Molecular Techniques (2015-2016). Protocol for the Genetics Laboratory practices

Protocol for the Genetics Laboratory practices.

Molecular Techniques (2015-2016). Slides for the Genetics Laboratory practices introduction

Slides for the Genetics Laboratory practices introduction.

Molecular Techniques (2015-2016). Exercises to be discussed and solved during the laboratory practices

Exercises to be discussed and solved during the laboratory practices.

The impact of delayed blood centrifuging, choice of collection tube, and type of assay on 25-hydroxyvitamin D concentrations

Studies have examined the associations between cancers and circulating 25-hydroxyvitamin D [25(OH)D], but little is known about the impact of different laboratory practices on 25(OH)D concentrations. We examined the potential impact of delayed blood centrifuging, choice of collection tube, and type of assay on 25(OH)D concentrations. Blood samples from 20 healthy volunteers underwent alternative laboratory procedures: four centrifuging times (2, 24, 72, and 96 h after blood draw); three types of collection tubes (red top serum tube, two different plasma anticoagulant tubes containing heparin or EDTA); and two types of assays (DiaSorin radioimmunoassay [RIA] and chemiluminescence immunoassay [CLIA/LIAISON®]). Log-transformed 25(OH)D concentrations were analyzed using the generalized estimating equations (GEE) linear regression models. We found no difference in 25(OH)D concentrations by centrifuging times or type of assay. There was some indication of a difference in 25(OH)D concentrations by tube type in CLIA/LIAISON®-assayed samples, with concentrations in heparinized plasma (geometric mean, 16.1 ng ml−1) higher than those in serum (geometric mean, 15.3 ng ml−1) (p = 0.01), but the difference was significant only after substantial centrifuging delays (96 h). Our study suggests no necessity for requiring immediate processing of blood samples after collection or for the choice of a tube type or assay.

A Delphi Process to Optimize Quality and Performance of Drug Evaluation in Neonates

Background: Neonatal trials remain difficult to conduct for several reasons: in particular the need for study sites to have an existing infrastructure in place, with trained investigators and validated quality procedures to ensure good clinical, laboratory practices and a respect for high ethical standards. The objective of this work was to identify the major criteria considered necessary for selecting neonatal intensive care units that are able to perform drug evaluations competently. Methodology and Main Findings: This Delphi process was conducted with an international multidisciplinary panel of 25 experts from 13 countries, selected to be part of two committees (a scientific committee and an expert committee), in order to validate criteria required to perform drug evaluation in neonates. Eighty six items were initially selected and classified under 7 headings: "NICUs description - Level of care'' (21), "Ability to perform drug trials: NICU organization and processes (15), "Research Experience'' (12), "Scientific competencies and area of expertise'' (8), "Quality Management'' (16), "Training and educational capacity'' (8) and "Public involvement'' (6). Sixty-one items were retained and headings were rearranged after the first round, 34 were selected after the second round. A third round was required to validate 13 additional items. The final set includes 47 items divided under 5 headings. Conclusion: A set of 47 relevant criteria will help to NICUs that want to implement, conduct or participate in drug trials within a neonatal network identify important issues to be aware of. Summary Points: 1) Neonatal trials remain difficult to conduct for several reasons: in particular the need for study sites to have an existing infrastructure in place, with trained investigators and validated quality procedures to ensure good clinical, laboratory practices and a respect for high ethical standards. 2) The present Delphi study was conducted with an international multidisciplinary panel of 25 experts from 13 countries and aims to identify the major criteria considered necessary for selecting neonatal intensive care units (NICUs) that are able to perform drug evaluations competently. 3) Of the 86 items initially selected and classified under 7 headings - "NICUs description - Level of care'' (21), "Ability to perform drug trials: NICU organization and processes (15), "Research Experience'' (12), "Scientific competencies and area of expertise'' (8), "Quality Management'' (16), "Training and educational capacity'' (8) and "Public involvement'' (6) - 47 items were selected following a three rounds Delphi process. 4) The present consensus will help NICUs to implement, conduct or participate in drug trials within a neonatal network.

Herramienta gráfica para el desarrollo de prácticas de laboratorio basadas en el procesado digital de señal electrocardiográfica.

[ES]Este Trabajo Fin de Grado consiste en el diseño de una herramienta gráfica para el desarrollo de prácticas de laboratorio basadas en el procesado de señales electrocardiográficas (ECG) para la asignatura de Procesado de Señales Biomédicas. El proyecto se concreta en la aplicación de la herramienta para tres prácticas de laboratorio diferentes basadas en ECG, las cuales tendrán objetivos y técnicas de procesado diferentes. El objetivo final es que los docentes y los estudiantes sean capaces de trabajar con señales de ECG, analizar sus principales características y comprender distintas técnicas y algoritmos de procesado típicas de este ámbito.

Alteração de flora vaginal em gestantes de baixo risco, atendidas em serviço público de saúde: prevalência e associação à sintomatologia e achados do exame ginecológico

Objetivou-se identificar a prevalência das alterações de flora vaginal em gestantes de baixo risco, sua associação à sintomatologia referida e exame ginecológico. É estudo quantitativo, descritivo e transversal, desenvolvido no serviço público de atenção básica de Botucatu, SP, no período de 2006 a 2008, com 289 gestantes, amostradas de forma estratificada por unidade. Realizou-se exame do conteúdo vaginal, utilizando-se coloração pelo método de Gram e pesquisa de Trichomonas vaginalis em meio líquido de Diamond. Desconsiderando-se as associações, a prevalência de flora vaginal alterada foi de 49,5%, sendo as mais frequentes: vaginose bacteriana (20,7%), candidíase vaginal (11,8%) e flora intermediária (11,1%). Os dados apontam elevada prevalência das alterações de flora vaginal, com pouca associação à sintomatologia, mas associação com achados do exame ginecológico. Considerando-se as repercussões maternas e perinatais indesejáveis e a prática laboratorial exequível, sugere-se o estabelecimento de rotina para diagnóstico das alterações de flora vaginal em gestantes de baixo risco.

Tecnologias, mídias, criação e hipertextualidade na transformação da informação em conhecimento interativo

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Using a threaded framework to enable practical activities in Operating Systems courses

Teaching Operating Systems (OS) is a rather hard task, since being an OS designer is not a desired goal for most students and the subject demands a large amount of knowledge over system's details. To reduce the difficulty many courses are planned with laboratory practices, differing in how the practices are designed. Some try to implement next-to-real kernels, others use simulators, and even others use synthetic kernels. In this paper an approach based on synthetic kernels is described. It uses thread programming in order to establish control over the operating system components. T his approach allows the kernel to grow following the materials presented in the course. It has been successfully applied in two different courses at our University, the first one being a basic OS course and the second one an upper level course. Results from these applications are presented.

Boas práticas de laboratório e biossegurança: prevenção dos riscos ergonômicos

El control de los riesgos ergonómicos es parte del paquete de medidas de Buenas Prácticas de Laboratorio y Bioseguridad. De este modo, la mala postura, la iluminación o ventilación inadecuadas , prolongada jornada de trabajo, la monotonía y la actividad repetitiva, intensa rutina, el control de la productividad , el estrés y el trabajo por la noche son factores a los riesgos ergonómicos. Como se relacionan a los elementos físicos y de organización también pueden interferir con la comodidad y la salud del personal de laboratorio. Riesgos ergonómicos no sólo pueden generar trastornos psicológicos y fisiológicos que causan graves daños a la salud, sino también comprometer la productividad del laboratorio y reducir el equipo de seguridad , ya que producen cambios en el cuerpo y el estado emocional, tales como trastornos o lesiones relacionadas con el cansancio físico producido por el trabajo repetitivo, dolor muscular, alteraciones del sueño, diabetes, trastornos de los nervios , la taquicardia , las enfermedades del aparato digestivo (gastritis y úlcera ), tensión, ansiedad, problemas de espalda y la hipertensión. En este trabajo se propone una secuencia de actividad laboral (gimnasia) en el intervalo de tiempo pequeño, respetando las instalaciones y el espacio físico disponible en el ambiente del trabajo, como una estrategia para mejorar la calidad de vida laboral, para aumentar la productividad, mejorar la disposición a trabajar y para aumentar el conocimiento del cuerpo y de la interacción social.

Materiales didácticos interactivos en Ingeniería de Fabricación

[EN]This work is part of a methodological renovation project from Ingeniería de Fabricación Innovative Education Group, from University of Las Palmas de Gran Canaria. It has developed learning materials for courses in Manufacturing Engineering that can be used in several degrees. The first learning material, it was decided to take a plastic injection mould as a teaching resource. Abundant information generated has been used to develop an interactive electronic publication. This learning material has been chosen by the Publishing and Scientific Diffusion Service from this University, as a new line of work in publications of educational innovation. The group is developing more training materials on other manufacturing processes as well as cross-contents dimensional tolerances in the ISO GPS system. All this work has generated a lot of educational resources for both laboratory practices and interactive multimedia documents.

Píldoras formativas y videojuegos aplicados al estudio de la Ingeniería Acústica

Las TIC cada vez tienen un mayor impacto social en el mundo de la enseñanza a distancia, están surgiendo nuevos conceptos relacionados con la forma de llevar el aprendizaje a las personas. La generación de contenidos supone una práctica costosa en tiempo, recursos y personas, es por eso la tendencia a que sean reutilizables, accesibles, portables y durables. Es aquí donde toman su importancia las píldoras formativas o de conocimiento, estando asociadas a un concepto y con una duración entre 5 y 15 minutos. Este trabajo pretende desarrollar píldoras formativas a modo de videos de corta duración sobre conceptos acústicos y guiones de prácticas de laboratorio tratados a lo largo del máster. Se desarrollará también a modo de videojuego el guión de una de las prácticas sirviendo como complemento a los videos. El trabajo se divide en dos partes bien diferenciadas, una de estudio teórico tanto de la tecnología para el desarrollo de los videos, que servirá de guía para futuras píldoras, como del contenido de éstos, y otra parte que tratará la implementación y adaptación de los videos y de los videojuegos. SUMMARY ICTs are becoming a greater social impact in the world of distance learning are emerging concepts related to learning how to take people. Content generation is a costly exercise in time, resources and people, is why the tendency to be reusable, accessible, portable and durable. This is where the importance of taking pills training or knowledge, being associated with a concept and with a duration between 5 and 15 minutes. This work aims to develop training pills as a short videos on concepts and scripts acoustic laboratory practices discussed during the Master. Also be developed as a script for a game of serving practices to supplement the videos. The work is divided into two distinct parts, a theoretical study of both the technology for the development of the videos, which will guide future pills, and the content of these, and another part that will address the implementation and adaptation of the videos and of video games.

Desarrollo de una aplicación software para laboratorios remotos

Las prácticas en laboratorios forman una parte muy importante de la formación en todos los programas docentes. A pesar de esta importancia, la creación de un laboratorio no es una tarea fácil, ya que el hecho de equipar un laboratorio puede suponer un gran gasto económico, tanto inicial como posterior. Como solución, surge la educación a distancia, y en concreto los laboratorios virtuales, es decir, simulaciones de un laboratorio real utilizando modelos matemáticos. Por sus características y flexibilidad se han ido desarrollando laboratorios virtuales en el ámbito docente, pero no todas las áreas cuentan con tantas posibilidades o facilidades como en la electrónica. La mayoría de los laboratorios accesibles desde Internet que hay en la actualidad dentro de la enseñanza a distancia o formación online, son virtuales. El laboratorio que se ha desarrollado tiene como principal ventaja la realización de prácticas controlando instrumentos y circuitos reales de forma remota. El proyecto consiste en realizar un sistema software para implementar un laboratorio remoto en el área de la electrónica analógica, que pueda ser utilizado como complemento a las actividades formativas que se realizan en los laboratorios de los centros de enseñanza. El sistema completo también consta de un hardware controlado mediante buses de comunicación estándar, que permite la implementación de distintos circuitos analógicos, de tal forma que se pueda realizar prácticas sobre circuitos físicos reales. Para desarrollar un laboratorio lo más real posible, la aplicación que maneja el estudiante es un visor 3D. Con la utilización de un visor 3D lo que se pretende es tener un aumento de la realidad a la hora de realizar las prácticas de laboratorio remotamente. El sistema desarrollado cuenta con un sistema de comunicación basado en un modelo cliente-servidor: • Servidor: se encarga de procesar las acciones que realiza el cliente y controla y monitoriza los instrumentos y dispositivos del sistema hardware. • Cliente: sería el usuario final, que mediante un visor 3D comunica las acciones a realizar al servidor para que éste las procese. Practices in laboratories are a very important part of training in all educational programs. Despite this importance, the establishment of a laboratory is not an easy task, since the fact of equipping a laboratory can be a great economic budget, both initial and subsequent spending. As a solution, appears the education at distance (online), and in particular the virtual labs, namely simulations of a real laboratory by using mathematical models. Virtual laboratories in the field of teaching have been developed for its features and flexibility, but not all areas have so many possibilities or facilities as in electronics. The most accessible laboratories from the Internet that are currently accessible within the distance or e-learning (on-line) are virtual. The laboratory which has been developed has as a main advantage to make practices or exercises in the fact of controlling instruments and real circuits remotely. The project consists of making a software system in order to implement a remote laboratory in the area of analog electronics that can be used as a complement to the others training activities to be carried out. The complete system also consists of a controlled hardware by standard communication buses that allow the implementation of several analog circuits, in such a way that practices can control real physical circuits. To develop a laboratory as more realistic as possible, the application that manages the student is a 3D viewer. With the use of a 3D viewer, is intended to have an increase in reality when any student wants to access to laboratory practices remotely. The developed system has a communication system based on a model Client/Server: • Server: The system that handles actions provided by the client and controls and monitors the instruments and devices in the hardware system. • Client: The end user, which using a 3D viewer, communicates the actions to be performed at the server so that it will process them.

Desarrollo de una guía de aprendizaje para el manejo del entorno de CAD IspLEVER

En este proyecto se analizan las características y el ciclo de diseño asociado al entorno de CAD IspLEVER, de Lattice Semiconductor, con la finalidad de evaluar su adecuación a la docencia relacionada con la ingeniería de sistemas digitales cableados. En base a este estudio se realiza una guía del manejo de las diferentes herramientas que se integran en el entorno. Además, se realiza la caracterización de una serie de familias de dispositivos del fabricante Lattice Semiconductor que pudiera servir de apoyo a la hora de elegir un dispositivo de este fabricante para la realización de un determinado diseño. Para dar comienzo a la realización del estudio del entorno y de las herramientas que integra IspLEVER, se procedió a la familiarización con el marco de trabajo. Esta familiarización se realizó, en un principio, a través de la lectura de la documentación ofrecida por el fabricante en su página web, http://www.latticesemi.com. Tras esta lectura, que sirvió para tener una primera visión de las características de la herramienta, se procedió a la descarga del paquete de instalación; el fabricante ofrece una versión de evaluación que expira a los 12 meses. Una vez descargado, se instaló y para terminar con los preparativos, se pasó el procedimiento de obtención de la licencia. Con ello se consiguió tener el software preparado para su utilización. A continuación se emplearon horas de trabajo para, sin documentación alguna, tratar de crear diseños; con este trabajo se pretendía detectar lo intuitivo que resulta el entorno cuando se tienen conocimientos de herramientas de CAD electrónico. Tras esta primera toma de contacto con el entorno real, se procedió al estudio de las diferentes opciones que ofrece para la realización de diseños, ya sean lógicos o físicos. Además del estudio de todas las posibilidades que ofrece el entorno, el trabajo se focalizó en la detección y comparación de las distintas opciones que ofrece para realizar una misma tarea, como ocurre con la asignación de pines o con la revisión de los resultados de una simulación, entre otras. Entrelazado con el estudio de las opciones que ofrece el entorno, se realizó el estudio de las distintas herramientas de trabajo integradas en el mismo. Una vez estudiado el entorno y las herramientas, se procedió a la realización del tutorial. Se capturaron todas las imágenes que se consideraron apropiadas para que al alumno le resultase cómodo y fácil seguir todas las indicaciones que el tutorial ofrece, para la realización de un ciclo de diseño lógico completo. Tras la realización del tutorial, se procedió a revisar la amplia documentación que el fabricante ofrece de cada una de las distintas familias de dispositivos que fabrica. El fin de esta revisión no fue otro que realizar una caracterización de las distintas familias, que pudiera servir de apoyo a la hora de elegir un dispositivo de este fabricante para la realización de un determinado diseño. Este estudio de las familias de dispositivos del fabricante, también se realizó para detectar qué familia de dispositivos era la más idónea para incluir uno de sus miembros en una hipotética placa de prototipado, para la realización de prácticas de laboratorio. ABSTRACT. This project consists in the analysis of the characteristics and the design cycle associated with the IspLEVER environment of CAD, by Lattice Semiconductor. The objective of that analysis is to evaluate their suitability for teaching engineering related to wired digital systems. Based on this analysis a guide was made for managing the different tools that are integrated into the environment. In addition, the characterization of several families by the manufacturer Lattice Semiconductor was made, with the objective that it could be used to support the choice of a Lattice’s device to perform a certain design. To start the IspLEVER environment and tools study, I began with a familiarization with the environment. This familiarization consisted in a study of the manufacturer documentation offered in their web page, http://www.latticesemi.com. After that, I had a general view about the characteristics of the environment and environment tools. Then I continued downloading the installation package. The manufacturer offers an evaluation version that expires in the period of one year. After that download, the environment was installed. Finally, the licensing procedure was followed to finish with the preparations. Then, the software was prepared for its utilization. Following, several work hours were wasted without documentation, trying to create designs. This work has been to identify how intuitive the environment is when you have knowledge of electronic CAD tools. After this first point of contact with the real environment, I proceeded to study different offered options, by the manufacturer, for the realization of either logical or physical designs. In addition to studying all the possibilities offered by the environment, the work is focused on the detection and comparison of the various options offered to perform the same task, as with the pin assignment or reviewing the results of a simulation… At the same time, the environment tools were studied. At this point, I began creating the tutorial. I captured all the figures that I consider important to make it easy to the students. The tutorial contains a complete logical design cycle. When the tutorial was finished, I started to review the manufacturer documentation about each devices family. The purpose of this review was to characterize the different families to support the device selection in future designs. Another purpose of that characterization was focused on the detection of the best family to include one of its members in a prototyping board for conducting laboratory practices.

Desarrollo de herramientas de autoevaluación de prácticas de procesado digital de la señal.

El objetivo de este proyecto es desarrollar un conjunto de herramientas de auto aprendizaje y autoevaluación del laboratorio de la asignatura "Procesado Digital de la Señal", perteneciente al plan de grado de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería y Sistemas de Telecomunicación de la Universidad Politécnica de Madrid. Con ello se pretende de mejorar el rendimiento académico de los alumnos en dicha asignatura y en la materia "Señales y Sistemas" en general. Para la realización de las prácticas se emplea Matlab, de modo que es necesario integrar esta herramienta en el laboratorio con MOODLE, plataforma de e-learning utilizada para la gestión de las asignaturas a nivel docente, para proporcionar material de estudio y programar actividades de aprendizaje y evaluación. Será fundamental el análisis de la integración de Matlab con MOODLE, de modo que en función de los resultados de los alumnos, se les propongan repeticiones de apartados erróneos, revisiones de resultados y otros aspectos, como autoaprendizaje y autoevaluación que permitan la obtención de las competencias y alcanzar los resultados de aprendizaje, y a los profesores que imparten la asignatura, como herramienta para detectar las deficiencias más significativas en la programación y en las metodologías empleadas en la asignatura para corregir las carencias de los alumnos. ABSTRACT: The aim of this project will be the development of self-learning and self- assessment lab tools for the course "Procesado Digital de la Señal" in order to improve student’s performance in that subject and in the matter "Señales y Sistemas " for grades taught at the Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica de Telecomunicación of the Universidad Politécnica de Madrid today. Matlab is used to perform laboratory practices of "Procesado Digital de la Señal “. Matlab is a numerical calculation program. A very powerful tool with a great mathematical processing performance level, so it is necessary to integrate this tool in the laboratory with MOODLE, the current e-learning platform used at the Universidad Politécnica de Madrid for the management of teaching subjects to provide material and to program learning and assessment activities for students. It is therefore essential the analysis of the Matlab integration with Moodle. Thus, depending on the results and grades that students get along the way in the various activities evaluators should conduct, they propose, for example, repetitions of erroneous exercises, reviews of some results and other aspects such as self-learning and self-assessment. This would allow students to obtain the skills and learning to achieve the results set as a target. For teachers who teach the subject will also be a preview of the notes as these tools will be used to identify the most significant shortcomings both in programming and in the methodologies used in "Procesado Digital de la Señal " to act accordingly and correcting shortcomings of the enrolled students.