Programación y simulación de la comunicación intercelular mediante conjugación en el simulador multicelular GRO

Los conjuntos bacterianos son sistemas dinámicos difíciles de modelar debido a que las bacterias colaboran e intercambian información entre sí. Estos microorganismos procariotas pueden tomar decisiones por mayoría e intercambiar información genética importante que, por ejemplo, las haga resistentes a un antibiótico. El proceso de conjugación consiste en el intercambio de un plásmido de una bacteria con otra, permitiendo así que se transfieran propiedades. Estudios recientes han demostrado que estos plásmidos pueden ser reprogramados artificialmente para que la bacteria que lo contenga realice una función específica [1]. Entre la multitud de aplicaciones que supone esta idea, el proyecto europeo PLASWIRES está intentando demostrar que es posible usar organismos vivos como computadores distribuidos en paralelo y plásmidos como conexión entre ellos mediante conjugación. Por tanto, mediante una correcta programación de un plásmido, se puede conseguir, por ejemplo, hacer que una colonia de bacterias haga la función de un antibiótico o detecte otros plásmidos peligrosos en bacterias virulentas. El proceso experimental para demostrar esta idea puede llegar a ser algo lento y tedioso, por lo que es necesario el uso de simuladores que predigan su comportamiento. Debido a que el proyecto PLASWIRES se basa en la conjugación bacteriana, surge la necesidad de un simulador que reproduzca esta operación. El presente trabajo surge debido a la deficiencia del simulador GRO para reproducir la conjugación. En este documento se detallan las modificaciones necesarias para que GRO pueda representar este proceso, así como analizar los datos obtenidos e intentar ajustar el modelo a los datos obtenidos por el Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC). ---ABSTRACT---Bacterial colonies are dynamical systems difficult to model because bacteria collaborate and exchange information with each other. These prokaryotic organisms can make decisions by majority and exchange important genetic information, for example, make them resistant to an antibiotic. The conjugation process is the exchange of a plasmid from one bacterium to another, allowing both to have the same properties. Recent studies have shown that these plasmids can be artificially reprogrammed to make the bacteria that contain it to perform a specific function [1]. Among the multitude of applications involved in this idea, the European project PLASWIRES is attempting to prove that it is possible to use living organisms as parallel and distributed computers with plasmids acting as connectors between them through conjugation. Thus, by properly programming a plasmid, you can get a colony of bacteria that work as an antibiotic or detect hazardous plasmids in virulent bacteria. The experimental process to prove this idea can be slow and tedious, so the use of simulators to predict their behavior is required. Since PLASWIRES project is based on bacterial conjugation, a simulator that can reproduce this operation is required. This work arises due to the absence of the conjugation process in the simulator GRO. This document details the changes made to GRO to represent this process, analyze the data and try to adjust the model to the data obtained by the Institute of Biomedicine and Biotechnology of Cantabria ( IBBTEC ). This project has two main objectives, the first is to add the functionality of intercellular communication by conjugation to the simulator GRO, and the second is to use the experimental data obtained by the IBBTEC. To do this, the following points should be followed: • Study of conjugation biology as a mechanism of intercellular communication. • Design and implementation of the algorithm that simulates conjugation. • Experimental validation and model adjust to the experimental data on rates of conjugation and bacterial growth.

La historia del oso de las cavernas: vida y muerte de un animal desaparecido

El título de este libro «La historia del oso de las cavernas: vida y muerte de un animal desaparecido» no es una feliz ocurrencia. Es una traducción del libro escrito por el paleontólogo fmés BjomKurten (1924-88) de la Universidad de Helsinki: The cave bear story: life and death of a vanished animal (Columbia University Press 1976) que, junto con innumerables artículos científicos, fueron inspiración de mi trabajo de investigación. No llegué a conocerle personalmente pero mantuve con él una relación epistolar y me ofreció sugerencias interesantes e, incluso, material en préstamo, el año de su muerte. El título del libro es más largo ya que reconcoce la contribución del yacimiento de Amutxate a esta historia. Como editor de este libro creo que, además de la satisfacción que me ha producido su escritura y coordinación, llega el momento de echar la vista atrás, recordar tantos buenos/malos momentos. He decidido hablar de buenos/malos momentos porque la espeleología, sea en su faceta científica o en la deportiva, consiste en una sucesión de vivencias en un ambiente hosti 1 que culmina con la satisfacción que produce el descubrimiento. En 1966 se produjo un hecho que marcó mi futuro participando en las exploraciones como miembro del GEM (Grupo Espeleológico de Minas) encontré mis primeros fósiles en la cueva del Reguerillo, cerca de Madrid. Esta cueva la excavé en 1971-1976 y, en años posteriores trabajé en otras muchas: Arrikrutz (Oñati, Guipúzcoa), Sima de los Huesos (Atapuerca, Burgos), Troskaeta (Ataun, Guipúzcoa), Los Osos (Tella-sin, Huesca), Eirós (Triacastela, Lugo ), La Lucia (Quintanilla, Cantabria), Santa Isabel (Ranero, Vizcaya) y, finalmente, Amutxate en la Sierra de Aralar.

Buque de apoyo a plataformas mar del Norte 4500tpm

Proyecto Fin de Carrera nº 223. Título del proyecto: BUQUE DE APOYO A PLATAFORMAS MAR DEL NORTE 4500 tons Descripción del proyecto: Reglamentos y Soc. Clas.: Lloyd's Register, SOLAS, MARPOL Eslora máxima: 85 m Peso muerto: 4500 TPM Velocidad: 17 nudos al 90% MCR Sistemas de propulsión: Diesel-eléctrica. Posicionamiento dinámico nivel 2 Requisitos adicionales: acomodación de 45 personas. Cuaderno de comportamiento en aguas de la costa de Cantabria

Efecto residual de la aplicación de fertilizantes de nueva generación sobre la producción, composición y diversidad de pastos herbáceos en una dehesa toledana

La mejora de pastos herbáceos en la dehesa está asociada a la aplicación de fertilizantes fosfóricos con el objetivo de incrementar la producción de materia seca y el contenido de proteínas a través del aumento de la cantidad de leguminosas. El principal factor limitante para que la fertilización sea efectiva es la disponibilidad de agua, ya que en años con escasas precipitaciones no se registran aumentos de la producción ni del contenido en leguminosas. Por otra parte, en el caso de los fertilizantes fosfóricos existe un interesante efecto residual tras el cese de la aplicación, o bien un efecto retardado (aprovechamiento en año húmedo tras aplicación en año seco). Se evaluó el efecto residual de fertilizantes fosfóricos de nueva generación, sobre la producción, riqueza y diversidad herbácea en la dehesa. El experimento se realizó en el CIA Dehesón del Encinar?, Oropesa, durante el año 2013, en un área que había sido fertilizada durante tres años consecutivos con 36 UF de P2O5 a través de un fertilizante complejo NPK (de bajo contenido en N) o con fosfatos naturales de Gafsa. Si bien no se obtuvieron incrementos de materia seca en los tratamientos con fertilización, éstos presentaron un mayor contenido en leguminosas, y valores más altos de riqueza y diversidad.

Sustainable Living. Environmental integration in 15 vernacular Spanish houses

This research was published online by the Spanish Ministry of Public Works in 2012. It collects 20 years of work that contributes to recognizing and enhancing the vernacular architecture in Spain, which has no known author, but has significant values and shows a wide variety of adaptation examples to climatic and environmental conditions. The research analyzes in detail and from different scales 15 houses in different climatic conditions and geographic regions in order to go deeper into the specific characteristics of each one of them from the perspective of sustainability. These houses are located in Tenerife, Salamanca, Huelva, Granada, Toledo, Madrid, Menorca, Alicante, Mallorca, Almería, La Coruña, Cantabria, Huesca and Lugo. The article analyzes the traditional dwelling, the natural environment and conditions that surround it and intends to discover the formal dialogue among them, as well as the origin of the design strategies

Comparación del índice de vegetación de diferencia normalizada obtenido a diferentes escalas en pastos de dehesa

Las imágenes satelitales son una importante fuente de información para el seguimiento de la vegetación y de la cartografía de la tierra en varias escalas. Varios índices de vegetación se han empleado para evaluar la calidad y cantidad de la vegetación utilizando datos satelitales. Dado que las características de las bandas espectrales del infrarrojo cercano (NIR, radiación reflejada en la longitud de onda 800 nm) y el rojo (RED, radiación reflejada en la longitud de onda 670 nm) son muy distintas según el tipo de sensor, los valores del Índice de Vegetación de la Diferencia Normalizada (NDVI) variarán según el tamaño del píxel y de la heterogeneidad y la escala de las superficies. Se seleccionaron dos zonas de dehesa (Salamanca y Córdoba) y se tomaron imágenes mensuales del satélite DEIMOS-1 con una resolución espacial de 22 m × 22 m. El objetivo de este estudio es establecer una comparación entre diferentes resoluciones, mediante los valores de NDVI obtenidos en diferentes épocas del año en el que la actividad fotosintética de las plantas varía. Los resultados a diferentes escalas mostraron un comportamiento fractal del NDVI por lo que puede concluirse que las áreas de pasto herbáceo evaluadas presentan un comportamiento homogéneo.

Algunas reflexiones sobre el programa Erasmus

Se describen someramente las características de diversos programas de intercambio de estudiantes universitarios, en particular del ERASMUS, el cual pronto va a ser sustituido por otro más amplio denominado SÓCRATES. También se van a comentar algunas posibles dificultades que pueden aparecer en el desarrollo de los mismos y finalmente se expondrán las conclusiones que de forma provisional ha extraído el autor a partir de su experiencia como actor en alguno de ellos, primeramente en la Universidad de Cantabria y más tarde en la Universidad Politécnica de Madrid. La información obtenida del Vicerrectorado de la UPM se reconoce con especial agradecimiento

Spawning and habitat management in salmonid populations at the southern edge of their natural ranges = Reproducción y gestión del hábitat en poblaciones de salmónidos en el extremo meridional de sus distribuciones naturales

Las poblaciones de salmónidos en la Península Ibérica (trucha común, Salmo trutta; y salmón atlántico, Salmo salar) se encuentran cerca del límite meridional de sus distribuciones naturales, y por tanto tienen una gran importancia para la conservación de estas especies. En la presente Tesis se han investigado algunos aspectos de la reproducción y de la gestión del hábitat, con el objeto de mejorar el conocimiento acerca de estas poblaciones meridionales de salmónidos. Se ha estudiado la reproducción de la trucha común en el río Castril (Andalucía, sur de España), donde se ha observado que la freza ocurre desde diciembre hasta abril con el máximo de actividad en febrero. Este hecho representa uno de los periodos reproductivos más tardíos y con mayor duración de toda la distribución natural de la especie. Además, actualmente se sabe que el resto de poblaciones andaluzas tienen periodos de reproducción similares (retrasados y extendidos). Análisis en la escala de la distribución natural de la trucha común, han mostrado que la latitud explica parcialmente tanto la fecha media de reproducción (R2 = 62.8%) como la duración del periodo de freza (R2 = 24.4%) mediante relaciones negativas: a menor latitud, la freza ocurre más tarde y durante más tiempo. Es verosímil que un periodo de freza largo suponga una ventaja para la supervivencia de las poblaciones de trucha en hábitats impredecibles, y por tanto se ha propuesto la siguiente hipótesis, que deberá ser comprobada en el futuro: la duración de la freza es mayor en hábitats impredecibles que en aquellos más predecibles. La elevada tasa de solapamiento de frezaderos observada en el río Castril no se explica únicamente por una excesiva densidad de reproductores. Las hembras de trucha eligieron lugares específicos para construir sus frezaderos en vez de dispersarse aleatoriamente dentro del hábitat adecuado para la freza que tenían disponible. Estas observaciones sugieren que las hembras tienen algún tipo de preferencia por solapar sus frezaderos. Además, en ríos calizos como el Castril, las gravas pueden ser muy cohesivas y difíciles de excavar, por lo que el solapamiento de frezaderos puede suponer una ventaja para la hembra, porque la excavación en sustratos que han sido previamente removidos por frezas anteriores requerirá menos gasto de energía que en sustratos con gravas cohesivas que no han sido alteradas. Por tanto, se ha propuesto la siguiente hipótesis, que deberá ser comprobada en el futuro: las hembras tienen una mayor preferencia por solapar sus frezaderos en ríos con sustratos cohesivos que en ríos con sustratos de gravas sueltas. En el marco de la gestión del hábitat, se han empleado dos enfoques diferentes para la evaluación del hábitat físico, con el objeto de cuantificar los cambios potenciales en la disponibilidad de hábitat, antes de la implementación real de determinadas medidas sobre el hábitat. En primer lugar, se ha evaluado el hábitat físico del salmón atlántico en el río Pas (Cantabria, norte de España), en la escala del microhábitat, empleando la metodología IFIM junto con un modelo hidráulico bidimensional (River2D). Se han simulado una serie de acciones de mejora del hábitat y se han cuantificado los cambios en el hábitat bajo estas acciones. Los resultados mostraron un aumento muy pequeño en la disponibilidad de hábitat, por lo que no sería efectivo implementar estas acciones en este tramo fluvial. En segundo lugar, se ha evaluado el hábitat físico de la trucha común en el río Tajuña (Guadalajara, centro de España), en la escala del mesohábitat, empleando la metodología MesoHABSIM. Actualmente, el río Tajuña está alterado por los usos agrícolas de sus riberas, y por tanto se ha diseñado una restauración para mitigar estos impactos y para llevar al río a un estado más natural. Se ha cuantificado la disponibilidad de hábitat tras la restauración planteada, y los resultados han permitido identificar los tramos en los que la restauración resultaría más eficaz. ABSTRACT Salmonid populations in the Iberian Peninsula (brown trout, Salmo trutta; and Atlantic salmon, Salmo salar) are close to the southern limit of their natural ranges, and therefore they are of great importance for the conservation of the species. In the present dissertation, some aspects of spawning and habitat management have been investigated, in order to improve the knowledge on these southern salmonid populations. Brown trout spawning have been studied in the river Castril (Andalusia, southern Spain), and it has been observed that spawning occurs from December until April with the maximum activity in February. This finding represents one of the most belated and protracted spawning periods within the natural range of the species. Furthermore, it is now known that the rest of Andalusian populations show similar (belated and extended) spawning periods. Broad-scale analyses throughout the brown trout natural range showed that latitude partly explained both spawning mean time (R2 = 62.8%) and spawning duration (R2 = 24.4%) by negative relationships: the lower the latitude, the later the spawning time and the longer the spawning period. It is plausible that a long spawning period would be an advantage for survival of trout populations in unpredictable habitats, and thus the following hypothesis has been proposed, which is yet to be tested: spawning duration is longer in unpredictable than in predictable habitats. High rate of redd superimposition observed in the river Castril was not only caused by high density of spawners. Trout females chose specific sites for redd construction instead of randomly dispersing over the suitable spawning habitat. These observations suggest that female spawners have some kind of preference for superimposing redds. Moreover, in limestone streams such as Castril, unused gravels can be very cohesive and hard to dig, and thus redd superimposition may be an advantage for female, because digging may require less energy expenditure in already used redd sites than in cohesive and embedded unused sites. Hence, the following hypothesis has been proposed, which is yet to be tested: females have a higher preference for superimposing redds in streambeds with cohesive and embedded substrates than in rivers with loose gravels. Within the topic of habitat management, two different approaches have been used for physical habitat assessment, in order to quantify the potential change in habitat availability, prior to the actual implementation of proposed habitat measures. Firstly, physical habitat for Atlantic salmon in the river Pas (Cantabria, northern Spain) has been assessed at the microhabitat scale, using the IFIM approach along with a two dimensional hydraulic model (River2D). Proposed habitat enhancement actions have been simulated and potential habitat change has been quantified. Results showed a very small increasing in habitat availability and therefore it is not worth to implement these measures in this stream reach. Secondly, physical habitat for brown trout in the river Tajuña (Guadalajara, central Spain) has been assessed at the mesohabitat scale, using the MesoHABSIM approach. The river Tajuña is currently impacted by surrounding agricultural uses, and thus restoration was designed to mitigate these impacts and to drive the river to a more natural state. Habitat availability after the planned restoration has been quantified, and the results have permitted to identify in which sites the restoration will be more effective.

Para una gestión forestal sostenible, más madera (iniciativas, oportunidades y barreras a la movilización de madera de coníferas en el centro y norte de España)

En este estudio se ha analizado la situación relativa a la movilización de madera de coníferas en algunas Comunidades Autónomas del Centro y Norte del Estado español (Galicia, Asturias, Cantabria, País Vasco, La Rioja, Navarra, Aragón, Cataluña y Madrid) y en algunas provincias de otras Comunidades Autónomas – Palencia, Burgos, Soria y Segovia en Castilla y León y Guadalajara en Castilla-La Mancha -. En estos territorios, según las estadísticas de MAGRAMA, se produjeron 6.247.783 m3 de cortas de coníferas en 2012, un 93,1 % del total nacional. El estudio se ha planteado con los siguientes objetivos: - Identificar y valorar la información disponible sobre crecimiento bruto e incremento neto de existencias entre los Inventarios Forestales Nacionales más recientes disponibles en el área señalada. - Recopilar los datos más recientes sobre cortas de coníferas y su serie histórica en la misma zona geográfica. - Realizar entrevistas a decisores y expertos en el área de estudio para identificar: • Barreras a la comercialización de madera en rollo. • Iniciativas y propuestas para superar esas restricciones. • Oportunidades en las distintas Comunidades Autónomas y provincias estudiadas. Estos datos y la información recogida entre los profesionales han permitido redactar una serie de conclusiones sobre las barreras a la movilización de madera y las iniciativas de mayor interés para superarlas, así como elaborar propuestas o recomendaciones para aprovechar la situación favorable del mercado y aumentar el grado de gestión forestal activa y sostenible.