Diseño e implementación de un módulo para la anotación de imágenes médicas

Desde hace tiempo ha habido mucho interés en la automatización de todo tipo de tareas en las que la intervención humana es esencial para que sean completadas con éxito. Esto es de especial interés si además se ciertas tareas que pueden ser perfectamente reproducibles y, o bien requieren mucha formación, o bien consumen mucho tiempo. Este proyecto está dirigido a la búsqueda de métodos para automatizar la anotación de imágenes médicas. En concreto, se centra en el apartado de delimitación de las regiones de interés (ROIs) en imágenes de tipo PET siendo éstas usadas con frecuencia junto con las imágenes de tipo CT en el campo de oncología para delinear volúmenes afectados por cáncer. Se pretende con esto ayudar a los hospitales a organizar y estructurar las imágenes de sus pacientes y relacionarlas con las notas clínicas. Esto es lo que llamaremos el proceso de anotación de imágenes y la integración con la anotación de notas clínicas respectivamente. En este documento nos vamos a centrar en describir cuáles eran los objetivos iniciales, los pasos dados para su consecución y las dificultades encontradas durante el proceso. De todas las técnicas existentes en la literatura, se han elegido 4 técnicas de segmentación, 2 de ellas probadas en pacientes reales y las otras 2 probadas solo en phantoms según la literatura. En nuestro caso, las pruebas, se han realizado en imágenes PET de 6 pacientes reales diagnosticados de cáncer. Los resultados han sido analizados y presentados. ---ABSTRACT---For a long period of time, there has been an increasing interest in automation of tasks where human intervention is needed in order to succeed. This interest is even greater if those tasks must be solved by qualifed specialists in the area and the task is reproducible or if the task is too time consuming. The main objective of this project is to find methods which can help to automate medical image annotation processes. In our specific case, we are willing to delineate regions of interest (ROIs) in PET images which are frequently used simultaneaously ith CT images in oncology to determine those volumes that are afected by cancer. With this process we want to help hospitals organize and have from their patient studies and to relate these images to the corpus annotations. We may call this the image annotation process and the integration with the corpus annotation respectively. In this document we are going to concentrate in the description of the initial objectives, the steps we had to go through and the di�culties we had to face during this process. From all existing techniques in the literature, 4 segmentation techniques have been chosen, 2 of them were tested in real patients and the other 2 were tested using phantoms according to the literature. In our case, the tests have been done using PET images from 6 real patients diagnosed with cancer. The results have been analyzed and presented.

Energy Management and Optimization for Video Decoders based on Functional-oriented Reconfiguration

In recent years, the increasing sophistication of embedded multimedia systems and wireless communication technologies has promoted a widespread utilization of video streaming applications. It has been reported in 2013 that youngsters, aged between 13 and 24, spend around 16.7 hours a week watching online video through social media, business websites, and video streaming sites. Video applications have already been blended into people daily life. Traditionally, video streaming research has focused on performance improvement, namely throughput increase and response time reduction. However, most mobile devices are battery-powered, a technology that grows at a much slower pace than either multimedia or hardware developments. Since battery developments cannot satisfy expanding power demand of mobile devices, research interests on video applications technology has attracted more attention to achieve energy-efficient designs. How to efficiently use the limited battery energy budget becomes a major research challenge. In addition, next generation video standards impel to diversification and personalization. Therefore, it is desirable to have mechanisms to implement energy optimizations with greater flexibility and scalability. In this context, the main goal of this dissertation is to find an energy management and optimization mechanism to reduce the energy consumption of video decoders based on the idea of functional-oriented reconfiguration. System battery life is prolonged as the result of a trade-off between energy consumption and video quality. Functional-oriented reconfiguration takes advantage of the similarities among standards to build video decoders reconnecting existing functional units. If a feedback channel from the decoder to the encoder is available, the former can signal the latter changes in either the encoding parameters or the encoding algorithms for energy-saving adaption. The proposed energy optimization and management mechanism is carried out at the decoder end. This mechanism consists of an energy-aware manager, implemented as an additional block of the reconfiguration engine, an energy estimator, integrated into the decoder, and, if available, a feedback channel connected to the encoder end. The energy-aware manager checks the battery level, selects the new decoder description and signals to build a new decoder to the reconfiguration engine. It is worth noting that the analysis of the energy consumption is fundamental for the success of the energy management and optimization mechanism. In this thesis, an energy estimation method driven by platform event monitoring is proposed. In addition, an event filter is suggested to automate the selection of the most appropriate events that affect the energy consumption. At last, a detailed study on the influence of the training data on the model accuracy is presented. The modeling methodology of the energy estimator has been evaluated on different underlying platforms, single-core and multi-core, with different characteristics of workload. All the results show a good accuracy and low on-line computation overhead. The required modifications on the reconfiguration engine to implement the energy-aware manager have been assessed under different scenarios. The results indicate a possibility to lengthen the battery lifetime of the system in two different use-cases.

Creación y automatización de laboratorios configurables CCNA Cisco para la realización de prácticas de networking

El presente trabajo está enfocado a facilitar la realización de prácticas con equipamiento de laboratorio físico, permitiendo que se tenga acceso a diferentes escenarios virtuales (topologías de ejercicios) sin necesidad de variar la configuración física (conexionado) de dos kits de laboratorio oficial para CCNA Routing & Switching[1] y CCNA Security[2]. Para ello se plantea la creación de diferentes escenarios o topologías virtuales que puedan montarse sobre el mismo escenario de conexionado físico. Es necesario revisar y seleccionar los ejercicios prácticos más destacados en términos de importancia de las curriculas de CCNA Routing & Switching y CCNA Security. Naturalmente, estos ejercicios han de variar en sus interfaces, nomenclatura y documentación para que cuadren con las especificaciones disponibles del laboratorio físico, todo ello sin perder nada de su fundamento. Los escenarios físicos deben de ser lo más versátiles posibles para dar soporte a las topologías requeridas en los ejercicios prácticos de los cursos oficiales de CISCO CCNA Routing & Switching y CCNA Security, con el objetivo de realizar los mínimos cambios de configuración física posibles, y poder simultanear la realización de diferentes prácticas y entre alumnos de diferentes asignaturas. También se pretende posibilitar que los profesores desarrollen sus propios ejercicios prácticos compatibles con el conexionado físico escogido. Para ello se utilizará un servidor de acceso (Access Server) para que los alumnos puedan configurar de forma remota los diferentes equipos sin necesidad de acudir en persona al laboratorio, aunque esta también sea una opción más que viable. Los dos escenarios contarán con tres routers, tres switches y un firewall, de forma que han sido montados en su respectivo armario, al igual que sus conexiones y cableado. La deshabilitación de puertos en los diferentes equipos de red que forman el kit de laboratorio (routers, switches y firewalls) dará lugar a los diferentes escenarios virtuales. Se crearán VLANs en los switches para establecer diferentes conexiones. Estos escenarios deberán ofrecer la variedad necesaria para realizar las diferentes prácticas necesarias en las asignaturas “Tecnologías de Red CISCO: CCNA” [3], “Redes y Comunicaciones” [4] y “Diseño y Seguridad de Redes” [5]. Además, para facilitar y agilizar el cambio entre topologías, se debe automatizar la configuración básica de cada escenario virtual (activación/desactivación de puertos) en base a la topología deseada, y el establecimiento de una configuración inicial. De forma que los alumnos puedan comenzar los ejercicios de igual forma a lo que ven en los documentos explicativos, y en el caso de terminar su sesión (o cerrarla voluntariamente) que sus progresos en el mismo se guarden para posteriores sesiones de forma que puedan proseguir su tarea cuando deseen.---ABSTRACT---The present work is aimed at facilitating the experiments with equipment Physical Laboratory, allowing access to different virtual scenarios (topologies exercises) without changing the physical configuration (connection) with two kits of official laboratory for CCNA Routing & Switching[1] and CCNA Security[2]. This requires the creation of different scenarios or virtual topologies that can be mounted on the same physical connection scenario arises. It is necessary to review and select the most prominent practical exercises in terms of importance of curricula of CCNA Routing and Switching, and CCNA Security. Naturally, these exercises must vary in their interfaces, nomenclature and documentation available that fit the specifications of the physical laboratory, all without losing any of its foundation. The physical setting should be as versatile as possible to support topologies required in the practical exercises of official courses CISCO Routing and Switching CCNA, and CCNA Security, in order to make the minimum possible changes in physical configuration, and can simultaneous realization of different practices, and between students of different subjects. It also aims to enable teachers to develop their own practical exercises compatible with the physical connection chosen. For this, we will use an Access Server will be used by the students to access remotely to configure different computers without having to go in person to the laboratory, but this is also an other viable option. The two scenarios have three routers, three switches and a firewall, so that have been mounted in their respective rack, as well as their connections and wiring. Disabling ports on different network equipment that make up the lab kit (routers, switches and firewalls) will lead to different virtual scenarios. These scenarios should provide the variety needed to perform the necessary practices in different subjects "Network Technologies CISCO: CCNA"[3], "Networking and Communications"[4] and "Design and Network Security." [5] Moreover, to facilitate and expedite the exchange topologies, it was necessary to automate the basic configuration of each virtual setting (on/off ports) based on the desired topology, and the establishment of an initial configuration. So that, the students can begin the exercises equally to what they see on explanatory documents, and if they finish their session (or close voluntarily) their progress on the exercise will be saved for future sessions so that they can continue their work when they want.

Desarrollo de una aplicación Web empresarial de ayuda a la producción de campañas publicitarias

La creación de esta aplicación web empresarial surge con la necesidad de optimizar el tiempo en el proceso de creación de una campaña publicitaria de email marketing. El objetivo principal de este trabajo es automatizar el proceso de validación de los campos de un formulario web. Un formulario web [6] es un documento digital en el que los usuarios introducen sus datos personales como nombre, apellido, dirección, documento de identidad, entre otros. Estos datos posteriormente serán procesados y almacenados en un base de datos para luego ser enviados al anunciante. El proceso de validación se refiere a la programación del formulario web en la parte del cliente usando tecnologías web como JavaScript y HTML5, para controlar que los datos introducidos por el usuario en el formulario, sean correctos. Cada campo de un formulario web tiene una validación específica que depende de varios factores, como son el país de lanzamiento de la campaña y el campo a validar. De esta forma dependiendo del tipo de validación se genera un fichero JavaScript con todas las validaciones de dicho formulario. Una de las finalidades de este trabajo es que cualquier usuario de la empresa pueda programar un formulario web, sin tener conocimientos previos de programación, ya que la programación se realiza de forma transparente al usuario. Este es un resumen básico de la aplicación web, sin embargo se debe tener en cuenta una serie de requisitos y parámetros para hacerlo más eficiente y personalizable dependiendo de las necesidades del producto final de cada campaña publicitaria. Todos estos aspectos se explicaran en detalle en los siguientes apartados. Este trabajo se realizó en el corporativo Media Response Group, para la empresa Canalmail S.L, situada en Alcobendas, supervisado por los tutores profesionales Daniel Paz y Jorge Lázaro Molina y por el tutor académico Rafael Fernández Gallego de la Universidad Politécnica de Madrid.---ABSTRACT---The creation of this enterprise Web application arises from the need to optimize the time in the process of creating an online advertising campaign. The main objective of this work is to automate the process of validating fields in a web form. A web form [6] is a digital document that users enter data such as name, surname, address, ID number among others. These data will subsequently be processed and stored in a database and then be sent to the client. These data will subsequently be processed and stored in a database and then be sent to the advertiser. This validation process refers to programming the online form on the client‟s side using web technologies such as JavaScript, HTML5 to control that the data entered by the user in this form are correct. Each field in a web form has a specific validation that depends on several factors; like being a nationwide launch of the campaign and validating data, thus depending on the type of validation a JavaScript file is generated with all validation web form. This file is integrated into the web form by calling the service. One purpose of this work is that any business user can program a web form, without prior knowledge of web programming, since programming is transparent to the user. This is a basic summary of the web application; however we must consider a number of requirements and parameters to make it more efficient and customizable depending on the needs of the end product of each advertising campaign. All these aspects are explained in detail in the following sections. This work was performed in the corporate Media Response Group, for the company Canalmail S.L, located in Alcobendas, supervised by professional tutors Daniel Paz and Jorge Lázaro Molina and PhD Assistant Lecturer at Universidad Politécnica de Madrid. Rafael Fernández Gallego.

Context-awareness in task automation services by distributed event processing

Everybody has to coordinate several tasks everyday, usually in a manual manner. Recently, the concept of Task Automation Services has been introduced to automate and personalize the task coordination problem. Several user centered platforms and applications have arisen in the last years, that let their users configure their very own automations based on third party services. In this paper, we propose a new system architecture for Task Automation Services in a heterogeneous mobile, smart devices, and cloud services environment. Our architecture is based on the novel idea to employ distributed Complex Event Processing to implement innovative mixed execution profiles. The major advantage of the approach is its ability to incorporate context-awareness and real-time coordination in Task Automation Services.

Interfaz gráfica de usuario para la detección de microcalcificaciones mediante análisis de mamografía digitalizada

The graphical user interface (GUI) are all graphic elements that help to communicate with a system. The design of a GUI allow to land the central idea of a draft information technology. Today technology has become one of the largest and most useful tools to automate and facilitate processes for that reason fit into any kind of productive sectors, for example, in the health sector. The CAD systems (Systems Computer Aided Diagnosis) are the type of technology used in the health sector, in order to automate online modular learning environment with a fast placed in service. In the present paper the use of a Learning Management Systems (LMS) as continuous education tool is proposed.

Application of user-centered design in the development of an atomated/assisted testing system for self-service devices

Automated Teller Machines (ATMs) are sensitive self-service systems that require important investments in security and testing. ATM certifications are testing processes for machines that integrate software components from different vendors and are performed before their deployment for public use. This project was originated from the need of optimization of the certification process in an ATM manufacturing company. The process identifies compatibility problems between software components through testing. It is composed by a huge number of manual user tasks that makes the process very expensive and error-prone. Moreover, it is not possible to fully automate the process as it requires human intervention for manipulating ATM peripherals. This project presented important challenges for the development team. First, this is a critical process, as all the ATM operations rely on the software under test. Second, the context of use of ATMs applications is vastly different from ordinary software. Third, ATMs’ useful lifetime is beyond 15 years and both new and old models need to be supported. Fourth, the know-how for efficient testing depends on each specialist and it is not explicitly documented. Fifth, the huge number of tests and their importance implies the need for user efficiency and accuracy. All these factors led us conclude that besides the technical challenges, the usability of the intended software solution was critical for the project success. This business context is the motivation of this Master Thesis project. Our proposal focused in the development process applied. By combining user-centered design (UCD) with agile development we ensured both the high priority of usability and the early mitigation of software development risks caused by all the technology constraints. We performed 23 development iterations and finally we were able to provide a working solution on time according to users’ expectations. The evaluation of the project was carried out through usability tests, where 4 real users participated in different tests in the real context of use. The results were positive, according to different metrics: error rate, efficiency, effectiveness, and user satisfaction. We discuss the problems found, the benefits and the lessons learned in the process. Finally, we measured the expected project benefits by comparing the effort required by the current and the new process (once the new software tool is adopted). The savings corresponded to 40% less effort (man-hours) per certification. Future work includes additional evaluation of product usability in a real scenario (with customers) and the measuring of benefits in terms of quality improvement.

Quantitative analysis of morphological changes in yeast colonies growing on solid medium: the eccentricity and Fourier indices

The colony shape of four yeast species growing on agar medium wasmeasured for 116 days by image analysis. Initially, all the colonies are circular, with regular edges. The loss of circularity can be quantitatively estimated by the eccentricity index, Ei, calculated as the ratio between their orthogonal vertical and horizontal diameters. Ei can increase from 1 (complete circularity) to a maximum of 1.17–1.30, depending on the species. One colony inhibits its neighbour only when it has reached a threshold area. Then, Ei of the inhibited colony increases proportionally to the area of the inhibitory colony. The initial distance between colonies affects those threshold values but not the proportionality, Ei/area; this inhibition affects the shape but not the total surface of the colony. The appearance of irregularities in the edges is associated, in all the species, not with age but with nutrient exhaustion. The edge irregularity can be quantified by the Fourier index, Fi, calculated by the minimum number of Fourier coefficients that are needed to describe the colony contour with 99% fitness. An ad hoc function has been developed in Matlab v. 7.0 to automate the computation of the Fourier coefficients. In young colonies, Fi has a value between 2 (circumference) and 3 (ellipse). These values are maintained in mature colonies of Debaryomyces, but can reach values up to 14 in Saccharomyces.All the species studied showed the inhibition of growth in facing colony edges, but only three species showed edge irregularities associated with substrate exhaustion. Copyright © 2014 John Wiley & Sons, Ltd.

CompactRIO: advanced data acquisition systems integration in CODAC Core System

Las herramientas de configuración basadas en lenguajes de alto nivel como LabVIEW permiten el desarrollo de sistemas de adquisición de datos basados en hardware reconfigurable FPGA muy complejos en un breve periodo de tiempo. La estandarización del ciclo de diseño hardware/software y la utilización de herramientas como EPICS facilita su integración con la plataforma de adquisición y control ITER CODAC CORE SYSTEM (CCS) basada en Linux. En este proyecto se propondrá una metodología que simplificará el ciclo completo de integración de plataformas novedosas, como cRIO, en las que el funcionamiento del hardware de adquisición puede ser modificado por el usuario para que éste se amolde a sus requisitos específicos. El objetivo principal de este proyecto fin de master es realizar la integración de un sistema cRIO NI9159 y diferentes módulos de E/S analógica y digital en EPICS y en CODAC CORE SYSTEM (CCS). Este último consiste en un conjunto de herramientas software que simplifican la integración de los sistemas de instrumentación y control del experimento ITER. Para cumplir el objetivo se realizarán las siguientes tareas: • Desarrollo de un sistema de adquisición de datos basado en FPGA con la plataforma hardware CompactRIO. En esta tarea se realizará la configuración del sistema y la implementación en LabVIEW para FPGA del hardware necesario para comunicarse con los módulos: NI9205, NI9264, NI9401.NI9477, NI9426, NI9425 y NI9476 • Implementación de un driver software utilizando la metodología de AsynDriver para integración del cRIO con EPICS. Esta tarea requiere definir todos los records necesarios que exige EPICS y crear las interfaces adecuadas que permitirán comunicarse con el hardware. • Implementar la descripción del sistema cRIO y del driver EPICS en el sistema de descripción de plantas de ITER llamado SDD. Esto automatiza la creación de las aplicaciones de EPICS que se denominan IOCs. SUMMARY The configuration tools based in high-level programing languages like LabVIEW allows the development of high complex data acquisition systems based on reconfigurable hardware FPGA in a short time period. The standardization of the hardware/software design cycle and the use of tools like EPICS ease the integration with the data acquisition and control platform of ITER, the CODAC Core System based on Linux. In this project a methodology is proposed in order to simplify the full integration cycle of new platforms like CompactRIO (cRIO), in which the data acquisition functionality can be reconfigured by the user to fits its concrete requirements. The main objective of this MSc final project is to develop the integration of a cRIO NI-9159 and its different analog and digital Input/Output modules with EPICS in a CCS. The CCS consists of a set of software tools that simplifies the integration of instrumentation and control systems in the International Thermonuclear Reactor (ITER) experiment. To achieve such goal the following tasks are carried out: • Development of a DAQ system based on FPGA using the cRIO hardware platform. This task comprehends the configuration of the system and the implementation of the mandatory hardware to communicate to the I/O adapter modules NI9205, NI9264, NI9401, NI9477, NI9426, NI9425 y NI9476 using LabVIEW for FPGA. • Implementation of a software driver using the asynDriver methodology to integrate such cRIO system with EPICS. This task requires the definition of the necessary EPICS records and the creation of the appropriate interfaces that allow the communication with the hardware. • Develop the cRIO system’s description and the EPICS driver in the ITER plant description tool named SDD. This development will automate the creation of EPICS applications, called IOCs.

A proposal for pellet production from residual woody biomass in the island of Majorca (Spain)

The use of residual biomass for energy purposes is of great interest in isolated areas like Majorca for waste reduction, energy sufficiency and renewable energies development. In addition, densification processes lead to easy-to-automate solid biofuels which additionally have higher energy density. The present study aims at (i) the estimation of the potential of residual biomass from woody crops as well as from agri-food and wood industries in Majorca, and (ii) the analysis of the optimal location of potential pellet plants by means of a GIS approach (location-allocation analysis) and a cost evaluation of the pellets production chain. The residual biomass potential from woody crops in Majorca Island was estimated at 35,874 metric tons dry matter (t DM) per year, while the wood and agri-food industries produced annually 21,494 t DM and 2717 t DM, respectively. Thus, there would be enough resource available for the installation of 10 pellet plants of 6400 t·year−1 capacity. These plants were optimally located throughout the island of Mallorca with a maximum threshold distance of 28 km for biomass transport from the production points. Values found for the biomass cost at the pellet plant ranged between 57.1 €·t−1 and 63.4 €·t−1 for biomass transport distance of 10 and 28 km. The cost of pelleting amounted to 56.7 €·t−1; adding the concepts of business fee, pellet transport and profit margin (15%), the total cost of pelleting was estimated at 116.6 €·t−1. The present study provides a proposal for pellet production from residual woody biomass that would supply up to 2.8% of the primary energy consumed by the domestic and services sector in the Balearic Islands.

Recuperación cruzada de información pública clínico-genómica a partir de consultas sobre repositorios clínicos privados

Parte de la investigación biomédica actual se encuentra centrada en el análisis de datos heterogéneos. Estos datos pueden tener distinto origen, estructura, y semántica. Gran cantidad de datos de interés para los investigadores se encuentran en bases de datos públicas, que recogen información de distintas fuentes y la ponen a disposición de la comunidad de forma gratuita. Para homogeneizar estas fuentes de datos públicas con otras de origen privado, existen diversas herramientas y técnicas que permiten automatizar los procesos de homogeneización de datos heterogéneos. El Grupo de Informática Biomédica (GIB) [1] de la Universidad Politécnica de Madrid colabora en el proyecto europeo P-medicine [2], cuya finalidad reside en el desarrollo de una infraestructura que facilite la evolución de los procedimientos médicos actuales hacia la medicina personalizada. Una de las tareas enmarcadas en el proyecto P-medicine que tiene asignado el grupo consiste en elaborar herramientas que ayuden a usuarios en el proceso de integración de datos contenidos en fuentes de información heterogéneas. Algunas de estas fuentes de información son bases de datos públicas de ámbito biomédico contenidas en la plataforma NCBI [3] (National Center for Biotechnology Information). Una de las herramientas que el grupo desarrolla para integrar fuentes de datos es Ontology Annotator. En una de sus fases, la labor del usuario consiste en recuperar información de una base de datos pública y seleccionar de forma manual los resultados relevantes. Para automatizar el proceso de búsqueda y selección de resultados relevantes, por un lado existe un gran interés en conseguir generar consultas que guíen hacia resultados lo más precisos y exactos como sea posible, por otro lado, existe un gran interés en extraer información relevante de elevadas cantidades de documentos, lo cual requiere de sistemas que analicen y ponderen los datos que caracterizan a los mismos. En el campo informático de la inteligencia artificial, dentro de la rama de la recuperación de la información, existen diversos estudios acerca de la expansión de consultas a partir de retroalimentación relevante que podrían ser de gran utilidad para dar solución a la cuestión. Estos estudios se centran en técnicas para reformular o expandir la consulta inicial utilizando como realimentación los resultados que en una primera instancia fueron relevantes para el usuario, de forma que el nuevo conjunto de resultados tenga mayor proximidad con los que el usuario realmente desea. El objetivo de este trabajo de fin de grado consiste en el estudio, implementación y experimentación de métodos que automaticen el proceso de extracción de información trascendente de documentos, utilizándola para expandir o reformular consultas. De esta forma se pretende mejorar la precisión y el ranking de los resultados asociados. Dichos métodos serán integrados en la herramienta Ontology Annotator y enfocados a la fuente de datos de PubMed [4].---ABSTRACT---Part of the current biomedical research is focused on the analysis of heterogeneous data. These data may have different origin, structure and semantics. A big quantity of interesting data is contained in public databases which gather information from different sources and make it open and free to be used by the community. In order to homogenize thise sources of public data with others which origin is private, there are some tools and techniques that allow automating the processes of integration heterogeneous data. The biomedical informatics group of the Universidad Politécnica de Madrid cooperates with the European project P-medicine which main purpose is to create an infrastructure and models to facilitate the transition from current medical practice to personalized medicine. One of the tasks of the project that the group is in charge of consists on the development of tools that will help users in the process of integrating data from diverse sources. Some of the sources are biomedical public data bases from the NCBI platform (National Center for Biotechnology Information). One of the tools in which the group is currently working on for the integration of data sources is called the Ontology Annotator. In this tool there is a phase in which the user has to retrieve information from a public data base and select the relevant data contained in it manually. For automating the process of searching and selecting data on the one hand, there is an interest in automatically generating queries that guide towards the more precise results as possible. On the other hand, there is an interest on retrieve relevant information from large quantities of documents. The solution requires systems that analyze and weigh the data allowing the localization of the relevant items. In the computer science field of the artificial intelligence, in the branch of information retrieval there are diverse studies about the query expansion from relevance feedback that could be used to solve the problem. The main purpose of this studies is to obtain a set of results that is the closer as possible to the information that the user really wants to retrieve. In order to reach this purpose different techniques are used to reformulate or expand the initial query using a feedback the results that where relevant for the user, with this method, the new set of results will have more proximity with the ones that the user really desires. The goal of this final dissertation project consists on the study, implementation and experimentation of methods that automate the process of extraction of relevant information from documents using this information to expand queries. This way, the precision and the ranking of the results associated will be improved. These methods will be integrated in the Ontology Annotator tool and will focus on the PubMed data source.

Dashboard configurable para la gestión y administración de una instancia de OpenStack

En este documento está descrito detalladamente el trabajo realizado para completar todos objetivos marcados para este Trabajo de Fin de Grado, que tiene como meta final el desarrollo de un dashboard configurable de gestión y administración para instancias de OpenStack. OpenStack es una plataforma libre y de código abierto utilizada como solución de Infraestructura como Servicio (Infrastructure as a Service, IaaS) en clouds tanto públicos, que ofrecen sus servicios cobrando el tiempo de uso o los recursos utilizados, como privados para su utilización exclusiva en el entorno de una empresa. El proyecto OpenStack se inició como una colaboración entre la NASA y RackSpace, y a día de hoy es mantenido por las empresas más potentes del sector tecnológico a través de la Fundación OpenStack. La plataforma OpenStack permite el acceso a sus servicios a través de una Interfaz de Linea de Comandos (Command Line Interface, CLI), una API RESTful y una interfaz web en forma de dashboard. Esta última es ofrecida a través del servicio Horizon. Este servicio provee de una interfaz gráfica para acceder, gestionar y automatizar servicios basados en cloud. El dashboard de Horizon presente algunos problemas como que: solo admite opciones de configuración mediante código Python, lo que hace que el usuario no tenga ninguna capacidad de configuración y que el administrador esté obligado a interactuar directamente con el código. no tiene soporte para múltiples regiones que permitan que un usuario pueda distribuir sus recursos por distintos centros de datos en diversas localizaciones como más le convenga. El presente Trabajo de Fin de Grado, que es la fase inicial del proyecto FI-Dash, pretende solucionar estos problemas mediante el desarrollo de un catálogo de widget de la plataformaWireCloud que permitirán al usuario tener todas las funcionalidades ofrecidas por Horizon a la vez que le ofrecen capacidades de configuración y añaden funcionalidades no presentes en Horizon como el soporte de múltiples regiones. Como paso previo al desarrollo del catálogo de widgets se ha llevado a cabo un estudio de las tecnologías y servicios ofrecidos por OpenStack, así como de las herramientas que pudieran ser necesarias para la realización del trabajo. El proceso de desarrollo ha sido dividido en distintas fases de acuerdo con los distintos componentes que forman parte del dashboard cada uno con una funcion de gestion sobre un tipo de recurso distinto. Las otras fases del desarrollo han sido la integración completa del dashboard en la plataforma WireCloud y el diseño de una interfaz gráfica usable y atractiva.---ABSTRACT---Throughout this document it is described the work performed in order to achieve all of the objectives set for this Final Project, which has as its main goal the development of a configurable dashboard for managing and administrating OpenStack instances. OpenStack is a free and open source platform used as Infrastructure as a Service (IaaS) for both public clouds, which offer their services through payments on time or resources used, and private clouds for use only in the company’s environment. The OpenStack project started as a collaboration between NASA and Rackspace, and nowadays is maintained by the most powerful companies in the technology sector through the OpenStack Foundation. The OpenStack project provides access to its services through a Command Line Interface (CLI), a RESTful API and a web interface as dashboard. The latter is offered through a service called Horizon. This service provides a graphical interface to access, manage and automate cloud-based services. Horizon’s dashboard presents some problems such as: Only supports configuration options using Python code, which grants the user no configuration capabilities and forces the administrator to interact directly. No support for multiple regions that allow a user to allocate his resources by different data centers in different locations at his convenience. This Final Project, which is the initial stage of the FI-Dash project, aims to solve these problems by developing a catalog of widgets for the WireCloud platform that will allow the user to have all the features offered by Horizon while offering configuration capabilities and additional features not present in Horizon such as support for multiple regions. As a prelude to the development of the widget catalog, a study of technologies and services offered by OpenStack as well as tools that may be necessary to carry out the work has been conducted. The development process has been split in phases matching the different components that are part of the dashboard, having each one of them a function of management of one kind of resource. The other development phases have been the achieving of full integration with WireCloud and the design of a graphical interface that is both usable and atractive.

Modelado dinámico y control de maniobras de dispositivos submarinos

Es bien conocido por todos que la Primera Revolución Industrial, que tuvo su inicio en la segunda mitad del Siglo XVIII, conllevó un aumento del uso de los recursos energéticos que no se ha detenido para llegar a los niveles de desarrollo tecnológico, industrial y de calidad de vida, de los que se dispone en la actualidad. A simple vista podría intuirse que para disponer de un mayor nivel tecnológico, industrial, de confort, etc. sea necesario un mayor consumo de energía primaria. La actual generación de energía está principalmente basada en el procesamiento de los diversos compuestos del carbono (hidrocarburos, gases y productos derivados del petróleo), que son contaminantes y además, se agotan. Desde hace unas pocas décadas, la humanidad ha sido consciente que es necesario generar energía a partir de fuentes de origen renovable, y que además resulten menos contaminantes. Así, en la actualidad, se ha llegado a un estado de desarrollo avanzado para la explotación de diversas fuentes de energías como la eólica, a la vez que se comienza a mirar con realismo la posibilidad de explotación de diversas energías de origen marino. Se considera que las energías renovables procedentes de los océanos que se encuentran más desarrolladas tecnológicamente hablando, sin tener en cuenta la energía eólica fuera costa (offshore), son la denominada energía undimotriz o de las olas y la energía de las corrientes marinas, no necesariamente en este orden. El trabajo propuesto en esta Tesis se centra en este último recurso energético y, aunque no se dispone todavía de ningún dispositivo en fase de explotación comercial, la concepción, diseño y desarrollo de dispositivos para la extracción de energía de las corrientes, y su evolución, han sido relativamente rápidos e importantes en estos últimos años. Existen ya diferentes dispositivos en fase de pruebas con resultados muy prometedores. Aunque los dispositivos actuales se encuentran limitados a la explotación energética en zonas de poca profundidad, los diferentes estudios del recurso indican la necesidad de explotar corrientes marinas a mayores profundidades, para lo que se están desarrollando actualmente dispositivos, cuya evolución en lo que a sistemas de fondeo se refiere, está siendo muy parecida a la que se ha producido en los parques eólicos fuera costa, similar a su vez, a la evolución llevada a cabo en las plataformas oceánicas para la explotación de recursos petrolíferos (denominados oil & gas) que se extraen de profundidades cada vez mayores. Las soluciones tecnológicas que resulten válidas han de ser también económicamente viables, y en la actualidad se requiere todavía reducir costos en todas las fases de instalación, explotación y mantenimiento de estos dispositivos, sea cual sea su profundidad de operación. Uno de los focos de estudio para abaratar los costes de explotación en general, pasa por abaratar y reducir los costes en las maniobras necesarias de inmersión (de la superficie del mar a la profundidad de operación) y emersión (de la profundidad de operación a la superficie del mar) de estos dispositivos, para llevar a cabo tareas de mantenimiento in situ, en el mar, y sin necesidad de buques especializados ni de su transporte a tierra. En esta Tesis se propone, en primer lugar, un método para evaluar el ciclo de vida de diversos dispositivos de aprovechamiento de las corrientes marinas. Se evidencia que el coste de la energía así generada sigue siendo no plenamente competitivo, por lo que se requiere avanzar en el abaratamiento de costes, principalmente en la instalación y en su mantenimiento. Para ello se propone como novedad principal, introducir sistemas de control en lazo cerrado para realizar maniobras de instalación y mantenimiento de forma automática. También se aporta un modelo dinámico original y muy sencillo para dispositivos bajo estos movimientos de emersión/inmersión, a partir del cual se han desarrollado los algoritmos de control para el propósito mencionado, que no es otro sino automatizar en todo lo posible las maniobras completas. Los algoritmos de control propuestos han sido validados mediante simulación. Se proponen trayectorias de referencia de movimiento suaves (smooth) similares a las utilizadas en robótica. Estos movimientos de cambios de profundidad en lazo cerrado, combinados con secuencias de movimientos en bucle abierto para cuando el dispositivo interacciona en la superficie libre, han dado lugar a nuevas maniobras completas de instalación y mantenimiento que se presentan en esta Tesis, diferentes a las actuales. Finalmente, y como justificación de la viabilidad económica del método novedoso aportado, se ha realizado un estudio comparativo de los costes de la tecnología propuesta, frente a la tecnología actual. Este nuevo sistema de maniobras automáticas implica un ciclo de vida diferente para los dispositivos de aprovechamiento de la energía de las corrientes, ciclo que se cuantifica a partir de un dispositivo base que ha sido modificado y adaptado para la nueva tecnología propuesta, demostrando su viabilidad tanto técnica como económica. ABSTRACT It’s well known that the First Industrial Revolution started in the second half of the eighteenth century, carried the increasing of the use of energy resource which have not been stopped until reach the present technology, industrial evolution and daily life quality. On the surface, it can be known intuitively that a higher consumption of primary energy resource is demanded for benefiting from a higher technological industrial and daily life level. Today, the generation of energy is mainly based in the processing of carbon products (hydrocarbons, gases and petroleum products) which are pollutants, and additionally, are depleted. From a few decades ago, the humanity is aware the energy should be obtained from renewable resources, which besides, should be cleaner. So, at the present, a technical develop has been gained to exploit several energy source, as wind energy, and, at the same time, the extraction of the marine energy starts to seem as a reality. The renewable marine energies considered more advanced and technically developed, without keeping in mind, the offshore wind energy, are the wave energy and the tidal current energy, not necessarily in that order. This Thesis is focused in this last energy resource, and, although, any device is under commercial operation, the concept, design and develop of this type of devices to extract the tidal current energy and their evolution has been comparatively fast and important the last years. There are several devices under test with promising results. Even through the current devices are limited to lower depth areas, the several studies of the tidal energy resource suggest the need to exploit the marine current at greater depths to what is being developed devices, where their evolution in the anchoring system is being very similar to the evolution performed in the offshore wind farms, which is at the same time, similar to the evolution in the oil and gas exploitation which are extracted to greatest depths. Viable technical solutions should be also viable economically and nowadays the cost in all phases of the project (installation, maintenance and operation) should be decreased whatever the operation depth is. One focus of study to lower the operation cost is the cost decreasing of immersion manoeuvring operations (from sea surface to the operation depth) and immersion manoeuvring operations (from operation depth to the sea surface), therefore the maintenance operations can be performed on – site, in the sea, and no specialized vessels are required to transport the devices from the sea to shore. In this dissertation, firstly is proposed a method to evaluate the life cycle of the tidal energy current devices. It is proved the energy generated by these devices is not fully competitive; therefore, the cost falling is mainly an objective in the installation and the maintenance operations. For that, it is proposed as main novelty, the using of closed loop control systems to perform the automatic installation and manoeuvring operations. It is also contributed with an original and simple dynamic model and for controlling the immersion/emersion movements of these devices, from which the control algorithms are developed in order to automate as much as possible the complete manoeuvring. The control algorithms proposed has been validated by simulations. Reference paths with smooth movements, similar which are used in robotics, are suggested. These movements to change the depth using closed loop control, combined with the sequences in open loop movements when the device is in free surface, have been development for a new complete manoeuvring to installation and maintenance operations which are advanced in this Thesis and they are different to the present manoeuvrings. Finally and as justification of the economic viability of this original method, a comparative cost study between the technology proposed and the current technology is performed. This new automatic manoeuvring system involves a different life cycle for the tidal energy current devices, cycle that is quantified from a base device which has been modified and adapted for the new proposed technology, showing the technical and economic viability.

A proposal for a model-based approach for adapting software configuration to runtime environments

Las metodologías de desarrollo ágiles han sufrido un gran auge en entornos industriales durante los últimos años debido a la rapidez y fiabilidad de los procesos de desarrollo que proponen. La filosofía DevOps y específicamente las metodologías derivadas de ella como Continuous Delivery o Continuous Deployment promueven la gestión completamente automatizada del ciclo de vida de las aplicaciones, desde el código fuente a las aplicaciones ejecutándose en entornos de producción. La automatización se ve como un medio para producir procesos repetibles, fiables y rápidos. Sin embargo, no todas las partes de las metodologías Continuous están completamente automatizadas. En particular, la gestión de la configuración de los parámetros de ejecución es un problema que ha sido acrecentado por la elasticidad y escalabilidad que proporcionan las tecnologías de computación en la nube. La mayoría de las herramientas de despliegue actuales pueden automatizar el despliegue de la configuración de parámetros de ejecución, pero no ofrecen soporte a la hora de fijar esos parámetros o de validar los ficheros que despliegan, principalmente debido al gran abanico de opciones de configuración y el hecho de que el valor de muchos de esos parámetros es fijado en base a preferencias expresadas por el usuario. Esto hecho hace que pueda parecer que cualquier solución al problema debe estar ajustada a una aplicación específica en lugar de ofrecer una solución general. Con el objetivo de solucionar este problema, propongo un modelo de configuración que puede ser inferido a partir de instancias de configuración existentes y que puede reflejar las preferencias de los usuarios para ser usado para facilitar los procesos de configuración. El modelo de configuración puede ser usado como la base de un proceso de configuración interactivo capaz de guiar a un operador humano a través de la configuración de una aplicación para su despliegue en un entorno determinado o para detectar cambios de configuración automáticamente y producir una configuración válida que se ajuste a esos cambios. Además, el modelo de configuración debería ser gestionado como si se tratase de cualquier otro artefacto software y debería ser incorporado a las prácticas de gestión habituales. Por eso también propongo un modelo de gestión de servicios que incluya información relativa a la configuración de parámetros de ejecución y que además es capaz de describir y gestionar propuestas arquitectónicas actuales tales como los arquitecturas de microservicios. ABSTRACT Agile development methodologies have risen in popularity within the industry in recent years due to the speed and reliability of the processes they propose. The DevOps philosophy and specifically the methodologies derived from it such as Continuous Delivery and Continuous Deployment push for a totally automated management of the application lifecycle, from the source code to the software running in production environment. Automation in this regard is used as a means to produce repeatable, reliable and fast processes. However, not all parts of the Continuous methodologies are completely automatized. In particular, management of runtime parameter configuration is a problem that has increased its impact in deployment process due to the scalability and elasticity provided by cloud technologies. Most deployment tools nowadays can automate the deployment of runtime parameter configuration, but they offer no support for parameter setting o configuration validation, as the range of different configuration options and the fact that the value of many of those parameters is based on user preference seems to imply that any solution to the problem will have to be tailored to a specific application. With the aim to solve this problem I propose a configuration model that can be inferred from existing configurations and reflect user preferences in order to ease the configuration process. The configuration model can be used as the base of an interactive configuration process capable of guiding a human operator through the configuration of an application for its deployment in a specific environment or to automatically detect configuration changes and produce valid runtime parameter configurations that take into account those changes. Additionally, the configuration model should be managed as any other software artefact and should be incorporated into current management practices. I also propose a service management model that includes the configuration information and that is able to describe and manage current architectural practices such as the microservices architecture.

Enriquecimiento de fuentes de datos con descripciones lingüísticas mediante bases de datos geográficas externas

El presente trabajo se ha centrado en la investigación de soluciones para automatizar la tarea del enriquecimiento de fuentes de datos sobre redes de sensores con descripciones lingüísticas, con el fin de facilitar la posterior generación de textos en lenguaje natural. El uso de descripciones en lenguaje natural facilita el acceso a los datos a una mayor diversidad de usuarios y, como consecuencia, permite aprovechar mejor las inversiones en redes de sensores. En el trabajo se ha considerado el uso de bases de datos abiertas para abordar la necesidad de disponer de un gran volumen y diversidad de conocimiento geográfico. Se ha analizado también el enriquecimiento de datos dentro de enfoques metodológicos de curación de datos y métodos de generación de lenguaje natural. Como resultado del trabajo, se ha planteado un método general basado en una estrategia de generación y prueba que incluye una forma de representación y uso del conocimiento heurístico con varias etapas de razonamiento para la construcción de descripciones lingüísticas de enriquecimiento de datos. En la evaluación de la propuesta general se han manejado tres escenarios, dos de ellos para generación de referencias geográficas sobre redes de sensores complejas de dimensión real y otro para la generación de referencias temporales. Los resultados de la evaluación han mostrado la validez práctica de la propuesta general exhibiendo mejoras de rendimiento respecto a otros enfoques. Además, el análisis de los resultados ha permitido identificar y cuantificar el impacto previsible de diversas líneas de mejora en bases de datos abiertas. ABSTRACT This work has focused on the search for solutions to automate the task of enrichment sensor-network-based data sources with textual descriptions, so as to facilitate the generation of natural language texts. Using natural language descriptions facilitates data access to a wider range of users and, therefore, allows better leveraging investments in sensor networks. In this work we have considered the use of open databases to address the need for a large volume and diversity of geographical knowledge. We have also analyzed data enrichment in methodological approaches and data curation methods of natural language generation. As a result, it has raised a general method based on a strategy of generating and testing that includes a representation using heuristic knowledge with several stages of reasoning for the construction of linguistic descriptions of data enrichment. In assessing the overall proposal three scenarios have been addressed, two of them in the environmental domain with complex sensor networks and another real dimension in the time domain. The evaluation results have shown the validity and practicality of our proposal, showing performance improvements over other approaches. Furthermore, the analysis of the results has allowed identifying and quantifying the expected impact of various lines of improvement in open databases.