472 resultados para Sequenciamento


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Orientador : Prof. Dr. Renato Marques

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Orientador : Prof. Fábio Oliveira Pedrosa

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Orientadora : Profa. Dra. Maria Luiza Petzl-Erler

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Orientador: Prof. Dr. Cassius Carvalho Torres-Pereira

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Orientador : Dr. Helisson Faoro

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Orientador : Prof. Dr. Iglenir João Cavalli

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A classe Trebouxiophyceae é um grupo de algas morfologicamente heterogêneo que habitam principalmente o solo e águas doces. Estas algas estão presentes, também, no continente Antártico, que é o quinto maior continente em extensão, com aproximadamente 13,7 milhões de km2. É um continente extremo, sendo o mais alto, mais frio, mais seco e com os ventos mais fortes. Em adição a estas condições climáticas extremas, as radiações UVA e UVB são aspectos que afetam a estrutura e desenvolvimento de plantas. A espécie mais comumente relatada é Prasiola crispa (Lightfoot) Kützing. Esta alga normalmente cresce em solos úmidos que são fertilizados pelo guano do pássaro, dentro e adjacente às colônias de pinguins. Tolera repetidos ciclos de congelamento/descongelamento na primavera e no outono, o congelamento durante o inverno e altos níveis de radiação UV durante o verão. Os organismos presentes na vegetação Antártica, por apresentarem características tão peculiares, se tornam um bom alvo para o estudo de suas organelas acessórias. A exploração do genoma de organelas acessórias revelou uma surpreendente arquitetura genômica. Alguns dos mais diversos e incomuns DNA de mitocôndria e cloroplasto vem de algas verdes. Apesar de numerosas funções biológicas de ambas organelas, elas dependem consideravelmente de proteínas codificadas e importadas do núcleo. A compreensão do genoma de organelas acessórias dará um forte impacto nos domínios da evolução, biologia e biotecnologia. Com base na literatura referente a P. crispa e podendo o genoma de organelas fornecer informações tão importantes, nosso grupo sequenciou os genomas mitocondrial e plastidial da alga antártica P. crispa. O DNA das organelas foi sequenciado pelo serviço Macrogen em um aparelho de sequenciamento de nova geração Solexa-Illumina Hi Seq 2500, de acordo com as instruções do fabricante. A montagem da sequência foi realizada com o software SOAPdenovo2. Todas as ORFs foram anotadas utilizando CpGAVAS e Mitofy, para cloroplasto e mitocôndria, respectivamente. A partir de dados obtidos do NCBI, referentes a espécies de algas Trebouxiophyceae com mtDNA e cpDNA sequenciados, estes dados foram comparados com os dados de P. crispa em relação a tamanho em pares de base, número de CDS, conteúdo G+C, tRNA, rRNA, assim como ausência e presença de genes relacionados a produção de energia e estresse oxidativo. Com base em nossos resultados, observa-se que P. crispa apresenta os genomas mitocondrial e plastidial grandes, porém em relação ao número de genes, a espécie fica entre as espécies de Trebouxiophyceae com menores conteúdos gênicos. P. crispa também não apresenta vários genes relacionados ao fotossistema I e II e à síntese de ATP no cloroplasto, funções estas importantes para o metabolismo de energia da planta. Na mitocôndria, vários genes relacionados ao complexo oxidativo e a síntese de ATP estão ausentes, sendo essas funções cruciais para o sobrevivência do organismo. Uma hipótese possível é que esses genes tenham sido incorporados pelo genoma nuclear durante a evolução da planta. Estudos futuros, como, por exemplo, o sequenciamento do genoma nuclear de P. crispa poderão elucidar questões como esta. Palavras-Chave: Prasiola crispa, genoma mitocondrial, genoma plastidial, Trebouxiophyceae.

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A Leishmaniose é uma doença parasitária infeciosa, causada por protozoários do gênero Leishmania e transmitida pelo vetor flebótomo. Caracterizada como Doença Tropical Negligenciada, acomete diversas espécies de mamíferos, sendo o cão, atualmente, o principal reservatório em área urbanas. Os equinos também podem ser infectados, especialmente quando estão em contato com reservatórios ou vetores. No município de Uruguaiana – RS há um expressivo número de equinos utilizados na tração de cargas e como meio de transporte, com constante movimentação dentro do perímetro urbano. Esses animais vivem em condições precárias, submetidos a trabalhos excessivos e má nutrição. Frente a estes fatores somados à atual situação epidemiológica da leishmaniose visceral canina no município, o presente estudo foi realizado com o objetivo de identificar a presença de Leishmania sp em equinos urbanos do município de Uruguaiana-RS. Para a condução do experimento foram utilizadas amostras sanguíneas de 192 equinos testadas em três técnicas: sorológica (ELISA), imunocromatográfica (TR-DPP) e molecular (PCR). Na técnica de ELISA foi utilizado soro, testado com o Kit Ensaio Imunoenzimático para Diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina – Bio-Manguinhos e para o teste imunocromatográfico Teste Rápido Dual Path Platform utilizaram-se amostras de sangue total. As reações de PCR, após extração de DNA de sangue periférico dos animais, foram realizadas com quatro pares de iniciadores distintos. Todas as amostras testadas apresentaram-se não reagentes nos ensaios imunológicos. Entretanto, com o emprego da técnica PCR, mais sensível, houveram amostras positivas. Dos quatro pares de iniciadores testados, 75 amostras foram positivas, 52 com pelo menos um dos pares. Contudo, ao analisarmos individualmente os iniciadores, 58,6% foram positivos para LITSV/L5.8SR, 44% para LITSV/LISTSR, 28% para RV1/RV2, e 4% LITSR/L5.8S. Os resultados apresentados no experimento indicam a possibilidade de existência de Leishmania em equinos na região de Uruguaiana, embora os testes sorológicos não tenham apresentado reatividade para Leishmania. A técnica molecular possibilitou a detecção do gênero Leishmania nas amostras de sangue periférico dos equinos. Este foi o primeiro relato da infecção na espécie equina na região do extremo oeste do estado do Rio Grande do Sul. Contudo, se faz importante a realização de sequenciamento do fragmento para que se possa confirmar a identidade genética de Leishmania sp.

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Eugenia uniflora (pitangueira) é uma espécie da família Myrtaceae bastante explorada economicamente devido a suas propriedades farmacológicas e, por este motivo, são importantes os estudos a nível molecular sobre esta espécie. Os SNPs tem sido uma ferramenta amplamente utilizada na área de genômica, assim como os ESTs que também apresentam diversas vantagens devido sua presença em diversos bancos de dados. O objetivo deste estudo foi buscar SNPs em regiões gênicas de E. uniflora em comparação com o banco de dados ESTs de Eucalyptus grandis. Para a realização deste trabalho foi feito o sequenciamento do DNA total de uma amostra de pitangueira, que gerou uma cobertura de aproximadamente 25% do genoma desta espécie, montados em torno de 2.600 contigs. Destes, selecionamos 150 para fazer a busca de regiões gênicas hipotéticas por meio da comparação do banco de dados de ESTs de E. grandis. Após, foram selecionados somente os contigs que continham cobertura mínima de 80pb. Dos 150 contigs analisados, 35 obtiveram similaridade de ESTs entre as duas espécies. Após a retirada dos íntrons, alguns contigs mostraram alinhamentos fragmentados e outros mostraram uma cobertura inferior a 80pb. Do total analisado, 8 contigs atenderam todas as qualidades exigidas. O contig que mostrou uma menor frequência (SNPs/pb), apresentou semelhança com a sequência que expressa a proteína Eto1, o contig que apresentou um valor intermediário em relação ao máximo e mínimo da frequência obteve semelhança na proteína RPK, já o contig que apresentou maior frequência mostrou semelhança com a proteína AGP. O número de transições foi maior que o de tranversões. Estes dados foram classificados como baixos, indicando que estas regiões gênicas são bem conservadas. A técnica utilizada é de fácil aplicação e muito útil mesmo sendo pouco utilizada visando à identificação de SNPs putativos entre espécies diferentes.

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Os estresses abióticos são responsáveis pela indução de adaptações em plantas. Estas quando submetidas ao estresse, respondem através de mecanismos de sinalização nas rotas fisiológicas, desencadeando um processo de aclimatação. Entretanto, nem sempre este potencial de adaptação é expresso, mas se persistir ao longo do desenvolvimento da planta, torna-se uma adaptação oriunda de mudança genética. Consequentemente, essas alterações incipientes possam ser identificadas em nível transcricional, os precursores de algumas alterações genéticas importantes tais como splicing alternativo. Em ambientes polares a expressão de genes permitiu a adaptação das plantas a temperaturas de congelamento. Entre estas plantas estão os musgos, presentes nos ambientes de climas contrastantes, isto sugere que estes organismos tenham plasticidade fenotípica e genotípica. Ainda que haja poucos estudos destes organismos em relação a diferentes agentes estressores, é amplamente difundido que estes possuem potenciais de resistência aos estresses ambientais. Para descobrir estes potenciais de resistências é necessário estudar os genes relacionados especificamente com o fator estressor em questão, neste caso o estresse ao frio. Para tanto é necessário um processo de sequenciamento dos genes expressos quando a planta é submetida ao estresse. Neste estudo foram realizados testes com explantes cultivados in vitro do musgo Physcomitrium acutifolium Broth. em diferentes temperaturas, com 6 tratamentos variando de 0 a 25 ºC, seguidos das análises fenotípicas e posteriormente genômicas, incluindo processo de sequenciamento e identificação de genes expressos. Os resultados sugerem relação do estresse por baixas temperaturas e o potencial de expressão de genes relacionados ao estresse por frio neste musgo, principalmente por uma identificação de maiores ocorrências de splicing alternativo nas plantas cultivadas a temperatura mais baixa testada. Assim, o uso potencial de espécies de musgo em estudos relacionados à resistência ao congelamento em plantas, torna-se como uma alternativa interessante em processos de biotecnologia vegetal.

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Algas verdes da classe Trebouxiphyceae estão entre os organismos presentes no continente Antártico, onde a espécie mais relatada é a macroalga verde Prasiola crispa (Lightfoot) Kützing. Considerada um organismo extremófilo, pois se desenvolve com muito sucesso no habitat extremo da Antártica, ainda são raros na literatura dados moleculares sobre esta espécie, o que impede uma avaliação sobre sua taxonomia e posição filogenética. Com o advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração, os genomas de organelas tornaram-se uma grande ferramenta para estudos de filogenia, pois fornecem inúmeros dados filogenéticos, sequências de proteínas e nucleotídeos e também informações sobre conteúdo gênico e arquitetura. Neste trabalho, foi determinada a sequência dos genomas do cloroplasto (cpDNA) e mitocondrial (mtDNA) de P. crispa, com o intuito de inferir as relações evolutivas deste organismos com outras espécies de plantas verdes, bem como uma análise estrutural. Os genomas plastidial e mitocondrial foram sequenciados por Macrogen Service (SolexaIllumina Hi-Seq 2500). A montagem, anotação, alinhamento, construção da filogenia e análise sintênica foram realizados in silico com softwares específicos. O cpDNA e mtDNA P. crispa apresentam 196.502 pb e 89.819 pb, respectivamente. Estes genomas acessórios apresentam 21 genes putativos relacionados com a fotossíntese e 18 genes relacionados com o metabolismo oxidativo. A análise filogenômica baseada no cpDNA demonstrou que P. crispa agrupou com alga trebouxiophyceae Prasiolopsis sp. formando o clado Prasiola juntamente com Stichococcus bacilaris. Nossos resultados para filogenômica embasada no mtDNA revelam que P. crispa agrupa com as outras espécies da classe Trebouxiphyceae. A análise de sintenia do cpDNA e mtDNA de P. crispa com a espécies de plantas verdes relacionadas evolutivamente demonstram que estes organismos apresentam poucos blocos gênicos sintênicos. Este trabalho pioneiro com a alga P. crispa, demonstra que os genomas acessórios suprem uma gama de dados moleculares que podem ser utilizados para estudos filogenômicos. Além disto, as informações geradas a partir do sequenciamento do cpDNA e mtDNA de P. crispa fornecem um aporte para estudos futuros mais aprofundados