中国部分猪种SLA2DQB 外显子2 遗传多样性

运用PCR2SSCP 和克隆测序对中国部分猪种的SLA2DQB 基因外显子2 的多态性分析表明:有功能的 DQB 基因有68 个新等位基因,假基因(SLA2DXB) 等位基因有5 个。各等位基因的数量分布极其不平衡,而且许多 品种都表现出共享等位基因。9 个主要等位基因中, C08 广泛分布在中国猪种的6 大地方类型11 个品种及云南 和四川野猪中,它为中国猪种特有的共享等位基因,占总数的55. 10 %。在单一的个体中拥有5 条以上序列,说明 SLA2DQB 基因座在某些品种中拷贝数为3 个。SLA2DQB 外显子2 的等位基因核苷酸和氨基酸多态变异位点分别 高达81 个和49 个,等位基因多样度( H= 0. 889) 以及核苷酸多样度( Pi = 0. 047) 都很高,总体表现为β折叠区的Pi 值均高于α螺旋区。综合分析表明华南型、西南型猪H和Pi 均较高,高原型的藏猪最低。类群内遗传距离排序与 Pi 值高低排序一样,可见各地方类型中核苷酸替换的差异正比于核苷酸多样度。类群间遗传距离比较,江海型与 华北型间的距离最大,而华中型和高原型间的遗传距离最小。

国家重点基础研究发展规划项目资助(编号: G20000161)