Análise da variabilidade e estruturação genética do tubarão azul, Prionace glauca (Chondrichthyes, Carcharhinidae) no Oceano Atlântico Sul Ocidental utilizando marcador molecular do DNA mitocondrial

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

ADN libre plasmático como marcador molecular en lesiones pre-neoplásicas de cuello uterino y su asociación con VPH

Introducción: La concentración de ADN libre en plasma ha sido investigada como un biomarcador tumoral en diferentes tipos de cáncer. Sin embargo, son pocos los estudios que evalúan la concentración ADN libre en pacientes con cáncer cervical y hasta la fecha no hay estudios en pacientes con lesiones pre-cancerosas cervicales. Objetivo: Establecer la asociación entre la concentración de ADN libre y el grado de la neoplasia cervical y evaluar su posible asociación con el tipo viral. Metodología: Estudio de prevalencia de tipo analítico con un muestreo no probabilístico. Se cuantifico el ADN libre en plasma por PCR en tiempo real de 92 pacientes que presentaban algún tipo de lesión intraepitelial cervical, confirmado por biopsia en diferentes instituciones de la ciudad de Bogotá. Adicional a esto se realizó la genotipificación del virus por Reverse Line Blot. Resultados: La concentración de ADN libre en plasma de pacientes con lesiones pre-cancerosas fue 4515 ± 16402 ng/ µl (media ± DS), LIEBG fue de 5188.7 ± 14876.5 ng/ µl (media ± DS), en pacientes con LIEAG fue de 830.3 ± 1515.508 ng/ µl (media ± DS), en pacientes con resultado negativo fue de 7024.7 ± 24107.5 ng/ µl (media ± DS). Los serotipos encontrados en la poblacion de estudio no presentaron asociacion con la concentracion de ADN libre. Discusión: Los resultados demostraron que la concentración absoluta de ADN libre en plasma no tiene un valor predictivo para diferenciar los tipos de lesión pre-neoplasica de cuello uterino, puesto que no se encontraron diferencias significativas en la concentración de ADN libre en plasma de las diferentes etapas progresivas de cáncer de cuello uterino (p;0.57, gl;3 alfa 0.05) de la misma forma el serotipo no contribuye a explicar la concentración de ADN libre.

Utilização de marcador molecular SCAR na identificação de Fusarium subglutinans, agente causal da malformação da mangueira

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização silvicultural, botânica e avaliação da variabilidade genética por meio do marcador molecular RAPD em um teste de progênies de Eucalyptus urophylla S. T. Blake

Molecular markers have recently been incorporated into genetic improvement programs. They are already considered as powerful tools with several different uses, for instance the monitoring of genetic variability in tree populations. The main objectives of this study were to evaluate genetic variability in Eucalyptus urophylla progenies and together with silvicultural and botanical information, provide assistance to the improvement program. The Eucalypts population is located at the Experimental Forestry Sciences Station, Anhembi, SP, which belongs to the College of Agriculture Luiz de Queiroz. Sixty-nine progenies were analysed representing one individual by family in open pollinated Eucalyptus urophylla trees. The RAPD technique allowed the identification of 72 loci that were analysed using Jaccard's Coefficient generating a genetic similarity matrix to permit estimation of genetic distances. The results obtained showed genetic distance between individuals of 0.40 with 12 groups of genetic variability using a standardised distance of 40%. The progenies showed different bark patterns, allowing the establishment of bark groups. The groups formed based on genetic distances obtained using DNA analysis did not correspond to those based on bark pattern. Genetic selection was simulated in which silvicultural and genetic variability data were linked, thus avoiding excessive variability losses. The simulation of controlled crossings allowed the maximum genetic difference to be obtained linked with height and individual bark roughness.

Caracterização da diversidade genética de Stryphnodendron adstringens (Mart.) Coville por marcador molecular AFLP e transferência de microssatélites

Pós-graduação em Agronomia (Horticultura) - FCA

Reprodução em cativeiro de piracanjuba Brycon orbignyanus assistida por marcador molecular como estratégia de conservação

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB

Extração de DNA genômico de Brachiaria e Panicum maximum.

2002

Desenvolvimento de marcador molecular para Bacillus subtilis utilizando proteomics.

2003

Caracterização morfológica, citogenética e molecular de uma população de tangerineiras híbridas de 'Clementina fina' (Citrus clementina Hort. ex Tan.) e 'Montenegrina' (Citrus deliciosa Ten.)

A produção citrícola se encontra dispersa por todos os continentes e no Brasil, os citros são a produção frutícola de maior volume de produção. A produção de citros de mesa, como as tangerinas, possibilita ao produtor obter maior valor pelo seu produto. O mercado consumidor é ávido por novas variedades e para tanto, um programa de melhoramento deve estar sempre em busca de genótipos que atendam ao mercado consumidor, bem como a cadeia produtiva. Na Estação Experimental Agronômica da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, está localizada uma população de tangerineiras híbridas oriundas do cruzamento da tangerineira ‘Clementina Fina’ (Citrus clementina Hort. ex Tan.) e ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Ten.) a qual foi caracterizada neste estudo, avaliando-se características morfológicas de acordo com os descritores propostos pelo International Board for Plant Genetic Resources, além da identificação da época de maturação, viabilidade de pólen, número cromossômico e caracterização molecular, utilizando marcadores do tipo microssatélites. Através da análise morfológica foi possível distinguir todas as 96 plantas avaliadas, porém não foi possível agrupar a F1 em grupos distintos de cada um dos genitores. A época de maturação de frutos das plantas se concentra entre a primeira quinzena de abril até a primeira quinzena de agosto. Todas as plantas analisadas apresentaram um alto grau de viabilidade de pólen, variando entre 79,04 e 98,08 %. Todas as plantas avaliadas são diplóides com um número cromossômico de 2n=18. Utilizando 12 pares de primers de microssatélites foi possível diferenciar 90 acessos do estudo, e agrupar a F1 em indivíduos mais próximos do genitor feminino e do genitor masculino. O PIC (Conteúdo de Informação de Polimorfismo) dos primers variou de 0,27 a 0,65. Não foi possível estabelecer uma relação entre a caracterização utilizando marcadores morfológicos e a caracterização utilizando marcadores moleculares.

Avaliação da variabilidade genética em quatro gerações de Eucalyptus urophylla S.T. Blake por meio do marcador molecular RAPD

Molecular markers have gradually replaced morphological markers in population studies. The advantages of molecular markers are the speed and precision of evaluations, mainly for long cycle cultures, where determinate traits can take years to manifest. The principle objectives of this research were to assess variability and genetic distances in four generations of Eucalyptus urophylla and provide data that help with the continued improvement of these materials. The populations can be found at the Experimental Forestry Sciences Station, Anhembi, SP, belonging to the College of Agriculture Luiz de Queiroz of São Paulo University. The initial base population was introduced by seeds collected in indonesia and designated P0 generation. The subsequent segregated generations, derivatives of recombination starting with open pollination, were designated P1, P2, and P3. One hundred and seventy four individual trees representing the four generations were analysed. The RAPD technique allowed the identification of 86 loci that were analysed with the Jaccard Coefficient, generating a genetic similarity matrix, permitting the estimation of genetic distances. The genetic distance of generation PO was 0.3338333, P1 was 0.336824, P2 was 0.40000, and P3 was 0.381093. In percentage terms the genetic distances between individuals grew in relation to base population, being 0.15% for generation P1, 18.93% for P2, and 13.31% for P3. This shows an increase in genetic variability with the advance of the program, despite the selective processes. From this came the belief that the initial base population was resulting from seed collection from isolated trees. These populations, although going through successive selections, had a high cross efficiency through satisfactory pollination, which then permitted genetic variation to increase, the outcome of effective recombination between individuals. Generations P2 and P3 gave a better perspective for the continuance of the improvement program due to the high number of different groups with standard genetic distances of 35%. The selections made between the diverse genetic groups allowed the efficient use of genetic variability evaluation.

Variação genética para caracteres silviculturais e marcador molecular em uma população base de Eucalyptus camaldulensis Dehnh

Pós-graduação em Agronomia - FEIS

Identificação molecular (DNA Barcode) dos peixes da Bacia do Rio Ribeira de Iguape e dos Rios Costieros do Estado de São Paulo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudos genéticos em milho sobre o caráter tolerância no encharcamento do solo

A introdução de culturas de sequeiro em solos de várzea é importante para o desenvolvimento da região sul do Brasil, uma vez que estas áreas estão sub aproveitadas com a cultura de arroz irrigado e a pecuária extensiva. O milho é uma alternativa para o melhor aproveitamento destas terras, logo o desenvolvimento de genótipos tolerantes ao encharcamento do solo é fundamental para viabilizar esta exploração. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram estudar a genética da tolerância ao encharcamento e identificar marcadores de DNA associados a esse caráter. O trabalho foi conduzido em casa de vegetação, sendo analisados genitores, híbridos F1 e populações segregantes provenientes de cruzamentos entre linhagens tolerantes e sensíveis ao encharcamento do solo. A análise molecular, através de marcadores de microssatélites, foi realizada com uma população F3, resultante do cruzamento entre os genótipos mais contrastantes para a tolerância ao encharcamento. A seleção dos marcadores obedeceu ao critério de amostrar todos os cromossomos, com preferência aos que estivessem ligados a genes pertencentes a rotas metabólicas envolvidas com a glicólise e a fermentação. Os genitores demonstraram a existência de variabilidade genética para os caracteres matéria seca de parte aérea (MSP) e matéria seca de raiz (MSR), sendo que os coeficientes de herdabilidades estimados foram elevados. Ambos os caracteres revelaram complexidade quanto ao número de genes envolvidos, onde a análise de QTL indicou a presença de pelo menos três locos envolvidos na manifestação da tolerância ao encharcamento. A ação gênica predominante foi a de dominância e o efeito materno foi pronunciado. Três marcadores explicaram conjuntamente 33,3% da variação para MSP e 19,9% para MSR, podendo ser úteis na seleção assistida para a tolerância ao encharcamento na fase de planta jovem em milho De maneira geral, a seleção fenotípica para MSP e MSR poderá ser uma alternativa eficiente na seleção de genótipos de milho com tolerância ao encharcamento do solo.

Estudo da ancestralidade materna da população do Rio de Janeiro: análise do DNA mitocondrial

As porções uniparentais do genoma humano, representadas pelo cromossomo Y e pelo DNA mitocondrial (DNAmt), contêm informação genética relacionada às heranças patrilinear e matrilinear, respectivamente. Além da aplicabilidade em genética médica e forense, o DNAmt tem sido utilizado como um importante marcador molecular em estudos sobre evolução para traçar inferências filogenéticas e filogeográficas sobre as populações humanas. A análise de linhagens de DNAmt presentes em diferentes populações mundiais levou à identificação de haplogrupos reunindo diversos haplótipos específicos dos grandes grupos étnicos: africanos, europeus, asiáticos e nativos americanos. A população brasileira é conhecida como uma das mais heterogêneas do mundo, resultado do processo de colonização do país, abrangendo mais de cinco séculos de miscigenação entre povos de diferentes continentes. Este trabalho teve como objetivo estimar a partir da análise do DNA mitocondrial as proporções ancestrais africanas, européias e ameríndias na população do Rio de Janeiro. Para isso foram sequencidas as regiões hipervariáveis HVI e HVII do DNAmt de 109 indivíduos não relacionados geneticamente residentes no Rio de Janeiro. Os haplogrupos foram classificados de acordo com o conjunto de polimorfismos dos haplótipos individuais. Programas estatísticas foram utilizados para a determinação de parâmetros de diversidade genética e comparações populacionais. A diversidade haplotípica foi estimada em 0,9988. Nossos resultados demonstraram na população do Rio de Janeiro percentuais de cerca de 60%, 25% e 15% de ancestralidades maternas africana, ameríndia e européia, respectivamente. Através da análise de distâncias genéticas, evidenciou-se que a população do Rio de Janeiro está mais próxima das populações brasilerias dos estados de São Paulo e Alagoas. Como descrito nos registros históricos, algumas regiões do país tiveram processos de colonização muito específicos que se refletem nas proporções ancestrais maternas e paternas observadas. Em relação ao DNAmt, não se verificou diferença genética significativa entre as populações do Rio de Janeiro e a de Angola, uma população africana. Os resultados obtidos estão em estreita concordância com os registros históricos e outros estudos genéticos acerca da formação da população brasileira

Diversidade genética em populações naturais de vassourão-branco (Piptocarpha angustifolia) por marcador RAPD.

Os projetos com espécies nativas dependem da disponibilidade de sementes e mudas nas quantidades requeridas e com a qualidade apropriada. O mercado, contudo, não oferece sementes de inúmeras espécies, e para a maioria inexistem estudos visando conhecer a distribuição espacial dos genótipos nas populações naturais, informação indispensável para formação de lotes de sementes com qualidade genética, entre as quais o vassourão-branco (Piptocarpha angustifolia Dúsen ex Malme). O vassourão-branco é comum nas clareiras, capoeirões e no estrato secundário da Floresta com Araucária. Além das aptidões madeireiras e para recuperação ambiental, apresenta potencial para compor sistemas silvipastoris. O objetivo deste trabalho foi quantificar a diversidade genética intra e inter-populacional. As árvores amostradas de vassourão-branco, das quais foram coletadas folhas para extração do DNA genômico, estão localizadas em fragmentos florestais em Curitiba e São José dos Pinhais, PR, e Rio Negrinho, SC. Para extração do DNA genômico, foram utilizadas duas folhas com tecido jovem, pesando aproximadamente dois gramas, que foram maceradas em almofariz após adição de nitrogênio líquido. A extração do DNA genômico das folhas do vassourão-branco foi eficiente com qualidade e nas quantidades requeridas para execução da metodologia da PCR-RAPD. As diversidades genéticas entre as populações de Rio Negrinho, e Curitiba e entre São José dos Pinhais, e Rio Negrinho, foi moderada, contudo, entre Curitiba e São José dos Pinhais foi grande. A correlação entre a distância geográfica e dissimilaridade genética entre as populações foi baixa. Não houve correlação entre a distância física e a similaridade genética entre as árvores amostradas nas três populações. A maior parte da diversidade genética encontra-se dentro das populações.