Software architecture implementation based on OpenSim

One of the objectives of the European Higher Education Area is the promotion of collaborative and informal learning through the implementation of educational practices. 3D virtual environments become an ideal space for such activities. On the other hand, the problem of financing in Spanish universities has led to the search for new ways to optimize available resources. The Technical University of Madrid requires the use of laboratories which due to their dangerousness, duration or control of the developed processes are difficult to perform in real life. For this reason, we have developed several 3D laboratories in virtual environment. The laboratories are built on open source platform OpenSim. In this paper it is exposed the use of the OpenSim platform for these new teaching experiences and the new design of the software architecture. This architecture requires the adaptation of the platform to the needs of the users and the different laboratories of our University. We will explain the structure of the implemented architecture and the process of creating and configuring it. The proposed architecture is decentralized, each laboratory is housed in different an educational center. The architecture adds several services, among others, the creation and management of users automated, communication between external services and platforms in different program languages. Therefore, we achieve improving the user experience and rising the functionalities of laboratories.

Configuración de un entorno de trabajo para el desarrollo de software ágil con integración continua

Hoy en día, existen numerosos sistemas (financieros, fabricación industrial, infraestructura de servicios básicos, etc.) que son dependientes del software. Según la definición de Ingeniería del Software realizada por I. Sommerville, “la Ingeniería del Software es una disciplina de la ingeniería que comprende todos los aspectos de la producción de software desde las etapas iniciales de la especificación del sistema, hasta el mantenimiento de éste después de que se utiliza.” “La ingeniería del software no sólo comprende los procesos técnicos del desarrollo de software, sino también actividades tales como la gestión de proyectos de software y el desarrollo de herramientas, métodos y teorías de apoyo a la producción de software.” Los modelos de proceso de desarrollo software determinan una serie de pautas para poder desarrollar con éxito un proyecto de desarrollo software. Desde que surgieran estos modelos de proceso, se investigado en nuevas maneras de poder gestionar un proyecto y producir software de calidad. En primer lugar surgieron las metodologías pesadas o tradicionales, pero con el avance del tiempo y la tecnología, surgieron unas nuevas llamadas metodologías ágiles. En el marco de las metodologías ágiles cabe destacar una determinada práctica, la integración continua. Esta práctica surgió de la mano de Martin Fowler, con el objetivo de facilitar el trabajo en grupo y automatizar las tareas de integración. La integración continua se basa en la construcción automática de proyectos con una frecuencia alta, promoviendo la detección de errores en un momento temprano para poder dar prioridad a corregir dichos errores. Sin embargo, una de las claves del éxito en el desarrollo de cualquier proyecto software consiste en utilizar un entorno de trabajo que facilite, sistematice y ayude a aplicar un proceso de desarrollo de una forma eficiente. Este Proyecto Fin de Grado (PFG) tiene por objetivo el análisis de distintas herramientas para configurar un entorno de trabajo que permita desarrollar proyectos aplicando metodologías ágiles e integración continua de una forma fácil y eficiente. Una vez analizadas dichas herramientas, se ha propuesto y configurado un entorno de trabajo para su puesta en marcha y uso. Una característica a destacar de este PFG es que las herramientas analizadas comparten una cualidad común y de alto valor, son herramientas open-source. El entorno de trabajo propuesto en este PFG presenta una arquitectura cliente-servidor, dado que la mayoría de proyectos software se desarrollan en equipo, de tal forma que el servidor proporciona a los distintos clientes/desarrolladores acceso al conjunto de herramientas que constituyen el entorno de trabajo. La parte servidora del entorno propuesto proporciona soporte a la integración continua mediante herramientas de control de versiones, de gestión de historias de usuario, de análisis de métricas de software, y de automatización de la construcción de software. La configuración del cliente únicamente requiere de un entorno de desarrollo integrado (IDE) que soporte el lenguaje de programación Java y conexión con el servidor. ABSTRACT Nowadays, numerous systems (financial, industrial production, basic services infrastructure, etc.) depend on software. According to the Software Engineering definition made by I.Sommerville, “Software engineering is an engineering discipline that is concerned with all aspects of software production from the early stages of system specification through to maintaining the system after it has gone into use.” “Software engineering is not just concerned with the technical processes of software development. It also includes activities such as software project management and the development of tools, methods, and theories to support software production.” Software development process models determine a set of guidelines to successfully develop a software development project. Since these process models emerged, new ways of managing a project and producing software with quality have been investigated. First, the so-called heavy or traditional methodologies appeared, but with the time and the technological improvements, new methodologies emerged: the so-called agile methodologies. Agile methodologies promote, among other practices, continuous integration. This practice was coined by Martin Fowler and aims to make teamwork easier as well as automate integration tasks. Nevertheless, one of the keys to success in software projects is to use a framework that facilitates, systematize, and help to deploy a development process in an efficient way. This Final Degree Project (FDP) aims to analyze different tools to configure a framework that enables to develop projects by applying agile methodologies and continuous integration in an easy and efficient way. Once tools are analyzed, a framework has been proposed and configured. One of the main features of this FDP is that the tools under analysis share a common and high-valued characteristic: they are open-source. The proposed framework presents a client-server architecture, as most of the projects are developed by a team. In this way, the server provides access the clients/developers to the tools that comprise the framework. The server provides continuous integration through a set of tools for control management, user stories management, software quality management, and software construction automatization. The client configuration only requires a Java integrated development environment and network connection to the server.

Catálogo de recursos de información geográfica para proyectos de cooperación al desarrollo en la UPM:Infraestructura de Datos Espaciales (IDE) "Comunidades Rurales del Milenio"

El objetivo del proyecto es diseñar e implantar en un servidor de la ETSITGC una Infraestructura de Datos Espaciales (IDE) que proporcione un espacio único de acceso a información Geoespacial asociada al Proyecto de Cooperación al Desarrollo “Comunidades Rurales del Milenio”, de tal forma que los diferentes investigadores puedan acceder públicamente, compartiendo recursos de información geográfica y técnica asociados al Programa. Esta IDE conforme a las especificaciones del OGC será creada exclusivamente mediante herramientas “open source”, con capacidad de ser actualizada y ampliada posteriormente sin necesidad de disponer de ningún software “propietario”. Asimismo, se incorpora una un amplio volumen de recursos de información de Nicaragua como avance del banco de datos asociado al Proyecto, metadatados según la norma actual ISO 19115 (Perfil NEM v1.1).

Geo-Almacén de datos geográficos

La publicación y el uso compartido de los datos geográficos obtenidos y compartidos por usuarios nóveles o neófitos (Neo Geografía) bajo estándares Geográficos (OGC, ISO TC211) suponen una barrera infranqueable: necesidad de infraestructura (hardware, software y comunicaciones). Algunas iniciativas como OpenStreetMap (OSM), ikiMap, Tinymap, TargetMap o GeoNode hacen posible que cualquier usuario de un modo voluntario pueda compartir sus datos. Cada una de ellas adolece de ciertas limitaciones que les impide cubrir el espectro de necesidades y escalar cuando el número de usuarios del sistema crece. En este documento se presenta una solución en desarrollo, basada en Open Source, que trata de solventar algunas de las limitaciones detectadas, concretamente la escalabilidad de las soluciones basadas en GeoServer y MapServer, así como otras propias de la variedad de formatos de datos que se pueden compartir.

Introducción a Blender

El mundo de la animación 3D está en plena actualidad en este momento. Salas de cine, programas de televisión y la publicidad nos muestran constantemente personajes y objetos animados creados por ordenador. Son muchos los programas que pueden usarse para la realización de animación en 3D. En este proyecto vamos a centrarnos en Blender. Blender es un programa de animación y modelado que se puede obtener de manera gratuita por internet. Se trata de un programa de software libre, por lo que constantemente está siendo modificado gracias a la aportación de usuarios anónimos por internet. El objetivo de este proyecto es la creación de un corto de animación de un minuto de duración con Blender, para lo cual serán necesarias una serie de pautas iniciales sobre cómo funciona Blender y sus posibilidades. La primera parte de este proyecto es una guía básica sobre Blender y sus características. Capítulo a capítulo se irán describiendo la interfaz del programa y la creación de objetos (modelado, asignación de materiales y texturas) para luego aprender a animarlos y a visualizarlos como imágenes o video. La segunda parte se centra en el corto MOL. Creado a partir de los conocimientos adquiridos en la guía anterior, añadiendo en algunos casos, nuevas propiedades necesarias para su elaboración. Se describirán cada uno de los elementos y su creación. Esta guía pretende ser un referente para aquel que quiera introducirse en el mundo de la animación 3D con Blender. The world of 3D animation is a trending topic nowadays. Cinema, television and advertising constantly show us characters and animated objects created with computer graphics. There are many programs that can be used to perform 3D animations. In this project we will focus on Blender. Blender is a modeling and animation program that is available for free online. Blender is an open source program, so it is constantly being modified and improved by anonymous online users. The objective of this project is to create a one-minute animation short with Blender, for which we will require an initial set of guidelines on how Blender works and its possibilities. The first part of this project is a basic guide and will only cover basic features of Blender. In each chapter we will describe the interface and how to create objects (modeling, assigning materials and textures) and then we will learn to animate these objects and to display them as images or video. The second part focuses on the short film MOL. Created from the knowledge gained in the previous guide adding, in same cases, new properties necessary for its creation. We will describe each of the elements involved in the making of. This guide is intended to be a referent guide for anyone who wants to enter the world of 3D animation with Blender.

Monte-Carlo dosimetry on a realistic cell monolayer geometry exposed to alpha particles

The energy and specific energy absorbed in the main cell compartments (nucleus and cytoplasm) in typical radiobiology experiments are usually estimated by calculations as they are not accessible for a direct measurement. In most of the work, the cell geometry is modelled using the combination of simple mathematical volumes. We propose a method based on high resolution confocal imaging and ion beam analysis (IBA) in order to import realistic cell nuclei geometries in Monte-Carlo simulations and thus take into account the variety of different geometries encountered in a typical cell population. Seventy-six cell nuclei have been imaged using confocal microscopy and their chemical composition has been measured using IBA. A cellular phantom was created from these data using the ImageJ image analysis software and imported in the Geant4 Monte-Carlo simulation toolkit. Total energy and specific energy distributions in the 76 cell nuclei have been calculated for two types of irradiation protocols: a 3 MeV alpha particle microbeam used for targeted irradiation and a 239Pu alpha source used for large angle random irradiation. Qualitative images of the energy deposited along the particle tracks have been produced and show good agreement with images of DNA double strand break signalling proteins obtained experimentally. The methodology presented in this paper provides microdosimetric quantities calculated from realistic cellular volumes. It is based on open-source oriented software that is publicly available.

Building sustainable capacity for health research in africa through cloud computing applications

Access to information and continuous education represent critical factors for physicians and researchers over the world. For African professionals, this situation is even more problematic due to the frequently difficult access to technological infrastructures and basic information. Both education and information technologies (e.g., including hardware, software or networking) are expensive and unaffordable for many African professionals. Thus, the use of e-learning and an open approach to information exchange and software use have been already proposed to improve medical informatics issues in Africa. In this context, the AFRICA BUILD project, supported by the European Commission, aims to develop a virtual platform to provide access to a wide range of biomedical informatics and learning resources to professionals and researchers in Africa. A consortium of four African and four European partners work together in this initiative. In this framework, we have developed a prototype of a cloud-computing infrastructure to demonstrate, as a proof of concept, the feasibility of this approach. We have conducted the experiment in two different locations in Africa: Burundi and Egypt. As shown in this paper, technologies such as cloud computing and the use of open source medical software for a large range of case present significant challenges and opportunities for developing countries, such as many in Africa.

Rapid prototyping framework for visual control of autonomous micro aerial vehicles

Rapid prototyping environments can speed up the research of visual control algorithms. We have designed and implemented a software framework for fast prototyping of visual control algorithms for Micro Aerial Vehicles (MAV). We have applied a combination of a proxy-based network communication architecture and a custom Application Programming Interface. This allows multiple experimental configurations, like drone swarms or distributed processing of a drone’s video stream. Currently, the framework supports a low-cost MAV: the Parrot AR.Drone. Real tests have been performed on this platform and the results show comparatively low figures of the extra communication delay introduced by the framework, while adding new functionalities and flexibility to the selected drone. This implementation is open-source and can be downloaded from www.vision4uav.com/?q=VC4MAV-FW

Sintetizador analógico en Arduino

Este proyecto consiste en el diseño y construcción de un sintetizador basado en el chip 6581 Sound Interface Device (SID). Este chip era el encargado de la generación de sonido en el Commodore 64, ordenador personal comercializado en 1982, y fue el primer sintetizador complejo construido para ordenador. El chip en cuestión es un sintetizador de tres voces, cada una de ellas capaz de generar cuatro diferentes formas de onda. Cada voz tiene control independiente de varios parámetros, permitiendo una relativamente amplia variedad de sonidos y efectos, muy útil para su uso en videojuegos. Además está dotado de un filtro programable para conseguir distintos timbres mediante síntesis sustractiva. El sintetizador se ha construido sobre Arduino, una plataforma de electrónica abierta concebida para la creación de prototipos, consistente en una placa de circuito impreso con un microcontrolador, programable desde un PC para que realice múltiples funciones (desde encender LEDs hasta controlar servomecanismos en robótica, procesado y transmisión de datos, etc.). El sintetizador es controlable vía MIDI, por ejemplo, desde un teclado de piano. A través de MIDI recibe información tal como qué notas debe tocar, o los valores de los parámetros del SID que modifican las propiedades del sonido. Además, toda esa información también la puede recibir de un PC mediante una conexión USB. Se han construido dos versiones del sintetizador: una versión “hardware”, que utiliza el SID para la generación de sonido, y otra “software”, que reemplaza el SID por un emulador, es decir, un programa que se comporta (en la medida de lo posible) de la misma manera que el SID. El emulador se ha implementado en un microcontrolador Atmega 168 de Atmel, el mismo que utiliza Arduino. ABSTRACT. This project consists on design and construction of a synthesizer which is based on chip 6581 Sound Interface Device (SID). This chip was used for sound generation on the Commodore 64, a home computer presented in 1982, and it was the first complex synthesizer built for computers. The chip is a three-voice synthesizer, each voice capable of generating four different waveforms. Each voice has independent control of several parameters, allowing a relatively wide variety of sounds and effects, very useful for its use on videogames. It also includes a programmable filter, allowing more timbre control via subtractive synthesis. The synthesizer has been built on Arduino, an open-source electronics prototyping platform that consists on a printed circuit board with a microcontroller, which is programmable with a computer to do several functions (lighting LEDs, controlling servomechanisms on robotics, data processing or transmission, etc.). The synthesizer is controlled via MIDI, in example, from a piano-type keyboard. It receives from MIDI information such as the notes that should be played or SID’s parameter values that modify the sound. It also can receive that information from a PC via USB connection. Two versions of the synthesizer have been built: a hardware one that uses the SID chip for sound generation, and a software one that replaces SID by an emulator, it is, a program that behaves (as far as possible) in the same way the SID would. The emulator is implemented on an Atmel’s Atmega 168 microcontroller, the same one that is used on Arduino.

VladBot. Robot para posicionamiento de medida

VladBot es un robot autónomo diseñado para posicionar en interiores un micrófono de medida. Este prototipo puede valorar la idea de automatizar medidas acústicas en interiores mediante un robot autónomo. Posee dos ruedas motrices y una rueda loca. Ésta rueda loca aporta maniobrabilidad al robot. Un soporte extensible hecho de aluminio sostiene el micrófono de medida. VladBot ha sido diseñado con tecnologías de bajo coste y bajo una plataforma abierta, Arduino. Arduino es una plataforma electrónica libre. Esto quiere decir que los usuarios tienen libre acceso a toda la información referente a los micro-controladores (hardware) y referente al software. Ofrece un IDE (Integrated Development Environment, en español, Entorno de Desarrollo Integrado) de forma gratuita y con un sencillo lenguaje de programación, con el que se pueden realizar proyectos de cualquier tipo. Además, los usuarios disponen de un foro donde encontrar ayuda, “Arduino Forum”. VladBot se comunica con el usuario a través de Bluetooth, creando un enlace fiable y con un alcance suficiente (aproximadamente 100 metros) para que controlar a VladBot desde una sala contigua. Hoy en día, Bluetooth es una tecnología implantada en casi todos los ordenadores, por lo que no necesario ningún sistema adicional para crear dicho enlace. Esta comunicación utiliza un protocolo de comunicaciones, JSON (JavaScript Object Notation). JSON hace que la comunicación sea más fiable, ya que sólo un tipo de mensajes preestablecidos son reconocidos. Gracias a este protocolo es posible la comunicación con otro software, permitiendo crear itinerarios en otro programa externo. El diseño de VladBot favorece su evolución hasta un sistema más preciso ya que el usuario puede realizar modificaciones en el robot. El código que se proporciona puede ser modificado, aumentando las funcionalidades de VladBot o mejorándolas. Sus componentes pueden ser cambiados también (incluso añadir nuevos dispositivos) para aumentar sus capacidades. Vladbot es por tanto, un sistema de transporte (de bajo coste) para un micrófono de medida que se puede comunicar inalámbricamente con el usuario de manera fiable. ABSTRACT. VladBot is an autonomous robot designed to indoor positioning of a measurement microphone. This prototype can value the idea of making automatic acoustic measurements indoor with an autonomous robot. It has two drive wheels and a caster ball. This caster ball provides manoeuvrability to the robot. An extendible stand made in aluminium holds the measurement microphone. VladBot has been designed with low cost technologies and under an open-source platform, Arduino. Arduino is a freeFsource electronics platform. This means that users have free access to all the information about micro-controllers (hardware) and about the software. Arduino offers a free IDE (Integrated Development Environment) with an easy programming language, which any kind of project can be made with. Besides, users have a forum where find help, “Arduino Forum”. VladBot communicates with the user by Bluetooth, creating a reliable link with enough range (100 meters approximately) for controlling VladBot in the next room. Nowadays, Bluetooth is a technology embedded in almost laptops, so it is not necessary any additional system for create this link. This communication uses a communication protocol, JSON (JavaScript Object Notation). JSON makes the communication more reliable, since only a preFestablished kind of messages are recognised. Thanks to this protocol is possible the communication with another software, allowing to create routes in an external program. VladBot´s design favours its evolution to an accurate system since the user can make modifications in the robot. The code given can be changed, increasing VladBot´s uses or improving these uses. Their components can be changed too (even new devices can be added) for increasing its abilities. So, VladBot is a (low cost) transport system for a measurement microphone, which can communicate with the user in a reliable way.

Análisis de metodologías para el ciclo de vida y desarrollo de productos

Las metodologías para el desarrollo de productos se han convertido en herramientas de vital importancia en el ámbito del desarrollo software debido a que su implantación nos permite estructurar, planificar y controlar el proceso de desarrollo completo de un determinado proyecto y obtener como resultado un producto final exitoso. Por tanto, la elección de una metodología para su implantación en una determinada empresa, es un proceso que requiere especial atención, ya que del éxito o el fracaso de su establecimiento dependerán en gran medida los resultados de los diversos procesos de desarrollo de esa entidad. El trabajo de fin de grado extractado en este documento, tiene como objetivo principal realizar un estudio sobre algunas de las diversas metodologías basadas en líneas de productos software (LPS) presentes en el mercado, tales como el modelo TWIN, el modelo WATCH, el modelo ESPLEP o el modelo SEI. Dicho estudio y la posterior comparativa de los modelos, persigue el propósito de adaptar y concretar alguna de estas metodologías al ciclo de vida de desarrollo habitual en el mercado de la ingeniería de software y más concretamente a los productos desarrollados por la empresa everis. Sin embargo, tras la realización de la comparativa, se llego a la conclusión de que las diferentes características que ofrecen las metodologías a estudio, no satisfacen por completo las necesidades específicas demandadas por everis. Por este motivo, al no poder adaptar ninguno de los modelos, el objetivo principal paso a ser la creación de una metodología propia que aunara las características más importantes de cada uno de los modelos estudiados y se compaginara con las particularidades proporcionadas por el modelo COM exclusivo de everis, obteniendo como resultado un modelo propio de desarrollo ágil, basado en líneas de productos software. Por último, una vez creada la nueva metodología, se buscaba alcanzar dos objetivos finales. El primero es la realización de un pequeño estudio con el propósito de conocer las diversas herramientas “open source” que puedan servir como base o apoyo para la metodología. Y el segundo, realizar un estudio de aplicabilidad del nuevo modelo en un proyecto simulado con el fin de comprobar su efectividad.

MultiPARTES: Multicore Virtualization for Mixed-Criticality Systems

Modern embedded applications typically integrate a multitude of functionalities with potentially different criticality levels into a single system. Without appropriate preconditions, the integration of mixed-criticality subsystems can lead to a significant and potentially unacceptable increase of engineering and certification costs. A promising solution is to incorporate mechanisms that establish multiple partitions with strict temporal and spatial separation between the individual partitions. In this approach, subsystems with different levels of criticality can be placed in different partitions and can be verified and validated in isolation. The MultiPARTES FP7 project aims at supporting mixed- criticality integration for embedded systems based on virtualization techniques for heterogeneous multicore processors. A major outcome of the project is the MultiPARTES XtratuM, an open source hypervisor designed as a generic virtualization layer for heterogeneous multicore. MultiPARTES evaluates the developed technology through selected use cases from the offshore wind power, space, visual surveillance, and automotive domains. The impact of MultiPARTES on the targeted domains will be also discussed. In a number of ongoing research initiatives (e.g., RECOMP, ARAMIS, MultiPARTES, CERTAINTY) mixed-criticality integration is considered in multicore processors. Key challenges are the combination of software virtualization and hardware segregation and the extension of partitioning mechanisms to jointly address significant non-functional requirements (e.g., time, energy and power budgets, adaptivity, reliability, safety, security, volume, weight, etc.) along with development and certification methodology.

DCE@urLAB: a dynamic contrast-enhanced MRI pharmacokinetic analysis tool for preclinical data

Background DCE@urLAB is a software application for analysis of dynamic contrast-enhanced magnetic resonance imaging data (DCE-MRI). The tool incorporates a friendly graphical user interface (GUI) to interactively select and analyze a region of interest (ROI) within the image set, taking into account the tissue concentration of the contrast agent (CA) and its effect on pixel intensity. Results Pixel-wise model-based quantitative parameters are estimated by fitting DCE-MRI data to several pharmacokinetic models using the Levenberg-Marquardt algorithm (LMA). DCE@urLAB also includes the semi-quantitative parametric and heuristic analysis approaches commonly used in practice. This software application has been programmed in the Interactive Data Language (IDL) and tested both with publicly available simulated data and preclinical studies from tumor-bearing mouse brains. Conclusions A user-friendly solution for applying pharmacokinetic and non-quantitative analysis DCE-MRI in preclinical studies has been implemented and tested. The proposed tool has been specially designed for easy selection of multi-pixel ROIs. A public release of DCE@urLAB, together with the open source code and sample datasets, is available at http://www.die.upm.es/im/archives/DCEurLAB/ webcite.

Enhancing iDynoMiCS framework with a plasmid conjugation module

Actualmente existen aplicaciones que permiten simular el comportamiento de bacterias en distintos hábitats y los procesos que ocurren en estos para facilitar su estudio y experimentación sin la necesidad de un laboratorio. Una de las aplicaciones de software libre para la simulación de poblaciones bacteriológicas mas usada es iDynoMiCS (individual-based Dynamics of Microbial Communities Simulator), un simulador basado en agentes que permite trabajar con varios modelos computacionales de bacterias en 2D y 3D. Este simulador permite una gran libertad al configurar una numerosa cantidad de variables con respecto al entorno, reacciones químicas y otros detalles importantes. Una característica importante es el poder simular de manera sencilla la conjugación de plásmidos entre bacterias. Los plásmidos son moléculas de ADN diferentes del cromosoma celular, generalmente circularles, que se replican, transcriben y conjugan independientemente del ADN cromosómico. Estas están presentes normalmente en bacterias procariotas, y en algunas ocasiones en eucariotas, sin embargo, en este tipo de células son llamados episomas. Dado el complejo comportamiento de los plásmidos y la gama de posibilidades que estos presentan como mecanismos externos al funcionamiento básico de la célula, en la mayoría de los casos confiriéndole distintas ventajas evolutivas, como por ejemplo: resistencia antibiótica, entre otros, resulta importante su estudio y subsecuente manipulación. Sin embargo, el marco operativo del iDynoMiCS, en cuanto a simulación de plásmidos se refiere, es demasiado sencillo y no permite realizar operaciones más complejas que el análisis de la propagación de un plásmido en la comunidad. El presente trabajo surge para resolver esta deficiencia de iDynomics. Aquí se analizarán, desarrollarán e implementarán las modificaciones necesarias para que iDynomics pueda simular satisfactoriamente y mas apegado a la realidad la conjugación de plásmidos y permita así mismo resolver distintas operaciones lógicas, como lo son los circuitos genéticos, basadas en plásmidos. También se analizarán los resultados obtenidos de acuerdo a distintos estudios relevantes y a la comparación de los resultados obtenidos con el código original de iDynomics. Adicionalmente se analizará un estudio comparando la eficiencia de detección de una sustancia mediante dos circuitos genéticos distintos. Asimismo el presente trabajo puede tener interés para el grupo LIA de la Facultad de Informática de la Universidad Politécnica de Madrid, el cual está participando en el proyecto europeo BACTOCOM que se centra en el estudio de la conjugación de plásmidos y circuitos genéticos. --ABSTRACT--Currently there are applications that simulate the behavior of bacteria in different habitats and the ongoing processes inside them to facilitate their study and experimentation without the need for an actual laboratory. One of the most used open source applications to simulate bacterial populations is iDynoMiCS (individual-based Dynamics of Microbial Communities Simulator), an agent-based simulator that allows working with several computer models of 2D and 3D bacteria in biofilms. This simulator allows great freedom by means of a large number of configurable variables regarding environment, chemical reactions and other important details of the simulation. Within these characteristics there exists a very basic framework to simulate plasmid conjugation. Plasmids are DNA molecules physically different from the cell’s chromosome, commonly found as small circular, double-stranded DNA molecules that are replicated, conjugated and transcribed independently of chromosomal DNA. These bacteria are normally present in prokaryotes and sometimes in eukaryotes, which in this case these cells are called episomes. Plasmids are external mechanisms to the cells basic operations, and as such, in the majority of the cases, confer to the host cell various evolutionary advantages, like antibiotic resistance for example. It is mperative to further study plasmids and the possibilities they present. However, the operational framework of the iDynoMiCS plasmid simulation is too simple, and does not allow more complex operations that the analysis of the spread of a plasmid in the community. This project was conceived to resolve this particular deficiency in iDynomics, moreover, in this paper is discussed, developed and implemented the necessary changes to iDynomics simulation software so it can satisfactorily and realistically simulate plasmid conjugation, and allow the possibility to solve various ogic operations, such as plasmid-based genetic circuits. Moreover the results obtained will be analyzed and compared with other relevant studies and with those obtained with the original iDynomics code. Conjointly, an additional study detailing the sensing of a substance with two different genetic circuits will be presented. This work may also be relevant to the LIA group of the Faculty of Informatics of the Polytechnic University of Madrid, which is participating in the European project BACTOCOM that focuses on the study of the of plasmid conjugation and genetic circuits.

Adapting mode switches into the hierarchical scheduling

Mode switches are used to partition the system’s behavior into different modes to reduce the complexity of large embedded systems. Such systems operate in multiple modes in which each one corresponds to a specific application scenario; these are called Multi-Mode Systems (MMS). A different piece of software is normally executed for each mode. At any given time, the system can be in one of the predefined modes and then be switched to another as a result of a certain condition. A mode switch mechanism (or mode change protocol) is used to shift the system from one mode to another at run-time. In this thesis we have used a hierarchical scheduling framework to implement a multi-mode system called Multi-Mode Hierarchical Scheduling Framework (MMHSF). A two-level Hierarchical Scheduling Framework (HSF) has already been implemented in an open source real-time operating system, FreeRTOS, to support temporal isolation among real-time components. The main contribution of this thesis is the extension of the HSF featuring a multimode feature with an emphasis on making minimal changes in the underlying operating system (FreeRTOS) and its HSF implementation. Our implementation uses fixed-priority preemptive scheduling at both local and global scheduling levels and idling periodic servers. It also now supports different modes of the system which can be switched at run-time. Each subsystem and task exhibit different timing attributes according to mode, and upon a Mode Change Request (MCR) the task-set and timing interfaces of the entire system (including subsystems and tasks) undergo a change. A Mode Change Protocol specifies precisely how the system-mode will be changed. However, an application may not only need to change a mode but also a different mode change protocol semantic. For example, the mode change from normal to shutdown can allow all the tasks to be completed before the mode itself is changed, while changing a mode from normal to emergency may require aborting all tasks instantly. In our work, both the system mode and the mode change protocol can be changed at run-time. We have implemented three different mode change protocols to switch from one mode to another: the Suspend/resume protocol, the Abort protocol, and the Complete protocol. These protocols increase the flexibility of the system, allowing users to select the way they want to switch to a new mode. The implementation of MMHSF is tested and evaluated on an AVR-based 32 bit board EVK1100 with an AVR32UC3A0512 micro-controller. We have tested the behavior of each system mode and for each mode change protocol. We also provide the results for the performance measures of all mode change protocols in the thesis. RESUMEN Los conmutadores de modo son usados para particionar el comportamiento del sistema en diferentes modos, reduciendo así la complejidad de grandes sistemas empotrados. Estos sistemas tienen multiples modos de operación, cada uno de ellos correspondiente a distintos escenarios y para distintas aplicaciones; son llamados Sistemas Multimodales (o en inglés “Multi-Mode Systems” o MMS). Normalmente cada modo ejecuta una parte de código distinto. En un momento dado el sistema, que está en un modo concreto, puede ser cambiado a otro modo distinto como resultado de alguna condicion impuesta previamente. Los mecanismos de cambio de modo (o protocolos de cambio de modo) son usados para mover el sistema de un modo a otro durante el tiempo de ejecución. En este trabajo se ha usado un modelo de sistema operativo para implementar un sistema multimodo llamado MMHSF, siglas en inglés correspondientes a (Multi-Mode Hierarchical Scheduling Framework). Este sistema está basado en el HSF (Hierarchical Scheduling Framework), un modelo de sistema operativo con jerarquía de dos niveles, implementado en un sistema operativo en tiempo real de libre distribución llamado FreeRTOS, capaz de permitir el aislamiento temporal entre componentes. La principal contribución de este trabajo es la ampliación del HSF convirtiendolo en un sistema multimodo realizando los cambios mínimos necesarios sobre el sistema operativo FreeRTOS y la implementación ya existente del HSF. Esta implementación usa un sistema de planificación de prioridad fija para ambos niveles de jerarquía, ocupando el tiempo entre tareas con un “modo reposo”. Además el sistema es capaz de cambiar de un modo a otro en tiempo de ejecución. Cada subsistema y tarea son capaces de tener distintos atributos de tiempo (prioridad, periodo y tiempo de ejecución) en función del modo. Bajo una demanda de cambio de modo (Mode Change Request MCR) se puede variar el set de tareas en ejecución, así como los atributos de los servidores y las tareas. Un protocolo de cambio de modo espeficica precisamente cómo será cambiado el sistema de un modo a otro. Sin embargo una aplicación puede requerir no solo un cambio de modo, sino que lo haga de una forma especifica. Por ejemplo, el cambio de modo de “normal” a “apagado” puede permitir a las tareas en ejecución ser finalizadas antes de que se complete la transición, pero sin embargo el cambio de “normal” a “emergencia” puede requerir abortar todas las tareas instantaneamente. En este trabajo ambas características, tanto el modo como el protocolo de cambio, pueden ser cambiadas en tiempo de ejecución, pero deben ser previamente definidas por el desarrollador. Han sido definidos tres protocolos de cambios: el protocolo “suspender/continuar”, protocolo “abortar” y el protocolo “completar”. Estos protocolos incrementan la flexibilidad del sistema, permitiendo al usuario seleccionar de que forma quieren cambiar hacia el nuevo modo. La implementación del MMHSF ha sido testada y evaluada en una placa AVR EVK1100, con un micro-controlador AVR32UC3A0. Se ha comprobado el comportamiento de los distintos modos para los distintos protocolos, definidos previamente. Como resultado se proporcionan las medidades de rendimiento de los distintos protocolos de cambio de modo.