32 resultados para CULTIVOS (BIOLOGÍA)
Resumo:
El cultivo de especies hortícolas con destino industrial se considera como el elemento que puede mejorar a corto plazo la productividad económica y de la mano de obra de las explotaciones de regadío de las Vegas del Guadiana. Se estudian cinco alternativas que incluyen en total siete cultivos diferentes y para dos niveles de explotación (5 ha y 20 ha de superficie). Se calculan las necesidades y distribución anuales de la mano de obra, las productividades y la incidencia de la mecanización de la recolección en las especies hortícolas en que ello es hoy posible. Las diferencias en mano de obra empleada entre las distintas alternativas estudiadas son muy importantes, así como las productividades. La incidencia de la mecanización de la recolección tiende a favorecer la introducción de cultivos hortícolas industriales en explotaciones de mayor dimensión, hoy dedicadas a la producción de grano.
Resumo:
La nueva legislación en materia fitosanitaria se dirige hacia una Gestión Integrada de Plagas (GIP). Estos programas dan preferencia a aquellos métodos más respetuosos y sostenibles con el medio ambiente, siendo piezas claves en ellos el control biológico, el físico y otros de carácter no químico. Sin embargo, el uso de insecticidas selectivos es a veces necesario para el adecuado manejo de plagas en cultivos hortícolas. Por ello, el objetivo general de este estudio es aportar conocimientos para mejorar el control de plagas en cultivos hortícolas, mediante la integración de tres estrategias de lucha: biológica, física y química. Una parte de este trabajo ha consistido en el estudio de los posibles efectos que mallas tratadas con insecticida (bifentrin) pudieran provocar mediante diferentes ensayos de laboratorio, invernadero y campo, en los enemigos naturales Orius laevigatus (Fieber) (Hemiptera: Anthocoridae) (depredador de trips), Nesidiocoris tenuis (Reuter) (Hemiptera: Miridae) (depredador de mosca blanca y Tuta absoluta (Meirick) (Lepidoptera: Gelechiidae)), y otros agentes de biocontrol comúnmente usados en cultivos hortícolas protegidos. Este tipo de mallas se han empleado con éxito en entomología médica para controlar mosquitos vectores de la malaria, y actualmente se está trabajando en su desarrollo para uso agrícola como método de exclusión, y método directo de control de plagas. En los ensayos realizados en laboratorio, O. laevigatus y N. tenuis no fueron capaces de detectar la presencia de bifentrin en el ensayo de preferencia. Además, no se produjo mortalidad a corto plazo (72 horas) en ambos chinches depredadores. Por el contrario, se registró una elevada mortalidad cuando se expusieron por contacto a la malla tratada durante 72 horas en cajas de dimensiones reducidas (10 cm de diámetro X 3 cm de altura). En ensayos llevados a cabo bajo condiciones más reales de exposición, en un invernadero experimental con jaulas de 25 X 25 X 60 cm de altura, no se produjo ningún efecto en la mortalidad a corto plazo (72 horas) o en los parámetros reproductivos de O. laevigatus y N. tenuis. Finalmente, en ensayos de campo realizados en túneles semi-comerciales (8 m de largo X 6,5 m de ancho X 2,6 m de altura), ni las condiciones ambientales [temperatura, humedad relativa, radiación ultravioleta (UV) y fotosintéticamente activa (PAR)], ni los enemigos naturales, se vieron afectados por la presencia de la malla tratada con bifentrin en el cultivo. Sin embargo, los resultados no fueron concluyentes, debido al bajo establecimiento de los agentes de biocontrol liberados. Por lo tanto, más estudios son necesarios en invernaderos comerciales para confirmar los resultados preliminares de compatibilidad. Además, en este trabajo se han evaluado los efectos letales (mortalidad) y subletales (parámetros reproductivos) de seis modernos insecticidas sobre los chinches depredadores O. laevigatus y N. tenuis, mediante ensayos de laboratorio y persistencia. Los ensayos se realizaron por contacto residual, aplicando los insecticidas a la dosis máxima de campo sobre placas de cristal (laboratorio) o plantas (persistencia). Los productos fitosanitarios se seleccionaron por representar a un grupo de modernos plaguicidas con modos de acción en principio más selectivos para los enemigos naturales que antiguos plaguicidas como organoclorados, oroganofosforados o carbamatos, y por su uso frecuente en cultivos hortícolas donde O. laevigatus y N. tenuis están presentes. Todos ellos están incluidos o en proceso de inclusión en la lista comunitaria de sustancias activas para uso agrícola, Anexo I de la Directiva 91/414/CEE: abamectina y emamectina (avermectinas neurotóxicas, activadoras del canal del cloro), deltametrina (piretroide neurotóxico, modulador del canal del sodio, control positivo), flubendiamida (neurotóxico, modulador del receptor de rianodina), spinosad (naturalito neurotóxico, agonistas/antagonistas del receptor de nicotínico acetilcolina) y spiromesifen (inhibidor de la acetil CoA carboxilasa). El estudio mostró que O. laevigatus fue más susceptible a los insecticidas que N. tenuis. Además, los resultados revelaron que flubendiamida y spiromesifen fueron compatibles con los dos enemigos naturales estudiados, y por tanto se podrían usar en programas de GIP. Por el contrario, los insecticidas abamectina, deltametrina, emamectina y spinosad no fueron selectivos para ninguno de los chinches depredadores. Sin embargo, los estudios de persistencia demostraron que a pesar de que estos insecticidas no proporcionaron selectividad fisiológica, pueden proporcionar selectividad ecológica en algunos casos. Abamectina, deltametrina, emamectina y spinosad podrían ser compatibles con N. tenuis si el enemigo natural es introducido en el cultivo 4 días después de su aplicación. En el caso de O. laevigatus, abamectina, deltametrina y spinosad se clasificaron como persistentes, por lo tanto es necesario completar el estudio con experimentos de semi-campo y campo que determinen si es posible su uso conjunto en programas de GIP. Por otro lado, emamectina podría ser compatible con O. laevigatus si el enemigo natural es introducido en el cultivo 7 días después de su aplicación. Por último, se ha comprobado la selectividad de tres insecticidas aceleradores de la muda (MACs) (metoxifenocida, tebufenocida y RH-5849) sobre O. laevigatus y N. tenuis. Además de realizar estudios para evaluar la toxicidad en laboratorio de los insecticidas por contacto residual e ingestión (principal modo de acción de los MAC´s), se extrajo RNA de los insectos y con el cDNA obtenido se secuenció y clonó el dominio de unión al ligando (LBD) del receptor de ecdisona correspondiente a O. laevigatus (OlEcR-LBD) y N. tenuis (NtEcR-LBD). Posteriormente, se obtuvo la configuración en tres dimensiones del LBD y se estudió el acoplamiento de las moléculas de los tres insecticidas en la cavidad que forman las 12 α-hélices que constituyen el EcR-LBD. En el caso de N. tenuis se debe mencionar que no fue posible la obtención de la secuencia completa del LBD. Sin embargo, se obtuvo una secuencia parcial (hélice 6-hélice 11), que mostró una alta conservación de aminoácidos con respecto a la obtenida en O. laevigatus. Los ensayos de toxicidad mostraron que metoxifenocida, tebufenocida y RH-5849 no produjeron ningún efecto nocivo en ambos depredadores. Además, los estudios de modelado por homología y acoplamiento molecular llevados a cabo con O. laevigatus, también indicaron que los MACs no produjeron ningún efecto deletéreo en este enemigo natural. Por lo tanto, estos compuestos pueden ser aplicados de manera segura en programas de GIP en los cuales O. laevigatus y N. tenuis estén presentes. ABSTRACT The new pesticide legislation on pest control is aimed at integrated pest management (IPM). These programs are based on the most environmentally sustainable approaches, where biological, physical control and other non-chemical methods are the cornerstone. However, selective pesticides are often required for pest management on horticultural crops. Therefore, the main goal of this study is to provide knowledge to improve pest control on horticultural crops through the integration of three strategies: biological, physical and chemical. Firstly, the effects of insecticide treated nets (bifenthrin) were evaluated in different laboratory, greenhouse and field experiments on the natural enemies Orius laevigatus (Fieber) (Hemiptera: Anthocoridae) (predator of thrips), Nesidiocoris tenuis (Reuter) (Hemiptera: Miridae) (predator of whiteflies and Tuta absoluta (Meirick) (Lepidoptera: Gelechiidae)), and other biocontrol agents commonly used on protected horticultural crops. These types of nets have been successfully used in medical entomology to control mosquito malaria vectors, and work is currently being done on their use as exclusion barriers and as a direct method of pest control in agriculture. In experiments made under laboratory conditions, O. laevigatus and N. tenuis were not able to detect the presence of bifenthrin in a dual-choice test. Furthermore, no shortterm mortality (72 hours) was recorded on both predatory bugs. In contrast, a high mortality rate was found when they were exposed by contact to the bifenthrin-treated net for 72 hours in small cages (10 cm diameter X 3 cm high). In assays carried out under more realistic conditions of exposure, in an experimental greenhouse with cages of 25 X 25 X 60 cm high, short-term mortality (72 hours) and reproductive parameters were not affected. Lastly, in field experiments carried out in semi-commercial tunnels (8 m long X 6.5 m width X 2.6 m high), neither environmental conditions [temperature, relative humidity, ultraviolet (UV) and photosynthetically active radiation (PAR)] nor natural enemies were affected by the presence of the bifenthrin-treated net on the crop. However, results were not conclusive, mainly due to a low settlement of the released biocontrol agents, and further studies are needed in commercial greenhouses to confirm our preliminary results of compatibility. Secondly, the lethal (mortality) and sublethal effects (reproductive parameters) of six modern pesticides on the predatory bugs O. laevigatus and N. tenuis has been evaluated through laboratory and persistence experiments. Trials were carried out by residual contact, applying the insecticides to the maximum field recommended concentration on glass plates (laboratory) or plants (persistence). Insecticides were chosen as representatives of modern pesticides with a more selective mode of action on natural enemies than organochlorine, organophosphorus and carbamate insecticides. Moreover, they were also chosen because of their frequent use on horticultural crops where O. laevigatus and N. tenuis are present. All of them have been included or have been requested for inclusion in the community list of active substances on the agricultural market, Annex I of the European Directive 91/414/EEC: abamectin and emamectin (neurotoxic avermectins, chloride channel activators), deltamethrin (neutotoxic pyrethroid, sodium channel modulator, positive commercial standard), flubendiamide (neurotoxic, rianodine receptor modulator), spinosad (neurotoxic naturalyte, nicotinic acetylcholine receptor allosteric activator) and spiromesifen (inhibitors of acetyl CoA carboxylase). The study showed that O. laevigatus was more susceptible to all the studied pesticides than N. tenuis. In addition, the research results indicated no impact of flubendiamide and spiromesifen on the two natural enemies studied under laboratory conditions. Consequently, both pesticides are candidates to be included in IPM programmes where these biocontrol agents are present. On the other hand, abamectin, deltamethrin, emamectin and spinosad were not selective for both predatory bugs in laboratory experiments. However, persistence test demonstrated that in spite of the lack of physiological selectivity, these pesticides can provide ecological selectivity in some cases. Abamectin, deltamethrin, emamectin and spinosad could be compatible with N. tenuis if the mirid bug is released 4 days after the insecticide treatment on the crop. With regard to O. laevigatus, abamectin, deltamethrin and spinosad were classified as persistent in our assays, thus the study should be completed with semi-field and field experiments in order to ascertain their possible joint use in IPM programs. In contrast, emamectin could be compatible with O. laevigatus if the pirate bug is released 7 days after the insecticide treatment on the crop. Finally, the selectivity of three moulting accelerating compounds (MACs) (methoxyfenozide, tebufenozide and RH-5849) has also been evaluated on O. laevigatus and N. tenuis. In addition to laboratory experiments to evaluate the toxicity of the insecticides by residual contact and ingestion, molecular approaches were used as well. RNA of both insects was isolated, cDNA was subsequently synthesized and the complete sequence of the ligand binding domain (LBD) of the ecdysone receptor of O. laevigatus (OlEcR-LBD) and N. tenuis (NtEcR-LBD) were determined. Afterwards, the three dimensional structure of LBD was constructed. Finally, the docking of the insecticide molecules in the cavity delineated by the 12 α-helix that composed the EcRLBD was performed. In the case of N. tenuis, it should be noted that in spite of intensive efforts, we did not manage to complete the sequence for the LBD.However, a partial sequence of the LBD was obtained (helix 6-helix 11), and a strong conservation between the amino acids of N. tenuis and O. laevigatus was observed. Results showed no biological activity of methoxyfenozide, tebufenozide and RH-5849, on both predatory bugs. Moreover, modeling of the OlEcR-LBD and docking experiments also suggested that MACs were devoid of any deleterious effect on O. laevigatus. Therefore, our results indicate that these compounds could be safely applied in IPM programs in which O. laevigatus and N. tenuis are present.
Resumo:
La biología como tecnología que se utiliza para fabricar dispositivos y sistemas biológicos sintéticos.
Resumo:
Mitigación de GEI en sistemas agrícolas
Resumo:
En este proyecto se estudiaron los requerimientos de diseño y desarrollo necesarios para la creación de una aplicación móvil basada en la identificación de las plagas (artrópodos) más importantes del cultivo del tomate en España. La aplicación (app) resuelve los problemas a los que se enfrentan agricultores profesionales y aficionados a la hora de identificar plagas, para ello la aplicación guía al usuario siguiendo una sencilla clave dicotómica hasta la identificación. Como valor añadido, la aplicación recomienda posibles tratamientos y medidas a seguir. La app además permite acceder a una página web que recogería información de interés del sector, así como la posibilidad de descargarla. La actualización de la información y el acceso a la web se realiza a través de la comunicación con un servidor web. Con este proyecto se busca facilitar la toma de decisión y minimizar el uso de recursos así como los costes económicos y ambientales. También se intenta contribuir a conseguir una agricultura más verde, responsable y sostenible, uno de los objetivos de la nueva PAC (2014-2020).
Resumo:
La encina (Quercus ilex L.) es una de las especies forestales mediterráneas más importantes. Constituye gran parte del estrato arbóreo de dehesas o montados, produce bellota como alimento del ganado y establece simbiosis con hongos micorrizógenos de gran valor económico. La encina está considerada como una especie recalcitrante en términos de conservación de semillas y capacidad morfogénica, lo que dificulta los programas de conservación de recursos genéticos y la mejora de la especie. La propagación vegetativa es una potente herramienta de los programas de mejora, por lo que es preciso desarrollar protocolos de regeneración somática en encina. La embriogénesis somática está considerada como la modalidad más adecuada de regeneración basada en técnicas de cultivo de tejidos vegetales utilizada en biotecnología forestal. Este trabajo se centra en el estudio de determinados aspectos de la embriogénesis somática para la regeneración clonal de encinas adultas. La memoria de esta tesis se ha dividido en capítulos que se corresponden con diferentes aspectos del sistema embriogénico. La embriogénesis somática se indujo en tegumentos maternos de óvulos en desarrollo procedentes de bellotas inmaduras de encinas adultas. A pesar de las bajas frecuencias de inducción, las líneas embriogénicas generadas se amplificaron mediante embriogénesis secundaria observándose cierta pérdida de la capacidad de diferenciación con el tiempo. Tanto el genotipo como la formulación del medio de cultivo influyeron en la respuesta embriogénica, concluyendo que la formulación de macronutrientes de Schenk y Hildebrant del medio sin reguladores de crecimiento fue la combinación más efectiva en la inducción. Los resultados sugirieron la existencia de una ventana en el desarrollo del óvulo más sensible a la inducción. El genotipo in[luyó en la capacidad proliferativa de los cultivos y en la conversión de los embriones somáticos, que se incrementó suplementando el medio con ácido indol-3-butírico y 6-benciladenina. El cultivo en medio líquido de líneas embriogénicas en condiciones de inmersión transitoria incrementó el crecimiento, dependiendo del genotipo, con respecto al cultivo en medio semisólido. Sin embargo, no mejoró la capacidad de diferenciar embriones cotiledonares aislados. Se estableció un protocolo de inicio y mantenimiento de cultivos en suspensión para varias líneas embriogénicas mediante inoculación en alta densidad de agregados embrionarios procedentes del medio semisólido. Para evitar la pérdida de vigor y la capacidad morfogénica debida al cultivo prolongado se desarrolló un protocolo de crioconservación de líneas embriogénicas mediante vitrificación. Al determinar la influencia de los agentes crioprotectores antes y después de su inmersión en nitrógeno líquido se concluyó que las respuestas de capacidad de crecimiento y de diferenciación del material embriogénico son independientes, además de estar bajo influencia del genotipo y el tipo de material crioconservado. La combinación de sacarosa y PVS2 previa a la inmersión en nitrógeno líquido proporcionó la mayor tasa de recuperación. Cuando las líneas fueron crioconservadas 30 días la capacidad de diferenciación se perdió en todas ellas. El análisis de SSR detectó variación somaclonal en el material crioconservado a corto plazo. SSR y RAPD mostraron importantes diferencias genéticas entre los árboles donantes y el material embriogénico que dependieron del genotipo. El grado de detección dependió del marcador empleado. Ambos marcadores revelaron baja inestabilidad intraclonal. Los RAPD revelaron variación genética intra-individuo en las encinas donantes. Se discuten la variación genética pre-existente en encina, su aparición durante las primeras fases de la inducción de embriogénesis, y la presencia de tejidos provenientes de la fertilización en el explanto materno. Esto hace preciso definir la identidad genética del material donante y acometer ensayos de detección precoz de variación somaclonal. ABSTRACT Holm oak (Quercus ilex L.) is one of the most important Mediterranean forest species. It conforms the tree layer of dehesas or montados, it produces acorns to feed the livestock and it establishes symbiosis with profitable mycorrhizal fungi. Holm oak is considered as recalcitrant species in terms of seed conservation and morphogenic capacities, which complicates the development of genetic conservation and improvement programs. Vegetative propagation is one of the mightiest tools for breeding programs therefore; developing protocols for clonal regeneration of holm oak is essential. Somatic embryogenesis is considered the best tissue culture-based way of plant regeneration in forest biotechnology. The present study is focused on the study of certain aspects of somatic embryogenesis for clonal regeneration of mature holm oak. This thesis manuscript is divided into several chapters that match with different aspects of the embryogenic system. Somatic embryogenesis induction was achieved on maternal teguments of developing ovules from immature acorns of adult holm oak trees. Despite the low induction frequencies, the generated embryogenic lines were amplified by secondary embryogenesis. A decline in the differentiation capacity over time was also observed. It was concluded that both genotype and culture media formulation influenced the embryogenic response, being the Schenk and Hildebrandt´s macronutrients formulation from culture medium and the lack of plant growth regulators the most effective combination for the induction of the embryogenic response. It has been suggested the existence of a developmental window in which ovules are prone to induction. Genotype influenced the proliferation capacity and the plant conversion of somatic embryos, which was also favoured by the presence of indol-3-butyric acid and 6-bencyladenine. The use of temporary immersion systems as proliferation in liquid culture of the embryogenic lines increased the growth depending on genotype, when compared to semisolid cultures. However, it did not improve the differentiation of single cotyledonary embryos. A protocol for the initiation and maintenance of embryogenic suspension cultures was established for several embryogenic lines with highly dense inoculi of embryogenic clusters from proliferating semisolid cultures. In order to avoid the loss of vigour and morphogenic ability of embryogenic lines due to prolonged cultures, a cryopreservation protocol for embryogenic lines of holm oak has been developed. During the determination of the influence of cryoprotective agents on the growth and differentiation capacities before and after liquid nitrogen immersion, it was concluded that both responses were independent from each other and also under the influence of genotype and the type of cryopreserved material. The combination of sucrose and PVS2 prior liquid nitrogen immersion provided higher recovery rates. When the same embryogenic lines were cryopreserved for 30 days, none was able to differentiate. The SSRs analysis of the short-term cryopreserved material detected somaclonal variation. Both SSR and RAPD markers showed high sensitivity to detect genetic differences between the donor trees and the generated embryogenic material. Nevertheless, the degree of instability detection depended on the marker. The SSR analysis indicated a relationship between genotype, the studied loci and the located polymorphisms. Also, both markers revealed low intraclonal genetic variation. The RAPD detected genetic variation within the donor trees. The presence of pre-existent genetic variation within mature trees, in addition to its occurrence during the early stages of the embryogenic induction, and the presence of tissues of fertilisation origin within the maternal explants are all discussed. Nonetheless, the determination of the genetic identity of donor material is required, in addition to early detection methods of somaclonal variation.
Resumo:
La encina (Quercus ilex L.) es una de las especies forestales mediterráneas más importantes. Constituye gran parte del estrato arbóreo de dehesas o montados, produce bellota como alimento del ganado y establece simbiosis con hongos micorrizógenos de gran valor económico. La encina está considerada como una especie recalcitrante en términos de conservación de semillas y capacidad morfogénica, lo que dificulta los programas de conservación de recursos genéticos y la mejora de la especie. La propagación vegetativa es una potente herramienta de los programas de mejora, por lo que es preciso desarrollar protocolos de regeneración somática en encina. La embriogénesis somática está considerada como la modalidad más adecuada de regeneración basada en técnicas de cultivo de tejidos vegetales utilizada en biotecnología forestal. Este trabajo se centra en el estudio de determinados aspectos de la embriogénesis somática para la regeneración clonal de encinas adultas. La memoria de esta tesis se ha dividido en capítulos que se corresponden con diferentes aspectos del sistema embriogénico. La embriogénesis somática se indujo en tegumentos maternos de óvulos en desarrollo procedentes de bellotas inmaduras de encinas adultas. A pesar de las bajas frecuencias de inducción, las líneas embriogénicas generadas se amplificaron mediante embriogénesis secundaria observándose cierta pérdida de la capacidad de diferenciación con el tiempo. Tanto el genotipo como la formulación del medio de cultivo influyeron en la respuesta embriogénica, concluyendo que la formulación de macronutrientes de Schenk y Hildebrant del medio sin reguladores de crecimiento fue la combinación más efectiva en la inducción. Los resultados sugirieron la existencia de una ventana en el desarrollo del óvulo más sensible a la inducción. El genotipo in[luyó en la capacidad proliferativa de los cultivos y en la conversión de los embriones somáticos, que se incrementó suplementando el medio con ácido indol-3-butírico y 6-benciladenina. El cultivo en medio líquido de líneas embriogénicas en condiciones de inmersión transitoria incrementó el crecimiento, dependiendo del genotipo, con respecto al cultivo en medio semisólido. Sin embargo, no mejoró la capacidad de diferenciar embriones cotiledonares aislados. Se estableció un protocolo de inicio y mantenimiento de cultivos en suspensión para varias líneas embriogénicas mediante inoculación en alta densidad de agregados embrionarios procedentes del medio semisólido. Para evitar la pérdida de vigor y la capacidad morfogénica debida al cultivo prolongado se desarrolló un protocolo de crioconservación de líneas embriogénicas mediante vitrificación. Al determinar la influencia de los agentes crioprotectores antes y después de su inmersión en nitrógeno líquido se concluyó que las respuestas de capacidad de crecimiento y de diferenciación del material embriogénico son independientes, además de estar bajo influencia del genotipo y el tipo de material crioconservado. La combinación de sacarosa y PVS2 previa a la inmersión en nitrógeno líquido proporcionó la mayor tasa de recuperación. Cuando las líneas fueron crioconservadas 30 días la capacidad de diferenciación se perdió en todas ellas. El análisis de SSR detectó variación somaclonal en el material crioconservado a corto plazo. SSR y RAPD mostraron importantes diferencias genéticas entre los árboles donantes y el material embriogénico que dependieron del genotipo. El grado de detección dependió del marcador empleado. Ambos marcadores revelaron baja inestabilidad intraclonal. Los RAPD revelaron variación genética intra-individuo en las encinas donantes. Se discuten la variación genética pre-existente en encina, su aparición durante las primeras fases de la inducción de embriogénesis, y la presencia de tejidos provenientes de la fertilización en el explanto materno. Esto hace preciso definir la identidad genética del material donante y acometer ensayos de detección precoz de variación somaclonal. ABSTRACT Holm oak (Quercus ilex L.) is one of the most important Mediterranean forest species. It conforms the tree layer of dehesas or montados, it produces acorns to feed the livestock and it establishes symbiosis with profitable mycorrhizal fungi. Holm oak is considered as recalcitrant species in terms of seed conservation and morphogenic capacities, which complicates the development of genetic conservation and improvement programs. Vegetative propagation is one of the mightiest tools for breeding programs therefore; developing protocols for clonal regeneration of holm oak is essential. Somatic embryogenesis is considered the best tissue culture-based way of plant regeneration in forest biotechnology. The present study is focused on the study of certain aspects of somatic embryogenesis for clonal regeneration of mature holm oak. This thesis manuscript is divided into several chapters that match with different aspects of the embryogenic system. Somatic embryogenesis induction was achieved on maternal teguments of developing ovules from immature acorns of adult holm oak trees. Despite the low induction frequencies, the generated embryogenic lines were amplified by secondary embryogenesis. A decline in the differentiation capacity over time was also observed. It was concluded that both genotype and culture media formulation influenced the embryogenic response, being the Schenk and Hildebrandt´s macronutrients formulation from culture medium and the lack of plant growth regulators the most effective combination for the induction of the embryogenic response. It has been suggested the existence of a developmental window in which ovules are prone to induction. Genotype influenced the proliferation capacity and the plant conversion of somatic embryos, which was also favoured by the presence of indol-3-butyric acid and 6-bencyladenine. The use of temporary immersion systems as proliferation in liquid culture of the embryogenic lines increased the growth depending on genotype, when compared to semisolid cultures. However, it did not improve the differentiation of single cotyledonary embryos. A protocol for the initiation and maintenance of embryogenic suspension cultures was established for several embryogenic lines with highly dense inoculi of embryogenic clusters from proliferating semisolid cultures. In order to avoid the loss of vigour and morphogenic ability of embryogenic lines due to prolonged cultures, a cryopreservation protocol for embryogenic lines of holm oak has been developed. During the determination of the influence of cryoprotective agents on the growth and differentiation capacities before and after liquid nitrogen immersion, it was concluded that both responses were independent from each other and also under the influence of genotype and the type of cryopreserved material. The combination of sucrose and PVS2 prior liquid nitrogen immersion provided higher recovery rates. When the same embryogenic lines were cryopreserved for 30 days, none was able to differentiate. The SSRs analysis of the short-term cryopreserved material detected somaclonal variation. Both SSR and RAPD markers showed high sensitivity to detect genetic differences between the donor trees and the generated embryogenic material. Nevertheless, the degree of instability detection depended on the marker. The SSR analysis indicated a relationship between genotype, the studied loci and the located polymorphisms. Also, both markers revealed low intraclonal genetic variation. The RAPD detected genetic variation within the donor trees. The presence of pre-existent genetic variation within mature trees, in addition to its occurrence during the early stages of the embryogenic induction, and the presence of tissues of fertilisation origin within the maternal explants are all discussed. Nonetheless, the determination of the genetic identity of donor material is required, in addition to early detection methods of somaclonal variation.
Resumo:
En este estudio evaluamos la calidad de los lodos de una depuradora urbana y su aplicación en el cultivo de sandía (Citrullus lanatus) y tomate (Solanum lycopersicum).
Resumo:
Se plantea desarrollar una herramienta que ofrezca un soporte eficiente para la creación y el diseño de protocolos biológicos a los investigadores en biología sintética. Partiendo de este objetivo, se definen dos cometidos principales: Realizar un estudio de las herramientas existentes que ofrezcan soporte al diseño y aquellas pensadas para diseñar protocolos biológicos, el fin de este estudio es descubrir las funcionalidades que implementan estas herramientas para mejorarlas. Además, se ha de desarrollar una herramienta web que, mediante un lenguaje visual, permita diseñar y crear protocolos de biología sintética, guardándolos en un formato de archivo independiente del lenguaje. En este documento se encuentra, en primer lugar, la definición de objetivos y la descripción del método de desarrollo seguido durante la implementación del proyecto; después, el marco teórico, donde se exponen las herramientas estudiadas y las similitudes y diferencias con la idea que se tiene de la aplicación, y también las herramientas de desarrollo web con las que se va a implementar el proyecto. A continuación, se muestran los resultados obtenidos, mediante la definición de requisitos, así como una exposición de la propia herramienta. Por último, se encuentra la estrategia de validación que se ha seguido en el desarrollo del proyecto y se exponen las conclusiones obtenidas de estas validaciones; también se incluyen al final las conclusiones del proyecto y las líneas futuras de desarrollo.---ABSTRACT---It is planned to develop a tool that provides efficient support for the creation and design of biological protocols researchers in synthetic biology. Based on this goal, two main tasks are defined: Conduct a study of existing tools that provide design support and those intended to design biological protocols, the purpose of this study is to discover the functionalities that implement these tools to improve them. Furthermore, it has to develop a web tool that, through a visual language, allowing design and create synthetic biology protocols, storing them in an independent language file format. In this document is located, first, the definition of objectives and description of the development method followed during project implementation; then the theoretical framework where tools and studied the similarities and differences with the idea we have of the application are discussed, and development tools with which they will implement the project. Then the results obtained, by defining requirements as well as an exhibition of the own tool. Finally, the validation strategy that has been followed in the development of the project and the conclusions drawn from these validations are exposed; also, it is included at the end of the project conclusions and future lines of development.
Resumo:
La Biología bajo Demanda es un concepto novedoso, que está siendo abordado en la actualidad desde distintos enfoques, que serán expuestos en este documento. Dado este carácter innovador, se trata de un ámbito donde la investigación está muy presente en estos momentos. Las Tecnologías de la Información y Comunicación (TICs) llevan un tiempo aportando soluciones muy efectivas para algunos de los problemas a los que se enfrente actualmente la biología sintética. Una de estas soluciones son las plataformas de Cloud Computing, que aportan un entorno de trabajo escalable, flexible y seguro. Por ello, se ha empleado este tipo de tecnología en este trabajo fin de grado en el área de la biología sintética mediante el concepto de biología bajo demanda. Para desarrollar la plataforma de biología bajo demanda ha sido necesario analizar el estado de esta temática actualmente y sus avances. Además, ha sido estimable el estudio de las opiniones de los miembros del grupo de investigación. Todo ello ha permitido llevar a cabo una captura de requisitos adecuada para el ámbito de este proyecto. Se ha decidido que los servidores de aplicaciones web son la respuesta más adecuada a la hora de implementar las soluciones obtenidas para el desarrollo de la plataforma de biología bajo demanda. En concreto, por sus características, se ha decidido emplear JavaEE de Oracle. El modelo implementado emplea soluciones conocidas y fiables basadas en patrones de diseño software. Así, conseguimos cumplir con uno de los principales objetivos de este proyecto, que es lograr un sistema flexible y escalable. Por otro lado, debido a la incertidumbre que conlleva un área tan innovadora, se ha decidido optar por una metodología ágil. Esto supone un plan de trabajo centrado en reuniones semanales conjuntas con el director y los compañeros del grupo de trabajo, empleando prototipado rápido y programación extrema. Finalmente, se ha conseguido desarrollar una plataforma de biología bajo demanda que puede ser la base para el trabajo de los biólogos del ámbito de la biología sintética en un futuro próximo.---ABSTRACT---Biology on demand is a new concept, which is currently being addressed from different approaches, which will be presented in this document. Given this innovative character, it is an area where research is a main factor right now. Technologies of Information and Communication Technologies (ICTs) have provided very effective solutions to some of the problems that synthetic biology is currently facing. One of these solutions is cloud computing platforms, which provide an environment for scalable, flexible and secure work. Therefore, we have used this technology in this final project in the area of synthetic biology through the concept of biology on demand. To develop a biology-on-demand platform it has been necessary to analyze the state of art. The opinions of members of the research group have also been very influential. All this has allowed us to conduct a proper capture requirements for the scope of this project here developed. It was decided that web application servers are the best answer when it comes to implementing the solutions obtained for the development of biology-on-demand platform. In particular, by its main features, it was decided to use Oracle’s JavaEE. The implemented model uses known and reliable solutions based on software design patterns. So, we get to meet one of the main objectives of this project, which is to achieve a flexible and scalable system. On the other hand, due to the uncertainty involved in such an innovative area, it was appropriate to opt for an agile methodology. The work plan was focused on weekly meetings with the director and coworkers, using additive technology and extreme programming. Finally, this project has been successful in developing a biology-on-demand platform that can be the basis for the work of biologists in the field of synthetic biology in the near future.
Resumo:
Phaseolus vulgaris L. (frijol común o judía) es una leguminosa de gran demanda para la nutrición humana y un producto agrícola muy importante. Sin embargo, la producción de frijol se ve limitada por presiones ambientales como la sequía. En México, el 85% de la cosecha de frijol se produce en la temporada de primavera-verano, principalmente en las regiones del altiplano semiárido con una precipitación anual entre 250 y 400 mm. A pesar del implemento de tecnología en el campo, los factores naturales impiden al agricultor llegar a los rendimientos deseados. El Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP), como instituto de investigación gubernamental en México, tiene como objetivo la mejora de cultivos estratégicos, uno de ellos, P. vulgaris. Los estudios en relación a la sequía se enfocan especialmente en la selección de genotipos tolerantes, los cuales son sometidos en condiciones de estrés y monitoreando parámetros como el rendimiento y peso de semilla, además de algunos indicadores tales como índice de cosecha. El resultado de estos trabajos ha sido la obtención de variedades con mayor tolerancia a la sequía, tales como Pinto Villa y Pinto Saltillo. En los últimos años se ha avanzado notablemente en el conocimiento de las bases moleculares en las respuestas de las plantas al estrés. De acuerdo a diversos estudios se ha demostrado que las plantas bajo estrés por sequía experimentan cambios en la expresión de genes involucrados en la señalización, regulación de la transcripción y la traducción, transporte de agua y la función directa en la protección celular. También se ha observado que el déficit de agua es causado por las temperaturas extremas y la alta concentración de sales, por lo que al nivel molecular, las respuestas al estrés tienen puntos de especificidad y puntos de entrecruzamiento. La sequía puede generar estreses secundarios, tales como el nutricional, oxidativo y osmótico. Sin embargo, es necesario identificar y caracterizar muchos de los componentes involucrados en las respuestas al déficit hídrico, la caracterización de estos genes permitirá tener una mejor comprensión de los mecanismos bioquímicos y fisiológicos involucrados en la tolerancia al estrés. Actualmente, con el apoyo de la biología molecular se han identificado algunos genes que otorgan ventajas para la adaptación a ambientes desfavorables. Por lo que el objetivo del presente trabajo es identificar marcadores genéticos asociados a rasgos fenotípicos con énfasis a la tolerancia a estrés hídrico en P. vulgaris. Una vez establecidos los marcadores asociados al estrés hídrico, es factible considerar su uso para la selección asistida por marcadores en líneas o variedades de frijol de interés para los mejoradores. Se evaluaron 282 familias F3:5 derivadas de la cruza entre los cultivares Pinto Villa y Pinto Saltillo. Las familias se sembraron bajo un diseño simple de látice 17x17, el experimento se llevo acabo en el ciclo primavera-verano del 2010 y 2011, y otoñoinvierno de 2010 en el Campo Experimental Bajío del INIFAP con dos repeticiones para cada tratamiento de humedad (riego completo y sequía terminal). En todos los genotipos se realizó el fenotipado (variables fenotípicas) y el genotipado a través de marcadores moleculares. Los análisis estadísticos se basaron en el análisis de componentes principales (Eigen Analysis Selection Index Method, ESIM), la asociación entre marcadores SNP y el fenotipado (paquete SNPassoc para R) y el análisis de varianza (ANOVA). Los valores ESIM mostraron que las variables de Rendimiento, Días a floración, Días a madurez fisiológica e Índice de cosecha fueron sobresalientes en sequía terminal, por lo que se sugieren tomarse en consideración para los estudios de sequía en P. vulgaris como monitores de evaluación a la resistencia. Se identificaron nueve familias sobresalieron por sus valores ESIM (PV/PS6, 22, 131, 137, 149, 154, 201, 236 y 273), además de presentar valores superiores para el rendimiento en comparación con los parentales. Estos genotipos son candidatos interesantes para realizar estudios de identificación de loci asociados con la respuesta al estrés, y como potenciales parentales en el desarrollo de nuevas variedades de frijol. En los análisis de asociación SNPassoc se identificaron 83 SNPs significativos (p<0,0003) asociados a los rasgos fenotípicos, obteniendo un total de 222 asociaciones, de las cuales predomina el modelo genético de codominancia para las variables Días a floración, Periodo reproductivo y Biomasa total. Treinta y siete SNPs se identificaron a diferentes funciones biológicas a través del análisis de anotación funcional, de los cuales 12 SNPs (9, 18, 28, 39, 61, 69, 80, 106, 115, 128, 136 y 142) sobresalen por su asociación al fenotipado, y cuya anotación funcional indica que se encuentran en genes relacionados a la tolerancia a la sequía, tales como la actividad kinasa, actividad metabólica del almidón, carbohidratos y prolina, respuesta al estrés oxidativo, así como en los genes LEA y posibles factores de transcripción. En el caso de los análisis ANOVA, se identificaron 72 asociaciones entre los SNPs y las variables fenotípicas (F< 3,94E-04). Las 72 asociaciones corresponden a 30 SNPs y 7 variables fenotípicas, de las que predomina Peso de 100 semillas y Periodo reproductivo. Para los rasgos de Rendimiento, Índice de cosecha y Días a madurez fisiológica se presentaron asociaciones con seis SNPs (17, 34, 37, 50, 93 y 107), de los cuales, a los SNP37 y SNP107 fueron identificados a la anotación biológica de protein binding. Por otro lado, los SNP106 y SNP128 asociados al Periodo reproductivo, son genes con actividad kinasa y actividad metabólica del almidón, respectivamente. Para los marcadores tipo AFLP, se identificaron 271 asociaciones (F<2,34E-04). Las asociaciones corresponden a 86 AFLPs con todas las variables fenotípicas evaluadas, de las que predomina peso de 100 semillas, Días a floración y Periodo reproductivo. Debido a que los en los AFLPs no es posible determinar su anotación biológica, se proponen como marcadores potenciales relacionados a la resistencia a la sequía en frijol. Los AFLPs candidatos requieren más estudios tales como la secuenciación de los alelos respectivos, así como la identificación de éstas secuencias en el genoma de referencia y su anotación biológica, entre otros análisis, de esta manera podríamos establecer aquellos marcadores candidatos a la validación para la selección asistida. El presente trabajo propone tanto genotipos como marcadores genéticos, que deben ser validados para ser utilizados en el programa de mejoramiento de P. vulgaris, con el objetivo de desarrollar nuevas líneas o variedades tolerantes a la sequía. ABSTRACT Phaseolus vulgaris L. (common bean or judia) is a legume of great demand for human consumption and an important agricultural product. However, the common bean production is limited by environmental stresses, such as drought. In Mexico, 85% of the common bean crop is produced in the spring-summer season mainly in semiarid highland regions with a rainfall between 250 and 400 mm per year. In spite of the improvement of crop technology, the natural factors hamper getting an optimal yield. The National Institute for Forestry, Agriculture and Livestock (INIFAP) is a government research institute from Mexico, whose main objective is the genetic breeding of strategic crops, like P. vulgaris L. The drought tolerance studies particularly focus on the selection of bean tolerant genotypes, which are subjected to stress conditions, by means of monitoring parameters such as yield and seed weight, plus some agronomic indicators such as harvest index. The results of these works have led to obtain cultivars with higher drought tolerance such as Pinto Villa and Pinto Saltillo. Significant achievements have been recently made in understanding the molecular basis of stress plant responses. Several studies have shown that plants under drought stress present changes in gene expression related to cell signalling, transcriptional and translational regulation, water transport and cell protection. In addition, it has been observed that the extreme temperatures and high salt concentrations can cause a water deficiency so, at the molecular level, stress responses have specific and crossover points. The drought can cause secondary stresses, such as nutritional, oxidative and osmotic stress. It is required the identification of more components involved in the response to water deficit, the characterization of these genes will allow a better understanding of the biochemical and physiological mechanisms involved in stress tolerance. Currently, with the support of molecular biology techniques, some genes that confer an advantage for the crop adaptation to unfavourable environments have been identified. The objective of this study is to identify genetic markers associated with phenotypic traits with emphasis on water stress tolerance in P. vulgaris. The establishment of molecular markers linked to drought tolerance would make possible their use for marker-assisted selection in bean breeding programs. Two hundred and eighty two F3:5 families derived from a cross between the drought resistant cultivars Pinto Villa and Pinto Saltillo were evaluated. The families were sowed under a 17x17 simple lattice design. The experiment was conducted between spring-summer seasons in 2010 and 2011, and autumn-winter seasons in 2010 at the Bajio Experimental Station of INIFAP with two treatments (full irrigation and terminal drought). All families were phenotyped and genotyped using molecular markers. Statistical analysis was based on principal component analysis (Eigen Analysis Selection Index Method, ESIM), association analysis between SNP markers and phenotype (SNPassoc package R) and analysis of variance (ANOVA). The ESIM values showed that seed yield, days to flowering, days to physiological maturity and harvest index were outstanding traits in terminal drought treatment, so they could be considered as suitable parameters for drought-tolerance evaluation in P. vulgaris. Nine outstanding families for the ESIM values were identified (PV/PS6, 22, 131, 137, 149, 154, 201, 236 and 273), in addition, these families showed higher values for seed yield compared to the parental cultivars. These families are promising candidates for studies focused on the identification of loci associated to the stress response, and as potential parental cultivars for the development of new varieties of common bean. In the SNPassoc analysis, 83 SNPs were found significantly associated (p<0.0003) with phenotypic traits, obtaining a total of 222 associations, most of which involved the traits days to flowering, reproductive period and total biomass under a codominant genetic model. The functional annotation analysis showed 37 SNPs with different biological functions, 12 of them (9, 18, 28, 39, 61, 69, 80, 106, 115, 128, 136 and 142) stand out by their association to phenotype. The functional annotation suggested a connection with genes related to drought tolerance, such as kinase activity, starch, carbohydrates and proline metabolic processes, responses to oxidative stress, as well as LEA genes and putative transcription factors. In the ANOVA analysis, 72 associations between SNPs and phenotypic traits (F<3.94E- 04) were identified. All of these associations corresponded to 30 SNPs markers and seven phenotypic traits. Weight of 100 seeds and reproductive period were the traits with more associations. Seed yield, harvest index and days to physiological maturity were associated to six SNPs (17, 34, 37, 50, 93 and 107), the SNP37 and SNP107 were identified as located in protein binding genes. The SNP106 and SNP128 were associated with the reproductive period and belonged to genes with kinase activity and genes related to starch metabolic process, respectively. In the case of AFLP markers, 271 associations (F<2.34E-04) were identified. The associations involved 86 AFLPs and all phenotypic traits, being the most frequently associated weight of 100 seeds, days to flowering and reproductive period. Even though it is not possible to perform a functional annotation for AFLP markers, they are proposed as potential markers related to drought resistance in common bean. AFLPs candidates require additional studies such as the sequencing of the respective alleles, identification of these sequences in the reference genome and gene annotation, before their use in marker assisted selection. This work, although requires further validation, proposes both genotypes and genetic markers that could be used in breeding programs of P. vulgaris in order to develop new lines or cultivars with enhanced drought-tolerance.
Resumo:
Los tratamientos biopelícula fueron unos de los primeros tratamientos biológicos que se aplicaron en las aguas residuales. Los tratamientos biopelícula presentan importantes ventajas frente a los cultivos en suspensión, sin embargo, el control de los tratamientos biopelícula es complicado y su modelización también. Las bases teóricas del comportamiento de las biopelículas empezaron a desarrollarse fundamentalmente a partir de los años 80. Dado que el proceso es complejo con ecuaciones de difícil resolución, estas conceptualizaciones han sido consideradas durante años como ejercicios matemáticos más que como herramientas de diseño y simulación. Los diseños de los reactores estaban basados en experiencias de plantas piloto o en comportamientos empíricos de determinadas plantas. Las ecuaciones de diseño eran regresiones de los datos empíricos. La aplicabilidad de las ecuaciones se reducía a las condiciones particulares de la planta de la que provenían los datos empíricos. De tal forma que existía una gran variedad y diversidad de ecuaciones empíricas para cada tipo de reactor. La investigación médica durante los años 90 centró su atención en la formación y eliminación de las biopelículas. Gracias al desarrollo de nuevas prácticas de laboratorio que permitían estudiar el interior de las biopelículas y gracias también al aumento de la capacidad de los ordenadores, la simulación del comportamiento de las biopelículas tomó un nuevo impulso en esta década. El desarrollo de un tipo de biopelículas, fangos granulares, en condiciones aerobias realizando simultaneamente procesos de eliminación de nutrientes ha sido recientemente patentado. Esta patente ha recibido numerosos premios y reconocimientos internacionales tales como la Eurpean Invention Award (2012). En 1995 se descubrió que determinadas bacterias podían realizar un nuevo proceso de eliminación de nitrógeno denominado Anammox. Este nuevo tipo de proceso de eliminación de nitrógeno tiene el potencial de ofrecer importantes mejoras en el rendimiento de eliminación y en el consumo de energía. En los últimos 10 años, se han desarrollado una serie de tratamientos denominados “innovadores” de eliminación de nutrientes. Dado que no resulta posible el establecimiento de estas bacterias Anammox en fangos activos convencionales, normalmente se recurre al uso de cultivos biopelícula. La investigación se ha centrado en el desarrollo de estos procesos innovadores en cultivos biopelícula, en particular en los fangos granulares y MBBR e IFAs, con el objeto de establecer las condiciones bajo las cuales estos procesos se pueden desarrollar de forma estable. Muchas empresas y organizaciones buscan una segunda patente. Una cuestión principal en el desarrollo de estos procesos se encuentra la correcta selección de las condiciones ambientales y de operación para que unas bacterias desplacen a otras en el interior de las biopelículas. El diseño de plantas basado en cultivos biopelícula con procesos convencionales se ha realizado normalmente mediante el uso de métodos empíricos y semi-empíricos. Sin embargo, los criterios de selección avanzados aplicados en los Tratamientos Innovadores de Eliminación de Nitrógeno unido a la complejidad de los mecanismos de transporte de sustratos y crecimiento de la biomasa en las biopelículas, hace necesario el uso de herramientas de modelización para poder conclusiones no evidentes. Biofilms were one of the first biological treatments used in the wastewater treatment. Biofilms exhibit important advantages over suspended growth activated sludge. However, controlling biofilms growth is complicated and likewise its simulation. The theoretical underpinnings of biofilms performance began to be developed during 80s. As the equations that govern the growth of biofilms are complex and its resolution is challenging, these conceptualisations have been considered for years as mathematical exercises instead of practical design and simulation tools. The design of biofilm reactors has been based on performance information of pilot plants and specific plants. Most of the times, the designing equations were simple regressions of empirical data. The applicability of these equations were confined to the particular conditions of the plant from where the data came from. Consequently, there were a wide range of design equations for each type of reactor During 90s medical research focused its efforts on how biofilm´s growth with the ultimate goal of avoiding it. Thanks to the development of new laboratory techniques that allowed the study the interior of the biofilms and thanks as well to the development of the computers, simulation of biofilms’ performance had a considerable evolution during this decade. In 1995 it was discovered that certain bacteria can carry out a new sort of nutrient removal process named Anammox. This new type of nutrient removal process potentially can enhance considerably the removal performance and the energy consumption. In the last decade, it has been developed a range of treatments based on the Anammox generally named “Innovative Nutrient Removal Treatments”. As it is not possible to cultivate Anammox bacteria in activated sludge, normally scientists and designers resort to the use of biofilms. A critical issue in the development of these innovative processes is the correct selection of environment and operation conditions so as to certain bacterial population displace to others bacteria within the biofilm. The design of biofilm technology plants is normally based on the use of empirical and semi-empirical methods. However, the advanced control strategies used in the Innovative Nutrient Removal Processes together with the complexity of the mass transfer and biomass growth in biofilms, require the use of modeling tools to be able to set non evident conclusions.
Resumo:
La presente investigación se presenta como una alternativa para la reducción de la contaminación por nutrientes que produce el vertido de aguas residuales provenientes de núcleos urbanos que acaban en lagos, lagunas o embalses acelerando los procesos de eutrofización de los mismos. El objetivo de esta tesis es analizar la reducción de nutrientes, fundamentalmente nitrógeno, fósforo y potasio, del agua residual doméstica sometida a tratamiento a través de cultivos hidropónicos en un determinado periodo de tiempo, observando a su vez la evolución del cultivo seleccionado. El sistema se diseñó para funcionar en circuito cerrado con el agua residual circulando por entre las raíces de los vegetales estudiados. El cultivo seleccionado fue el “kenaf”, aunque después de mucho tiempo dedicado a la obtención de semillas de “kenaf “por diferentes proveedores, se decidió comenzar un primer ensayo utilizando plantas de aloe vera durante un periodo de un mes de verano. Se procedió a la colocación de plantas en un tubo conteniendo agua residual de una fosa séptica domiciliaria. La reducción de la DBO5 y la DQO fue notable aunque los resultados de la variación de nitratos y fosfatos no fueron concluyentes. Las altas temperaturas alcanzada en esas fechas por el agua circulante, finalmente imposibilitó la continuación del ensayo. Si bien esta primera puesta en marcha no resultó como se esperaba, aportó numerosa información para modificar el planteo del estudio, la forma de llevarlo a cabo y la puesta a punto de la propia instalación. El segundo ensayo se llevó a cabo en otoño con plantas de kenaf obtenidas del ensayo previo en suelo en una parcela piloto en los llanos de Villamartín, en la provincia de Cádiz. Antes de incorporar el agua al sistema hidropónico se analizaron todos los parámetros requeridos por la normativa española del agua para determinar su clasificación como agua residual doméstica. Luego se le dio seguimiento a la variación de los nutrientes, nitrógeno, fósforo y potasio a lo largo de varias semanas para evaluar la efectividad del tratamiento. Las plantas de kenaf continuaron su desarrollo utilizando las sustancias disueltas en el agua residual como única fuente de nutrientes disponible. This research is presented as an alternative to reduce the pollution that wastewater discharges from towns generate when they end in lakes, ponds and reservoirs, by accelerating the eutrophication processes. The objective of this thesis is to analyze the reduction of nutrients, mainly nitrogen, phosphorus and potassium, of domestic wastewater treated through hydroponics crops in a given period of time, noting at the same time the evolution of the selected crop. The system was designed to operate in closed circuit with the wastewater circulating through the roots of the studied plants. The selected crop was "kenaf", although after much time spent in obtaining seeds of "kenaf"by different vendors and the impossibility of achieving its germination; it was decided to start a first test using Aloe Vera plants for a period of one month in the summer. The plants were introduced in the holes of a tube containing septic wastewater. The BOD5 and COD reduction was remarkable though the results of the variation in nitrates and phosphates were inconclusive. High temperatures achieved in those dates by circulating water, eventually precluded the continuation of the test. Although this first implementation was not running as expected, it provided information to modify the proposal of the study, the way to carry it out and the development of the installation itself. The second test was conducted in autumn with kenaf plants obtained from the previous test in a pilot plant in the flatness of Villamartín, province of Cádiz. Before adding the water to the hydroponic system all the parameters required by the Spanish water regulations were analyzed to determine their classification as domestic waste water. Then, the variation of nutrients, nitrogen, phosphorus and potassium was tracking over several weeks to evaluate the effectiveness of the treatment. Kenaf plants continued its development using the substances dissolved in wastewater as sole source of nutrients available.
Resumo:
En la actualidad la mayoría de plantas sufren pérdidas debido a las enfermedades que les provocan los hongos. Uno de estos grupos amenazado por el ataque de los hongos son las especies de la familia Orchidaceae, especies que se encuentran amenazadas y con numerosas especies en peligro de extinción. Uno de los problemas sanitarios más destacados es Botrytis cinerea, hongo patógeno cosmopolita, causante de enfermedades importantes en muchas plantas tales como frutas, verduras, accesiones de viveros, plantas ornamentales y huertos cultivos (Jarvis 1977; Elad et al., 2007). Este género es uno de los grupos de hongos más ampliamente conocido y distribuido. Contiene 22 especies (Hennebert 1973; Yohalem et al., 2003) y un híbrido (B. allii) (Yohalem & Alabama, 2003) vinculado a las etapas sexuales y un amplio número de huéspedes específicos (Beever y Weds, 2000); infecta más de 200 especies vegetales distintas (Williamson et al., 2007). Dada la importancia de este patógeno se realiza un estudio de caracterización morfológica y molecular del hongo, aislado de plantas de orquídeas cultivadas en condiciones de invernadero, de hortalizas y plantas frutales, con síntomas de necrosis, atizonamientos y pudriciones. El análisis de las características morfológicas (presencia de esclerocios, tamaño de conidios, presencia de estructuras sexuales in vitro) y fenotípicas (crecimiento micelial a diferentes temperaturas, germinación de esporas), nos permitió determinar características importantes del comportamiento del hongo y establecer cuáles son las mejores condiciones para su patogenicidad. Se afianzo este trabajo con estudios moleculares a través del análisis de la región ribosomal ITS1-ITS4. Entre los aislados estudiados se identificaron dos especies diferentes, Botrytis cinerea y B. fabiopsis, esta última conocida como especifica de Vicia faba, se lo aisló de una planta de Pelargonium sp. Se hizo un análisis filogenético para comparar estas dos especies, encontrándose que B. fabiopsis está estrechamente relacionada con B. cinerea y B. elliptica, pero lejanamente relacionado con B. fabae. Además, se analizó las poblaciones de los aislados de Botrytis, para ello se seleccionaron tres parejas de cebadores microsatelites con altos porcentajes de polimorfismo. Al analizar la similaridad entre los aislados se determinaron tres grupos de poblaciones de B. cinerea entre los cuales Botrytis fabiopsis comparte un grupo grande con B. cinerea. La diferenciación genética no fue significativa entre la población de aislados de orquídeas y hortalizas, la diferencia génica que fue muy baja, lo que sugiere que la especificidad de Botrytis no está dada por los hospederos, aunque la posibilidad de la especificidad con algún cultivo no puede descartarse. ABSTRACT Most plants suffer diseases caused by fungi. Orchidaceae is one of the threatened groups with many endangered species. Included into the most important problems in plant health is Botrytis cinerea, a cosmopolitan pathogen which causes major diseases in many plants of agronomic interest such as fruits, vegetables, planthouses accessions and ornamental plants (Jarvis, 1977; Elad et al, 2007). The genus Botrytis is one of the most widely and disseminated fungi. The genus contains 22 species (Hennebert 1973; Yohalem et al, 2003) and a hybrid (B. allii) (Yohalem & Alabama, 2003) linked to the sexual stages of a large number of specific hosts (Beever & Weds, 2000); infects over 200 different plant species (Williamson et al., 2007). Due to the importance of this pathogen, a study of morphological and molecular characterization of the fungus was carried out. Fungi samples were isolated from orchid plants grown in greenhouse conditions, vegetables and fruits with signs of necrosis, blight and rottening. To establish the best conditions for pathogenicity, behavioral characteristics of the fungus were studied through the analysis of morphological characteristics (presence of sclerotia, conidia size, sexual structures in vitro) and mycelial growth at different temperatures. To complete the characterization of the fungi, a molecular study was performed via the analysis of ribosomal ITS1-ITS4 region. Two different species were identified: Botrytis cinerea and Botrytis fabiopsis (known by specificity to Vicia faba). B. fabiopsis was isolated from a plant of the genus Pelargonium. A phylogenetic analysis was carried out to compare these two species leading to the conclusion that B. fabiopsis is closely related to B. cinerea and B. elliptica, but distantly related to B. fabae. The populations of Botrytis isolates were also analyzed. Three pairs of microsatellite primers with high percentages of polymorphism were selected. A similarity analysis showed three groups of populations of B. cinerea, including Botrytis fabiopsis. The genetic differentiation was not significant among the populations of isolates from orchids and vegetables; genetic differences were very low, suggesting that the specificity of Botrytis species is not given by the hosts.
Resumo:
En el complejo de plagas que atacan a los principales cultivos hortícolas protegidos, destacan principalmente los Hemípteros, y dentro de estos los pulgones, dada su importancia como vectores de virus que provocan considerables daños y pérdidas económicas. Debido a que la dispersión de la mayoría de los virus de plantas puede ser eficaz con densidades bajas de vectores y su control es muy complicado al no existir métodos curativos para su control, es necesario generar nuevos conocimientos sobre las interacciones virus-vector con el fin de desarrollar nuevas y eficaces estrategias de control. Por ello, el objetivo general de esta Tesis ha sido conocer el efecto de la infección viral (directo-mediado por la presencia del virus en el vector- e indirecto-mediado por las alteraciones físico-químicas que se originan en la planta como consecuencia de la infección viral-) sobre el comportamiento y eficacia biológica del vector Aphis gossypii Glover y sus posibles repercusiones en la epidemiología de virosis de transmisión no persistente (Cucumber mosaic virus, CMV, Cucumovirus) y persistente (Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV, Polerovirus). El primer objetivo de esta Tesis Doctoral, se centró en el estudio del efecto indirecto del virus de transmisión no persistente CMV sobre el comportamiento alimenticio y la preferencia del pulgón A. gossypii en el cultivo de pepino. Los ensayos de despegue y aterrizaje mostraron que los pulgones que fueron liberados en las plantas de pepino infectadas con CMV tuvieron una mayor propensión en migrar hacia las plantas no infectadas (60, 120 y 180 minutos después de la liberación) que aquellos que fueron sometidos al tratamiento contrario (planta no infectada hacia planta infectada con CMV). El estudio de preferencia y asentamiento mostró que el vector A. gossypii prefiere asentarse en plantas infectadas con CMV en una etapa temprana de evaluación (30 minutos después de la liberación). Sin embargo, este comportamiento se revirtió en una etapa posterior (4 y 48 horas después de la liberación), donde los pulgones se asentaron más en las plantas no infectadas. A través de la técnica de Gráficos de Penetración Eléctrica (EPG) se observó un efecto indirecto del virus CMV, revelado por un cambio brusco en el comportamiento de prueba del pulgón a lo largo del tiempo, cuando éstos fueron expuestos a las plantas infectadas con CMV. Los primeros 15 minutos de registro EPG mostraron que los pulgones hicieron un número mayor de punciones intracelulares (potencial drops - pds) y pruebas en las plantas infectadas con CMV que en las plantas no infectadas. Por otra parte, la duración de la primera prueba fue más corta y la duración total de las pds por insecto fue mucho más larga en las plantas infectadas con CMV. Se observaron diferencias significativas en el tiempo transcurrido desde el final de la última pd hasta el final de la prueba, siendo ese tiempo más corto para los pulgones que estaban alimentándose en plantas infectadas con CMV. En la segunda hora de registro los pulgones rechazaron las plantas infectadas con CMV como fuente de alimento, permaneciendo menos tiempo en las fases de prueba en floema (fase de salivación – E1 y fase de ingestión del floema – E2). El comportamiento alimenticio observado sobre las plantas infectadas con CMV favorece la adquisición y posterior transmisión de los virus de transmisión no persistente, los cuales son adquiridos e inoculados durante la realización de pruebas intracelulares en las primeras pruebas de corta duración. En el segundo objetivo de la Tesis se evaluó el efecto directo e indirecto del virus de transmisión persistente CABYV en el comportamiento alimenticio y preferencia del pulgón A. gossypii en cultivo de pepino, especie susceptible al virus, y algodón, especie inmune al virus. No se observó un efecto directo del virus relevante en el comportamiento alimenticio del vector, ya que los resultados obtenidos a nivel floemático en plantas de pepino no se observaron en plantas de algodón, inmune al virus CABYV. Esto sugiere que los resultados obtenidos en pepino, pueden deberse a un “posible efecto indirecto” originado por la infección de las plantas susceptibles al virus durante la realización del ensayo, lo que indirectamente puede modificar el comportamiento del pulgón durante la fase de evaluación. Sin embargo, el virus CABYV modificó indirectamente el comportamiento alimenticio de su vector a través de cambios en la planta infectada. Los pulgones tardaron menos tiempo en llegar al floema, realizaron un mayor número de pruebas floemáticas y permanecieron durante más tiempo en actividades floemáticas en plantas infectadas con CABYV. El comportamiento observado sobre las plantas infectadas con CABYV favorece la adquisición de virus persistentes, los cuales son adquiridos durante la alimentación sostenida en floema. El estudio de preferencia y asentamiento de A. gossypii mostró que los pulgones virulíferos prefieren asentarse en plantas no infectadas a corto y largo plazo de evaluación (2, 4 y 48 horas después de la liberación). Los ensayos de despegue y aterrizaje mostraron que los pulgones virulíferos que fueron liberados en las plantas de pepino infectadas con CABYV tuvieron una mayor propensión en migrar hacia las plantas no infectadas (3, 6, 24 y 48 horas después de la liberación) que aquellos que fueron sometidos al tratamiento contrario (planta no infectada hacia planta infectada con CABYV). Sin embargo, los pulgones no virulíferos no mostraron preferencia por plantas de pepino no infectadas o infectadas con CABYV en ninguno de los ensayos (preferencia o despegue) o periodos evaluados (corto y largo plazo). Los resultados indican que el virus CABYV es capaz de modificar indirectamente el comportamiento alimenticio de su vector a través de cambios en la planta infectada, favoreciendo su adquisición por su principal vector, A. gossypii. Una vez que los pulgones tienen capacidad de transmitir el virus (virulíferos) se produce un cambio en su comportamiento prefiriendo asentarse sobre plantas no infectadas optimizándose así la dispersión viral. El tercer objetivo de la Tesis, fue evaluar los efectos directos e indirectos del virus CABYV así como los efectos indirectos del virus CMV en la eficacia biológica del vector A. gossypii. Los resultados obtenidos en los ensayos realizados con el virus persistente CABYV indican que el virus parece no modificar directamente ni indirectamente la eficacia biológica del vector en plantas de pepino o algodón, no observándose diferencias estadísticas en ninguno de los parámetros poblacionales evaluados (tiempo de desarrollo, tasa intrínseca de crecimiento, tiempo generacional medio, tasa media de crecimiento relativo y ninfas totales). En cuanto a los ensayos realizados con el virus no persistente, CMV, los resultados muestran un efecto indirecto del virus sobre la biología del vector. Así resultó que tanto la tasa intrínseca de crecimiento natural (rm) como la tasa media de crecimiento relativo (RGR) fueron más altas para pulgones crecidos sobre plantas infectadas con CMV que sobre plantas no infectadas, favoreciendo la reproducción y crecimiento poblacional del vector sobre plantas infectadas con CMV. Los resultados obtenidos en la presente Tesis, ofrecen un ejemplo de como los virus de plantas pueden manipular directa e indirectamente a su vector, maximizando así su dispersión entre las plantas. Esos nuevos conocimientos generados tienen implicaciones importantes en la transmisión, dispersión y en la epidemiología de los virus y deben ser considerados para diseñar o ajustar los modelos de simulación existentes y patrones de dispersión que describen las epidemias de estos virus. ABSTRACT The main objective of this Thesis has been to understand the effect of the viral infection (direct-mediated by the presence of the virus in the vector and indirect mediated by the chemical and physical changes originated in the plant as a consequence of the viral infection) on the behaviour and biological efficacy of the vector Aphis gossypii Glover and its consequences in the epidemiology of two viral diseases, one with non-persistent transmission (Cucumber mosaic virus, CMV, Cucumovirus) and another with persistent transmission (Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV, Polerovirus). The first objective of this Thesis was the study of the indirect effect of the nonpersistent virus CMV on the feeding behaviour and preference of the aphid A. gossypii in cucumber plants. The results of the alighting and settling behaviour studies showed that aphids exhibited no preference to migrate from CMV-infected to mock-inoculated plants at short time intervals (1, 10 and 30 min after release), but showed a clear shift in preference to migrate from CMV-infected to mock-inoculated plants 60 min after release. Our free-choice preference assays showed that A. gossypii alates preferred CMV-infected over mockinoculated plants at an early stage (30 min), but this behaviour was reverted at a later stage and aphids preferred to settle and reproduce on mock-inoculated plants. The electrical penetration graph (EPG) technique revealed a sharp change in aphid probing behaviour over time when exposed to CMV-infected plants. At the beginning (first 15 min) aphid vectors dramatically increased the number of short superficial probes and intracellular punctures when exposed to CMV-infected plants. At a later stage (second hour of recording) aphids diminished their feeding on CMV-infected plants as indicated by much less time spent in phloem salivation and ingestion (E1 and E2). This particular probing behaviour including an early increase in the number of short superficial probes and intracellular punctures followed by a phloem feeding deterrence is known to enhance the transmission efficiency of viruses transmitted in a NP manner. We conclude that CMV induces specific changes in a plant host that modify the alighting, settling and probing behaviour of its main vector A. gossypii, leading to optimum transmission and spread of the virus. The second objective of this work was to evaluate the effects that the persistently aphid transmitted Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV) can induce directly and indirectly on the alighting, settling and probing behaviour activities of the cotton aphid A. gossypii. Only minor direct changes on aphid feeding behaviour was observed due to CABYV when viruliferous aphids fed on mock-inoculated plants. However, the feeding behaviour of non-viruliferous aphids was very different on CABYV-infected than on mockinoculated plants. Non-viruliferous aphids spent longer time feeding from the phloem when plants were infected by CABYV than on mock-inoculated plants, suggesting that CABYV indirectly manipulates aphid feeding behaviour through its shared host plant in order to favour viral acquisition. The vector alighting and settling preference was compared between nonviruliferous and viruliferous aphids. Viruliferous aphids showed a clear preference for mockinoculated over CABYV-infected plants at short and long time, while such behaviour was not observed for non-viruliferous aphids. Overall, our results indicate that CABYV induces changes in its host plant that modifies aphid feeding behaviour in a way that virus acquisition from infected plants is enhanced. Once the aphids become viruliferous they prefer to settle on healthy plants, leading to optimize the transmission and spread of the virus. The third objective was to evaluate the direct and indirect effects of CABYV and indirect effects of the CMV on the A. gossypii fitness. Obtained results for the persistent virus CABYV showed that the virus did not modify the vector fitness in cucumber or cotton plants. None of the evaluated variables was statistically significant (development time (d), intrinsic growth rate (rm), mean relative growth rate (RGR) and total number of nymphs). On the other hand, data obtained for the non-persistent virus (CMV) showed an indirect effect of the virus on the vector fitness. Thus, the rm and RGR were higher for aphids grown on CMV-infected plants compared to aphids grown on mock-inoculated plants. Overall, the obtained results are clear examples of how plant viruses could manipulate directly and indirectly vector behaviour to optimize its own dispersion. These results are important for a better understanding of transmission, dispersion and epidemiology of plant viruses transmitted by vectors. This information could be also considered to design or adjust simulation models and dispersion patterns that describe plant virus epidemics.
