Isolation of an 800 kb contiguous DNA fragment encompassing a 3.5-cM region of chromosome 1 in Arabidopsis using YAC clones

The apetalal mutation of Arabidopsis affects floral meristem identity and the development of sepal and petal primordia of the flower. We mapped the available RFLP markers on chromosome 1 that are in the general vicinity of apetalal on a fine structure map and then chose the closest RFLP as a starting point for contiguous DNA (contig) generation. We report here a contig of about 800 kilobases (kb) that spans a 3.5 cM region of chromosome 1. We used genomic libraries of Arabidopsis prepared in yeast artificial chromosome (YAC) vectors and the detailed characterization of 19 YACs is reported. RFLPs displayed by the end fragments from the walk were mapped to align and correlate the genetic and physical maps for this region of chromosome 1. In this segment of the genome, 1 cM corresponds to a little over 200 kb of physical distance.

Estudio de tres concentraciones de GA3, dos concentraciones de BAP y las consistencias líquida y semisólida del medio nutritivo en la micropropagación de clones de yuca (Manihot esculenta Crantz)

El presente trabajo se realizó en el Laboratorio de Cultivo de Tejidos Vegetales del Programa Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN), ubicado en la Universidad Nacional Agraria (UNA). El experimento se evaluó en dos fases, en la primera fase se estudió el comportamiento in vitro de ápices de los clones de yuca (Manihot esculenta Crantz) MCol-22, Okra y Portland cultivados en un medio nutritivo MS (Murashige y Skoog, 1962) con concentraciones de 0.00 mg/1 y 0.040 mg/1 de BAP (6-bencil aminopurina) y concentraciones de 0.05 mg/1 0.10 mgfl y 0.20 mg/1 de GA3 (ácido giberélico). En la segunda fase se evaluó el comportamiento de cuatro clones (C6-1141, MCol-1505, MCol-2215 y MMex-59) en las consistencias de medio nutritivo semisólida y líquida. A través del estudio se determinó que el genotipo es un factor muy importante sobre la respuesta organogénica de los tejidos cultivados in vitro. Sin embargo, es posible definir medios nutritivos para grupos de clones, facilitando así el proceso de micropropagación de especies de importancia económica como la yuca. Los clones que sobresalieron en la primera fase fueron el Portland y MCol- 22. Con respecto al efecto del BAP la concentración 0.04 mg/1 predominó sobre la concentración 0.00 mg/1, para todas las variables evaluadas en el ensayo. Así mismo, la concentración 0.10 mg/1 de GA 3 resultó la más efectiva. Por otra parte, de las consistencias de medios nutritivos evaluados en la segunda fase, se determinó que la consistencia semisólida dió mejor resultado sobre el número de raíces y la consistencia líquida tuvo mayor influencia sobre la variable altura de planta.

Efecto del momento de fertilización, posición de la yema y sustratos en tres clones de quequisque (Xanthosoma sagittifolium (L) Schott) propagados a través de la técnica de reproducción acelerada de semillas

El presente estudio se realizó con el objetivo de determinar el efecto que ejercen la posición de la yema, el momento de fertilización y sustrato sobre la velocidad de brotación y el crecimiento de las plantas de los genotipos de quequisque (Xanthosoma sagittifolium (L.) Schott): Blanco (Bco), Masaya (My) y Nueva Guinea (NG) propagados a través de la técnica de reproducción acelerada de semillas - CRAS, además se pretendió contribuir en la definición de una metodología para la propagación rápida y masiva de plantas a través de esta técnica. Los estudios se llevaron a cabo en canteros con dimensiones de 4.75 m de largo por 1.3 m de ancho, con una capa de 5 cm de hormigón rojo y otra de 15 crn de arena y en bolsas de polietileno para vivero (0.91 kg). Se establecieron tres ensayos bifactoriales siguiendo el arreglo de diseños completos al azar (DCA): posición de la yema (hacia abajo y hacia arriba); momento de fertilización (sin fertilización -testigo-; con fertilizaciones a los 15 dds, 30 dds y 45 dds; a los 30 y 45 dds; y a los O, 15, 30 y 45 dds); y sustratos (arena, humus, suelo; 1:1 humus-suelo; 1:1:2 arena-humus-suelo). Se evaluaron las variables altura de planta (cm), grosor del pseudotallo (cm), número de hojas y área foliar (cm2 . A los datos numéricos de las variables se les realizó un análisis de varianza (ANDEVA). Las yemas colocadas hacia abajo registraron una velocidad de brotación estadísticamente superior (8.15 cm) a la registrada por las yemas colocadas hacia arriba (5.92 cm), independientemente del genotipo. El quequisque Bco, sin importar la posición de la yema, brotó más rápido (8.36 cm) que los otros genotipos; el genotipo My lo hizo más lentamente (5.16 cm). Los genotipos donde se fertilizó a los 30 y 45 dds obtuvieron resultados estadísticamente superiores en todas las variables (Bco 23.21, My 15.23 y NG 22.86 cm de altura). El testigo (sin fertilización) obtuvo los resultados más discretos (Bco 8.71, My 13.83 y NG 14.25 cm de altura). Ningún genotipo prevaleció en todas las variables evaluadas, sin embargo, el genotipo NG registró los resultados más sobresalientes. Las combinaciones más destacadas en las interacciones genotipo - fertilización fueron el clon Bco y NG fertilizadas a los 30 y 45 dds (23.21 y 22.86 cm de altura respectivamente); el testigo y la fertilización aplicada a los O, 15, 30 y 45 dds en combinación con los tres genotipos reportaron los resultados más bajos. Las plantas de los genotipos Bco (27.98 cm de altura) y My (25.65 cm de altura) desarrolladas en humus registraron valores estadísticamente superiores. En los sustratos arena (Bco 9.82 y My 11.59 cm de altura) y suelo (Bco 16.29 y My 3.20 cm de altura) se obtuvieron plantas con los valores más bajos en las variables evaluadas. En las interacciones, el genotipo Blanco reportó los mayores valores (altura 19.5 cm, grosor 1.13 cm y área foliar 122 cm 2 coincidiendo con los dos ensayos anteriores

Caracterización y evaluación de siete clones de pitahaya (Hylocereus spp.) en el Centro Experimental Campos Azules (CECA), Masatepe (Masaya)

La intensificación del cultivo de la Pitahaya (Hylocereus spp.) y la creciente demanda de frutos por el mercado nacional así como la exportación, ha requerido de la búsqueda de nuevas variedades que respondan adecuadamente a las exigencias de los mercados en sabor, color, dulzor, apariencia, y a las expectativas de los productores como la resistencia a plagas y enfermedades. La presente investigación se realizó entre los meses de Junio y Noviembre del año 2003 en el Centro Experimental Campos Azules (CECA); ubicado en el municipio de Masatepe, departamento de Masaya. El objetivo del trabajo es principalmente validar una Guía de Descriptores de Pitahaya. Además de caracterizar morfológicamente cada uno de los siete clones de Pitahaya (Amarilla, Cebra, Lisa, Orejona, Rosa, Sin Espina y San Ignacio) encontradas en el banco de germoplasma del CECA. Se tomaron las muestras bajo un Diseño Completo al Azar (D.C.A.) ya que la plantación estaba establecida y se realizó la caracterización de flores y frutos en el laboratorio del REGEN, exceptuando el levantamiento de datos vegetativos (cladodios) el que se realizó en el campo. Los datos se procesaron mediante análisis de varianzas y desviación estándar (entre y dentro de los clones con la tabla Tukey al 5%) en cuanto a clones, fechas de muestreo e interacción clon * fecha, Análisis de Agrupamiento (AA), Análisis de Componentes Principales (ACP), análisis de correlación y un análisis del empleo de la Guía de Descriptores. El clon Amarilla presentó los más altos valores en el ANDEVA respecto a los cladodios para las variables ancho de cladodio, longitud de espinas y número de espinas, respecto al resto de los clones (7.34 cm, 12.74cm y 6.75 espinas respectivamente), el clon Sin Espina obtuvo el más alto valor en la variable distancia de areola (3.71 cm). El Análisis de Varianza en cuanto a frutos mostró diferencias estadísticas en las variables tamaño de semilla y número de brácteas, correspondientes a los clones Sin Espina y Cebra (49.11s/g y 32.88 brácteas respectivamente); El ANDEVA en cuanto a fechas mostró que en la fecha 4 (Noviembre) se obtuvieron los mejores resultados; reflejando significancia estadística en todas las variables. El análisis de Componentes Principales determinó que el 40.17% de la variación total del germoplasma la aportan los dos primeros CP y las variables que la integran son volumen de fruto, peso de fruto, peso de pulpa, diámetro de fruto, volumen de pulpa, número de pétalos, número de brácteas, color de estigma, ancho y forma de pétalos. El Análisis de Agrupamiento mostró que existen cuatro (4) grupos formados por los clones Amarilla, I; Cebra, Sin Espina y San Ignacio, II; Lisa y Orejona, III y Rosa, IV. El análisis de correlación demuestra que las variables de fruto están íntimamente asociadas.

Micropropagacion de dos clones de caña de azucar (Saccharum sp.) ISA 96-110 e ISA 96-111

El presente estudio se realizó con el objetivo de desarrollar metodología para la micropropagación a partir de ápices caulinares, utilizando la técnica Spinder, y posteriormente aclimatación de las vitroplantas de dos clones de caña de azúcar (Saccharum sp.) (ISA 96-110 e ISA 96- 111). Se estudió el efecto que sobre el establecimiento tendrian 4 variantes del medio de cultivo MS (1962), suplidas con 0.0, 0.2 y 0.6 mg/1 de 6-BAP. Se utilizaron 15 réplicas por tratamiento. Se evaluó el efecto que sobre la brotación tuvieron 4 variantes del medio MS (1962), a las que se les adicionó 0.0, 0.1 y 0.5 mg/1 de 6 BAP durante tres subcultivos sucesivos. Se utilizaron 5 réplicas por variante en estudio. Para inducir el mayor enraizamiento se probaron 4 variantes líquidas del medio MS ( 1962), suplidas con 0.0, 1.0 y 1.6 mg/1 de AlA. Para el estudio de aclimatación se emplearon 30 plantas por cultivar y se establecieron en un sustrato de lombrices Californiana (Eisenia foetida). El clon ISA 96-110 presentó mayor porcentaje de fenolización y menor curvatura que el clon ISA 96-111. El medio de cultivo MS + 0.60 m g/1 de 6-BAP indujo al menor porcentaje de fenolización (33.0) y mayor de curvatura (60.0) en el clon ISA 96-110, el medio MS + 0.20 mg/1 de 6- BAP en el clon ISA 96-111. La sobrevivencia de las plantas del clon ISA- 111 fue de 100 % en todos los medios de cultivo, para el ISA 96-11O sólo los medios MS + 0.20 y MS + 0.00 mg/1 de 6-BAP. No hubo aumento de los valores de las variables altura de la planta, número de brotes y de hojas con el aumento del número de subcultivos. El medio de cultivo que indujo mayor brotación para el clon ISA 96-11 O fue el MS + 0.30 mg/1, mientras que para el clon ISA 96-111 fue el MS + 0.1 mg/1 de 6- BAP. El clon ISA 96-111 reportó resultados superiores en longitud (5.75 cm) y número de raices (7.4) por planta. El medio de cultivo MS + 1.3 mg/1 de AlA indujo los mejores resultados en ambos clones. El comportamiento de las plantas del clon ISA 96-1 11 fueron superiores a las del clon ISA 96-11O al momento de la aclimatación

Caracterización y evaluación preliminar de diez clones de camote (Ipomoea batata L.)

El presente trabajo se refiere a la caracterización y evaluación preliminar de diez clones de camote Ipomea batatas L. para su realización de inicio con la colecta del germoplasma criollo y/o introducción de diferentes regiones del país. Se elaboró una guía preliminar de 46 descriptores para la caracterización de este material. Para su validación se realizaron dos ciclos de siembra, una en la finca Las Mercedes y la otra en las áreas experimentales del programa de Recursos Genéticos Nicaragüense (REGEN), localizadas en EL rodeo km 12 ½ carretera Norte , Managua. Mediante la investigación se eléboro una guía define de 36 descriptores, donde se eliminaron los que no definieron clones de la población estudiada. Se proponen además descriptores que deben tomarse en otros trabajos. Los descriptores se definieron en principales, secundarios e inútiles, de acuerdo a su variación presentada dentro de la población, así como su importancia para la diferenciación de los clones: los descriptores principales se consideran suficientes para realizar un buen trabajo de caracterización. Se presenta un catálogo de los 10 clones estudiados en que se anotan para valores mínimos, máximos, desviación estándar y la media para los descriptores cuantitativos, y la moda para los cualitativos. Para estos últimos se dan los códigos, pudiéndose observar sus estados en la guía de descriptores. Los clones sobresalientes por su rendimiento fueron N-77, N-1383, N1433 y N-178. Se recomienda a los clones N-179, N177 y N1437 para trabajos de investigación con fines forrajeros. Por último se recomienda a los clones de mayor contenido de materia seca para buscar materiales con porcentajes altos de almidón, sobresaliendo en este caso N-1301, N179, N1384 y N-177.

Caracterización y evaluación preliminar de quince clones de Ñame dioscorea sp.

Se caracterizaron y evaluaron quince accesiones de Ñame (Dioscorea sp) provenientes de ocho países de la cuenca del Caribe. El ensayo se estableció en el programa de Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN). Del Instituto Superior de Ciencias Agropecuarias (ISCA), Managua. Utilizando un arreglo fr bloques al azar con dos repeticiones. Se observaron 89 descriptores, entre los cuales se seleccionaron para análisis 42 cualitativos y 23 cuantitativos. Los datos se sometieron a análisis de agrupamiento por encadenamiento simple: El fonograma de descriptores cualitativos determino la experiencia de dos especies: D alata y D. Trífida mientras que dos clones que se sospecha eran duplicados por cercanía geográfica, presentan alta diferenciación: Del análisis muy similar al patrón presentado por el total de diez descriptores de color: sugiriendo la importancia de los primeros en la diferenciación de accesiones. El fonograma de descriptores cualitativos resulto diferente en conformación e integrantes de los grupos, que los obtenidos del análisis de descriptores cualitativos: los datos de rendimiento se procesaron de la misma manera, sometidos a un análisis de varianza que arrojo diferentes pruebas de medidas de Duncan se obtuvieron dos niveles de diferenciación a y b. concordante con rendimiento presento estrecha concordancia con el de los descriptores cuantitativos. De 23 descriptores cuantitativos se seleccionaron trece, que sometidos a prueba de t. determinó nueve capaces de encontrar diferencias significativas entre pares de grupos de accesiones. De la relación entre el color y rendimiento, se desprende que los clones con subcuticula morada. Blanco amarillenta y amarillo pálido, con pulpa morada o blanca amarillento. Tienen tendencia a generar altos rendimientos. Se elaboró un catálogo de características morfológicas de las accesiones estudiadas.

Caracterización y evaluación preliminar de cincuenta clones de yuca (Manihot esculenta crantz)

Este trabajo se inició con la búsqueda de material criollo y/o introducido en todas las regiones del país, con el objetivo de concentrar la mayor variabilidad posible, de la especie. Posteriormente se preparó una guía preliminar de descriptores para efectuar la caracterización (se caracterizaron 50 clones). Esta consta de 55 descriptores, la que permite hacer una descripción completa de la colección. Para poder validar se realizaron dos siembras; una en la “Hacienda Las Mercedes y otra en los campos experimentales del programa de Recursos Genéticos Nicaragüenses, Ambos en la localidad del Rodeo km 12 ½ carretera Norte, Managua, Managua. Esta investigación permitió establecer una guía de descriptores definitiva >(consta de 31 descriptores) en la que se eliminan aquellos que no definen clones, a la vez se proponen descriptores que no deben excluirse cuando se realizan trabajos de este tipo. Por otra parte se seleccionaron los mejores clones de acuerdo a: Rendimiento promedio de raíces, siendo los más sobresalientes: yuca Sutre, Ingram, cubana; CM-91-3, White Joe, M-Col -673, Yuca blanca, yuca plátano, yuca ceiba. Producción de follaje: Smalling santa Cruz, Chilkena , CMC16, Yuca Blanca, Agria, Valencia, White Joe, Yuca Batata, Yuca Sutre valencia, Colorado, Turrucares 1. Además, se proponen algunas características morfológicas (prominencia de la base, longitud de entrenudos, textura de la superficie de la raíz) para colectar germoplasma de yuca Manihot esculents Crantz en Nicaragua, con el fin de conseguir clones sobresalientes.

Evaluación agronómica de veintidos clones de cacao (Theobroma cacao L.) en la Estación Experimental El Recreo

Se realizó una evaluación agronómica de 22 clones de Theobroma cacao L. de origen Criollos y Trinitarios en el Banco de Germoplasma de la Estación Experimental El Recreo, ubicada en el municipio de El Rama, Región Autónoma Atlántico Sur. La plantación se estableció en 1982 y su caracterización se realizó entre Diciembre 1992 y Junio 1994. Se utilizaron parámetros de evaluación como promedios y coeficientes de variación, según metodología del CATIE para la caracterización de clones de cacao. Se encontró que los materiales genéticos más promisorios lo conforman los clones ICS-6, ICS-8, RIM-9, RIM-48, RIM-52, ICS-39, RIM-117, ICS-16 Y RIM-15. Respecto a la tolerancia a Phytophthora palmivora L., por su época de producción, la mayoría de los clones demostró un efecto de escape natural, exceptuando al clon RIM-52 que demostró ser susceptible a este hongo. Los clones criollos RIM-52, RIM-9, RlM-15 Y RIM-44 presentaron mayor productividad comparado con los tratamientos restantes aunque la productividad de todos los clones fue afectada por el Huracán Juana en 1988 y posteriores inundaciones del Río Mico. El clon ICS-84 fue confirmado como autoincompatible, los genotipos restantes pueden clasificarse como autocompatibles

Análisis bioinformático de los genes de lacasas YfiH en clones virulentos de Acinetobacter baumannii

[ES] Acinetobacter baumannii es una bacteria Gram negativa, patógena y multirresistente. Su alta capacidad de supervivencia en hospitales y su resistencia a químicos puede deberse a la producción de lacasas. Estas enzimas son capaces de oxidar un sinfín de compuestos como los fenoles utilizados en hospitales para la desinfección de superficies. En este estudio se ha realizado un análisis de actividad lacasa en aislamientos altamente virulentos de los clones internaciones I y II, observando que estas cepas presentan actividad lacasa. Paralelamente, se ha realizado un análisis bioinformático con el que se ha determinado la similitud de los genes de estas lacasas con las ya descritas de la familia “YfiH” y con otras enzimas procedentes de otras especies, demostrando su similitud de secuencia con la lacasa RL5, procedente de una muestra de rumen bovino. Estos hechos suponen un avance en el estudio de lacasas bacterianas en Acinetobacter baumannii cuya caracterización podría desembocar en nuevas líneas de lucha contra dicho patógeno.

Induction of mitotic and meiotic gynogenesis and production of genetic clones in rohu, Labeo rohita Ham.

Studies were undertaken to produce genetic clones derived from all homozygous mitotic gynogenetic individuals in rohu, Labeo rohita Ham. ln view of this, attempts were made to interfere with the normal functioning of the spindle apparatus during the first mitotic cell division of developing eggs using heat shocks, there by leading to the induction of mitotic gynogenetic diploids in the F1 generation. Afterwards, viable mitotic gynogenetic alevins were reared and a selected mature female fish was used to obtain ovulated eggs which were fertilized later with UV-irradiated milt. Milt was diluted with Cortland’s solution and the sperm concentration was maintained at 10⁸/ml. The UV-irradiation was carried out for 2 minutes at the intensity of 200 to 250 µW/cm² at 28± 1°C. The optimal heat shock of 40°C for 2 minutes applied at 25 to 30 minutes a.f. was used to induce mitotic gynogenesis in first (F1) generation and at 3 to 5 minutes a.f. to induce meiotic gynogenesis in the second (F2) generation. The results obtained are presented and the light they shed on the timing of the mitotic and meiotic cell division in this species is discussed.

Construction of a BAC library for Chinese amphioxus Branchiostoma belcheri and identification of clones containing Amphi-pax genes

Amphioxus is a crucial organism for the study of vertebrate evolution. Although a genomic BAC library of Branchiostoma floridae has been constructed, we report here another BAC library construction of its distant relative species Branchiostoma belcheri. The amphioxus BAC library established in present study consists of 45,312 clones arrayed in one hundred and eighteen 384-well plates. The average insert fragment size was 120 kb estimated by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) analysis of 318 randomly selected clones. The representation of the library is about 12 equivalent to the genome, allowing a 99.9995% probability of recovering any specific sequence of interest. We further screened the library with 4 single copied Amphi-Pax genes and identified total of 26 positive clones with average of 6.5 clones for each gene. The result indicates this library is well suited for many applications and should also serve as a useful complemental resource for the scientific community.