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A diversidade genética de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) presentes na rizosfera de genótipos de milho tropicais, selecionados como contrastantes para eficiência no uso de fósforo (P), foi avaliada pela técnica de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE). Fragmentos de DNA ribossômico (rDNA) foram amplificados por PCR, utilizando primers específicos para as famílias Acaulosporaceae e Glomaceae de fungos micorrízicos. Na análise por DGGE, os primers para as famílias Acaulosporaceae e Glomaceae foram eficientes na diferenciação das populações micorrízicas. Os genótipos de milho tiveram uma maior influência na comunidade de FMA da rizosfera do que o nível de P no solo. Os perfis de DGGE revelaram bandas que estavam presentes somente nos genótipos eficientes no uso de P (L3 e HT3060), sugerindo que alguns grupos de FMA foram estimulados por estes genótipos. As espécies Acaulospora longula, A. rugosa, A. scrobiculata, A. morrowiae e Glomus caledonium foram encontradas somente na rizosfera dos genótipos de milho eficientes no uso de P cultivados em solos com baixo teor de fósforo. Uma maior diversidade micorrízica foi encontrada nas amostras coletadas em solos de plantio direto, comparados com solos de plantio convencional. A efetiva colonização das raízes por FMA pode aumentar a eficiência de uso de P de cultivares em solos sob baixo P, influenciando a produção de milho em solos ácidos do Cerrado.