Genome Biology and Evolution of the Animal Kingdom

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Institut J.W. Jenkinson Laboratory for Evolution and Development of the University of Oxford, Regne Unit, entre 2010 i 2012. He estat membre del laboratori del Professor Peter W.H. Holland com a becari post-doctoral Beatriu de Pinós des de setembre de 2010 al setembre de 2012. El nostre projecte de recerca se centra en l'anàlisi genòmic comparatiu del Regne Animal, tot explorant el contingut dels genomes a través de totes les branques de l'arbre dels animals. Totes les referències a les meves publicacions durant aquest post-doc es poden trobar a http://about.me/jordi_paps. Crec que el nombre i la qualitat dels resultats del meu post-doc, un total de 8 publicacions incloent dos articles a la prestigiosa revista Nature, són prova de l'èxit d'aquest post-doc. Prof Peter W. H. Holland (Departament de Zoologia de la Universitat d'Oxford) i jo som coautors de tres articles de genòmica comparativa, resultats directes d'aquest projecte: 1) comparació de families gèniques entre vertebrats invertebrats (Briefings in Functional Genomics), 2) el genoma de l'ostra (publicat a la revista Nature), i 3) els genomes de 6 platihelmints paràsits (acceptat també a Nature). A més, tenim altres 2 treballs en preparació. Un d'ells analitza l'evolució, expressió i funció dels gens Hox al a la tènia Hymenolepis. El perfil fi d'aquests gens clau del desenvolupament esclareix els canvis d'estil de vida dels organismes. A més, durant aquest últim post-doc he participat en diverses col•laboracions, incloent anàlisi de gens d'envelliment a cucs plans, un estudi sobre la filogènia del grup Gastrotricha, una revisió de l'evolució phylum Platyhelminthes, així com un capítol d'un llibre sobre l'evolució dels animals bilaterals. Finalment, gràcies a la beca Beatriu de Pinós, el Prof. Peter W.H. Holland m'ha convidat a formar part del seu equip com un investigador post-doctoral en el seu projecte ERC Advance actual sobre duplicacions genòmiques.

Report for the scientific sojourn carried out at the J.W. Jenkinson Laboratory for Evolution and Development of the University of Oxford, United Kingdom, from 2010 to 2012. Our research project is focused on comparative genomic analysis of the Animal Kingdom, exploring the genetic content throughout all the branches of the tree of the metazoans. All the references to my publications during this post-doc can be found in http://about.me/jordi_paps. I think the number and quality of the outputs of my post-doc, a total of 8 publications including 2 papers in Nature, are prove of the success of this post-doc. Prof. Peter W.H. Holland (Department of Zoology, University of Oxford) and I have co-authored 3 articles on comparative genomics as a direct result of this project: a study in 1) vertebrates versus invertebrates (Briefings in Functional Genomics), 2) the oyster genome (published in Nature), and 3) the genomes of 6 parasitic flatworms (accepted in Nature). Moreover, we have 2 other papers in preparation; one of them analyzes the evolution, expression and function of Hox genes in the tapeworm Hymenolepis microstoma. The fine profiling of these key developmental genes sheds new light in the lifestyle changes of the organisms. In addition, during this last post-doc I have become involved in several collaborations, including analyses of ageing related pathways in flatworms, a study on the phylogeny of the phylum Gastrotricha, a review on the phylum Platyhelminthes evolution, as well as a book chapter on Bilateral animals evolution. Finally, thanks to the Beatriu de Pinós scheme, Prof. Peter W.H. Holland has invited me to join his team as a post-doc researcher in his current ERC Advance project on genome duplication