rRNA ———行使核糖体功能的主体

高分辨率的核糖体精细结构揭示,核糖体行使功能的主体是RNA。核糖体的主要功能:催化肽键形成,识别、 选择tRNA 等都主要由rRNA 来完成。

Phylogenetic analysis of the family Thermaceae with an emphasis on signature position and secondary structure of 16S rRNA

The sequences of the 16S rRNA genes from 38 strains of the family Thermaceae were compared by alignment analysis. The genus-specific and species-specific base substitutions or base deletions (signature positions) were found in three hypervariable regions (in the helices 6, 10 and 17). The differentiation of secondary structures of the high variable regions in the 5' end (38-497) containing several signature positions further supported the concept. Based on the comparisons of the secondary structures in the segments of 16S rRNAs, a key to the species of the family Thermaceae was proposed. (C) 2003 Published by Elsevier Science B.V. on behalf of the Federation of European Microbiological Societies.

Molecular docking and 3D-QSAR study of pyranmycin derivatives against 16S rRNA A site

To understand pharmacophore properties of pyranmycin derivatives and to design novel inhibitors of 16S rRNA A site, comparative molecular field analysis (CoMFA) approach was applied to analyze three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) of 17 compounds. AutoDock 3.0.5 program was employed to locate the orientations and conformations of the inhibitors interacting with 16S rRNA A site. The interaction mode was demonstrated in the aspects of inhibitor conformation, hydrogen bonding and electrostatic interaction. Similar binding conformations of these inhibitors and good correlations between the calculated binding free energies and experimental biological activities suggest that the binding conformations of these inhibitors derived from docking procedure were reasonable. Robust and predictive 3D-QSAR model was obtained by CoMFA with q(2) values of 0.723 and 0.993 for cross-validated and noncross-validated, respectively. The 3D-QSAR model built here will provide clear guidelines for novel inhibitors design based on the Pyranmycin derivatives against 16S rRNA A site. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.

洱海鱼腥藻优势种的形态鉴定与16S rRNA基因序列分析

分别在2004年、2005年和2006年洱海鱼腥藻水华暴发时期,分离优势种,获得藻株EH-A、EH-B和EH-C,通过形态学特征和16S rRNA基因序列分析鉴定了藻株的种类。选用藻丝的形态、气囊的存在与否、异形胞和孢子的位置、各种细胞的形状以及营养细胞、异形胞和孢子的大小等传统的分类特征描述藻株的形态。依据形态特征,初步判断这3个藻株可能为卷曲鱼腥藻(Anabaena circinalis)或A.crassa株系成员。利用16S rRNA基因序列构建邻接树分析了藻株间的系统进化关系,分析表明:藻株EH-

从18S rRNA基因序列探讨盾腹吸虫的系统发育关系

盾腹亚纲吸虫被认为是寄生扁形动物中古老的类群,包括盾腹科、多萼科、裂杯科和皱腹科,科间系统发育关系尚存争议。本研究收集GenBank数据库中所有的盾腹吸虫18S rRNA基因序列,测定了三种盾腹吸虫的相应序列,分别采用最大简约法和最大似然法构建分子系统发育树。结果显示,多萼科的分类地位不成立,多萼属应还原到盾腹科;盾腹科的盾腹亚科和杯盾亚科均非单系,吸槽列数可能是平行进化特征,不能反映盾腹科各亚科间的系统发育关系。建议将具有边缘器的吸槽型腹吸盘,以及不具边缘器的吸杯型和皱褶型腹吸盘分别鉴定为盾腹科、裂杯科

细胞色素b和12S rRNA基因序列变异与东方鲀属鱼类系统发育

东方鲀属鱼类是一个区域性分布类群,该属目前包括22个有效种,主要分布区域从日本海西部到中国沿海.本研究通过联合17种(21尾)东方鲀属鱼类的细胞色素b(1137bp)和12SrRNA(952bp)基因全序列研究了东方鲀属鱼类的系统发育关系.采用了邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Baysian方法构建了分子系统树.结果表明:(ⅰ)东方鲀属鱼类为一单系类群;(ⅱ)基于分子系统发育分析,东方鲀属鱼类可划分为6个亚群;(ⅲ)在分子水平上,本属各鱼类物种的遗传距离比较接近,这显示了其物种间分

利用mtDNA 16S rRNA序列差异鉴定江西青岚湖的河蚌物种

对从青岚湖采集的 10属 14种河蚌的 19个样本进行了 16SrRNA的序列测定 ,并同GenBank中鄱阳湖流域相同物种河蚌的序列比较 ,分析了基于Kimura 2 parameter模型参数得到的遗传距离 ,并构建了它们的UPGMA树。结果显示 ,所有用于比较的河蚌种间遗传距离变化范围在 0 .0 2 74— 0 .2 2 90 ,平均为 0 .132 5 ,种内遗传距离在0 .0 0 34— 0 .0 0 6 8之间 ,平均为 0 .0 0 4 5 ,种间遗传距离远大于种内距离。表明以 16SrR

海洋喇叭虫rRNA基因18S -ITS1序列及其系统发育分析(英文)

海洋喇叭虫Maristentordinoferus 1996年在关岛(Guam)的珊瑚暗礁上被发现 ,至今尚未阐明其确切的系统发育地位。克隆到的海洋喇叭虫的 18S ITS1 5 8SrDNA序列包括 2 2 2bp的 18S序列 ,77bp的ITS1序列和 2 2bp的 5 8S序列。比较分析了纤毛虫主要类群的ITS1序列后得出 :短的ITS1序列可能是异毛类纤毛虫的特征。根据 18S序列 ,利用邻接法构建 ,最大简约法和最大似然法构建系统发育树。其拓扑结构显示海洋喇叭虫属于异毛纲纤毛虫 ,但并不隶属喇

用mtDNA 12S rRNA序列变异检验鲤形目鱼类系统发育关系(英文)

通过对鲤形目鱼类 5个科的代表类群的完整线粒体 12SrRNA进行测序和分析 ,以检验目前的形态学假说。经序列比对后 ,有 10 0 0个位点 ,其中 467个位点在茎区 ,53 3个在环区 ;有 3 95个位点为变化位点 ,其中 2 67个为系统发育信息位点。采用邻接法和最大简约法进行了系统发育分析 ,其结果支持鲤科鱼类成为一个单系群 ,非鲤科的鲤形目鱼类成为另一个单系群的观点 ,这与Siebert提出的假说相一致。鲤科鱼类包含 3个主要的分支 ,即鱼丹系、鲤系和雅罗鱼系 ;但在非鲤科鲤形目鱼类中 ,其

16S rRNA基因序列变异与中国鮡科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国鮡科鱼类10属9种鰋鮡鱼类和6种非鰋鮡鱼类线粒体DNA 16S rRNA基因部分序列. 序列分析表明, 16S rRNA序列非配对区有A碱基偏倚性, 配对区有G碱基偏倚性. 在非配对区, 主要由于A→G转换引起转换大于颠换的偏倚, 且平均替代率几乎是配对区的2倍. 配对区和非配对区均没有替代饱和现象. 采用最大似然法(ML)和Bayesian方法构建分子系统树, 结果表明, 鮡科是一个单系群, 由(黑鮡属(魾属, 纹胸鮡属))与(褶鮡属+ 鰋鮡鱼类)两支构成. 鰋鮡鱼类可能不是一个

中国蚌科线粒体16S rRNA序列变异及系统发育

首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比较 ,共发现 1 0 8个碱基存在变异 ,其中包括 77个简约信息位点 ,并用“Pairwisedistance”计算了各属间的相对遗传距离。以贻贝为外类群 ,采用Mega 2 0软件中的“Neighbore Joinin

6种累枝虫(Epistylis)rRNA基因18S-ITS1序列及其分子系统发育关系

建立了由采自自然界中的样品、不经实验室培养而直接用于大核DNA提取和PCR反应的原位（in situ）方法;在此基础上,测定并比较了6种累枝虫（Epistylis wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis,E.hentscheli,E.galea）的18S-ITS1序列,结果显示:E.wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis和E.hentscheli间18S和ITS1区序列的碱基相似性很高,而它们与

上海四膜虫和两株嗜热四膜虫的rRNA基因ITS-1序列及分子系统关系

测定并比较了自接型的上海四膜虫 (Tetrahymenashanghaienisis)和两株接合型的嗜热四膜虫(T thermophilaⅡ和T thermophilaⅥ )的ITS - 1序列 ,以多态喇叭虫 (Stentorpolymorphrus)为外来群 ,利用最大简约法和邻接法构建了它们的系统发育树。分析指出 :三者中 ,T shanghaienisis较早地从祖先种中分化出来 ;自接型可能是一种较接合型原始的生殖方式。