Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier.

Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.

Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier.

Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.

Construção de um reator a plasma frio para tratamento de superfície de materiais.

2009

Crescimento de fungos na superfície de madeira de caixas do tipo 'K' usadas para hortaliças.

A madeira é o material mais utilizado para embalagem de hortaliças noBrasil, principalmente devido ao seu baixo custo e alta resistênciamecânica. O objetivo deste trabalho foi estimar a absorção e a perdaprogressiva de água de ripas de madeira de Pinus utilizadas namontagem de caixas do tipo "K" em três condições de umidade relativae determinar o crescimento de fungos em sua superfície. O experimentofoi conduzido no Laboratório de Pós-Colheita da Embrapa Hortaliças, emBrasília-DF, em 2003. Trinta ripas novas de madeira de Pinus (52 x 6 x0,6cm) foram pesadas individualmente, imersas em água durante 1h epesadas novamente para avaliar a absorção de água. Em outroexperimento, dez ripas foram incubadas ao acaso em cada uma das trêscâmaras úmidas (61%, 86% e 94% UR) mantidas a 25oC (±2oC). A perda progressiva de água foi avaliada por pesagens diárias das ripasindividualmente e o desenvolvimento de fungos na madeira foi avaliadocom uma escala de notas (0-3) durante oito dias. A madeira nova dePinus pode absorver até 38% de seu peso em água, e permanecerúmida durante vários dias de acordo com a condição dearmazenamento. A umidade relativa do ambiente afetou a taxa de perdade água diária da madeira, estimada em 4,7%, 2,5% e 1,0%respectivamente a 61% UR, 86% UR e 94% UR, e ao final de oito diasalcançou 37,5%, 19,9% e 7,9%, respectivamente. Os fungospredominantes foram Trichoderma harzianum e Rhizopus stolonifer, mastambém observou-se crescimento de Aspergillus sp. e Penicillium sp.

Estimativa da superfície específica de solos e do coeficiente de sorção de pesticidas.

São apresentados dois modelos de regressão linear múltipla. O primeiro foi obtido para estimar a superfície específica (SE) de solos brasileiros tendo como variáveis independentes os conteúdos volumétricos de argila, areia, silte e carbono orgânico. Tomou-se o cuidado para que o modelo proposto respeitasse restrições físicas de positividade dos valores da superfície específica, impondo-se restrições na determinação dos coeficientes dos atributos do modelo. Posteriormente, determinou-se uma relação linear múltipla para estimar o logaritmo decimal do coeficiente de sorção de pesticidas (LogKd) por meio da superfície específica do solo, do coeficiente de partição entre o octanol e a água, da solubilidade aquosa do pesticida e do pH do solo. Os modelos ajustados explicam 82% e 78% da variabilidade das variáveis dependentes SE e LogKd, respectivamente. Foram utilizados dados de 307 perfis de solos para a determinação da relação entre a superfície específica e os atributos do solo e 118 valores de coeficientes de sorção medidos experimentalmente para 20 pesticidas em 46 dados de solos representativos do ambiente agrícola brasileiro. Todos os dados deste estudo foram coletados em trabalhos científicos publicados. Os modelos apresentados podem facilitar o trabalho da previsão da superfície específica de solos (SE) e do coeficiente de sorção de pesticidas (Kd), contribuindo na estimativa da concentração ambiental de pesticidas por modelos matemáticos ou por índices que usem esses parâmetros em seus cálculos.

Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting.

Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.

2005

Cupins-de-montículo em pastagens.

Cupins-de-montículo predominam em áreas menos sujeitas à mecanização, como as pastagens. Dessa forma, quando não controlados, pastagens mais velhas podem apresentar níveis de infestação mais elevados. Em verdade, altas infestações desses cupins são, em muitos casos, indicadores de pastagens degradadas. As espécies mais comuns em pastagens pertencem ao gênero Cornitermes, destacando-se C. cumulans, C. bequaerti e C. silvestrii. Não há confirmação de danos diretos ocasionados por esses insetos em pastagens, assim como, contesta-se sobre a possível redução de área útil, normalmente associada aos cupinzeiros. Podem, sim, dificultar a movimentação de máquinas e implementos, assim como abrigar animais peçonhentos. Embora a importância desses cupins como pragas de pastagem seja discutível, tem sido generalizada a demanda por controle; que, predominantemente, tem sido feito através de inseticidas químicos. Ressalta-se que em pastagens altamente infestadas, muitas vezes velhas e degradadas, ocorre a morte natural de colônias, e o percentual de cupinzeiros já abandonados na área pode ser alto. Como essas áreas são passíveis de serem reformadas, não se recomenda o controle prévio dos cupinzeiros dessas espécies, e sim, que sejam implementadas as práticas previstas e recomendadas na reforma da pastagem. Estas práticas por si só controlam a maioria, se não todas, as colônias presentes na área. Alerta-se, no entanto, que alguns cupins pertencentes ao gênero Syntermes que, por vezes, também constroem montículos em pastagens, têm a característica de forragear na superfície, coletando folhas secas e verdes. Embora se admita que ocorram em menor freqüência, se comparado a outras espécies de cupins-de-montículo em pastagens, os mesmos representam uma ameaça em potencial.

Genômica e proteômica de Anaplasma marginale: contribuições para o controle da riquétsia.

A anaplasmose bovina é causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale, responsável por importantes prejuízos econômicos, por causa da alta morbidade e mortalidade em rebanhos bovinos suscetíveis. A vacinação tem sido uma forma econômica e eficiente de controlar a enfermidade. No entanto, os métodos de imunização tradicionais apresentam efeitos adversos em algumas categorias de animais. Nas últimas décadas, os estudos sobre imunização contra Anaplasma concentraram-se nas proteínas de superfície MSP1a, 1b, 2, 3, 4 e 5. No entanto, até o momento, os resultados foram pouco promissores, apontando a necessidade de ampliar o conhecimento sobre o rol das proteínas de membrana da riquétsia e das relações estruturais entre elas. Nesse contexto, os estudos do genoma e do proteoma da riquétsia têm contribuído com essa finalidade. Pela análise genômica, 14 genes para novas proteínas de membrana externa foram identificados (omp 1-14), dentre os quais, omp2, 3 e 6 não são transcritos. Esses genes ostraram-se altamente conservados entre isolados da riquétsia. As proteínas OMP4, 7, 10 e 14 foram reconhecidas por soros de bovinos imunizados com membrana de A. marginale, mostrando potencial para desenvolvimento de imunógenos. Além disso, mediante análise proteômica, foi possível detectar novas proteínas de membrana, negligenciadas pela anotação genômica. Dentre elas estão AM097 - conjugal transfer protein, AM956 - PepA citosol amino peptidase, AM254 - fator de elongação Tu e quatro proteínas de função desconhecida: AM127, 197, 387 e 854, as quais também foram reconhecidas por soros de bovinos imunizados com membrana de A. marginale.

Desenvolvimento de embalagem plastica para transporte e comercializacao de tomate.

Atualmente, no Brasil, a embalagem mais usada para tomate continua sendo a caixa de madeira que era usada para transportar querosene na Segunda Guerra Mundial, há meio século, conhecida por caixa ´K´. Os aspectos desejáveis da caixa 'K' incluem o fato de ser retornável e resistente. Os aspectos indesejáveis incluem o fato de possuir superfície áspera; alojar patógenos, funcionando como fonte de inóculo; aberturas laterais cortantes; profundidade excessiva, que comporta grande número de camadas de produtos; ser tampada. Essas características favorecem às injúrias mecânicas e comprometem a durabilidade e qualidade das hortaliças. Sabendo-se que as necessidades de proteção dos produtos vegetais são diferentes, torna-se necessário que as embalagens para protegê-los sejam específicas. Assim, o objetivo deste trabalho é desenvolver uma embalagem apropriada para tomate. O protótipo foi testado em relação à caixa 'K' e caixa de plástico já existente no mercado. Logo após a colheita os mesmos tratamentos foram deixados no sol ou na sombra, durante duas horas, para observar se influenciariam os frutos. As características avaliadas foram: variação de matéria fresca, aferida através de balança; vida útil, pelo período em que o vegetal esteve em perfeitas condições de ser comercializado; cor, pela escala com quatro classes para pimentão; variação da firmeza, medida por "push-pull"; teor relativo de água; deterioração, pelo número e peso de frutos deteriorados. Devido à grande influência dos danos mecânicos sobre as perdas pós-colheita, provavelmente este seja o fator mais importante na avaliação do protótipo. Houve diferença estatística entre os tratamentos, sendo que o protótipo apresentou as menores porcentagens de danos mecânicos, o que é desejável. Também houve diferença estatística para deterioração. Nas demais características, o protótipo não diferiu estatisticamente dos outros tratamentos.

Avaliação de diferentes métodos de calagem para correção da acidez dos sedimentos do fundo de viveiros de aqüicultura.

Vários estudos têm fornecido respostas positivas com relação à produtividade do fitoplâncton e à produção de peixes, após a aplicação de calcário nos viveiros com problemas de acidez dos sedimentos do fundo. A calagem dos sedimentos do fundo dos viveiros de aqüicultura tem o objetivo de neutralizar a acidez da camada superficial desses sedimentos, e aumentar a concentração da alcalinidade total e da dureza total da água (THOMASTON & ZELLER, 1961). Em geral, a calagem é feita logo após a despesca (quando os viveiros são drenados, possibilitando a secagem do fundo para aplicação do calcário), e antes do próximo ciclo de cultivo (BOYD & TUCKER, 1998). Freqüentemente, o calcário é misturado com os sedimentos do fundo dos viveiros com um arado. Outro método de calagem é a aplicação de calcário diretamente sobre a superfície da água com o auxílio de um barco, como é feito no sul dos EUA, para a produção de "catfish" (Ictalurus punctaturs) situação em que os viveiros não são drenados por vários anos (BOYD, 1982). Entretanto, não só no Brasil, como nos EUA não existem estudos comparativos sobre a efetividade dos diferentes métodos de calagem em uso pelos aqüicultores, apesar do uso generalizado dessa técnica. Com o objetivo de atender a essa demanda, este trabalho foi desenvolvido em uma piscicultura comercial localizada em Itupeva, SP, para comparar os três métodos de aplicação de calcário agrícola nos viveiros de produção de alevinos de tilápia do Nilo.

Orientações práticas para a fertirrigação do mamoeiro.

Os métodos de irrigação mais recomendados para a cultura do mamoeiro têm sido os métodos pressurizados, isto é, a irrigação por aspersão e localizada. Dentre os sistemas de irrigação por aspersão, os sistemas autopropelidos (Figura 1a) e os pivôs centrais (Figura 1b) têm sido os mais utilizados. Em se tratando de sistemas de irrigação localizada, a fertirrigação via microaspersão deve levar em conta a distribuição de água pelo microaspersor, que segue um padrão conforme a Figura 2, onde a maior quantidade de água cai próximo do emissor reduzindo-se à medida em que se afasta deste. A concentração de íons da água de irrigação é uniforme, isto é, apresenta pequena variação na área molhada na superfície do solo, consequentemente, a distribuição do fertilizante é desuniforme, ou seja, a região mais próxima do emissor recebe maior quantidade de fertilizante comparada às regiões mais afastadas do emissor.

Avaliação das modificações morfológicas radiculares durante os ciclos de seleção do milho Saracura tolerante a hipoxia.

O milho é uma cultura sensível ao encharcamento do solo e seu cultivo nessas áreas pode levar a perdas consideráveis. A sensibilidade do milho em condições de hipoxia levou a Embrapa Milho Sorgo a desenvolver, através da seleção recorrente fenotípica estratificada, uma variedade de milho tolerante ao encharcamento intermitente do solo: o Saracura BRS 4154. Atualmente, essa variedade se encontra no 18º ciclo anual de seleção. O objetivo deste trabalho foi verificar o ganho em relação às características morfológicas radiculares nos sucessivos ciclos de seleção do milho Saracura, através do analisador de imagens WinRHIZO. O ensaio foi conduzido em casa de vegetação na Embrapa Milho e Sorgo, Sete Lagoas, MG, iniciando o encharcamento do solo logo após a emergência. Foram utilizados uma testemunha (BR 107) e dez ciclos de seleção (C1 a C18, alternados). O ensaio foi colhido aos 18 dias após a emergência. As características morfológicas radiculares avaliadas foram: matéria seca da parte aérea, da raiz, total e relação raiz/parte aérea; comprimento total de raiz; área de superfície de raiz total; diâmetro médio de raiz; volume de raiz total; comprimento específico, densidade de tecido de raiz e comprimento por classes de diâmetro (muito fina, fina e grossa). Não houve diferenças significativas nos parâmetros de massa seca, comprimento de raízes muito fina e grossa, diâmetro médio e área superficial de raízes grossas. No entanto, os últimos ciclos de seleção apresentam raízes mais finas, maior volume, área superficial e comprimento radicular com baixo custo metabólico, o qual favorece a sobrevivência das plantas em ambientes encharcados.

Compactação do solo e crescimento de plantas: como identificar, evitar e remediar.

A compactação do solo é um fenômeno conhecido e constitui tema de crescente importância demandando muita atenção por parte de produtores rurais, agrônomos da extensão rural, profissionais de vendas e assistência de tratores e implementos agrícolas e consultores. O solo compactado vem resultando na diminuição no crescimento das raízes em profundidade, predispondo a planta à morte em curtos períodos de seca, no acúmulo de água na superfície do solo impossibilitando a respiração das raízes e favorecendo o processo de erosão hídrica do solo. Esta publicação visa auxiliar, de modo sucinto, na identificação da compactação do solo, como evitar seu surgimento e como resolver o problema quando constatado.

Resultados de pesquisa da Embrapa Soja 2006.

Desenvolvimento de cultivares de soja adaptadas às várias regiões ecológicas e aos vários sistemas de produção; Desenvolvimento e aperfeiçoamento de tecnologias e conhecimentos para aumentar a sustentabilidade e competitividade do sistema produtivo de soja na presença de pragas; Introdução de genes por biobalística em soja visando tolerância à seca; Correção da acidez subsuperficial no plantio direto pela aplicação de calcário na superfície e uso de plantas de cobertura e adubação verde; Alternativa para a colheita de soja e outros grãos mediante equipamento de pequeno porte acoplado ao trator; Sistemas integrados de transferência de tecnologias para as culturas de grãos e para a agricultura familiar; Formação de multiplicadores na metodologia "Treino e Visita - T&V" para transferência de conhecimentos e tecnologias; Ensaios de valor de cultivo e uso de feijoeiro comum em Londrina/PR; Eficiência a campo do feromônio sexual de Euschistus heros na captura de percevejos e sua calibração como método para o monitoramento em lavouras de soja; Biodiversidade como bioindicadora da qualidade do solo no Paraná.