Desarrollo de una plataforma de gestión de un laboratorio automatizado

El presente TFG está enmarcado en el contexto de la biología sintética (más concretamente en la automatización de protocolos) y representa una parte de los avances en este sector. Se trata de una plataforma de gestión de laboratorios autónomos. El resultado tecnológico servirá para ayudar al operador a coordinar las máquinas disponibles en un laboratorio a la hora de ejecutar un experimento basado en un protocolo de biología sintética. En la actualidad los experimentos biológicos tienen una tasa de éxito muy baja en laboratorios convencionales debido a la cantidad de factores externos que intervienen durante el protocolo. Además estos experimentos son caros y requieren de un operador pendiente de la ejecución en cada fase del protocolo. La automatización de laboratorios puede suponer un aumento de la tasa de éxito, además de una reducción de costes y de riesgos para los trabajadores en el entorno del laboratorio. En la presente propuesta se pretende que se dividan las distintas entidades de un laboratorio en unidades funcionales que serán los elementos a ser coordinados por la herramienta resultado del TFG. Para aportar flexibilidad a la herramienta se utilizará una arquitectura orientada a servicios (SOA). Cada unidad funcional desplegará un servicio web proporcionando su funcionalidad al resto del laboratorio. SOA es esencial para la comunicación entre máquinas ya que permite la abstracción del tipo de máquina que se trate y como esté implementada su funcionalidad. La principal dificultad del TFG consiste en lidiar con las dificultades de integración y coordinación de las distintas unidades funcionales para poder gestionar adecuadamente el ciclo de vida de un experimento. Para ello se ha realizado un análisis de herramientas disponibles de software libre. Finalmente se ha escogido la plataforma Apache Camel como marco sobre el que crear la herramienta específica planteada en el TFG. Apache Camel juega un papel importantísimo en este proyecto, ya que establece las capas de conexión a los distintos servicios y encamina los mensajes oportunos a cada servicio basándose en el contenido del fichero de entrada. Para la preparación del prototipo se han desarrollado una serie de servicios web que permitirán realizar pruebas y demostraciones de concepto de la herramienta en sí. Además se ha desarrollado una versión preliminar de la aplicación web que utilizará el operador del laboratorio para gestionar las peticiones, decidiendo que protocolo se ejecuta a continuación y siguiendo el flujo de tareas del experimento.---ABSTRACT---The current TFG is bound by synthetic biology context (more specifically in the protocol automation) and represents an element of progression in this sector. It consists of a management platform for automated laboratories. The technological result will help the operator to coordinate the available machines in a lab, this way an experiment based on a synthetic biological protocol, could be executed. Nowadays, the biological experiments have a low success rate in conventional laboratories, due to the amount of external factors that intrude during the protocol. On top of it, these experiments are usually expensive and require of an operator monitoring at every phase of the protocol. The laboratories’ automation might mean an increase in the success rate, and also a reduction of costs and risks for the lab workers. The current approach is hoped to divide the different entities in a laboratory in functional units. Those will be the elements to be coordinated by the tool that results from this TFG. In order to provide flexibility to the system, a service-oriented architecture will be used (SOA). Every functional unit will deploy a web service, publishing its functionality to the rest of the lab. SOA is essential to facilitate the communication between machines, due to the fact that it provides an abstraction on the type of the machine and how its functionality is implemented. The main difficulty of this TFG consists on grappling with the integration and coordination problems, being able to manage successfully the lifecycle of an experiment. For that, a benchmark has been made on the available open source tools. Finally Apache Camel has been chosen as a framework over which the tool defined in the TFG will be created. Apache Camel plays a fundamental role in this project, given that it establishes the connection layers to the different services and routes the suitable messages to each service, based on the received file’s content. For the prototype development a number of services that will allow it to perform demonstrations and concept tests have been deployed. Furthermore a preliminary version of the webapp has been developed. It will allow the laboratory operator managing petitions, to decide what protocol goes next as it executes the flow of the experiment’s tasks.