Caracterização molecular e relação filogenética do genoma completo dos arbovírus Bussuquara, Iguape, Ilhéus e Rocio (Família Flaviviridae, Gênero Flavivirus)

Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU.

Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração

O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.

Mapeamento de genes da família das defensinas no genoma do búfalo

Pós-graduação em Zootecnia - FCAV

Concentração de resveratrol e expressão de resveratrol sintase em espécies de Arichis

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Tutela penal do embrião humano in vitro

A autora discute o tratamento jurídico-penal dispensado aos embriões humanos excedentes das técnicas de reprodução assistida, previsto hoje no Brasil principalmente pela Lei de Biossegurança, de 2005, que dispõe sobre os crimes relacionados à proteção do genoma humano. Para ela, a questão tende a se tornar cada vez mais pertinente devido ao vertiginoso crescimento da engenharia genética e a multiplicação dos embriões in vitro mantidos estocados em laboratórios. No trabalho, defende que, embora a existência de vida no embrião extrauterino não tenha sido comprovada, não se pode negar a ele o atributo da dignidade humana, porque seria portador do conjunto de genes que formam o patrimônio genético da humanidade, conferindo especial identidade à espécie. Assim, a autora, se vê com bons olhos o fato de o Direito Penal, como um subsistema do ordenamento jurídico do país, emprestar formas especiais de tutela a este novo bem jurídico e alerta que pode estar faltando, ao mesmo tempo, maior abrangência e focos mais específicos para os riscos de lesão ou destruição dos genomas. Ela também julga indispensável que as novas tecnologias genéticas que vêm surgindo sejam sempre tratadas e refletidas na esfera jurídico-penal

Sistemática molecular de Utricularia L. (Lentibulariaceae)

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Herança, manutenção e origem dos diferentes tipos de cromossomos B em Prochilodus lineatus (Characiformes, Prochilodontidae) do rio Mogi-Guaçu

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Caracterização molecular de genes do sistema imune de búfalo

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV

Comunidade bacteriana em viveiros de aquicultura

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Estudo comparativo do genoma e do transcriptoma de Phyllosticta citricarpa (fase sexual Guignardia citricarpa) agente da Mancha Preta dos Citros e Phyllosticta capitalensis

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Identificação de regiões genômicas selecionadas de forma divergente em equinos quarto de milha de corrida e trabalho

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV

Caracterização de Retrotransposons com LTR no gênero Eucalyptus

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV

Estudo da organização e mapeamento cromossômico do elemento transponível Rex1 em espécies do gênero Astyanax Baird & Girard, 1854 (Characiformes: Characidae) provenientes de diferentes bacias hidrográficas

O gênero Astyanax apresenta uma extensa variabilidade em suas fórmulas cariotípicas, as quais acompanham sua diversidade biológica. Estes dados fazem com que a taxonomia do gênero ainda seja confusa, devido à grande plasticidade fenotípica existente entre as populações e a ausência de caracteres morfológicos confiáveis para sua correta identificação. Por outro lado, a análise das sequências e distribuição cromossômica do retrotransposon Rex1 revelou pouca variabilidade. As diferenças encontradas com relação às sequências deste retrotransposon mostram que as variações podem estar associadas à distribuição geográfica das espécies, visto que as espécies mais distantes geograficamente revelaram maiores diferenças em sua composição nucleotídica. A distribuição cromossômica desse elemento mostrou-se conservada entre as espécies do gênero, com marcações dispersas pelos genomas dos mesmos, contribuindo com a ideia de que esses elementos podem se acumular em regiões genômicas específicas dentro de cada grupo de peixes, sendo que esta tendência é maior para peixes do mesmo grupo e menor para grupos diferentes. Deste modo, a ampla distribuição de Rex1 observada nas espécies estudadas sugere que esse elemento pode ter sido incorporado há muito tempo nos genomas desses peixes, e que vem desempenhando um papel importante na evolução do grupo. Ainda assim, devido à grande diversidade encontrada no gênero, mais estudos podem contribuir tanto para o melhor entendimento da taxonomia de Astyanax, como da dinâmica evolutiva dos retrotransposons no gênero e em outros grupos de peixes

Comportamento e organização dos cromossomos holocêntricos de heterópteros da região Sul do Brasil baseados em sequências repetitivas DNA, meiose e análise ultraestrutural

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)