生物分子水溶液的Monte Carlo模拟 Ⅲ: 力偏倚抽样法和Metropolis抽样法的比较

用力偏倚(FB)法,由体系的晶体点阵构型出发到达平衡态所需的循环数为Metroplis法的武分之二。为了得到较好的结构信息所需的构型数也仅为后者的五分之二。虽然每个循环所需机时为Metropolis法的1.6倍,仍是一加速收敛的好方法。此外进一步支持了以分子的平移扩散作为判别抽样效率的判据,指出接受几率在0.33—0.36之间的步长可能是合适的。此外还统计了和丙氨酸作用大于2kcal/mol的分子座标,使它们与丙氨酸-水分子径向分布图的峰值相对应。图2表2参9