, permitiéndole acceder a la información relevante de manera rápida y sencilla. La división de este proyecto se compone de dos partes: la primera se corresponde al preprocesamiento de los documentos, mientras que la segunda se encarga de la visualización de los resultados, además de la interactuación del usuario. El trabajo realizado expuesto en esta memoria se sitúa dentro de la parte de preprocesamiento del proyecto Calimaco. La aportación a este proyecto ha consistido en la realización de pruebas y análisis de los resultados, diseño e implementación de una base de datos, e integración de ambas partes, creando una primera versión del sistema. Para comprobar el funcionamiento de esta primera versión se diseñó un plan de pruebas del sistema para medir el tiempo y la precisión.---ABSTRACT---Nowadays, there are millions of articles on the Internet that deal with different topics. Researchers do exhaustive searches to find those articles that are more important for them and download them to their computer, sometimes, reaching a point where the amount of downloaded documents is unmanageable. Calimaco project, which is being carried out at Laboratorio Decoroso Crespo, aims to provide a solution in the task of searching information in terms of investigation, where the amount of information is overwhelming. The goal is to create a tridimensional vision of a set of documents (corpus), so that the user can explore it easily. In addition, this process is intended to adapt to the personal needs and characteristics of the user. This can turn out to be useful when, for example, a researcher wants to seek information about a specific subject inside all his documents, because the system will classify them by subjects, allowing to access relevant information in a fast and easy way. This project is formed by two big sections: the first one corresponds to the pre-process of documents, while the second one is in charge of result visualization as well as the interaction with the user. This memory contains the explanation of the job done in the first part of the Calimaco project, which belongs to the pre-process of documents. The contributions done to the project are: development of tests and analysis of results, a design and implementation of a database, and an integration of both parts (pre-process of documents and result visualization) creating a first version of the system. To test the functioning of this first version, the author created a system test plan in order to gather information about execution time and accuracy.

Diseño e implementación de funcionalidades OpenMP, basadas en modelos de concurrencia desarrollados en lenguaje Go

A raíz de la aparición de los procesadores dotados de varios “cores”, la programación paralela, un concepto que, por otra parte no era nada nuevo y se conocía desde hace décadas, sufrió un nuevo impulso, pues se creía que se podía superar el techo tecnológico que había estado limitando el rendimiento de esta programación durante años. Este impulso se ha ido manteniendo hasta la actualidad, movido por la necesidad de sistemas cada vez más potentes y gracias al abaratamiento de los costes de fabricación. Esta tendencia ha motivado la aparición de nuevo software y lenguajes con componentes orientados precisamente al campo de la programación paralela. Este es el caso del lenguaje Go, desarrollado por Google y lanzado en 2009. Este lenguaje se basa en modelos de concurrencia que lo hacen muy adecuados para abordar desarrollos de naturaleza paralela. Sin embargo, la programación paralela es un campo complejo y heterogéneo, y los programadores son reticentes a utilizar herramientas nuevas, en beneficio de aquellas que ya conocen y les son familiares. Un buen ejemplo son aquellas implementaciones de lenguajes conocidos, pero orientadas a programación paralela, y que siguen las directrices de un estándar ampliamente reconocido y aceptado. Este es el caso del estándar OpenMP, un Interfaz de Programación de Aplicaciones (API) flexible, portable y escalable, orientado a la programación paralela multiproceso en arquitecturas multi-core o multinucleo. Dicho estándar posee actualmente implementaciones en los lenguajes C, C++ y Fortran. Este proyecto nace como un intento de aunar ambos conceptos: un lenguaje emergente con interesantes posibilidades en el campo de la programación paralela, y un estándar reputado y ampliamente extendido, con el que los programadores se encuentran familiarizados. El objetivo principal es el desarrollo de un conjunto de librerías del sistema (que engloben directivas de compilación o pragmas, librerías de ejecución y variables de entorno), soportadas por las características y los modelos de concurrencia propios de Go; y que añadan funcionalidades propias del estándar OpenMP. La idea es añadir funcionalidades que permitan programar en lenguaje Go utilizando la sintaxis que OpenMP proporciona para otros lenguajes, como Fortan y C/C++ (concretamente, similar a esta última), y, de esta forma, dotar al usuario de Go de herramientas para programar estructuras de procesamiento paralelo de forma sencilla y transparente, de la misma manera que lo haría utilizando C/C++.---ABSTRACT---As a result of the appearance of processors equipped with multiple "cores ", parallel programming, a concept which, moreover, it was not new and it was known for decades, suffered a new impulse, because it was believed they could overcome the technological ceiling had been limiting the performance of this program for years. This impulse has been maintained until today, driven by the need for ever more powerful systems and thanks to the decrease in manufacturing costs. This trend has led to the emergence of new software and languages with components guided specifically to the field of parallel programming. This is the case of Go language, developed by Google and released in 2009. This language is based on concurrency models that make it well suited to tackle developments in parallel nature. However, parallel programming is a complex and heterogeneous field, and developers are reluctant to use new tools to benefit those who already know and are familiar. A good example are those implementations from well-known languages, but parallel programming oriented, and witch follow the guidelines of a standard widely recognized and accepted. This is the case of the OpenMP standard, an application programming interface (API), flexible, portable and scalable, parallel programming oriented, and designed for multi-core architectures. This standard currently has implementations in C, C ++ and Fortran. This project was born as an attempt to combine two concepts: an emerging language, with interesting possibilities in the field of parallel programming, and a reputed and widespread standard, with which programmers are familiar with. The main objective is to develop a set of system libraries (which includes compiler directives or pragmas, runtime libraries and environment variables), supported by the characteristics and concurrency patterns of Go; and that add custom features from the OpenMP standard. The idea is to add features that allow programming in Go language using the syntax OpenMP provides for other languages, like Fortran and C / C ++ (specifically, similar to the latter ), and, in this way, provide Go users with tools for programming parallel structures easily and, in the same way they would using C / C ++.

Herramienta web para la ayuda a la generación de consenso

En la actualidad encontramos una gran y creciente cantidad de información en las redes sociales. Esta información en su mayoría se encuentra desestructurada o no organizada de forma adecuada, esto produce que sea difícil alcanzar consensos en argumentaciones y además impide la rápida participación de nuevos agentes en las mismas. Se han estudiado diferentes soluciones para alcanzar consensos en áreas concretos y en su mayoría centrados en el entorno académico, sin embargo se pueden encontrar pocas aplicaciones que traten de acercarse a una solución dentro de un contexto abierto como son las redes sociales. El contexto de las redes sociales es complejo pues no existe un control sobre los usuarios, los hilos de argumentación pueden desvirtuarse y es complejo alcanzar consensos cuando no existe una figura de experto bien definida como suele ocurrir en el contexto académico. Este trabajo trata de crear una herramienta web en forma de red social, con una base en sistemas inteligentes que permita a los usuarios poder obtener suficiente información de una conversación minimizando el esfuerzo para poder participar activamente.---ABSTRACT---Nowadays a large and an increasing amount of information can be found on social networks. This information is mostly unstructured and not properly organized, which is a problem when conclusions are needed to reach a consensus in argumentations. In addition new participants can find difficulties to join argumentations. Different solutions have been studied to solve these problems focused in academic contexts, however few applications which attempt to solve these problems on social networks can be found. It is not a simple task to handle the complexity of arguments on a social network. Besides, the free context and the lack of control over users make reaching a consensus even harder. This academic work seeks to create a tool in the form of an intelligent systems based social networks which may allow users to minimize the effort needed to join and participate in an argumentation.

Técnicas de Gamification para entregas de trabajos online: comprobaciones de la fase de análisis de la compilación

Este Trabajo de Fin de Grado (TFG) tiene el objetivo de aportar un sistema de enseñanza innovador, un sistema de enseñanza mediante el cual se consiga involucrar a los alumnos en tareas y prácticas en las que se adquieran conocimientos a la vez que se siente un ambiente de juego, es decir, que se consiga aprender de forma divertida. Está destinado al sistema educativo de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos de la Universidad Politécnica de Madrid, en concreto a las asignaturas relacionadas con los Procesadores de Lenguajes. La aplicación desarrollada en este trabajo está destinada tanto a los profesores de las asignaturas de Procesadores de Lenguajes como a los alumnos que tengan alguna relación con esas asignaturas, consiguiendo mayor interacción y diversión a la hora de realizar la tareas y prácticas de las asignaturas. Para los dos tipos de usuarios descritos anteriormente, la aplicación está configurada para que puedan identificarse mediante sus credenciales, comprobándose si los datos introducidos son correctos, y así poder acceder al sistema. Dependiendo de qué tipo de usuario se identifique, tendrá unas opciones u otras dentro del sistema. Los profesores podrán dar de alta, ver, modificar o dar de baja las configuraciones para los analizadores de los lenguajes correspondientes a las diferentes asignaturas que están configurados previamente en el sistema. Además, los profesores pueden dar de alta, ver, modificar o dar de baja los fragmentos de código que formarán los ficheros correspondientes a las plantillas de pruebas del analizador léxico que se les ofrece a los alumnos para realizar comprobaciones de las prácticas. Mediante la aplicación podrán establecer diferentes características y propiedades de los fragmentos que incorporen al sistema. Por otra parte, los alumnos podrán realizar la configuración del lenguaje, definido por los profesores, para la parte del analizador léxico de las prácticas. Esta configuración será guardada para el grupo al que corresponde el alumno, pudiendo realizar modificaciones cualquier miembro del grupo. De esta manera, se podrán posteriormente establecer las relaciones necesarias entre los elementos del lenguaje según la configuración de los profesores y los elementos referentes a las prácticas de los alumnos.Además, los alumnos podrán realizar comprobaciones de la parte léxica de sus prácticas mediante los ficheros que se generan por el sistema en función de sus opciones de práctica y los fragmentos añadidos por los profesores. De esta manera, se informará a los alumnos del éxito de las pruebas o bien de los fallos ocasionados con sus resultados, bien por el formato del archivo subido como resultado de la prueba o bien por el contenido incorrecto de este mismo. Todas las funciones que ofrece esta aplicación son completamente on-line y tendrán una interfaz llamativa y divertida, además de caracterizarse por su facilidad de uso y su comodidad. En el trabajo realizado para este proyecto se cumplen tanto las Pautas de Accesibilidad para Contenidos Web (WCAG 2.0), así como las propiedades de un código HTML 5 y CSS 3 de manera correcta, para así conseguir que los usuarios utilicen una aplicación fácil, cómoda y atractiva.---ABSTRACT---This Final Year Project (TFG) aims to contribute the educational system of the School of Computer Engineering at the Polytechnic University of Madrid, especially in subjects related with Language Processors. This project is an interactive learning system whose goal is to learn in an amusing environment. To realize this target, the system involves students, using environments of games in tasks and practices. The application developed in this project is designed for both professors of the subjects of Language Processors and students who have some relation to these subjects. This perspective achieve more interaction and a funny environment during the subject‘s tasks. The application is configured in order to the users can be identified by their credentials, checking whether the identification data are correct to have access to the system. According on what type of user is identified, they will have different options within the system. Professors will be able to register, modify or delete settings for the scanner of languages for all the subjects preconfigured in the system. Additionally, professors can register, show, modify or remove the code of the templates from scanner tests that are offered to students for testing the practical exercises. The professors may provide also different characteristics and properties of fragments incorporated in the system. Moreover, students can make the configuration of languages, getting in the systems by the administrators, for the scanner module of their practical exercises. This configuration will be saved for the group of the student. This model can also be changed by any group member. The system permits also establish later the relationships between the elements of language fixes by professors and elements developed by the students. Students could check the lexical part of their practical exercises through files that are created according to their practical options and the fragments added by professors. Thus students will be informed of success or failure in the uploaded files format and in the content of them. All functions provide by this application are completely on-line and will have a striking and funny interface, also characterized by its ease of use and comfort.The work reaches both the Web Content Accessibility Guidelines (WCAG 2.0), and the properties of an HTML 5 and CSS 3 code correctly, in order to get the users to get an easy, convenient application and attractive.

Compilador de consultas tipo SQL para sistema de procesamiento masivo de eventos CEP

El paradigma de procesamiento de eventos CEP plantea la solución al reto del análisis de grandes cantidades de datos en tiempo real, como por ejemplo, monitorización de los valores de bolsa o el estado del tráfico de carreteras. En este paradigma los eventos recibidos deben procesarse sin almacenarse debido a que el volumen de datos es demasiado elevado y a las necesidades de baja latencia. Para ello se utilizan sistemas distribuidos con una alta escalabilidad, elevado throughput y baja latencia. Este tipo de sistemas son usualmente complejos y el tiempo de aprendizaje requerido para su uso es elevado. Sin embargo, muchos de estos sistemas carecen de un lenguaje declarativo de consultas en el que expresar la computación que se desea realizar sobre los eventos recibidos. En este trabajo se ha desarrollado un lenguaje declarativo de consultas similar a SQL y un compilador que realiza la traducción de este lenguaje al lenguaje nativo del sistema de procesamiento masivo de eventos. El lenguaje desarrollado en este trabajo es similar a SQL, con el que se encuentran familiarizados un gran número de desarrolladores y por tanto aprender este lenguaje no supondría un gran esfuerzo. Así el uso de este lenguaje logra reducir los errores en ejecución de la consulta desplegada sobre el sistema distribuido al tiempo que se abstrae al programador de los detalles de este sistema.---ABSTRACT---The complex event processing paradigm CEP has become the solution for high volume data analytics which demand scalability, high throughput, and low latency. Examples of applications which use this paradigm are financial processing or traffic monitoring. A distributed system is used to achieve the performance requisites. These same requisites force the distributed system not to store the events but to process them on the fly as they are received. These distributed systems are complex systems which require a considerably long time to learn and use. The majority of such distributed systems lack a declarative language in which to express the computation to perform over incoming events. In this work, a new SQL-like declarative language and a compiler have been developed. This compiler translates this new language to the distributed system native language. Due to its similarity with SQL a vast amount of developers who are already familiar with SQL will need little time to learn this language. Thus, this language reduces the execution failures at the time the programmer no longer needs to know every single detail of the underlying distributed system to submit a query.

Diseño e implementación de persistencia en bases de datos basadas en Google App Engine

El mundo de la web admite actualmente los productos desarrollados tanto por desarrolladores profesionales como por usuarios finales con un conocimiento más limitado. A pesar de la diferencia que se puede suponer de calidad entre los productos de ambos, las dos soluciones pueden ser reconocidas y empleadas en una aplicación. En la Web 2.0, este comportamiento se observa en el desarrollo de componentes web. Lo que se persigue en el trabajo es desarrollar un modelo de persistencia que, apoyado por un lado servidor y por uno cliente, recoja las métricas de calidad de los componentes cuando los usuarios interaccionan con ellos. A partir de estas métricas, es posible mejorar la calidad de estos componentes. La forma en la que se van a recoger las métricas es a través de PicBit, la aplicación desarrollada para que los usuarios puedan interconectar diferentes componentes entre ellos sin restricciones, de forma que tras interactuar con ellos puedan expresar su grado de satisfacción, que se recoge para la evaluación de la calidad. Se definen también unas métricas intrínsecas al componente, no determinadas por el usuario y que sirven como referencia de la evaluación. Cuando se tienen tanto las métricas intrínsecas como procedentes del usuario, se realiza una correlación entre ellas que permite analizar las posibles desviaciones entre ellas y determinar la calidad propia del componente. Las conclusiones que se pueden obtener del trabajo es que cuando los usuarios pueden realizar pruebas de usabilidad de forma libre, sin restricciones, es mayor la posibilidad de obtener resultados favorables porque estos resultados muestran cómo usará un usuario final la aplicación. Este método de trabajo se ve favorecido por el número de herramientas que se pueden utilizar hoy para monitorizar el flujo de usuario en el servicio.---ABSTRACT---Nowadays, the web world deals with products developed both by professional developers and by end-users with some limited knowledge. Although the difference between both can be important in quality terms, both are accepted and included in web applications. In web 2.0, this behavior can be recognized in the web components development. The goal pursued in the work presented is to create a persistent model that, supported by an end and a back side, will pick the quality measures of the components when the users interact with them. These measures are the starting point for improving the components. The way in which the measures are going to be picked is through PicBit, the application we have developed in order to allow the users playing with the components without restrictions or rules, so after the interaction they can give their satisfaction mark with the application. This will be the value used to evaluate the quality. Some own measures are also defined, which does not depend on the user and which will be used as a reference point of the evaluation. When the measures from users and own ones are got, their correlation is analyzed to study the differences between them and to establish the quality of the component. The conclusion that can be gained from the project is the importance of giving freedom for users when doing usability tests because it increases the chance to get positive results, in the way the users execute the operations they want with the application. This method is fortunate for having such a number of tools to monitor the user flow when using the service.

Desarrollo de una aplicación web orientada a la asistencia en el diseño de protocolos de biología sintética

Se plantea desarrollar una herramienta que ofrezca un soporte eficiente para la creación y el diseño de protocolos biológicos a los investigadores en biología sintética. Partiendo de este objetivo, se definen dos cometidos principales: Realizar un estudio de las herramientas existentes que ofrezcan soporte al diseño y aquellas pensadas para diseñar protocolos biológicos, el fin de este estudio es descubrir las funcionalidades que implementan estas herramientas para mejorarlas. Además, se ha de desarrollar una herramienta web que, mediante un lenguaje visual, permita diseñar y crear protocolos de biología sintética, guardándolos en un formato de archivo independiente del lenguaje. En este documento se encuentra, en primer lugar, la definición de objetivos y la descripción del método de desarrollo seguido durante la implementación del proyecto; después, el marco teórico, donde se exponen las herramientas estudiadas y las similitudes y diferencias con la idea que se tiene de la aplicación, y también las herramientas de desarrollo web con las que se va a implementar el proyecto. A continuación, se muestran los resultados obtenidos, mediante la definición de requisitos, así como una exposición de la propia herramienta. Por último, se encuentra la estrategia de validación que se ha seguido en el desarrollo del proyecto y se exponen las conclusiones obtenidas de estas validaciones; también se incluyen al final las conclusiones del proyecto y las líneas futuras de desarrollo.---ABSTRACT---It is planned to develop a tool that provides efficient support for the creation and design of biological protocols researchers in synthetic biology. Based on this goal, two main tasks are defined: Conduct a study of existing tools that provide design support and those intended to design biological protocols, the purpose of this study is to discover the functionalities that implement these tools to improve them. Furthermore, it has to develop a web tool that, through a visual language, allowing design and create synthetic biology protocols, storing them in an independent language file format. In this document is located, first, the definition of objectives and description of the development method followed during project implementation; then the theoretical framework where tools and studied the similarities and differences with the idea we have of the application are discussed, and development tools with which they will implement the project. Then the results obtained, by defining requirements as well as an exhibition of the own tool. Finally, the validation strategy that has been followed in the development of the project and the conclusions drawn from these validations are exposed; also, it is included at the end of the project conclusions and future lines of development.

Edición semántica inteligente de entornos virtuales

Tradicionalmente, los entornos virtuales se han relacionado o vinculado de forma muy estrecha con campos como el diseño de escenarios tridimensionales o los videojuegos; dejando poco margen a poder pensar en sus aplicaciones en otros ámbitos. Sin embargo, estas tendencias pueden cambiar en tanto se demuestre que las aplicaciones y ventajas de estas facilidades software, se pueden extrapolar a su uso en el ámbito de la enseñanza y el aprendizaje. Estas aplicaciones son los conocidos como Entornos Virtuales Inteligentes (EVI); los cuales, tratan de usar un entorno virtual para llevar a cabo labores de enseñanza y tutoría, aportando ventajas como simulación de entornos peligrosos o tutorización personalizada; cosa que no podemos encontrar en la mayoría de los casos de las situaciones de enseñanza reales. Este trabajo trata de dar solución a una de las problemáticas que se plantean a la hora de trabajar con cualquier entorno virtual con el que nos encontremos y prepararlo para su cometido, sobre todo en aquellos enfocados a la enseñanza: dotar de forma automática e inteligente de una semántica propia a cada uno de los objetos que se encuentran en un entorno virtual y almacenar esta información para su posterior consulta o uso para otras tareas. Esto quiere decir que el objetivo principal de este trabajo, es el proceso de recolección de información que se considera importante de los objetos de los entornos virtuales, como pueden ser sus aspectos de la forma, tamaño o color. Aspectos que, por otra parte, son realmente importantes para poder caracterizar los objetos y hacerlos únicos en un entorno virtual donde, a priori, todos los objetos son los mismos a ojos de un ordenador. Este trabajo que puede parecer trivial en un principio, no lo es tanto; y servirá de sustento fundamental para que otras aplicaciones futuras o ya existentes puedan realizar sus tareas. Una de estas tareas pudiera ser la generación de indicaciones en lenguaje natural para guiar a usuarios a localizar objetos en un entorno virtual, como es el caso del proyecto LORO sobre el que se engloba este trabajo. Algunos ejemplos de uso de esta tarea pueden ser desde ayudar a cualquier usuario a encontrar sus llaves en su propia casa a ayudar a un cirujano a localizar cierta herramienta en un quirófano. Para ello, es indispensable conocer la semántica e información relevante de cada uno de los objetos que se presentan en la escena y diferenciarlos claramente del resto. La solución propuesta se trata de una completa aplicación integrada en el motor de videojuegos y escenarios 3D de mayor soporte del mundo como es Unity 3D, el cual se interrelaciona con ontologías para poder guardar la información de los objetos de cada escena. Esto hace que la aplicación tenga una potencial difusión, gracias a las herramientas antes mencionadas para su desarrollo y a que está pensada para tanto el usuario experto como el usuario común.---ABSTRACT---Traditionally, virtual environments have been related to tridimensional design and videogames; leaving a little margin to think about its applications in other fields. However, this tendencies can be changed as soon as it is proven that the applications and advantages of this software can be taken to the learning and teaching environment. This applications are known as intelligent virtual environments, these use the virtual environment to perform teaching and tutoring tasks; tasks we cannot find in most real life teaching situations. This project aims to give a solution to one of the problematics that appears when someone works with any virtual environments we may encounter and prepare it for its duty, mainly those environments dedicated to teaching: automatically and intelligently give its own semantic to the objects that are in any virtual environment and save this information for its posterior query or use in other tasks. The main purpose of this project is the information recollection process that considers the different important facts about the objects that are in the virtual environments, such as their shape, size or color. Facts that are very important for characterizing the objects; to make them unique in the environment where the objects are all the same to the computer’s eye. This project may seem banal in the beginning, but it is not, it will be the fundamental base for future applications. One of this applications may be a natural language indicator generator for guiding users to locate objects in a virtual environment, such as the LORO project, where this project is included. Some examples of the use of this task are: helping any user to find the keys of his house, helping a surgeon to find a tool in an operation room… For this goals, it is very important to know the semantics and the relevant information of each object of the scenario and differentiate each one of them from the rest. The solution for this proposal is a fully integrated application in the videogame and Unity 3D engine that is related to ontologies so it can save the object’s information in every scenario. The previously mentioned tools, as well as the idea that this application is made for an expert user as well as for a common user, make the application more spreadable.

Diseño y desarrollo del backend para la explotación de componentes web empleando Google App Engine

La web vive un proceso de cambio constante, basado en una interacción mayor del usuario. A partir de la actual corriente de paradigmas y tecnologías asociadas a la web 2.0, han surgido una serie de estándares de gran utilidad, que cubre la necesidad de los desarrollos actuales de la red. Entre estos se incluyen los componentes web, etiquetas HTML definidas por el usuario que cubren una función concreta dentro de una página. Existe una necesidad de medir la calidad de dichos desarrollos, para discernir si el concepto de componente web supone un cambio revolucionario en el desarrollo de la web 2.0. Para ello, es necesario realizar una explotación de componentes web, considerada como la medición de calidad basada en métricas y definición de un modelo de interconexión de componentes. La plataforma PicBit surge como respuesta a estas cuestiones. Consiste en una plataforma social de construcción de perfiles basada en estos elementos. Desde la perspectiva del usuario final se trata de una herramienta para crear perfiles y comunidades sociales, mientras que desde una perspectiva académica, la plataforma consiste en un entorno de pruebas o sandbox de componentes web. Para ello, será necesario implementar el extremo servidor de dicha plataforma, enfocado a la labor de explotación, por medio de la definición de una interfaz REST de operaciones y un sistema para la recolección de eventos de usuario en la plataforma. Gracias a esta plataforma se podrán discernir qué parámetros influyen positivamente en la experiencia de uso de un componente, así como descubrir el futuro potencial de este tipo de desarrollos.---ABSTRACT---The web evolves into a more interactive platform. From the actual version of the web, named as web 2.0, many paradigms and standards have arisen. One of those standards is web components, a set of concepts to define new HTML tags that covers a specific function inside a web page. It is necessary to measure the quality of this kind of software development, and the aim behind this approach is to determine if this new set of concepts would survive in the actual web paradigm. To achieve this, it is described a model to analyse components, in the terms of quality measure and interconnection model description. PicBit consists of a social platform to use web components. From the point of view of the final user, this platform is a tool to create social profiles using components, whereas from the point of view of technicians, it consists of a sandbox of web components. Thanks to this platform, we will be able to discover those parameters that have a positive effect in the user experience and to discover the potential of this new set of standards into the web 2.0.

Sistema web de gestión de seminarios

El Trabajo de Fin de Grado (TFG) aquí descrito es el resultado de la necesidad de crear un sistema de gestión de seminarios que utilizarán los planes de postgrado de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos de la Universidad Politécnica de Madrid. Su objetivo es facilitar, tanto al alumnado como al personal de dicha institución, la creación de seminarios ofertados para el alumnado de los distintos planes de postgrado, además de permitir la inscripción de éstos de un modo cómodo e intuitivo. La aplicación de gestión de seminarios deberá permitir que los coordinadores de un plan de postgrado puedan crear seminarios de tal manera que puedan quedar publicados para el alumnado. Para ello, será necesario que sean recogidos todos los datos necesarios del seminario, así como el plan de postgrado organizador y los planes de postgrado para los que serán ofertados. La aplicación además deberá permitir la creación de seminarios sin ser publicados al alumno provisionalmente, la edición de los seminarios ya existentes así como la creación de un seminario nuevo importando los datos de otro ya realizado. Por otra parte, se deberá incorporar en las páginas web de planes de postgrado el listado de los seminarios ofertados para el curso actual, de tal manera que se permita a los alumnos inscribirse a éstos. Por último, el personal de administración del plan de postgrado organizador de un seminario deberá tener acceso a la lista de alumnos inscritos a los seminarios, para el caso de enviar información urgente o ver los alumnos inscritos. El módulo de gestión de seminarios deberá obtener los datos de los planes de postgrado actuales gracias a un módulo de gestión de postgrados, donde se deberá permitir crear, editar y dar de baja planes de postgrado, así como gestionar el personal del postgrado que podrá realizar acciones sobre los seminarios organizados por éste. Los módulos de gestión de seminarios y de gestión de postgrados estarán integrados en un módulo de administración.---ABSTRACT---The Final Project Degree (TFG) described here is the result of the need to create a management system that will use seminars postgraduate plans at the Higher Technical School of Computer Engineering at the Universidad Politécnica de Madrid. It aims to facilitate both the students and staff of the institution, creating seminars offered to the students of the various postgraduate plans, besides allowing the registration of these in a convenient and intuitive way. The management application will allow the coordinators of a postgraduate plan to create seminars so that they can be published for students. To do this, you will need to collect all the necessary details about the seminar, as well as the postgraduate plan owner and postgraduate plans for which it will be offered. The application must also enable the creation of seminars without being published provisionally to students, the editing of existing seminars and the creation of a new seminar importing data from another already done. Moreover, it should be incorporated into web pages of postgraduate plans seminars listing offered for the current course, so that students are allowed to enrol in these. Finally, the staff of the plan organizer should have access to the list of students enrolled at seminars, in the case of sending urgent information or to see students enrolled. The management module must obtain data from current postgraduate plans through a postgraduate management module, which should be allowed to create, edit and terminate postgraduate plans, and manage staff that can perform actions on seminars organized by it. Management modules of seminars and postgraduate programs will be integrated into a management pack.