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O objetivo principal deste trabalho é mostrar como o encéfalo foi abordado nos programas e manuais de Ciências Naturais publicados na primeira metade do século XX. Para tal, utilizou-se um método de caráter qualitativo assente no conceito de transposição didática de Chevallard. O conteúdo programático mostrou que o estudo do encéfalo foi sempre associado ao estudo do sistema nervoso. A descrição neuroanatómica e fisiológica do encéfalo nos manuais organizou-se em torno do bolbo raquidiano, cerebelo e cérebro. Os manuais publicados nas primeiras duas décadas do século XX (Aires, 1906, 1920) foram mais exaustivos na abordagem a esses órgãos do que os publicados entre as décadas de 30 e 50 (Primo, 1939; Soeiro, 1930, 1950; Lima & Soeiro,1950). A sua análise mostrou que a transposição didática do conhecimento científico sobre o encéfalo baseou-se na neuroanatomia, e menos na neurofisiologia, o que é revelador do avanço do conhecimento neuroanatómico deste órgão em comparação com a compreensão do seu funcionamento. Todos os autores ilustraram as funções dos órgãos que constituem o encéfalo através de observações e experiências realizadas em animais, como os pombos e as rãs.