Caracterização molecular de bovinos de origem Bos indicus e seus cruzados para maciez de carne

O objetivo desse trabalho foi conhecer a variabilidade genética da calpaína e seu potencial como marcador molecular para programas de melhoramento genético, visando auxiliar na seleção de genótipos superiores para maciez de carne zebuína. Para tanto foram analisados 55 animais da raça Nelore, proveniente de outros projetos de pesquisa conduzidos pela equipe técnica do Laboratório de Genética do Instituto de Zootecnia de Nova Odessa. Os animais foram abatidos ao atingirem o acabamento de 4 mm de espessura de gordura e a amostra de carne foi coletada entre a 12ª e 13ª costelas no músculo Longissimus dorsi. A maciez de carne foi avaliada empregando-se a técnica de Warner Bratzler Shear Force em 0 e 14 dias de maturação. O DNA foi extraído a partir das amostras de carne, em seguida foi quantificado e diluído para ser amplificado por PCR. Três polimorfismos foram investigados pelas técnicas de PCR-RFLP e PCR- SSCP, localizados no exon 9, exon 14 e intron 17 do gene calpaína, sendo denominados CPN316, CAPN530, CAPN4751, respectivamente. Os resultados da análise de associação entre os dados de força de cisalhamento (FC) e marcadores moleculares revelaram efeito significativo apenas para o marcador CAPN4751. O alelo C, considerado favorável para maciez de carne, apresentou relação significativa (P>0,05) com valores menores de FC, sugerindo o seu emprego na seleção de genótipos superiores para maciez de carne de bovinos da raça Nelore

Obtenção e caracterização molecular e fisiológica de plantas de soja contendo o gene AtGolS2 sob déficit hídrico

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Caracterização molecular do gênero Cephalotes (Hymenoptera, Formicidae) e da presença e frequência do endossimbionte Wolbachia

As formigas do gênero Cephalotes, rapidamente identificadas por suas operárias polimórficas de cutícula resistente e cabeça achatada possuem seu sucesso ecológico creditado à sua dieta predominantemente generalista e nidificação em cavidades pré-existentes de troncos de árvores. Possuem hábitos exclusivamente arborícolas e ocorrem nos trópicos e subtrópicos do Novo Mundo possuindo ampla distribuição geográfica. O grupo apresenta uma interessante associação com microorganismos. No presente trabalho foi feita a caracterização molecular e estudo de relações filogenéticas do gênero através da amplificação e sequenciamento de fragmento do gene 28S do DNA Nuclear de três populações localizadas em Rio Claro-SP e São José do Rio Preto-SP de duas espécies de Cephalotes: C. pusillus e C. clypeatus. Também foi feito o levantamento da ocorrência e frequência do endossimbionte Wolbachia em sete populações de Cephalotes localizadas em São José do Rio Preto-SP, Guaraci-SP, São Carlos-SP, Araraquara-SP, Delfinópolis-MG e Rio Claro-SP; abrangendo três espécies: C. pusillus, C. clypeatus e C. atratus. Esse levantamento foi realizado com a utilização de ferramentas moleculares para a análise do gene codificador da proteína de superfície de membrana do endossimbionte, o wsp. Para analises de filogenia e também do endossimbionte, foi realizada a extração do DNA total de operárias, a amplificação do gene através da técnica de PCR utilizando os primers já estabelecidos e em seguida, as amostras foram sequenciadas pelo método de Sanger. Os resultados obtidos mostraram relações monofiléticas dentro da subfamília Myrmicinae, a qual pertence o gênero Cephalotes. As análises do gene 28S trouxeram resultados otimistas no estudo da caracterização molecular do grupo. Os resultados da analise do endossimbionte corroboraram com estudos anteriores com outras espécies do gênero Cephalotes, onde ocorreu alta...

Caracterização molecular do gênero Cephalotes (Hymenoptera, Formicidae) e da presença e frequência do endossimbionte Wolbachia

As formigas do gênero Cephalotes, rapidamente identificadas por suas operárias polimórficas de cutícula resistente e cabeça achatada possuem seu sucesso ecológico creditado à sua dieta predominantemente generalista e nidificação em cavidades pré-existentes de troncos de árvores. Possuem hábitos exclusivamente arborícolas e ocorrem nos trópicos e subtrópicos do Novo Mundo possuindo ampla distribuição geográfica. O grupo apresenta uma interessante associação com microorganismos. No presente trabalho foi feita a caracterização molecular e estudo de relações filogenéticas do gênero através da amplificação e sequenciamento de fragmento do gene 28S do DNA Nuclear de três populações localizadas em Rio Claro-SP e São José do Rio Preto-SP de duas espécies de Cephalotes: C. pusillus e C. clypeatus. Também foi feito o levantamento da ocorrência e frequência do endossimbionte Wolbachia em sete populações de Cephalotes localizadas em São José do Rio Preto-SP, Guaraci-SP, São Carlos-SP, Araraquara-SP, Delfinópolis-MG e Rio Claro-SP; abrangendo três espécies: C. pusillus, C. clypeatus e C. atratus. Esse levantamento foi realizado com a utilização de ferramentas moleculares para a análise do gene codificador da proteína de superfície de membrana do endossimbionte, o wsp. Para analises de filogenia e também do endossimbionte, foi realizada a extração do DNA total de operárias, a amplificação do gene através da técnica de PCR utilizando os primers já estabelecidos e em seguida, as amostras foram sequenciadas pelo método de Sanger. Os resultados obtidos mostraram relações monofiléticas dentro da subfamília Myrmicinae, a qual pertence o gênero Cephalotes. As análises do gene 28S trouxeram resultados otimistas no estudo da caracterização molecular do grupo. Os resultados da analise do endossimbionte corroboraram com estudos anteriores com outras espécies do gênero Cephalotes, onde ocorreu alta...

Distribuição geográfica e caracterização molecular de vírus da raiva de isolados herbívoros procedentes do norte do Brasil

Suporte Financeiro: CAPES

Epidemiologia e caracterização molecular dos vírus Dengue circulantes no Rio Grande do Norte, 2013-2014

Dengue is an acute infectious disease, usually transmitted by Aedes aegypti mosquitoes. The etiologic agents belong to the family Flaviviridae, genus Flavivirus, and occur as four antigenically related but distinct serotypes designated DENV-1, 2, 3, and 4. In Brazil, the disease represents a national public health problem. The purpose of the present study was to describe epidemiological aspects of dengue in the State of Rio Grande do Norte, from 2013 to 2014. A total of 483 blood or serum samples, collected from January 2013 to December 2014, were studied by RT-PCR for viral detection and typing. The infection was confirmed in 36.44% (176/483) of the cases studied. This study detected the circulation of three serotypes of dengue virus in Rio Grande do Norte, DENV-1, 2, and 4. The predominant serotype in 2013-2014 was the DENV-4, representing 83.51% (81/97) and 68.35% (54/79) of the positive cases, respectively. Regarding the spatial distribution, most of the cases occurred in Natal and Caicó, with 9.28% (9/97) and 18.99% (15/79), respectively. The months with the biggest viral circulation in RN were March 2013 and May 2014. The female gender was the most affected, representing 69.07% (67/97) in 2013 and 54.43% (43/79) in 2014. The most affected age groups were 21-30 years (2013) and 11-20 years (2014) with 25.77% (25/97) and 20.25% (16/79) positive cases, respectively. Phylogenetic analysis indicated that genotype V (DENV-1) and genotype II (DENV-4) circulated in the State. Our results provide information about the dynamics of DENV in the Rio Grande do Norte, important for the development of disease control strategies.

Infecções por enterobacteriaceae resistente aos carbapenêmicos em hospital de ensino: epidemiologia e caracterização molecular

Introduction: The production of KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) has become an important mechanism of carbapenem-resistance among Enterobacteriaceae strains. In Brazil, KPC is already widespread and its incidence has increased significantly, reducing treatment options. The “perfect storm” combination of the absence of new drug developmentand the emergence of multidrug-resistant strains resulted in the need for the use of older drugs, with greater toxicity, such as polymyxins. Aims: To determine the occurrence of carbapenemase-producing strains in carbapenem-resistant Enterobacteriaceae isolated from patients with nosocomial infection/colonization during September/2014 to August/2015, to determine the risk factors associated with 30-day- mortality and the impact of inappropriate therapy. Materials and Methods: We performed a case control study to assess the risk factors (comorbidities, invasive procedures and inappropriate antimicrobial therapy) associated with 30-day-mortality, considering the first episode of infection in 111 patients. The resistance genes blaKPC, blaIMP, blaVIM and blaNDM-1 were detected by polymerase chain reaction technique. Molecular typing of the strains involved in the outbreak was performed by pulsed field gel electrophoresis technique. The polymyxin resistance was confirmed by the microdilution broth method. Results: 188 episodes of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae infections/colonizations were detected; of these, 122 strains were recovered from the hospital laboratory. The presence of blaKPC gene were confirmed in the majority (74.59%) of these isolates. It was not found the presence of blaIMP , blaVIM and blaNDM-1 genes. K. pneumoniae was the most frequent microorganism (77,13%), primarily responsible for urinary tract infections (21,38%) and infections from patients of the Intensive Care Unit (ICU) (61,38%). Multivariate statistical analysis showed as predictors independently associated with mortality: dialysis and bloodstream infection. The Kaplan-Meier curve showed a lower probability of survival in the group of patients receiving antibiotic therapy inappropriately. Antimicrobial use in adult ICU varied during the study period, but positive correlation between increased incidence of strains and the consumption was not observed. In May and July 2015, the occurrence rates of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae KPC-producing per 1000 patient-days were higher than the control limit established, confirming two outbreaks, the first caused by colistin-susceptible KPC-producing K. pneumoniae isolates, with a polyclonal profile and the second by a dominant clone of colistin-resistant (≥ 32 μg/mL) KPC-producing K. pneumoniae. The cross transmission between patients became clear by the temporal and spatial relationships observed in the second outbreak, since some patients occupied the same bed, showing problems in hand hygiene adherence among healthcare workers and inadequate terminal disinfection of environment. The outbreak was contained when the ICU was closed to new admissions. Conclusions: The study showed an endemicity of K. pneumoniae KPC-producing in adult ICU, progressing to an epidemic monoclonal expansion, resulted by a very high antibiotic consumption of carbapenems and polymyxins and facilitated by failures in control measures the unit.

Caracterização molecular de cepas de Listeria monocytogenes oriundas de corte bovino e abatedouros frigoríficos de bovinos localizado no Distrito Federal

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Saúde Animal, 2016.

Levantamento e caracterização molecular de vírus e viroide em vinhedos no Município de São Roque, SP.

Cerca de 65 espécies virais infectam videiras no mundo, podendo causar significativos impactos econômicos. O objetivo deste trabalho foi determinar a incidência de vírus e viroide em 9 vinhedos do município de São Roque, SP e caracterizar molecularmente o gene da proteína capsidial (CP) de isolados locais.

Caracterização molecular de bactérias promotoras do crescimento vegetal isoladas de milho por meio da amplificação do Gene nifH perfis de ARDRA.

Há poucas informações a respeito da diversidade e do potencial biotecnológico dos micro-organismos do solo no Semiárido, em especial daqueles envolvidos com processo de fixação biológica de nitrogênio. O objetivo deste trabalho foi determinar a diversidade de uma coleção de bactérias associadas ao milho (Zea mays L.) em solos do Semiárido. As bactérias foram avaliadas quanto à amplificação de um fragmento do gene nifH por meio de PCR e pela técnica de ARDRA. Dentre as 72 bactérias testadas, 47 foram considerados nifH positivos e a análise dos perfis de ARDRA mostrou que o local de origem dos isolados foi fator determinante para o agrupamento das bactérias.

Caracterização biológica e molecular da interação de Drechslera avenae (Eidam) Sharif com cultivares e linhagens de aveia (Avena sativa L.)

A helmintosporiose, incitada por Drechslera avenae (teleomorfo, Pyrenophora avenae), constitui fator limitante à produção e à qualidade do grão de aveia (Avena sativa L). A caracterização biológica e molecular da interação aveia - D. avenae pode contribuir para o manejo e a determinação de estratégias de controle da doença. Para a caracterização biológica, foram avaliadas trinta cultivares de aveia quanto à percentagem de área foliar com sintomas da doença e o tipo de lesão, inicialmente sob condições de inoculação artificial com três isolados do fungo e, após, no campo, sob condições naturais de infecção. Os resultados demonstraram haver interações significativas entre os genótipos da planta e isolados do patógeno. Classificaram-se como mais resistentes ao fungo OR 4, UFRGS 7, UFRGS 14, UFRGS 18 e UPF 19. Para a caracterização molecular da interação, cinco genótipos (CTC 5, ORLA 975, preta-comum, UFRGS 18 e UPF 17), não inoculados e inoculados com dois isolados do fungo, foram investigados para a análise de expressão diferencial de genes após 12, 24 e 72 horas após a inoculação. A partir do RNA total extraído das plantas submetidas aos tratamentos, realizaram-se a síntese de cDNA (RT-PCR), o isolamento de cDNAs expressados diferencialmente e a produção de sondas para a verificação de mRNAs induzidos, os quais foram hibridizados por meio de “Southern blot” e “Reverse Northern”. Foram observadas diferenças na expressão de genes, em nível de mRNA, entre plantas sadias e infectadas, tendo-se obtido sete fragmentos de cDNAs relacionados à interação com D. avenae, os quais foram comparados quanto a sua similaridade com seqüências depositadas no banco de dados do Genbank. Pela análise de “Reverse Northern”, pôde-se identificar um cDNA denominado E3-IFCO, relacionado com a resposta de defesa da planta.

Caracterização morfológica, citogenética e molecular de uma população de tangerineiras híbridas de 'Clementina fina' (Citrus clementina Hort. ex Tan.) e 'Montenegrina' (Citrus deliciosa Ten.)

A produção citrícola se encontra dispersa por todos os continentes e no Brasil, os citros são a produção frutícola de maior volume de produção. A produção de citros de mesa, como as tangerinas, possibilita ao produtor obter maior valor pelo seu produto. O mercado consumidor é ávido por novas variedades e para tanto, um programa de melhoramento deve estar sempre em busca de genótipos que atendam ao mercado consumidor, bem como a cadeia produtiva. Na Estação Experimental Agronômica da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, está localizada uma população de tangerineiras híbridas oriundas do cruzamento da tangerineira ‘Clementina Fina’ (Citrus clementina Hort. ex Tan.) e ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Ten.) a qual foi caracterizada neste estudo, avaliando-se características morfológicas de acordo com os descritores propostos pelo International Board for Plant Genetic Resources, além da identificação da época de maturação, viabilidade de pólen, número cromossômico e caracterização molecular, utilizando marcadores do tipo microssatélites. Através da análise morfológica foi possível distinguir todas as 96 plantas avaliadas, porém não foi possível agrupar a F1 em grupos distintos de cada um dos genitores. A época de maturação de frutos das plantas se concentra entre a primeira quinzena de abril até a primeira quinzena de agosto. Todas as plantas analisadas apresentaram um alto grau de viabilidade de pólen, variando entre 79,04 e 98,08 %. Todas as plantas avaliadas são diplóides com um número cromossômico de 2n=18. Utilizando 12 pares de primers de microssatélites foi possível diferenciar 90 acessos do estudo, e agrupar a F1 em indivíduos mais próximos do genitor feminino e do genitor masculino. O PIC (Conteúdo de Informação de Polimorfismo) dos primers variou de 0,27 a 0,65. Não foi possível estabelecer uma relação entre a caracterização utilizando marcadores morfológicos e a caracterização utilizando marcadores moleculares.

Caracterização morfológica, morfométrica e molecular de Hepatozoon spp. (Apicomplexa, Hepatozoidae) de serpentes brasileiras naturalmente infectadas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização biológica e molecular de quatro cepas de Trypanosoma cruzi Chagas,1909 (Kinetoplastida, Trypanosomatidae) isoladas de pacientes chagásicos crônicos

Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR

Application of molecular tools for detection of plant viruses

Grapevine leafroll disease (GLRD) is one of the most important virus diseases of grapevines worldwide, causing major economical impact. The disease has a complex aetiology and currently eleven phloem-limited viruses, termed in general Grapevine leafroll-associated virus (GLRaVs), have been identified. Two of the GLRaVs, GLRaV-1 and GLRaV-3, are included in the European certification scheme of propagation material. However, the flawed notion that GLRaV-3 is more frequent than GLRaV-1 and that all other GLRaVs are possibly not as relevant for GLRD, has until now precluded the development of specific serological and molecular detection assays and limited the scope of molecular characterization of the viruses known to be associated with the disease. Hence, few studies have addressed the phylodynamics of GLRaVs or even characterized the genetic structure of their natural populations. This generalized lack of molecular information, in turn underlie the deficient capacity to detect the viruses. The phylogenetic analyses were conducted on the basis of the heat shock protein 70 homologue (HSP70h) and the coat protein (CP) genes for GLRaV-1 and the HSP70h, the heat shock protein 90 homologue (HSP90h) and the CP genes for GLRaV-5. The data obtained for GLRaV-1 contributed 83 new CP sequences. This information was combined with previous analysis by other authors and used for the production of new polyclonal IgG, capable of detecting CP variants from all the phylogroups observed. Successful testing of this new tool included tissue print immunoblotting (TPIB) and in situ immunoassay (ISIA). The data obtained for GLRaV-5, contributed 61 new CP and 28 new HSP90h gene sequences. Eight phylogenetic groups were identified on the basis of the CP. Characterization of the genetic structure of the isolates revealed a higher diversity than previously reported and allowed the identification of dominant virus variants. For both GLRaV-1 and GLRaV-5, the effect of vegetative propagation on the virus transmission dynamics was addressed.