Elimination of variability sources in NIR spectra for the determination of fat content in olive fruits

Models for prediction of oil content as percentage of dried weight in olive fruits were comput- ed through PLS regression on NIR spectra. Spectral preprocessing was carried out by apply- ing multiplicative signal correction (MSC), Sa vitzky–Golay algorithm, standard normal variate correction (SNV), and detrending (D) to NIR spectra. MSC was the preprocessing technique showing the best performance. Further reduction of variability was performed by applying the Wold method of orthogonal signal correction (OSC). The calibration model achieved a R 2 of 0.93, a SEPc of 1.42, and a RPD of 3.8. The R 2 obtained with the validation set remained 0.93, and the SEPc was 1.41.

HR Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for Authentication of Olive Oil Quality

The present work is a preliminary study to settle the optimum experimental conditions and data processing for accomplishing the strategies established by the Action Plan for the EU olive oil sector. The objectives of the work were: a) to monitor the evolution of extra virgin olive oil exposed to indirect solar light in transparent glass bottles during four months; b) to identify spectral differences between edible and lampant virgin olive oil by applying high resolution Nuclear Magnetic Resonance (HR-NMR) Spectroscopy. Pr esent study could contribute to determine the date of minimum storage, their optimum conditions, and to properly characterize olive oil.

Evolutionary computation of forests with Degree- and Role-Constrained Minimum Spanning Trees

Finding the degree-constrained minimum spanning tree (DCMST) of a graph is a widely studied NP-hard problem. One of its most important applications is network design. Here we deal with a new variant of the DCMST problem, which consists of finding not only the degree- but also the role-constrained minimum spanning tree (DRCMST), i.e., we add constraints to restrict the role of the nodes in the tree to root, intermediate or leaf node. Furthermore, we do not limit the number of root nodes to one, thereby, generally, building a forest of DRCMSTs. The modeling of network design problems can benefit from the possibility of generating more than one tree and determining the role of the nodes in the network. We propose a novel permutation-based representation to encode these forests. In this new representation, one permutation simultaneously encodes all the trees to be built. We simulate a wide variety of DRCMST problems which we optimize using eight different evolutionary computation algorithms encoding individuals of the population using the proposed representation. The algorithms we use are: estimation of distribution algorithm, generational genetic algorithm, steady-state genetic algorithm, covariance matrix adaptation evolution strategy, differential evolution, elitist evolution strategy, non-elitist evolution strategy and particle swarm optimization. The best results are for the estimation of distribution algorithms and both types of genetic algorithms, although the genetic algorithms are significantly faster.

New agri-environmental policies for the sustainability of mountainous olive farming. Evidences from Andalusia, Spain

La sostenibilidad de los sistemas olivareros situados en zonas de pendiente y montaña (SMOPS) en Andalucía se encuentra actualmente amenazada por las elevadas tasas de abandono que afectan a estos sistemas productivos. Así, la consumación de este proceso de abandono, no sólo pondría en peligro a las propias explotaciones, sino a todo el conjunto de bienes y servicios no productivos y al patrimonio cultural generado por este sistema productivo. En este contexto, la búsqueda de alternativas políticas enfocadas a revertir este proceso se erige como una necesidad categórica en aras de garantizar en el largo plazo la sostenibilidad de los olivares de montaña. Esta tesis pretende hacer frente a esta necesidad a través de la construcción de un marco político alternativo para los SMOPS, que permita la integración simultánea de todas las dimensiones que pueden influir en su desarrollo; esto es: el marco político actual, principalmente determinado por la Política Agraria Común (PAC) de la Unión Europea (UE); las preferencias de la sociedad hacia la oferta de bienes y servicios públicos generados por los SMOPS; y las preferencias y voluntad de innovación hacia nuevos manejos y sistemas de gestión de los agricultores y propietarios de las explotaciones. Para ello, se emplea una metodología de investigación mixta, que abarca la realización de cuatro encuestas (personales y online) llevadas a cabo a los agentes o grupos de interés involucrados directa o indirectamente en la gestión de los SMOPS –ciudadanos, agricultores y propietarios y expertos-; una profunda revisión de las herramientas de política agroambiental actuales y posibles alternativas a las mismas; y el desarrollo de nuevas estrategias metodológicas para dotar de mayor precisión y fiabilidad las estimaciones obtenidas a partir del Método del Experimento de Elección (MEE) en el campo de la valoración medioambiental. En general, los resultados muestran que una estrategia de política agroambiental basada en la combinación de los Contratos Territoriales de Zona Rural (CTZR) y el manejo ecológico supondría una mejora en la sostenibilidad de los sistemas olivareros de montaña andaluces, que, al mismo tiempo, propiciaría una mejor consideración de las necesidades y demandas de los agentes implicados en su gestión. Asimismo, los hallazgos obtenidos en esta investigación demandan un cambio de paradigma en los actuales pagos agroambientales, que han de pasar de una estrategia basada en la implementación de acciones, a otra enfocada al logro de objetivos, la cual, en el caso del olivar, se podría centrar en el aumento del secuestro de carbono en el suelo. Desde un punto de vista metodológico, los resultados han contribuido notablemente a mejorar la fiabilidad y precisión de las conclusiones estimadas a partir del MEE, mediante el diseño de un novedoso proceso iterativo para detectar posibles comportamientos inconsistentes por parte de los entrevistados con respecto a su máxima Disposición al Pago (DAP) para lograr la situación considerada como “óptima” en los olivares ecológicos de montaña andaluces. En líneas generales, el actual marco institucional favorece la puesta en práctica de la mayoría de las estrategias propuestas en esta tesis; sin embargo son necesarios mayores esfuerzos para reconducir los actuales Pagos Agroambientales y Climáticos de la PAC, hacia una estrategia de política agroambiental adaptada a las necesidades y requisitos del territorio en el que se aplica, enfocada al logro de objetivos y que sea capaz de integrar y coordinar al conjunto de agentes y grupos de interés involucrados -directa o indirectamente- en la gestión de los olivares de montaña. En este contexto, se espera que la puesta en práctica de nuevas estructuras y acuerdos de gobernanza territorial juegue un importante papel en el desarrollo de una política agroambiental realmente adaptada a las necesidades de los sistemas olivareros de montaña andaluces. ABSTRACT The long-term sustainability of Andalusian sloping and mountainous olive production systems (SMOPS) is currently threatened by the high abandonment rates that affect these production systems. The effective occurrence of this abandonment process is indeed menacing not only farms themselves, but also the wide array of public goods and services provided by SMOPS and the cultural heritage held by this production system. The search of policy alternatives aimed at tackling this process is thus a central necessity. This thesis aims to undertake this necessity by building an alternative policy framework for SMOPS that simultaneously integrates the several dimensions that are susceptible to influence it, namely: the current policy framework, mainly determined by the European Union’s (EU) Common Agricultural Policy (CAP); the social preferences toward the supply of SMOPS’ public goods and services; and farmers’ preferences and willingness to innovate toward new management practices in their farms. For this purpose, we put into practice a mixed-method strategy that combines four face-to-face and online surveys carried out with SMOPS’ stakeholders -including citizens, farmers and experts-; in-depth analysis of current and alternative agrienvironmental policy (AEP) instruments; and the development of novel methodological approaches to advance toward more reliable Discrete Choice Experiment’s (DCE) outcomes in the field of environmental valuation. Overall, results show that a policy strategy based on the combination of Territorial Management Contracts (TMC) and organic management would further enhance Andalusian SMOPS’ sustainability by simultaneously taking into account stakeholders’ demands and needs. Findings also call for paradigm shift of the current action-oriented design of Agri-Environmental-Climate Schemes (AECS), toward a result-based approach, that in the case of olive orchards should particularly be focused on enhancing soil carbon sequestration. From a methodological perspective, results have contributed to improve the accuracy and feasibility of DCE outcomes by designing a novel and iterative procedure focused in ascertaining respondents’ inconsistent behaviour with respect to their stated maximum WTP for the attainment of an ideal situation to be achieved in organic Andalusian SMOPS. Generally, the present institutional framework favours the implementation of the main policy strategies proposed in this thesis, albeit further efforts are required to better conduct current CAP’s agri-environmental instruments toward a territorially targeted result-oriented strategy capable to integrate and coordinate the whole set of stakeholders involved in the management of SMOPS. In this regard, alternative governance structures and arrangements are expected to play a major role on the process of tackling SMOPS’ agri-environmental policy challenge.

Development of somatic embryogenesis for cloning and conservation of mature holm oak trees (Quercus ilex L.)

La encina (Quercus ilex L.) es una de las especies forestales mediterráneas más importantes. Constituye gran parte del estrato arbóreo de dehesas o montados, produce bellota como alimento del ganado y establece simbiosis con hongos micorrizógenos de gran valor económico. La encina está considerada como una especie recalcitrante en términos de conservación de semillas y capacidad morfogénica, lo que dificulta los programas de conservación de recursos genéticos y la mejora de la especie. La propagación vegetativa es una potente herramienta de los programas de mejora, por lo que es preciso desarrollar protocolos de regeneración somática en encina. La embriogénesis somática está considerada como la modalidad más adecuada de regeneración basada en técnicas de cultivo de tejidos vegetales utilizada en biotecnología forestal. Este trabajo se centra en el estudio de determinados aspectos de la embriogénesis somática para la regeneración clonal de encinas adultas. La memoria de esta tesis se ha dividido en capítulos que se corresponden con diferentes aspectos del sistema embriogénico. La embriogénesis somática se indujo en tegumentos maternos de óvulos en desarrollo procedentes de bellotas inmaduras de encinas adultas. A pesar de las bajas frecuencias de inducción, las líneas embriogénicas generadas se amplificaron mediante embriogénesis secundaria observándose cierta pérdida de la capacidad de diferenciación con el tiempo. Tanto el genotipo como la formulación del medio de cultivo influyeron en la respuesta embriogénica, concluyendo que la formulación de macronutrientes de Schenk y Hildebrant del medio sin reguladores de crecimiento fue la combinación más efectiva en la inducción. Los resultados sugirieron la existencia de una ventana en el desarrollo del óvulo más sensible a la inducción. El genotipo in[luyó en la capacidad proliferativa de los cultivos y en la conversión de los embriones somáticos, que se incrementó suplementando el medio con ácido indol-3-butírico y 6-benciladenina. El cultivo en medio líquido de líneas embriogénicas en condiciones de inmersión transitoria incrementó el crecimiento, dependiendo del genotipo, con respecto al cultivo en medio semisólido. Sin embargo, no mejoró la capacidad de diferenciar embriones cotiledonares aislados. Se estableció un protocolo de inicio y mantenimiento de cultivos en suspensión para varias líneas embriogénicas mediante inoculación en alta densidad de agregados embrionarios procedentes del medio semisólido. Para evitar la pérdida de vigor y la capacidad morfogénica debida al cultivo prolongado se desarrolló un protocolo de crioconservación de líneas embriogénicas mediante vitrificación. Al determinar la influencia de los agentes crioprotectores antes y después de su inmersión en nitrógeno líquido se concluyó que las respuestas de capacidad de crecimiento y de diferenciación del material embriogénico son independientes, además de estar bajo influencia del genotipo y el tipo de material crioconservado. La combinación de sacarosa y PVS2 previa a la inmersión en nitrógeno líquido proporcionó la mayor tasa de recuperación. Cuando las líneas fueron crioconservadas 30 días la capacidad de diferenciación se perdió en todas ellas. El análisis de SSR detectó variación somaclonal en el material crioconservado a corto plazo. SSR y RAPD mostraron importantes diferencias genéticas entre los árboles donantes y el material embriogénico que dependieron del genotipo. El grado de detección dependió del marcador empleado. Ambos marcadores revelaron baja inestabilidad intraclonal. Los RAPD revelaron variación genética intra-individuo en las encinas donantes. Se discuten la variación genética pre-existente en encina, su aparición durante las primeras fases de la inducción de embriogénesis, y la presencia de tejidos provenientes de la fertilización en el explanto materno. Esto hace preciso definir la identidad genética del material donante y acometer ensayos de detección precoz de variación somaclonal. ABSTRACT Holm oak (Quercus ilex L.) is one of the most important Mediterranean forest species. It conforms the tree layer of dehesas or montados, it produces acorns to feed the livestock and it establishes symbiosis with profitable mycorrhizal fungi. Holm oak is considered as recalcitrant species in terms of seed conservation and morphogenic capacities, which complicates the development of genetic conservation and improvement programs. Vegetative propagation is one of the mightiest tools for breeding programs therefore; developing protocols for clonal regeneration of holm oak is essential. Somatic embryogenesis is considered the best tissue culture-based way of plant regeneration in forest biotechnology. The present study is focused on the study of certain aspects of somatic embryogenesis for clonal regeneration of mature holm oak. This thesis manuscript is divided into several chapters that match with different aspects of the embryogenic system. Somatic embryogenesis induction was achieved on maternal teguments of developing ovules from immature acorns of adult holm oak trees. Despite the low induction frequencies, the generated embryogenic lines were amplified by secondary embryogenesis. A decline in the differentiation capacity over time was also observed. It was concluded that both genotype and culture media formulation influenced the embryogenic response, being the Schenk and Hildebrandt´s macronutrients formulation from culture medium and the lack of plant growth regulators the most effective combination for the induction of the embryogenic response. It has been suggested the existence of a developmental window in which ovules are prone to induction. Genotype influenced the proliferation capacity and the plant conversion of somatic embryos, which was also favoured by the presence of indol-3-butyric acid and 6-bencyladenine. The use of temporary immersion systems as proliferation in liquid culture of the embryogenic lines increased the growth depending on genotype, when compared to semisolid cultures. However, it did not improve the differentiation of single cotyledonary embryos. A protocol for the initiation and maintenance of embryogenic suspension cultures was established for several embryogenic lines with highly dense inoculi of embryogenic clusters from proliferating semisolid cultures. In order to avoid the loss of vigour and morphogenic ability of embryogenic lines due to prolonged cultures, a cryopreservation protocol for embryogenic lines of holm oak has been developed. During the determination of the influence of cryoprotective agents on the growth and differentiation capacities before and after liquid nitrogen immersion, it was concluded that both responses were independent from each other and also under the influence of genotype and the type of cryopreserved material. The combination of sucrose and PVS2 prior liquid nitrogen immersion provided higher recovery rates. When the same embryogenic lines were cryopreserved for 30 days, none was able to differentiate. The SSRs analysis of the short-term cryopreserved material detected somaclonal variation. Both SSR and RAPD markers showed high sensitivity to detect genetic differences between the donor trees and the generated embryogenic material. Nevertheless, the degree of instability detection depended on the marker. The SSR analysis indicated a relationship between genotype, the studied loci and the located polymorphisms. Also, both markers revealed low intraclonal genetic variation. The RAPD detected genetic variation within the donor trees. The presence of pre-existent genetic variation within mature trees, in addition to its occurrence during the early stages of the embryogenic induction, and the presence of tissues of fertilisation origin within the maternal explants are all discussed. Nonetheless, the determination of the genetic identity of donor material is required, in addition to early detection methods of somaclonal variation.

Development of somatic embryogenesis for cloning and conservation of mature holm oak trees (Quercus ilex L.)

La encina (Quercus ilex L.) es una de las especies forestales mediterráneas más importantes. Constituye gran parte del estrato arbóreo de dehesas o montados, produce bellota como alimento del ganado y establece simbiosis con hongos micorrizógenos de gran valor económico. La encina está considerada como una especie recalcitrante en términos de conservación de semillas y capacidad morfogénica, lo que dificulta los programas de conservación de recursos genéticos y la mejora de la especie. La propagación vegetativa es una potente herramienta de los programas de mejora, por lo que es preciso desarrollar protocolos de regeneración somática en encina. La embriogénesis somática está considerada como la modalidad más adecuada de regeneración basada en técnicas de cultivo de tejidos vegetales utilizada en biotecnología forestal. Este trabajo se centra en el estudio de determinados aspectos de la embriogénesis somática para la regeneración clonal de encinas adultas. La memoria de esta tesis se ha dividido en capítulos que se corresponden con diferentes aspectos del sistema embriogénico. La embriogénesis somática se indujo en tegumentos maternos de óvulos en desarrollo procedentes de bellotas inmaduras de encinas adultas. A pesar de las bajas frecuencias de inducción, las líneas embriogénicas generadas se amplificaron mediante embriogénesis secundaria observándose cierta pérdida de la capacidad de diferenciación con el tiempo. Tanto el genotipo como la formulación del medio de cultivo influyeron en la respuesta embriogénica, concluyendo que la formulación de macronutrientes de Schenk y Hildebrant del medio sin reguladores de crecimiento fue la combinación más efectiva en la inducción. Los resultados sugirieron la existencia de una ventana en el desarrollo del óvulo más sensible a la inducción. El genotipo in[luyó en la capacidad proliferativa de los cultivos y en la conversión de los embriones somáticos, que se incrementó suplementando el medio con ácido indol-3-butírico y 6-benciladenina. El cultivo en medio líquido de líneas embriogénicas en condiciones de inmersión transitoria incrementó el crecimiento, dependiendo del genotipo, con respecto al cultivo en medio semisólido. Sin embargo, no mejoró la capacidad de diferenciar embriones cotiledonares aislados. Se estableció un protocolo de inicio y mantenimiento de cultivos en suspensión para varias líneas embriogénicas mediante inoculación en alta densidad de agregados embrionarios procedentes del medio semisólido. Para evitar la pérdida de vigor y la capacidad morfogénica debida al cultivo prolongado se desarrolló un protocolo de crioconservación de líneas embriogénicas mediante vitrificación. Al determinar la influencia de los agentes crioprotectores antes y después de su inmersión en nitrógeno líquido se concluyó que las respuestas de capacidad de crecimiento y de diferenciación del material embriogénico son independientes, además de estar bajo influencia del genotipo y el tipo de material crioconservado. La combinación de sacarosa y PVS2 previa a la inmersión en nitrógeno líquido proporcionó la mayor tasa de recuperación. Cuando las líneas fueron crioconservadas 30 días la capacidad de diferenciación se perdió en todas ellas. El análisis de SSR detectó variación somaclonal en el material crioconservado a corto plazo. SSR y RAPD mostraron importantes diferencias genéticas entre los árboles donantes y el material embriogénico que dependieron del genotipo. El grado de detección dependió del marcador empleado. Ambos marcadores revelaron baja inestabilidad intraclonal. Los RAPD revelaron variación genética intra-individuo en las encinas donantes. Se discuten la variación genética pre-existente en encina, su aparición durante las primeras fases de la inducción de embriogénesis, y la presencia de tejidos provenientes de la fertilización en el explanto materno. Esto hace preciso definir la identidad genética del material donante y acometer ensayos de detección precoz de variación somaclonal. ABSTRACT Holm oak (Quercus ilex L.) is one of the most important Mediterranean forest species. It conforms the tree layer of dehesas or montados, it produces acorns to feed the livestock and it establishes symbiosis with profitable mycorrhizal fungi. Holm oak is considered as recalcitrant species in terms of seed conservation and morphogenic capacities, which complicates the development of genetic conservation and improvement programs. Vegetative propagation is one of the mightiest tools for breeding programs therefore; developing protocols for clonal regeneration of holm oak is essential. Somatic embryogenesis is considered the best tissue culture-based way of plant regeneration in forest biotechnology. The present study is focused on the study of certain aspects of somatic embryogenesis for clonal regeneration of mature holm oak. This thesis manuscript is divided into several chapters that match with different aspects of the embryogenic system. Somatic embryogenesis induction was achieved on maternal teguments of developing ovules from immature acorns of adult holm oak trees. Despite the low induction frequencies, the generated embryogenic lines were amplified by secondary embryogenesis. A decline in the differentiation capacity over time was also observed. It was concluded that both genotype and culture media formulation influenced the embryogenic response, being the Schenk and Hildebrandt´s macronutrients formulation from culture medium and the lack of plant growth regulators the most effective combination for the induction of the embryogenic response. It has been suggested the existence of a developmental window in which ovules are prone to induction. Genotype influenced the proliferation capacity and the plant conversion of somatic embryos, which was also favoured by the presence of indol-3-butyric acid and 6-bencyladenine. The use of temporary immersion systems as proliferation in liquid culture of the embryogenic lines increased the growth depending on genotype, when compared to semisolid cultures. However, it did not improve the differentiation of single cotyledonary embryos. A protocol for the initiation and maintenance of embryogenic suspension cultures was established for several embryogenic lines with highly dense inoculi of embryogenic clusters from proliferating semisolid cultures. In order to avoid the loss of vigour and morphogenic ability of embryogenic lines due to prolonged cultures, a cryopreservation protocol for embryogenic lines of holm oak has been developed. During the determination of the influence of cryoprotective agents on the growth and differentiation capacities before and after liquid nitrogen immersion, it was concluded that both responses were independent from each other and also under the influence of genotype and the type of cryopreserved material. The combination of sucrose and PVS2 prior liquid nitrogen immersion provided higher recovery rates. When the same embryogenic lines were cryopreserved for 30 days, none was able to differentiate. The SSRs analysis of the short-term cryopreserved material detected somaclonal variation. Both SSR and RAPD markers showed high sensitivity to detect genetic differences between the donor trees and the generated embryogenic material. Nevertheless, the degree of instability detection depended on the marker. The SSR analysis indicated a relationship between genotype, the studied loci and the located polymorphisms. Also, both markers revealed low intraclonal genetic variation. The RAPD detected genetic variation within the donor trees. The presence of pre-existent genetic variation within mature trees, in addition to its occurrence during the early stages of the embryogenic induction, and the presence of tissues of fertilisation origin within the maternal explants are all discussed. Nonetheless, the determination of the genetic identity of donor material is required, in addition to early detection methods of somaclonal variation.

Determinación del riesgo de incendio en una instalación de secado de alperujo = Determination of the risk of fire in an olive-oil mill waste dryer

For the energy valorization of alperujo, residue of the olive oil two phases extraction process, it is necessary to perform a drying process to reduce moisture content from over 60% to less than 10%. In order to reduce primary energy consumption and get an economic return, usually in this kind of drying facilities Gas Turbine CHP is used as a heat source. There have been recently in Spain some fires in this kind of GT-CHP facilities, which have caused high material losses. In some of these fires it has been suggested that the fire was caused by the output of incandescent alperujo in the flue gasesof the drying system. Therefore, the aim of this study is to determine experimentally and analytically under which operational conditions a process of alperujo self-ignition in the drying process can begin, and determine the actual fire hazard in this type of TG-CHP system. For analytical study, the temperature and initial composition of the combustion gases of the Gas Turbine at the entrance of the drying process was calculated and the gas equilibrium conditions reached in contact with the biomass were calculated and, therefore, the temperature of the biomass during the drying process. Moreover, the layer and dust ignition temperature of alperujo has been experimentally determined, according to EN 50281-2-1: 2000. With these results, the operating conditions of the drying process, in which there are real risk of auto-ignition of alperujo have been established.Para la valorización energética del alperujo, residuo del proceso de extracción en dos fases del aceite de oliva, es necesario realizar un proceso de secado para reducir su contenido de humedad de más del 60% al 10% m/m en b.h. Con el fin de reducir el consumo de energía primaria y obtener una rentabilidad económica, normalmente en este tipo de instalaciones de secado se usa la cogeneración con turbina de gas (TG) como fuente de calor. En España en los últimos años han ocurrido algunos casos de incendio en este tipo de instalaciones de cogeneración, que han supuesto pérdidas materiales muy elevadas. Por esta razón, el objetivo de este trabajo es determinar analítica y experimentalmente las condiciones operativas del secadero bajo las cuales podría comenzar un proceso de autoinflamación del alperujo y determinar el riesgo real de incendio en este tipo de instalaciones. Para el estudio analítico, se ha planteado y validado el modelo matemático que permite calcular la temperatura y la composición de los gases de combustión a la entrada y a la salida del secadero, en función de las curvas características de la TG, de las condiciones atmosféricas, del caudal y del grado de humedad de la biomasa tratada. El modelo permite además calcular la temperatura de bulbo húmedo, que es la máxima temperatura que podría alcanzar la biomasa durante el proceso de secado y determinar la cantidad de biomasa que se puede secar completamente en función del caudal y de las condiciones de entrada de los gases de combustión. Con estos resultados y la temperatura mínima de autoinflamación del alperujo determinada experimentalmente siguiendo la norma EN 50281- 2-1:2000, se demuestra que en un proceso de secado de alperujo en condiciones normales de operación no existe riesgo de autoencendido que pueda dar origen a un incendio.