Implementación de algoritmos de ensamblaje de genomas en sistemas de memoria compartida y memoria distribuida

El desarrollo de algoritmos ensambladores de genes y la utilización de estos está viviendo un aumento muy espectacular en los últimos años. Debido a las mejoras ofrecidas en los dispositivos hardware de los numerosos supercomputadores que existen hoy en día se pueden realizar experimentos científicos de una manera más asequible que hace unos años. Este proyecto servirá como introducción en el complejo mundo de algoritmos científicos, más concretamente en algoritmos ensambladores de genomas. Veremos de primera mano cómo utilizar estas nuevas tecnologías, con ejemplos sencillos, pero con un desarrollo lo bastante importante para darnos una idea del funcionamiento de todas las fases de experimentación que engloban los algoritmos ensambladores y la utilización de la programación paralela en supercomputadores. Concretamente en este proyecto se van a analizar exhaustivamente una serie de algoritmos ensambladores que serán probados en uno de los supercomputadores más potentes de España, el Magerit 2. En estas pruebas vamos a proceder al ensamblado de genomas de tres tipos de organismos como bacterias (Staphylococcus Aureus, y Rhodobacter Sphaeroides) y una prueba gran escala con el genoma del Cromosoma 14 del Homo Sapiens Sapiens (Ser humano). Después procederemos a la comparación de todos los resultados obtenidos para poder comprobar que algoritmos realizan mejor su trabajo y ajustar dicha decisión a las necesidades que tenemos actualmente para buscar un algoritmo eficaz.

Las enseñanzas de sistemas en los currículos relacionados con la computación: una experiencia acumulada

Este texto propone la incorporación de las ideas de sistemas como elemento indispensable en los currículos universitarios relacionados con computación. Con este objetivo,se presenta la experiencia acumulada en la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Telecomunicación de Madrid desde 1978. Más concretamente, se muestran los objetivos,metodología y resultados obtenidos dentro de una asignatura denominada Ingeniería de Sistemas, integrada en el último curso de una especialización en Ingeniería Telemática (Informática y Comunicaciones).

Métodos acotados de aplicación de reglas de evolución para la implementación de Sistemas P de Transición

La característica fundamental de la Computación Natural se basa en el empleo de conceptos, principios y mecanismos del funcionamiento de la Naturaleza. La Computación Natural -y dentro de ésta, la Computación de Membranas- surge como una posible alternativa a la computación clásica y como resultado de la búsqueda de nuevos modelos de computación que puedan superar las limitaciones presentes en los modelos convencionales. En concreto, la Computación de Membranas se originó como un intento de formular un nuevo modelo computacional inspirado en la estructura y el funcionamiento de las células biológicas: los sistemas basados en este modelo constan de una estructura de membranas que actúan a la vez como separadores y como canales de comunicación, y dentro de esa estructura se alojan multiconjuntos de objetos que evolucionan de acuerdo a unas determinadas reglas de evolución. Al conjunto de dispositivos contemplados por la Computación de Membranas se les denomina genéricamente como Sistemas P. Hasta el momento los Sistemas P sólo han sido estudiados a nivel teórico y no han sido plenamente implementados ni en medios electrónicos, ni en medios bioquímicos, sólo han sido simulados o parcialmente implementados. Por tanto, la implantación de estos sistemas es un reto de investigación abierto. Esta tesis aborda uno de los problemas que debe ser resuelto para conseguir la implantación de los Sistemas P sobre plataformas hardware. El problema concreto se centra en el modelo de los Sistemas P de Transición y surge de la necesidad de disponer de algoritmos de aplicación de reglas que, independientemente de la plataforma hardware sobre la que se implementen, cumplan los requisitos de ser no deterministas, masivamente paralelos y además su tiempo de ejecución esté estáticamente acotado. Como resultado se ha obtenido un conjunto de algoritmos (tanto para plataformas secuenciales, como para plataformas paralelas) que se adecúan a las diferentes configuraciones de los Sistemas P. ABSTRACT The main feature of Natural Computing is the use of concepts, principles and mechanisms inspired by Nature. Natural Computing and within it, Membrane Computing emerges as an potential alternative to conventional computing and as from the search for new models of computation that may overcome the existing limitations in conventional models. Specifically, Membrane Computing was created to formulate a new computational paradigm inspired by the structure and functioning of biological cells: it consists of a membrane structure, which acts as separators as well as communication channels, and within this structure are stored multisets of objects that evolve according to certain evolution rules. The set of computing devices addressed by Membrane Computing are generically known P systems. Up to now, no P systems have been fully implemented yet in electronic or biochemical means. They only have been studied in theory, simulated or partially implemented. Therefore, the implementation of these systems is an open research challenge. This thesis addresses one of the problems to be solved in order to deploy P systems on hardware platforms. This specific problem is focused on the Transition P System model and emerges from the need of providing application rules algorithms that independently on the hardware platform on which they are implemented, meets the requirements of being nondeterministic, massively parallel and runtime-bounded. As a result, this thesis has developed a set of algorithms for both platforms, sequential and parallel, adapted to all possible configurations of P systems.

Fundamentos de informática

Este libro trata exactamente de lo que dice su título. Como primera impresión, a algunas personas puede parecerles innecesario publicar un texto sobre fundamentos en una época en que la informática ha llegado en su difusión casi a formar parte material del mobiliario hogareño. Además de este efecto distributivo sobre la sociedad, los espectaculares progresos tecnológicos han producido un crecimiento desbordante de la especialización. Los sistemas operativos, las bases de datos, los lenguajes concurrentes, la programación lógica, la inteligencia artificial, la arquitectura de ordenadores, las redes, las herramientas de ayuda para ingeniería de software y tantas otras más específicas e instrumentales son áreas de trabajo o técnicas que por sí solas requieren esfuerzos considerables por parte de quienes pretenden estudiar y seguir su evolución.

Fundamentos de informática

El libro que presentamos responde a esta llamada, puesto que se ocupa de algunas de las raíces o fundamentos de la informática. Lo hemos escrito pensando en los estudiantes universitarios de las ramas de informática, así como en los profesionales antes mencionados. Estos últimos encontrarán un texto autocontenido,desprovisto en lo posible del aparato teórico habitual y preocupado permanentemente en la tarea de desarrollar aperturas a cuestiones de la más viva actualidad, como los sistemas borrosos o la complejidad del software, y a cuestiones en las que parece vislumbrarse un futuro. En cuanto a los estudiantes,nuestra experiencia nos dice que, por un cúmulo de circunstancias que no hacen al caso, se ven obligados con frecuencia a estudiar las materias objeto de nuestro libro, tal vez, sí, con mayor extensión y formalismo matemático, pero no siempre bajo condiciones óptimas: apuntes improvisados, textos en lenguas extranjeras, dispersión de estas mismas materias en distintas asignaturas y por tanto fragmentación de su sentido radical (raíces), o desapego del sentido de su aplicación. Sin poner en tela de juicio la necesidad científica del mejor formalismo posible, está constatado que dosis excesivas y exclusivas de esa medicina conducen en el plano educativo a un estéril desánimo de los estudiantes.

La Telecomunicación en la era de los Sistemas

Hace unos meses, el 15 de Diciembre de 1976, el pueblo español subrayaba inequívocamente sus deseos de una forma democrática de gobierno. Los servicios de Correos y Telégrafos se ocupaban de transmitir grupos de datos por toda nuestra geografía peninsular e insular que,computados velozmente por ordenadores, trazaban, a través de pantallas catódicas alfanuméricas, los perfiles acumulados de una geografía nacional del voto. Periodistas españoles y de todo el mundo se comunicaban con sus agencias y periódicos por télex y teléfono. La televisión y la radio difundían a los hogares, en el mismo momento,noticia puntual de resultados, procesos y análisis. Las redes de telecomunicación ayudaban así a cerrar un ciclo por el que,en el curso de unas pocas horas, todo español, votante, abstencionista o abstinente, tomaba conocimiento del efecto integrado de su decisión.

Contribución al diseño automático de sistemas digitales modulares mediante un sistema software modular y jerárquico

La diversidad de propiedades que tienen los actuales sistemas digitales es tan amplia —su complejidad tan creciente— que el uso del ordenador resulta obligado tanto para su diseño como para su simulación y puesta a punto. La organización modular de un sistema simplifica notablemente su diseño y reconfiguración (Alabau, 1973). Hoy no resulta grave en principio, el desaprovechar un cierto número de componentes básicos de un circuito integrado. Sin embargo adquiere especial importancia como tema de futuro el diseño concreto de esos módulos en el contexto de un enfoque nuevo del diseño de complejos sistemas digitales y hasta renace el escrupuloso planteamiento de los antiguos criterios de diseño (Harrison, 1965) dirigidos a minimizar el número de componentes.

Ecualización y optimización de la codificación para la simulación de sistemas OFDM

Los sistemas basados en la técnica OFDM (Multiplexación por División de Frecuencias Ortogonales) son una evolución de los tradicionales sistemas FDM (Multiplexación por División de Frecuencia), gracias a la cual se consigue un mejor aprovechamiento del ancho de banda. En la actualidad los sistemas OFDM y sus variantes ocupan un lugar muy importante en las comunicaciones, estando implementados en diversos estándares como pueden ser: DVB-T (estándar de la TDT), ADSL, LTE, WIMAX, DAB (radio digital), etc. Debido a ello, en este proyecto se implementa un sistema OFDM en el que poder realizar diversas simulaciones para entender mejor su funcionamiento. Para ello nos vamos a valer de la herramienta Matlab. Los objetivos fundamentales dentro de la simulación del sistema es poner a prueba el empleo de turbo códigos (comparándolo con los códigos convolucionales tradicionales) y de un ecualizador. Todo ello con la intención de mejorar la calidad de nuestro sistema (recibir menos bits erróneos) en condiciones cada vez más adversas: relaciones señal a ruido bajas y multitrayectos. Para ello se han implementado las funciones necesarias en Matlab, así como una interfaz gráfica para que sea más sencillo de utilizar el programa y más didáctico. En los capítulos segundo y tercero de este proyecto se efectúa un estudio de las bases de los sistemas OFDM. En el segundo nos centramos más en un estudio teórico puro para después pasar en el tercero a centrarnos únicamente en la teoría de los bloques implementados en el sistema OFDM que se desarrolla en este proyecto. En el capítulo cuarto se explican las distintas opciones que se pueden llevar a cabo mediante la interfaz implementada, a la vez que se elabora un manual para el correcto uso de la misma. El quinto capítulo se divide en dos partes, en la primera se muestran las representaciones que puede realizar el programa, y en la segunda únicamente se realizan simulaciones para comprobar que tal responde nuestra sistema a distintas configuraciones de canal, y las a distintas configuraciones que hagamos nosotros de nuestro sistema (utilicemos una codificación u otra, utilicemos el ecualizador o el prefijo cíclico, etc…). Para finalizar, en el último capítulo se exponen las conclusiones obtenidas en este proyecto, así como posibles líneas de trabajo que seguir en próximas versiones del mismo. ABSTRACT. Systems based on OFDM (Orthogonal Frequency Division Multiplexing) technique are an evolution of traditional FDM (Frequency Division Multiplexing). Due to the use of OFDM systems are achieved by more efficient use of bandwidth. Nowadays, OFDM systems and variants of OFDM systems occupy a very important place in the world of communications, being implemented in standards such as DVB-T, ADSL, LTE, WiMAX, DAB (digital radio) and another more. For all these reasons, this project implements a OFDM system for performing various simulations for better understanding of OFDM system operation. The system has been simulated using Matlab. With system simulation we search to get two key objectives: to test the use of turbo codes (compared to traditional convolutional codes) and an equalizer. We do so with the intention of improving the quality of our system (receive fewer rates of bit error) in increasingly adverse conditions: lower signal-to-noise and multipath. For these reasons necessaries Matlab´s functions have been developed, and a GUI (User Graphical Interface) has been integrated so the program can be used in a easier and more didactic way. This project is divided into five chapters. In the second and third chapter of this project are developed the basis of OFDM systems. Being developed in the second one a pure theoretical study, while focusing only on block theory implemented in the OFDM system in the third one. The fourth chapter describes the options that can be carried out by the interface implemented. Furthermore the chapter is developed for the correct use of the interface. The fifth chapter is divided into two parts, the first part shows to us the representations that the program can perform, and the second one just makes simulations to check that our system responds to differents channel configurations (use of convolutional codes or turbo codes, the use of equalizer or cyclic prefix…). Finally, the last chapter presents the conclusions of this project and possible lines of work to follow in future versions.

Estudio teórico y simulación de un OTDR para sistemas de comunicaciones por fibra óptica

El reflectómetro óptico en el dominio del tiempo, conocido por sus siglas en inglés como OTDR, es un dispositivo muy utilizado en sistemas de comunicaciones por fibra óptica para conocer de una manera rápida y sencilla como varía la potencia óptica a lo largo de la fibra óptica, siendo otro de sus usos frecuentes la localización de fallos y roturas en un enlace. Este proyecto fin de carrera, consiste en la realización mediante Matlab de una interfaz gráfica que permite simular un OTDR para distintos tipos de fibras, conectores y empalmes visualizándose por pantalla la variación de la potencia óptica en función de la distancia, pudiendo ampliar cualquier tramo del enlace que se desee visualizar con mayor detalle. Los objetivos del proyecto podemos establecerlos en dos partes. Primero, realizar una interfaz que nos permita diseñar un enlace de fibra óptica de forma sencilla, permitiendo además medir desde la atenuación de la fibra a la de un empalme. En segundo lugar, emplear la interfaz desarrollada para comprobar conceptos teóricos, haciendo hincapié en los principales errores de un enlace de fibra óptica real. Para una mejor visualización y concepción de lo implementado, es necesario revisar los principios básicos de funcionamiento de la fibra óptica y las principales características de un enlace, así como, los distintos dispositivos que lo componen, para después explicar el funcionamiento del OTDR y sus usos; por ello, en los capítulos segundo y tercero, se explican estas nociones básicas, necesarias para un mejor entendimiento del proyecto. Para poder utilizar la interfaz gráfica de usuario, el capítulo cuarto muestra la descripción de las funciones con parámetros, así como el manual de usuario de la interfaz gráfica. En el capítulo quinto se hace una recopilación y estudios de resultados para distintas simulaciones comprobando desde casos sencillos a casos extremos en los que se debe prestar una especial atención a los elementos que componen el enlace, siendo finalmente, en el sexto capítulo donde se presentan distintas conclusiones así como posibles trabajos futuros, a partir de lo realizado. ABSTRACT. The optical time domain reflectometer, known as OTDR, is a widely used device in systems for fiber optic communications used to know quick and simply how the optical power its varying along the fiber, with particular emphasis to another of its frequent uses in troubleshooting on a link. This final project consists in carrying through a graphical interface in Matlab to simulate an OTDR for different types of fibers, connectors and splices, visualizing the variation of optical power as a function of the distance. It is possible to zoom in specific sections to view them with greater detail. The project objectives can be set in two parts: - Make an interface that allows us to design a fiber optic link easily and measuring from the fiber attenuation to a splice one. - Use the interface developed to test theoretical concepts, emphasizing the most important mistakes of a real optical fiber link. For better visualization and understanding of what it’s been implemented, it is necessary to review the basic operating principles of fiber optics and the main characteristics of a fiber link, and also the different types of devices that comprise it, and then explaining also how the OTDR works and its uses, therefore, in second and third chapters, explains these basics needed for a better understanding of the project. To use the GUI, the fourth chapter shows the description of the functions with parameters and the user manual of the GUI. The fifth chapter is a compilation and study of some simulation results for simple cases to check from simply to extreme cases putting special attention to the elements that make up the link. To sum up, in the sixth chapter will appear different conclusions and possible future works for improving the graphical interface or making a new one.

Especificación del comportamiento observable de sistemas software concurrentes

El desarrollo de métodos de especificación formal de sistemas software y de los modelos que los informan, ha sido reconocido como una necesidad básica en la ingeniería del software. En la especificación de sistemas software secuenciales, tanto las especificaciones axiomáticas, como las procedentes de abstracciones(ya sean datos o procedimientos)

Sistemas

Jordan ha demostrado que todas las definiciones coinciden en un significado central. Significa esto que el hombre 'sistema' contiene un núcleo constante muy general que admite mucha variación en los detalles, lo que no lo hace confuso o ambiguo. La definición n° 6 es muy general; hay que comprender que la palabra 1 objetos puede ser efectivamente objeto, pero también cosa, regla,elemento, concepto, etc.... Por ejemplo, en un sistema de numeración se tratará de conceptos, en un sistema telefónico o humano se tratará de objetos u órganos, en un sistema social de personas

Estudio y aplicación del algoritmo de Davidon a la optimización del gobierno en tiempo mínimo de sistemas lineales

Un método algorítmico de minimización será eficaz cuando esté concebido de manera que converja en todo momento y que, al llegar a la vecindad del mínimo, se adapte a la geografía de segundo grado para converger ya con rapidez cuadrática. El método de Davidon pertenece a esta clase.

Tres líneas de novísima investigación: teoría de sistemas, física estadística y bioingeniería

TEORÍA GENERAL DE SISTEMAS. (UN ENFOQUE METODOLÓGICO), por George J. Klir. Versión española de F. J. Valero López, con introducción y revisión técnica de Eduardo Bueno Campos; Ediciones ICE; Madrid,1980; 383 páginas. Dentro del movimiento actual en la investigación de sistemas generales, G. J. Klir ocupa un lugar relevante.

Diseño de un software de intermediación de comunicación para sistemas distribuidos de tiempo real críticos en Java

Las facilidades e independencia de plataforma de Java han generado un gran interés en la comunidad de tiempo real. Dicho interés se ha reflejado en la especificación RTSJ (Real-Time Specification for Java), que extiende y adapta el lenguaje Java para permitir el desarrollo de sistemas de tiempo real. Adicionalmente, se han desarrollado perfiles de RTSJ para garantizar la predecibilidad en sistemas de tiempo real críticos. Sin embargo, RTSJ y sus perfiles no proporcionan facilidades para sistemas distribuidos. El objetivo de este trabajo es afrontar dicha limitación definiendo un nuevo modelo de RMI (Remote Method Invocation) basado en los principales perfiles de RTSJ para sistemas de tiempo real crítico. Este trabajo presenta el diseño y la implementación de RMI-HRT (RMI-Hard Real-Time) que está enfocado a sistemas de tiempo real crítico con requisitos de alta integridad.

Análisis de riesgos en los sistemas de información: un enfoque difuso

En los modelos promovidos por las normativas internacionales de análisis de riesgos en los sistemas de información, los activos están interrelacionados entre sí, de modo que un ataque sobre uno de ellos se puede transmitir a lo largo de toda la red, llegando a alcanzar a los activos más valiosos para la organización. Es necesario entonces asignar el valor de todos los activos, así como las relaciones de dependencia directas e indirectas entre estos, o la probabilidad de materialización de una amenaza y la degradación que ésta puede provocar sobre los activos. Sin embargo, los expertos encargados de asignar tales valores, a menudo aportan información vaga e incierta, de modo que las técnicas difusas pueden ser muy útiles en este ámbito. Pero estas técnicas no están libres de ciertas dificultades, como la necesidad de uso de una aritmética adecuada al modelo o el establecimiento de medidas de similitud apropiadas. En este documento proponemos un tratamiento difuso para los modelos de análisis de riesgos promovidos por las metodologías internacionales, mediante el establecimiento de tales elementos.Abstract— Assets are interrelated in risk analysis methodologies for information systems promoted by international standards. This means that an attack on one asset can be propagated through the network and threaten an organization’s most valuable assets. It is necessary to valuate all assets, the direct and indirect asset dependencies, as well as the probability of threats and the resulting asset degradation. However, the experts in charge to assign such values often provide only vague and uncertain information. Fuzzy logic can be very helpful in such situation, but it is not free of some difficulties, such as the need of a proper arithmetic to the model under consideration or the establishment of appropriate similarity measures. Throughout this paper we propose a fuzzy treatment for risk analysis models promoted by international methodologies through the establishment of such elements.