Monilinjaus fylogeniapuun ohjaamana
| Contribuinte(s) |
Helsingin yliopisto, matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta, tietojenkäsittelytieteen laitos Helsingfors universitet, matematisk-naturvetenskapliga fakulteten, institutionen för datavetenskap University of Helsinki, Faculty of Science, Department of Computer Science |
|---|---|
| Data(s) |
14/06/2010
|
| Resumo |
Suoraviivainen monilinjauksen toteutus vie eksponentiaalisesti aikaa ja muistia. Siksi on kehitetty monia heuristisia menetelmiä. Tässä paperissa keskityn yhteen heurististen monilinjausmenetelmien luokkaan, progressiiviseen fylogeniapuun mukaan etenevään monilinjaukseen. Menetelmä on kehitetty globaaliin linjaukseen, lokaalin linjaamisen puolelta löytyy joitain samansuuntaisia menetelmiä. Olen soveltanut progressiivisen fylogeniapuun ohjaaman monilinjauksen lokaalisti geenien säätelyalueita etsivään EELohjelmaan. Koska selkeästi hyvää tapaa yleistää EELohjelman käyttämä linjauksen pisteytys ei ole, olen toteuttanut progressiiviseen monilinjaukseeni kolme erilaista pisteytystä: parien summa, parilinjauksen pisteytyksestä yleistetty pisteytys sekä edustavia sekvenssejä käyttävä, puun mukainen pisteytys. Monilinjauksen mahdollistama useamman sekvenssin käyttäminen tarkentaa parilinjauksella löydettyjä säätelyalueita ja vahvistaa säilyvien alueiden merkitystä. |
| Identificador |
URN:NBN:fi-fe201009232512 |
| Idioma(s) |
fi |
| Publicador |
Helsingin yliopisto Helsingfors universitet University of Helsinki |
| Direitos |
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited. Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden. |
| Tipo |
Pro gradu Master's thesis Pro gradu Text |
