Eutils-search - manual do usuário.

O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do software, bem como uma descrição de alguns aspectos internos do software, para melhor entendimento do processo que ele automatiza, além de alguns exemplos e uso.

Cadernos de geoprocessamento (1): Roteiro prático para a definição de APPs e Reserva Legal no Sisleg usando o software gvSIG.

2010

O SOFTWARE livre gvSIG.

2010

Software AGROSCRE: apoio à avaliação de tendências de transporte de princípios ativos de agrotóxicos.

AGROSCRE é um programa computacional elaborado em linguagem Quick Basic 4.5, para facilitar a avaliação de princípios ativos de agrotóxicos pelos métodos de GOSS, pelo índice de GUS e por critérios da EPA ? Environmental Protection Agency . O método de GOSS indica o potencial de transporte de princípio ativo associado a sedimento ou dissolvido em água e o método de GUS o potencial de lixiviação dos princípios ativos (p.a.). Os critérios da EPA também avaliam essas tendências de transporte. Para a avaliação de um mesmo princípio ativo pelos 3 modelos são necessárias as seguintes informações dos p.a.: constante de adsorção ao carbono orgânico (Koc), meia vida no solo (t½ solo) , meia vida em água (t½ água), solubilidade em água e constante de Henry (H); sendo que os dados mínimos para rodar pelo menos um dos modelos são Koc e t½ solo. O programa roda em arquivo executável em qualquer computador tipo PC, em ambiente amigável ao usuário.

Utilização do software GRASP para gerar arquivo de coordenadas com valores de potencial eletrostático.

Com o intuito de disponibilizar um banco de dados de valores de potencial eletrostático para todas as estruturas de proteínas depositadas no PDB, foi utilizado o programa GRASP (Graphical Representation and Analysis of Structural Properties) (Nicholls et al., 1991) para geração deste banco de dados.

Definição de um processo de software leve.

Princípios do processo de software leve. Pouca burocracia e adaptação às características dos projetos. Diretrizes básicas de gerência de projetos e de configuaração. Gerência de projeto. Gerência de configuração. Definição das diretrizes básicas e do processo de auditoria. Disseminação de uma linguagem de definição de representações de software. Uso de ferramentas de domínio público. Teste de frequente e cedo. Ações para implantação do processo de software leve. Definição das diretrizes básicas e de auditoria do processo. Identificação das boas praticas da Embrapa Informática Agropecuária. Disseminação do processo de software leve. Trabalhos relacionados.

Processo de certificação de qualidade de produto de software na Embrapa: apostila de curso.

v. 1. Aspectos de qualidade de produto de software na Embrapa. Visão geral de qualidade. Qualidade de software. Certificação de qualidade de produto de software. NBR 13596 - modelo de qualidade: características e subcaracterísticas. NBR 12119 - pacotes de software - teste e requisitos de qualidade. Qualidade na Embrapa.

Arquitetura de software para a manutenção de dados da Agência de Informação Embrapa.

A agencia de informação Embrapa disponibiliza na internet informação qualificada e organizada e, muitas vezes, também aquelas geradas pela própria Embrapa. As soluções de software esposta neste trabalho são dirigidas ao gerenciamento dessas informações, que são armazenadas em base de dados centralizada e atualizada via internet por aplicativos deste sistema. O objetivo de apresentar essas soluções é contribuir para o desenvolvimento de sistemas com orientação metodológica similar. Este sistema teve como principal identificação de requisitos as falhas existentes na primeira versão do mesmo, que foi orientada exclusivamente para manipulação de dados formatados em XML. A nova versão traz uma arquitetura baseada nas orientações Java 2 Enterprise Editon (J2EE): modelo em camadas (orientação Model View Controler-MVC), uso de containers e sistema gerenciador de banco de dados. O resultado é um sistema mais robusto em seu todo, além das melhorias de manutenabilidade. Termos para indexação:J2EE, XML, PDOM, Model view controller- MVC, Oracle.

Modelo de balanço de nitrogênio para a cana-de-açúcar fase II - construção de modelo software STELLA.

A cultura da cana-de-açúcar vem sofrendo mudanças, de âmbitos tecnológicos e sociais, profundas nesta década, procurando se adaptar às demandas de produção com alta produtividade, competitividade e respeito ao meio ambiente. Apesar de o Brasil ser o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, ainda pratica a queima da palha do canavial para facilitar a colheita, o que gera prejuízos econômicos, sociais e ambientais. Sem essa queima (Decreto n.° 42056 do Estado de SP), a cobertura do solo pela palhada irá provocar significativas mudanças no manejo da cultura e na dinâmica do nitrogênio. Dada a complexibilidade do ciclo de nitrogênio no solo, seus vários caminhos de transformação, e as variações climáticas, é difícil a determinação do melhor manejo do nitrogênio em sistemas de cultivo, pois não há análise de solo para apoiar o agricultor no seu manejo. Modelos de Simulação que descrevem as transformações do nitrogênio do solo podem prever valores e direcionar o melhor manejo do nitrogênio, tanto do ponto de vista da produtividade da cana como da qualidade ambiental. Assim, o modelo preliminar proposto na Fase I deste estudo em Relatório Técnico 22, da Embrapa informática Agropecuária, foi, nesta Fase II do projeto, ajustado com valores para solos tropicais e reconstruído no software de Simulação STELLA, agregando-se todo o conhecimento disponível em expressões matemáticas sobre esse assunto. Procedendo-se a simulação numérica em situações usuais, geraram-se como resultados, cenários que permitiram discussões técnicas sobre o melhoria do manejo do fertilizante nitrogenado. Concluiu-se que, apesar da complexa dinâmica do nitrogênio no sistema solo-planta e das dificuldades inerentes à medida de formas disponíveis de N, o modelo ajustado apresentou-se como uma alternativa para pesquisadores, técnicos e produtores no entendimento dos processos que envolvem o nitrogênio no sistema, auxiliando na busca por soluções para o melhor manejo de fertilizantes nitrogenados à cultura da cana-de-açúcar para manutenção de produtividades adequadas.

Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS.

Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.

LIVIA - um software para classificação não supervisionada de áreas foliares infectadas pela ferrugem do café.

O objetivo deste comunicado é apresentar a implementação JavaTM do software LIVIA (Library for Visual Image Analysis). Trata-se de um módulo de processamento de imagens digitais aplicado à agricultura, desenvolvido na Embrapa Informática Agropecuária (Campinas/SP), sob demanda da Embrapa Meio Ambiente (Jaguariúna/SP).

Uma proposta de plataforma de software para integração e interoperabilidade de serviços Web - Webagritec: estudo de caso.

Este trabalho tem por finalidade apresentar os resultados obtidos no contexto do projeto de pesquisa, cujo objetivo foi definir uma infraestrutura de software para implantação de um portal de integração e interoperabilidade de serviços desenvolvidos pela Embrapa Informática Agropecuária denominado WebAgritec.