Analysis of the suitability of existing medical ontologies for building a scalable semantic interoperability solution supporting multi-site collaboration in oncology

Semantic interoperability is essential to facilitate efficient collaboration in heterogeneous multi-site healthcare environments. The deployment of a semantic interoperability solution has the potential to enable a wide range of informatics supported applications in clinical care and research both within as ingle healthcare organization and in a network of organizations. At the same time, building and deploying a semantic interoperability solution may require significant effort to carryout data transformation and to harmonize the semantics of the information in the different systems. Our approach to semantic interoperability leverages existing healthcare standards and ontologies, focusing first on specific clinical domains and key applications, and gradually expanding the solution when needed. An important objective of this work is to create a semantic link between clinical research and care environments to enable applications such as streamlining the execution of multi-centric clinical trials, including the identification of eligible patients for the trials. This paper presents an analysis of the suitability of several widely-used medical ontologies in the clinical domain: SNOMED-CT, LOINC, MedDRA, to capture the semantics of the clinical trial eligibility criteria, of the clinical trial data (e.g., Clinical Report Forms), and of the corresponding patient record data that would enable the automatic identification of eligible patients. Next to the coverage provided by the ontologies we evaluate and compare the sizes of the sets of relevant concepts and their relative frequency to estimate the cost of data transformation, of building the necessary semantic mappings, and of extending the solution to new domains. This analysis shows that our approach is both feasible and scalable.

Diseño y evaluación de un procedimiento on-line para la biorremediación de aguas radiactivas en centrales nucleares

Recientemente se ha demostrado la existencia de microorganismos en las piscinas de almacenamiento de combustible nuclear gastado en las centrales nucleares utilizando técnicas convencionales de cultivo en el laboratorio. Estudios posteriores han puesto de manifiesto que los microorganismos presentes eran capaces de colonizar las paredes de acero inoxidable de las piscinas formando biopelículas. Adicionalmente se ha observado la capacidad de estas biopelículas de retener radionúclidos, lo que hace pensar en la posibilidad de utilizarlas en la descontaminación de las aguas radiactivas de las piscinas. En la presente tesis se plantea conocer más profundamente la biodiversidad microbiana de las biopelículas utilizando técnicas de biología molecular como la clonación, además de desarrollar un sistema de descontaminación a escala piloto con el objetivo de valorar si el proceso podría resultar escalable a nivel industrial. Para ello se diseñaron y fabricaron dos biorreactores en acero inoxidable compatibles con las condiciones específicas de seguridad sísmica y protección frente a la radiación en la zona controlada de una central nuclear. Los biorreactores se instalaron en la Central Nuclear de Cofrentes (Valencia) en las proximidades de las piscinas de almacenamiento de combustible nuclear gastado y precediendo a las resinas de intercambio iónico, de forma que reciben el agua de las piscinas permitiendo el análisis in situ de la radiación eliminada del agua de las mismas. Se conectó una lámpara de luz ultravioleta a uno de los biorreactores para poder comparar el desarrollo de bipelículas y la retención de radiactividad en ambas condiciones. En estos biorreactores se introdujeron ovillos de acero inoxidable y de titanio que se extrajeron a diversos tiempos, hasta 635 días para los ovillos de acero inoxidable y hasta 309 días para los ovillos de titanio. Se analizaron las biopelículas desarrolladas sobre los ovillos por microscopía electrónica de barrido y por microscopía de epifluorescencia. Se extrajo el ADN de las biopelículas y, tras su clonación, se identificaron los microorganismos por técnicas independientes de cultivo. Asimismo se determinó por espectrometría gamma la capacidad de las biopelículas para retener radionúclidos. Los microorganismos radiorresistentes identificados pertenecen a los grupos filogenéticos Alpha-proteobacteria, Gamma-proteobacteria, Actinobacteria, Deinococcus-Thermus y Bacteroidetes. Las secuencias de estos microorganismos se han depositado en el GenBank con los números de acceso KR817260-KR817405. Se ha observado una distribución porcentual ligeramente diferente en relación con el tipo de biorreactor. Las biopelículas han retenido fundamentalmente radionúclidos de activación. La suma de Co-60 y Mn-54 ha llegado en ocasiones al 97%. Otros radionúclidos retenidos han sido Cr-51, Co-58, Fe-59, Zn-65 y Zr-95. Se sugiere un mecanismo del proceso de retención de radionúclidos relacionado con el tiempo de formación y desaparición de las biopelículas. Se ha valorado que el proceso escalable puede ser económicamente rentable. ABSTRACT The existence of microorganisms in spent nuclear fuel pools has been demonstrated recently in nuclear power plants by using conventional microbial techniques. Subsequent studies have revealed that those microorganisms were able to colonize the stainless steel pool walls forming biofilms. Additionally, it has been observed the ability of these biofilms to retain radionuclides, which suggests the possibility of using them for radioactive water decontamination purposes. This thesis presents deeper knowledge of microbial biofilms biodiversity by using molecular biology techniques such as cloning, and develops a decontamination system on a pilot scale, in order to assess whether the process could be scalable to an industrial level. Aiming to demonstrate this was feasible, two stainless steel bioreactors were designed and manufactured, both were compatible with seismic and radiation protection standards in the controlled zone of a nuclear plant. These bioreactors were installed in the Cofrentes Nuclear Power Plant (Valencia) next to the spent nuclear fuel pools and preceding (upstream) ion exchange resins. This configuration allowed the bioreactors to receive water directly from the pools allowing in situ analysis of radiation removal. One ultraviolet lamp was connected to one of the bioreactors to compare biofilms development and radioactivity retention in both conditions. Stainless steel and titanium balls were introduced into these bioreactors and were removed after different time periods, up to 635 days for stainless steel balls and up to 309 days for titanium. Biofilms developed on the balls were analyzed by scanning electron microscopy and epifluorescence microscopy. DNA was extracted from the biofilms, was cloned and then the microorganisms were identified by independent culture techniques. Biofilms ability to retain radionuclides was also determined by gamma spectrometry. The identified radioresistant organisms belong to the phylogenetic groups Alphaproteobacteria, Gamma-proteobacteria, Actinobacteria, Deinococcus-Thermus and Bacteroidetes. The sequences of these microorganisms have been deposited in GenBank (access numbers KR817260-KR817405). A different distribution of microorganisms was observed in relation to the type of bioreactor. Biofilms have essentially retained activation radionuclides. Sometimes the sum of Co-60 and Mn-54 reached 97%. Cr-51, Co-58, Fe-59, Zn-65 and Zr-95 have also been retained. A radionuclide retention process mechanism related to biofilms formation and disappearance time is suggested. It has been assessed that the scalable process can be economically profitable.

La implementación arquitectónica de los acristalamientos activos con agua circulante, y su contribución en edificios de consumo de energía casi nulo

La presente Tesis Doctoral evalúa la contribución de una fachada activa, constituida por acristalamientos con circulación de agua, en el rendimiento energético del edificio. Con especial énfasis en la baja afección sobre su imagen, su integración ha de favorecer la calificación del edificio con el futuro estándar de Edificio de consumo de Energía Casi Nulo (EECN). El propósito consiste en cuantificar su aportación a limitar la demanda de climatización, como solución de fachada transparente acorde a las normas de la energía del 2020. En el primer capítulo se introduce el planteamiento del problema. En el segundo capítulo se desarrollan la hipótesis y el objetivo fundamental de la investigación. Para tal fin, en el tercer capítulo, se revisa el estado del arte de la tecnología y de la investigación científica, mediante el análisis de la literatura de referencia. Se comparan patentes, prototipos, sistemas comerciales asimilables, investigaciones en curso en Universidades, y proyectos de investigación y desarrollo, sobre envolventes que incorporan acristalamientos con circulación de agua. El método experimental, expuesto en el cuarto capítulo, acomete el diseño, la fabricación y la monitorización de un prototipo expuesto, durante ciclos de ensayos, a las condiciones climáticas de Madrid. Esta fase ha permitido adquirir información precisa sobre el rendimiento del acristalamiento en cada orientación de incidencia solar, en las distintas estaciones del año. En paralelo, se aborda el desarrollo de modelos teóricos que, mediante su asimilación a soluciones multicapa caracterizadas en las herramientas de simulación EnergyPlus y IDA-ICE (IDA Indoor Climate and Energy), reproducen el efecto experimental. En el quinto capítulo se discuten los resultados experimentales y teóricos, y se analiza la respuesta del acristalamiento asociado a un determinado volumen y temperatura del agua. Se calcula la eficiencia en la captación de la radiación y, mediante la comparativa con un acristalamiento convencional, se determina la reducción de las ganancias solares y las pérdidas de energía. Se comparan el rendimiento del acristalamiento, obtenido experimentalmente, con el ofrecido por paneles solares fototérmicos disponibles en el mercado. Mediante la traslación de los resultados experimentales a casos de células de tamaño habitable, se cuantifica la afección del acristalamiento sobre el consumo en refrigeración y calefacción. Diferenciando cada caso por su composición constructiva y orientación, se extraen conclusiones sobre la reducción del gasto en climatización, en condiciones de bienestar. Posteriormente, se evalúa el ahorro de su incorporación en un recinto existente, de construcción ligera, localizado en la Escuela de Arquitectura de la Universidad Politécnica de Madrid (UPM). Mediante el planteamiento de escenarios de rehabilitación energética, se estima su compatibilidad con un sistema de climatización mediante bomba de calor y extracción geotérmica. Se describe el funcionamiento del sistema, desde la perspectiva de la operación conjunta de los acristalamientos activos e intercambio geotérmico, en nuestro clima. Mediante la parametrización de sus funciones, se estima el beneficio adicional de su integración, a partir de la mejora del rendimiento de la bomba de calor COP (Coefficient of Performance) en calefacción, y de la eficiencia EER (Energy Efficiency Ratio) en refrigeración. En el recinto de la ETSAM, se ha analizado la contribución de la fachada activa en su calificación como Edificio de Energía Casi Nula, y estudiado la rentabilidad económica del sistema. En el sexto capítulo se exponen las conclusiones de la investigación. A la fecha, el sistema supone alta inversión inicial, no obstante, genera elevada eficiencia con bajo impacto arquitectónico, reduciéndose los costes operativos, y el dimensionado de los sistemas de producción, de mayor afección sobre el edificio. Mediante la envolvente activa con suministro geotérmico no se condena la superficie de cubierta, no se ocupa volumen útil por la presencia de equipos emisores, y no se reduce la superficie o altura útil a base de reforzar los aislamientos. Tras su discusión, se considera una alternativa de valor en procesos de diseño y construcción de Edificios de Energía Casi Nulo. Se proponen líneas de futuras investigación cuyo propósito sea el conocimiento de la tecnología de los acristalamientos activos. En el último capítulo se presentan las actividades de difusión de la investigación. Adicionalmente se ha proporcionado una mejora tecnológica a las fachadas activas existentes, que ha derivado en la solicitud de una patente, actualmente en tramitación. ABSTRACT This Thesis evaluates the contribution of an active water flow glazing façade on the energy performance of buildings. Special emphasis is made on the low visual impact on its image, and the active glazing implementation has to encourage the qualification of the building with the future standard of Nearly Zero Energy Building (nZEB). The purpose is to quantify the façade system contribution to limit air conditioning demand, resulting in a transparent façade solution according to the 2020 energy legislation. An initial approach to the problem is presented in first chapter. The second chapter develops the hypothesis and the main objective of the research. To achieve this purpose, the third chapter reviews the state of the art of the technology and scientific research, through the analysis of reference literature. Patents, prototypes, assimilable commercial systems, ongoing research in other universities, and finally research and development projects incorporating active fluid flow glazing are compared. The experimental method, presented in fourth chapter, undertakes the design, manufacture and monitoring of a water flow glazing prototype exposed during test cycles to weather conditions in Madrid. This phase allowed the acquisition of accurate information on the performance of water flow glazing on each orientation of solar incidence, during different seasons. In parallel, the development of theoretical models is addressed which, through the assimilation to multilayer solutions characterized in the simulation tools EnergyPlus and IDA-Indoor Climate and Energy, reproduce the experimental effect. Fifth chapter discusses experimental and theoretical results focused to the analysis of the active glazing behavior, associated with a specific volume and water flow temperature. The efficiency on harvesting incident solar radiation is calculated, and, by comparison with a conventional glazing, the reduction of solar gains and energy losses are determined. The experimental performance of fluid flow glazing against the one offered by photothermal solar panels available on the market are compared. By translating the experimental and theoretical results to cases of full-size cells, the reduction in cooling and heating consumption achieved by active fluid glazing is quantified. The reduction of energy costs to achieve comfort conditions is calculated, differentiating each case by its whole construction composition and orientation. Subsequently, the saving of the implementation of the system on an existing lightweight construction enclosure, located in the School of Architecture at the Polytechnic University of Madrid (UPM), is then calculated. The compatibility between the active fluid flow glazing and a heat pump with geothermal heat supply system is estimated through the approach of different energy renovation scenarios. The overall system operation is described, from the perspective of active glazing and geothermal heat exchange combined operation, in our climate. By parameterization of its functions, the added benefit of its integration it is discussed, particularly from the improvement of the heat pump performance COP (Coefficient of Performance) in heating and efficiency EER (Energy Efficiency Ratio) in cooling. In the case study of the enclosure in the School of Architecture, the contribution of the active glazing façade in qualifying the enclosure as nearly Zero Energy Building has been analyzed, and the feasibility and profitability of the system are studied. The sixth chapter sets the conclusions of the investigation. To date, the system may require high initial investment; however, high efficiency with low architectural impact is generated. Operational costs are highly reduced as well as the size and complexity of the energy production systems, which normally have huge visual impact on buildings. By the active façade with geothermal supply, the deck area it is not condemned. Useful volume is not consumed by the presence of air-conditioning equipment. Useful surface and room height are not reduced by insulation reinforcement. After discussion, water flow glazing is considered a potential value alternative in nZEB design and construction processes. Finally, this chapter proposes future research lines aiming to increase the knowledge of active water flow glazing technology. The last chapter presents research dissemination activities. Additionally, a technological improvement to existing active facades has been developed, which has resulted in a patent application, currently in handling process.

Espacios máximos con recursos mínimos : edificio Central Lechera CLESA, Alejandro de la Sota

La tesis aborda el estudio de la Central lechera CLESA, uno de los edificios industriales de Alejandro de la Sota más significativos de la década de los años cincuenta en España. Las centrales lecheras fueron abordadas por Sota en distintas ocasiones entre 1955 y 1969, siendo CLESA la única de todas ellas que llega a construirse. Se trata de uno de los exponentes más brillantes de la arquitectura moderna industrial española de la posguerra, incluido en "La arquitectura de la industria, REGISTRO DOCOMOMO IBÉRICO”1 entre la veintena de edificios seleccionados de la arquitectura madrileña de este periodo. Plantea una solución singular para alcanzar la diafanidad exigida en la implantación del proceso de producción. La estructura de las naves se realiza con hormigón pretensado, siendo uno de los pioneros en la utilización de esta técnica. La hipótesis de partida considera la realidad del proyecto construido como respuesta desde la arquitectura a un programa industrial resuelto con sencillez, que partiendo de una economía de recursos que le es inherente, consigue desde la coherencia del planteamiento, soluciones donde la complejidad espacial constituye una respuesta eficaz y del máximo interés. Los objetivos de esta tesis son contribuir a un conocimiento riguroso del edificio, que permita descubrir la particularidad de su entramado espacial y el interés de las soluciones adoptadas en su configuración final, en aras de contrastar su calidad arquitectónica. El edificio de la Central Lechera CLESA, si bien es un edificio muy conocido, lo es de una manera superficial. Aparece en numerosas publicaciones, en muchas ocasiones formando parte de un relato extenso de la obra de su autor. El libro monográfico publicado en 2007 por la Fundación Alejandro de la Sota, cuya edición está a cargo de Teresa Couceiro, es la única publicación específica sobre él. Tras una breve introducción, en la que se destaca la intensa dedicación de Sota a esta obra, reúne una colección de planos, fotografías y croquis, junto a la memoria del proyecto. Ofrece una visión fragmentada, que permite vislumbrar el interés de esta obra, pero no facilita comprenderla en su integridad. Es importante destacar la publicación de CLESA en el libro editado por Pronaos (1989), que incluye una selección, realizada por el autor, de plantas, alzados y secciones que corresponden al proyecto construido junto a fotografías de la obra terminada, además de un breve texto tan conciso como esclarecedor. Sobre Alejandro de la Sota se han escrito, tesis doctorales, numerosos artículos, varios libros así como realizado exposiciones que recogen su obra global, reflejados en este documento en las consiguientes bibliografías específicas. Cabe destacar la exposición realizada en la sede del COAM en 2014, con ocasión de su centenario, que el edificio CLESA protagoniza en cierto modo, por su riesgo de desaparición.2 La tesis se estructura en cuatro capítulos: descripción, análisis, síntesis y conclusiones. El primer capítulo contempla la descripción del edificio objeto de la tesis, con una introducción que nos sitúa en el contexto histórico, económico, cultural y social en el que se desarrolla el encargo, proyecto y obra de la central lechera. La descripción propiamente dicha del conjunto industrial, partiendo del encargo de la central lechera al autor del proyecto, pasando por el anteproyecto, el proyecto visado y llegando a la obra realizada. Se compara el proyecto visado, la obra terminada y la CLESA publicada, así como el devenir del edificio. La segunda parte corresponde al análisis, en primer lugar desde el programa como planteamiento general, estudiando las circulaciones, relaciones espaciales, geométricas, esqueléticas, geográficas -parte a parte- que integran el conjunto de la central. La estructura, introducción explicativa de las soluciones adoptadas por Alejandro de la Sota; análisis del sistema esquelético del edificio por partes, operaciones geométricas y espaciales. Construcción, análisis de la materialización de la obra, sistemas constructivos empleados en cerramientos, cubiertas, lucernarios; de lo general a lo particular, estudiando los sistemas. Finalmente a través de la pequeña escala se compendian elementos singulares que forman parte de sistemas complejos, como las múltiples escaleras, barandillas, carpinterías, miradores. Se recapitula en una síntesis que configura un todo con la suma de las partes, mediante la utilización de recursos de enlace de esa arquitectura aditiva, como es el módulo, los recorridos y los enlaces visuales. El capítulo final de Conclusiones contrasta la hipótesis de partida de la tesis en cuanto a una arquitectura de espacios máximos con recursos mínimos. Recoge también diversas reflexiones como la dialéctica entre el espacio fragmentado y el espacio único; crecimiento expansivo o inclusivo; imagen singular y representación; escala doméstica y escala industrial; renuncias estructurales o limitaciones de medios. Quizás, el mayor interés de esta tesis reside los dibujos realizados en axonométrica del complejo CLESA, que han permitido restituir y reconstruir idealmente la fábrica al inicio de su actividad. Teniendo en cuenta su posible desaparición total o parcial, esta restitución cobra relevancia como testimonio de lo que fue. ABSTRACT The thesis deals with the study of CLESA's Dairy Plant, one of the most significant industrial buildings of the Decade of the fifties in Spain, by Alejandro de la Sota. The Dairies were addressed by Sota at various occasions between 1955 and 1969, being the CLESA plant the only one that is has been built. This is one of the most brilliant exponents of Spanish industrial post-war modern architecture, included in "The architecture industry, IBERIAN DOCOMOMO RECORD"3 between the score of selected buildings of Madrid architecture of this period. It poses a singular solution to achieve the openness of the space required in the implementation of the manufacturing process. The structure of the nave is done with prestressed concrete, being one of the pioneers in the use of this technique. The initial hypothesis considers the reality of the project built from the architecture in response to an industrial program solved with simplicity, that from a resource economy that is inherent, gets from the consistency of the approach, solutions where the space complexity is an effective response of great interest. The objectives of this thesis are to contribute to a rigorous knowledge of the building, which allows to discover the particularity of its space lattice and the interest of the solutions adopted in its final configuration, in order to contrast its architectural quality. The building of the Central Lechera CLESA, despite it is a well known building, is in a superficial way. It appears in several publications, often as part of an extensive account of the work of its author. The monograph published in 2007 by the Foundation Alejandro de la Sota, whose edition is run by Teresa Couceiro, is the only specific publication about it. After a brief introduction, in which Sota's intense dedication to this work stands out, it brings together a collection of drawings, photographs and sketches, along with the project report. It offers a fragmented view, which enable to glimpse the interest of this work, but not helps to understand it in full. It is important to highlight the publication of CLESA in the book edited by Pronaos (1989), which includes a selection made by the author of plants, elevations and sections corresponding to the project built, next to photographs of the finished construction, in addition to a brief text as concise as enlightening. About Alejandro de la Sota have been written doctoral thesis, numerous articles, several books as well as held exhibitions collecting his global work, which have been reflected in this document in the resulting specific bibliographies. It should be noted the exhibition in COAM headquarters in 2014, on the occasion of its Centennial, where the building CLESA has a leading role, in a certain way, because of its risk of disappearance.4 The thesis is structured in four chapters: description, analysis, synthesis, and conclusions. The first chapter provides the description of the building object of this thesis. Includes an introduction that puts us in the historic, economic, cultural and social context in which it is developed the commission, the project and construction of the dairy building. The description itself of the industrial complex, starts with the order of the dairy to the author of the project, moves through the draft, the visa project and reaches the completion of the work. The visa project, CLESA's finished and published work, as well as the future of the building is compared. The second part corresponds to the analysis, first from the program as a general approach, studying the circulations, geometric, spatial, skeletal, geographical relations - bit by bit - comprising the manufacturing plant ("la central"). The structure, explanatory introduction of the solutions adopted by Alejandro de la Sota; analysis of the skeletal system of the building by parts, geometric and spatial operations. Construction, analysis of the realization of the work, constructive systems used in the building enclosures, roofs, skylights; from the general to the particular and studying the systems. Finally through small scale unique elements that are part of complex systems, such as multiple stairs, railings, carpentry, viewpoints are summarized. It is recapitulated in a synthesis which forms a whole with the sum of the parts, using linking resources that belongs to the additive architecture, such as the module, tours and visual links The final chapter of Conclusions contrast the hypothesis of the thesis regarding the maximum space architecture with minimal resources. It also includes various reflections as the dialectic between the fragmented space and the single space; expansive or inclusive growth; unique image and representation; domestic and industrial scale; structural abandonment or limitation of means. Perhaps the greatest interest of this thesis lies in the axonometric drawings made of the CLESA complex, which ideally have allowed to restore and rebuild the factory back to the beginning of its activity. Considering its potential full or partial disappearance, such recovery becomes relevant as a testimonial evidence of what it was.