El injerto en pepino corto tipo español (Cucumis sativus L.) recomencaciones para su empleo en la zona central española

El injerto en hortalizas es uno de los temas de más actualidad en el panorama hortícola, no solo español, sino occidental, y recalcamos occidental, pues en muchos países que no corresponden a ese ámbito, sobre todo asiáticos: Japón, Corea, China, Filipinas, etc., esta es una técnica que cuenta con una gran difusión desde hace décadas, siendo, por ejemplo en Japón, la mayoría de sus cultivos de cucurbitáceas y solanáceas realizados con planta injertada. A finales de los noventa quedó claro que el empleo de bromuro de metilo tenía una fecha de caducidad y que las zonas que tenían una fuerte dependencia de este desinfectante de suelo debían de buscar alternativas a un plazo lo más corto posible, con un punto añadido sobre etapas anteriores, debían ser alternativas lo más respetuosas posible con el medio ambiente y que no incrementaran, de forma importante, los costes de producción. En la zona centro y concretamente en los invernaderos de la Comunidad de Madrid y zonas cercanas de Toledo y Guadalajara el pepino era y es el cultivo predominante, los horticultores empleaban el bromuro de metilo de forma sistemática para desinfectar sus suelos y la desaparición de este producto les planteaba una gran incertidumbre, lo que llevó a que desde diferentes instancias se buscaran diferentes alternativas. Tras analizar las posibilidades que se podían implementar y conocido el buen resultado que había dado el injerto en sandía en Almería, se decidió acometer los trabajos que conforman esta Tesis Doctoral, planteando en la zona, diferentes ensayos con la idea de conocer, si el injerto en pepino, con los cultivares empleados habitualmente, podía ser una alternativa real para los horticultores, tanto de Madrid, como los de las zonas cercanas de Toledo y Guadalajara. Se pretendía conocer sobre todo las repercusiones agronómicas y si esta técnica podría emplearse en solitario o era necesario complementarla con otras alternativas: desinfectantes químicos, solarización, biofumigación e incluso desinfección con vapor de agua. Los ensayos fueron realizados de forma secuencial entre el año 1999 y el 2011, comprobándose en primer lugar que el empleo de portainjertos híbridos de calabaza era posible con los cultivares de pepino corto tipo español, mayoritariamente empleados en los últimos años del siglo XX y primeros del XXI, fundamentalmente: Serena. Tras los primeros ensayos, Shintoza parecía el portainjerto híbrido de calabaza (Cucurbita maxima x C. moschata) con mejores perspectivas de empleo, pues presentaba la ventaja adicional de ser bien conocido por los semilleros que producen planta injertada al ser, en esos momentos, el portainjerto más empleado en sandía, lo que garantizaba por su lado, su empleo en pepino, y que los horticultores pudiesen disponer de planta injertada. Más adelante los trabajos se encaminaron hacia la determinación de la densidad y tipo de poda más adecuado para la planta injertada, realizándose múltiples ensayos en esta dirección, que culminaron con la conclusión de que el extravigor que los portainjertos conferían a las plantas permitía conducir estas a dos o más brazos (se suelen emplear dos, por mejor adaptación a los trabajos de manejo de la planta por parte de los agricultores), con lo que se podría disminuir la densidad de planta y por tanto ahorrar en este capítulo, cosa que preocupaba y preocupa a los agricultores. Se llegó a determinar que es posible reducir la densidad de plantación en alrededor de un 25%, estando la densidad de brazos más adecuada entre 3 y 3.5 br•m-2. Tras las primeras decisiones tomadas sobre el portainjerto y la densidad más adecuada, se continuó con el estudio de adaptación de estas propuestas a los nuevos cultivares que las empresas de semillas iban proponiendo y los agricultores adoptando. Estas acciones se complementaron con la introducción de nuevos portainjertos susceptibles de sustituir a Shintoza o rotar con él para cambiar de sistema radicular, lo que es conveniente cuando se emplean, como es el caso, portainjertos que no son resistentes a nematodos, principalmente de la especie Meloidogyne incognita, el mayor problema en la zona, debido al suelo. Cultivares como Trópico, en un primer momento, y Urano y Motril más recientemente, se adaptaron muy bien a esta técnica. Entre los portainjertos que mostraron buena adaptación a la técnica de injerto y suficientemente buena compatibilidad con la mayoría de los cultivares ensayados destacan: RS-841, Strongtosa y Camel. Azman también mostró un comportamiento relevante, pero este portainjerto no podrá ser empleado, al ser recientemente retirado del mercado por la empresa que lo obtuvo y comercializó Aunque no era el objetivo principal de esta Tesis Doctoral, se ha comprobado que puede ser interesante combinar el empleo del injerto con otras técnicas alternativas al bromuro de metilo para superar los problemas debidos a enfermedades del suelo o nematodos, pero debe seguirse trabajando pues este es un tema en continua evolución, tanto si se trata de desinfectantes, a la mayoría de los cuales les está siendo retirado el permiso para su comercialización, como de otros métodos como la biofumigación o el empleo de vapor de agua. Queda muy claro que el injerto puede considerarse entre los métodos respetuosos con el medio ambiente, si no el que más, en lo que alternativas al bromuro de metilo se refiere. También en otro momento, se comprobó que con plantas injertadas es posible reducir el aporte de nutrientes, sobre todo nitrógeno, lo que además de un ahorro supone una mejora más desde el punto de vista medioambiental. En definitiva, queda demostrado que es factible el empleo del injerto en pepino corto tipo español, que las selecciones de los híbridos entre Cucurbita maxima y C. moschata que habitualmente se están empleando en sandía son también de aplicación en estos pepinos y que su empleo puede llevarnos a producciones suficientemente remuneradoras, alargándose en muchos casos el ciclo y no modificando, de forma apreciable, la calidad. Queda también demostrado que aunque los portainjertos no sean resistentes a nematodos, su extravigor les hace desarrollarse, desde el punto de vista productivo, suficientemente, llegando por tanto, a “convivir” con ese problema. Al no ser resistentes los portainjertos, y permanecer e incluso agravarse el problema de nematodos es conveniente poder contar con diferentes portainjertos que nos permitan rotar entre ellos y utilizar diferentes sistemas radiculares que harán menos fácil el parasitismo de los nematodos, como recomiendan los nematólogos que se haga. ABSTRACT Vegetable grafting is one of the most current practices in horticulture, not only in Spain, but also in other Western and Asian countries, such as Japan, South Korea, China, the Philippines, etc. This is a decades-old, widespread technique: In fact, most cucurbit and solanaceous crops in Japan and Korea are grafted. At the end of the 1990s, it was clear that methyl bromide had an expiry date. Consequently, the areas strongly dependant on this soil disinfectant had to look for alternatives as quickly as possible. Besides, these had to be as environmentally friendly as possible and should not increase production costs significantly. The cucumber has been and still is the most important crop in greenhouses of the Comunidad de Madrid and in areas near Toledo and Guadalajara. Cucumber growers used methyl bromide systematically to disinfect the soil. The banning of this chemical product brought about uncertainty, which encouraged the search for different alternatives. After analyzing the different possibilities and taking into account the good results of watermelon grafting in Almería, it was decided to carry out the works that make up this doctoral thesis. Different trials were made in order to know if the cultivars used in cucumber grafting might be a real alternative for farmers, not only in Madrid, but also in the areas near Toledo and Guadalajara. The main aim was to assess the agronomic repercussions and whether that technique could be used alone, or if other complementary alternatives, such as chemical disinfectants, solarisation, biofumigation, or even steam disinfection, were necessary. Trials were carried out sequentially from 1999 to 2011. It was observed that the use of pumpkin hybrid rootstocks could be applied to cultivars of Spanish short cucumbers, mainly grown in the late 20th and early 21st centuries eg Serena. After the early trials, Shintoza (Cucurbita maxima x C. moschata), a pumpkin hybrid rootstock, seemed to be the best option, as it had the additional advantage of being well known by nurseries growing grafting plants. Bearing this in mind, Shintoza was then the hybrid rootstock to be used in cucumbers and consequently growers could have grafted plants at their disposal. Later on, research was focused on density and the most adequate type of pruning, by carrying out several trials. These experiments showed that, the extra vigour the rootstocks gave to the plants, allowed them to have two or three stems, (normally nurserymen use two, as it is easier for them to manage the plants). These findings would lead to the lessening the density of the plant and thus reduce costs, something which worried and still worries farmers. It was stated that it would be possible to reduce the density of the plants by about 25%, the optimum density of the stems ranging from 3 to 3.5 stem-m-2. Once decisions were taken both on the rootstock and the appropriate density, we went on to study how to apply these proposals to the new cultivars which the seed companies were proposing and the farmers were applying. These measures were complemented with the introduction of new rootstocks capable of replacing Shintoza, or rotating with it in order to change the root system. This is particularly necessary when rootstocks, non-resistant to nematodes, mainly of the species Meloidogyne incognita, are used. This is the main problem due to the soil of that area. Cultivars such as Trópico, at first, and Urano and Motril, more recently, adapted quite well to this technique. Among the rootstocks which adapted well to grafting and which were compatible with most tested cultivars, were, in particular, RS-841 Strongtosa and Camel. The behaviour of Azman was worth studying, but this rootstock was removed from the market by the company which had bought and commercialized it. Although not the main purpose of the research, it was observed that combining grafting with other alternatives to methyl bromide in order to overcome problems due to soil diseases or nematodes may be worthwhile. However, further research is needed, as this topic is in constant evolution, not only when we come to disinfectants, most of which are being affected by the removal of the permit for commercialization, but also when we refer to other techniques such as biofumigation or the use of steam. Results also showed that grafted plants may reduce the amount of fertilizers, particularly nitrogen, used: This means both saving money and the protection of the environment. We may conclude by saying that grafting Spanish short cucumbers is feasible, that the selections of the hybrids between Cucurbita maxima and C. moschata, habitually used in watermelon grafting, can also be applied to these cucumbers. It can also be concluded that the use of these grafting techniques may lead to profitable yields, by lengthening the growing cycle in many cases and by maintaining the quality to a large extent. Although these rootstocks are not resistant to nematodes, the results showed that their extra vigour enables them to develop in terms of production, and thus they cope with this problem. Since these rootstocks are not resistant to nematodes and the problem with these nematodes may even worsen, it is recommended that different types of rootstocks should be available to enable both the rotation and the use of different root systems, which will encourage the parasitism of nematodes.

Coevolución virus-planta: impacto de las infecciones virales en poblaciones silvestres de Chiltepín (capsicum annuum var. Aviculare (dierbach) d’arcy & eshbaugh) en México.

El impacto negativo que tienen los virus en las plantas hace que estos puedan ejercer un papel ecológico como moduladores de la dinámica espacio-temporal de las poblaciones de sus huéspedes. Entender cuáles son los mecanismos genéticos y los factores ambientales que determinan tanto la epidemiología como la estructura genética de las poblaciones de virus puede resultar de gran ayuda para la comprensión del papel ecológico de las infecciones virales. Sin embargo, existen pocos trabajos experimentales que hayan abordado esta cuestión. En esta tesis, se analiza el efecto de la heterogeneidad del paisaje sobre la incidencia de los virus y la estructura genética de sus poblaciones. Asimismo, se explora como dichos factores ambientales influyen en la importancia relativa que los principales mecanismos de generación de variabilidad genética (mutación, recombinación y migración) tienen en la evolución de los virus. Para ello se ha usado como sistema los begomovirus que infectan poblaciones de chiltepín (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D´Arcy & Eshbaugh) en México. Se analizó la incidencia de diferentes virus en poblaciones de chiltepín distribuidas a lo largo de seis provincias biogeográficas, representando el área de distribución de la especie en México, y localizadas en hábitats con diferente grado de intervención humana: poblaciones sin intervención humana (silvestres); poblaciones toleradas (lindes y pastizales), y poblaciones manejadas por el hombre (monocultivos y huertos familiares). Entre los virus analizados, los begomovirus mostraron la mayor incidencia, detectándose en todas las poblaciones y años de muestreo. Las únicas dos especies de begomovirus que se encontraron infectando al chiltepín fueron: el virus del mosaico dorado del chile (Pepper golden mosaic virus, PepGMV) y el virus huasteco del amarilleo de venas del chile (Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV). Por ello, todos los análisis realizados en esta tesis se centran en estas dos especies de virus. La incidencia de PepGMV y PHYVV, tanto en infecciones simples como mixtas, aumento cuanto mayor fue el nivel de intervención humana en las poblaciones de chiltepín, lo que a su vez se asoció con una menor biodiversidad y una mayor densidad de plantas. Además, la incidencia de infecciones mixtas, altamente relacionada con la presencia de síntomas, fue también mayor en las poblaciones cultivadas. La incidencia de estos dos virus también varió en función de la población de chiltepín y de la provincia biogeográfica. Por tanto, estos resultados apoyan una de las hipótesis XVI clásicas de la Patología Vegetal según la cual la simplificación de los ecosistemas naturales debida a la intervención humana conduce a un mayor riesgo de enfermedad de las plantas, e ilustran sobre la importancia de la heterogeneidad del paisaje a diferentes escalas en la determinación de patrones epidemiológicos. La heterogeneidad del paisaje no solo afectó a la epidemiología de PepGMV y PHYVV, sino también a la estructura genética de sus poblaciones. En ambos virus, el nivel de diferenciación genética mayor fue la población, probablemente asociado a la capacidad de migración de su vector Bemisia tabaci; y en segundo lugar la provincia biogeográfica, lo que podría estar relacionado con el papel del ser humano como agente dispersor de PepGMV y PHYVV. La estima de las tasas de sustitución nucleotídica de las poblaciones de PepGMV y PHYVV mostró una rápida dinámica evolutiva. Los árboles filogenéticos de ambos virus presentaron una topología en estrella, lo que sugiere una expansión reciente en las poblaciones de chiltepín. La reconstrucción de los patrones de migración de ambos virus indicó que ésta expansión parece haberse producido desde la zona central de México siguiendo un patrón radial, y en los últimos 30 años. Es importante tener en cuenta que el patrón espacial de la diversidad genética de las poblaciones de PepGMV y PHYVV es similar al descrito previamente para el chiltepín lo que podría dar lugar a la congruencia de las genealogías del huésped y la de los virus. Dicha congruencia se encontró cuando se tuvieron en cuenta únicamente las poblaciones de hábitats silvestres y tolerados, lo que probablemente se debe a una codivergencia en el espacio pero no en el tiempo, dado que la evolución de virus y huésped han ocurrido a escalas temporales muy diferentes. Finalmente, el análisis de la frecuencia de recombinación en PepGMV y PHYVV indicó que esta juega un papel importante en la evolución de ambos virus, dependiendo su importancia del nivel de intervención humana de la población de chiltepín. Este factor afectó también a la intensidad de la selección a la que se ven sometidos los genomas de PepGMV y PHYVV. Los resultados de esta tesis ponen de manifiesto la importancia que la reducción de la biodiversidad asociada al nivel de intervención humana de las poblaciones de plantas y la heterogeneidad del paisaje tiene en la emergencia de nuevas enfermedades virales. Por tanto, es necesario considerar estos factores ambientales a la hora de comprender la epidemiologia y la evolución de los virus de plantas.XVII SUMMARY Plant viruses play a key role as modulators of the spatio-temporal dynamics of their host populations, due to their negative impact in plant fitness. Knowledge on the genetic and environmental factors that determine the epidemiology and the genetic structure of virus populations may help to understand the ecological role of viral infections. However, few experimental works have addressed this issue. This thesis analyses the effect of landscape heterogeneity in the prevalence of viruses and the genetic structure of their populations. Also, how these environmental factors influence the relative importance of the main mechanisms for generating genetic variability (mutation, recombination and migration) during virus evolution is explored. To do so, the begomoviruses infecting chiltepin (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D'Arcy & Eshbaugh) populations in Mexico were used. Incidence of different viruses in chiltepin populations of six biogeographical provinces representing the species distribution in Mexico was determined. Populations belonged to different habitats according to the level of human management: populations with no human intervention (Wild); populations naturally dispersed and tolerated in managed habitats (let-standing), and human managed populations (cultivated). Among the analyzed viruses, the begomoviruses showed the highest prevalence, being detected in all populations and sampling years. Only two begomovirus species infected chiltepin: Pepper golden mosaic virus, PepGMV and Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV. Therefore, all the analyses presented in this thesis are focused in these two viruses. The prevalence of PepGMV and PHYVV, in single and mixed infections, increased with higher levels of human management of the host population, which was associated with decreased biodiversity and increased plant density. Furthermore, cultivated populations showed higher prevalence of mixed infections and symptomatic plants. The prevalence of the two viruses also varied depending on the chiltepin population and on the biogeographical province. Therefore, these results support a classical hypothesis of Plant Pathology stating that simplification of natural ecosystems due to human management leads to an increased disease risk, and illustrate on the importance of landscape heterogeneity in determining epidemiological patterns. Landscape heterogeneity not only affected the epidemiology of PepGMV and PHYVV, but also the genetic structure of their populations. Both viruses had the highest level of genetic differentiation at the population scale, probably associated with the XVIII migration patterns of its vector Bemisia tabaci, and a second level at the biogeographical province scale, which could be related to the role of humans as dispersal agents of PepGMV and PHYVV. The estimates of nucleotide substitution rates of the virus populations indicated rapid evolutionary dynamics. Accordingly, phylogenetic trees of both viruses showed a star topology, suggesting a recent diversification in the chiltepin populations. Reconstruction of PepGMV and PHYVV migration patterns indicated that they expanded from central Mexico following a radial pattern during the last 30 years. Importantly, the spatial genetic structures of the virus populations were similar to that described previously for the chiltepin, which may result in the congruence of the host and virus genealogies. Such congruence was found only in wild and let-standing populations. This is probably due to a co-divergence in space but not in time, given the different evolutionary time scales of the host and virus populations. Finally, the frequency of recombination detected in the PepGMV and PHYVV populations indicated that this mechanism plays an important role in the evolution of both viruses at the intra-specific scale. The level of human management had a minor effect on the frequency of recombination, but influenced the strength of negative selective pressures in the viral genomes. The results of this thesis highlight the importance of decreased biodiversity in plant populations associated with the level of human management and of landscape heterogeneity on the emergence of new viral diseases. Therefore it is necessary to consider these environmental factors in order to fully understand the epidemiology and evolution of plant viruses.