Evolução do retroelemento gypsy em espécies de Drosophila e Zaprionus indianus : uma abordagem filogenética

Resumo não disponível.

Estabelecimento de um protocolo de Nested-PCR para detecção do vírus da anemia das galinhas e análise filogenética de cepas brasileiras.

O vírus da anemia das galinhas (CAV) pode causar imunodepressão em galinhas de todas as idades e doença nos frangos jovens, a qual é caracterizada por severa anemia, atrofia da medula óssea e hemorragias. A doença clínica é rara hoje, porém a forma subclínica é freqüentemente encontrada em criações comerciais e resulta num considerável decréscimo do desempenho. O CAV apresenta variabilidade genética, entretanto, em relação às amostras brasileiras do CAV, pouco ou quase nada desta variabilidade é conhecida. O presente trabalho descreve um protocolo de Nested-PCR para a detecção do CAV diretamente de amostras clínicas e analisa filogeneticamente as seqüências nucleotídicas das amostras positivas buscando verificar se a patologia apresentada por estas está relacionada com a variabilidade genética. Para a extração de DNA, o método baseado em tiocianato de guanidina mostrou-se mais eficiente e prático de executar que os demais testados. Foi selecionado um par de primers que amplifica uma região de 664 pb do gene vp1 e outro par que amplifica uma região interna de 539 pb para a realização da Nested-PCR. A especificidade dos primers foi avaliada utilizando amostras de lotes controlados para CAV e 30 diferentes isolados de vírus e bactérias causadoras de doenças em galinhas, as quais não geraram produto de amplificação. A sensibilidade foi determinada a partir de diluições seriadas da vacina comercial para o CAV. A Nested-PCR mostrou ser mais sensível do que a PCR e foi capaz de detectar 0,16 DICC50% da cepa vacinal. Além disso, a Nested-PCR detectou DNA viral em tecidos, soro e cama aviária de lotes com e sem sintomas clínicos.O produto de amplificação de 539 pb do gene vp1 de 44 amostras, provenientes de diferentes Estados produtores de frangos do Brasil, foi seqüenciado e foram encontradas 10 novas seqüências nucleotídicas do CAV. Estas 10 seqüências nucleotídicas foram analisadas filogeneticamente pelo método de distância neighbour joining com 1000 replicações o qual, mostrou que não houve correlação entre a patogenia apresentada nos animais e os grupos genéticos. Estas seqüências nucleotídicas também foram comparadas com 30 cepas de CAV isoladas em outros países e não foi observada correlação entre a distribuição geográfica e a variabilidade genética. Substituições de amino ácidos foram observadas em 9 posições sendo que, 65R substituindo o resíduo Q e 98F substituindo o resíduo Y ainda não haviam sido observadas. Conclui-se que, como técnica de detecção do CAV, o protocolo de Nested-PCR aqui descrito é mais sensível e menos trabalhoso do que o isolamento viral. As amostras Brasileiras de CAV possuem características filogenéticas similares às isoladas em outros países.

Análise filogenética e funcional de dois genes de reparo homólogos a AP endonuclease em cana-de-açúcar: ScARP1 e ScARP3

The genome of all organisms constantly suffers the influence of mutagenic factors from endogenous and/or exogenous origin, which may result in damage for the genome. In order to keep the genome integrity there are different DNA repair pathway to detect and correct these lesions. In relation to the plants as being sessile organisms, they are exposed to this damage frequently. The Base Excision DNA Repair (BER) is responsible to detect and repair oxidative lesions. Previous work in sugarcane identified two sequences that were homologous to Arabidopsis thaliana: ScARP1 ScARP3. These two sequences were homologous to AP endonuclease from BER pathway. Then, the aim of this work was to characterize these two sequence using different approaches: phylogenetic analysis, in silico protein organelle localization and by Nicotiana tabacum transgenic plants with overexpression cassette. The in silico data obtained showed a duplication of this sequence in sugarcane and Poaceae probably by a WGD event. Furthermore, in silico analysis showed a new localization in nuclei for ScARP1 protein. The data obtained with transgenic plants showed a change in development and morphology. Transgenic plants had slow development when compared to plants not transformed. Then, these results allowed us to understand better the potential role of this sequence in sugarcane and in plants in general. More work is important to be done in order to confirm the protein localization and protein characterization for ScARP1 and ScARP3

Inferência filogenética revela a complexa etiologia das manchas areolada e foliar em seringueira e em outras espécies cultivadas na Amazônia

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização filogenética de amostras do vírus da imunodeficiência felina (FIV) do Estado de São Paulo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise filogenética e implicações sistemáticas e evolutivas nos Cuculiformes (Aves) com base na osteologia, comportamento e ecologia

Têm-se notado vários estudos recentes em filogenia com os Cuculiformes, no entanto nestes trabalhos ainda há divergências. Apresenta-se aqui uma nova e ampla análise filogenética para os Cuculiformes com base em 250 caracteres da osteologia, comportamento e ecologia. Esta análise resultou em 18 cladogramas igualmente parcimoniosos (768 passos, IC = 0.4779, IR = 0.8080 e ICR = 0.3861). de acordo com o cladograma de consenso estrito se pode observar: a) o monofiletismo dos Cuculiformes; b) a ordem dividida em dois grupos: a) Coua/Carpococcyx e; b) demais cucos (Neomorphidae, (Crotophagidae, (Tapera/Dromoccoccyx, (Cuculidae))), no entanto a posição sistemática de Centropus é ambígua entre estes dois grandes grupos; c) os cucos terrestres basais e parafiléticos e os cucos arbóreos derivados e monofiléticos. Ainda, propõe-se que o comportamento de parasitar ninho tenha surgido duas vezes independentemente (uma em Tapera/Dromoccoccyx e outra dentro de Cuculidae).

Análise filogenética de Phytophthora capsici Leonian do estado de São Paulo baseada na seqüência de nucleotídeos da região ITS-5.8S rDNA

Phylogenetic analysis through morphological and cultural traits is considered inconsistent and hard to be scientifically accepted once there is no way to establish the direction of evolution on morphological traits. Molecular markers are suitable for phylogenetic analysis. The sequencing of ITS1 and ITS2 (internal transcribed spacers) regions and of 5.8S gene from ribosomal DNA were used to estimate the genetic variation and distance of 10 Phytophthora capsici isolates. The amount of genetic variation amongst isolated P. capsici from distinct regions of São Paulo State was 0.1 to 1.6 and 0.1 to 1.1% at ITS1 and ITS2, respectively, and a phylogenetic distance of about 78.5% between P. capsici and Phytophthora spp. was observed.

Análise filogenética e revisão taxonômica as espécies de Moenkhausia Eigenmann, 1903 do grupo M. Lepidura (Ostariophysi: Characiformes: Characidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise filogenética de Polybia lepeletier, 1836 (Hymenoptera, Vespidae, Polistinae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise filogenética e revisão taxonômica de Pseudotothyris Britski & Garavello, 1984 (Loricariidae: Hypoptopomatinae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise filogenética e revisão taxonômica de Hasemania Ellis, 1911 (Characiformes, Characidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise filogenética de Scotaenini (Hymenoptera, Vespoidea, Tiphiidae, Thynninae)

Pós-graduação em Biologia Animal - IBILCE

Análise filogenética de linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros baseada na sequencia da região intergênica 16S-23S rDNA

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Celular e Molecular) - IBRC

Análise filogenética de Brachyplatytoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise filogenética entre Citrus spp. e Guignardia spp

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)