Image processing methods for human brain connectivity analysis from in-vivo diffusion MRI

The structural connectivity of the brain is considered to encode species-wise and subject-wise patterns that will unlock large areas of understanding of the human brain. Currently, diffusion MRI of the living brain enables to map the microstructure of tissue, allowing to track the pathways of fiber bundles connecting the cortical regions across the brain. These bundles are summarized in a network representation called connectome that is analyzed using graph theory. The extraction of the connectome from diffusion MRI requires a large processing flow including image enhancement, reconstruction, segmentation, registration, diffusion tracking, etc. Although a concerted effort has been devoted to the definition of standard pipelines for the connectome extraction, it is still crucial to define quality assessment protocols of these workflows. The definition of quality control protocols is hindered by the complexity of the pipelines under test and the absolute lack of gold-standards for diffusion MRI data. Here we characterize the impact on structural connectivity workflows of the geometrical deformation typically shown by diffusion MRI data due to the inhomogeneity of magnetic susceptibility across the imaged object. We propose an evaluation framework to compare the existing methodologies to correct for these artifacts including whole-brain realistic phantoms. Additionally, we design and implement an image segmentation and registration method to avoid performing the correction task and to enable processing in the native space of diffusion data. We release PySDCev, an evaluation framework for the quality control of connectivity pipelines, specialized in the study of susceptibility-derived distortions. In this context, we propose Diffantom, a whole-brain phantom that provides a solution to the lack of gold-standard data. The three correction methodologies under comparison performed reasonably, and it is difficult to determine which method is more advisable. We demonstrate that susceptibility-derived correction is necessary to increase the sensitivity of connectivity pipelines, at the cost of specificity. Finally, with the registration and segmentation tool called regseg we demonstrate how the problem of susceptibility-derived distortion can be overcome allowing data to be used in their original coordinates. This is crucial to increase the sensitivity of the whole pipeline without any loss in specificity.

Control con reflexión de fuerzas de un brazo robótico instalado en una base móvil para tareas de telemanipulación

La creación de un sistema teleoperado robótico es un gran reto y en esta memoria se ha querido dejar muestra de ello. La robótica es un campo de aplicación de la ingeniería multidisciplinar que requiere conocimientos mecánicos, de control, de electrónica, de programación...esto implica que cualquier proyecto que se desarrolle en este ámbito requerirá de un arduo trabajo por parte del ingeniero de que lo lleve a cabo. En cuanto al proyecto desarrollado, se han podido implementar varias técnicas de control remoto estudiadas durante el máster, aunque el resultado obtenido no ha podido ser más completo por problemas con el soporte técnico de la empresa proveedora del robot. La mejor opción para poder haber hecho un control fuerza posición que de verdad reflejase las fuerzas y pares experimentados en el entorno habría sido poder usar el sensor que Schunk le vendió al grupo. Sin embargo el sensor no funcionaba y el servicio técnico tras dos preguntas se desentendió del problema obligándonos a decantarnos por la opción de la estimación de fuerzas por medio de la matriz jacobiana. Otro inconveniente experimentado durante la estancia fue la rotura de uno de los encoders del cardán del Phantom, lo que nos producía errores en la lectura de los datos de orientación. Se sufrieron bastantes problemas por culpa de las lecturas erróneas con valores erráticos en los sensores de orientación del stylus. Pero a pesar de todos los inconvenientes encontrados se consiguió crear un sistema de teleoperación bastante competente que agradó en buena medida a los jefes de la sección por sus cualidades y sus perspectivas de futuro. En nuestra experimentación, el problema común de la operación remota, como es el retraso en las comunicaciones no lo experimentamos por la magnífica red de comunicaciones. Cierto es que no se pudieron llevar a cabo pruebas con el módulo 4G dentro del túnel cuando las latencias de respuesta eran especialmente altas. Aun así, en zonas de buena cobertura la latencia en las comunicaciones no suponía a priori un problema para el control del robot. Será obligación de los futuros desarrollos evaluar hasta el último detalle la problemática que el retraso en las comunicaciones en ciertas zonas del túnel puede acarrear en el sistema. El trabajo desarrollado para este proyecto es únicamente una avanzadilla de lo que puede ser implementado para los sistemas de teleoperación del CERN. Este trabajo fin de máster ha iniciado una hoja de ruta de diseños dentro del grupo EN-STI-ECE, mostrando de qué son capaces nuevas tecnologías como ROS y su ecosistema.