Simulación de evolución dirigida de bacteriófagos en poblaciones de bacterias en 2D

The research group is currently developing a biological computing model to be implemented with Escherichia Coli bacteria and bacteriophages M13, but it has to be modelled and simulated before any experiment in order to reduce the amount of failed attempts, time and costs. The problem that gave rise to this project is that there are no software tools which are able to simulate the biological process underlying that com- putational model, so it needs to be developed before doing any experimental implementation. There are several software tools which can simulate most of the biological processes and bacterial interactions in which this model is based, so what needs to be done is to study those available simulation tools, compare them and choose the most appropriate in order to be improved adding the desired functionality for this design. Directed evolution is a method used in biotechnology to obtain proteins or nucleic acids with properties not found in nature. It consists of three steps: 1) creating a library of mutants, 2) selecting the mutants with the desired properties, 3) replicating the variants identified in the selection step. The new software tool will be verified by simulating the selection step of a process of directed evolution applied to bacteriophages. ---ABSRACT---El grupo de investigación está desarrollando un modelo de computación biolóogica para ser implementado con bacterias Escherichia Coli y bacteriofagos M13, aunque primero tiene que ser modelizado antes de realizar cualquier experimento, de forma que los intentos fallidos y por lo tanto los costes se verán reducidos. El problema que dio lugar a este proyecto es la ausencia de herramientas software capaces de simular el proceso biológico que subyace a este modelo de computación biológica, por lo que dicha herramienta tiene que ser desarrollada antes de realizar cualquier implementación real. Existen varias herramientas software capaces de simular la mayoría de los procesos biológicos y las interacciones entre bacterias en los que se basa este modelo, por lo que este trabajo consiste en realizar un estudio de dichas herramientas de simulación, compararlas y escoger aquella más apropiada para ser mejorada añadiendo la funcionalidad deseada para este diseño. La evolución dirigida es un método utilizado en biotecnología para obtener proteínas o ácidos nucleicos con propiedades que no se encuentran en la naturaleza. Este método consiste en tres pasos: 1) crear una librería de mutantes, 2) seleccionar los mutantes con las propiedades deseadas, 3) Replicar los mutantes deseados. La nueva herramienta software será verificada mediante la simulación de la selección de mutantes de un proceso de evolución dirigida aplicado a bacteriofagos.

Bacterias anaeróbias como fábricas celulares: produção de hidrogénio e butirato por clostridium sp.

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Superior de Ciências da Saúde Egas Moniz

Aplicación biotecnológica de bacterias rizosféricas: elicitación de sistemas defensivos sistémicos en relación con la producción de compuestos con interés farmacológico y alimentario

Esta memoria se basa en la hipótesis del papel fundamental que el sistema microbiano asociado al sistema radical de las plantas tiene sobre el metabolismo vegetal y las consiguientes aplicaciones de los productos derivados del mismo. El sistema rizosférico microbiano, el microbioma rizosférico cumple un papel fundamental para que la planta consiga mejorar sus capacidades de adaptación a un ambiente cambiante. En el capítulo 2 se exponen de manera enlazadas hipótesis sucesivas que pretenden evidenciar el potencial de aplicación de las bacterias asociadas a la planta y los distintos enfoques de aplicación biotecnológicos. En primer lugar, se plantea el uso de la rizosfera como fuente de microorganismos especialmente adaptados a la interacción del sistema planta/microorganismos. Un sistema en el que la presión selectiva definida por la planta condiciona el tipo de microorganismos, su diversidad y en definitiva la estructura de las comunidades microbianas que se desarrollan en este ecosistema. Sobre la hipótesis de la capacidad de selección de microorganismos por la planta, primero se busca una planta que aporte una serie de factores de presiónselección. La planta se elige en base a criterios filogenéticos y metabólicos (metabolismo secundario muy activo). Nicotiana glauca, es una Solanacea, de la misma familia que especies con gran interés alimentario, como el tomate, Solanum lycopersicum, la patata, Solanum tuberosum o el pimiento, Capsicum annum. Se selecciona esta planta como sujeto de muestreo rizosférico, en busca de un microbioma cultivable y con aplicaciones por sus aportaciones beneficiosas en la interacción. A continuación, sobre las casi mil cepas aisladas de la rizosfera, a lo largo de dos años, en tres suelos de características muy diferentes, se realiza un ensayo previo de actividades con potencial para incidir favorablemente sobre la salud de la planta. Las cepas se seleccionan sobre la base de un screening a gran escala en el que se intenta absorber la máxima variabilidad genética de los microorganismos que se desarrollan en el sistema rizosférico de Nicotiana glauca y pasan a estudiarse por su capacidad para inducir resistencia sistémica y efectos sobre el crecimiento en plantas de tomate, especie elegida como modelo de trabajo...

Análisis de bacterias patógenas en “Sardina” salada-seca (Orden Clupeiformes) procesada artesanalmente en la Bahía de Jiquilisco

En este estudio se determinaron los niveles de Staphylococcus aureus, Escherichia coli y Salmonella spp. En “sardinas” saladas-secas procesada artesanalmente en la Bahía de Jiquilísco, El Salvador; como lo dicta el Reglamento Técnico Centroamericano (RTCA) 67.04.50:08 de Alimentos. Dicho estudio fue realizado, con la finalidad de afirmar o negar la efectividad del salado como método de preservación, con respecto a la inhibición de bacterias patógenas en dicho producto (analizando “sardinas” frescas como saladas-secas). Los resultados obtenidos de un total de 15 muestras de “sardinas” frescas y 15 “sardinas” saladas-secas en los meses de abril-junio, reflejaron que con base a los niveles de Salmonella spp. (Presencia de esta bacteria), Escherichia coli (> 3NMP/gr.) detectados en el proceso artesanal de las “sardinas” la cantidad de muestras superan el límite máximo permisible requerido por el RTCA, afirmando que su calidad sanitaria no es apta para el consumo humano; aunque los niveles de Staphylococcus aureus hayan sido <102 UFC/gr. Esta contaminación fecal puede ocurrir por la falta de aplicación de las Buenas Prácticas de Higiene, que durante todo el proceso de salado y secado de las “sardinas” no se emplearon en ningún momento durante el proceso, al igual que algunos posibles factores que influyeron en estos resultados, fueron la contaminación orgánica por los desagües residuales de afluentes de zonas aledañas, por la acción antropogénica, actividades ganaderas, etc.

Bacterias oportunistas causantes de infecciones oculares

Bogotá (Colombia): Universidad de la Salle. Programa de Optometría

Caracterización de bacterias filamentosas en el funcionamiento de un reactor aerobio de la planta de tratamiento de aguas residuales de origen cervecero

La actividad industrial y el desarrollo material y económico, han traído como consecuencia la contaminación del aire, agua y el suelo; lo que ocasiona modificaciones físicas químicas y biológicas que han producido un deterioro en la calidad del agua, dando como resultado problemas de contaminación que afectan tanto la productividad de los sistemas como la salud humana. A las aguas de composición variada provenientes de uso municipal, industrial, comercial, agrícola, pecuario, o de cualquier otra índole, ya sea privada o pública que han sufrido una degradación o alteración en su calidad original se le conoce como agua residual. Este trabajo tiene como objetivo “Caracterizar las bacterias filamentosas en el funcionamiento de un reactor aerobio de la planta de tratamiento de aguas residuales de origen cervecero” para ello se estudió durante varios meses los parámetros físico-químicos y biológicos para poder así controlar de las bacterias filamentosas y así evitar en un futuro problemas de operación o poder controlar su crecimiento y por ende, ecológicos dentro del sistema de lodos activados. La identificación se realizó tomando muestras en el reactor aerobio y realizándole la tinción de Gram para posteriormente ser vistos en un microscopio de una resolución de 100x; luego se caracterizaron las bacterias juntas con los parámetros de operación del tanque de lodos por muestra y los resultados encontrados fueron la presencia de filamentos Microtrix Parvicella, Tipo 021N, y Sp1 (llamada así por no ser identificada, ni encontrada en la literatura), esta es una nueva especie encontrada, ya que es propia de este reactor aerobio y crecen principalmente en aguas cerveceras y por deficiencia de nutrientes en el sistema. Este trabajo nos permitió conocer la dinámica que existe entre los parámetros fisicoquímicos y los microorganismos que se encuentran en un biorreactor Aerobio. Esto nos llevó a comprender mejor el funcionamiento de estos sistemas dentro de plantas de aguas residuales de tipo industrial. ABSTRACT Industrial activity and the physical and economic development have resulted in contamination of air, water and soil, causing physical chemical and biological changes that have produced deterioration in water quality, resulting in pollution problems affects the productivity of the systems and human health. A varied composition waters from municipal, industrial, commercial, agricultural, livestock, or any other use, whether private or public who have suffered a degradation or alteration in their original quality is known as residual water. This work aims to "characterize filamentous bacteria in the operation of an aerobic reactor plant wastewater treatment brewer origin" for this physicochemical and biological parameters were studied for several months to thereby control bacteria stringy and avoid future problems in operation or to control their growth and thus ecological This work aims to "characterize filamentous bacteria in the operation of an aerobic reactor plant wastewater treatment brewer origin" for this physicochemical and biological parameters were studied for several months to thereby control bacteria stringy and avoid future problems in operation or to control their growth and thus ecological within the activated sludge system. This work allowed us to understand the dynamics between physicochemical parameters and microorganisms found in an aerobic bioreactor. This led us to better understand the operation of these systems within plants industrial wastewater.

Prevalencia de bacterias productoras de beta-lactamasas en el Hospital Vicente Corral Moscoso periodo enero-diciembre del 2014

Antecedentes: la adaptación de las bacterias a los tratamientos antibióticos ha ido mejorando, hasta el punto de llegar a presentar resistencia a los tratamientos más agresivos, esto se debe a la evolución constante que han sufrido estas con la aparición de nuevas especies, por mecanismos como la conjugación o trasmisión de plásmidos, con la producción de diferentes tipos de beta-lactamasas, estas características nuevas les han permitido mejorar su capacidad de evadir los mecanismos de acción farmacológicos. Objetivo general: establecer la prevalencia de bacterias productoras de beta-lactamasas en el Hospital Vicente Corral Moscoso, durante el periodo de enero a diciembre del 2014, Cuenca - Ecuador. Metodología: Tipo de estudio: se realizó un estudio de tipo descriptivo, observacional; Universo y muestra: historias clínicas de todos los pacientes atendidos en el Hospital Vicente Corral Moscoso, a los que se había realizado cultivo y antibiograma con reporte de producción de beta-lactamasas, durante el periodo enero a diciembre del 2014; Método de recolección de datos: observación y revisión de historias clínicas que fueron registrados en el formulario de recolección de datos; Tabulación y análisis de los resultados: Todos los datos fueron tabulados y procesados en el programa SPSS Versión 15.0, elaborando tablas simples, compuestas. Resultados: de un total de 160 bacterias aisladas, la prevalencia de bacterias productoras de betalactamasas fue 13,1%, 74,4%, 12,5% para BLEA, BLEE y carbapenemasas respectivamente. El sexo femenino fue el más afectado por las bacterias productoras de BLEA, y carbapenemasas, pero el sexo masculino fue el más afectado por bacterias productoras de BLEE. La E. coli representa el 74,79% de bacterias productoras de BLEE, representando la Klebsiella pneumoniae el 50% de todas las bacterias productoras de carbapenemasas. Al analizar la mortalidad se observa que al incrementar la resistencia incrementa el riesgo de mortalidad: BLEA 5%, BLEE 15% y Carbapenemasa 25%

Diferencas fisiologicas e morfologicas entre tribus de bacterias do genero Beijerinckia isolados em solos brasileiros.

1956

Seleção e caracterização de bacterias endofiticas de milho com potencial para biossolubilização de fosfato.

2016

Prevalencia de la mastitis subclínica en el ganado criollo reina en la finca Santa Rosa (UNA) en época de verano

Con el objetivo de determinar la prevalencia de la mastitis subclínica en condiciones tradicionales de ordeño, en el Ganado CRIOLLO REINA de la finca Santa Rosa de la Universidad Nacional Agraria, se evaluó un total de 180 vacas en ordeño durante un periodo de tres meses de Febrero a Mayo. Para conocer la prevalencia de la mastitis en el hato criollo se realizó una prueba de diagnóstico individual utilizando para esto la prueba de california mastitis Test (CMT). Los resultados del estudio demostraron que existe en el hato una baja prevalencia de mastitis (13.88%), con una prevalencia en general en los cuartos reactores positivos de (5.42%), se encontró que la intensidad de la reacción en los cuartos reactores fue de 1.66% con tres cruces; de 1.94% con dos cruces y del 1.80% de una cruz; la cantidad de cuartos que reaccionaron sospechosos a la prueba fue de 7.49% y la cantidad de cuartos no reactores fue 94.58%. De los diferentes muestreos realizados se encontró una mayor Prevalencia de la mastitis en el muestreo cinco (21.43%) y en el muestreo cuatro (20.69%); con una prevalencia de la enfermedad por cuarto a favor del muestreo cinco (8.92%) y el cuatro con (6.90%) y una intensidad de la reacción a favor del muestreo cuatro con tres cruces (3.44%), muestreo tres con una cruz (3.84%) y el cinco con dos cruces (3.57%). Con relación al comportamiento porcentual por cuarto, se tiene que del total de 720 cuartos mamarios examinados, solamente 39 cuartos reaccionaron positivos a la prueba de CMT; Los resultados muestran una mayor prevalencia de la enfermedad a favor de los cuartos anteriores con (56.41 %), de esto el cuarto anterior derecho con (38.46%) y anterior izquierdo con (17.95%) y el (43.59%) para los cuarto posteriores, presentándose una mayor intensidad de la reacción en los cuartos anteriores de (tres y una cruz). El número de cuartos sospechosos es mayor en los cuartos posteriores (15%). Estos resultados están relacionados con el manejo del ordeño el cual es un factor determinante en la Prevalencia de la mastitis subclinica en el hato. Con respecto a los cuartos de la ubre (C), el cuarto anterior derecho resultó más afectado por la enfermedad, con un estimado de riesgo de -0.562, los otros cuartos no presentaron afectación alguna. Sin embargo esto puede deberse a que el ordeñador anteriormente ordeño una vaca infectada y pasa a ordeñar las otras vacas, sin haberse lavado las manos comienza el ordeño con los primeros pezones transmitiendo directamente la enfermedad, también se debe al no lavado de la ubre entre una y otra vaca. Con relación al número de parto de las vacas (NUMPA) se encontró una mayor afectación por mastitis en los partos tres, cinco y seis, con riesgo de afectación de 0.1071, -2.4635, -2.061 5, presentándose una mayor afectación en el parto cinco, seguido de parto seis y el parto tres. Esto es ambientalmente comprensible, dado que a medida que la vaca envejece. se acumulan los efectos de las otras lactaciones y el epitelio de la glándula mamaria se torna más sensible al ataque de la flora bacteriana. Los resultados muestran que en relación al mes de prueba (MI'RU), se encontró una mayor afectación por la enfermedad a partir del mes dos, tres y cuatro disminuyendo en el mes cinco: los riesgo de afectación son -0.5931, -0.6085 y -0.2498. presentándose la mayor afectación en los meses de Febrero, Marzo y Abril Esto puede deberse a que algunas bacterias como el Strepwcoccus uheris y S!reptococcus dysy,alactiae son responsables de la mayoría de las mastitis que se presentan ya sea al comienzo o al final del período de seca. Además de estas dos especies de bacterias, existen muchos otros estreptococos ambientales (Strep. hovis, Strep.fecalis) que pueden causar mastitis. Con respecto al periodo de lactación (PERL), se encontró mayor afectación de la mastitis a partir del período cuatro seguido del cinco. El periodo que presento una mayor afectación por la enfermedad fue el cinco con -1.2081, seguido del cuatro -0.7349. En cuanto a los factores que predisponen se reporta que las vacas con alto índice de producción debido a la mayor actividad celular, son más susceptibles a las infecciones intramamarias que las vacas de bajos índices de producción.

Valoración de la situación sanitaria del camarón litopenaeus vannamei en Puerto Morazán, Chinandega

En vista de la situación de enfermedades en la explotación camaronera, se propuso la realización de esta monografía, cuyo titulo es: Valoración de la situación sanitaria del camarón Litopenaeus vannamei en Puerto Morazán, Chinandega, para lo cual se procedió a establecer objetivos como la determinación de las enfermedades que afectaban mayormente a las explotaciones camaroneras de Litopenaeus vannamei tanto silvestres como cultivados. Para ello se concentraron 6 meses en trabajo de campo desarrollando las actividades de siembra y cosecha en las granjas camaroneras de Puerto Morazán así como también la información de las diferentes industrias camaron eras de Nicaragua. Con este trabajo monográfico se logró concretar que las patologías más frecuentes en la explotación camaronera para L. vannamei silvestre y cultivado son: mancha blanca, virus del síndrome de Taura, virus de la necrosis hipodérmica y hematopoyética infecciosa, Vibriosis, Hepatopancreatitis necrotizante, bacterias del genero Leucothrix, parásitos como las gregarinas. Identificando únicamente que la diferencia entre los dos tipos: silvestres y cultivados consiste únicamente en que los silvestres presentan mayor resistencia a las condiciones ambientales.

Micropropagación in vitro del clon de banano (Musa sp.) enano ecuatoriano (AAA)

Se establecieron in vitro yemas apicales de banano (Musa sp.) para su micro propagación durante tres sub-cultivos en un medio nutritivo artificial conteniendo sales minerales (MS), tiamina HCI, sacarosa y mio-inositol; variando con fines de estudio, la consistencia física del medio de cultivo (líquido y semi-sólido) y las concentraciones de reguladores de crecimiento: AIA= O y 1 mg/1 y 6-BAP= 5, 7 y 10 mg/1. Durante el establecimiento y multiplicación de los ex plantes se utilizó un cuarto de crecimiento para la incubación con temperaturas de 25 ± 1 ºc e intensidad lumínica de 2 000 lux. Inicialmente se establecieron in vitro 240 yemas apicales para su adaptación, de las cuales un 85 % (204) se adaptaron satisfactoriamente, el 15 % restante fueron descartados por contaminación, fenolización de las paredes del cormo o muerte de los ex plantes por no adaptación. La mayor contaminación se produjo por hongos y en menor medida por bacterias. La proliferación de hijos fue mayor en los medios de cultivo de consistencia semi-sólido en los tres sub-cultivos, correspondiendo los mejores resultados a la variante semi-sólida de los medios MS + 1mg/1 AIA+ 10 mg/16-BAP con promedio de 3.7 hijos por ex plante y 11 hijos en total, seguido por el medio MS_ + O mg/ AIA + 7 mg/1 6-BAP con 3.6 hijos por ex plante y 10.8 en total al final de los tres sub-cultivos. La menor proliferación se presentó en la variante líquida del medio MS + 1 mg/1 AIA + 10 mg/16-BAP con un promedio de 2.1 hijos por explante y 6.3 hijos en total. No se observó tendencia alguna en la proliferación de hijos con el aumento de los sub-cultivos, siendo evidente la influencia de la consistencia del medio de cultivo y la variación en los niveles de reguladores de crecimiento. El nivel más alto de 6-BAP (10 mg/1) utilizado indujo a la formación de multiyemas en los medios de cultivos líquidos, presentándose éstas a partir del II sub­ cultivo. Los medios de consistencia líquida favorecieron el crecimiento in vitro de los explantes, expresándose en un incremento en la altura y peso. Así mismo los medios líquidos indujeron a un desarrollo y crecimiento de raíces en todos los tratamientos estudiados.

Estudio epidemiológico y etiológico de la bacteriosis de la pitahaya (Hylocereus undatus, Britt y Rose), Smith, y su efecto sobre cinco variedades del cultivo

En la finca "Quinto Patio" ubicada en la comarca Guanacaste del municipio de Diriomo, Dpto de Granada, se realizó colecta de malezas, insectos y material enfermo de Pitahaya. Los materiales colectados fueron analizados en el laboratorio de Microbiología e invernadero de la Escuela de Sanidad Vegetal de la Universidad Agraria (UNA), ubicada en el km 12-1/2 carretera Norte, Managua, Nicaragua. El propósito del estudio fue determinar el agente causal de la enfermedad denominada Pudrición de la Pitahaya y de sus diseminadores, por medio de pruebas bioquímicas a bacterias aisladas de esquejes de Pitahaya infectados así como a insectos y malezas encontrados en este cultivo. Los esquejes de Pitahaya colectados presentaron síntomas que catalogamos como sistémicos y localizados. Sistémicos por encontrarse manchas amarillas acuosas en todo el esqueje; localizados por encontrarse manchas oscuras ubicadas en un mismo punto. En los esquejes de Pitahaya infectados se encontró la bacteria Erwinia carotovora,, sbspp carotovora, Smith, que también fué aislada de insectos colectados. En las malezas no se encontró Erwinia, pero sí se encontró la bacteria del género Pseudomonas. Se inocularon 50 plantas de 5 variedades (Lisa, Orejona, Cebra, Rosa, Chocoya) con las bacterias aisladas de los síntomas sistémicos y localizados, para observar la reacción de cada variedad ante la bacteria Erwinia carotovora, sbspp carotovora, Smith. Los síntomas que se encontraron en las plantas inoculadas fueron manchas oscuras y amarillas claras. Las variedades que presentaron menor reacción a la bacteria Erwinia carotovora, Srnith, fueron la Chocoya y la Cebra. Las variedades Rosa, Orejona y Lisa resultaron susceptibles a la inoculación. Seguidamente se procedió al reaislamiento de los síntomas presentados en cada una de las variedades inoculadas, encontrándose que eran causados por Erwinia carotovora. Se realizaron pruebas de patogenicidad a plantas de tabaco y tomate inoculándolas con la bacteria Erwinia carotovora, Smith. Las plantas mostraron amarillamiento. De estos sintomas se aisló la misma bacteria. En las zonas de Carazo y Masaya se realizaron encuestas a viveristas. El objetivo de éstas fué determinar el tipo de prácticas que éllos realizan a las plantas de Pitahaya para evitar o controlar el ataque de la bacteriosis y a la vez conocer la reacción de cada una de las variedades ante la bacteria Erwinia carotovora. Smith.