Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media


Autoria(s): Travensolo, Regiane de Fátima; Costa, Maria Vitória Cecchette Gottardi; Carareto-Alves, Lucia Maria; Carrilho, Emanuel; Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo
Contribuinte(s)

Universidade Estadual Paulista (UNESP)

Data(s)

20/05/2014

20/05/2014

01/06/2009

Resumo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Processo FAPESP: 00/06289-2

DNA Microarray foi desenvolvida para monitorar a expressão de muitos genes de Xylella fastidiosa, permitindo a comparação de duas situações distintas em um único experimento. Os experimentos foram feitos utilizando células de X. fastidiosa cultivada em dois meios de cultura: BCYE e XDM2. Pares de oligonucleotídeos iniciadores foram sintetizados, depositados em lâminas de vidro e o arranjo foi hibridizado contra cDNAs marcados fluorescentemente. Os sinais emitidos foram quantificados, normalizados e os dados foram estatisticamente analisados para verificar os genes diferencialmente expressos. de acordo com nossos dados, 104 genes foram diferencialmente expressos para o meio de cultura XDM2 e 30 genes para o BCYE. No presente estudo, nós demonstramos que a técnica de DNA microarrays eficientemente diferencia genes expressos sob diferentes condições de cultivo.

DNA Microarray was developed to monitor the expression of many genes from Xylella fastidiosa, allowing the side by-side comparison of two situations in a single experiment. The experiments were performed using X. fastidiosa cells grown in two culture media: BCYE and XDM2. The primers were synthesized, spotted onto glass slides and the array was hybridized against fluorescently labeled cDNAs. The emitted signals were quantified, normalized and the data were statistically analyzed to verify the differentially expressed genes. According to the data, 104 genes were differentially expressed in XDM2 and 30 genes in BCYE media. The present study showed that DNA microarray technique efficiently differentiate the expressed genes under different conditions.

Formato

555-566

Identificador

http://dx.doi.org/10.1590/S1516-89132009000300006

Brazilian Archives of Biology and Technology. Brazilian Archives of Biology and Technology, v. 52, n. 3, p. 555-566, 2009.

1516-8913

http://hdl.handle.net/11449/26565

10.1590/S1516-89132009000300006

S1516-89132009000300006

WOS:000268580700006

S1516-89132009000300006.pdf

Idioma(s)

eng

Publicador

Brazilian Archives of Biology and Technology

Relação

Brazilian Archives of Biology and Technology

Direitos

openAccess

Palavras-Chave #DNA microarray #Xylella fastidiosa #expression #Transcriptome
Tipo

info:eu-repo/semantics/article