Variabilidade genética em acessos e cultivares de quatro espécies de Brachiaria estimada por marcadores RAPD.

A importância do gênero Brachiaria para o desenvolvimento da pecuária nas regiões tropicais e subtropicais é notória. Brachiaria brizantha, Brachiaria decumbens, Brachiaria ruziziensis e Brachiaria humidicola estão entre as principais espécies utilizadas como forrageiras e fazem parte do programa de melhoramento da Embrapa Gado de Corte. Neste trabalho, a técnica de Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) foi utilizada para estimar a variabilidade genética em 14 genótipos dessas quatro espécies, incluindo cultivares e acessos utilizados como genitores em cruzamentos inter e intra-específicos. Foram utilizados 47 primers que amplificaram 396 bandas, escoradas como "1" para presença e "0" para ausência, e uma matriz de similaridade genética foi construída usando o coeficiente de Jaccard. Os valores de similaridade genética variaram de 0,49 a 0,87, dos quais os acessos mais similares (C48 e B105) pertencem à mesma espécie, B. brizantha. As cultivares B. brizantha cv. Marandu e B. humidicola cv. BRS Tupi foram as mais divergentes. As análises de agrupamento obtidas pelos métodos Unweighted Pair-group Method with Arithmetical Average (UPGMA) e de Tocher foram similares, dividindo os acessos em quatro grupos que correspondem às espécies estudadas. O dendrograma obtido com o método UPGMA mostrou que B. brizantha, B. decumbens e B. ruziziensis são geneticamente mais próximas entre si do que B. humidicola. Além disso, este trabalho possibilitou a identificação de primers que podem ser utilizados com a finalidade de identificação precoce de híbridos quando esses genótipos forem utilizados como genitores.

Análise da diversidade genética em Stylosanthes guianensis utilizando marcadores RAPD.

O conhecimento da variabilidade genética e da relação entre diferentes acessos de Stylosanthes guianensis é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos disponíveis. Este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética em 20 acessos dessa espécie, pertencentes ao banco de germoplasma da Embrapa Gado de Corte, usando marcadores RAPD (DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso). Foram selecionados 40 primers randômicos, que produziram um total de 210 bandas; destas, 82 polimórficas (39,05%). Os dados obtidos foram utilizados para gerar uma matriz de similaridade genética usando o coeficiente de Jaccard. A similaridade genética variou de 0,747 a 0,945, o que indicou uma variabilidade genética pouco acentuada entre os acessos estudados. Os acessos com menor similaridade genética foram SG01 e SG14. Os resultados das análises de agrupamento com os métodos UPGMA (Agrupamento com Média Aritmética Não Ponderada) e Tocher foram similares. Apesar da baixa variabilidade genética detectada entre os 20 acessos, estes foram separados em nove grupos distintos pelo método UPGMA e seis grupos pelo método de Tocher.

Matriz para avaliação do impacto ambiental das produções de suínos e aves

2009

Uso de marcadores RAPD na identificação de híbridos de Brachiaria humidicola.

Brachiaria humidicola é uma importante gramínea forrageira tropical de origem africana, tolerante a solos maldrenados ou temporariamente alagados. No Brasil, somente três cultivares foram registradas no Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, e destas, apenas duas estão disponíveis no mercado, o que demanda o desenvolvimento de novas cultivares. O programa de melhoramento da Embrapa Gado de Corte baseia-se em cruzamentos e seleção de genótipos mais produtivos. Recentemente, foi identificado um acesso sexual e tetraplóide natural (H31) no banco de germoplasma dessa espécie, que permitiu a realização de cruzamentos controlados com Brachiaria humidicola cv. BRS Tupi, gerando uma população única em todo o mundo tropical. O objetivo deste trabalho foi a identificação segura e precoce de híbridos dessa população usando marcadores RAPD. Dez primers que amplificaram 31 bandas informativas, exclusivas do genitor paterno, foram usados para analisar as 347 plantas dessa população. Por esses marcadores RAPD, 286 plantas foram confirmadas como híbridas e 61 foram não híbridas, que podem resultar de autopolinização da planta sexual. A identificação precoce de híbridos torna o programa de melhoramento mais eficiente, reduzindo o tempo e o trabalho necessários para o desenvolvimento de novas cultivares.

Análise da variabilidade intra-espécie dos genes pld e rpoB de Corynebacterium pseudotuberculosis por meio de marcadores PCR-RFLP.

Corynebacterium pseudotuberculosis é o agente etiológico da linfadenite caseosa em ovinos e caprinos, uma doença infectocontagiosa crônica caracterizada por abscessos em linfonodos superficiais ou internos. Os animais acometidos podem apresentar lesões internas ou externas, o que representa perdas econômicas graves na caprinovinocultura, como o comprometimento da produção de lã em ovinos, deficiência reprodutiva, condenação da carne ou morte do animal. Uma vez estabelecida a infecção no rebanho, torna-se difícil sua erradicação. Com o objetivo de avaliar a variabilidade genética intra-espécie em C. pseudotuberculosis, 31 isolados provenientes de seis municípios do Estado de Pernambuco, sendo 23 de caprinos e oito de ovinos, tiveram os seus DNAs genômicos extraídos e analisados por reação em cadeia da polimerase e análise de polimorfismos por tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Os locis escolhidos foram os genes pld e rpoB, cujas seqüências dos oligonucleotídeos amplificaram fragmentos de 924 e 447 pares de bases (pb), respectivamente. Os produtos da amplificação foram digeridos com as enzimas Pst I e Msp I (gene pld) e HpyCh4 IV e Msp I (gene rpoB). Os fragmentos de restrição foram corridos em gel de poliacrilamida a 15%, os quais foram corados com brometo de etídeo. Para o gene pld, digerido com a enzima Pst I, foram obtidos fragmentos de 566, 195, 91 e 72 pb; e com a enzima Msp I, fragmentos de 395, 369, 108 e 52 pb. O gene rpoB digerido com a enzima HpyCh4 IV apresentou fragmentos de 235, 126 e 86 pb; e com a enzima Msp I apresentou fragmentos de 222, 93, 78 e 54 pb. O padrão de bandas obtido para os 31 isolados de C. pseudotuberculosis, analisados neste estudo, foi monomórfico, não havendo, portanto, polimorfismo entre os diferentes isolados, independentes da espécie hospedeira ou da área geográfica estudada, o que corrobora com o padrão homogêneo da infecção para a região.

Otimização de protocolo para análise de AFLP em Lolium multiflorum Lam.

ESTABELECIMENTO DE METODOLOGIA PARA ANÁLISE MOLECULAR DE AZEVÉM ANUAL COM MARCADORES AFLP. O uso de marcadores moleculares no manejo de bancos de germoplasma tem sido cada vez mais expressivo. Entre os diferentes tipos de marcadores moleculares, o AFLP, Amplified Fragment Length Polymorphism, apresenta algumas vantagens para uso na caracterização de recursos genéticos, como a detecção de grande número de bandas informativas por reação, com ampla cobertura do genoma e considerável reprodutibilidade, além de não necessitar de dados de seqüenciamento prévio da espécie para a construção de primers. Embora a análise de AFLP seja freqüentemente utilizada em estudos de variabilidade genética em diferentes espécies, o uso da técnica em Lolium multiflorum ainda é incipiente. Com a finalidade de estabelecer um protocolo para o emprego da técnica de AFLP em azevém anual foi conduzido este trabalho. Foram avaliadas as concentrações iniciais de DNA genômico de 100 e 250 ng, a digestão do DNA com 1,25 e 1U das enzimas EcoRI e MSe, e os respectivos tempos de reação de digestão: 3, 6 e 12 horas. Também foram avaliadas quatro concentrações da solução resultante da ligação dos adaptadores: solução sem diluição; diluída 1:5; 1:10 e 1:20 e duas diluições após a reação de pré-amplificação, de 1:25 e 1:50. Como resultado, foi estabelecido como melhor protocolo, no qual foi obtido um maior número e qualidade de fragmentos, o que utiliza a concentração inicial de DNA genômico de 100 ng, num volume final de reação de digestão 10 ?l, com 1U de cada enzima EcoRI e MseI e tempo de reação de 12h a 37°C, com reação de ligação de adaptadores realizada com a adição da solução de ligação de adaptadores, do Kit AFLP? Analysis System I (InvitroGen Life Technologies, Carlsbad, Calif., USA), e 0,4 U de T4 DNA ligase em um volume final de 10?l, por 2h a 20°C. Após a ligação de adaptadores a diluição deverá ser de 1:5. A reação de pré-amplificação deverá ocorrer a partir de 1?l desta última solução (diluída 1:5), 1,0 X PCR buffer com Mg Plus [Tris-HCl (pH 7.6) 20 mM, MgCl2 1,5 mM, KCl 50 mM], BSA 0,003% e 1 U de Taq DNA polimerase, completando com mix de pré-amplificação do Kit AFLP? Analysis System I até alcançar o volume final de 11?l. O produto da pré-amplificação deverá ser diluído 1:25 antes de ser procedida à amplificação seletiva, a qual deve ser realizada utilizando 2,5 ?l da solução de DNA pré-amplificado (diluído 1:25), 1 X PCR buffer com Mg Plus [Tris-HCl (pH 8,4) 20 mM, MgCl2 1,5 mM, KCl 50 mM], BSA (0,003%), 1 U de Taq DNA polimerase, 10 ng de primer EcoRI, 1,5 ng de primer MseI, 0,4mM de DNTps e H2O MilliQ? até completar o volume final de 10?l. Com este protocolo uma única combinação de primers permitiu identificar 58 bandas polimórficas na análise de duas populações de azevém anual.

Caracterização da diversidade de espécies de aves em paisagens agrícolas: estudo de caso nas culturas de cana-de-açúcar, laranja, eucalipto e em pastagens.

Historicamente, a expansão de atividades agropecuárias sobre áreas naturais é considerada uma das principais ameaças à biodiversidade. Desmatamentos, uso do fogo, superpastoreio, monocultura, mecanização intensiva e uso indiscriminado de agrotóxicos diminuem a diversidade da flora e da fauna (RAMBALDI; OLIVEIRA, 2003). Por outro lado, muitas áreas consideradas de grande valor para a conservação da biodiversidade estão inseridas em um mosaico de fragmentos de remanescentes naturais intercalados em uma matriz predominantemente constituída por áreas agrícolas, onde muitas espécies da fauna silvestre encontram recursos necessários para sua sobrevivência enquanto outras não conseguem adaptar-se e acabam sofrendo ameaças até serem regionalmente extintas. A incorporação de conceitos e tecnologias inovadoras na agropecuária, como a agricultura orgânica, a redução e eliminação de agrotóxicos e do uso do fogo, além da manutenção de remanescentes de fragmentos florestais nativos são práticas que poderiam favorecer o incremento da biodiversidade local e, consequentemente, a sustentabilidade ambiental das atividades agrícolas.

Análise da diversidade micorrízica na rizosfera de genótipos de milho (Zea mays L.) contrastantes para eficiência no uso de P utilizando eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE).

A diversidade genética de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) presentes na rizosfera de genótipos de milho tropicais, selecionados como contrastantes para eficiência no uso de fósforo (P), foi avaliada pela técnica de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE). Fragmentos de DNA ribossômico (rDNA) foram amplificados por PCR, utilizando primers específicos para as famílias Acaulosporaceae e Glomaceae de fungos micorrízicos. Na análise por DGGE, os primers para as famílias Acaulosporaceae e Glomaceae foram eficientes na diferenciação das populações micorrízicas. Os genótipos de milho tiveram uma maior influência na comunidade de FMA da rizosfera do que o nível de P no solo. Os perfis de DGGE revelaram bandas que estavam presentes somente nos genótipos eficientes no uso de P (L3 e HT3060), sugerindo que alguns grupos de FMA foram estimulados por estes genótipos. As espécies Acaulospora longula, A. rugosa, A. scrobiculata, A. morrowiae e Glomus caledonium foram encontradas somente na rizosfera dos genótipos de milho eficientes no uso de P cultivados em solos com baixo teor de fósforo. Uma maior diversidade micorrízica foi encontrada nas amostras coletadas em solos de plantio direto, comparados com solos de plantio convencional. A efetiva colonização das raízes por FMA pode aumentar a eficiência de uso de P de cultivares em solos sob baixo P, influenciando a produção de milho em solos ácidos do Cerrado.

Análise molecular de fungos micorrízicos arbusculares em raízes de milho.

A comunidade nativa de fungos micorrízicos arbusculares (FMA), presente em amostras de raiz e de solo rizosférico de 15 genótipos de milho contrastantes para eficiência no uso de fósforo, foi avaliada pela técnica de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE). Foram amplificados fragmentos do DNA ribossomal com primers específicos para as famílias Acaulosporaceae e Glomeraceae. Os primers para a família Glomeraceae foram eficientes em diferenciar a estrutura da população de fungos micorrízicos, indicando grande diversidade da comunidade entre os genótipos. No DGGE específico para Glomeraceae, foram observadas bandas exclusivas nas linhagens eficientes L228-3 e L3, ambas cultivadas sob baixo teor de fósforo, indicando uma associação preferencial entre os genótipos e os simbiontes, que pode resultar em melhor eficiência na aquisição de fósforo. Além disso, a presença de Glomus clarum nestas duas linhagens eficientes, cultivadas sob baixo P, indica uma possível relação dessa espécie à tolerância ao estresse de P nesse solo. Com relação à família Acaulosporaceae, a técnica de DGGE detectou pouca variação entre os genótipos cultivados em baixo P, além de menor diversidade de fungos micorrízicos dessa família colonizando as raízes de milho.

Modelo para programação visual de matrizes (MVM): uma nova abordagem para visualização, manipulação e programação de algoritmos matriciais.

Para muitos usuários, a programação visual é uma alternativa atrativa às linguagens de programação textuais. Uma das razões para esta atração é que a representação visual de um problema está muito mais próxima com a forma pela qual a solução é obtida ou entendida se comparada à representação textual. Este trabalho apresenta um modelo para a programação visual de matrizes baseado nos paradigmas de fluxo de dados e planilhas eletrônicas. O fluxo de dados e a planilha forma a base semântica da linguagem, enquanto as representações gráficas do grafo direcionado e de uma planilha fundamentam sua base sintática. Este modelo consiste em um conjunto de diagramas bidimensionais e de regras de transformação. Os processos são implementados como redes de fluxo de dados e os dados são representados por planilhas. As planilhas podem ser vistas como variáveis do tipo matriz que armazenam dados bidimensionais, ou como funções, que recebem e produzem valores utilizados por outros processos. Neste caso, as planilhas são programadas seguindo o paradigma de programação por demonstrações que incorporam um poderoso construtor de interação, reduzindo significativamente a utilização de recursos e repetições. O modelo proposto pode ser utilizado em diversos domínios de aplicação, principalmente para simplificar a construção de modelos matemáticos de simulação e análise estatística.

Indicações de aspecto tecnológico sobre o bioetanol de matéria-prima amilácea.

A matriz energética mundial ainda é fortemente inclinada para as fontes de carbono fóssil, com participação total de 80%, sendo 36% de petróleo, 23% de carvão mineral e 21% de gás natural. São muitos os estudos que apontam o esgotamento das fontes de energia fóssil para as próximas quatro a cinco décadas, destacando a necessidade de buscar outras fontes alternativas de energia.

Precisão posicional dos focos de queimadas no Estado de Mato Grosso.

Para estimar a precisão posicional dos pontos de queimadas, fornecidos pelo Inpe e identificados com auxilio das imagens National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA) e o Advanced Very High Resolution Radiometer (AVHRR), foram utilizados diferentes conjuntos de dados de queimadas, obtidos pela internet diretamente do site de queimadas do Inpe (INPE, 2007), imagens do satélite Landsat, composição colorida das bandas R5, G4 e B3, com data de aquisição situada até 30 dias posteriores à ocorrência dos focos de calor. O período máximo de defasagem entre a ocorrência e identificação dos pontos de calor pelo Inpe e a data de aquisição das imagens de satélite, de 30 dias, foi estabelecido com o objetivo de assegurar que as evidências da ocorrência das queimadas identificadas não fossem significativamente alteradas pela ação dos ventos ou das chuvas que transportam, lixiviam ou lavam as cinzas que são depositadas sobre o solo após a ocorrência de uma queimada.

Avaliação inicial do RAPD como forma de acessar a variabilidade genética na espécie rica em linalol Croton cajuçara Benth. (sacaca).

O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilidade dos métodos praticados no Laboratório de Biotecnologia Vegetal da Embrapa Amazônia Ocidental, incluindo o teste da reprodutividade das bandas, para acessar a variabilidade genética entre plantas de sacaca por meio de marcadores moleculares do tipo RAPD ("Random Amplified Polymorphic DNA").

A gueroba (Syagrus oleracea Becc.) nas comunidades rurais II: sistema de producao e avaliacao economica.

A gueroba, guariroba ou gariroba e uma palmeira importante para a populacao do Cerrado, sendo extraido dela um palmito de sabor amargo muito apreciado na culinaria regional. Esse produto e comercializado, geralmente, in natura e sua industrializacao ainda e artesanal. Seu principal mercado localiza-se nos Estados de Goias, Tocantins, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, algumas regoes da Bahia e de Minas Gerais e no Distrito Federal. Com a exploracao predatoria e a acelerada destruicao da vegetacao nativa por meio da expansao da fronteira agricola, a oferta do produto, oriunda do extrativismo, vem sendo reduzida substancialmente. No entanto, tem-se observado o cultivo dessa palmeira em alguns Estados, principalmente em Goias que, em 1999, cultivava 4.499 hectares. Neste estudo, encontra-se descrito o sistema de producao da cultura de gueroba, consorciada com milho e feijao, nos dois primeiro anos, bem como a matriz dos coeficientes tecnicos, as estimativas do Custo Operacional Efetivo (COE) e os fluxos liquidos de caixa, referentes a quatro alternativas de producao (gueroba-milho-feijao, laraja-pera-rio, milho e arroz de sequeiro) para um periodo de oito anos. Para comparar as diferentes alternativas de investimento, foi utilizado como principal indicador o Valor Atual Liquido (VAL) que considerando o nivel de preço medio, o valor estimado por hectare foi de R$ 35.599,60 para o consorcio queroba-milho-feijao; de R$ 20.994,74 para a cultura de laranja-pera-rio; de R$ 609,33 para o milho e de R$ (-810,36) para o arroz de sequeiro. Como indicadores-auxiliar, foram utilizados: a relacao beneficio/custo, o preco de equilibrio e a margem bruta. Os resultados indicam que, para as condicoes vigentes de mercado e os niveis de tecnologia considerados, o sistema gueroba proporciona, em todos os niveis de precos, o maior retorno do capital investido e maior relacao beneficio/custo.

Seleção de plantas matrizes de cupuaçuzeiro no Acre.

Considerando todas as características de aproveitamento industrial do cupaçuzeiro, bem como seu uso promissor em sistemas agroflorestais, é imprescindível o desenvolvimento de um programa que envolva a obtenção de plantas matrizes com a finalidade de, após a seleção de plantas com características agronômicas superiores, transformar a cultura em uma atividade produtiva e economicamente rentável. A utilização de mudas provenientes de matrizes selecionadas para as características desejáveis de produção, maior relação polpa/fruto e tolerância fitossanitária, permitirá maior rentabilidade da cultura e se constitui no principal objetivo deste trabalho.