Construcción de una filogenia molecular para las especies de los géneros Klebsiella y Raoultella basada en los genes ARNr 16S y ARN polimerasa subunidad

Las bacterias de los géneros Raoultella y Klebsiella son patógenos oportunistas para las cuales no existe un sistema uniforme de clasificación taxonómica internacional. En el presente estudio se propone una filogenia molecular basada en el gen ribosomal 16S (ADNr 16S) y el gen codificante de la subunidad de la ARN polimerasa (rpoB) de los géneros Klebsiella y Raoultella con el fin de establecer relaciones evolutivas entre dichos géneros. Los resultados evidencian una agrupación acorde con la taxonomía y las propiedades bioquímicas características, reportadas en el Genbank. Se estableció una bifurcación en los árboles, lo cual confirma la separación de los géneros Klebsiella y Raoultella. Adicionalmente, se confirmó el carácter polifilético de K. aerogenes por el gen ADNr 16S y la agrupación de R. terrigena y K. oxytoca de acuerdo con el gen rpoB. La comparación entre los árboles obtenidos permitió determinar relaciones evolutivas entre las especies, a partir de los genes evaluados, lo cual refleja cambios aparentes a nivel taxonómico y corrobora la importancia del análisis a nivel de multilocus. Este tipo de estudios permite monitorear la estabilidad de los genotipos microbianos sobre la escala temporal y espacial, mejorar la precisión de las anotaciones taxonómicas (mejor descripción de taxones o subdivisiones genéticas) y evaluar la diversidad genética y adaptabilidad en términos de virulencia o resistenciaa drogas.

Prevalencia de betalactamasas de espectro extendido en Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae y Klebsiella oxytoca del Hospital Occidente de Kennedy. Nivel III, Bogotá

El objetivo es calcular la prevalencia para Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae y Klebsiella oxytoca, productoras de betalactamasas espectro extendido, en el Hospital Occidente de Kennedy Nivel III, de Bogotá. Metodología: se analizaron en el Hospital Occidente de Kennedy, durante el período comprendido entre el 20 de noviembre de 2002 y el 30 septiembre de 2003, 3.574 cultivos, en los cuales se identificaron 897 cepas de Kepsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca y Escherichia coli, mediante paneles de microdilución del sistema de MicroScan Dried Gram Negative, como prueba de cribado para la identificación de germen y susceptibilidad a betalactamasas de espectro extendido. Luego se realizó una prueba confirmatoria con paneles de sistema MicroScan Dried ESBL Confirmation, recomendada para su uso por el National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS), al evaluar la concentración inhibitoria mínima para ceftazidima y cefotaxima solos y en combinación con ácido clavulánico. Resultados: los resultados mostraron una prevalencia combinada de gérmenes productores betalactamasas igual a 18,6% (intervalo de confianza del 95%: 16,2%-21,4%). La prevalencia para Escherichia coli fue de 9,5%; para Klebsiella pneumoniae, de 43,5%, y para Klebsiella oxytoca, de 10,3%. Los índices de resistencia bacteriana más altos correspondieron a ceftriaxona y ceftazidima. Conclusión: el estudio demuestra una alta prevalencia de betalactamasas de espectro extendido en gérmenes gramnegativos, probablemente por el uso excesivo de antibióticos betalactámicos de amplio espectro. Además, se destaca la importancia de la detección con pruebas de susceptibilidad y confirmación, como apoyo para la instauración de medidas de control y de vigilancia epidemiológica, con el fin de reducir índices de resistencia bacteriana emergente.

Evaluación muticéntrica de la actividad antimicrobiana in vitro de tigeciclina en aislados obtenidos de pacientes hospitalizados en Colombia

El aumento en la resistencia bacteriana es un problema global que afecta también a nuestro país y que puede llevar a fracasos terapéuticos, peores desenlaces clínicos, uso de terapia combinada, mayor riesgo de interacciones medicamentosas y de reacciones adversas asi como a aumento de los costos del tratamiento. Tigeciclina, un nuevo antibiótico de la clase de las glicilciclinas ha mostrado una promisoria actividad antibacteriana in vitro contra bacterias comunes incluyendo multiresistentes que cada vez son más prevalentes en nuestro país especialmente a nivel hospitalario. Este estudio fue desarrollado para determinar la actividad de tigeciclina en nuestro medio y conocer su potencial utilidad.

Resultados de la campaña para el control de infección nosocomial en la UCI. Clínica San Rafael 2006 - 2007

Las entidades de salud de alta complejidad, atienden pacientes generalmente en condición crítica, requiriendo intervenciones y procedimientos especializados con uso frecuente de las unidades de cuidado intensivo, dado que su condición clínica puede estar seriamente afectada y su pronóstico no siempre ser satisfactorio, generando a la vez altos costos en la atención y prolongación de las estancias. La infección nosocomial constituye un factor relevante que afecta frecuentemente la evolución y el pronóstico de los pacientes en cuidado crítico, que afrontan situaciones como eventos de inmunosupresión, procedimientos invasivos diagnósticos o terapéuticos que los predisponen a adquirir infecciones dentro del hospital.

Aspectos fenotípicos e moleculares de isolados de Acinetobacter baumannii relacionados à infecção nosocomial

Acinetobacter baumannii, com sua capacidade de acumular resistência aos antibióticos e o seu potencial de formar biofilme, é uma das principais ameaças para infecções em ambiente hospitalar, chegando a se constituir problema de saúde pública. A resistência aos carbapenêmicos geralmente ocorre devido à expressão de oxacilinases e metalo-β- lactamases e a formação de biofilme pode estar relacionada à presença dos genes bap e blaPER-1. Focando estas características, foram analisados 67 isolados de A. baumannii relacionados à infecção nosocomial provenientes de hospital da rede pública de saúde em Pernambuco. Foram obtidas informações através da amplificação e sequenciamento dos genes 16S rDNA, dos genes codificadores de oxacilinases e de metalo-β-lactamases e de genes relacionados à produção de biofilme As sequências do 16S rDNA confirmaram a identificação de 66 dos isolados; o outro isolado apresentou limitação em sua identificação. O gene blaOXA-143-like foi encontrado em 34 isolados (50,7%), blaOXA-23-like em 12 isolados (17,9%), blaOXA-24-like em 10 isolados (14,9%) e o gene, blaOXA-51-like, intrínseco, foi encontrado em 66 isolados (98,5%) e apresentou polimorfismo, indicando-o como potencial marcador para tipagem molecular. Os genes blaOXA-58-like, vim, spm, imp e blaPER-1 não foram encontrados. O gene bap foi encontrado em 58 isolados (86,5%), destes, 18 isolados (31%) apresentaram um produto de amplificação maior que o esperado. A análise das sequências mostrou que nestes isolados havia uma inserção do gene dacD, relacionado a proteína ligadora de penicilina (PBP), o qual pode ter inativado o gene bap e causado diminuição na produção de biofilme observada no teste fenotípico. O teste fenotípico para avaliar a formação de biofilme apresentou aderência positiva e moderada em 37 isolados (55,2%). Estes achados apontam a necessidade de um monitoramento acurado do A. baumannii para orientar o tratamento e controle no ambiente hospitalar.

Sequence analysis of a CTX-M-1 IncI1 plasmid found in Salmonella enterica 4,5,12,i:-, Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae on a single UK pig farm

OBJECTIVES: In 2009, CTX-M Enterobacteriaceae and Salmonella isolates were recovered from a UK pig farm, prompting studies into the dissemination of the resistance and to establish any relationships between the isolates. METHODS: PFGE was used to elucidate clonal relationships between isolates whilst plasmid profiling, restriction analysis, sequencing and PCR were used to characterize the CTX-M-harbouring plasmids. RESULTS: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Salmonella 4,5,12:i:- and Bovismorbificans resistant to cefotaxime (n = 65) were recovered and 63 were shown by PCR to harbour a group 1 CTX-M gene. The harbouring hosts were diverse, but the group 1 CTX-M plasmids were common. Three sequenced CTX-M plasmids from E. coli, K. pneumoniae and Salmonella enterica serotype 4,5,12:i:- were identical except for seven mutations and highly similar to IncI1 plasmid ColIb-P9. Two antimicrobial resistance regions were identified: one inserted upstream of yacABC harbouring ISCR2 transposases, sul2 and floR; and the other inserted within shfB of the pilV shufflon harbouring the ISEcp1 transposase followed by blaCTX-M-1. CONCLUSIONS: These data suggest that an ST108 IncI1 plasmid encoding a blaCTX-M-1 gene had disseminated across multiple genera on this farm, an example of horizontal gene transfer of the blaCTX-M-1 gene.

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae–bacteriophage combination from the caecal effluent of a healthy woman

A sample of caecal effluent was obtained from a female patient who had undergone a routine colonoscopic examination. Bacteria were isolated anaerobically from the sample, and screened against the remaining filtered caecal effluent in an attempt to isolate bacteriophages (phages). A lytic phage, named KLPN1, was isolated on a strain identified as Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (capsular type K2, rmpA+). This Siphoviridae phage presents a rosette-like tail tip and exhibits depolymerase activity, as demonstrated by the formation of plaque-surrounding haloes that increased in size over the course of incubation. When screened against a panel of clinical isolates of K. pneumoniae subsp. pneumoniae, phage KLPN1 was shown to infect and lyse capsular type K2 strains, though it did not exhibit depolymerase activity on such hosts. The genome of KLPN1 was determined to be 49,037 bp (50.53 %GC) in length, encompassing 73 predicted ORFs, of which 23 represented genes associated with structure, host recognition, packaging, DNA replication and cell lysis. On the basis of sequence analyses, phages KLPN1 (GenBank: KR262148) and 1513 (a member of the family Siphoviridae, GenBank: KP658157) were found to be two new members of the genus “Kp36likevirus”.

Meropenem versus piperacillin-tazobactam for definitive treatment of bloodstream infections due to ceftriaxone non-susceptible Escherichia coli and Klebsiella spp (the MERINO trial): study protocol for a randomised controlled trial

BACKGROUND: Gram-negative bacteria such as Escherichia coli or Klebsiella spp. frequently cause bloodstream infections. There has been a worldwide increase in resistance in these species to antibiotics such as third generation cephalosporins, largely driven by the acquisition of extended-spectrum beta-lactamase or plasmid-mediated AmpC enzymes. Carbapenems have been considered the most effective therapy for serious infections caused by such resistant bacteria; however, increased use creates selection pressure for carbapenem resistance, an emerging threat arising predominantly from the dissemination of genes encoding carbapenemases. Recent retrospective data suggest that beta-lactam/beta-lactamase inhibitor combinations, such as piperacillin-tazobactam, may be non-inferior to carbapenems for the treatment of bloodstream infection caused by extended-spectrum beta-lactamase-producers, if susceptible in vitro. This study aims to test this hypothesis in an effort to define carbapenem-sparing alternatives for these infections.

METHODS/DESIGN: The study will use a multicentre randomised controlled open-label non-inferiority trial design comparing two treatments, meropenem (standard arm) and piperacillin-tazobactam (carbapenem-sparing arm) in adult patients with bacteraemia caused by E. coli or Klebsiella spp. demonstrating non-susceptibility to third generation cephalosporins. Recruitment is planned to occur in sites across three countries (Australia, New Zealand and Singapore). A total sample size of 454 patients will be required to achieve 80% power to determine non-inferiority with a margin of 5%. Once randomised, definitive treatment will be for a minimum of 4 days, but up to 14 days with total duration determined by treating clinicians. Data describing demographic information, antibiotic use, co-morbid conditions, illness severity, source of infection and other risk factors will be collected. Vital signs, white cell count, use of vasopressors and days to bacteraemia clearance will be recorded up to day 7. The primary outcome measure will be mortality at 30 days, with secondary outcomes including days to clinical and microbiological resolution, microbiological failure or relapse, isolation of a multi-resistant organism or Clostridium difficile infection.

O exame direto do lavado broncoalveolar para o diagnóstico precoce de pneumonia nosocomial : um modelo experimental em ratos

A pneumonia nosocomial é a principal causa de infecção nosocomial em unidades de tratamento intensivo e possui alta morbi/mortalidade. A incidência cumulativa varia, conforme os autores, entre limites amplos desde 8% até 51%, dependendo do tipo de paciente e do uso de instrumentação das vias respiratórias. Nos casos específicos das pneumonias de má resolução e da pneumonia associada à ventilação mecânica, o diagnóstico é problemático devido à ausência de uma padronização definitiva, decorrente não só da grande variabilidade fisiopatológica como também da pouca acurácia dos critérios clínicos, microbiológicos e radiológicos. Estes fatos ensejaram a utilização progressiva de técnicas invasivas sofisticadas para coleta de amostras respiratórias endobrônquicas. Entretanto, a validação dessas técnicas para uso sistemático depende ainda de estudos que avaliem não só o seu custo/benefício em cenários clínicos diversos como também a comparação de seu desempenho para o diagnóstico com um padrão-ouro histopatológico. Além disso, o rendimento das técnicas invasivas é freqüentemente limitado quando são aplicadas em pacientes sob antibioticoterapia, que constituem a maioria dos casos em unidades de cuidados intensivos. A otimização desses testes, discutindo suas indicações e avaliando sua capacidade técnica para a confirmação ou exclusão de pneumonia, é justificada pela necessidade da instituição precoce e correta do tratamento, pois disto resulta menor mortalidade, redução de custos e permanência no hospital. Entre os testes que podem auxiliar no diagnóstico encontra-se o exame direto do lavado broncoalveolar, que proporciona resultados precoces e úteis para a tomada de decisão, mas não suficientemente testados em diferentes situações clínicas ou experimentais. Com o objetivo de avaliar o rendimento diagnóstico do exame direto precoce e das culturas quantitativas obtido por lavado broncoalveolar, estudou-se sua utilização em um modelo experimental de pneumonia provocada através de inoculação bacteriana intrabrônquica em ratos. O estudo comparou a acurácia do exame direto e dos exames culturais em três grupos de animais: Grupo A com pneumonia pneumocócica (37 animais); Grupo P com pneumonia por P. aeruginosa (26 animais) e Grupo B controle (10 animais), utilizando a histopatologia dos pulmões como teste de referência para o diagnóstico. Os Grupos A e P foram ainda randomizados em dois subgrupos cada, para tratamento ou não com antibióticos, usando penicilina no grupo pneumococo e amicacina no grupo Pseudomonas. Como resultado, observou-se que nos animais com pneumonia e ausência de antibióticos a pesquisa de bactéria fagocitada (BIC) no exame direto mostrou um rendimento elevado para o diagnóstico, sendo superior ao das culturas quantitativas. No grupo com pneumonia pneumocócica a BIC mostrou: S:94,4% a 100%, E:100%, VPP:100% e VPN:100%; e as culturas quantitativas mostraram: S:77,8%, E:100%, VPP:100%, VPN:40%. Nos com pneumonia por Pseudomonas a BIC obteve: S: 69%, E:100%; VPP:100% e VPN:71,4%); e as culturas quantitativas mostraram valores muito baixos: S:28,6%, E:100%, VPP:100% e VPN:50%). Nos animais com pneumonia pneumocócica sob tratamento antibiótico havia uma queda acentuada de sensibilidade das culturas quantitativas (S:21%) e, em menor grau da BIC (S:57,9%), mas sem perda da especificidade de ambos os exames. Ao contrário, nos animais com pneumonias por Pseudomonas sob tratamento não havia alteração no rendimento dos dois exames, cujos resultados foram semelhantes aos dos animais sem tratamento. Não havia diferenças de leitura da BIC para o diagnóstico, contando a sua positividade em macrófagos ou em neutrófilos infectados. A avaliação global dos casos estudados, reunindo todos os grupos (tratados e não-tratados) em ambos os modelos de pneumonia, mostrou que a acurácia do exame direto, representado pela pesquisa da BIC, foi superior (66%) ao das culturas quantitativas (53%). As conclusões principais do estudo foram: 1) o exame direto do lavado broncoalveolar (LBA) mostrou-se um teste útil e de alto rendimento para o diagnóstico de pneumonia quando realizado na ausência de antibióticos; 2) o LBA feito na vigência de antibióticos efetivos para a pneumonia perde mais de 50% de sua acurácia, mas não é afetado quando o antibiótico for ineficaz ou houver resistência ao mesmo; 3) a pesquisa de BIC no LBA é um exame de resultado precoce, de alta especificidade e com melhor rendimento do que as culturas quantitativas.

Influência da seleção do grupo controle na análise de fatores de risco para infecções hospitalares por Klebsiella pneumoniae produtora de B-lactamase de espectro estendido

Resumo não disponível.

Determinantes morfológicos de prognóstico em pneumonia nosocomial: um estudo em autópsias

OBJETIVO: Determinar a prevalência de pneumonia nosocomial nas autópsias em um hospital público universitário; identificar os fatores de risco relacionados à pneumonia nosocomial e os potenciais fatores prognósticos relacionados à ocorrência de pneumonia nosocomial fatal; e correlacionar os achados anatomopatológicos com a ocorrência de pneumonia nosocomial e/ou pneumonia aspirativa. MÉTODOS: Estudo retrospectivo de 199 pacientes autopsiados, maiores de 1 ano de idade, internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu da Universidade Estadual Paulista entre 1999 e 2006, cuja causa de morte (causa básica ou associada) foi pneumonia nosocomial. Testou-se a associação dos dados demográficos, clínicos e anatomopatológicos com os desfechos pneumonia nosocomial fatal e pneumonia aspirativa fatal. As variáveis significativas entraram na análise multivariada. RESULTADOS: A idade média foi de 59 ± 19 anos. A prevalência de pneumonia nosocomial em autópsias foi 29%, e essa foi a causa mortis de 22,6% dos pacientes autopsiados. A pneumonia nosocomial fatal correlacionou-se com os achados anatomopatológicos de alterações estruturais tabágicas (OR = 3,23; IC95%: 1,26-2,95; p = 0,02) e acometimento pulmonar bilateral (OR = 3,23; IC95%: 1,26-8,30; p = 0,01). Não houve associações significativas entre as variáveis e pneumonia aspirativa fatal. CONCLUSÕES: em nossa amostra, a pneumonia nosocomial teve prevalência elevada e foi responsável por quase 25% das mortes. A mortalidade é favorecida por alterações estruturais tabágicas e pneumonia bilateral. Esses achados corroboram os resultados de diversos estudos clínicos sobre pneumonia nosocomial.

Knowledge and attitudes of health care workers from intensive care units regarding nosocomial transmission of influenza: a study on the immediate pre-pandemic period

The transmission of influenza in health care settings is a major threat to patients, especially those with severe diseases. The attitude of health care workers (HCWs) may influence the transmission of countless infections. The current study aimed to quantify knowledge and identify attitudes of HCWs involved in intensive care units (ICUs) regarding the risk of nosocomial influenza transmission. A questionnaire was applied through interviews to HCWs who worked in one of the five ICUs from a teaching hospital. Questions about influenza were deliberately dispersed among others that assessed several infectious agents. Forty-two HCWs were interviewed: nine physicians, ten nurses and 23 nursing technicians or auxiliaries. Among the 42 HCWs, 98% were aware of the potential transmission of influenza virus in the ICUs, but only 31% would indicate droplet precautions for patients with suspected infection. Moreover, only 31% of them had been vaccinated against influenza in the last campaign (2008). Nursing technicians or auxiliaries were more likely to have been vaccinated, both by univariate and multivariable analysis. When asked about absenteeism, only 10% of the study subjects stated that they would not go to work if they had an influenza-like illness. Those findings suggest that, in non-pandemic periods, influenza control in hospitals requires strategies that combine continuous education with changes in organizational culture.

Assessment of genetic relationship between Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca samples isolated from a dental office

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)