Dissimilaridade genética de girassol por meio de caracteres quantitativos

The aim of this study to evaluate by means of quantitative traits, the genetic dissimilarity among sunflower cultivars in different locations, in addition to the agreement between the methods in order to extract lines for future crosses. There were eight sunflower hybrids grown in two locations in northwestern Rio Grande do Sul, mainly with soil type Oxisol. Multivariate methods were used to determine the genetic diversity, using the Mahalanobis distance. Although the different yield between locations and cultivars, methods of grouping agreed among them selves. To obtain segregating populations, regardless of location, the cultivate 'Olisun 5', demonstrated greater potential for hybridization, with major contributions through number of achenes per chapter and height of the insertion section.

Dissimilaridade genética e análise de trilha de cultivares de soja avaliada por meio de descritores quantitativos

In addition to the evaluations among genotypes, the use of multivariate techniques enables to restrict errors, mainly concerning genetic diversity, and therefore to predict combinations with greater heterotic effect, and the greater possibility of recovery of superior genotypes. The objective of this study was to evaluate the genetic divergence between 18 soybean cultivars based on six morphological characteristics. Path analysis was performed to verify the contribution of direct and indirect characters on grain yield. The Mahalanobis distance has founded techniques of both Tocher Method and dendrogram by Single Linkage. Five different groups were formed: with nine genotypes considered similar among them; while the cultivars CEP 59, Netuno and Urano formed groups isolated by the two grouping methods. The path analysis showed that the indirect characters had little influence on grain yield, with significant direct relationship with mass of 100 grain, and cultivars Tertulha and CEP 53 standing out with grain yields above 3.7 t.ha-1.

Dissimilaridade ambiental em variedades de milho cultivadas em diferentes densidades populacionais

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Detecção de região saliente em imagens usando dissimilaridade de cor e amostragem por pixeis aleatórios

The purpose of this work is to demonstrate and to assess a simple algorithm for automatic estimation of the most salient region in an image, that have possible application in computer vision. The algorithm uses the connection between color dissimilarities in the image and the image’s most salient region. The algorithm also avoids using image priors. Pixel dissimilarity is an informal function of the distance of a specific pixel’s color to other pixels’ colors in an image. We examine the relation between pixel color dissimilarity and salient region detection on the MSRA1K image dataset. We propose a simple algorithm for salient region detection through random pixel color dissimilarity. We define dissimilarity by accumulating the distance between each pixel and a sample of n other random pixels, in the CIELAB color space. An important result is that random dissimilarity between each pixel and just another pixel (n = 1) is enough to create adequate saliency maps when combined with median filter, with competitive average performance if compared with other related methods in the saliency detection research field. The assessment was performed by means of precision-recall curves. This idea is inspired on the human attention mechanism that is able to choose few specific regions to focus on, a biological system that the computer vision community aims to emulate. We also review some of the history on this topic of selective attention.

Dissimilaridade genética entre genótipos de tucumanzeiro selecionados para alto teor de óleo na polpa por caracteres de cacho.

O tucumanzeiro (Astrocaryum vulgare Mart.) pertencente à família Arecaceae é uma espécie perene, amplamente distribuída na América do Sul que apresenta grande potencial econômico para as populações amazônicas. Nos últimos anos, essa palmeira foi inserida oficialmente na lista de espécies promissoras ao mercado do biodiesel, porém, a escassez de estudos ainda implica em barreiras para seu plantio em escala comercial. A dissimilaridade genética é fundamental na discriminação de material desejável, principalmente para a geração de informação para programas de melhoramento genético vegetal. Objetivou-se quantificar a dissimilaridade genética entre genótipos selecionados para teor de óleo na polpa. Para tanto, foram colhidos cachos, no período de 2014 a 2016, em 29 genótipos pertencentes ao BAG-Tucumã, sendo mensurados seis caracteres: Peso total do cacho (PTC), peso de frutos por cacho (PFC), rendimento de fruto por cacho (RFC), número de ráquilas (NRC), comprimento da raquis (CRC) e peso de dez frutos (PDF). Com os dados obtidos foram calculadas as médias, as quais foram submetidas às análises multivariadas utilizando a distância Euclidiana média no programa GENES. Os genótipos 16 e 26 foram os mais distantes com dE=3,67, sendo a distância Euclidiana média entre os 29 genótipos de 1,3. Tais distâncias permitiram a formação de seis e quatro grupos distintos pelos métodos UPGMA e Tocher, respectivamente. O caráter PDF foi o que apresentou a maior contribuição para a dissimilaridade. Os genótipos de tucumanzeiro com alto teor de óleo na polpa possuem ampla dissimilaridade para caracteres de cacho e mostram-se desejáveis para futuros programas de melhoramento.

Avaliação da defesa química e da influência dos corais invasores Tubastraea coccinea e Tubastraea tagusensis na estruturação das comunidades bentônicas da Baía da Ilha Grande RJ

A introdução de espécies invasoras marinhas tem causado danos econômicos e ecológicos consideráveis em todo o mundo. Algumas destas espécies incluindo corais escleractíneos possuem adaptações, tais como metabólitos secundários utilizados para evitar a predação e competição por espaço por outros organismos. Este arsenal químico e as interações entre espécies invasoras e nativas podem causar alterações na distribuição das espécies e na estrutura das comunidades de costões rochosos tropicais. Os objetivos deste estudo foram (1) caracterizar os metabólitos secundários produzidos pelos corais invasores Tubastraea tagusensis e T. coccinea na Baía da Ilha Grande, Brasil, (2) detectar os compostos químicos liberados pelos tecidos de Tubastraea tagusensis in situ utilizando um aparelho submersível; (3) testar no campo os extratos metanólicos produzidos por ambas as espécies de Tubastraea contra a predação por peixes generalistas e assentamento de outros organismos, (4) testar no campo se os compostos químicos produzidos por ambos os corais invasores variaram na concentração ou tipo quando os corais foram colocados próximos de competidores nativos e (5) determinar como as comunidades de costões rochosos da Baía da Ilha Grande foram afetadas pela expansão de Tubastraea coccinea e T. tagusensis em 8 locais estudados durante 2 anos. As principais classes de substâncias encontradas nos extratos metanólicos de Tubastraea foram identificados como esteróis, ácidos graxos, hidrocarbonetos, alcalóides, ésteres e alcoóis, entretanto, o aparelho submersível identificou somente hidrocarbonetos liberados por Tubastraea na água do mar. O extrato metanólico de T. tagusensis reduziu a predação por peixes generalistas e já os extratos de ambas as espécies mostraram efeitos espécie-específicos sobre organismos incrustantes no campo. No experimento de interação competitiva foi detectada a presença de necrose nos tecidos do coral endêmico Mussismilia hispida e isso provocou variação nas concentrações de esteróis, alcalóides e ácidos graxos nos tecidos de Tubastraea. Em contraste, a esponja Desmapsamma anchorata cresceu sobre os tecidos das colônias de ambos os corais invasores. A presença de Tubastraea nas comunidades bentônicas causou uma dissimilaridade média de 4,8% nas comunidades invadidas. Uma forte relação positiva foi encontrada entre a cobertura de Tubastraea e a mudança na estrutura da comunidade da Baía da Ilha Grande. Portanto, os efeitos negativos de ambos os corais invasores são suficientes para acarretar mudanças na estrutura das comunidades bentônicas tropicais.

Diversidade de morcegos (Mammalia, Chiroptera) em um mosaico de paisagens na Reserva Ecológica de Guapiaçu, RJ, Sudeste do Brasil

A Mata Atlântica brasileira é um dos biomas mais ameaçados do planeta e abriga uma das maiores biodiversidades conhecidas dentre os ecossistemas terrestres. Este bioma apresenta uma mastofauna diversificada e em algumas áreas as taxocenoses de morcegos podem representar mais da metade de toda a riqueza local de mamíferos. Diante da variedade de hábitos alimentares, suas interações ecológicas e abundância na Mata Atlântica fluminense, a análise da comunidade de morcegos torna-se crucial para subsidiar planos de manejo. Apesar do Rio de Janeiro ser um dos estados mais bem amostrados para morcegos, muitos locais ainda não foram amostrados satisfatoriamente e ainda sabemos pouco sobre a dinâmica das comunidades de morcegos em paisagens fragmentadas. De maio de 2011 a julho de 2014, realizamos 72 noites de amostragens em seis diferentes usos de solo numa paisagem fragmentada na Reserva Ecológica de Guapiaçu, município de Cachoeiras de Macacu, região metropolitana do estado do Rio de Janeiro, Sudeste do Brasil. Utilizamos 10 redes de neblina de 9 x 3m, abertas durante toda a noite (média de 12 horas por noite), totalizando um esforço de captura de 233280 m.h. Esta dissertação está dividida em dois capítulos. No primeiro, baseando-se nos dados obtidos e na literatura, sugerimos algumas diretrizes para o desenho amostral de inventários de morcegos, apresentando a importância de cada diretriz para maximizar o sucesso na amostragem de morcegos na Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. No segundo capítulo, investigamos as diferenças na riqueza de espécies, abundância e guildas tróficas entre os seis usos de solo amostrados e discuto a distribuição das espécies entre elas. Nós capturamos 1821 morcegos distribuídos em três famílias: Phyllostomidae (25 espécies), Molossidae (3 espécies) e Vespertilionidae (6 espécies). Outras duas espécies de duas famílias, Noctilionidae e Thyropteridae, foram registradas por observações diretas (sem capturas), totalizando 36 espécies de morcegos para a Reserva Ecológica de Guapiaçu. Os morcegos frugívoros representaram 82,7% das capturas. As maiores riquezas de espécies foram registradas na área antropizada (22 espécies) e borda de floresta contínua (21 espécies) enquanto as menores foram na floresta contínua (13 espécies) e no fragmento pequeno (10 espécies). A mesma tendência foi encontrada para as guildas tróficas. Sete guildas foram registradas na área antropizada e na borda de floresta, enquanto apenas cinco na floresta contínua e três no fragmento pequeno. O escalonamento multidimensional não-métrico (NMDS) e análise de Cluster, ambos com a dissimilaridade de Bray-Curtis, mostraram a separação dos usos de solo em grupos distintos dependendo do grau de alteração dos mesmos.

Diversidade genética em populações naturais de vassourão-branco (Piptocarpha angustifolia) por marcador RAPD.

Os projetos com espécies nativas dependem da disponibilidade de sementes e mudas nas quantidades requeridas e com a qualidade apropriada. O mercado, contudo, não oferece sementes de inúmeras espécies, e para a maioria inexistem estudos visando conhecer a distribuição espacial dos genótipos nas populações naturais, informação indispensável para formação de lotes de sementes com qualidade genética, entre as quais o vassourão-branco (Piptocarpha angustifolia Dúsen ex Malme). O vassourão-branco é comum nas clareiras, capoeirões e no estrato secundário da Floresta com Araucária. Além das aptidões madeireiras e para recuperação ambiental, apresenta potencial para compor sistemas silvipastoris. O objetivo deste trabalho foi quantificar a diversidade genética intra e inter-populacional. As árvores amostradas de vassourão-branco, das quais foram coletadas folhas para extração do DNA genômico, estão localizadas em fragmentos florestais em Curitiba e São José dos Pinhais, PR, e Rio Negrinho, SC. Para extração do DNA genômico, foram utilizadas duas folhas com tecido jovem, pesando aproximadamente dois gramas, que foram maceradas em almofariz após adição de nitrogênio líquido. A extração do DNA genômico das folhas do vassourão-branco foi eficiente com qualidade e nas quantidades requeridas para execução da metodologia da PCR-RAPD. As diversidades genéticas entre as populações de Rio Negrinho, e Curitiba e entre São José dos Pinhais, e Rio Negrinho, foi moderada, contudo, entre Curitiba e São José dos Pinhais foi grande. A correlação entre a distância geográfica e dissimilaridade genética entre as populações foi baixa. Não houve correlação entre a distância física e a similaridade genética entre as árvores amostradas nas três populações. A maior parte da diversidade genética encontra-se dentro das populações.

Como avaliar similaridades entre mapas de produtividade.

Um dos problemas emergentes na Agricultura de Precisão é a interpretação de mapas de produtividade. Como avaliar suas similaridades? Seria somente sua comparação visual ou através de técnicas analíticas? O objetivo do presente relatório foi introduzir a Análise Multivariada de Correspondência como um método estatístico que pode auxiliar na interpretaçao analítica de mapas de produtividade. Com isto pretende-se levantar a hipótese de que a utilização destes mapas para delimitar regiões homogêneas no campo depende da estabilidade espacial e temporal desta variável, tornando-se preocupante seu uso indiscriminado como ferramenta de informação preditiva. Quatro mapas foram usados neste trabalho, os quais correspondem a amostras coletadas de componentes de produção para arroz em 1994, milho em 1995, algodão em 1996, em uma malha com 110 pontos, espaçados de 10 x 10 m., da estação experimental do Instituto Agronômico de Campinas em Votuporanda, SP. Os dados originais de produtividade foram categorizados e analisados usando a Análise de Correspondência Simples e Múltipla. Conclui-se que existe uma grande dissimilaridade entre as culturas ou as classes de culturas, medidas através da distância euclidiana no plano.

Estudo da influência de factores abióticos na pesca com palangre costeiro

Dissertação de Mestrado, Aquacultura e Pescas, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2008

Genética do acamamento em trigo (Triticum aestivum L.) e a identificação do caráter para seleção

O problema do acamamento em trigo tem chamado a atenção dos melhoristas devido à severidade dos danos causados as plantas com reflexo no rendimento e na qualidade dos grãos. É um caráter difícil de ser estudado diretamente, dados a múltiplas interações com o ambiente. Muitos trabalhos foram desenvolvidos procurando identificar métodos para seleção indireta. A estatura de planta foi exaustivamente estudada por ser um caráter de alta herdabilidade e fortemente correlacionado com o acamamento; entretanto, plantas com estatura abaixo de 70 cm são inadequadas para o cultivo devido a sua pouca competitividade com as ervas daninhas e por apresentarem dificuldades para a colheita mecanizada. Neste sentido, no presente trabalho foram testados os vários caracteres relacionados com o acamamento e métodos indiretos que possibilitem maiores ganhos na seleção. Foi identificado o coeficiente de resistência do colmo, método internacionalmente conhecido com cLr, como sendo a metodologia mais eficiente para seleção indireta em populações segregantes. Foi também mensurada a dissimilaridade genética entre dez cultivares de trigo recomendadas para cultivo no Rio Grande do Sul e Santa Catarina, no ano 2000, e mais os genótipos IAC 5 e TB 951. A genética do caráter cLr foi estudada através da Análise de Gerações, metodologia também conhecida como Teste de Escala Conjunta. Foram avaliadas a natureza e a magnitude dos efeitos gênicos envolvidos o que ficou determinado que a aditividade e dominância atuam de maneira similar. Não foram encontrados efeitos epistáticos e a herdabilidade no sentido restrito foi de mediana a alta. O caráter cLr parece ser controlado por dois genes independentes com dois alelos cada, sendo que o genótipo duplamente recessivo (aabb) expressou fenotipicamente os valores mais altos para resistência ao acamamento.

Superfícies geomórficas e atributos de Latossolos em uma seqüência Arenítico-Basáltica da região de Jaboticabal (SP)

Em um segmento de vertente com substrato de arenito em contato com basalto, regionalmente muito freqüente, pretendeu-se não só relacionar as superfícies geomórficas com os atributos físicos, químicos e mineralógicos dos Latossolos nelas encontrados, mas também testar métodos geoestatísticos para localização de limites dessas superfícies. Usando critérios geomorfológicos, três superfícies foram identificadas e topograficamente caracterizadas. Os solos foram amostrados, a intervalos regulares de 25 m, na profundidade de 0,6 a 0,8 m (topo do horizonte B), em uma transeção de 1.700 m perfazendo 109 pontos. Nas amostras, foram analisados: densidade de partículas, granulometria, CTC do solo, CTC da argila, Fe total da argila (ataque por H2SO4) e óxidos de Fe livres (por dissolução seletiva). A fração argila desferrificada foi analisada por difração de raios X. Com base na estratigrafia e variações do relevo local, foram identificadas e diferenciadas, no campo, três superfícies geomórficas. Analisaram-se também o perfil altimétrico e o modelo de elevação digital do terreno. Observou-se que as três diferentes superfícies estão bem relacionadas com os atributos físicos, químicos e mineralógicos dos seus respectivos solos. Na parte inferior desta vertente, superfície mais recente e sobre basalto, em Latossolo Vermelho eutroférrico típico, foram encontradas as maiores variabilidades da declividade, da argila e de Fe. As variações da inclinação do terreno, quando analisadas sistematicamente pelo split moving windows dissimilarity analysis (análise estatística de dissimilaridade, em segmentos móveis), mostraram que este método estatístico pode ser usado para ajudar a localizar os limites entre superfícies geomórficas. As variações dos solos da transeção, e arredores, mostraram-se relacionadas com idade, inclinação do terreno e litologia. O trabalho geomórfico detalhado forneceu importantes informações para subsidiar os trabalhos de levantamento de solos e de pedogênese.

Contribuições aos Processos de Clustering com Base em Métricas não-Euclidianas

In this work we present a new clustering method that groups up points of a data set in classes. The method is based in a algorithm to link auxiliary clusters that are obtained using traditional vector quantization techniques. It is described some approaches during the development of the work that are based in measures of distances or dissimilarities (divergence) between the auxiliary clusters. This new method uses only two a priori information, the number of auxiliary clusters Na and a threshold distance dt that will be used to decide about the linkage or not of the auxiliary clusters. The number os classes could be automatically found by the method, that do it based in the chosen threshold distance dt, or it is given as additional information to help in the choice of the correct threshold. Some analysis are made and the results are compared with traditional clustering methods. In this work different dissimilarities metrics are analyzed and a new one is proposed based on the concept of negentropy. Besides grouping points of a set in classes, it is proposed a method to statistical modeling the classes aiming to obtain a expression to the probability of a point to belong to one of the classes. Experiments with several values of Na e dt are made in tests sets and the results are analyzed aiming to study the robustness of the method and to consider heuristics to the choice of the correct threshold. During this work it is explored the aspects of information theory applied to the calculation of the divergences. It will be explored specifically the different measures of information and divergence using the Rényi entropy. The results using the different metrics are compared and commented. The work also has appendix where are exposed real applications using the proposed method

Novos métodos determinísticos para gerar centros iniciais dos grupos no algoritmo fuzzy C-Means e variantes

Data clustering is applied to various fields such as data mining, image processing and pattern recognition technique. Clustering algorithms splits a data set into clusters such that elements within the same cluster have a high degree of similarity, while elements belonging to different clusters have a high degree of dissimilarity. The Fuzzy C-Means Algorithm (FCM) is a fuzzy clustering algorithm most used and discussed in the literature. The performance of the FCM is strongly affected by the selection of the initial centers of the clusters. Therefore, the choice of a good set of initial cluster centers is very important for the performance of the algorithm. However, in FCM, the choice of initial centers is made randomly, making it difficult to find a good set. This paper proposes three new methods to obtain initial cluster centers, deterministically, the FCM algorithm, and can also be used in variants of the FCM. In this work these initialization methods were applied in variant ckMeans.With the proposed methods, we intend to obtain a set of initial centers which are close to the real cluster centers. With these new approaches startup if you want to reduce the number of iterations to converge these algorithms and processing time without affecting the quality of the cluster or even improve the quality in some cases. Accordingly, cluster validation indices were used to measure the quality of the clusters obtained by the modified FCM and ckMeans algorithms with the proposed initialization methods when applied to various data sets

Caracterização morfológica de espécies de trapoeraba (Commelina spp.) utilizando a análise multivariada

As espécies Commelina benghalensis, C. villosa, C. diffusa e C. erecta são conhecidas como trapoeraba e, freqüentemente, são confundidas entre si, dificultando o controle químico, o que pode provocar prejuízos econômicos e danos ambientais. O presente trabalho teve como objetivo selecionar características morfológicas que possibilitem facilitar a identificação dessas espécies, utilizando a técnica de análise multivariada. Foram avaliadas 12 características morfológicas descritivas e 13 quantitativas, utilizando-se os métodos de análise de agrupamento e análise de componentes principais. As espécies apresentaram alto grau de dissimilaridade, sobretudo em relação às características descritivas, destacando-se: hábito da planta, pilosidade do caule e da folha, entre outros. As características quantitativas também mostraram poder discriminatório. Características que apresentaram alto valor taxonômico foram selecionadas para compor a chave de identificação para as quatro espécies de Commelina.