Facilitating a culture of responsible and effective sharing of cancer genome data

Rapid and affordable tumor molecular profiling has led to an explosion of clinical and genomic data poised to enhance the diagnosis, prognostication and treatment of cancer. A critical point has now been reached at which the analysis and storage of annotated clinical and genomic information in unconnected silos will stall the advancement of precision cancer care. Information systems must be harmonized to overcome the multiple technical and logistical barriers to data sharing. Against this backdrop, the Global Alliance for Genomic Health (GA4GH) was established in 2013 to create a common framework that enables responsible, voluntary and secure sharing of clinical and genomic data. This Perspective from the GA4GH Clinical Working Group Cancer Task Team highlights the data-aggregation challenges faced by the field, suggests potential collaborative solutions and describes how GA4GH can catalyze a harmonized data-sharing culture.

Social-aware opportunistic routing

The increased capabilities (e.g., processing, storage) of portable devices along with the constant need of users to retrieve and send information have introduced a new form of communication. Users can seamlessly exchange data by means of opportunistic contacts among them and this is what characterizes the opportunistic networks (OppNets). OppNets allow users to communicate even when an end-to-end path may not exist between them. Since 2007, there has been a trend to improve the exchange of data by considering social similarity metrics. Social relationships, shared interests, and popularity are examples of such metrics that have been employed successfully: as users interact based on relationships and interests, this information can be used to decide on the best next forwarders of information. This Thesis work combines the features of today's devices found in the regular urban environment with the current social-awareness trend in the context of opportunistic routing. To achieve this goal, this work was divided into di erent tasks that map to a set of speci c objectives, leading to the following contributions: i) an up-to-date opportunistic routing taxonomy; ii) a universal evaluation framework that aids in devising and testing new routing proposals; iii) three social-aware utility functions that consider the dynamic user behavior and can be easily incorporated to other routing proposals; iv) two opportunistic routing proposals based on the users' daily routines and on the content traversing the network and interest of users in such content; and v) a structure analysis of the social-based network formed based on the approaches devised in this work.

Autosomal dominant polycystic kidney disease in hemodialysis patients in southern Brazil

Introduction: Autosomal dominant polycystic kidney disease is the most common hereditary renal disease in humans. Objective: To examine the prevalence, clinical and laboratory characteristics of patients with polycystic kidneys and relate disease manifestations by gender. Methods: This was an observational and retrospective study. All the medical records of patients with polycystic kidneys who initiated hemodialysis between 1995 and 2012, in four centers that treat patients of the coverage area of the 15th regional health Paraná (Brazil), were analyzed. Results: The study included 48 patients with polycystic kidneys, the primary cause of stage 5 CKD. Disease prevalence was one in 10,912 people. The average age of dialysis initiation was 50.7 years and the follow-up time on dialysis until transplantation (36.5 months) was lower among men. Hypertension was the most frequent diagnosis in 73% of patients, predominantly in women (51.4%). The liver cyst was the most frequent extrarenal manifestations in men (60.0%). The death occurred in 10.4% of patients using hemodialysis, and 60% of men. The class of antihypertensive drug used was that acts on the renin-angiotensin system with higher frequency of use among women (53.3%). The post-dialysis urea was significantly higher in men. Conclusion: The prevalence of the disease is low among hemodialysis patients in southern Brazil. The differences observed between genders, with the exception of the post-dialysis urea, were not significant. The findings are different from those reported in North America and Europe.

Capillariaisis (Trichurida, Trichinellidae, Capillaria hepatica) in the Brazilian Amazon: low pathogenicity, low infectivity and a novel mode of transmission

Background: Human capillariasis caused by Capillaria hepatica (syn. Calodium hepaticum) is a rare disease with no more than 40 cases registered around the world. Classically, the disease has severe symptoms that mimic acute hepatitis. Natural reservoirs of C. hepatica are urban rodents (Mus musculus and Rattus novergicus) that harbor their eggs in the liver. After examining the feces of 6 riverine inhabitants (Rio Preto area, 8 degrees 03`S and 62 degrees 53`W to 8 degrees 14`S and 62 degrees 52`W) of the State of Rondonia, Brazil, and identifying C. hepatica eggs in their feces, the authors decided to investigate the real dimension of these findings by looking for two positive signals. Methods: Between June 1(st) and 15(th), 2008, 246 out of 304 individuals were clinically examined. Blood samples were collected, kept under -20 degrees C, and test by the indirect immunofluorescence technique. Results: The first positive signal was the presence of specific antibodies at 1: 150 dilution, which indicates that the person is likely to have been exposed to eggs, most likely non-infective eggs, passing through the food chain or via contaminated food (total prevalence of 34.1%). A second more specific signal was the presence of antibodies at higher titers, thus indicating true infection. Conclusions: The authors concluded that only two subjects were really infected (prevalence of 0.81%); the rest was false-positives that were sensitized after consuming non-embryonated eggs. The present study is the first one carried out in a native Amazonian population and indicates the presence of antibodies against C. hepatica in this population. The results further suggest that the transmission of the parasite occurs by the ingestion of embryonated eggs from human feces and/or carcasses of wild animals. The authors propose a novel mode of transmission, describing the disease as a low pathogenic one, and showing low infectivity.

A real-time polymerase chain reaction assay for the identification and quantification of American Leishmania species on the basis of glucose-6-phosphate dehydrogenase

A real-time polymerase chain reaction (PCR) test was developed on the basis of the Leishmania glucose-6-phosphate dehydrogenase locus that enables identification and quantification of parasites. Using two independent pairs of primers in SYBR-Green assays, the test identified etiologic agents of cutaneous leishmaniasis belonging to both subgenera, Leishmania (Viannia) and Leishmania (Leishmania) in the Americas. Furthermore, use of TaqMan probes enables distinction between L. (V.) braziliensis or L. (V.) peruviania from the other L. (Viannia) species. All assays were negative with DNA of related trypanosomatids, humans, and mice. The parasite burden was estimated by normalizing the number of organisms per total amount of DNA in the sample or per host glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase copies. The real-time PCR assay for L. (Leishmania) subgenus showed a good linear correlation with quantification on the basis of a limiting dilution assay in experimentally infected mice. The test successfully identifies and quantifies Leishmania in human biopsy specimens and represents a new tool to study leishmaniasis.

Malassezia spp. in acoustic meatus of bats (Molossus molossus) of the Amazon region, Brazil

The yeasts of the Malassezia genus are opportunistic microorganisms and can cause human and animal infections. They are commonly isolated from the skin and auricular canal of mammalians, mainly dogs and cats. The present study was aimed to isolate Malassezia spp. from the acoustic meatus of bats (Molossus molossus) in the Montenegro region, `` Rondonia ``, Brazil. From a total of 30 bats studied Malassezia spp. were isolated in 24 (80%) animals, the breakdown by species being as follows (one Malassezia sp. per bat, N=24): 15 (62.5%) M. pachydermatis, 5 (20.8%) M. furfur, 3 (12.5%) M. globosa and 1 (4.2%) M. sympodialis. This study establishes a new host and anatomic place for Malassezia spp., as it presents the first report ever of the isolation of this genus of yeasts in the acoustic meatus of bats.

O uso do computador na orcamentacao e controle de custos na construcao : estudo de casos

O trabalho relata o papel do orçamento como documento mediador entre empresa e cliente e ainda, como fonte de informações durante a obra, destacando as principais dificuldades na tarefa de orçar.

O desempenho de médio prazo das ofertas públicas iniciais: evidências empíricas no Brasil

O presente trabalho procura investigar, na recente onda de IPOs no mercado brasileiro iniciada em 2002/2004, quais os principais fatores que conseguem explicar o desempenho destas ações no prazo de 1 a 2 anos após a oferta. Para tal, as mais relevantes teorias já propostas no Brasil e nos EUA sobre o tema são levantadas e postas à prova através de modelos estatísticos na amostra em questão. Como resultado, foi verificado que as empresas que apresentam um melhor desempenho de médio prazo são aquelas oferecendo um maior percentual do capital na oferta, maiores volumes de capital, com mais tempo de operação anterior à oferta, com ofertas coordenadas por instituições líderes de mercado, com os riscos bem explicados no prospecto e com retornos iniciais menores. Foi verificado também que as empresas dos setores de construção e transporte e consumo não-cíclico possuem desempenho superior às demais.

Atlas dos setores postais do interior de São Paulo

O CEP, Código de Endereçamento Postal, pode ser utilizado como método de descrição de localizações. O "Atlas de Setores Postais" extrai as propriedades bidimensionais do CEP, apresentando o contorno das regiões postais brasileiras, das sub-regiões do estado de São Paulo e dos setores do interior do Estado. As informações georreferenciadas do atlas podem participar dos processos de tomada e implementação de decisões.

Data mining por meio de análise de redes, no contexto de filtro colaborativo

Tendo como motivação o desenvolvimento de uma representação gráfica de redes com grande número de vértices, útil para aplicações de filtro colaborativo, este trabalho propõe a utilização de superfícies de coesão sobre uma base temática multidimensionalmente escalonada. Para isso, utiliza uma combinação de escalonamento multidimensional clássico e análise de procrustes, em algoritmo iterativo que encaminha soluções parciais, depois combinadas numa solução global. Aplicado a um exemplo de transações de empréstimo de livros pela Biblioteca Karl A. Boedecker, o algoritmo proposto produz saídas interpretáveis e coerentes tematicamente, e apresenta um stress menor que a solução por escalonamento clássico.

Perfil de usuários da Biblioteca Karl A. Boedecker

Técnicas de inteligência artificial, aplicadas a dados de transações de empréstimo do acervo de uma biblioteca, podem gerar recomendações de itens relevantes para usuários e pesquisadores. O sistema sugerido neste relatório é baseado em procedimentos de consolidação e conexão de registros em um data mart, associados às técnicas de análise de cestas, análise de agrupamentos e análise de redes, numa estratégia de cooperação indireta. No modelo aqui proposto, os itens da biblioteca são consolidados em assuntos significativos e grupos temáticos. Os usuários, por outro lado, são separados por grupos temáticos e segmentados segundo seu perfil de leitura. Por meio de consolidação são criadas listas para cada subgrupo especializado obtido, contendo recomendações específicas, temáticas e gerais. Sugere-se a utilização de transações virtuais para aperfeiçoar as recomendações. Além de servir a bibliotecas, o modelo proposto tem aplicabilidade direta em livrarias virtuais e pode ser adaptado para praticamente qualquer tipo de empreendimento em e-business.

Autocorrelação espacial na distribuição de área de loja de supermercados em municípios do estado de São Paulo

Cerca de 90% da variabilidade da densidade de m2 de loja de supermercados nas microrregiões do estado de São Paulo pode ser explicada pela densidade de renda ali existente, desde que a autocorrelação espacial presente nas duas variáveis seja levada em consideração. Neste trabalho, apresenta-se o conceito de autocorrelação espacial, sugere-se uma medida para a sua intensidade (Índice de Geary), e estuda-se uma estratégia para sua remoção.

Modelagem do potencial de mercado dos municípios paulistas

Os indicadores de potencial de consumo são medidas indiretas da capacidade de uma região absorver uma determinada categoria de produto. O método de regressão linear simples pode ser utilizado na elaboração de índices simples e robustos que geralmente produzem resultados comparáveis ou superiores aos que podem ser obtidos pela utilização de índices vendidos por empresas de consultoria. Este fato passa despercebido pela maioria dos usuários porque habitualmente não são feitos esforços de comparar os índices com a realidade que estes se propõem a descrever (o que tem uma certa lógica, porque se conhecêssemos a realidade não precisaríamos do índice de potencial). Para estabelecer a metodologia e demonstrar a tese acima, são coletados dados a respeito da área de loja de supermercados dos municípios do Estado de São Paulo; um índice é construído, e em seguida comparado com outros indicadores. Os resultados confirmam a suposição inicial.

Análise de redes em procedimentos de cooperação indireta: utilização no sistema de recomendações da Biblioteca Karl A. Boedecker

Sistemas de recomendação baseados cooperação indireta podem ser implementados em bibliotecas por meio da aplicação de conceitos e procedimentos de análise de redes. Uma medida de distância temática, inicialmente desenvolvida para variáveis dicotômicas, foi generalizada e aplicada a matrizes de co-ocorrências, permitindo o aproveitando de toda a informação disponível sobre o comportamento dos usuários com relação aos itens consultados. Como resultado formaram-se subgrupos especializados altamente coerentes, para os quais listas-base e listas personalizadas foram geradas da maneira usual. Aplicativos programáveis capazes de manipularem matrizes, como o software S-plus, foram utilizados para os cálculos (com vantagens sobre o software especializado UCINET 5.0), sendo suficientes para o processamento de grupos temáticos de até 10.000 usuários.